Ключевое слово
21 | 09 | 2020
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Проблемы молекулярной и системной биологии

Проблемы молекулярной и системной биологии 06 Янв 2011 18:00 #91

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Если не трудно то укажите номер параграфа где пришли к такому заключению. ...
Разговор шел о том, что к точке началу считывания на ДНК должны собраться все указанные молекулы в определенной последовательности... а вот чем это достигается как раз и не указано... это как построение коммунизма ... надо построить а как не сказано ...
quantoforum.ru/biology/193-transkriptsiya-dnk?start=180 Транскрипция ДНК

На фотографии которая вас так возбудила, к точке начала считывания должна попасть всего одна молекула (РНК-полимераза). Вот время от времени молекулы РНК-полимеразы, которые живут в клетке случайным образом встречаются с промотерным участком ДНК, связываются с ним, и начинается транскрипция.
Last Edit: 25 Дек 2015 15:59 by Vladimirovich.

Проблемы молекулярной и системной биологии 06 Янв 2011 18:22 #92

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Уважаемый mittelspiel... Давайте посчитаем вероятность этого случая по предложенной Вашей технологии... Обьем клетки (возьмем для упрощение только ядро), ну это примерно как орбита до Солнца от Земли ... и эту молекулу РНК-полимеразы умножив их на один миллион и этот обьем пусть на вскидку будет равен всему человечеству (извеняюсь за сравнения но масштабы примерно такие же) .... делим эти цифири и получаем очень красивый результат со многими нулями после запятой ..... т.е. близкие к нулю ..
Однако транскрипции происходят заметно чаще предложенного варианта, следовательно объяснение происходящего должно быть немного другое ..
ps
Человек создан для счастья, а приходится работать...

Проблемы молекулярной и системной биологии 06 Янв 2011 18:33 #93

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Уважаемый mittelspiel... Давайте посчитаем вероятность этого случая по предложенной Вашей технологии... Обьем клетки (возьмем для упрощение только ядро), ну это примерно как орбита до Солнца от Земли ... и эту молекулу РНК-полимеразы умножив их на один миллион и этот обьем пусть на вскидку будет равен всему человечеству (извеняюсь за сравнения но масштабы примерно такие же) .... делим эти цифири и получаем очень красивый результат со многими нулями после запятой ..... т.е. близкие к нулю ..
давайте с более реальными цифрами:
скачайте эту книгу, там есть все расчеты в главе 7
www.4shared.com/document/VTbQECDh/Physic...ecular_Biology_-.htm
можете убедиться что эти вероятности близки вовсе не к нулю а к единице
Last Edit: 25 Дек 2015 16:00 by Vladimirovich.

Проблемы молекулярной и системной биологии 07 Янв 2011 06:07 #94

  • mishabara
  • mishabara's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 1179
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
можете убедиться что эти вероятности близки вовсе не к нулю а к единице
Тут есть правда некоторое подмена понятий, так как под единицей подразумевается сам факт того что стыковка произойдет (и с этим никто не спорит)...
С уважением ознакомился с Вашими выкладками по расчетам, однако .. осмелюсь Вам заметить, что ...
В формуле 7.18 идет расчет связанных и не связанных энергий состояний ….
В формуле 7.20 идет расчет статистических весов для конкретных операторов …
Нас же интересует более простой вопрос вероятность стыковки в данном месте данной молекулы (именно в месте старта этого процесса, другими словами вероятность попадания бомбы в цель ) …
Даже варианты расчетов приведенный в пункте 7.35, наиболее близкие по замыслу, уводит нас в температурный вариант скорости протекания процессов.
Для наглядности иллюстрации не стыковки в этих понятиях я даю Вам сноску, на некий learn.genetics.utah.edu/content/begin/cells/scale/ мировой опыт более наглядно показывающий размеры и соотношения в пространстве клетки указанных величин, там тоже есть цифры и размеры оных. При более тщательном рассмотрении этого вопроса все таки становится заметным то что вероятность того что нужная молекула окажется в нужном месте при стандартной концентрации будет достаточно низка, и нужно будет вводить поправки не на несчастный случай, а на потерянную физическую составляющую заставляющую нашу молекулу прийти с более высокой вероятностью к заданному месту на ДНК. Эти физические величины, которые почему то остаются за скобками все те же что и указаны quantoforum.ru/biology/547-problemy-mole...logii?start=60#60938 в параграфе 80 и действуют согласно общепринятых физических законов перечисленных в quantoforum.ru/biology/193-transkriptsiya-dnk?start=120#66354 пп 141 соседней ветки О транскрипции ДНК и конечно пересекаются с вопросами pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp900708f когерентным резонансным переносом отвечающим по всей видимости за стыковку этих молекул и полимеров на последней стадии этих процессов..

Отредактировано mishabara (2011-01-07 15:15:46)
Last Edit: 25 Дек 2015 15:59 by Vladimirovich.

Проблемы молекулярной и системной биологии 07 Янв 2011 17:42 #95

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
миша, не нужны вам размеры клетки, вам нужны размеры ядра.
можете себе представить, что в ядре очень мало свободного раствора, почти все пространство занято днк и белками. вероятность того что белок связан с днк ближе к единице чем к нулю. вероятность того что белок связан с данным конкретным участком днк зависит от соотношения энергии связывания белка с данным учасикрм и энергии связывания белка с неспецифическим учасnком днк (который не содержит сайт связывания). и не забудьте что молекул полимеразы в ядре несколько десятков тысяч (или сотен тысяч), и все одинаковые.

Проблемы молекулярной и системной биологии 07 Янв 2011 17:57 #96

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Вероятность того что это событие произойдет около единицы (обозначим ее Р), а а вероятность того что именно в этом месте равно (1-Р).. именно в этом и есть различие ... ну а далее по тексту ..
ps
На рынке.
- А это кроссовки чьего производства?
- Немецкие!
- А вот, смотрите, внутри под стелькой, написано - китайские!
- Для нормальных людей - немецкие, а для любопытных - китайские!

Проблемы молекулярной и системной биологии 07 Янв 2011 18:00 #97

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Вероятность того что это событие произойдет около единицы (обозначим ее Р), а а вероятность того что именно в этом месте равно (1-Р)..
это кто ж вам так теорию вероятностей преподавал???

Проблемы молекулярной и системной биологии 07 Янв 2011 21:05 #98

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Вы наверное об этом скромном дополнении...
Условная вероятность
Определение. Вероятность события В, вычисленная при условии, что имело место событие А, называется условной вероятностью события В.
ps
Три стадии склероза:
Первая стадия - сходил в туалет, пошел - спахватился, что забыл смыть...
вторая стадия - сходил - пошел - спохватился, что забыл одеть брюки...
Третья стадия - сходил - пошел - спохватился, что забыл снять брюки...

Проблемы молекулярной и системной биологии 07 Янв 2011 21:09 #99

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Вы наверное об этом скромном дополнении...
нет не об этом. я о том что ваше (1-p) это глупость какая-то

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 15:15 #100

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Не всегда надо придираться к мелочам ...
Пусть в результате испытания могут появиться n событий, независимых в совокупности, либо некоторые из них. Как найти вероятность появления хотя бы одного из этих событий? Ответ дает следующая теорема:
Теорема. Вероятность появления хотя бы одного из событий А1, А2, …, Аn, независимых в совокупности, равна разности между единицей и произведением вероятностей противоположных событий А1, А2, …, Аn. (А1 – событие, противоположное событию А1): Р(А)=1-q1q2… qn.
Частный случай: если события А1, А2, …, Аn имеют одинаковую вероятность q, то вероятность появления хотя бы одного из этих событий P(A)=1-q^n.
В нашем случае мы имеем двухметровую ДНК разбитую на участки (цепочки) и Нас интересуют вероятность того что в начальных точках этих цепочек появятся нужные молекулы участвующие в транскрипции (запуск процесса)
в чистом виде это и запишется Р(А)=1-q1q2… qn
Мы вообще говорим о том что нужно рассматривать этот процесс как не случайный а детерминированный ...поятому ..
Определение. Если переход системы из одного состояния в другое происходит скачком, а количество состояний системы (конечное или бесконечное) можно пронумеровать, то такая система называется системой дискретного типа.
Если количество возможных состояний счетно, то сумма вероятностей нахождения системы в одном из состояний равна 1.
Совокупность вероятностей Р(А)(t) для каждого момента времени характеризует данное сечение случайного процесса.
Ну и опять для нашего случая
Случайные процессы со счетным множеством состояний бывают двух типов: c дискретным или непрерывным временем.
Для того, чтобы описать Наш случайный процесс в системе с непрерывным временем необходимо прежде всего проанализировать причины, вызывающие изменение состояния системы. Эти причины определяются потоком как бы специфических заявок в виде молекул нужных для начала транскрипции, окружающих эту точку в системе под скромным названием ДНК.
Именно поэтому в параграфе 94 на рисунке явно представлен этот горб вероятности для наглядности закрашенный красным цветом зари ... показывающий что именно в этой точке (как бы начале процесса) и сосредотачиваются необходимые молекулярные вещества ... а ВОТ почему именно тут, это уже из другой песни ... мы пока только фиксируем это явно неслучайное событие ...
ps
После посещения вагона-ресторана пассажир никак не может найти свое купе.
- Неужели вы не запомнили его номер? - удивляется проводница.
- Нет, но я точно помню, что за окном была березовая роща.

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 15:58 #101

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
вы не воду лейте, вы попробуйте рассчитать вероятность связывания РНК-полимеразы с промотером.

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 16:26 #102

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Нужны исходные данные ... количество точек на ДНК (естественно в среднем) где есть команда начало считывания.
Примерный объем или лучше длину самой ДНК, количество РНК-полимеразы и ее объемм или длину. Ну и в каком объеме ВСЕ это происходит. Желательно в одинаковых величинах.
Ответ не заставит Вас долго ждать.
ps
Вообщем почти как тут ..
Американский турист, приехав в Тель-Авив, решает сходить на концерт классической музыки в концертный зал имени Манна. Спрашивает своего гида:
— Этот концертный зал назван в честь Томаса Манна, немецкого писателя?
— Нет, в честь одного американца — Фридриха Манна из Филадельфии.
— Ни разу о таком не слышал. И что же он написал?
— Чек.

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 16:36 #103

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Нужны исходные данные ... количество точек на ДНК (естественно в среднем) где есть команда начало считывания.
Примерный объем или лучше длину самой ДНК, количество РНК-полимеразы и ее объемм или длину. Ну и в каком объеме ВСЕ это происходит. Желательно в одинаковых величинах.
ну давайте рассчитаем для кишечной палочки. число генов ~4000 (и число промотеров в первом приближении). остальные цифры в главе 7 в книге физика в молекулярной биологии снеппена. если чего-то не хватает, то берите отсюда: www.bionumbers.hms.harvard.edu/
Last Edit: 12 Фев 2019 07:08 by Vladimirovich.

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 16:49 #104

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • OFFLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 87257
  • Thank you received: 1340
  • Karma: 78
Чукча не из Сибири написал(а):
Вероятность того что это событие произойдет около единицы (обозначим ее Р), а а вероятность того что именно в этом месте равно (1-Р).. именно в этом и есть различие ... ну а далее по тексту ..
Честно говоря чукотская логика меня несколько удивляет
Итого мы имеем - либо это событие произойдет либо именно в этом месте ?

Каждому - своё.

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 17:23 #105

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Вероятность того что бомба взорвется около единицы, а вероятность того что она и взорвется и попадет в конкретную цель ... какова? ... Если события развиваются по нормальному закону, то около цели (куда вообщем то бросают эту бомбу информационно взрывчатую) будет согласно нормальному закону распределения вообще возвышенность на трехмерном графике ... и тут сразу вопрос чем вызвана эта возвышенность, тем что вообще то хотели сбросить эту бомбу именно в эту место .. ну и там далее поставили задачу летчику, дали самолет-вертолет..наладили подцепили и полетели выполнять задуманное... это из практики бомбометания .....
А тут вопрос в следующем с какого перепугу эти молекулы промоутеры и аминокислоты сгрудились в одном месте и цепко держатся за эту зону ... там что пастух из зеленых человечков их сгоняет или физические законы тут действуют ...
mittelspiel yfgbcfk ///
ну давайте рассчитаем для кишечной палочки.
так давайте цифры а не отсылайте по методике ППГ к аналам где все и про все написано ... какие данные таков и результат будет ...
ps
Почти жизненный вариант однако ..
Если у человека есть совесть, ему, по крайней мере, уже есть чем торговать.

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 17:31 #106

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • OFFLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 87257
  • Thank you received: 1340
  • Karma: 78
Чукча не из Сибири написал(а):
Вероятность того что бомба взорвется около единицы, а вероятность того что она и взорвется и попадет в конкретную цель ... какова?
Не 1-P по любому

Каждому - своё.

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 18:00 #107

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Здесь трудно что-либо написать, но попробую.
Вероятность того что три молекулы (нужные) находятся в некотором объеме равна 0,00875. Найти вероятность что они собрались в одном месте.
Пусть p - вероятность нахождение молекулы в заданном месте, q=1-p - вероятность того что тут ее нет. Тогда вероятность нахождение в заданной точке на заданном объекте хотя бы одного сообщества из трех молекул равна
1-q^3 =0.00875.
В таком виде ответ наверное устроит всех ...
ps
Клиент:
- А в конце завещания напишите, пожалуйста, чтобы на моих похоронах обязательно играл оркестр.
Адвокат:
- Хорошо. А какие произведения вы хотели бы услышать?

Проблемы молекулярной и системной биологии 08 Янв 2011 21:05 #108

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Вероятность того что три молекулы (нужные) находятся в некотором объеме равна 0,00875. Найти вероятность что они собрались в одном месте.

1-q^3
Так было бы для трех независимых величин (если бы эти три молекулы не взаимодействовали). А они взаимодействуют очень сильно. В предельном случае, как только две из этих молекул встретились, они намертво склеиваются. Когда к ним подходит третья молекула, она тоже приклеивается. В этом случае пороговая вероятность первой реакции определяет вероятность всех последующих реакций. Далее, во-вторых, в достаточно хорошей аппроксимации молекулы в хроматине путешествуют вдоль ДНК а не в трехмерном бульоне, и поэтому при расчете вероятности первой встречи вам не нужно знать объем клеточного ядра. Ну и наконец, в третьих, все эти вероятности имеют значение только для расчета кинетики (то есть для оценки того, сколько времени понадобится молекулам чтобы найти друг друга) но не влияют на распределение молекул при термодинамическом равновесии (или квази равновесии).

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 04:26 #109

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
mittelspiel написал ...
Далее, во-вторых, в достаточно хорошей аппроксимации молекулы в хроматине путешествуют вдоль ДНК а не в трехмерном бульоне, и поэтому при расчете вероятности первой встречи вам не нужно знать объем клеточного ядра
Ну вот и ладушки, уже этот интересный факт приведенный Вами говорит о том что нормальный закон распределения нарушен, и по пока не выясненной причины воздействия это происходит (естественно тут предположить что это ЭМ силы прикладывают свои проявления), и согласно Ваших же замечаний это облако концентрируется около точек начало процессов старта на ДНК..
при термодинамическом равновесии (или квази равновесии)
тут Вы несколько лукавите, так как в этой области это равновесии явно нарушено, и о равновесии можно говорить только в размере всей клетки или ядра...
а в остальном Вы как всегда правы
Так было бы для трех независимых величин (если бы эти три молекулы не взаимодействовали). А они взаимодействуют очень сильно.
И мы то тут с Вами и пытаемся показать, что видение ВГ ППГ может быть ... и объяснено с помощью физических законов и существующих наблюдений молекулярной биологии и вплотную подходим к варианту когерентный резонансный перенос, что нас махом приведет к сокраменному вопросу.... какую часть энергии поглотит и сколько может отдать это образование при контакте с точкой запуска на ДНК этой гирлянды молекулл ... и это перекликается с вопросами мШЭИ и лазерной накачки у ППГ и с откликом всей системы ...

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 09:45 #110

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Ну вот и ладушки, уже этот интересный факт приведенный Вами говорит о том что нормальный закон распределения нарушен, и по пока не выясненной причины воздействия это происходит (естественно тут предположить что это ЭМ силы прикладывают свои проявления), и согласно Ваших же замечаний это облако концентрируется около точек начало процессов старта на ДНК..
Почему же по пока не выясненной причине. Очень даже выясненная причина, а Вы ленитесь и не читаете. Вот почитайте www.generegulation.info/teifpdf/Teif&Boh...20the%20concepts.pdf здесь. Особенно параграф 8.2. Protein binding site search.
Last Edit: 25 Дек 2015 16:00 by Vladimirovich.

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 09:49 #111

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
тут Вы несколько лукавите, так как в этой области это равновесии явно нарушено, и о равновесии можно говорить только в размере всей клетки или ядра...
почему это? равновесие не означает одинаковое распределение в каждой точке. распределение - в соответствии с потенциалом в каждой точке (который различен)

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 16:36 #112

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Пришлось перечитать этот параграф раз двадцать но фундаментальных данных о облаке и что их заставляет прыгать и концентрироваться так и не увидел, поэтому в лучших традициях даю весь перевод главы...
.
....Прежде чем приступить к ферментативных реакций, мы должны разъяснить как белки найти свои сайты на целевой ДНК в высоко условиях перегруженности клеточного ядра. Во-первых, позиционирование генома (и соответственно локализации белка) является какой-то степени пространственно определяется в хроматина (аль Кумаран и др.., 2008; Либерман-Aiden и др., 2009;. Уиггинс и др., 2010).. 3D позиционирование ДНК хроматина может включать ряд механизмов в том числе транскрипции заводов (Кук, 2010), хромосомных территорий (Кремер и Кремер, 2010) и различных типов фрактальных организации хроматина (Гросберг и др., 1993;. McNally и Мазза, 2010), все ведущие к существенному уменьшению количества запросов для Связывание с белками. Во-вторых, факторы транскрипции могут активно работу с помощью других белков и РНК. Кроме того, местного обязательного Поиск может быть ускорен в конденсированных фазы в связи с сокращением размерности. Последнее понятие следует, что диффузия белков в 1D вдоль ДНК быстрее чем в 3D (Берг и фон Хиппель, 1985). Большинство ДНК-связывающих белков Связаться отрицательно заряженными ДНК позвоночник положительно заряженными связывающих доменов. Кроме того, в их ДНК-связывающих доменов, заряженных остатков расположены таким образом, чтобы соответствовать последовательности зависящих от расстояния между ДНК фосфатов (Cherstvy, 2009). Таким образом белков может сначала связывать ДНК неспецифически, а затем отправится вместе ДНК поиск bettermatch.1D-diffusionmight дальнейшем в сочетании с прыжковой от нити к нити ДНК через цикл (Cherstvy и др., 2008;. Givatya и Леви, 2009; Хэлфорд и Марко, 2004). Кроме того, сгущенное двойных спиралей ДНК являются локально выровнены и часто приносят близко друг к другу, так что формирование структуры DNAeproteineDNA способствует даже без образования новых петель (Lomholt и др.., 2009)....

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 16:54 #113

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Пришлось перечитать этот параграф раз двадцать но фундаментальных данных о облаке и что их заставляет прыгать и концентрироваться так и не увидел, поэтому в лучших традициях даю весь перевод главы...
и что вы хотите чтобы я на русский перевел? можете прочитать двадцать первый раз. в этом коротком параграфе перечислены четыре причины которые определяют, почему скорость рассадки белков на ДНК намного больше чем была бы в разбавленном растворе. в этом параграфе за каждым термином (на английском в оригинале) стоит целая большая область и десятки статей.
1) компартментализация хроматина разбивает ядро на маленькие части (транскрипционные фабрики, фрактальная структура хроматина) - это уменьшает объем.
2) молекулярные моторы (сотни из них идентифицированы) передвигают белки вдоль ДНК, расщепляя при этом молекулы АТФ.
3) одномерная диффузия белков вдоль ДНК + прыжки с ДНК на ДНК, а не в растворе, потому что положительно заряженные домены притягиваются к отрицательной ДНК.
4) синтезирующиеся РНК тоже электростатически и сайт-специфически притягивают белки к участкам где активно идет синтез на ДНК.

читайте внимательно статью, там все написано в деталях.

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 17:15 #114

  • mishabara
  • mishabara's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 1179
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
1) компартментализация хроматина разбивает ядро на маленькие части (транскрипционные фабрики, фрактальная структура хроматина) - это уменьшает объем.
2) молекулярные моторы (сотни из них идентифицированы) передвигают белки вдоль ДНК, расщепляя при этом молекулы АТФ.
3) одномерная диффузия белков вдоль ДНК + прыжки с ДНК на ДНК, а не в растворе, потому что положительно заряженные домены притягиваются к отрицательной ДНК.
4) синтезирующиеся РНК тоже электростатически и сайт-специфически притягивают белки к участкам где активно идет синтез на ДНК.
Читаем конечно читаем, но...
по первому пункту .... с помощью каких физических процессов это происходит ...
по второму пункту .... с помощью каких физических принципов и как они выбирают направление тоже интересно ..
по третьему пункту ... вообще фантастика прыжки в вакууме? и что является толчком к этому ...
а вот четвертый пункт как раз и дает согласие на все эти казусы, однако также не описан механизм реализации ...
И учтите это тоже только гипотезы и гипотезы ... но и они содержат не разъяснение, а только возможную констатация фактов что это происходит, без объяснения физики явления ...
Случайные процессы со счетным множеством состояний бывают двух типов: c дискретным или непрерывным временем.
Для того, чтобы описать Наш случайный процесс в системе с непрерывным временем необходимо прежде всего проанализировать причины, вызывающие изменение состояния системы. Эти причины определяются потоком как бы специфических заявок в виде молекул нужных для начала транскрипции, окружающих эту точку в системе под скромным названием ДНК.
Именно поэтому в параграфе 94 на рисунке явно представлен этот горб вероятности для наглядности закрашенный красным цветом зари ... показывающий что именно в этой точке (как бы начале процесса) и сосредотачиваются необходимые молекулярные вещества ... а ВОТ почему именно тут, это уже из другой песни ... мы пока только фиксируем это явно неслучайное событие ...
Так что мы пока далеко не ушли в этом видение от видения этих процессов как у ППГ...

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 17:52 #115

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mishabara написал(а):
по третьему пункту ... вообще фантастика прыжки в вакууме? и что является толчком к этому ...
в каком вакукуме? вы представляете себе консистенцию клеточного ядра? это как суп со спагетти, в котором очень мало воды. спагетти - символизирует ДНК. на ДНК сидят белки и двигаются вдоль нее, а когда две части спагетти образуют петлю и соприкасаются (что довольно часто в супе) белки перепрыгивают с одного участка ДНК на другой. вы почитайте внимательно статью или хотя бы картинки посмотрите если не можете по английски

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 17:53 #116

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mishabara написал(а):
по первому пункту .... с помощью каких физических процессов это происходит ...
там же ссылки в статье приведены.

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 17:55 #117

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mishabara написал(а):
по второму пункту .... с помощью каких физических принципов и как они выбирают направление тоже интересно ..
аналогично - все расписано, и даны ссылки.

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 17:57 #118

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
И учтите это тоже только гипотезы и гипотезы ...
там по ссылкам экспериментальные работы, так что это не гипотезы (по крайней мере пункты 1-3)

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 18:41 #119

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Уважаемый mittelspiel
Естественно были просмотрены и ссылки на литературу, именно в них ПРОСТО зафиксировано в опытах варианты предположений как это происходит и дается общая схемы гопозезы происходящих процессов... с указанием того что это очевидно и вполне возможно ...
Однако процесс тут намного глубже и пересекается с вопросами когерентным резонансным переносом отвечающим по всей видимости за стыковку этих молекул и полимеров на последней стадии этих процессов.. см. параграф 141 ветки Транскрипция ДНК где Вы достаточно бодро отмахивались как и от митогенетических лучей так и от принципиальной возможности молекул и полимеров аккумулировать энергию так и сбрасывать ее. Мотивируя свое предположение обязательным наличием сокровенной молекулы особого вида, забывая тот факт что промышленные лазаари на подобные явления не реагируют и работают себе до сих пор. Ведь вопрос не в конфигурации самой молекулы а как ее возбудить и каким сигналом осуществить сброс ... У Нашего Великого ППГ это вроде получилось. Жалко, что ППГ эти явления пытается описать с привлечением темных сил и энергий... Однако это можно описать и более простым способом, тем более что можно проверить и экспериментально ... и не только на яблоках ...
Насчет супа это конечно хорошо Вы предложили, но жидкость все таки там есть и ЭМ составляющую тоже надо учитывать, так как в этих процессах она та и играет основную роль ...
ps
Учтите, что это почти правда
На физико-математическом семинаре Карапет Аганесян при помощи шарика и напёрстков опроверг теорию вероятности!

Проблемы молекулярной и системной биологии 09 Янв 2011 19:05 #120

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
Естественно были просмотрены и ссылки на литературу
все-таки не прочитали, я так и знал... а что их просматривать, их читать надо. как вы там без знания английского живете? кажется я догадался зачем вы держитесь за ППГ. он хоть какой-никакой, а биолог. а с профессионалами местными вы общаться не можете по причине незнания английского потому как вся литература на английском а вы его не знаете. угадал?
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум