Ключевое слово
18 | 10 | 2019
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Проблемы молекулярной и системной биологии

Проблемы молекулярной и системной биологии 28 Нояб 2010 12:50 #1

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Это нейтральная ветка. Для критическоего осмысления. Без требований экспериментального подтверждения или практического выхода, чисто концептуальные проблемы. Что современная наука не может понять? Движется не туда? В этой ветке только академически-вежливое общение пожалуйста.

Проблемы молекулярной и системной биологии 28 Нояб 2010 15:38 #2

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Будем надеяться что так и будет ..
Сразу же первый вопрос... Получается что Китайские студенты... введя добавочное шифрованное сообщение в ДНК и не нарушив последовательность генов сразу же задала неординарный вопрос, а именно эти участки (шифрованные) будут ли участвовать в работе... и как они будут отсеиваться в дальнейшем ...
Второй вопрос если в ДНК таким же способом ввести эти спорные последовательности на которые так указывает ППГ, клетка будет дальше жить или произойдет нечто странное... и она разрушится ...

Проблемы молекулярной и системной биологии 28 Нояб 2010 16:16 #3

  • PauLita
  • PauLita's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Рыцарь Желтого Ведерка
  • Posts: 7123
  • Thank you received: 28
  • Karma: 7
J.C. Biro, Seven fundamental, unsolved questions in molecular biology..., Medical Hypotheses (2004) 63, 951–962: The gene-centric, reductionistical side of molecular biology is reviewed and seven problems are formulated, each indicating the insufficiency of the ‘‘central dogma’’. The following is concluded and suggested:
1. Genes are located and expressed on both DNA strands;
2. Introns are the source of important biological regulation and diversity;
3. Repeats are the frame of the chromatin structure and participate in the chromatin regulation;
4. The molecular accessibility of the canonical dsDNA structure is poor;
5. The genetic code is co-evolved with the amino acids and there is a stereochemical matching between the codes and amino acids;
6. The flow of information between nucleic acids and proteins is bi-directional and reverse translation might exist;
7. Complex genetic information is always carried and stored by nucleic acids and proteins together.
Пожалуйста помогите Алисе, жертве опытов Петра Петровича Гаряева: vk.com/id11904625

Проблемы молекулярной и системной биологии 28 Нояб 2010 17:02 #4

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
эти спорные последовательности на которые так указывает ППГ
На какие последовательности он указывает?

Проблемы молекулярной и системной биологии 28 Нояб 2010 18:21 #5

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Вот что смущает нашего славного учителя и мучителя современной генетики ППГ взято с соседней ветки 439 параграф ...
ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОД
Ф. Крик, М. Ниренберг
1964 г. Январь Т. LXXXII, вып. 1. УСПЕХИ ФИЗИЧЕСКИХ НАУК. ФИЗИКА НАШИХ ДНЕЙ 576.1 + 547.963.3 ufn.ru/ufn64/ufn64_1/Russian/r641c.pdf
Цитирую:
«Поли-U кодирует в основном фенилаланин. Белок, синтезируемый поли-U, состоит не только из лейцина, но и из фенилаланина, причем на каждую молекулу лейцина приходится 20—30 молекул фенилаланина. При отсутствии в растворе фенилаланина поли-U использует лейцин в количестве, равном половине обычно используемого количества фенилаланина. Молекулярное объяснение этой неопределенности неизвестно».
Смотрим в святцы, т.е. в таблицу генетического кода, основанную НА ЭКСПЕРИМЕНТАХ, и видим:
UUU (Phe/F)Фенилаланин
UUC (Phe/F)Фенилаланин
UUA (Leu/L)Лейцин
UUG (Leu/L)Лейцин
Иными словами, если верить канон-таблице, РНК поли-U (аналог mРНК) должна в бесклеточной системе синтеза белка кодировать ТОЛЬКО фенилаланин, чего на самом деле НЕТ. Уже этого достаточно, чтобы убедиться в неточности таблицы и, соответственно, триплетной модели белкового кода. Эта маленькая фенилаланин-лейциновая неприятность уже привела нас к опасному идиотизму ГМ продуктов питания – грядущему пангенетическому коллапсу всего Живого на Земле.
Добавлю. In vivo UUU триплет кодирует, тем не менее, однозначно. Или фенилаланин, или лейцин

Проблемы молекулярной и системной биологии 29 Нояб 2010 03:18 #6

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23939
  • Thank you received: 144
  • Karma: 5
Чукча не из Сибири написал(а):
Сразу же первый вопрос...
Ну что сказать? Скажу, что пропала квартира ветка. Неужели нельзя хоть в одной ветке удержаться от набившего оскомину обсуждения триплетной модели Крика. К системной биологии это вообще не относится, даже если бы код действительно был неоднозначен имхо. Вот я Вам напишу систему из десяти нелинейных дифуров и попрошу описать свойства системы, и это уже будет трудно сделать. А в биологии у нас размерность системы порядка десятки если не сотни тысяч. Как описывать поведение таких систем? Как предсказать функциональный эффект точечной мутации, например? Вот в чем мне кажется состоит глобальная задача.

Проблемы молекулярной и системной биологии 29 Нояб 2010 03:39 #7

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
В этом случае можно говорить о применение другой ветки математики, например метод групповых аргументов, снизить размерность, и так далее ...

Проблемы молекулярной и системной биологии 29 Нояб 2010 18:19 #8

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
PP написал(а):
Как предсказать функциональный эффект точечной мутации, например? Вот в чем мне кажется состоит глобальная задача.
Если мутация в регуляторной (некодирующей) последовательности ДНК, то функциональный эффект сводится к изменение константы связывания соответствующих белков с ДНК, можно пытаться просчитывать. Если мутация в кодирующей последовательности, то структуру измененного белка который она кодировала надо смотреть (пытаться фолдинг делать или выравнивание последовательностей). Третий вариант тупой экспериментальный перебор миллионов вариантов (рандомизированные библиотеки пептидов смотрят например методом масс-спектроскопии).

Вы правы конечно, тривиального решения задача не имеет на сегодня

Проблемы молекулярной и системной биологии 29 Нояб 2010 20:58 #9

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23939
  • Thank you received: 144
  • Karma: 5
mittelspiel написал(а):
Если мутация в кодирующей последовательности, то структуру измененного белка который она кодировала надо смотреть
И это только первый этап! Положим мы точно предсказали новую структуру белка и точно узнали изменения кинетики всех реакций протекающих с данным белком. Есть ли у нас математический аппарат, чтобы конвертировать эти знания в предсказания на физиологическом уровне? Похожая задача возникает и в анализе спектра мутаций в раковых клетках. Как отделить passengers from drivers? Там наверное немного полегче задача, но все равно за пределами сегодняшних возможностей и в основном решается эмпирикой, а не теоретическими моделями.

Проблемы молекулярной и системной биологии 29 Нояб 2010 23:02 #10

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38111
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
mittelspiel написал(а):
Если мутация в регуляторной (некодирующей) последовательности ДНК, то функциональный эффект сводится к изменение константы связывания соответствующих белков с ДНК, можно пытаться просчитывать
Неужели только этим ограничивается роль некодирующих 98% длины ДНК?

Проблемы молекулярной и системной биологии 30 Нояб 2010 03:53 #11

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
mittelspiel написал(а):
Если мутация в регуляторной (некодирующей) последовательности ДНК, то функциональный эффект сводится к изменение константы связывания соответствующих белков с ДНК, можно пытаться просчитывать
Давайте сократим задачу. Клетка организма (оплодотворенная) первая.
1. Первое деление .. ДНК у них по составу одинаковые. Но в них произошли изменения (экзоны)
2. Как это произошло, каким способом (надо учитывать что кроме теломеразы перезапись произошла и на других участках), где зашит механизм этого действия.
3.Роль мембранных пор были ли изменения в них ... (согласно постулатов Фантомной теории это кнопки управления и могущие быть перепрограммированными на вход выход сигналов) ...
...
ну и так далее ... а только потом к белкам для связывание ...
ps
почти как тут ..
Мужчина - не спирт, разведённый крепости не теряет

Проблемы молекулярной и системной биологии 30 Нояб 2010 17:51 #12

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча не из Сибири написал(а):
3.Роль мембранных пор были ли изменения в них ... (согласно постулатов Фантомной теории это кнопки управления и могущие быть перепрограммированными на вход выход сигналов) ...
а поры при чем тут?

Проблемы молекулярной и системной биологии 30 Нояб 2010 17:55 #13

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
PP написал(а):
И это только первый этап! Положим мы точно предсказали новую структуру белка и точно узнали изменения кинетики всех реакций протекающих с данным белком. Есть ли у нас математический аппарат, чтобы конвертировать эти знания в предсказания на физиологическом уровне?

в основном решается эмпирикой, а не теоретическими моделями.
имхо математического аппарата предостаточно (там дальше банальной алгебры и дифуров обычно дело не идет)

а эмпирику для того чтобы проанализировать сегодня математика нужна, тк типичный эксперимент выдает на выходе миллионы цифр

Проблемы молекулярной и системной биологии 30 Нояб 2010 18:03 #14

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Хайдук написал(а):
Неужели только этим ограничивается роль некодирующих 98% длины ДНК?
под кодирующими я понимаю те что кодируют белки или регуляторные РНК молекулы.
соответственно, если не кодирует РНК, то единственная известный нам роль - участвует в связывании белков. Поскольку де факто вся ДНК в хроматине связана с белками, то роль эта не маленькая.

Проблемы молекулярной и системной биологии 30 Нояб 2010 21:34 #15

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38111
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
mittelspiel написал(а):
под кодирующими я понимаю те что кодируют белки или регуляторные РНК молекулы
Последние суть зеркальное копие соответствующих участков ДНК или как? Каков процент таких ДНК-участков и ихние РНК молекулы какие процессы регулируют?

mittelspiel написал(а):
вся ДНК в хроматине связана с белками
Значит, если повырезать или поменять порядок/состав таких заведомо некодирующих участков, данному геному как целому не здобровать?
А я думал, что некодирующие участки каким-то образом оказывают управляющие воздействия на биохимию. Хотя как могут воздействовать, если не ныряют в пучину биохимических pathways?

Проблемы молекулярной и системной биологии 30 Нояб 2010 21:52 #16

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23939
  • Thank you received: 144
  • Karma: 5
mittelspiel написал(а):
имхо математического аппарата предостаточно (там дальше банальной алгебры и дифуров обычно дело не идет)
А Вы попробуйте понять свойства даже идеальной системы состоящей из 10000 дифуров, добрая доля которых будет еще и нелинейной. Это, как мне кажется, будет похожим на попытку решения термодинамических задач методом записи уравнений Ньютона для каждой молекулы газа в отдельности.

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 03:53 #17

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
mittelspiel написал ...
а поры при чем тут?
Вы что серьезно думаете, что отсутствует промежуточная запись информации... прежде чем клетка сможет разделиться, она должна удвоить свою массу и удвоить все свои компоненты...
где то должен находится счетчик циклов , это если грубо говоря о теломеразе ...
далее экзоны при размножении клетки меняются или нет ... роль цитоскилета существенна или нет , если это не миф и цитоскилет участвует в организации работы, тогда он то и начинается на мембранных порах и включается как регулятор моторных белков ...
мембранные поры этих первых разделившихся клеток и взаимодействуют между собой, организация эту первичную связь и наверно в дальнейшем расширяя функции чтения или активизации построения самой клетки (в дальнейшем) .. черпая информацию с ДНК об организации новых белков и связей .... надеюсь в этом случае становится очевидным что эти электромагнитные взаимодействия и будут определяющими для развития организма (вот порождать их могут и активационные молекулы из внешней среды, так и электромагнитные колебания ... т.е. форма взаимодействия по ВГ ППГ)
РР написал ...
А Вы попробуйте понять свойства даже идеальной системы состоящей из 10000 дифуров, добрая доля которых будет еще и нелинейной. Это, как мне кажется, будет похожим на попытку решения термодинамических задач методом записи уравнений Ньютона для каждой молекулы газа в отдельности.
Это если смотреть на это изнутри процесса, а если снаружи, то вполне возможно и обобщения ... Ваш пример типа следующего в стакане есть жидкость и вы хотите расписать все уравнения движения этих молекул, что бы понять что происходит ... , а если посмотреть этот же процесс со стороны, то стакан стоит на плите и скоро закипит ... то есть можно воспользоватся и формулами термодинамики ... определить крайние точки процесса ... и так последовательно добирать и до траекторий отдельных молекул, хотя они могут быть и в движении нелинейны ...

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 07:23 #18

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23939
  • Thank you received: 144
  • Karma: 5
Чукча не из Сибири написал(а):
то есть можно воспользоватся и формулами термодинамики
Вот в Биологии и не хватает таких общих принципов позволяющих оценивать системный эффект локальных пертурбаций (например точечных мутаций). Поэтому народ и строит всякие статистические модели на основе pathway's topology, но практическая польза от такого подхода сильно ограничена.

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 09:16 #19

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Хайдук написал(а):
Последние суть зеркальное копие соответствующих участков ДНК или как? Каков процент таких ДНК-участков и ихние РНК молекулы какие процессы регулируют?
Нет не зеркальные коппи. Есть масса всяких РНК которые могут связываться в хроматине с ДНК и с белками и регулировать, разные механизмы есть. Каков процент никто чейчас не скажет, но грубая оценка - их число соизмеримо с теми которые кодируют обычные белки

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 09:17 #20

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
PP написал(а):
всякие статистические модели на основе pathway's topology, но практическая польза от такого подхода сильно ограничена.
согласен

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 09:19 #21

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
# Автор: Чукча не из Сибири, а поры при чем?

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 16:00 #22

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
Это расписано в следствии 4.1 Постулатов фантомной Теории ... а именно связанным с действием эффекта Ааронова-Бома на специализированным белках мембранных пор ...
Именно на них как кнопочных регуляторах можно строить многое ... (их там около 400 тысяч)
ps
вариант для сравнения ...
На экзамене по диалектическому материализму:
- Приведите пример единства и борьбы противоположностей.
- Прокурор-взяточник.

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 19:25 #23

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Хайдук написал(а):
Значит, если повырезать или поменять порядок/состав таких заведомо некодирующих участков, данному геному как целому не здобровать?
А я думал, что некодирующие участки каким-то образом оказывают управляющие воздействия на биохимию. Хотя как могут воздействовать, если не ныряют в пучину биохимических pathways?
Ну допустим некодирующий сдержал сайт связывания на который садился белок который рекрутировал другой белок который активировал транскрипцию с соседнего кодирующего участка. естественно если некодирующий убрать то кодирующий читаться тоже не будет
Last Edit: 12 Окт 2015 14:28 by Vladimirovich.

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 20:20 #24

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
mittelspiel написал ...
Ну допустим некодирующий сдержал сайт связывания на который садился белок который рекрутировал другой белок который активировал транскрипцию с соседнего кодирующего участка. естественно если некодирующий убрать то кодирующий читаться тоже не будет
Эта связка взаимодействия жесткая или появляется когда хочет (то есть случайно)...
Если она не случайна, то она связана с цитоскелетом, и тогда она должна быть однозначна связана с мембранными порами где и должен осуществляться запуск этого процесса ...
если это случайное событие ... то тогда весь мир хаос и клетка не сможет функционировать как программный автомат ...
ps
вариант для сравнения ...
- А колобка за что расстреляли?
- Было бы за что - повесили бы.

Проблемы молекулярной и системной биологии 01 Дек 2010 21:31 #25

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23939
  • Thank you received: 144
  • Karma: 5
Чукча не из Сибири написал(а):
Если она не случайна, то она связана с цитоскелетом, и тогда она должна быть однозначна связана с  мембранными порами где и должен осуществляться запуск этого процесса ...
На основании чего Вы это утверждаете? Только не надо про постулаты писать, иначе дискуссии точно не получится. Я не биолог, но согласно тому, что я знаю для связывания белка с днк нужно
1) Чтобы кусок днк был свободен для связывания
2) Чтобы были в наличие белок и вспомогательные белки осуществляющие связывание
Если мы говорим о клетке, а не искусственной системе, то это значит, что нужный кусок днк должен быть расплетен, и что в клетке должен быть экспрессирован белок и вспомогательные белки. Возможно, что процесс запускается внешним сигналом, который передается от мембраны, но может идти и внутреклеточный процесс (например автоколебания ионной концентрации итд). Непонятно, почему Вы придаете такое внимание процессам на мембране. Обычно механизм запуска процесса более или менее изучен (что-нибудь фосфорилируется, отрезается итд), а вот понять, как идет последующий каскад реакций, и как он зависит от генетики гораздо сложнее и важнее. Именно это и пытается выяснить системная биология имхо. И чтобы понять этот процесс, у нас пока нет подходящей теоритической базы, но зато мы много чего можем мерять экспериментально в последнее время.

Проблемы молекулярной и системной биологии 02 Дек 2010 01:25 #26

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38111
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
РР, не принимайте близко к сердцу, Миша мифологизирует as usual and customary
. Если дочитали до эффекта Ааронова-Бома, значит читать не стоило

Проблемы молекулярной и системной биологии 02 Дек 2010 03:47 #27

  • mishabara
  • mishabara's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 1177
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
Хайдук написал(а):
РР, не принимайте близко к сердцу, Миша мифологизирует as usual and customary
Петр, мифология это часть реальной действительности, только более красочно описываемая ...

PP написал(а):
На основании чего Вы это утверждаете?
Вот в этой работе «Внутриклеточный транспорт. Принципы регуляции.» А.Минин,А.Кулик для анализа цитоскелета клектки. www.inbi.ras.ru/ubkh/44/minin.pdf из Института Белка РАН специалисты в этой области в 2004 году достаточно красиво описали эти процессы ...
В приложении к нашим проблемам показана и описана среда в которой происходят все эти действия и возможности моторных белков , надмолекулярных комплексов к ТОНКОЙ РЕГУЛЯЦИИ их активности. Что становится очевидным и возможность управления этими процессами и другими способами, используя особенности этих мембранных пор. Для упрощения считайте этот цитоскилет сборищем микро капилляров с некой жидкостью, а мембранные поры регулирующими клапанами , в результате их открытия закрытия жидкость может двигаться в нужном направлении... А под жидкостью учитывая тонкий юмор нашего Твердого Орешка.... и есть этот сигнал для контакта с нужной частью ДНК ... для запуска процесса под названием Х-процесса .... не путать с новым состоянием вещества , хотя некоторая аналогия и напрашивается ...
Last Edit: 12 Окт 2015 14:27 by Vladimirovich.

Проблемы молекулярной и системной биологии 02 Дек 2010 06:28 #28

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23939
  • Thank you received: 144
  • Karma: 5
mishabara написал(а):
Вот в этой работе «Внутриклеточный транспорт.
Спасибо за ссылку, но там 38 страниц. Вы привидите пожалуйста цитату обосновывающую Ваше утверждение.

Проблемы молекулярной и системной биологии 02 Дек 2010 16:25 #29

  • Автор: Чукча не из Сибири
  • Автор: Чукча не из Сибири's Avatar
РР написал
Вы привидите пожалуйста цитату обосновывающую Ваше утверждение.
Это Вы про мифологию спрашиваете или про что ...
ps
Почти как тут ..
Нашёл мужик лампу, потёр её. Из лампы вылез джин:
- Я джин, и я исполню три твоих любых желания!
- Хочу много денег!
Сказано - сделано.
- Хочу много женщин!
И это исполнил джин.
- Хочу ещё три желания!
- Э, нет. Этого я сделать не могу. Один джин может исполнить только три желания.
- Ну, тогда хочу ещё джинов!

Проблемы молекулярной и системной биологии 02 Дек 2010 17:26 #30

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23939
  • Thank you received: 144
  • Karma: 5
Чукча не из Сибири написал(а):
Это Вы про мифологию спрашиваете или про что ...
Вопрос вполне четко сформулирован, но могу и повторить, для особо одаренных

mittelspiel написал(а):
Ну допустим некодирующий сдержал сайт связывания на который садился белок который рекрутировал другой белок который активировал транскрипцию с соседнего кодирующего участка. естественно если некодирующий убрать то кодирующий читаться тоже не будет
Чукча не из Сибири написал(а):
Если она не случайна, то она связана с цитоскелетом, и тогда она должна быть однозначна связана с  мембранными порами где и должен осуществляться запуск этого процесса
Почему взаимодействие белка с ДНК, которое в ядре клетки происходит, должно быть однозначно свазанно с мембранными порами? Дайте конкретные цитаты обосновывающие это Ваше утврждение.
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум