Это нейтральная ветка. Для критическоего осмысления. Без требований экспериментального подтверждения или практического выхода, чисто концептуальные проблемы. Что современная наука не может понять? Движется не туда? В этой ветке только академически-вежливое общение пожалуйста.

Будем надеяться что так и будет ..
Сразу же первый вопрос... Получается что Китайские студенты... введя добавочное шифрованное сообщение в ДНК и не нарушив последовательность генов сразу же задала неординарный вопрос, а именно эти участки (шифрованные) будут ли участвовать в работе... и как они будут отсеиваться в дальнейшем ...
Второй вопрос если в ДНК таким же способом ввести эти спорные последовательности на которые так указывает ППГ, клетка будет дальше жить или произойдет нечто странное... и она разрушится ...

Чукча не из Сибири написал(а):На какие последовательности он указывает?

Вот что смущает нашего славного учителя и мучителя современной генетики ППГ взято с соседней ветки 439 параграф ...

Чукча не из Сибири написал(а):Ну что сказать? Скажу, что пропала квартира ветка. Неужели нельзя хоть в одной ветке удержаться от набившего оскомину обсуждения триплетной модели Крика. К системной биологии это вообще не относится, даже если бы код действительно был неоднозначен имхо. Вот я Вам напишу систему из десяти нелинейных дифуров и попрошу описать свойства системы, и это уже будет трудно сделать. А в биологии у нас размерность системы порядка десятки если не сотни тысяч. Как описывать поведение таких систем? Как предсказать функциональный эффект точечной мутации, например? Вот в чем мне кажется состоит глобальная задача.

В этом случае можно говорить о применение другой ветки математики, например метод групповых аргументов, снизить размерность, и так далее ...

PP написал(а):Если мутация в регуляторной (некодирующей) последовательности ДНК, то функциональный эффект сводится к изменение константы связывания соответствующих белков с ДНК, можно пытаться просчитывать. Если мутация в кодирующей последовательности, то структуру измененного белка который она кодировала надо смотреть (пытаться фолдинг делать или выравнивание последовательностей). Третий вариант тупой экспериментальный перебор миллионов вариантов (рандомизированные библиотеки пептидов смотрят например методом масс-спектроскопии).

Вы правы конечно, тривиального решения задача не имеет на сегодня

mittelspiel написал(а):И это только первый этап! Положим мы точно предсказали новую структуру белка и точно узнали изменения кинетики всех реакций протекающих с данным белком. Есть ли у нас математический аппарат, чтобы конвертировать эти знания в предсказания на физиологическом уровне? Похожая задача возникает и в анализе спектра мутаций в раковых клетках. Как отделить passengers from drivers? Там наверное немного полегче задача, но все равно за пределами сегодняшних возможностей и в основном решается эмпирикой, а не теоретическими моделями.

mittelspiel написал(а):Неужели только этим ограничивается роль некодирующих 98% длины ДНК?

Давайте сократим задачу. Клетка организма (оплодотворенная) первая.
1. Первое деление .. ДНК у них по составу одинаковые. Но в них произошли изменения (экзоны)
2. Как это произошло, каким способом (надо учитывать что кроме теломеразы перезапись произошла и на других участках), где зашит механизм этого действия.
3.Роль мембранных пор были ли изменения в них ... (согласно постулатов Фантомной теории это кнопки управления и могущие быть перепрограммированными на вход выход сигналов) ...
...
ну и так далее ... а только потом к белкам для связывание ...
ps
почти как тут ..
Мужчина - не спирт, разведённый крепости не теряет

Чукча не из Сибири написал(а):а поры при чем тут?

PP написал(а):имхо математического аппарата предостаточно (там дальше банальной алгебры и дифуров обычно дело не идет)

а эмпирику для того чтобы проанализировать сегодня математика нужна, тк типичный эксперимент выдает на выходе миллионы цифр

Хайдук написал(а):под кодирующими я понимаю те что кодируют белки или регуляторные РНК молекулы.
соответственно, если не кодирует РНК, то единственная известный нам роль - участвует в связывании белков. Поскольку де факто вся ДНК в хроматине связана с белками, то роль эта не маленькая.

mittelspiel написал(а):Последние суть зеркальное копие соответствующих участков ДНК или как? Каков процент таких ДНК-участков и ихние РНК молекулы какие процессы регулируют?

mittelspiel написал(а):Значит, если повырезать или поменять порядок/состав таких заведомо некодирующих участков, данному геному как целому не здобровать? А я думал, что некодирующие участки каким-то образом оказывают управляющие воздействия на биохимию. Хотя как могут воздействовать, если не ныряют в пучину биохимических pathways?

mittelspiel написал(а):А Вы попробуйте понять свойства даже идеальной системы состоящей из 10000 дифуров, добрая доля которых будет еще и нелинейной. Это, как мне кажется, будет похожим на попытку решения термодинамических задач методом записи уравнений Ньютона для каждой молекулы газа в отдельности.

mittelspiel написал ...
Вы что серьезно думаете, что отсутствует промежуточная запись информации... прежде чем клетка сможет разделиться, она должна удвоить свою массу и удвоить все свои компоненты...
где то должен находится счетчик циклов , это если грубо говоря о теломеразе ...
далее экзоны при размножении клетки меняются или нет ... роль цитоскилета существенна или нет , если это не миф и цитоскилет участвует в организации работы, тогда он то и начинается на мембранных порах и включается как регулятор моторных белков ...
мембранные поры этих первых разделившихся клеток и взаимодействуют между собой, организация эту первичную связь и наверно в дальнейшем расширяя функции чтения или активизации построения самой клетки (в дальнейшем) .. черпая информацию с ДНК об организации новых белков и связей .... надеюсь в этом случае становится очевидным что эти электромагнитные взаимодействия и будут определяющими для развития организма (вот порождать их могут и активационные молекулы из внешней среды, так и электромагнитные колебания ... т.е. форма взаимодействия по ВГ ППГ)
РР написал ...
Это если смотреть на это изнутри процесса, а если снаружи, то вполне возможно и обобщения ... Ваш пример типа следующего в стакане есть жидкость и вы хотите расписать все уравнения движения этих молекул, что бы понять что происходит ... , а если посмотреть этот же процесс со стороны, то стакан стоит на плите и скоро закипит ... то есть можно воспользоватся и формулами термодинамики ... определить крайние точки процесса ... и так последовательно добирать и до траекторий отдельных молекул, хотя они могут быть и в движении нелинейны ...

Чукча не из Сибири написал(а):Вот в Биологии и не хватает таких общих принципов позволяющих оценивать системный эффект локальных пертурбаций (например точечных мутаций). Поэтому народ и строит всякие статистические модели на основе pathway's topology, но практическая польза от такого подхода сильно ограничена.

Хайдук написал(а):Нет не зеркальные коппи. Есть масса всяких РНК которые могут связываться в хроматине с ДНК и с белками и регулировать, разные механизмы есть. Каков процент никто чейчас не скажет, но грубая оценка - их число соизмеримо с теми которые кодируют обычные белки

PP написал(а):согласен

# Автор: Чукча не из Сибири, а поры при чем?

Это расписано в следствии 4.1 Постулатов фантомной Теории ... а именно связанным с действием эффекта Ааронова-Бома на специализированным белках мембранных пор ...
Именно на них как кнопочных регуляторах можно строить многое ... (их там около 400 тысяч)
ps
вариант для сравнения ...
На экзамене по диалектическому материализму:
- Приведите пример единства и борьбы противоположностей.
- Прокурор-взяточник.

Хайдук написал(а):Ну допустим некодирующий сдержал сайт связывания на который садился белок который рекрутировал другой белок который активировал транскрипцию с соседнего кодирующего участка. естественно если некодирующий убрать то кодирующий читаться тоже не будет

mittelspiel написал ...
Эта связка взаимодействия жесткая или появляется когда хочет (то есть случайно)...
Если она не случайна, то она связана с цитоскелетом, и тогда она должна быть однозначна связана с мембранными порами где и должен осуществляться запуск этого процесса ...
если это случайное событие ... то тогда весь мир хаос и клетка не сможет функционировать как программный автомат ...
ps
вариант для сравнения ...
- А колобка за что расстреляли?
- Было бы за что - повесили бы.

Чукча не из Сибири написал(а):На основании чего Вы это утверждаете? Только не надо про постулаты писать, иначе дискуссии точно не получится. Я не биолог, но согласно тому, что я знаю для связывания белка с днк нужно
1) Чтобы кусок днк был свободен для связывания
2) Чтобы были в наличие белок и вспомогательные белки осуществляющие связывание
Если мы говорим о клетке, а не искусственной системе, то это значит, что нужный кусок днк должен быть расплетен, и что в клетке должен быть экспрессирован белок и вспомогательные белки. Возможно, что процесс запускается внешним сигналом, который передается от мембраны, но может идти и внутреклеточный процесс (например автоколебания ионной концентрации итд). Непонятно, почему Вы придаете такое внимание процессам на мембране. Обычно механизм запуска процесса более или менее изучен (что-нибудь фосфорилируется, отрезается итд), а вот понять, как идет последующий каскад реакций, и как он зависит от генетики гораздо сложнее и важнее. Именно это и пытается выяснить системная биология имхо. И чтобы понять этот процесс, у нас пока нет подходящей теоритической базы, но зато мы много чего можем мерять экспериментально в последнее время.

РР, не принимайте близко к сердцу, Миша мифологизирует as usual and customary . Если дочитали до эффекта Ааронова-Бома, значит читать не стоило

Хайдук написал(а):Петр, мифология это часть реальной действительности, только более красочно описываемая ...

PP написал(а):Вот в этой работе «Внутриклеточный транспорт. Принципы регуляции.» А.Минин,А.Кулик для анализа цитоскелета клектки. www.inbi.ras.ru/ubkh/44/minin.pdf из Института Белка РАН специалисты в этой области в 2004 году достаточно красиво описали эти процессы ...
В приложении к нашим проблемам показана и описана среда в которой происходят все эти действия и возможности моторных белков , надмолекулярных комплексов к ТОНКОЙ РЕГУЛЯЦИИ их активности. Что становится очевидным и возможность управления этими процессами и другими способами, используя особенности этих мембранных пор. Для упрощения считайте этот цитоскилет сборищем микро капилляров с некой жидкостью, а мембранные поры регулирующими клапанами , в результате их открытия закрытия жидкость может двигаться в нужном направлении... А под жидкостью учитывая тонкий юмор нашего Твердого Орешка.... и есть этот сигнал для контакта с нужной частью ДНК ... для запуска процесса под названием Х-процесса .... не путать с новым состоянием вещества , хотя некоторая аналогия и напрашивается ...

mishabara написал(а):Спасибо за ссылку, но там 38 страниц. Вы привидите пожалуйста цитату обосновывающую Ваше утверждение.

РР написал
Это Вы про мифологию спрашиваете или про что ...
ps
Почти как тут ..
Нашёл мужик лампу, потёр её. Из лампы вылез джин:
- Я джин, и я исполню три твоих любых желания!
- Хочу много денег!
Сказано - сделано.
- Хочу много женщин!
И это исполнил джин.
- Хочу ещё три желания!
- Э, нет. Этого я сделать не могу. Один джин может исполнить только три желания.
- Ну, тогда хочу ещё джинов!

Чукча не из Сибири написал(а):Вопрос вполне четко сформулирован, но могу и повторить, для особо одаренных

mittelspiel написал(а):Чукча не из Сибири написал(а):Почему взаимодействие белка с ДНК, которое в ядре клетки происходит, должно быть однозначно свазанно с мембранными порами? Дайте конкретные цитаты обосновывающие это Ваше утврждение.