Вот если бы информация произвольно писалась на каждую цепочку ДНК, как на плёнку старого катушечного магнитофона, верхняя дорожка записана самостоятельно и считывается при прокрутке плёнки в единственную сторону, а нижняя дорожка пишется самостоятельно, когда бобину перевернёшь и эта дорожка станет верхней. В магнитофонной ленте важно, что каждая дорожка пишется самостоятельно, вот тут можно синхронизировать стартовые позиции информационных фрагментов на обеих дорожках, добавив несколько тактов паузы на ту, где более короткий фрагмент. А в ДНК вторая дорожка пишется одновременно с первой, только сигнал в ней в противофазе относительно сигнала на первой, там где на первой ноль, на второй единица и наоборот, ну и что что нолей и единиц два вида, ведь это не принципиально. То есть запись в ДНК это не аналог двухпроходной монозаписи, а аналог стереозаписи, скорее даже псевдостерео (кто знает, там фаза в одном канале сдвигается относительно другого канала). Никто не пробовал слушать магнитофонную запись задом наперёд, когда плёнку не той стороной к головке прижимаешь при воспроизведении, я слушал - дурнина ещё та, например, правильном воспроизведении слышим мелодичную Калинку, а при инверсном воспроизведении даже тяжёлый рок отдыхает. Так вот в ДНК эта самая информационная дурнина - (комплементарная цепочка ДНК, в которой фаза сдвинута на 180градусов и воспроизводится задом наперёд) воспринимается в дальнейшем как значимая для организма информация. И начала значимых фрагментов в разных цепочках получаются сдвинутыми не на один- два шага, а на изрядную часть значимого фрагмента (гена). Существует не только проблема выбора нужного фрагмента, но и проблема информационной нагрузки как таковой.
аналогия с магнитофонной лентой не подходит потому что в отличии от магнитофона, рнк-полимераза не может начать транскрипцию ДНК в произвольном месте. Она может начать транскрипцию только в том месте где есть сайт связывания рнк-полимеразы (промотер). а так же ряд других сайтов связывания других белков неподалеку. Далее, что такое РНК-полимераза? Это большой такой белковый комплекс, трехмерный, с виду похожий на ножницы или улитку с усиками. У нее есть перед и зад. И она передом только вперед двигаться может, а задом назад - как троллейбус, например. Но транскрибировать она может только передом вперед. Далее. Промотерная последовательность на ДНК ассимметрична. Расположение сайтов связывания на двойной спирали ДНК однозначно определяют ассимметрию (в какую сторону смотрит перед РНК-полимеразы при связывании до того как она еще начала транскрипцию). Потом соответственно это однозначно определяет направление транскрипции с данного промотера.
то есть там много кодов в днк записано помимо триплетного кода. один из кодов - сигнал позоционирования магнитной головки магнитофона - это достигается за счет клдироания сайтов связывания белков на днк
аналогия с магнитофонной лентой не подходит потому что в отличии от магнитофона, рнк-полимераза не может начать транскрипцию ДНК в произвольном месте. Она может начать транскрипцию только в том месте где есть сайт связывания рнк-полимеразы (промотер). а так же ряд других сайтов связывания других белков неподалеку. Далее, что такое РНК-полимераза? Это большой такой белковый комплекс, трехмерный, с виду похожий на ножницы или улитку с усиками. У нее есть перед и зад. И она передом только вперед двигаться может, а задом назад - как троллейбус, например. Но транскрибировать она может только передом вперед. Далее. Промотерная последовательность на ДНК ассимметрична. Расположение сайтов связывания на двойной спирали ДНК однозначно определяют ассимметрию (в какую сторону смотрит перед РНК-полимеразы при связывании до того как она еще начала транскрипцию). Потом соответственно это однозначно определяет направление транскрипции с данного промотера.
Уважанемый mittelspiel, я не совсем согласен с Вами, так как аналогия вполне подходящая, когда в ЭВМ использовали не дисковые, а ленточные накопители, на основе магнитной ленты, то начало считывания обозначалось, собственно как и сейчас на винчестере определённой комбинацией импульсов, так вот этот сигнал и можно рассматривать как стартовый кодон в ДНК, а сайт связывания РНК-полимеразы - это формирование считывающего узла (аналог считывающей головки), просто различие ДНК от плёнки в том, что последняя свёрнута в рулон и используется для считывания сигнала обычно одна головка (считывающий узел). А ДНК не свёрнута в бобину, а только в продольную спираль, но так как темп считывания информации не велик и не может обеспечить потребности системы живой клетки в информации, то решение абсолютно адекватное - увеличение числа считывающих узлов. Но мы уже усвоили, что РНК-полимераза может считывать информацию лишь однонаправленно, никаких возражений. Пусть цепочка А считывается справа налево, а цепочка В слева направо, это не вызывает никаких возражений - это принимается как системные ограничения, обязательные к исполнению.
Я-то речь о другом веду. Вернёмся к таблице в первом посте, на ней левая цепочка, обозначим её А, является первичной, так как на ней все фрагменты прописывались произвольно, потому и нет в ней мёртвых фрагментов, и эта цепочка пусть читается сверху вниз (по той же таблице). Цепочка справа (В) - вынужденно выстроена по принципу комплементарности, то есть в ней перевёрнута фаза сигнала на 180 градусов (А-Т, Г-Ц), в радиотехнике это выглядело бы (1-0, 1-0). Но цепочка В по правилам системных ограничений, о которых упоминали, будет считываться в противоположном направлении.
В итоге по первичной цепочке А прописана на представленном отрезке в 64 кодона информация о трёх пептидах 1-11; 12-15; 16-64.
По вторичной цепочке В будет следующая картина не известно что находится на позициях старше 64, но 57-36 записано два пептида (57-36 и 41-36); 35-11 - мёртвый фрагмент, 11- и меньше 1 до стоп-кодона ещё один или более чем один пептид записан.
Я-то речь о другом веду. Вернёмся к таблице в первом посте, на ней левая цепочка, обозначим её А, является первичной, так как на ней все фрагменты прописывались произвольно, потому и нет в ней мёртвых фрагментов, и эта цепочка пусть читается сверху вниз (по той же таблице). Цепочка справа (В) - вынужденно выстроена по принципу комплементарности, то есть в ней перевёрнута фаза сигнала на 180 градусов (А-Т, Г-Ц), в радиотехнике это выглядело бы (1-0, 1-0). Но цепочка В по правилам системных ограничений, о которых упоминали, будет считываться в противоположном направлении.
1. Почему в начале цикла эти молекулы достаточно маленькие, вообще то понятно, но почему они ближе к концу производственного цикла плавно увеличиваются и потом уменьшаются ... и это видно на всех участках фотографии.
Ну разберитесь что на фотографии
Уменьшаться молекулы РНК не могут, они последовательно увеличиваются по мере прохождения полимеразы вдоль гена.
В приведённых Вами ссылках не раскрывается механизм определения начала транскрипции, я не нашёл его там, хотя честно пытался найти. Кстати порадовался, что проблемы сходные с поднимаемыми мною думающих людей волнуют уже не первый год.
А относительно фото, я так понимаю, что каждая И-РНК является продуктом работы отдельной РНК-полимеразы, а уменьшение - это просто начало новых цепочек И-РНК, то есть новых циклов трансткрипции сдвинутых во времени, начавшиеся позже, чем те, которые нарастили уже длинную цепь И-РНК, ведь скорость трансткрипции по всей цепи ДНК примерно одна и та же.
А относительно фото, я так понимаю, что каждая И-РНК является продуктом работы отдельной РНК-полимеразы, а уменьшение - это просто начало новых цепочек И-РНК, то есть новых циклов трансткрипции сдвинутых во времени, начавшиеся позже, чем те, которые нарастили уже длинную цепь И-РНК, ведь скорость трансткрипции по всей цепи ДНК примерно одна и та же.
только учтите что начало транскрипции для каждой из этих полимераз находиится в одной и той же точке.
что касается данной фотографии, то насколько я понимаю, на ней участок кодирующий рибосомальную рнк - этот участок характерен тем, что состоит из нескольких отдельных генов следующих один за другим, кодирующих различные субъединицы рибосомы.
В приведённых Вами ссылках не раскрывается механизм определения начала транскрипции
ну я же в общих чертах рассказал. это выглядит грубо говоря в две стадии.
1) рнк-полимераза распознает промотер и связывается с ним. эта стадия однозначно определяет сайт старта транскрипции
2) образуется открытый комплекс (полимераза начинает расплетать двойную спираль) - эта стадия однозначно определяет направление транскрипции.
Одновременность транскрипции и трансляции у прокариот. Участок ДНК Escherichia coli пересекает электронную микрофотографию по горизонтали. Транскрипты мРНК видны по обе стороны от нити ДНК. Рибосомы прикрепились к мРНК и синтезируют белки (которые не видны). Следует отметить, что длина синтезируемых мРНК увеличивается слева направо: это указывает на направление транскрипции. (С любезного разрешения О. L. Miller. Jr.)
www.fidel-kastro.ru/biology/DevBioV1.htm
Как видно что транскрипция идет строго в одну сторону ... что и на рисунке из параграфа 19..
Под синхронностью вообще то понимается тут процесс как бы поступательных действий ... так как эти молекулы РНК начали получатся каждая из своего места но вид этих образований явно одинаков особенно из параграфа 19 (общий слепок как бы пера) что и накладывает мысль о их синхронизации в наращивание ... (не говоря о взаимовлиянии друг на друга )
только учтите что начало транскрипции для каждой из этих полимераз находиится в одной и той же точке.
Но начало из одной точки предполагает считывание одного и того же пакета информации, а клетке необходим всякий раз новый информационный блок, хотя это не исключает повторение пр необходимости одного и того же блока много-много раз. Или транскрипция идёт всякий раз с пропусками, как Бог полимеразе на душу положит?
mittelspiel написал(а):
ну я же в общих чертах рассказал. это выглядит грубо говоря в две стадии.
1) рнк-полимераза распознает промотер и связывается с ним. эта стадия однозначно определяет сайт старта транскрипции
2) образуется открытый комплекс (полимераза начинает расплетать двойную спираль) - эта стадия однозначно определяет направление транскрипции.
Я не хотел сразу поднимать скрытый в теме вопрос, но приходится. Где в клетке базируется разум (сознание) с памятью и прочими атрибутами, не обходимыми для адекватной работы, на основании действий которого происходит формирование всех вторичных локальных механизмов, включающих биохимию процесса транскрипции именно с необходимого участка ДНК.
Я не хотел сразу поднимать скрытый в теме вопрос, но приходится. Где в клетке базируется разум (сознание) с памятью и прочими атрибутами, не обходимыми для адекватной работы, на основании действий которого происходит формирование всех вторичных локальных механизмов, включающих биохимию процесса транскрипции именно с необходимого участка ДНК.
Примитивность понимания скрытого в теме вопроса можно успешно компенсировать введением постулата о МЗЧ (маленьких зеленых человечках), которые сидят в клетках на ключевых местах - на участках репликации мРНК, на рибосомах , на рамках считывания, на редактировании РНК, на процессинге и т.д. ... И СООБРАЖАЮТ... вместо WsK...
можно успешно компенсировать введением постулата о МЗЧ (маленьких зеленых человечках),
а может лучше так:
В нашем лазере важна его способность чувствовать оптическую активность биодонора. Проще говоря, ДНК, РНК, белки, как главные информ. структуры обладают Дисперсией Оптического Вращения и Круговым Дихроизмом. Они же динамичны в биосистемах и связаны с их структурно-функциональным состоянием, в т.ч. и с генетическим. Динамика ДОВ ген. структур - это динамика их спинов, т.е. они, спины, фактически являются волновым носителем генетико-метаболической информации. Короче, фотоны, сканирующие геном и метаболический пул Донора, записывают ген.-метабол. инф-ю Донора на модуляциях поляризации (спинах) и, попадая в геном Акцептора и в его метабол. пул, перепрограммируют Акцептора, навязывая ему, в частности, поляризационно-голографическую информацию. В этом и состоит суть перепрограммирований на уровне спин-торсионных взаимодействий Донор-Акцептор. Мы просто моделируем информационные волновые взаимодействия геномов и метабол. пулов клеток.
хоть и тупа, но тут попала в точку. Браво па улитка!
Геном с позиции квантовой физики есть суперпозиция когерентных спутанных (непроявленных) состояний, морфогенез – система «опредмечиваний» (проявлений) планов генома в процессе декогеренции-онтогенеза. Можно взглянуть даже шире. Фотоны света с позиций Волнового генома, проходя вблизи атомных вихревых шнуров, являющихся суперпозицией когерентных спутанных (непроявленных) состояний, – в зоне их тяготения, – в процессе декогеренции-онтогенеза притягиваются к ним (выталкиваются в сторону меньшего давления эфира) и огибают их.
Под синхронностью вообще то понимается тут процесс как бы поступательных действий ... так как эти молекулы РНК начали получатся каждая из своего места но вид этих образований явно одинаков особенно из параграфа 19 (общий слепок как бы пера) что и накладывает мысль о их синхронизации в наращивание ... (не говоря о взаимовлиянии друг на друга )
они все начали транскрипцию из одного и того же места, только в разные моменты времени, так что пока что никакой синхронизации не видно
Но начало из одной точки предполагает считывание одного и того же пакета информации, а клетке необходим всякий раз новый информационный блок, хотя это не исключает повторение пр необходимости одного и того же блока много-много раз. Или транскрипция идёт всякий раз с пропусками, как Бог полимеразе на душу положит?
В данном случае на фотографии участок ДНК кодирующий рибосомальную РНК. Все молекулы РНК синтезированные различными полимеразами с этого участка абсолютно идентичны. Коетке нужно много копий рибосом поэтому на этом участке ДНК одновременно орудуют несколько полимераз, которые стартуют с одного и того же места в разные моменты времени, двигаются примерно с одной и той же скоростью в одну и ту же сторону, и поэтому друг другу они не мешают.
Я не хотел сразу поднимать скрытый в теме вопрос, но приходится. Где в клетке базируется разум (сознание) с памятью и прочими атрибутами, не обходимыми для адекватной работы, на основании действий которого происходит формирование всех вторичных локальных механизмов, включающих биохимию процесса транскрипции именно с необходимого участка ДНК.
Попробуйте привести конкретный пример, который не может быть объяснен с чисто механических позиций и требует наличия разума клетки.
Попробуйте привести конкретный пример, который не может быть объяснен с чисто механических позиций и требует наличия разума клетки.
Вся жизнь организма от зачатия до смерти, в каждый момент времени в каждой клетке имеют место свои потребности в различных белках, как выбирается эта информация в каждом конкретном случае. Все механические, химические и прочие моменты - это вторичные локальные механизмы, с ними спору нет, а как решается генеральный механизм информационного выбора.
Вся жизнь организма от зачатия до смерти, в каждый момент времени в каждой клетке имеют место свои потребности в различных белках, как выбирается эта информация в каждом конкретном случае. Все механические, химические и прочие моменты - это вторичные локальные механизмы, с ними спору нет, а как решается генеральный механизм информационного выбора
у тю-тю, надо же, какие глубокие вопосы... Ну хотя бы так, и то ладно.
Вся жизнь организма от зачатия до смерти, в каждый момент времени в каждой клетке имеют место свои потребности в различных белках, как выбирается эта информация в каждом конкретном случае. Все механические, химические и прочие моменты - это вторичные локальные механизмы, с ними спору нет, а как решается генеральный механизм информационного выбора.
было бы более интересно выбрать один конкретный пример и его разобрать. хотя бы из той же самой транскрипции.
In eukaryotic cells, a variety of DNA functional interactions with nuclear elements occurs via Brownian, passive mechanisms. This raises the question on how DNA loci can recognize their target and be reliably shuttled to destination by diffusion. We discuss such a topic in the framework of the polymer adsorption problem, via a schematic Statistical Physics model where Brownian binding molecules mediate DNA-target interactions. In that context, we show that binding molecules can induce stable colocalization of DNA and its target (passive shuttling) via a switch-like process, regulated by a phase transition: DNA is shuttled to target only if the concentration/affinity of binding molecules is above a threshold value. We then illustrate the effects of genetic/chemical manipulations, e.g., DNA deletions, on the process.
Примитивность понимания скрытого в теме вопроса можно успешно компенсировать введением постулата о МЗЧ (маленьких зеленых человечках), которые сидят в клетках на ключевых местах - на участках репликации мРНК, на рибосомах , на рамках считывания, на редактировании РНК, на процессинге и т.д. ... И СООБРАЖАЮТ... вместо WsK...
А Вы, Петрович, оказывается можете бывать презрительным
к товарищам, которых удручает сложность биофеноменоф, но все-таки научная совесть не позволяет им разогнаццо дикими спекуляциями, как обнаглевшие и оборзевшие пропоненты ЛВГ...
А Вы, Петрович, оказывается можете бывать презрительным
к товарищам, которых удручает сложность биофеноменоф, но все-таки научная совесть не позволяет им разогнаццо дикими спекуляциями как обнаглевшие и оборзевшие пропоненты ЛВГ.
Это хорошо бы звучало, если бы не ваша дикая биобезграмотнотсь. Что отмечено даже гостями.
Это очень хороший вариант, и разберем его до возможности апоптоза (запуска программы смерти клетки) то есть причинно следственную часть блокировки оного процесса ..
ps
Главное что бы не получилось как тут ..
Представьте себе, сколько было бы книг и сериалов, если бы идея о Гарри Поттере пришла в голову Дарье Донцовой!
Первые десять книг или серий он бы только искал поезд, следующий в Хогвардс.
Вася Пи... опять ветки перепутал ...
ps
но вот это может Васе пригодится ...
- Акция! При покупке книг Как легко бросить пить, Как легко бросить курить и Как легко бросить заниматься сексом, пистолет с одним патроном в подарок!
Понимаете в итоге мы снова перешагнём через тот самый момент, который меня интересует, давайте уж попробуем на этом примере, и мне эта тема ближе. Я думаю, что пример вполне достойный. По любому, раковая клетка появляется сразу в готовом жизнестойком виде, что не является результатом мутаций, это иной механизм.