Я нигде в литературе не встречал двухцепочную транскрипцию ДНК, может конечно что-то пропустил, не спорю, но на базе того, что не пропустил возникли вопросы.
1. В ДНК комплиментарные цепочки, там простая химия А-Т, Г-Ц, поэтому цепочки собираются комплементарно
Левая цепь участка ДНК Правая цепь участка ДНК
Аминокислота Кодон Кодон Аминокислота
1 Лейцин, стартовый UUG AAC Аспарагин
2 Фенилаланин UUU AAA Лизин
3 Фенилаланин UUC AAG Лизин
4 Лейцин UUA AAU Аспарагин
5 Серин UCU AGA Аргинин
6 Серин UCC AGG Аргинин
7 Серин UCA AGU Серин
8 Серин UCG AGC Серин
9 Тирозин UAU AUA Изолейцин
10 Тирозин UAC AUG Метионин
11 Стоп-кодон UAA AUU Изолейцин, стартовый
12 Лейцин, стартовый CUG GAC Аспарагиновая кислота
13 Цистеин UGU ACA Треонин
14 Цистеин UGC ACG Треонин
15 Стоп-кодон UGA ACU Треонин
16 Изолейцин, стартов AUU UAA Стоп-кодон
17 Триптофан UGG ACC Треонин
18 Лейцин CUU GAA Глютаминовая кислота
19 Лейцин CUC GAG Глютаминовая кислота
20 Лейцин CUA GAU Аспарагиновая кислота
21 Пролин CCU GGA Глицин
22 Пролин CCC GGG Глицин
23 Пролин CCA GGU Глицин
24 Пролин CCG GGC Глицин
25 Гистидин CAU GUA Валин
26 Гистидин CAC GUG Валин
27 Глутамин CAA GUU Валин
28 Глутамин CAG GUC Валин
29 Аргинин CGU GCA Аланин
30 Аргинин CGC GCG Аланин
31 Аргинин CGA GCU Аланин
32 Аргинин CGG GCC Аланин
33 Изолейцин AUC UAG Стоп-кодон
34 Изолейцин AUA UAU Тирозин
35 Метионин AUG UAC Тирозин
36 Треонин ACU UGA Стоп-кодон
37 Треонин ACC UGG Триптофан
38 Треонин ACA UGU Цистеин
39 Треонин ACG UGC Цистеин
40 Аспарагин AAU UUA Лейцин
41 Аспарагин AAC UUG Лейцин, стартовый
42 Лизин AAA UUU Фенилаланин
43 Лизин AAG UUC Фенилаланин
44 Серин AGU UCA Серин
45 Серин AGC UCG Серин
46 Аргинин AGA UCU Серин
47 Аргинин AGG UCC Серин
48 Валин GUU CAA Глутамин
49 Валин GUC CAG Глутамин
50 Валин GUA CAU Гистидин
51 Валин GUG CAC Гистидин
52 Аланин GCU CGA Аргинин
53 Аланин GCC CGG Аргинин
54 Аланин GCA CGU Аргинин
55 Аланин GCG CGC Аргинин
56 Аспарагиновая к-та GAU CUA Лейцин
57 Аспарагиновая к-та GAC CUG Лейцин, стартовый
58 Глютаминовая к-та GAA CUU Лейцин
59 Глютаминовая к-та GAG CUC Лейцин
60 Глицин GGU CCA Пролин
61 Глицин GGC CCG Пролин
62 Глицин GGA CCU Пролин
63 Глицин GGG CCC Пролин
64 Стоп-кодон UAG AUC Изолейцин
Прошу простить, но создать красивую таблицу в форуме несколько затруднительно, не взыщите.
Я взял таблицу кодонов и расставил в левой цепочке правильно стартовые кодоны в начале информации о некотором пептиде, в конце этой информации поставил стоп-кодоны, таких цепочек получилось три (пусть не смущает бояр, что кодоны РНКовые, это не принципиально), но в правой цепочки появилась при этом информация о совершенно иных белках, в том числе появились участки мёртвой информации, заключённые между двумя стоп-кодонами, она никогда не может быть считана, т.к. стартового кодона нет, появились участки где между двумя стоп-кодонами присутствует один стартовый кодон и появляется возможность считывания в обе стороны от него.
2. Как работает механизм выбора участка считывания
3. Как выбирается нужная цепочка ДНК, которые химически не различимы.
Спасибо очень красиво выставлено, то что ППГ так пытался объяснить и не смог ... mittelspiel написал ...
механическм различимы. кроме азотистых оснований есть же еще сахарофосфатный остов. можно отличить, идешь ты 3 --5 или наоборот
Не много не точно ... механика должна подразумевать исполнительный механизм опознавания ... а это уже будет неподъемный механизм в таком построении и без ЭМ солитонов тут практически не обойтись ..
ps
а то ситуация будет напоминать следующее ...
Три экономиста пошли на охоту. Увидев кабана, первый экономист выстрелил и промазал на метр вправо. Второй выстрелил и промазал на метр влево.
Третий, увидев это, не стал стрелять, а радостно завопил:
- Ребята, в среднем мы его пристрелили!
Я взял таблицу кодонов и расставил в левой цепочке правильно стартовые кодоны в начале информации о некотором пептиде, в конце этой информации поставил стоп-кодоны, таких цепочек получилось три (пусть не смущает бояр, что кодоны РНКовые, это не принципиально), но в правой цепочки появилась при этом информация о совершенно иных белках, в том числе появились участки мёртвой информации, заключённые между двумя стоп-кодонами, она никогда не может быть считана, т.к. стартового кодона нет, появились участки где между двумя стоп-кодонами присутствует один стартовый кодон и появляется возможность считывания в обе стороны от него.
Принципиальная ошибка в том, что транскрипция идет с обеих цепочек ДНК, но разные стороны (только в одном направлении относительно сахаро-фосфатного комплекса. Нуклеотиды в ДНК соединяются под углом, елочкой, и поэтому перепутать направление невозможно.
А отбраковка неудачного варианта происходит где и по какому сигнальному варианту ...
ps
почти по К.Пруткову ...
В каждом человеке спит гений! У меня он в коме!..
DNA polymerase can add free nucleotides to only the 3' end of the newly-forming strand. This results in elongation of the new strand in a 5'-3' direction. No known DNA polymerase is able to begin a new chain (de novo). DNA polymerase can add a nucleotide onto only a preexisting 3'-OH group, and, therefore, needs a primer at which it can add the first nucleotide. Primers consist of RNA and DNA bases with the first two bases always being RNA, and are synthesized by another enzyme called primase. An enzyme known as a helicase is required to unwind DNA from a double-strand structure to a single-strand structure to facilitate replication of each strand consistent with the semiconservative model of DNA replication.
Error correction is a property of some, but not all, DNA polymerases. This process corrects mistakes in newly-synthesized DNA. When an incorrect base pair is recognized, DNA polymerase reverses its direction by one base pair of DNA. The 3'-5' exonuclease activity of the enzyme allows the incorrect base pair to be excised (this activity is known as proofreading). Following base excision, the polymerase can re-insert the correct base and replication can continue.
Специально для mittelspiel... корректируем тот же самый вопрос ...
А отбраковка неудачного варианта происходит где и по какому сигнальному варианту ...
какой алгоритм корректировки и где оный может находится ....
предполагаемые варианты ответов...
по контрольной сумме ..
по комплексу составляющих неизвестных величин для определенного белка в виде
а) набора электромагнитных величин
б) в виде ленгвинистического смысла ...
в) электрохимическим способом (но как..)
г) механическим способом (но как..)
д) другим способом ...
ps
Надеюсь что только не таким ..
- Папа, почему петухи кричат так рано?
- Чтобы их можно было услышать. Потом, когда проснутся куры, это будет уже невозможно.
если Вас на самом деле интересует ответ на вопрос, то нет смысла предлагать варианты, есть смысл почитать классические учебники по биохимии и молекулярной биологии. из предложенных Вами вариантов пункты (в) и (г) ближе всего к истине, но все равно без чтения учебников Вам не обойтись. Этот вопрос очент детально изучался в классической молекулярной биологии. если будете искать на английском, ключеве слово proofreading
Именно этого бедный Чукча и боялся ... все указанные Вами позиции, могут решить задачу только точка в точку...в учебниках на эту тему написано много и примерно так ... происходит отбраковка по совокупности признаков... и не более того ...
в приведенном примере параграфа 1 например с 41 стартовой позиции через i-итераций по какой либо причине был записан неправильный сигнал для синтеза...., для того что бы его выявить нужно или иметь в памяти химических молекулл (ответственных за контроль) базу данных контрольных слепков для сравнения или некую контрольную сумму для конкретного белка и тоже базу данных по которой будет происходить это сравнение .... то что Ваши учебники пишут, о том что происходит ответная реакция на разрушение неправильно набранной молекуллы то ли химическим путем, то ли механически ...тут не суть важно ... тут главное понять какой сигнал запускает этот процесс ... и где он может находится ...
ps
а то система контроля очень напоминает следующее ..
Хочу такую работу как у Деда Мороза! Сутки через 364
Именно этого бедный Чукча и боялся ... все указанные Вами позиции, могут решить задачу только точка в точку...в учебниках на эту тему написано много и примерно так ... происходит отбраковка по совокупности признаков... и не более того ...
вообще-то я еще даже и не начал рассказывать о механизмах пруфридинга по простой причине, что это очень объемный материал. Ничего подобного на то что Вы написали там нет. И я более чем уверен что вы этот материал не читали раз спрашиваете. Почитайте. Ключевые слова: RNA polymerase, proofreading, backtracking.
Уважаемый mittelspiel... с Вами приятно дискуссировать но Вы неверное не понимаете суть вопросов бедного Чукчи, основываясь на ложном представлении, что он в Чуме и у него нет Интернета ... Это далеко не так ...
Вот цитата из приведенных Вами источников
Когда он делает ошибку (то есть, он вставляет неправильный базы, C, G или U - в цепи РНК), полимераза способна обратно вдоль ДНК и отрезать конец часть вновь синтезированной РНК содержащие неправильно-включены базы.
Не придерайтесь пожалуйста к переводу, а поймите мои притензии из Такого Далекого Чума .... и опять уже цитата из цитаты..
Когда он делает ошибку
Вот суть моих претензий ... как и каким образом происходит анализ этой ошибки ... результат этой ошибки мы видим в действии, это просто наглядная констатация того что происходит и не более того ..
ps
а то может быть получится и так ...
- Так ты что, все же мужа бросила?
- А что мне оставалось делать? Ты помнишь, когда я с ним познакомилась, он мне говорил, что он в постели как королевский орел? Но я же не орнитолог, откуда я знала, что эта чертова птичка занимается любовью раз в три года!
Не придерайтесь пожалуйста к переводу, а поймите мои притензии из Такого Далекого Чума .... и опять уже цитата из цитаты..
Чукча не из Сибири написал(а):
Вот суть моих претензий ... как и каким образом происходит анализ этой ошибки ... результат этой ошибки мы видим в действии, это просто наглядная констатация того что происходит и не более того ..
Миша, ну я же не могу Вам пересказывать сотни статей. Вы сами должны почитать.
Вкратце идея такая: полимераза все время синтезирует в одном направлении вдоль цепи, но время от времени, полимераза движется в обратную сторону (backtracking) и в ходе этого движения назад происходит сверка синтезированных нуклеотидов. Если была сделана ошибка, то соответствующий нуклеотид вырезается и полимераза продолжает двигаться вперед начиная с того места. Это всего один из механизмов, но он хорошо изучен, в режиме реального времени можно этот процесс наблюдать ( статья 2003 года Nature) и трехмерная структура отвечающая за пруфридинг установлена методом кристаллографии (статья 2009 года Nature). Детали, уж извиняйте, сами читайте.
Экзамен по физике. Профессор с бодунища решил завалить всех студентов. Заходит первый студент,
профессор его спрашивает:
- Вот вы едите в автобусе, вам жарко, что вы сделаете?
- Открою окно.
- Правильно. А теперь просчитайте изменения в аэродинамике автобуса, вызванные открытием окна.
- Эээ....
- Идите, два.
Таким же образом валит еще нескольких студентов. Заходит студентка.
- Девушка, представьте, вот едите вы в автобусе, вам жарко, что вы сделаете?
- Я? Ну пожалуй кофточку сниму.
- Нет, вы не поняли, вам очень жарко.
- Ну, тогда еще и блузку сниму.
- Ну, нет, СОВСЕМ жарко!
- Ну, юбку сниму.
- ?????
- Да пусть меня весь автобус вы%бет, но форточку я не открою!!!
Да к стати о скромных но определяющих деталях. ..
Стивен М. Блок Профессор прикладной физики и биологических наук Стэнфордский университет в своей работе «Откат от одной молекулы РНК-полимеразы наблюдается на базе пары резолюции рядом» (которую Вы мне дали) заметил, что этот вариант (так называемого отката) происходит в том случае если при анализе ситуации было выявлено не совпадение (в его примере это было вызвано заменой цитата ....
…Добавив нуклеотидных инозин аналог, который похож на гуано, но формы слабее Уотсона и Крика паре с цитозин, мы были способны индуцировать транскрипционных ошибки, в результате чего частота возвратов паузы по два раза.
…ну а этот вариант можно отнести только к анализу изложенному в параграфе 9 пунктах а) и б)….
ps
вобщем как всегда ..
... В филармонию требуется органист. Желательно наличие своего инструмента....
Стивен М. Блок Профессор прикладной физики и биологических наук Стэнфордский университет в своей работе «Откат от одной молекулы РНК-полимеразы наблюдается на базе пары резолюции рядом» (которую Вы мне дали) заметил, что этот вариант (так называемого отката) происходит в том случае если при анализе ситуации было выявлено не совпадение (в его примере это было вызвано заменой цитата ....
Вы не поняли. Сначала происходит откат, а потом выявляется несовпадение при помощи этого отката (если было несовпадение)
Электронная микрофотография нитей ДНК, обвешанных сотнями молекул РНК-полимеразы, слишком маленьких для такого разрешения. Каждая РНК-полимераза транскрибирует нить РНК, которая видна на фотографии как ответвление от ДНК. Отметкой «Begin» указан 5'-конец ДНК, с которого РНК-полимераза начинает транскрипцию; «End» — 3'-конец, у которого транскрипция более длинных молекул РНК завершается.
и Вы хотите сказать что они все синхронно сдвигаются на 10 или 35 шагов ... тогда тут будет свалка, чего мы не наблюдаем ... так как .. одни будут наезжать на другие из за времени начала своей работы ... и будут видны области где их будет меньше ... и области где их больше ...а так мы видим, что они просто синхронно двигаются от начала к концу своего цикла просто увеличиваясь в размерах ..
Автор рисунка DonRumata Связывании РНК-полимеразы участвует -субъединица, распознающая элемент ДНК, предшествующий гену (-40…-70 шагов), и -фактор, распознающий участок -10…-35. Существует большое количество -факторов, контролирующих экспрессию генов. Например: 70, который синтезируется в нормальных условиях и позволяет РНК-полимеразе связываться с генами, отвечающими за метаболические процессы клетки; или 32, блокирующий связывание РНК-полимеразы с генами белков теплового шока.После связывания с ДНК структура РНК-полимеразы превращается из закрытой в открытую. Это превращение включает в себя разделение моноспиралей ДНК с образованием раскрученного участка длиной около 13 шагов. Рибонуклеотиды затем собираются в цепочку в соответствии с базовой нитью ДНК, используемой в качестве шаблона. Суперскрученность молекул ДНК играет существенную роль в деятельности РНК-полимеразы: поскольку участок ДНК перед РНК-полимеразой раскручен, в нем существуют положительные компенсационные супервитки. Участки ДНК позади РНК-полимеразы снова закручиваются и в них присутствуют отрицательные супервитки. Так что скорее всего этот случай возврата назад уникален ... и вопрос самопроверки проходит на длине этих 10-35 шагов в самой полимеразе ... и связан органически с предложениями изложенными параграфе 9 пунктах а) и б)
мы видим, что они просто синхронно двигаются от начала к концу своего цикла просто увеличиваясь в размерах ..
полимеразы двигаются не синхронно. картинка которую вы привели вообще-то не имеет отношения к тому что происходит в клетке. но даже на той картинке, каждая полимераза движется независимо друг от друга. время от времени она может останавливаться, время от времени совершать движение назад. если следующая за ней полимераза не может двигаться, то она просто стоит и ждет.
Чукча человек доверчивый но первый рисунок электронной микрофотографии нитей ДНК с обвешанным сотнями молекул РНК-полимеразы к сожалению наводит на размышления ... а цитата ...
Backtracking proofreading (коррекция ошибок при возврате назад)
вполне может происходить и без возврата самой молекулы РНК-полимеразы т.е. без физического движения обратно на ДНК, и само действие может проходить в один такт внутри этого сгустка молекул ... но Чукча под чутким руководством пользователей Пети Хайдук и Миттельшпиля дойдет и до высот самого Инквизитора или Крыса ... и будет дальше впитывать информацию ...
ps
вообщем все как тут ..
Сидит мужик на рыбалке и пристально смотрит на поплавок, мимо проплывает крокодил. Увидев рыбака, смотрит на него. Спустя минуту крокодил спрашивает:
- Что, мужик, не клюет?
Мужик отвечает:
- Нет.
Крокодил:
- Может пока искупаешься?
Чукча человек доверчивый но первый рисунок электронной микрофотографии нитей ДНК с обвешанным сотнями молекул РНК-полимеразы к сожалению наводит на размышления ... а цитата ...
в клетке нет места для того чтобы разместить в одном месте столько молекул полимераз как на этом рисунке. я попытаюсь найти источник этого рисунка, но в любом случае - это не в клетке сделана фотография
вполне может происходить и без возврата самой молекулы РНК-полимеразы т.е. без физического движения обратно на ДНК
Проверка ошибок осуществляется на многих этапах, не только на этапе транскрипции. Что касается этапа транскрипции, то backtracking один из основных механизмов. А какой вы механизм хотели бы предложить в дополнение?
Проверка ошибок осуществляется на многих этапах, не только на этапе транскрипции. Что касается этапа транскрипции, то backtracking один из основных механизмов. А какой вы механизм хотели бы предложить в дополнение?
как раз об этом и шла речь в параграфе 9 пунктах а) и б)... а именно расшифровки алгоритма происходящего ...
ps
За чашечкой Nescafe ваши сокровенные мысли превращаются в желания, а за бутылкой водки - в действия!
