Ключевое слово
21 | 10 | 2019
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Волновой геном №36. Беседы с Петровичем о триплетах

Контексты и комментарии генома 16 Март 2019 10:52 #631

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
hide wrote:
Следует указать еще на один момент, почему эукариотическая клетка использует положительные механизмы регуляции экспрессии генов. Подсчитано, что в геноме человека содержится около 100000 генов, соответственно каждая клетка при отрицательном механизме регуляции могла бы синтезировать 100000 разных репрессоров, причем в достаточных количествах. При положительном механизме регуляции большинство генов в принципе неактивно, соответственно молекула РНК-полимеразы не связывается с промотором и клетка синтезирует ограниченный и избирательный круг активаторных белков, необходимых для инициации транскрипции.
У эукариот выделены и охарактеризованы также пять регуляторных белков, получивших название транскрипционных факторов (TF: IIА, IIВ, IID, IIЕ и IIF). Они необходимы для узнавания участка (сайта) ДНК, названного TATA (concensus последовательности, ТАТАААА). Детальный молекулярный механизм действия факторов транскрипции пока не раскрыт.
Следует отметить, однако, что некоторые из них или почти все регуляторные белки активируют транскрипцию не прямо, а опосредованно – через промежуточные белки, названные коактиваторами. Происхождение и механизм действия последних также не выяснены.
Так вы просто давайте ссылки на учебники или статьи... Или ГУГЛ. :lol:

Контексты и комментарии генома 16 Март 2019 10:57 #632

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Хайдук wrote:
крупная шарм-симметрия обманчива, ув. Владимирович, поскольку красная половина внутренне разнородна в отличие от синей; на самом деле таблица вычурна и случайна, на засыпку верующему Петровичу
Докажите вычурность и, особенно, случайность. Голословие не годится. И что вы понимаете под словом "вычурность" в контексте темы?

Контексты и комментарии генома 16 Март 2019 10:58 #633

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
hide wrote:
Ну,эт Вы погорячились...
Это чтобы охладить глупость. :)

Контексты и комментарии генома 16 Март 2019 11:56 #634

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38138
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
hide wrote:
nonlocality wrote:
И каждая из сиом, ориентируясь на смысл-контекст используемой мРНК, может выбрать ЛЮБУЮ из 20 стандартных аминокислот
Ну,эт Вы погорячились... ;)
даушъ, это не горячка, а просто наглая, очевидная ложь чела верующего и ничем не брезгующего в проталкивании своих "от Бога симметричных" фантазий :tired:
Last Edit: 17 Март 2019 02:34 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 16 Март 2019 16:06 #635

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 1006
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Ну вот,опять переходим к эпигенетике... ;) Кстати,как там всё закончилось - с метилированием ДНК? :O

Контексты и комментарии генома 16 Март 2019 19:00 #636

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
hide wrote:
Похоже,все управление интенсивностью синтеза пептидов происходит при помощи белков-посредников.Значит,внешнее управление будет ориентировано на их активацию/деактивацию...
Любезный, ссылаться на первоисточник надо здесь и везде. Иначе нечистоплотно выглядит. Как плагиат.

Контексты и комментарии генома 16 Март 2019 19:09 #637

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 1006
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Так откройте любую статью в сети по теме "Регуляция биосинтеза"...Там через абзац об этом говорится. ;) Или это откровение (know how) ? :lol:

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 03:10 #638

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38138
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
Хайдук wrote:
крупная шарм-симметрия обманчива, ув. Владимирович, поскольку красная половина внутренне разнородна в отличие от синей; на самом деле таблица вычурна и случайна, на засыпку верующему Петровичу
Vladimirovich wrote:
Очень многое неплохо структурировано, а нарушения симметрии невелики.
если не учитывать исследований частот разных табличных пар кодон-АК на множестве всех геномов, белков и существ, то "структурированность" таблицы в "форме Петровича" совершенно поверхностная, сугубо внешняя и надуманная, не имеющая никаких реальных роли и функции. Сине-красная "симметрия" получена за счёт жулья подборки руками имён/букв строк и колонок, некоторые (но все) синие АК кодируются вдобавок парами красных кодонов, не всегда будут красные пары, стоп-кодоны срублены с бодуна и пр., даже не хочется входить в детали видимо случайного ген. кода.

Следующее сравнение схватывает суть обмана Петровича: серьёзные математики занимаются теорией (натуральных) чисел, но никогда нумерологией или числовыми фокусами; так вот, "таблица Петровича" суть генетическая нумерология :tired:

Vladimirovich wrote:
почему столько воплей из-за столь незначительного без ясного проникновения в суть вещей
чьих воплей, что незначительно? :unsure:
Last Edit: 17 Март 2019 03:13 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 04:10 #639

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 81095
  • Thank you received: 1131
  • Karma: 81
Хайдук wrote:
Сине-красная "симметрия" получена за счёт жулья подборки руками имён/букв строк и колонок
Что значит подборки....
Выбран один порядок. Может в нем сермяжная правда... :glasses:
Каждому - своё.

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 04:45 #640

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38138
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
ну, и какой может быть ген. правда в результате такого порядка? :dontknow:

дикое утверждение Петра, что красные 32 кодона могут кодировать любую (??) АК, будет величайшей ГЛУПОСТЬЮ в истории биологии вообще :O :tired:
Last Edit: 17 Март 2019 05:33 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 08:12 #641

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 1006
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Хайдук,перенеси посты №171-173,177 в quantoforum.ru/biology/3147-biosintez-adresnaya-regulyatsiya :)
Last Edit: 17 Март 2019 08:13 by hide.

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 09:21 #642

  • rudolf
  • rudolf's Avatar
  • OFFLINE
  • Кравчий
  • Posts: 443
  • Thank you received: 35
  • Karma: 9
во, наштомповала курица яиц тем, теперь хайдук вертись с корзинками аки волк в игрушке "ну погоди"

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 13:09 #643

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
hide wrote:
Так откройте любую статью в сети по теме "Регуляция биосинтеза"...Там через абзац об этом говорится. Или это откровение (know how) ?
Нет, Это откровенный совет вести себя прилично.

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 13:35 #644

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 1006
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Вот и чудненько...А теперь покажите пример при общении на форуме. :flag:
Last Edit: 17 Март 2019 13:45 by hide.

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 14:04 #645

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Хайдук wrote:
если не учитывать исследований частот разных табличных пар кодон-АК на множестве всех геномов, белков и существ, то "структурированность" таблицы в "форме Петровича" совершенно поверхностная, сугубо внешняя и надуманная, не имеющая никаких реальных роли и функции. Сине-красная "симметрия" получена за счёт жулья подборки руками имён/букв строк и колонок, некоторые (но все) синие АК кодируются вдобавок парами красных кодонов, не всегда будут красные пары, стоп-кодоны срублены с бодуна и пр., даже не хочется входить в детали видимо случайного ген. кода.
Вообще-то симметрий ген. кода множество. До поры не обращал на них внимания. Надо было ссылки хранить. Особенно мощная симметрия обнаружена В.И.Щербаком - симметрии нуклонного состава аминокислот и кодонов. Отсюда он вывел (чисто формально), что Код использует предельно абстрактное умственное понятие нуля для собственных мат. манипуляций с функциями кодонов. Уже исходя из этого, Щербак обосновывает фундаментальное, что Код - искусственное (ментальное) образование, возникшее не в ходе эволюции, но как Вселенский Акт, если рассматривать Вселенную (Природу) в духе Спинозы - как Causa Sui (Причину самой Себя).

И добавлю. Для меня сиом-синонимическое симметричное построение таблицы Кода - лишь повод и причина утвердиться в мысли о функциональной уравновешенности кодирования белков. В этой системе отношений начала Жизни важно равновесно сочетать супер точность кодирования, обеспечиваемой избыточностью синонимической информации, с ее гибкостью и приспособительностью, даваемой сиомами. Параллельно не менее важен скачек в новое качество кодирования, несколько нарушающего симметрию - это выход на многомерие ментального кодирования текстами, кои выступают как инобытие МЫСЛИ.
Last Edit: 17 Март 2019 14:22 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 14:42 #646

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38138
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
полагаю, что после верхнего ни у кого не должно остаться сомнений какие мистические, потусторонные и антинаучные силы дёргают нитки нашему православному Петровичу :rain:

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 14:52 #647

  • rudolf
  • rudolf's Avatar
  • OFFLINE
  • Кравчий
  • Posts: 443
  • Thank you received: 35
  • Karma: 9
да, это и печалит больше всего. таких одержымых уже ничто не удержыт, ни разум, ни логика. где-то на каком-то этапе сбой произошел в настройках, видимо что-то не крепко держалось и болталось на петлях. вот и слетело... жаль.

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 15:09 #648

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38138
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
hide wrote:
Хайдук,перенеси посты №171-173,177 в quantoforum.ru/biology/3147-biosintez-adresnaya-regulyatsiya :)
боевая задача выполнена, сэр! :xren:

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 19:52 #649

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Хайдук wrote:
красные 32 кодона могут кодировать любую (??) АК,
Докажите обратное, если сможете. :lol:

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 20:13 #650

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 1006
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Петр Петрович,а давайте без корон и т.п. У Вас есть проблемы в исследованиях? Может,кто и натолкнет на верное решение...Даже Хайдук может... :flag:

Контексты и комментарии генома 17 Март 2019 22:17 #651

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38138
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
nonlocality wrote:
Хайдук wrote:
красные 32 кодона могут кодировать любую (??) АК,
Докажите обратное, если сможете :lol:

ну вот, этот наглый и беззастенчивый оскал только-что подтвердил, что как вор и жулик от науки вы совершенно умышлено и нарочито манипулируете и распространяете эту заведомую ху*ню про красные кодоны, поскольку та дует в поруса вашим православным грёзам и мифам :mad:

любому чайнику ясно, что доказывать обязаны именно вы, если сможете, а я буду проверять вашу работу и, скорее всего, вызову на пересдачу :angry:
Last Edit: 18 Март 2019 03:10 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 08:07 #652

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Хайдук wrote:
ну вот, этот наглый и беззастенчивый оскал только-что подтвердил, что как вор и жулик от науки вы совершенно умышлено и нарочито манипулируете и распространяете эту заведомую ху*ню про красные кодоны, поскольку та дует в поруса вашим православным грёзам и мифам

любому чайнику ясно, что доказывать обязаны именно вы, если сможете, а я буду проверять вашу работу и, скорее всего, вызову на пересдачу
ХАЙдук, дуя в свои пОруса, пойдите вон отсюда. Прихватите и ХАЙда, ген. родственного вам.
Last Edit: 18 Март 2019 08:08 by nonlocality.

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 08:27 #653

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13921
  • Thank you received: 41
  • Karma: 0
Хайдук wrote:
ну вот, этот наглый и беззастенчивый оскал только-что подтвердил, что как вор и жулик от науки вы совершенно умышлено и нарочито манипулируете и распространяете эту заведомую ху*ню про красные кодоны, поскольку та дует в поруса вашим православным грёзам и мифам :mad:

любому чайнику ясно, что доказывать обязаны именно вы, если сможете, а я буду проверять вашу работу и, скорее всего, вызову на пересдачу :angry:

Злодеяние !.. - ущучить !.. :unsure:
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 08:33 #654

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 81095
  • Thank you received: 1131
  • Karma: 81
А еще на всякий случай предупредим тех, кто не достаточно в курсе
Если кому-то кажется, что Инквизиция должна что-то сделать, а она не делает, то Инквизиция ничего не должна
:beer:
Каждому - своё.

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 08:36 #655

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Хайдук wrote:
ну вот, этот наглый и беззастенчивый оскал только-что подтвердил, что как вор и жулик от науки вы совершенно умышлено и нарочито манипулируете и распространяете эту заведомую ху*ню про красные кодоны, поскольку та дует в поруса вашим православным грёзам и мифам

любому чайнику ясно, что доказывать обязаны именно вы, если сможете, а я буду проверять вашу работу и, скорее всего, вызову на пересдачу
Не нервничайте вы так. Вредно.
А если серьёзно, то доказательства того, что 32 красных СИОМА могут кодировать любую аминокислоту за пределами прокрустова ложа 8 семейств сиом "стандартного" ген. кода E.coli лежат в четком русле проверки навязанного ему "удобного", но фальшивого постулата о КОЛЛИНЕАРНОСТИ "кодон-аминокислота". Сей постулат de facto не доказан статистически на большом количестве белков. За это, замечу в скобках, до сих пор не взялся НИКТО. За исключением Лолли и Прюита в Science 2004 года, где они, сами не желая, продемонстрировали это на гене "Горячая Голова" Арабидопсиса. Казалось бы, чего проще доказать коллинеарность белков и их мРНК. Их секвенировано множество. Ан нет. Тихо. Почему? Догадайтесь на раз два три.
Если браться за такую работу, то она тяжела по многим техническим причинам. Не говоря уже о том, что покушение на канон-модель Кода чревато многими орг. последствиями. Лолли и Прюит на своих шкурках хорошо почувствовали это.
Так что оскал Хайдука в мой адрес обернулся ему очередной отвратительной гримасой хайдучьей чайник-безграмотности.

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 08:41 #656

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13921
  • Thank you received: 41
  • Karma: 0
Vladimirovich wrote:
А еще на всякий случай предупредим тех, кто не достаточно в курсе
Если кому-то кажется, что Инквизиция должна что-то сделать, а она не делает, то Инквизиция ничего не должна
:beer:

БякостникЪ типический !.. :unsure:
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 12:07 #657

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 38138
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
кто такой постулат КОЛЛИНЕАРНОСТИ "кодон-аминокислота"? и почему тогда 32 синим якобы "синонимам" не начать тоже кодировать любую аминокислоту за пределами прокрустова ложа стандартного кода? возлюбленный бредъ инь-ян не перестаёт смешить ни падеццки :patstulom:
Last Edit: 18 Март 2019 12:48 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 12:20 #658

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Хайдук wrote:
кто такой постулат КОЛЛИНЕАРНОСТИ "кодон-аминокислота"? и почему тогда 32 синим якобы "синонимам" не начать кодировать любую аминокислоту за пределами прокрустова ложа стандартного кода? возлюбленный бредъ инь-ян не перестаёт смешить ни падеццки
Вам смешно... Однако "смешно дураку, что нос на боку". :lol:

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 13:09 #659

  • rudolf
  • rudolf's Avatar
  • OFFLINE
  • Кравчий
  • Posts: 443
  • Thank you received: 35
  • Karma: 9
коллиниарность - это когда за бредъ на колъ сажают, видимо

Контексты и комментарии генома 18 Март 2019 20:49 #660

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 7191
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Для слабо грамотных:

Гаряев П.П., 1997, Волновой генетический код. Моногр. Москва. Издатцентр. 107с.

Turanov A. A., Lobanov A. V., Fomenko D. E., Morrison H. G., Sogin M. L., Klobutcher L. A., Hatfield D. L., Gladyshev V. N.Genetic code supports targeted insertion of two amino acids by one codon. (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 2009. — 9 January (vol. 323, no. 5911). — P. 259—261. —

Так вот, к чему это. Потенциальные нарушения коллинеарности предсказаны в указанной выше монографии. Они реализуются именно по причине двойного кодирования 32 сиомами, где неоднозначность кодирования снимается контекстом мРНК. Это же может приводить к нарушениям коллинеарности, что случайно (для авторов), но не для науки, и подтверждено исследованием Приюита и Лолли (об этом в www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=85202). А сама идея двойного кодирования подтверждена в работе Туранова и др. (см. ссылку выше и в www.gazeta.ru/science/2009/01/12_a_2923205.shtml .


Коллинеарность — свойство, обусловливающее соответствие между последовательностью кодонов нуклеиновых кислот и аминокислот полипептидных цепей. Иными словами, коллинеарность — свойство, благодаря которому в белке воспроизводится та же последовательность аминокислот, в какой соответствующие кодоны располагаются в гене. Это означает, что положение каждой аминокислоты в полипептидной цепи зависит от особого участка гена. Генетический код считается коллинеарным, если кодоны нуклеиновых кислот и соответствующие им аминокислоты в белке расположены в одинаковом линейном порядке.
Явление коллинеарности доказано экспериментально. Установлено, что серповидноклеточная анемия, при которой нарушено строение молекулы гемоглобина, обусловлено дефектами расположения нуклеотидов в гене, ответственном за синтез гемоглобина. Было установлено расстояние между аминокислотами, зависимыми от этих мутаций, и расположение мутонов на генетической карте гена триптофансинтетазы, совпадающее с расположением аминокислот в этом ферменте. Таким образом, аминокислоты заменялись в соответствии с изменением нуклеотидного состава соответствующих триплетов.
Гипотеза о том, что последовательность аминокислот в белке определяется последовательностью нуклеотидов в гене, была высказана Г.А. Гамовым. Данные о коллинеарности полипептидов подтвердили ее. Благодаря концепции коллинеарности можно определить примерный порядок нуклеотидов внутри гена и информационной РНК, если известен состав полипептидов. Наоборот, определив состав нуклеотидов ДНК, можно предсказать аминокислотный состав белка. Из этой концепции также следует, что изменение порядка нуклеотидов внутри гена (мутация) приводит к изменению аминокислотного состава белков. www.medkurs.ru/lecture1k/med_biology/qm63/2598.html
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум