Читая душераздирающую дискуссию в параллельной теме ЛВГ №27 (вариант "подполья полей Гурвича") стр. 341 и помня о множестве других подобных ранее, позволю себе в очередной раз задать старый вопрос о контексте энтих самы х омонимов...
И выделить это в отдельную тему, ибо ответа я так и не получил

Если я правильно понимаю Петровича, то у классиков единица кодирования аминокислоты, а у Петровича третий нуклеотид зависит от контекста

Вот и возникает вопрос - чему равен размер энтого контекста...
Он не может быть очень большим, ибо тогда все живое давно бы мутировало к хреням в каких-нибудь ультралисков

Говорить же, что значение 3го нуклеотида зависит от первых двух, с математической точки зрения есть сугубая схоластика, и, не побоюсь этого слова, брехня.
Это как говорить, что значение последнего ноля на денежке зависит от первых двух
Мы и так знаем, что 100 это это не 500

Но в контексте мы обнаруживаем, что 100 EUR это совсем не 100 рублей

Вот каков же энтот контекст?

Просто надо понять, что П.Гаряев попутал "берега". Мы в своей теме, это и пытались ему показать. Выбор аминокислот для построения рибосома выбирает в "расплетение" на ДНК. Это своеобразная рамка, куда выстраиваются "энергетические" образования аминокислот построенные в пространстве с дополнительными знаками "плюс" или "минус" на их теле из за своеобразного образования в виде кольца молекул, и играющие роль передаточного информационного и энергетического состояния. В триплет должны быть уложены варианты этих молекул с дополнительной информации на этом образовании типа варианта ("+" "-" "+" ) или ("-" "+" "-"). Это и есть так называемый "контекст" .
В этом случае ВСЕ противоречия снимаются. Эту идею озвучивал еще Чилийский пользователь Дмитрий.
Понятно, что в этом случае все мифы написанного П.Гаряевым в "Волновом Геноме" идут "лесом" и надо признавать свою ошибку, но это делать ох как не хочется
ps
Да здравствуют наши врачи — санитары общества!

Ого, как насели на Петровича! ....
Делаем ставки, как будет выворачиваться мЭтр из этой каши?!

Поршень wrote:
Отвечал. Повторю. Увяжите это с хорошо изученным процессом бисинтеза белков. Хорошо, за исключением СИОМИИ. Но это стратегия, которую пока не понимают.

Vladimirovich wrote:

Как и предполагалось П.Гаряев от ответа ушел, ищите мол там в аналах ...
Стоит напомнить лох-академику, что на этом уровне работают лишь электромагни́тные взаимоде́йствия и концептуально это сводится к тому, что положительные заряды ОТТАЛКИВАЮТСЯ, а разноименные заряды ПРИТЯГИВАЮТСЯ. Никаким "сознанием" ни молекулы ни атомы - НЕ ОБЛАДАЮТ.

nonlocality wrote: Вот и каков же этот контекст?

Странные Вы вопросы задаете? явно не верите мЭтру Волновых Миражей.
Один из ответов мЭтра будет звучать примерно так "контекст - это слово", "содержание - это смысл", ну и так далее в таком вот варианте..
ps
Профессора математики спрашивают:
- Вы пойдёте голосовать?
- Нет
- Почему, профессор?
- Согласно теории вероятности, мой голос ни на что не повлияет.
- Но, профессор, если все окажутся такими же "умными"?
- Согласно теории вероятности, все умными не окажутся...

Vladimirovich wrote: Не знаю, стоит-ли продолжать разговор, который с самого начала принимает балаганный характер.
Попытаюсь ответить на ваш вопрос, в котором не учитывается или не замечается сказанное мной. А именно, что языки ДНК и РНК пока никто не понимает, кроме живых клеток и их геномов. Есть только первые, но корректные, попытки доказать, что гены являются текстами не в метафорическом смысле. Допустим, что доказательство верное. Это уже первый шаг в правильном направлении. Поэтому ваш вопрос и звучит странно. Что значит - каков контекст? Что именно интересует вас в контексте? Если главное, т.е. смысл, то задавать его именно странно, памятуя, что язык ДНК и РНК никому из людей пока не понятен. Мы пока только радуемся, что мРНК, как транскрипт ДНК-генов, обладает текстовыми признаками, главный из которых двузначность кодонов-сиом, когда рибосоме надо делать ВЫБОР из двух разных аминокислот одной, необходимой для синтеза правильного белка. Второй признак текстовости генов - фрактальность распределений их букв - А,Т,Г,Ц (для ДНК), что продемонстрировано, в том числе и нами. И опубликовано (Гаряев, 1997, Волновой генетический код). Поскольку мРНК текст, то он есть смысловая конструкция, продукт интеллекта. Известные перекодировки кодонов-сиом тоже атрибутика простейших сознательных актов. Даже давно принятое понятие 'генетический КОД' автоматически предполагает его смысловое содержание, ведь кодирование - всегда ОБОЗНАЧЕНИЕ предмета или явления неким символом-значком, и оно всегда смысловое.

Владимирович, поскольку тема лингвистичности генома далека от тем чукч, было бы разумным либо ограничить их посты, либо они должны вести себя достойно.

nonlocality wrote: Вопрос был простой - про бумажки

Vladimirovich wrote:
Итак, в чем выражается неоднозначность третьего нуклеотида?
От чего она зависит?
От EUR\RUB условно или?

Если Вы не знаете, то и не стоит игра свечей.

nonlocality wrote: если это буквы кодонов мРНК, то какие будут буквы у антикодонов тРНК?

Великолепный вопрос.

Vladimirovich wrote: Вы не поняли. Третий нуклеотид по Ф.Крику не участвует в кодировании. А раз так, то кодируют первые два нуклеотида в кодонах, в т.ч. в сиомах. Простой анализ показывает, что тогда возникает ситуации двойственного (неоднозначного) кодирования двух разных аминокислот для этих двух нуклеотидов в кодонах-сиомах. Это как слово коса (омоним) неоднозначно вне контекста предложения. Именно он определяет смысл слова коса. Смысл слова-омонима есть функция контекста предложения или фразы.Вам будет и дальше непонятно многое. Подробную статью об этом (подготовлена к печати) могу дать на вашу почту.

Хайдук wrote: В кодонах - а т г ц, в антикодонах - у а ц г

nonlocality wrote: Не, я не понимаю.
Как это не участвует?
Вики врет?
64 это значит все три участвуют. Математика строгая наука.
Если бы третий не участвовал, то код состоял бы из 16 комбинаций только

Vladimirovich wrote:
Я же говорю, вам надо ознакомиться с моей статьей. И с Ф.Криком. Или с началом нашей статьи:

СИОМИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО КОДА
П.П.Гаряев, Е.А.Леонова-Гаряева.
ооо Институт квантовой генетики

АБСТРАКТ
На основе теоретического анализа и экспериментальных работ дается анализ роли третьего нуклеотида в кодонах при биосинтезе белков. Его значение понимается расширенно по сравнению с существующими представлениями. Третий нуклеотид функционально и симметрично делит семейства кодонов на 32 синонима и 32 СИнонимо-ОМонимичных гибридных кодонов – СИОМов. При этом сиомы обладают функцией запуска нелокального рибосомного анализа мРНК как реального контекста на языке ДНК. Такой анализ является естественной необходимостью выбора одной аминокислоты из двух разных или аминокислоты и стоп позиции в ситуации встречи рибосомы с сиом кодонами, которые обладают двойственным кодированием. Это было теоретически обосновано ранее [ 2, 3, 4 ]. Экспериментальная работа [5 ] подтвердила такую теорию, когда было показано, что две разные аминокислоты – селеноцистеин и цистеин кодируются одним сиом кодоном UGA для инфузории Euplotes crassus. Этот результат не ставит под сомнение догму об однозначности кодирования аминокислот и стоп позиций геномом клеток, но заставляют ввести коррективы в модель генетического кодирования. Эти коррективы основаны на расширенном понимании особой знаковой роли третьего нуклеотида в кодонах и на принятии идеи реальной, а не метафорической, текстовости белковых генов (мРНК). Такое осмысление Рече подобности генов (мРНК) и роли в этом третьего нуклеотида в кодонах ведет к простому положению о квази разумности (биокомпьютинге) белок синтезирующей системы и способности её оценивать контекст (смысл) мРНК для принятия решения о выборе аминокислот и стопов в сиом ситуации, исходя из смыслов текстов генов (мРНК).


Ключевые слова: Генетическая информация, кодоны, сиомы, сиомия.

Вобл гипотеза Ф.Крика.
О вобл гипотезе Ф.Крика написано очень много, включая работы самого автора этой гипотезы, но большинство суждений основываются на формулировке Ф.Крика из его книги «Безуминый поиск» 1988г. [1]. Вот эти ключевые слова:
“An important point to notice is that although the genetic code has certain regularities—in several cases it is the first two bases that encode one amino acid, the nature of the third being irrelevant—its structure otherwise makes no obvious sense.”
"Важно отметить один момент, что, хотя генетический код имеет определенные закономерности — в некоторых случаях именно первые два основания кодируют одну аминокислоту, характер же третьего основания роли не играет — структура кода в противном случае не имеет никакого очевидного смысла".
Однако есть некоторые существенные дополнительные моменты, которые следуют из этого краткого посыла. Об этом настоящая работа

nonlocality wrote: Петр, я ж для биологов все популярно объяснял А Вы что?

Повторяю
Вы сказалиnonlocality wrote:
Этого не может быть, потому что этого не может быть никогда. (с)
Ибо аминокислот как минимум 20
Значит, двумя нуклеотидами не обойтись, ибо тогда комбинаций всего 16.

Значит - следите за моим силлогизмом - Третий нуклеотид участвует.
Если Крик говорил, что нет, он неправ.
Но мне кажется, что он не мог сказать такой глупости

nonlocality wrote: ну вот, я оказался почти прав насчёт двух комплементарных (!) пар букв: А - Т/У и Г - Ц

в каждой паре одна буква является анти- другой, только лишь в антикодонах У заменяет Т ; видно, что любому триплетному кодону будет соответствовать строго единственный триплет-антикодон и поскольку именно последние (а НЕ ихние поддуплеты!) тащут АК, то вслед за строго-единственным соответствием именно кодоны-триплеты составят ген. код, а НЕ всякие ихние липовые "сиомические" поддуплеты

Vladimirovich wrote: На то и двойное кодирование у сиом. С выбором и последующей однозначностью.

Vladimirovich wrote: Вот его "глупость": "Важно отметить один момент, что, хотя генетический код имеет определенные закономерности — в некоторых случаях именно первые два основания кодируют одну аминокислоту, характер же третьего основания роли не играет — структура кода в противном случае не имеет никакого очевидного смысла".

Статью прислать?

nonlocality wrote: Петр, Вы меня не путайте. Двойное там, тройное, одеколон... Это потом.

Надо научно, по порядку.

Вы сказали, чтоnonlocality wrote:
Такого не может быть, чтобы не участвовал.
Сказал так Крик? Да или нет?

Хайдук wrote: Тоже без нашей статьи и азов мол. биологии не обойтись.

nonlocality wrote: Вы, Петр, не умеете ни фига объяснять

Ого как заюлил мЭтр от Волнового Незнания. Однако так и не ответил на поставленные вопросы.

Vladimirovich wrote: Что сказал, то сказал - "роли не играет". Недостаточно? Вы хоть в святцы-то загляните - в Таблицу ген. кода.

Хайдук: любому триплетному кодону будет соответствовать строго единственный триплет-антикодон

ПГ: Нет. любому триплетному кодону будет соответствовать строго единственный триплет-антикодон, контекстуально ВЫБРАННЫЙ рибосомой из ДВУХ, кодирующих РАЗНЫЕ аминокислоты.


И этому есть экспериментальное доказательство:
Anton A. Turanov, Alexey V. Lobanov, Dmitri E. Fomenko, Hilary G. Morrison, Mitchell L. Sogin, Lawrence A. Klobutcher, Dolph L. Hatfield, Vadim N. Gladyshev. Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon // Science. 2008. V. 323. P. 259–261.

Тут ещё подвопрос выскакивает чтение в кодоне «слево на право» или как?!
И что про это сказал товарищ Крик?!

Vladimirovich wrote: Демонстрирует и доказывает это экспериментальная статья Туранова и др. Объясняю я. Но вы не понимаете объяснения, по сути, школьного уровня. Это удивительно...

Поршень wrote: Например, кодон TGC: 1-й Т, 2-й G, 3-й С