В случае днк лишний болтик - это чужеродный текст, меняющий смыслы или обессмысливающий ДНК тексты. И второе, чужой кусок ДНК аномально меняет жидкокристаллическую структуру хромосом, их знаковую, в т.ч. голографическую, топологию. А это не хорошо.
Дык. А есть люди, кто этого не понимает?
Замените байтик
( Иногда и проскочит, кстати)
Ну какой же это контекст...
Засуньте в какую либо программу лишний байтик, и посмотрите, что будет Мало не покажется.
Изменилась последовательность, изменился результат.
И нечего с копьями мельницы штурмовать
В случае днк лишний болтик -
Не бОЛтик, а бАЙтик...бит-байт-килобайт-мегабайт...помните...?
_____________________________________
и Вы не ответили Пётр Петрович на вопрос по теме - экспрессия идёт исключительно по интронной волновой компоненте, которая и подразумевается Вами контекстом?
Другими словами модель Крика - реабилитирована (с незначительными поправками). Возражений у Блаженного Ботаника нет. И это уже радует. Пользователь РР убедил в этом всех сомневающихся.
Что тогда остается в "сухом" остатке (кроме лишних болтов, байтов и неких конструкции зашитых и еще не реанимированных из ДНК)?? - правильно... организация выбора, где это хозяйство нужно или можно быть применить и как начать (стартовые условия) и где начать - считывания данных и их накопление, и сшивание этой информации (в некую конструкцию и в вирус в том числе) ... Какие внешние контекстные силы будут управлять этими действиями, из чего они могут состоять и как будут взаимодействовать (эти силы по мере развития системы) для построения нужных будущих конструкций. Вот на этой стадии то, что Блаженный Ботаник и называется суррогатом т.е. Волновым Геномом и может в принципе и существовать. Но это уже другая методология исследования и другая платформа ...
ps Шизофрения - познай всех себя!
Другими словами модель Крика - реабилитирована (с незначительными поправками). Возражений у Блаженного Ботаника нет. И это уже радует. Пользователь РР убедил в этом всех сомневающихся.
Что тогда остается в "сухом" остатке (кроме лишних болтов, байтов и неких конструкции зашитых и еще не реанимированных из ДНК)?? - правильно... организация выбора, где это хозяйство нужно или можно быть применить и как начать (стартовые условия) и где начать - считывания данных и их накопление, и сшивание этой информации (в некую конструкцию и в вирус в том числе) ... Какие внешние контекстные силы будут управлять этими действиями, из чего они могут состоять и как будут взаимодействовать (эти силы по мере развития системы) для построения нужных будущих конструкций. Вот на этой стадии то, что Блаженный Ботаник и называется суррогатом т.е. Волновым Геномом и может в принципе и существовать. Но это уже другая методология исследования и другая платформа ...
Любезный бедняга, вы опять ну ничегошеньки не поняли. Дам простейшее. Чуть позже. То с чего надо начать относительно кода.
nonlocality wrote:
В случае днк лишний болтик - это чужеродный текст, меняющий смыслы или обессмысливающий ДНК тексты. И второе, чужой кусок ДНК аномально меняет жидкокристаллическую структуру хромосом, их знаковую, в т.ч. голографическую, топологию. А это не хорошо.
Дык. А есть люди, кто этого не понимает?
Замените байтик
( Иногда и проскочит, кстати)
Болтик заменять дороговато выйдет. Проще выбирать нужный болтик и вставлять туда, куда надо. Но для этого соображать надо. Не хотят, однако. Но не все.
Выбор аминокислоты экспериментально показан однозначным. Какие после этого ещё можно строить лингвистические теории?
Он однозначен. Однако, вопреки таблице кода. Вот это вы никак не поймете. Надо с начала начать. Сделаю. Попозже.
Еще раз посмотрите таблицу кода. Вы там можете увидеть, наконец, что пользоваться ею биосистемы не могут. Погибнут. Посмотрите внимательно на НЕ синонимические кодоны и увидите их неоднозначность. Всё. Больше не надо никаких дискуссий. А надо понять, как рибосомы выходят из неоднозначности кодонов-омонимов. Это же так просто. Но, понимаю, Крик-зомбаж действует пока сильно.
Этот пример, как вам самому известно, немного из другой оперы. Для инициации контекст важен, поэтому он и был обнаружен и изучен. А для трансляции контекст не важен, поэтому сотни тысяч различных генов транслируются по универсальному коду.
Кроме инициации описано довольно много случаев влияния контекста реальной (клеточной) мРНК на конечный продукт трансляции.
В зависимости от собственно "контекста", иногда находящегося довольно далеко от кодона, и внешних сигналов рибосома может:
- изменить значение кодонов (кроме селеноцистеина, супрессия терминирующих)
- сдвинуть рамку считывания в обоих направлениях
- перепрыгнуть без считывания
- сменить матрицу..
И это далеко не все при "рекодировании"(recoding) (перекодирование) в трансляции...
И это не меняет стандартный генетический код, но - дополняет - влиянием физ\хим контекста на..
Я не знаю чего конкретного вы хотите, но люди режут белки на пептиды, пептиды определяют массспеком и сопостовляют с последовательностью нуклеотидов, которая определена сиквенированием. Статья очевидно не единственная в своем роде, есть много работ по теме корреляции экспрессии с концентрацией белка, где в числе прочего просходит сравнение последователльностей. Если бы в раке были какие то необычные белки, то это привело бы к детекции необычных пептидов и народ бы уже шел за нобелевкой за опровержение модели Крика. Но этого не происходит как видите. Точнее необычные белки в раке таки есть, но они возникают за счет механизмов типа gene fusion, и в них аминокислотная последовательность прекрасно совпадает с универсальной таблицей кодонов имени тов. Крика, хотя нуклеотидный контекст там совсем другой.
Теперь я хочу отдельно зафиксировать, что вы наличие аномальной трансляции никакими экспериментальными данными сравнивающими аминокислотную последовательность и последовательность нуклеотидов подкрепить не можете. Согласны?
Не согласен. Пусть покажут коллинеарности Аминокислот и Кодонов. Нет этого. Уверовали, что она есть. А она, для омонимов ИЗМЕНЧИВА, т.е. вообще нет её. Значит, модель не верна. И вся генетика в @опе. Но проверить это - большая и тонкая работа. И опасная. Можно нарушить ложный канон однозначности и вылететь с работы. Вот и вся правда-матка. Проверьте. Не поленитесь. Будет не просто. Лень?
Кроме инициации описано довольно много случаев влияния контекста реальной (клеточной) мРНК на конечный продукт трансляции.
В зависимости от собственно "контекста", иногда находящегося довольно далеко от кодона, и внешних сигналов рибосома может:
- изменить значение кодонов (кроме селеноцистеина, супрессия терминирующих)
- сдвинуть рамку считывания в обоих направлениях
- перепрыгнуть без считывания
- сменить матрицу..
И это далеко не все при "рекодировании"(recoding) (перекодирование) в трансляции...
И это не меняет стандартный генетический код, но - дополняет - влиянием физ\хим контекста на..
Так и я об этом. Тактика-то работы рибосом не отменяется. Но без стратегии - тупик.
Warning: Spoiler![ Click to expand ][ Click to hide ]
Аннотация к отчету по результатам реализации проекта:
Одной из наиболее важных особенностей биосинтеза белка является способность рибосомы поддерживать правильную рамку считывания. Однако, многие RNA-содержащие вирусы (HIV I, SARS, Hepatitus C) используют программируемый сдвиг рамки считывания (-1ПСРС) для регуляции экспрессии генов их структурных белков и ферментов. В настоящее время регулирующие элементы -1 программируемого СРС рассматриваются как возможная мишень антивирусного воздействия. Для изучения молекулярного механизма -1ПСРС, происходящего на рибосоме в процессе трансляции, нами предложена экспериментальная модельная система, позволяющая следить за последовательностью событий, происходящих на рибосоме в процессе сдвига рамки считывания in vitro. Клонированный нами ген мРНК содержит все структурные элементы, необходимые для осуществления эффективного –1ПСРС, в том числе slippery-последовательность и псевдоузел. Сравнение экспрессии гена EF-Tu-His6, помещенного сразу за псевдоузлом, и экспрессии этого же гена в контрольной конструкции, не содержащей псевдоузла, позволило определить эффективность -1ПСРС ( 30% ) в предложенной системе in vivo. Модельная мРНК была активна в фактор-зависимом синтезе [3H]fMetTyrLeu[14C]Lys-тРНК на 70S рибосомах in vitro. Для оценки вклада slippery-последовательности в эффективность –1ПСРС были сконструированы гены матричных РНК с заменами нуклеотидов в различных положениях slippery-последовательности. Разработанную модельную систему предполагается использовать для получения количественных данных о кинетике и термодинамике синтеза пептидов на рибосоме, программируемой матричной РНК, способной вызывать сдвиг рамки считывания.
Программируемый сдвиг рамки считывания... Чем? Неизвестно. Поскольку такой сдвиг дает главное - сдвиг смыслов мРНК, то это лишний раз говорит о полисмысловости генов. Очень экономично. Сдвиг смылов мРНК = изменение контекстов. В этом связка с нашими соображениями.
Относительно стратегии в работе рибосом, так она проста - понять смысл мРНК (неведомый пока нам) и принять точные решения о выборе аминокислот, о стартах прыжков по мРНК текстам и местах "приземлений".
Чукче и др. Обещал начать с начала. Начинаю. Берете таблицу ген. кода и внимательно всмативаетесь, как я когда-то в аспирантуре, в не синонимические кодоны. И пытаетесь понять: как так, дублеты кодонов (1-й и 2-й, 3-й не участвует - воблирует) кодируют ОДНОВРЕНННО 2 РАЗНЫХ аминокислоты, как выбрать одну и не ошибиться? А то бо-бо будет.
Для Блаженного Ботаника ... Вам уже пользователь РР уже объяснил, что Вы, как и где заблуждаетесь, Вы что только что проснулись??? Мы Вам просто показали, где этот Ваш неумный энтузиазм еще можно использовать.
ps У жизни и сказки есть много общего. Например, кончается и та, и другая.
Для Блаженного Ботаника ... Вам уже пользователь РР уже объяснил, что Вы, как и где заблуждаетесь, Вы что только что проснулись??? Мы Вам просто показали, где этот Ваш неумный энтузиазм еще можно использовать.
Жаль, что, будучи провокатором, снова возвращаетесь на круги своя. Но вы же не Моисей, а всего лишь мойша с тавотной тряпкой для протирки оптических осей.
Чукча...для того чтобы понять что подразумевает Гаряев, следует изначально посмотреть на финальную картину которую он озвучивает...а это функции всего хромотина, без мусорных исключений..., так же говоря о сдвиге рамки, что можно предположить?...что либо петли шпилек фантомно виртуальные, либо у мРНК или сама или ещё как формирует волновую копию - дуплет, солитонами или ещё чем...и управление данным формированием лежит в области лингвистичности ЛВГ. Данный процесс подразумевается Гаряевым, но он не озвучивает его так как я, потому что озвучив этот бред, всё с ним станет моментально ясно, поэтому он и пытается размазывать сопли, раздувая спорные модели канонической схемы. Психология восприятия - всё просто...зри в корень-так сказать.
Программируемый сдвиг рамки считывания... Чем? Неизвестно. Поскольку такой сдвиг дает главное - сдвиг смыслов мРНК, то это лишний раз говорит о полисмысловости генов. Очень экономично. Сдвиг смылов мРНК = изменение контекстов.
Это - "Программируемый сдвиг рамки считывания" - просто принятый термин.
Обозначающий, что в структуре некоторых мРНК (в основном вирусных) есть сигналы - "скользкий" мотив и "псевдоузел", на котором рибосома тормозится и может сделать шаг назад (-2 и +1 тоже может). Меняется рамка считывания.
Это и есть реальный контекст, меняющий смысл. Не наоборот.
Это - "Программируемый сдвиг рамки считывания" - просто принятый термин.
Обозначающий, что в структуре некоторых мРНК (в основном вирусных) есть сигналы - "скользкий" мотив и "псевдоузел", на котором рибосома тормозится и может сделать шаг назад (-2 и +1 тоже может). Меняется рамка считывания.
Это и есть реальный контекст, меняющий смысл. Не наоборот.
Шаг назад здесь - это иной "взгляд" на тот же текст, взгляд, "увидевший" другой смысл мРНК, например, прежний. Шаги вперед-назад это смены контекстов-смыслов. Крутимся с тобой вокруг одного и того же.
Опять начался повторяться старый сценарий действия Блаженного Ботаника, он уже оказывается всем и все доказал и теперь будет трубить о своих мифических литературно-макулатурных достижений в различных печатных изданиях...
Послушайте, любезный, вы же видите, что форум вышел на нормальный уровень беседы, где никто никого не пытается обидеть. Вы же снова пытаетесь толкнуть всех в грязное болото ругани. Напрасно.
Предлагаю всем остаться в рамках приличий и продолжать мирно беседовать. Или, по крайней мере, на реагировать провокации и явную некомпетентность, что относится прежде всего к "чукче" и нашему Чилийскому другу.
Для Блаженного Ботаника ...
Вам еще раз показали что там где Вы ищите то, что вы называете "контекст" - его нет, особенно в том плане как некий философский подход - типа там что то есть, но никто этого не видит ..
...иной "взгляд" на тот же текст, взгляд, "увидевший" другой смысл мРНК, например, прежний. Шаги вперед-назад это смены контекстов-смыслов...
Наука не оперирует понятиями "взгляд",или вот этот перл - какой то взгляд "увидевший" другой смысл, или новой не опознанной физико-математической операцией "смены контекстов-смыслов"..
ps Жизненный девиз: вытри сопли и помоги себе сам!
Вам еще раз показали что там где Вы ищите то, что вы называете "контекст" - его нет, особенно в том плане как некий философский подход - типа там что то есть, но никто этого не видит ..
...иной "взгляд" на тот же текст, взгляд, "увидевший" другой смысл мРНК, например, прежний. Шаги вперед-назад это смены контекстов-смыслов...
Наука не оперирует понятиями "взгляд",или вот этот перл - какой то взгляд "увидевший" другой смысл, или новой не опознанной физико-математической операцией "смены контекстов-смыслов"..
ps
Принял к сведению. Это ваше личное мнение. Ошибочное.
Предложение - не использовать больше словосочетание "Блаженный ботаник", как оскорбительное. Этот стиль не приемлю.
Шаги вперед-назад это смены контекстов-смыслов. Крутимся с тобой вокруг одного и того же.
нет
под контекстом в тексте они понимают сигнальные последовательности в мРНК
а рибосома в зависимости от - переводит текст в другой смысл
= крутитесь это вы с чукчами не принимая принятых терминов
я настолько упрощенно говорю о трансляции, где в ее регуляции играют сотни факторов, начиная от самой мРНК и белков рибосом с рРНК, кончая кучей белков инициации, элонгации и терминации , и тРНК с аминоацилсинтетазами и тд - потому
что все это представляю в самом общем виде, не более
хоть и более в общем виде, чем РР
- но я бы никогда не стал говорить о ней вашим языком и чукч
Что то Вы стали грубить пользователь Олег...???
Могли бы и объяснить Нам с пользователем nonlocality где тут ошибка...
Лично мы в "Чуме..." упор делали не на то, что происходит в самой рибосоме, а в очередях к этой структуре, к той последовательности которой ей и управляют...
ps В жизни главное - не лениться. Захотел поспать? Поспи.
Не согласен. Пусть покажут коллинеарности Аминокислот и Кодонов. Нет этого.
А что по вашему показывает массспек? Он как раз и показывает набор аминокислот, который сравнивают с последовательностью нуклеотидов и наблюдают эту саму вашу коллинеарность.
Впрочем согласиться я вас просил с другим фактом - с фактом того, что отсутствие коллинеарности является исключительно вашим голословным утверждением, которое не подкреплено экспериментом. Поэтому очень уместно звучит вот эта фразаnonlocality wrote:
Проверьте. Не поленитесь. Будет не просто. Лень?
Почему бы вам самому и не провести эксперимент? Стоимость эксперимента низкая, реагенты заказать легко, чего же вы за столько ничего не сделали, а советуете это делать мне? Я к вашему сведению даже не биолог, у меня совсем другая специальность, просто образование хорошее.
Почему бы вам самому и не провести эксперимент? Стоимость эксперимента низкая, реагенты заказать легко, чего же вы за столько ничего не сделали, а советуете это делать мне?
он сам не сможет
тут хоть какой то навык нужен
= ну сколько раз я ему про лаборатории здел ?
да и пущино под боком и курчатовский центр с фарикой белков
Что то Вы стали грубить пользователь Олег...???
Могли бы и объяснить Нам с пользователем nonlocality где тут ошибка...
Лично мы в "Чуме..." упор делали не на то, что происходит в самой рибосоме, а в очередях к этой структуре, к той последовательности которой ей и управляют...
давайте так
- вы -
ищете возможные внешние сигналы типа эми - на влияние на фенотип
Да тут эксперимент то для биолога достаточно простой. Практически все можно заказать и оборудования практически никакого не надо. Масс-спек можно отправить делать в лабу, где есть оборудование. Стоит все копейки. Впрочем, как показывают работы на которые я сослался, результат предсказуем - трансляция идет в точности по модели Крика.nonlocality wrote:
Шаг назад здесь - это иной "взгляд" на тот же текст, взгляд, "увидевший" другой смысл мРНК, например, прежний. Шаги вперед-назад это смены контекстов-смыслов. Крутимся с тобой вокруг одного и того же.
Нет. Шаг назад, это можно сказать механика, обычное проскальзывание. Трансляция то идет строго по Крику - однозначно. Кстати и смыслах. Вот какой смысл в коротком случайном наборе нуклеотидов? Уж точно смысла заложенного природой в процессе эволюции тут нет, а транслируется по Крику. Почему?
Нет. Шаг назад, это можно сказать механика, обычное проскальзывание. Трансляция то идет строго по Крику - однозначно. Кстати и смыслах. Вот какой смысл в коротком случайном наборе нуклеотидов? Уж точно смысла заложенного природой в процессе эволюции тут нет, а транслируется по Крику. Почему?
зачем ты мне мозги то пачкаешь
= однозначно идет по ниренбергу но с вариантами контекста
- ну да за**** прямо
= и только потому что ты РР - враг народа - и курилы японцам
