Уже теплее... Следовательно в синтезированных клетках
Чукча вы о чем, какие ещё синтезированные клетки?Олег wrote:
= ну важен
даже если хотя бы десятки
= селеноцистеин
Это правильный пример, тут действительно контекст важен при трансляции UGA. Контекст оказался шпилькой (элемент вторичной структуры) и модель Крика подправили. Все как и положено - эксперимент показал отличия от модели, биофизики нашли объяснение и уточнили модель.
Для РР
т.е.синтезированные клетки по Крейг Вентеру (варианты синтетической биологии) ...не имеющих паразитных вкраплин. Они работают как автоматы...
А, вот живые био-клетки имеют некоторые особенности (варианты мусорной ДНК), и вот тут то и стоит выбор - где и как начать, и почему именно с этого места.
Тем более, что странности начинаются чуть ранее - право выбора переходит к некому количеству уже сделанных РНК,мРНК,тРНК (часть из них и мусорных сегментов) и они НЕ СЛУЧАЙНО оказываются в нужном месте и в нужно время. Именно этот "рой" и представляет интерес, в плане управляемости (сортировка перестановка и так далее, т.е. организация нужных очередей..)
Вот об этом "контекстном" рое с вероятностями мы и пытаемся разобраться.
ps У пьющего народа и сажень косая.
Скажите, а почему вы у меня ссылки просите? Неужели вы не изучали этот вопрос вдоль и поперек? Разве это не ваша область, почему бы вам не провести эксперимент, доказать нарушение модели Крика и получить нобеля? Хорошо, вот вам ссылкa, изучайте. pubs.acs.org/doi/full/10.1021/pr4007409
Здесь, судя по абстракту (прочту полностью позже), ни слова о коллинеарностях. По видимому, полагают, что это вопрос решенный, что неверно.
Здесь, судя по абстракту (прочту полностью позже), ни слова о коллинеарностях.
Я не знаю чего конкретного вы хотите, но люди режут белки на пептиды, пептиды определяют массспеком и сопостовляют с последовательностью нуклеотидов, которая определена сиквенированием. Статья очевидно не единственная в своем роде, есть много работ по теме корреляции экспрессии с концентрацией белка, где в числе прочего просходит сравнение последователльностей. Если бы в раке были какие то необычные белки, то это привело бы к детекции необычных пептидов и народ бы уже шел за нобелевкой за опровержение модели Крика. Но этого не происходит как видите. Точнее необычные белки в раке таки есть, но они возникают за счет механизмов типа gene fusion, и в них аминокислотная последовательность прекрасно совпадает с универсальной таблицей кодонов имени тов. Крика, хотя нуклеотидный контекст там совсем другой.
Теперь я хочу отдельно зафиксировать, что вы наличие аномальной трансляции никакими экспериментальными данными сравнивающими аминокислотную последовательность и последовательность нуклеотидов подкрепить не можете. Согласны?
синтезированные клетки по Крейг Вентеру (варианты синтетической биологии) ...не имеющих паразитных вкраплин
Вы совсем ничего не понимаете, хуже Вики. Я писал не про трансляцию внутри клеток, а про технологию трансляции транскрипта вне клетки, в том числе и полностью синтетических транскриптов или очень коротких, про которые нельзя сказать, что у них есть хоть какой то биологический контекст. Выбор аминокислоты экспериментально показан однозначным. Какие после этого ещё можно строить лингвистические теории?
РР, вы ждете не дождетесь пока я о вас выскажу мнение?
С чего вы взяли, меня ваше мнение обо мне не интересует, вы же меня даже не знаете. Если вы выскажите мнение по поводу того, какие экспериментальные данные заставили вас подвергать сомнению таблицу кодонов, это будет интересней и продуктивней.
РР, вы ждете не дождетесь пока я о вас выскажу мнение?
С чего вы взяли, меня ваше мнение обо мне абсолютно не интересует, вы же меня даже не знаете. Если вы выскажите мнение по поводу того, какие экспериментальные данные заставили вас подвергать сомнению таблицу кодонов, это будет интересней и продуктивней.
Не будет не интересней не продуктивней. К таблице кодонов претензий нет. Мы по кругу начали?
К таблицей кодонов претензий нет. Мы по кругу начали?
Что значит по кругу? Вы до сих пор не соглашались, что трансляция идет однозначно. Ссылки требовали, писали даже что вобще не знаете как экспериментально было установлено соответствие аминокислот кодонам.
Ну а раз теперь вы согласная, то значит тему о лингвистичности (точнее ее отсутствия) генома можно считать закрытой?
К таблицей кодонов претензий нет. Мы по кругу начали?
Что значит по кругу? Вы до сих пор не соглашались, что трансляция идет однозначно. Ссылки требовали, писали даже что вобще не знаете как экспериментально было установлено соответствие аминокислот кодонам.
Ну а раз теперь вы согласная, то значит тему о лингвистичности (точнее ее отсутствия) генома можно считать закрытой?
Я всегда говорила об однозначности трансляции. Дайте себе труд - перечитайте посты.
Спрашивала про статью, действительно. За это спасибо. Она 1966 г, кажется, ее оригинал мало кто знает, как ни странно. Чтобы опять мои слова не перекрутили - ключевое слово - оригинал.
Мне все равно, считаете вы тему лингвистичности закрытой или нет.
На этом, надеюсь, все.
РР, вы говорите о трансляции белков при нормальных условиях, если можно так сказать.
Транскрибируемые участки ДНК - они определены.
Однако, существуют аденоврусы, которые встраивают свою ДНК, тем самым изменяя контекст (если мы уж начали про контекст говорить). И пока клетка размножает вирус, то как знать
каких белков, уже с измененным контекстом, насинтезируется.
Надо ли понимать вас так, что под "как знать каких белков" вы подрузомевали, что белки будут с криковской последовательностью аминокислот, просто будет экспрессироваться не то, что обычно экспрессируется? Если так то причем тут волновой геном? Этим вопросом занимается масса народа использую NextGen сиквенирование.
Как тогда понимать вот эту фразу, которая показывает, что претензии таки есть. Что я неправильно понял в вашей позиции?Вика wrote:
Ув.РР , где белок в RNA-Seq и DNA-Seq? Вразумите уж до конца. Или же это секвенирование, к которому нет претензий.
Вы занете,РР, хочу вам ответить, но думаю, воздержусь.
Вот почему. Я не привыкла к дискуссии, заканчивающейся "ты дурак, а я умный".
Тем более, когда перекручиваются слова собеседника.
Вам зачем мое мнение?
Тем более, когда перекручиваются слова собеседника.
Не понимаю чем я вас обидел Вика. Я привел ваши вопросы и фразы, которые заставили меня думать, что у вас есть претензии к центральной догме молекулярной биологии. Если я вас неправильно понял, то просто напишите, что вы имели ввиду, что конкретно вызвало ваши претензии и послужило причиной интереса к ЛВГ.Вика wrote:
Вам зачем мое мнение?
Ну мы же с вами ведем научную дискуссию. Если оппонент отказывается или не способен четко сформулировать свою позицию, то что можно обсуждать? Можно только скатиться на уровень взаимных оскорблений и истерики, кои в этой ветке и наблюдались пока я не провел тут вакцинацию.
А вообще, господа, форум приобретает нормальное звучание, чистится. Это здОрово и здорОво. Дальше бы так.
А может быть Гаряев подразумевает нетранслируемые области, но об этом открыто не говорит, так как предполагает что в мРНК, они всё таки участвуют в синтезе белка? Или же петлю шпильки, раз он говорит о комплементарности? Или же открытые рамки считывания и отсутствие стоп-кодонов предполагающие исключения и в таком предположении стартовые и терминирующие кодоны не отличаются от канонических, и в таком случае, при определении рамки считывания не применяются алгоритмы, которые учитывают эти различия, и в таком случае интроны при сплайсинге не вырезаются из мРНК и тогда оператор отдыхает...?...
И если моё предположение верно, что Гаряев воткнул шпильки с узлами на все интроны, предположив нетранслируемые области в участии, то может быть и сайт связывания пропускает AUG, а рибопереключатель вообще не нужен, так как экспрессия идёт исключительно по интронной волновой компоненте, которая и подразумевается Гаряевым контекстом...?...
Пётр Петрович...это так?
Трансгены беспорядочно засовываемые в геномы биосистем искажают контекстный пейзаж, что заставляет белок синтезирующую систему ошибаться в выборе аминокислот и штамповать неправильные белкИ.
Ну какой же это контекст...
Засуньте в какую либо программу лишний байтик, и посмотрите, что будет Мало не покажется.
Изменилась последовательность, изменился результат.
И нечего с копьями мельницы штурмовать
Ну какой же это контекст...
Засуньте в какую либо программу лишний байтик, и посмотрите, что будет Мало не покажется.
Изменилась последовательность, изменился результат.
И нечего с копьями мельницы штурмовать
В случае днк лишний болтик - это чужеродный текст, меняющий смыслы или обессмысливающий ДНК тексты. И второе, чужой кусок ДНК аномально меняет жидкокристаллическую структуру хромосом, их знаковую, в т.ч. голографическую, топологию. А это не хорошо.
Мало не покажется.