Если бы моя Винда обладала сознанием, то после постов Дмитрия она бы ругнувшись просто бы выключалась или перезагружалась. А так - ничего - работает, согласно, заложенной в ней процедурам.
Вика, Вы хотите знать почему тот или иной белок кодируется только так, а не иначе? - ОСМОС - изучайте. Тот же совет Гаряеву. Не надо быть генетиком, надо просто понимать законы процессов жизне-образования...с этим у вас обоих швах.
Владимирович, дискуссий в случае компа и быть не может, бо его человеческий разум создал.
И он знает что и как. Все решения компа прогнозируемые. Все разговоры о два или три идут от того, что встречаются, и не редко, "вещи", не укладывающие в современное представление. Уже много раз говорили о том, что экспрессия генов - не изучена, не то чтобы до конца, а и на треть. Микро-РНК с их функциями не так давно открыли. И много-много чего. Резус-фактор, где-то в 60-х годах токо выявили (а это "вчера"). А до этого рассказывали женщинам о черти чем. От неизвестности в генетики все эти дискуссии о трех или двух. А вы мне про комп!
Владимирович, дискуссий в случае компа и быть не может, бо его человеческий разум создал.
И он знает что и как. Все решения компа прогнозируемые. Все разговоры о два или три идут от того, что встречаются, и не редко, "вещи", не укладывающие в современное представление. Уже много раз говорили о том, что экспрессия генов - не изучена, не то чтобы до конца, а и на треть.
Петрович говорит о том, что два кодона плюс контекст тоже будет однозначно.
Ну и где разница?
Назовем контекст операндом. Или третьим кодоном.
Вам так важно, как это будет называться?
Они ведь все, Очкарики, такие. Им главное название придумать.
Пока не придумал, смотреть на него жалко, дурак дураком. Ну а как придумал какой-нибудь омонимический кодон, тут ему словно все понятно становится, и сразу ему жить легче.
Резус-фактор, где-то в 60-х годах токо выявили (а это "вчера"). А до этого рассказывали женщинам о черти чем. От неизвестности в генетики все эти дискуссии о трех или двух. А вы мне про комп!
А нормальный комп появился еще позже
P.S. Вика, не нужно подменять тему дискуссии.
Я нисколько не сомневаюсь, что генетика, как наука, далека от коллапса и у нее еще очень много перспектив и открытий.
Но вот почему все это преподносится мне, как обоснование конкретно омонимии?
Дмитрий, ну Вы достали уже флудить. Ничего же конструктивного же сказать не можете.
Как шакал Табаки, чессн слово.
Странно слышать Владимирович и быть воспринятым подобно.
Значит Вы не внимательно читали 28 тему, в частности мои посты, тогда бы Вы более чётко представляли с кем ведёте дискуссию в лице Вики, которая тут говорит о кодонах, биосинтезе и иже с ним, когда всего навсего три месяца назад узнала, лично от меня, где расположены в спирали ДНК водородные связи. Если бы при этом тут не было её заявления что она воспитывалась на Крике, то я счёл бы её ген дискуссии тут, как самообразование, но с подобными заявлениями о взращивании - уж извините, как то это дурно пахнет,....и пытаться вникнуть в то что говорит человек, не разбирающийся в азах генетики, в которых даже школьник смыслит больше, и читать во истину шакальские реплики от Гаряева, в ответ на дверные росписи полного дилетанта - типо
Красиво,
но еще непонятнее для не генетиков. Хотя, думаю, Владимирович, поймет.
- увольте...
по этому сарказм по фагоцитам более чем уместен в моём лице, так как приходится быть этаким ассенизатором...(как собственно и Вам, с Олегом)
Спросите у неё самой, что именно я, в картинках, по скайпу, ей объяснял про водородные связи и почему они там где они есть а не в другом месте...
надеюсь она не скатится до откровенной лжи, как Гаряев, хотя наверняка попытается данный факт, своей недавней малограмотности, извернуть, как это было с ней же по вопросу воды-проводником... - кто знает...с кем поведёшься, так сказать...
Владимирович, я не генетик, но я немного понимаю биохимические процессы, протекающие на клеточном уровне.
Я не разбираюсь в кодировках, но понимаю что сборка белков, действительно обусловлена ЭМИ внутри клеточного пространства, а так же сборка полимеразой иРНК, информативная динамика которых, порождается осмическими потоками, закономерность их течения обусловлены хим. разницей молекул + -, в 28 теме я выкладывал все молекулы из чего состоит ДНК, с пояснениями свойств атомов в связках, но тогда мы с Вами переключились на фононный спор.
Не надо быть генетиком чтоб понимать элементарные хим. истины.
Об этом можно говорить детально и конструктивно, но когда диалог ведёт человек путающий водородные связи с сахаро-фосфатной цепью - и при этом пытается Вам - физику, что то объяснить и научить из области генетики - уж звиняйте - недочитали Вы мои посты и недопоняли ситуации, как с Викой так и с Гаряевым.
__________________________
по конструктиву -
Об этом можно говорить детально и конструктивно, но когда диалог ведёт человек путающий водородные связи с сахаро-фосфатной цепью - и при этом пытается Вам - физику, что то объяснить и научить из области генетики - уж звиняйте - недочитали Вы мои посты и недопоняли ситуации, как с Викой так и с Гаряевым.
Когда мне говорят о моем непонимании ситуации, то мне всегда хочется спросить - а судьи кто?
Дмитрий, перечитайте последние посты, что Вы тут наплодили, и процитируйте мне оттуда что-нибудь, кроме обычной занудной жвачки, повторенной уже много раз
а так же на указатели на осмос, о котором я более подробно писал в 28 теме.
а так же мой пост 1316, с моим предположением и рассуждением о мусорном ДНК...
предыдущий пост же 1329 дополнение - по конструктиву
Т.е в предыдущих постах конструктива не было. Этот был добавлен позже.
Притом ссылки на какую-то бню не по теме нашей беседы с Викой.
Итого - чистый флуд
пост 1316, с моими рассуждениями о мусорных ДНК
Владимирович, если посчитать соотношение флуда Вики и Гаряева, то я буду тут блистать конструктивностью...
...прямо сейчас и начну...-)
__________________________________________________
итак -
что мы имеем?
, для начала посмотрим на транскрипцию -
всё ясно - РНК полимераза ползёт по ДНК, распутывает копирует -
тут интересно посмотреть что это за зверь такой ползучий - полимераза -
и вот что про зверя этого скатообразного с пастью, говорят учёные мужи -
Разберем более подробно молекулярную структуру кор-фермента. Как было сказано выше, кор-фермент состоит из α- и β-субъединиц. Они соединены так, что образуют как бы «пасть» или «клешню». α-субъединицы находятся в основании этой «клешни», и выполняют структурную функцию. С ДНК и РНК они, по-видимому, не взаимодействуют. ω-субъединица – небольшой белок, который также выполняет структурную функцию. Основная часть работы приходится на долю β- и β΄-субъединиц. На рисунке β΄-субъединица показана наверху, а β-субъединица - внизу.
Внутри «пасти», которая называется главным каналом, находится активный центр фермента. Именно здесь происходит соединение нуклеотидов, образование новой связи при синтезе РНК. Главный канал в РНК-полимеразе – это то место, где во время элонгации находится ДНК. Еще в этой структуре сбоку есть так называемый вторичный канал, по которому подаются нуклеотиды для синтеза РНК.
Распределение зарядов на поверхности РНК-полимеразы обеспечивает ее функции. Распределение очень логично. Молекула нуклеиновой кислоты заряжена отрицательно. Поэтому полость главного канала, где должна удерживаться отрицательно заряженная ДНК, выложена положительными зарядами. Поверхность РНК-полимеразы выполнена отрицательно заряженными аминокислотами, чтобы ДНК к ней не прилипала.
очень прошу запомнить строки - Распределение зарядов на поверхности РНК-полимеразы обеспечивает ее функции. Распределение очень логично. Молекула нуклеиновой кислоты заряжена отрицательно. Поэтому полость главного канала, где должна удерживаться отрицательно заряженная ДНК, выложена положительными зарядами. Поверхность РНК-полимеразы выполнена отрицательно заряженными аминокислотами, чтобы ДНК к ней не прилипала.
далее о звере -
РНК-полимераза работает как молекулярная машина, и в ней есть различные детали, каждая из которых выполняет свою функцию. Например, нависающая над "пастью" часть β΄- субъединицы удерживает передний ДНК-дуплекс. Эта часть называется "заслонкой". После связывания с ДНК заслонка опускается, проходя путь в 30 ангстрем, и зажимает ДНК так, чтобы она не могла выпасть в процессе транскрипции.
внутри "пасти" находится активный центр РНК-полимеразы, то есть то место, где непосредственно происходит комплементарное взаимодействие поступившего по боковому каналу рибонуклеоиздтрифосфата с ДНК-матрицей. Если вновь прибывший нуклеотид комплементарен матрице, то он ферментативно пришивается к свободному 3' –концу РНК. По характеру реакция образования новой связи в РНК относится к реакциям нуклеофильного замещения. В ней участвуют два иона магния. Один ион постоянно находится в активном центре, а второй ион магния поступает с нуклеотидом и после образования новой связи между рибонуклеотидами уходит, затем поступает новый нуклеотид со своим новым ионом магния.
из этого отрывка так же просьба запомнить пару словес - В ней участвуют два иона магния. Один ион постоянно находится в активном центре, а второй ион магния поступает с нуклеотидом и после образования новой связи между рибонуклеотидами уходит, затем поступает новый нуклеотид со своим новым ионом магния.
примерно вот как то так -
сами агрегаты полимеразы по отдельности можно проанализировать тут -
а так же показательный момент в -
Известно, что магний координирует связь между фосфатами растущей молекулы ДНК и фосфатами вновь входящих нуклеотидов. При этом происходит последовательность реакций, называемых реакциями нуклеофильного замещения. Известно, каким образом меняются связи внутри этого комплекса. Новый нуклеотид приходит, будучи связанным с еще одним ионом магния. Новый нуклеотид таким образом взаимодействует с растущей цепью ДНК. В конце реакции, второй ион магния выводится из активного центра фермента.
и от сюда уже нам надо запомнить совсем чуть чуть, а именно - Новый нуклеотид приходит, будучи связанным с еще одним ионом магния
далее не утомляя слушателей рассказами про заслонки и альфа-спиральные структуры, инициациями транскрипций, попробую перейти к сути вопроса, то есть к трансляции и упустив описания рибособы с её большими и малыми субьединицами, подойдём поближе к аминоацил-тРНК синтетазам и посмотрим в пасть этому чудовищу -
и оказывается эти монстры -
Распознают подходящие друг другу тРНК и аминокислоты
и мало того -
Для каждой аминокислоты есть своя аминоацил-тРНК синтетаза
то есть их много но суть понятна -
далее -
В рибосоме находится матричная РНК (мРНК). С кодоном (тремя нуклеотидами) мРНК комплементарно связан антикодон транспортной РНК, на которой висит остаток аминокислоты. На рисунке видна такая структура (тРНК вместе с аминокислотой, которая называется аминоцил-тРНК).
Процесс трансляции, также как и процесс транскрипции, связан с перемещением вдоль молекулы нуклеиновой кислоты, разница в том, что рибосома шагает на три нуклеотида, в то время как РНК-полимераза - на один.
Аминоцил т-РНК входит в рибосому, комплементарно связываясь с кодоном мРНК, затем происходит реакция при которой аминокислотные остатки связываются друг с другом, а т-РНК удаляется.
и в данном случае ключевыми словами являются - рибосома шагает на три нуклеотида, в то время как РНК-полимераза - на один
и -
"Словарь" для перевода с языка нуклеотидов на язык аминокислот называется генетическим кодом. Аминокислот - 20, нуклеотидов – 4, число комбинаций из 4 по 2 = 16, а аминокислот 20, поэтому кодировка не двух, а трехбуквенная, каждая тройка называется кодоном. Каждая аминокислота кодируется тремя нуклеотидами в мРНК (которая, в свою очередь, кодируется ДНК).
В таблице на рисунке боковые столбцы кодируют левую и правую букву кодона, верхняя строка – среднюю. Например кодон AUG кодирует аминокислоту метионин. Число комбинаций из 4 по 3 = 64, то есть некоторые аминокислоты кодируются несколькими кодонами. Три кодона не кодируют никакую аминокислоту, они называются терминирующими. Когда они попадаются в мРНК, рибосома прекращает свою работу и готовая полипептидная цепь выбрасывается наружу.
И с чем тут спорит Гаряев...?...а самое главное, какие факты он приводит в пользу своей лингво-дуплетной гипотезы, и какой логике сопутствуется?
Или его не устраивает, что в данной модели нет умной рибосомы, читающей огненные слова на иврите прописанные на РНК?
Так что на это можно сказать - наверное не обрезанная она - в смысле рибосома, тфилин не выдали и в микве не искупали, да и синагог там не наблюдается..., а может просто гиюр не прошла...кто знает жизнь этих микро-жителей...?...
______________________________________
а про осмос и железяки в зверях разных, стоит говорить не в этой теме, пропитанной ложью Гаряева и моим повторяющимся сарказмом...
Гаряев говорит о сознании рибосомы ( я поняла его слова именно так). Ее способности читать текст, думать, выбирать осмысленно. Синтез, как я поняла Гаряева, это не механический акт.
В выбор аминокислоты входит учет с какого места рибосома читать начала, потом она перепрыгнуть могла на др.место иРНК - это все контекст. Изменился контекст - изменился выбор аминокислоты.
Одна беда, как контекст не меняй, а трансляция идет одинаково - по универсальной таблице кодонов. Тоесть контекста никакого и нет. Про контекст и механизмы его влияния можно было бы говорить, если бы и в самом деле не было однозначного соответствия между кодоном и аминокислотой, а так это просто нелепые разговоры, не имеющие под собой никаких экспериментальных оснований.
а так это просто нелепые разговоры, не имеющие под собой никаких экспериментальных оснований.
Что и было наглядно доказано выше.
В очередной раз уткнув Гаряева в его же фантазийную ложь и болезненное поведение, сопутствуясь исключительно логике и фактам.
Одна беда, как контекст не меняй, а трансляция идет одинаково - по универсальной таблице кодонов. Тоесть контекста никакого и нет. Про контекст и механизмы его влияния можно было бы говорить, если бы и в самом деле не было однозначного соответствия между кодоном и аминокислотой, а так это просто нелепые разговоры, не имеющие под собой никаких экспериментальных оснований.
Таблица не контекст, но словарь. Видите, какие у вас нелепые доводы.
Одно из экпериментальных обоснований ошибочности "канонической" модели кода - раковые и другие заболевания, вызываемые ГМ пишей у животных (масса исследований). И у людей, вероятно, тоже.
Одно из экпериментальных обоснований ошибочности "канонической" модели кода - раковые и другие заболевания, вызываемые ГМ пишей у животных (масса исследований). И у людей, вероятно, тоже.
Опять потянула Блаженного Ботаника в мировые философские заросли..
Беда Блаженного Ботаника, что его в то далекое время пригласили в коллектив технических сотрудников, и он по мере своих способностей стал транслировать их мысли в контекстном поиске как бы “свое видение” процессов, естественно запутавшись в определениях. Тут же происходит дикое переплетение - механики. химии, физики и математики с азами ботаники и т.д.. И если абстрагироваться от ошибок, всегда встречающихся при подобных рассуждениях, то нужно найти некое суррогатное свойство присущее для всех этих построений. Мы в своем “Чуме..” из Страны Обетованной считаем, что это явление лучше всего свойственно ЭИ-полям (вернее пакетам из них) обеспечивающих поиск и доставку в “контекстном” понимание этих слов суррогатного материала в виде “дверей”-молекул для их законопоставленных вариантов сборки. В этом случае, не трогаются уже отработанные учеными варианты (т.е. устаканившиеся принципы, это что бы пользователю Олегу легче было понять о чем тут разговор), но выдвигается другое видение тех же самых процессов, но с точки зрения “информационного” костыля ЭМ-полей для обеспечения этой же работы. Если понимать этот процесс, с таких позиций и исправить некоторые стратегические ляпы Блаженного Ботаника, то такой подход будет достаточно перспективен, наметки даны Инквизитором в форме вероятностных “дверей” выбора, достаточно удачны. И учитывая явный скептицизм такого подхода мы и обкатываем этот вариант для получения экспериментальных данных основанных на нечто подобных процессах рН в буфере. Своеобразно имитируя процесс из поста Дмитрия/, но только в новой среде, оставляя основные принципы не тронутыми.
ps Если у вас яйцо в утке, то это ещё не значит, что вы Кощей Бессмертный.
Возможно, вы просто неудачно упали с больничной койки.
Тут надо просто сопоставить тезисы.
Получается, что триплет однозначно определяет аминокислоту, а двуплет не однозначно - появляются омонимы.
С точки зрения банальной логики меня не удивляет, что оба утверждения могут быть истинными
с точки зрения логики - это так и есть
но реально код триплетный
и Гаряев цепляется за один из двух реальных омонимов-триплетов - "УУУ" и тд.....
Может быть, эти странные неканонические способы кодирования аминокислот помогут пролить свет на тайну происхождения генетического кода. В статье об этом не говорится, но ведь можно предположить, что в ходе эволюции механизмов специфического синтеза полипептидов в РНК-мире строгое и однозначное соответствие между кодонами и аминокислотами сформировалось не сразу, и поначалу весь генетический код держался «на шпильках».
но сейчас код - триплетный
(аминокислот не 16)
и как рибосома выбирает аа-тРНК по третьему нуклеотиду - те, кто этим занимаются - понимают..
Вот мне специалисты, РР и Олег( хоть и пьяный ) говорят, что неднозначности с тремя кодонами практически нет. Кроме двух типа.
я этой темой не интересуюсь, но понимаю так - есть статьи в реферируемых журналах - значит есть дефекты в теории Крика.
Нет статей - значит дело обстоит так, как я только что объяснил на пальцах ( примере Билли)
Статья с пугливой критикой модели кода есть: Lagerkvist U. “Two out of Three”: an alternative method for codon reading.Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1978.V. 75. P. 1759-1762. Но, оправдывая канон-модель, Лагерквист сказал нелепость, что таких двусмысленных кодонов в генах мало, что неправда. А если было бы много, тогда, мол, беда. Это мысль Лагерквиста, не моя. Так их и есть много, таких кодонов-омонимов. Да и вообще достаточно одного такого кодона - UUU, чтобы код давал ошибки в производстве белков. Насчет UUU кодона Крик и Ниренберг признали, что ДА, есть проблема и им она не по зубам.
Вообще, я не пойму, что тут непонятного с триплетами? Посмотрите таблицу белкового ген кода, вы увидите разделение его пополам на синонимы и омонимы. Если, конечно, учтете Вобл-гипотезу Крика. Я уже забодался за эти годы объяснять очевидное. Дам аллегорию. Вот воюющая аримия с ген... еральным кодирующим штабом. У армии прекрасное тактическое руководство, вышколенные солдаты и их много. Хорошо обучены, метко стреляют, знают Устав на зубок. НО стратегия неверная. Выиграют они в сражении (за Здоровье )? Нет, конечно. Так и с моделью кода. Там с тактикой все в порядке. Но стратегия ошибочна. Отсюда глобальная ошибка с ГМ пищей и Синтиями. И это тупик генетики, как бы не защищал её Владимирович. Поставьте грамотно вопросы по модели кода, еще и еще раз отвечу.
...и как рибосома выбирает аа-тРНК по третьему нуклеотиду - те, кто этим занимаются - понимают..
Понимать понимают, воспроизвести не могут ..
Для Блаженного Ботаника написАвшему ..
.. Я уже забодался за эти годы объяснять очевидное..
При чем тут модель кода..., работает и не надо ее трогать, вопрос в объяснении почему же она работает именно так, и как это можно использовать ...
ps Больше всего человек ненавидит тех, кто смеётся ему прямо в глаза, а не тех, кто смеётся за его спиной.
и как рибосома выбирает аа-тРНК по третьему нуклеотиду - те, кто этим занимаются - понимают..
Не понимают. Для синонимов - триплетный сразу. Для омонимов код ОТРИПЛЕЧИВАЕТСЯ после распознания их семантики через контекст мРНК. Ведь просто, как репа. Что непонятного? Ужас. 5 лет объясняю. Поставьте хотя бы грамотно вопросы или дайте аргументированную критику. Ни того, ни другого НЕТ. Как и в молбиоле. Но Лагеквист (авторитет) все-таки усомнился. Да и акад РАН Л.Овчинников - тоже. Цитировал.
в пределах 5-10ти нуклеотидов слева или справа от кодона в зависимости от их последовательности довольно часто рибосома "выбирает", какую именно аминоацил-тРНК ей выбрать и тд
случаи влияния "шпилек" в мРНК на более далеких от кодона расстояниях также описаны
в пределах 5-10ти нуклеотидов слева или справа от кодона в зависимости от их последовательности довольно часто рибосома "выбирает", какую именно аминоацил-тРНК ей выбрать и тд
случаи влияния "шпилек" в мРНК на более далеких от кодона расстояниях также описаны
Ты и они, как Мольеровский господин Журден, не подозреваете, что всю жизнь говорите прозой. Или, как бабуся, уверяющая, что отлично видит и забывшая, что на носу очки.
Ну теперь понятно, что Блаженный Ботаник оперирует многими тысячелетиями эволюции кодонов в будущем, и ему не когда заниматься такими мелкими проблемами - как доказательствами. Есть же эффект плацебо. и оно все спишет, со временем ...
ps По статистике, фразу "О, боже, какой огромный!" чаще всего слышит маленький паучок.
Ну теперь понятно, что Блаженный Ботаник оперирует многими тысячелетиями эволюции кодонов в будущем, и ему не когда заниматься такими мелкими проблемами - как доказательствами. Есть же эффект плацебо. и оно все спишет, со временем ...
Регенерировать сетчатку глаза, часть тонкого кишечникаИ избавиться от смертельного язвенного колита и т.д. - вот так плацебо. Да за такое плацебо тебя в Нетании на золотой трон посадили бы и шапку мономаха напялили бы на лысину. Дерзай, чукча, вперед к таким плацебо.
но суть понятна -
