Ну если бы речь шла о трансляции одного единственного ампликона, то можно было бы считать это аргументом, хотя казалось бы откуда у короткого ампликона контекст? Проблема ваша в том, что в той статье транслируются не один, а несколько разных ампликонов, включая например ампликон с раковой мутацией и все они транслируются один в один по модели Крика. Более того in vitro translation это часто применяемая технология. Люди транслируют целые гены и всегда получают на выходе последовательность аминокислот согласно модели Крика. Так что модель Крика имеет отличные экспериментальные подтверждения. У вас есть эксперименты подтверждающие утверждение о неоднозначности трансляции? Казалось бы чего проще, берете ваш любимый ГМО продукт, покупаете кит, транслируете. Это нобелевка Гаряев, никак не меньше!
P.S.nonlocality wrote:
в соответствии с контекстом мРНК
На всякий случай уточню. Вы хоть знаете, что такое ПЦР ампликон? О каком мРНК идет речь если транслируется кусок в 60 нуклеотидов к которому присобачили праймер?
Синтез белка всегда идет правильно, но не по Ниренбегу-Крику. Их модель - в топку.
Длина ампликона ДНК не играет роли, если он используется для трансляции мРНК, которая есть матрица для синтеза белка. Контекстом может быть любой отрезок или отрезки мРНК по обе стороны кодона омонима. Нет работ по детальному исследованию коллинеарности или ее не соблюдению (при встрече рибосомы с кодоном-омонимом) на большом количестве мРНК и соответствующих белков, за исключением миоглобина при серповидной анемии. На этом единственном примере построена ложная идея абсолютной коллинеарности и, соответственно, однозначности белкового кода. Есть другие примеры? Приведите.
Ага, теперь уже он идет всегда правильно, без неоднозначностей (походу на молекулярном уровне всегда есть ошибки, просто их вероятность очень мала)! А как тогда нужно понимать вот эту фразу?nonlocality wrote:
А проверка проста и принципиальна - сопоставить мРНК и кодируемые аминокислоты в белках. Тут-то и обнаружатся перекодировки, когда один и тот же кодон-омоним кодирует то одну, то другую аминокислоту. Непонимание этого привело к трансгенному кошмару ГМ пищи
nonlocality wrote:
Длина ампликона ДНК не играет роли, если он используется для трансляции мРНК
Исчо раз повторю. Ампликон не используется для трансляции мРНК, ампликон как раз и транслируется. мРНК в той статье нужна только чтобы создать ампликон нужного участка с нужными праймерами для инициации трансляции. Транслируется все что захотите. А можете и без ампликонов обойтись. Просто закажите олиги достаточной длины с любой последовательностью кодонов. И все транслируется строго как над учит Крик.nonlocality wrote:
Петрович говорит о том, что генетический код транслируется неоднозначно, а в зависимости от контекста. Это краеугольный камень лингвистичности. А ПП говорит, что неоднозначности экспериментально обнаружить не удается. Хоть в клетке транслируй, хоть в пробирке, хоть короткий фрагмент, хоть мРНК, хоть искуственно созданную последовательность, хот реальный ген - во всех случаях последовательность аминокислот однозначно определенна. Итого гипотеза лингвистичности кода противоречит широкому набору экспериментальных данных.
Отдельно отметим, что Гаряев уже много лет говорит о лингвистичности, но за все коды экспериментально не доказал, что она существует. Чего болтать то, если готовые киты есть, покупай транслируй и едь в Стокгольм за нобелевкой.
Петрович не говорит о неоднозначности во время трансляции. Где вы это нашли?
"Широкий набор экспериментальных данных" -это здорово. В свое время я искала работы, на основании которых вообще таблица "кодирования" составлена. Они должны быть, вообще то: экспериментальное подтверждение каждого триплета - своей аминокислоте, Stop. Это огромный труд, где он? Это азбука, если угодно. Есть ссылки на эти азы - дайте.
Таблица хим.эл-ов (Менделеева) - там все четко обосновано, по какому принципу составлена. Есть работы.
В свое время я искала работы, на основании которых вообще таблица "кодирования" составлена. Они должны быть, вообще то: экспериментальное подтверждение каждого триплета - своей аминокислоте, Stop. Это огромный труд, где он?
Вы в самом деле незнакомы с тем, каким образом создавались таблицы кодонов???Вика wrote:
Петрович не говорит о неоднозначности во время трансляции. Где вы это нашли?
Он говорит, что неоднозначность есть и определена контекстом.
"А проверка проста и принципиальна - сопоставить мРНК и кодируемые аминокислоты в белках. Тут-то и обнаружатся перекодировки, когда один и тот же кодон-омоним кодирует то одну, то другую аминокислоту. Непонимание этого привело к трансгенному кошмару ГМ пищи". Как вы понимаете эту фразу Петровича? Более того у нас тут на форуме еще сохранилась оригинальная ветка, где Гаряев прямо предсказывал, что короткие олиги будут транслироваться неоднозначно. Он просто был не в курсе, что все давно проверено.
А экспериментальные данные говорят, что контекст не важен. Триплет нукеотидов однозначно определяет аминокислоту.
РР, ваша фраза знакома ли я с тем как таблица составлялась или нет - всего лишь громкая фраза. Еще лет пять назад выложили бы материал вам, несомненно, знакомый и весь диалог с Гаряевым утих.
Как я понимаю фразу Гаряева? Да так и понимаю. Поправку делаем та то, что Гаряев утверждает о сущ.кодоны - омонимы, как следствие двуплетного кодирования. Если это принимается, то прям по тексту и понимаю. Если рассматривать с общепринятых позиций - то, естественно, все не так.
Поэтому, вы уж определитесь в каком ракурсе мне комментировать.
Вот вам ссылка на азы, изучайте. www.mun.ca/biology/scarr/Nirenberg_et_al..._CSHSQB_31,11-24.pdf
А то, что построенная модель оказалась верна подтвердилось сравнением последовательностей нуклеотидов и аминокислот для сотен тысяч разных генов в разных организмах. Плюс, как я уже писал выше сейчас за счет ин витро технологий вам ничего не стоит самой убедиться. Закупайте какой хотите ген или олиг, транслируйте и наслаждайтесь верностью модели Крика.
РР, ваша фраза знакома ли я с тем как таблица составлялась или нет - всего лишь громкая фраза.
Вы наслушались шумов Гаряева поэтому вам фразы кажутся громкими. Я понятия ни имею кто вы, есть ли у вас специальное образование, поэтому и спрашиваю.Вика wrote:
Как я понимаю фразу Гаряева? Да так и понимаю. Поправку делаем та то, что Гаряев утверждает о сущ.кодоны - омонимы, как следствие двуплетного кодирования. Если это принимается, то прям по тексту и понимаю.
Почему так трудно прямо ответить на вопрос. Вы случайно не адвокат по специальности? Уточняю вопрос. Считаете ли вы, что при трансляции кодонов может быть нарушено соответствие между кодонами и аминокислотами и быть синтезрован белок или пептид с последовательностью аминокислот отличной от той, которую предсказывает модель Крика. Да или нет?
РР, мне позиция Гаряева представляется весьма не лишенной смысла.
И меня это интересует, в том числе и доказательно. На модели Крика я выросла. И все и всё на ней стоит, хоть и с перекосами. Доказательной базы идеи Гаряева на сегодняшний день нет, но это не означает (для меня) что она абсурдна.
Такой ответ устроит?
Добавлю: вы искажаете слова Гаряева. Не об этом он говорит.
Нет не устраивает. Это в конце концов научный форум. Я вам задал предельно простой вопрос, на который я хочу услышать ответ да или нет.Вика wrote:
Добавлю: вы искажаете слова Гаряева. Не об этом он говорит
Что конкретно искажаю? Гаряев пишет, что то одна аминокислота может вставляться, то другая если контекста не будет. Если поищу, то найду его предскание, что на коротких олигах, где контекста генома нет, будет транслироваться неоднозначно. Опять же все эти фразы о ГМО ...
Если Гаряев согласен, что ДНК всегда транслируется строго, как написано в табличках кодонов, то о чем он вобще тогда спорит с Криком, к чему приплел лингвистчность?Вика wrote:
Петрович, почитайте ссылку, что РР скинул. Там интересно про воблирование.
Уж эту статью Петрович должен знать, это просто самые азы, для дошкольной группы.
Доказательной базы идеи Гаряева на сегодняшний день нет, но это не означает (для меня) что она абсурдна
Научный метод требует предлагать гипотезы, чтобы объяснять некое явление, кототорое не укладывается в рамки существующих теорий. Поскольку в нашем случае все прекрасно укладывается в модель Крика, то никаких новых гипотез и не требуется. Вот когда Гаряев сделает эксперимент и покажет явление, которое существующая теория объяснить не может, тогда появится необходимость что либо придумывать. А сам факт того, что он настаивает на лингвистичности, тогда как это прямо противоречит огромной базе экспериментальных данных, заставляет задуматься о профпригодности месье Гаряева как ученого.
Триплет нукеотидов однозначно определяет аминокислоту.
Вика wrote:
Как я понимаю фразу Гаряева? Да так и понимаю. Поправку делаем та то, что Гаряев утверждает о сущ.кодоны - омонимы, как следствие двуплетного кодирования. Если это принимается, то прям по тексту и понимаю. Если рассматривать с общепринятых позиций - то, естественно, все не так.
Тут надо просто сопоставить тезисы.
Получается, что триплет однозначно определяет аминокислоту, а двуплет не однозначно - появляются омонимы.
С точки зрения банальной логики меня не удивляет, что оба утверждения могут быть истинными
Получается, что триплет однозначно определяет аминокислоту, а двуплет не однозначно - появляются омонимы.
С точки зрения банальной логики меня не удивляет, что оба утверждения могут быть истинными
Тем не менее это не так, поскольку дуплет ничего не кодирует и говорить о том, что он определяет или не определяет аминокислоту бессмысленно.
Получается, что триплет однозначно определяет аминокислоту, а двуплет не однозначно - появляются омонимы.
С точки зрения банальной логики меня не удивляет, что оба утверждения могут быть истинными
Тем не менее это не так, поскольку дуплет ничего не кодирует и говорить о том, что он определяет или не определяет аминокислоту бессмысленно.
Если неоднозначно, значит не определяет. Но логического противоречия тут нет. В этом и был point
Я не генетик, но насколько я понял, изучая вопрос 21 хромосомы - кодировка каждого гена совершенно чёткая, так же как и была произведена декодировка - chr21.molgen.mpg.de/chr21_catalogs/chr21_catalog9.html owww.molgen.mpg.de/~ptr22/WebInterface/index.html www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?OR...ON&VERBOSE=ON&CHR=21
Насколько я понимаю, люди занимающиеся декодированием, опирались исключительно на Криковскую модель. Какие ещё доказательства могут быть, если геном расшифрован, в своей белковой части??? Что вообще пытается доказать или опровергнуть ППГ, говоря о синтезе белков? Это же нелепо вообще обсуждать подобный вопрос. Если бы тут был поставлен вопрос о мусорности ДНК, то может быть что то и можно было сказать на волновом или лингвистическом поприще...но разговор то о синтезе белков и о кодонах, которые исхожены вдоль и поперёк, благодаря чему геном и расшифрован...?
В общем даже для непосвящённого человека в детали генетиков, данный спор с ППГ, выглядит просто бессмысленен, в силу того что он просто ни о чём, так как море доказанных общепризнанных фактов. www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/human/index.shtml
но код - триплетный однозначен и имеет два омонима
= я скоро чукчей стану
как там
ученые посадили чукчу и обезьяну на необитаемый остров. Приезжают – у чукчи огромные уши, а у обезьяны шишка на лбу. Повторили эксперимент. Приезжают – опять то же самое. Опять повторили эксперимент и решили проследить. Смотрят: чукча оттопыривает ухо:
Олег...давайте попробуем с Вами начать всё с начала, и по теме, и с обычным методом использования клавиатуры и правописания. Пожалуйста (по крайней мере со мной).
Вы генетик. Объясните мне на пальцах простым языком, как был расшифрован геном? Если бы всё было так как говорит Гаряев, разве это было бы возможно?
Надеюсь данное обращение к Вам как к специалисту, будет воспринято Вами должным и верным образом.
Искренне надеюсь на Ваше понимание и на адекватный простой ответ.
всё ясно теперь с Вами...Вы глупый и пропащий человек, несмотря на своё добродушие, порой граничащее с слабоволием, прикрытым нарочитым образом невежества и хамства. Было бы предложено.
Дмитрий , Вы просто не поняли алкопилота Олега. Он же всю жисть работал в закрытом режимном институте РАН по созданию массового биологического оружия. Естественно это наложило на него неизгладимый отпечаток.
ps Приятнее всего человеку услышать о себе то, что он сам о себе думает. А неприятнее всего – что он сам о себе знает...
Нет Олег...проклятый дурак. и именно проклятие Вас дураком и сделало, так как именно из за него, нормально мыслить Вы просто не в состоянии, несмотря на весь Ваш врождённый, полноценный, умственный потенциал.
Вы отдали свой потенциал и свои мозги системе, которая десятилетиями мыла руки в крови и ломала судьбы людей, вероятно даже и Ваших родных и близких, и несмотря на это Вы отдали ей весьма важный свой орган, предоставив системе, распоряжаться Вашим мозгом в своих кровожадных и гнусно-амбициозных целях. Вы служка одной из самых страшных систем на планете, и это Вас разрушило как личность, наложив отпечаток проклятия на Ваш разум.
Теперь вообще всё ясно и это последний штрих в психо-мозаики Вашей персоны.
Тут надо просто сопоставить тезисы.
Получается, что триплет однозначно определяет аминокислоту, а двуплет не однозначно - появляются омонимы.
С точки зрения банальной логики меня не удивляет, что оба утверждения могут быть истинными
Вы отдали свой потенциал и свои мозги системе, которая десятилетиями мыла руки в крови и ломала судьбы людей, вероятно даже и Ваших родных и близких, и несмотря на это Вы отдали ей весьма важный свой орган, предоставив системе, распоряжаться Вашим мозгом в своих кровожадных и гнусно-амбициозных целях. Вы служка одной из самых страшных систем на планете
Вы, Дмитрий, не на броневике в кепке.
Кончайте бню пороть
Vladimirovich wrote:
Тут надо просто сопоставить тезисы.
Получается, что триплет однозначно определяет аминокислоту, а двуплет не однозначно - появляются омонимы.
С точки зрения банальной логики меня не удивляет, что оба утверждения могут быть истинными
не могут
код реально не дуплетный
Если следовать Вобл положению Ф.Крика, то код триплетный для кодонов-синонимов, их 32. Они однозначно и избыточно кодируют аминокислоты именно тройками. Но как только мы переходим к другому семейству кодонов, их тоже 32, то здесь Вобл положение Ф.Крика АВТОМАТИЧЕСКИ (см. таблицу кода) приводит к неопределенности кодирования, когда дублеты кодонов (1-й и 2-й нуклеотиды в кодонах) - т.е. они ОДНОВРЕМЕННО кодируют две РАЗНЫХ аминокислоты, или аминокислоту и стоп-позицию (ОМОНИМИЯ, однако). 3-й нуклеотид в кодоне ВОБЛИРУЕТ, т.е. может быть любым, или, как полагают, может быть или пурином (аденин, гуанин) или пиримидином (цитозин, тимин). Последнее не избавляет от неоднозначности, т.к. все равно рибосоме надо выбирать - или из двух пуринов, или из двух пиримидинов. Тут-то и используется контекст мРНК. Как только он учтен рибосомным нанобиокомпьютером, неоднозначность снимается и принимается точное решение о семантике прочитываемого кодона-омонима = выбор только одной аминокислоты из двух разных, либо аминокислоты или стоп-позиции. В этот момент уже не важно триплет-ли или дублет. Выбор сделан. Вот и вся мудрость. Напомню, первым в 1978г. усомнился в однозначности кода известный мол. биолог Ульф Лагерквист и опубликовал эти сомнения в PNAC и предложил правило чтения кодонов рибосомой "два из трех" . Но в этой же статье струсил и написал глупость, что такие странные кодоны в ДНК встречаются редко и, мол, поэтому не страшно. Да даже если один кодон омонимичен (что увидели отцы модели кода), а именно кодон UUU, то этого достаточно, чтобы биосинтез белков стал бы хаотичным из-за множества ошибок в принятии неоднозначного решения - что кодирует UUU? Фенилаланин или Лейцин. А таких кодонов-омонимов 32! Казалось бы - ну проверьте коллинеарность мРНК и Белков, абсолютна она или нет? Однако, нет таких детальных исследований. Не нашел. Искал долго.
И тем не менее, синтез белков исключительно точный процесс. Именно благодаря речеподобности текстов мРНК и, следовательно, возможности для рибосомы принять разумное решение, анализируя смыслы мРНК по их контекстам. А это иное стратегическое понимание функций генома, позволяющее избежать идиотизма трансгенной инженерии с её ГМ пищей и Синтиями.
Вы отдали свой потенциал и свои мозги системе, которая десятилетиями мыла руки в крови и ломала судьбы людей, вероятно даже и Ваших родных и близких, и несмотря на это Вы отдали ей весьма важный свой орган, предоставив системе, распоряжаться Вашим мозгом в своих кровожадных и гнусно-амбициозных целях. Вы служка одной из самых страшных систем на планете
Вы, Дмитрий, не на броневике в кепке.
Кончайте бню пороть
А у меня их отобрали злыдни - и броневик и кепку, а без них как без рук, вот и осталось что по старой памяти косточки разминать...
Если следовать Вобл положению Ф.Крика, то код триплетный для кодонов-синонимов, их 32. Они однозначно и избыточно кодируют аминокислоты именно тройками. Но как только мы переходим к другому семейству кодонов, их тоже 32, то здесь Вобл положение Ф.Крика АВТОМАТИЧЕСКИ (см. таблицу кода) приводит к неопределенности кодирования, когда дублеты кодонов (1-й и 2-й нуклеотиды в кодонах) - т.е. они ОДНОВРЕМЕННО кодируют две РАЗНЫХ аминокислоты, или аминокислоту и стоп-позицию (ОМОНИМИЯ, однако). 3-й нуклеотид в кодоне ВОБЛИРУЕТ, т.е. может быть любым, или, как полагают, может быть или пурином (аденин, гуанин) или пиримидином (цитозин, тимин). Последнее не избавляет от неоднозначности, т.к. все равно рибосоме надо выбирать - или из двух пуринов, или из двух пиримидинов.
Петр, Вы очень мутно излагаете.
Допустим, чтобы открыть дверь, мне нужно нажать три кнопки.
Допустим также, что есть не одна комбинация, которая открывает дверь.
Вы же говорите, что если знать только две кнопки, то третья кнопка может быть любой, а отсюда будет неоднозначность.
А что еще мы хотим получить в этом случае?
Владимирович, если позволите, к дверям вернемся. "Допустим, есть не одна комбинация,которая открывает дверь.
Вы же говорите, что если знать только две кнопки, то третья кнопка может быть любой, а отсюда будет неоднозначность."
Тремя кнопками откроется одна дверь - это общепринятое правило.
Теперь не общепринятый подход.
Третья кнопка не влияет на комбинацию замка.
Двумя кнопками вы откроете две двери - это не однозначность. Но войти одновременно в две двери у вас не получится. Поэтому, за вами решение - куда вам надо войти. После принятия вами решения неоднозначность снимается. Вы входите в ту дверь, в которую вам надо.
Петр, Вы очень мутно излагаете.
Допустим, чтобы открыть дверь, мне нужно нажать три кнопки.
Допустим также, что есть не одна комбинация, которая открывает дверь.
Вы же говорите, что если знать только две кнопки, то третья кнопка может быть любой, а отсюда будет неоднозначность.
А что еще мы хотим получить в этом случае?
Хотим однозначность кодонов-омонимов. Она в контексте, как для слов омонимов (не однозначных) - ключ, коса, бокс и т.д. В синтезе белков Используется контекст мРНК, когда его читает рибосома.
Я понятия ни имею кто вы, есть ли у вас специальное образование, поэтому и спрашиваю.Вика wrote:
