mittelspiel написал(а):авторы толкуют о синонимических кодонах, шифрующих proline, alanine, and valine. Никакого отношения к проблеме шифровки омонимами... Ну и ну.Что касается to read all four codons in the proline, alanine, valine, and threonine family codon boxes, это не означает, что авторы доказали участие 3'-5' кодон-антикодоновых нуклеотидов в шифровке аминокислот. ..

ППГ написал(а):Да вы обзор-то почитайте. Бесплатно доступен, вот nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/32/1/223
Если уж после этого не дойдет, то случай совсем запущенный.

Отредактировано mittelspiel (2010-01-14 01:55:27)

ППГ написал(а):Вы так стараетесь сохранить вашу гипотезу о том, что только два из трех еуклеотидов кодируют, что сами даже не замечаете, что она между прочим противоречит вашему собственному основному постулату о том, что весь контекст важен. То есть вот весь контекст важен, а третий нуклеотид не важен. С логикой у вас как?

Отредактировано mittelspiel (2010-01-14 01:54:58)

Петр, не может, чтобы столько ребят, наших и заграничных, пропустили то, о чем Вы хлопочете. Недоразумение скорее остаётся за Вами и думаю, что не можете не понимать этого и лишь шкурные интересы велят Вам упорствовать

PauLita написал(а):Лев Давыдович Ландау любил говорить: Учёными бывают ослики в цирке... А Вы должны быть научными работниками!

Тут актуальнее другое - если Вам дали хорошее образование, то это не значит, что Вы его получили...

Повторно возвращаюсь к теме напёрсточника - в этой игре Вы (и я) только проиграете... А напёсточник получит новую для себя информацию. Читать ведь думать надо, а так ему разжуют гранит науки и останется только втянуть через трубочку...

На опус 307 Исинная беда, это когда бросают клич вокруг враги... И туман туман ... Было бо понятно если бы Уважаемые страждущие от науки (так называемый научный партком того форума представителей с мобиру) четко и ясно обьяснил бы Нам не посвещенным ... а почему так долго не повторяли опыты по П.Гаряеву проведенные им в Торонто .... где эти публикация, кто проводил их, научный потенциал .... и почему через сколько лет они вновь были повторены и этим исследователям никто и ничто не помешал .... Но вместо этого мы узнали очень много о личной жизни ППГ и при том из очень рецензируемых источников типа ОБС (Одна баба сказала... ну это в лучшем понятийном смысле.... омонимы с некоторыми кодонами подобрать всегда можно) ... Так что больше ссылок на практику ... тогда и тема будет яснее и гипотез больше .....

Отредактировано mishabara (2010-01-14 10:35:45)

mishabara написал(а):Вы про это:

Хайдук написал(а):Петрович ! Предлагаем Вам сложить оружие. В случае добровольной сдачи мы гарантируем Вам жизнь, гуманное обращение ( включая баню по субботам ) и снисходительность суда.

Бинауральная музыка это фрагменты из несколько другой оперы ... называется это приложением к теории .... и к теме Волнового Генома в том аспекте что разбирается тут не имеет никакого отношения (а только как дополняющий ее фактор )... и не надо мне кажется ее использовать для забалтывания основной темы ...

Отредактировано mishabara (2010-01-14 10:56:59)

mishabara написал(а):т.е. ваша матрица коррекции ( newsample.com/01/new_plan01.htm) звон в ушах не удаляет?

Отредактировано PauLita (2010-01-14 10:48:37)

mittelspiel написал(а):Ну хоть один вопрос толковый. Третий лишний только для кодонов, для контекста не лишний. А также он не лишний, когда из 3-го становится 2-м или 1-м при сдвиге рамки считывания. А также не лишняя и его крепящая роль, стабилизирующая кодон-антикодоновую связку. Как видите, с логикой у меня все четко.
Попутно о том обзоре, что вы трясли передо мной как доказательство несосотятельности идеи кодонов-омонимов. Вот абстракт:
Генетический код является вырожденным, в котором 20 аминокислот кодируются кодами 61 триплета. В 1966 году Фрэнсис Крик предположили, что ограниченное число клеточных тРНК дешифруют геном (иРНК, (ППГ)), узнавая более чем один кодон. Неоднозначность узнавания по 3-й паре оснований привело к созданию Вобл Гипотезы. Посттранскрипционная модификация тРНК в Вобл позиции 34, особенно модификация уридина 34, делают воблирование обнаруживаемым. Модифицированная Вобл Гипотеза, предложенная в 1991 году о том, что специфические модификации тРНК по расположению нуклеозидов в Вобл позиции к антикодону, модификации, задающие такую архитектуру, что взаимодействия ограничиваеется комплементарным основанием плюс одно Вобл спаривание для аминокислот с двукратным вырожденными кодонами.
Однако химически различные модификации по 34 позиции должны были бы расширить возможности тРНК прочитать три или даже четыре четырехкратно вырожденных кодона.
Основой Криковской Вобл Гипотезы было то, что почти постоянная геометрия канонического спаривания оснований сохраняется в формировании всех трех пар оснований между антикодоном тРНК и кодоном иРНК на рибосоме. Акцептируя аминоацил-тРНК, рибосомы требует конкретной геометрии для антикодон-кодон спаривания оснований. Однако, посттранскрипционные изменения тРНК в Вобл позиции 34 и пурина 37, таковы, что 3’-связь с антикодоном обеспечивает правильное связывание кодона. Модификации создают как архитектуру, так и стабильность, необходимые для декодирования путем ограничения на антикодоне стереохимического и конформационного пространства, а также посредством селективного захватывания по водородной связи. Физико-химические понимание вклада измененных нуклеозидов в архитектуру антикодонового домена тРНК и считывание с его помощью генома (иРНК (ППГ)) продвигает понимание РНК мира в эволюционной теории, принципы химии РНК, и применение этих знаний для введения новых аминокислот в белки.

Даже анализ абстракта Показывает, что НИКАКОГО отношения этот обзор не имеет к идее НЕУЧАСТИЯ 3’-5’ кодон-антикодоновой связки в шифровании аминокислот и стопов и последующих СУЩЕСТВЕННЫХ КОНТЕКСТНЫХ ОРИЕНТАЦИЙ для выбора аминокислот и стопов в омонимических ситуациях.

А вот кроме шуток: если определенные исследования, скажем в области молекулярной генетики, имеют выход в коммерческих проектах ( я имею ввиду главным образом фармацевтические компании, разумеется ), ограничиваются ли в этом случае публикации в журналах с целью недопущения подобных разработок конкурентами ?

Сибо

ППГ написал(а):Странную идею НЕУЧАСТИЯ 3’-5’ кодон-антикодоновой связки предлагаете вы. А этот обзор, как и вся современная генетика, базируется, наоборот, на идее УЧАСТИЯ 3’-5’ кодон-антикодоновой связки. Обзор объясняет как КАЖДЫЙ из трех нуклеотидов в кодоне распознается. Прочитали абстракт - двигайтесь дальше. Прочитайте весь обзор. Если непонятно, перечитайте снова. Если недостаточно, прочитайте еще один. Я понимаю, что в вашем возрасте усваивать новую информацию уже трудно, но вы постарайтесь. Это же основной пункт в вашей критике современной генетики в начале вашей первой ветки на этом форуме. Читайте дальше.

Отредактировано mittelspiel (2010-01-14 16:36:41)

limarodessa написал(а):Нет, достаточно патента



см. также

1. Патент № 2355009, 10 мая 2009 г. - «Способ и устройство получения волновых репликативных отображений ДНК». Авт.: Гаряев П.П., Леонова-Гаряева Е.А., Смелов М.В., Митешов А.А. П-обл.: они же.
2. Заявка на патент № (2008111912) 31 марта 2008 г. – «Способ бесконтактного управления волновым воздействием на возрастные характеристики организма (торможение старения и продление жизни) и устройство для его осуществления», Авт.: Гаряев П.П., Усов В.П., П-обл.: они же.
3. Заявка на патент № (2008123233) 11 июня 2008 г. – «Способ управляющего волнового воздействия на геном многоклеточных организмов и устройство для его осуществления». Авт.: Усов В.П., Гаряев П.П., Можаев О.А., Николаев М.Е., П-обл.: они же.
4. Заявка на патент № (2008127757) 09 июля 2008 г. – «Способ корригирующего управляемого волнового воздействия на патологически измененные клетки крови и на паразитов в крови организма и устройство для его осуществления», Авт.:- Усов В.П., Гаряев П.П., Можаев О.А., Снигирева Р.Я., Удалова И.Ю., П–обл.: – они же.
5. Заявка на патент № (2008141088) – «Способ регенерации волос при облысении и устройство для его осуществления», Авт.: Гаряев П.П., Усов В.П., Мансурова Р.А., Мулдашев Э.Р, Леонова-Гаряева Е.А.; П-обл.: Гаряев П.П., Усов В.П.
6. Заявка на патент № (2008141087) – «Способ воздействия на организм фотоинформационной ранневозрастной информации и устройство для его осуществления», Авт.: Усов В.П., Гаряев П.П., Мулдашев Э.Р.; П-обл.: Усов В.П., Заявка на патент № (2009101389), 19 января 2009 г. – «Индивидуальное звуковое устройство торможения старения», Авт.: Усов В.П., Гаряев П.П.; П-обл. они же.
7. Заявка на патент № (2009101390), 19 января 2009 г. – «Способ индивидуального звукового торможения старения и устройство для его выполнения», Авт.: Гаряев П.П., Усов В.П.; П-обл. они же.
8. Международная заявка РСТ/RU2009/000325/. Дата подачи 01 июля 2009 г. Дата приоритета 31 марта 2008 г. Название изобретения: «Способ и устройство волнового управляющего воздействия на многоклеточные организмы», Заявители: Усов В.П., Гаряев П.П.
9. Заявка на патент № (2008134520), 26 августа 2008 г. – «Способ и устройство управляемого волнового воздействия на клеща «ВАРРОА». Авт.: Усов В.П., Гаряев П.П., П-обл.: они же.
10. Заявка на патент № 2009108819, 12 марта 2009 : «Устройство для коррекции биохимико-физиологических процессов человека, с экстраполяцией на волновой иммунитет против вирусов, и игровая приставка» М.Баранов, П Гаряев.
11. Проект международной заявки. Способ дистантной волновой передачи генетико-метаболической информации для управления состоянием организмов и устройство для его реализации. Гаряев П.П., и др.

Отредактировано PauLita (2010-01-14 14:16:30)

mittelspiel написал(а):Ну это же трудно !!! Давайте лучше Вы, уважаемый mittelspiel, его внимательно прочитаете и с цитатами перескажите нам всем (а особенно ППГ) кратко, но подробно, содержание. И сделаете выводы! Что там главное ? Что хотел сказать автор ? Почему и в чём он неправ ? В чём есть рациональное зерно ? Не царское это дело - обзоры (да и статьи) читать. А уж осмысливать - так это вааще хамское допущение...

PauLita написал(а):А игровая приставка зачем ?

limarodessa написал(а):for kicking the player's buttocks? ( newsample.com/01/PatentNew.htm )

PauLita написал(а):Ну эта ситуация скорее изображена на рисунке размещенном Вами: пост 316

PauLita написал(а):А достаточно ли патента ? Ведь материал, изложенный в статье, может указать правильный путь исследования для целого класса явлений. Поди потом докажи что за это все мир обязан именно автору статьи ( Оловников ). И в этом случае для, например, производства лекарств у конкурента будут равные возможности для исследования.

Отредактировано limarodessa (2010-01-14 16:38:58)

limarodessa написал(а):Поэтому и важно ГДЕ опубликоана работа, и важно чтобы не нее ссылались.
В случае с Оловниковым, например, работа опубликованная на русском языке в ДАН СССР ему на западе очевидно засчитана не была, а вот его следующая статья, опубликованная в Journal of Theoretical Biology уже позволяет доказать его приоритет. Journal of Theoretical Biology это уважаемый рецензируемый журнал. Поэтому с приоритетом Оловникова по поводу гипотезы теломер сеголня уже никто не спорит. (Крик опубликовал ту же самую гипотезу уже после того, как вышла статья Оловникоа в Journal of Theoretical Biology, и таким образом Крик приоритета перед Оловниковым не имеет).

Отредактировано mittelspiel (2010-01-14 16:44:59)

mittelspiel написал(а):Спасибо. На часть ( как мне кажется ) моего вопроса ответы даны исчерпывающие. А как все-таки быть с фармацевтическими компаниями и тамошними лабораториями и штатами исследователей ? Деньги там не то чтобы немалые - огромные. Неужели все что разрабатывается в тех стенах публикуется ?

mittelspiel написал(а):ППГ: Даже не ндо читать весь обзор, хотя просмотрю. Достаточно абстракта, даже итоговой мысли:

Transfer RNA’s role in decoding the genome is critical to the accuracy and efficiency of protein synthesis. Though modified nucleosides were identified in RNA 50 years ago, only recently has their importance to tRNA’s ability to decode cognate and wobble codons become apparent. RNA modifications are ubiquitous. To date, some 100 different posttranslational modifications have been identified. Modifications of tRNA are the most extensively investigated; however, many other RNAs have modified nucleosides. The modifications that occur at the first, or wobble position, of tRNA’s anticodon and those 3'-adjacent to the anticodon are of particular interest. The tRNAs most affected by individual and combinations of modifications respond to codons in mixed codon boxes where distinction of the third codon base is important for discriminating between the correct cognate or wobble codons and the incorrect near-cognate codons (e.g. AAA/G for lysine versus AAU/C asparagine). In contrast, other modifications expand wobble codon recognition, such as U•U base pairing, for tRNAs that respond to multiple codons of a 4-fold degenerate codon box (e.g. GUU/A/C/G for valine). Whether restricting codon recognition, expanding wobble, enabling translocation, or maintaining the messenger RNA, reading frame modifications appear to reduce anticodon loop dynamics to that accepted by the ribosome. Therefore, we suggest that anticodon stem and loop domain nucleoside modifications allow a limited number of tRNAs to accurately and efficiently decode the 61 amino acid codons by selectively restricting some anticodon–codon interactions and expanding others.

Therefore, we suggest that anticodon stem and loop domain nucleoside modifications allow a limited number of tRNAs to accurately and efficiently decode the 61 amino acid codons by selectively restricting some anticodon–codon interactions and expanding others.
Поэтому мы предполагаем, что модификации стебельных и петлевых нуклеозидных доменов позволяют ограничить количество тРНК для точного и эффективного декодирования 61 кодонов аминокислот, избирательно ограничивая некоторые антикодон-кодоновые взаимодействия и расширяя другие.

Смысл обзора сводится к следующему. Поскольку точно декодировать все 61 кодона белок син-щей сис-ме трудно (вот они омонимы-то, трудные для нашего понимания, консттируется…), то на помощь приходят модификации оснований тРНК по стебельныи и петлевым доменам. Они-де, такие особые меченые модификаты тРНК точно уж включат нужную аминокислоту в растущую на рибосоме пептидную цепь. Понятное дело, после прочтения контекста иРНК-и рибосоме надо принять решение, какую тРНК посадить на кодон. А они, «меченые» модификаты тРНК тут как тут – нате, выбирайте нас. Вот и всё предположение. Иными словами, пришли к тому же – ЕСТЬ МЕХАНИЗМ ВЫБОРА тРНК (антикодонов), который следует после прочтения контекста иРНК. Модификаты тРНК облегчают выбор, но не объясняют его. Проблема, как «соображает» рибосома остается.
Думать надо. И думать по новому.

ППГ перевел и написал(а):По ангийскому акадэмику ставлю кол!
Отредактировано PauLita (2010-01-14 21:08:11)

limarodessa написал(а):Нет. Сотрудники фармацефтических компаний обычно имеют в контрактах запись о том, что они не имеют права публиковать результаты своих исследований в открытой печати.

ППГ написал(а):Смысл статьи (с учетом поправок PauLita) вы передали правильно. За исключением того, что это в этом обзоре не предположения описаны, а констатация результатов многих сотен экспериментальных работ. Эта область в основном продвинуласть в 1990-е годы. А вы в то время, очевидно, писали свои книги и не следили за литературой.

Между тем, то что во времена Крика и Ларегквиста 30 лет назад считалось фантастикой, сегодня уже тривиальные эксперименты. Многие этапы распознавания триплетов на рибосоме сегодня уже изучены напрямую - в том числе кристаллографически. То есть уже нет причин гипотезировать что там костыль а что не костыль. Можно напрямую на эти структуры взглянуть. А можно даже в режиме реального времени наблюдать какая молекула на какую молекулу садится, какую структуру образует и сколько времен сидит.

В частности, за работы по структуре рибосомы и распознавания триплетного (триплетного!!!) кода, выдана Нобелевская Премия по Химии за 2009 год. Я понимаю что вы человек занятой, за научной литературой не следите (да и доступа к научной литературе у вас нет), но про нобелевскую премию даже такой пенсионер как вы должны были слышать. Ведь эта нобелевская премия напрямую вашего вопроса касается. Нобелевская премия, повторяю, дана за работу, сделанную в основном за последние 20 лет, то есть в то время, когда вы уже перестали следить за научной литературой. Читайте сейчас.

Вот вам кстати еще один литературный обзор, на этот раз от нобелевского лауреата за 2009 год:

James M. Ogle, Andrew P. Carter and V. Ramakrishnan. (2003). Insights into the decoding mechanism from recent ribosome structures. TRENDS Biochem. Sci. 28, 259-266.

В этой статье вы найдете ответы на остальные ваши вопросы, почему код именно триплетный, почему он однозначный (то есть почему омонимии не существует), и все объяснения на молекулярном уровне, без волногонской мистики.

Отредактировано mittelspiel (2010-01-15 00:28:02)

ППГ написал(а):Не юлите, Петр, меченых модификатов тРНК по стебельныи и петлевым доменам должно, очевидно, вполне хватить, дабы выбрать тРНК и присобачивание Вами некоего дополнительного и неясного прочтения контекста иРНК выглядит как совершенно лишнее и пришитое белыми нитками . Ну, как прикажете толковать эту бессмысленную, насильно притянутую за уши фразу: Модификаты тРНК облегчают, мол, выбор, но не объясняют его? . Вам угодить никак нельзя, Петр, хватит тешиться пустословием. Даже если допустим, что все еще есть пробелы, у Вашей теории все равно наименьшие шансы их заполнить, потому что представляется тривиально ошибочной с физической точки зрения, не говоря уже о химии биомакромолекул.

mittelspiel написал(а):Вот они же пишут:
However, a complete mechanistic description of tRNA selection will require additional data.
www.mrc-lmb.cam.ac.uk/ribo/homepage/pdf/ogle_tibs_2003.pdf
Так что выбор тРНК остается проблемой. А все, что получено экспериментально за последние годы - великолепное детальное описание, констатация факта точного выбора тРНК, что и раньше было ясно без красивых и точных картинок. Опять то же - хим. анализ красок и способов их наложения на полотно Моны Лизы. Сама же Джоконда НЕ ВИДНА. Краски и способы мазания, несомненно, важны. Но не это главное. Главное - что и как засталяе рибосому делать точный выбор тРНК. Нобелиат и соаворы говорят о том же. Повторю их: However, a complete mechanistic description of tRNA selection will require additional data.
Поняли, наконец? Так что подсовывание мне статей, которых вы не читали, говорит о чем угодно, кроме вашего желания понять, как на самом деле работает рибосомный аппарат и генетика на первичном уровне. Так что жалейте себя, иллюзионист-псевдоученый...

Хайдук написал(а):Нет, любезный, это ваш удел выворачиваться, треща пустословием. Уж сам нобелиат и его коллеги говорят, что им не ясны механизмы отбора тРНК = основы точности белкового синтеза и эволюции Живого. А вам, вкупе с чайниками, вроде мита, все ясно... Просто ОХРЕНИДЗЕ, до чего умны... Кончать с пустозвонством и псевдонаукой в вашем исполнении надо. Это будет дело.