Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 09:10 #274
Хайдук написал(а):
предлагаю Вам на одном отдельно взятом, якобы ОМОНИМИЧЕСКОМ кодоне из тех красных, что Петр запостил здесь недавно, продемонстрировать в деталях как рибосома решает проблему выбора в якобы омонимических ситуациях
. Воочию показать Петру, что хватает факторов для однозначного выбора аминокислоты, указать конкретно на каждый и все эти факторы.
Вот для примера экспериментальная работа где показывают, что для правильного распознавания всех триплетов на рибосоме, нуклеотид урацил там модифицирован специальным образом, и без этого н икак нельзя. Это позволяет однозначно распознавать омономичные (по ППГ) триплеты. А если химическую модификацию урацила убрать, то он неправильно распознает соответстующий нуклеотид в триплете. Это речь идет про распознавание того самого нуклеотида в триплете, который ППГ называет костылем, и про который утверждает, что он ничего не кодирует, а только якобы для красоты стоит рядом с двумя кодируюшими нуклеотилами в триплете. На самом деле, как следует из этих экспериментов, ППГ элементарно заблуждается, и все три нуклеотида кодируют. Вот абстракт этой статьи:
According to Crick’s wobble hypothesis, tRNAs with uridine at the wobble position (position 34) recognize A- and G-, but not
U- or C-ending codons. However, U in the wobble position is almost always modified, and Salmonella enterica tRNAs
containing the modified nucleoside uridine-5-oxyacetic acid (cmo5U34) at this position are predicted to recognize U- (but not
C-) ending codons, in addition to A- and G-ending codons. We have constructed a set of S. enterica mutants with only the
cmo5U-containing tRNA left to read all four codons in the proline, alanine, valine, and threonine family codon boxes. From the
phenotypes of these mutants, we deduce that the proline, alanine, and valine tRNAs containing cmo5U read all four codons
including the C-ending codons, while the corresponding threonine tRNA does not. A cmoB mutation, leading to cmo5U deficiency
in tRNA, was introduced. Monitoring A-site selection rates in vivo revealed that the presence of cmo5U34 stimulated the
reading of CCU and CCC (Pro), GCU (Ala), and GUC (Val) codons. Unexpectedly, cmo5U is critical for efficient decoding of
G-ending Pro, Ala, and Val codons. Apparently, whereas G34 pairs with U in mRNA, the reverse pairing (U34-G) requires a
modification of U34.
(Nsvall SJ, Chen P, Bjrk GR. The wobble hypothesis revisited: uridine-5-oxyacetic acid is critical for reading of G-ending codons. RNA. 2007 Dec;13(12):2151-2164).
Это речь идет про распознавание того самого нуклеотида в триплете, который ППГ называет костылем, и про который утверждает, что он ничего не кодирует, а только якобы для красоты стоит рядом с двумя кодируюшими нуклеотилами в триплете. На самом деле, как следует из этих экспериментов, ППГ элементарно заблуждается, и все три нуклеотида кодируют, причем однозначно, безо всякой омонимии.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 11:25 #276
mittelspiel написал(а):
Читайте, Петр Петрович, читайте. Я же вам дал обзор, там все написано:
Paul F. Agris, Franck A. P. Vendeix and William D. Graham. tRNA’s Wobble Decoding of the Genome: 40 Years of Modification. J. Mol. Biol. (2007) 366, 1–13.
Это хороший обзор. Если будет недостаточно, есть и более современные обзоры. Могу подкинуть если хорошо себя будете вести. Но читать их за вас никто не будет. Вы должны их сами прочитать
Много читал, везде чисто декларативные заявления по незыблемости триплетности и ни намека на омонимические неопределенности. Сомневающихся мало пока - Крик, Румер, Лагерквист, слегка Овчинников, ну и ваш покорный слуга. Но это нормально. Пробьемся. Разумеется, посмотрю и эту работу. И продолжу забавляться с вами, если будете себя хорошо вести. Только не будьте врушкой, а то скучно и стыдно за вас.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 11:47 #278
mittelspiel написал(а):
Читайте обзор который я для вас нашел.
Нет его в свободном доступе. Если не трудно, скиньте мне
Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.
А литературу, что проштудировал см. в моей 3-й монографии.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 13:13 #280
Хайдук написал(а):
Миттельшпиль, предлагаю Вам на одном отдельно взятом, якобы ОМОНИМИЧЕСКОМ кодоне из тех красных, что Петр запостил здесь недавно, продемонстрировать в деталях как рибосома решает проблему выбора в якобы омонимических ситуациях . Воочию показать Петру, что хватает факторов для однозначного выбора аминокислоты, указать конкретно на каждый и все эти факторы. Разумеется, совокупность их подтвердит подозрение о влиянии на выбор контекста Петра , но контекст этот не будет иметь ничего общего со считыванием бегущим солитоном всей длины мРНК
Да, точно. Это будет хорошей картинкой, отражающей состояние дел в мол. биологии... Давайте, Мит, ждем-с. Я свои аргументы высказал десятки раз и в различных вариантах и с детальным анализом одной из последних работ по этой теме в Science. Вы же опровергаете меня, посовывая какие-то обзоры, которых понаписано сотни. Не это надо, а конкретный разбор работы, где прямо или косвенно показано, КАК РАБОТАЮТ ОМОНИМИЧЕСКИЕ КОДОНЫ, КАК ОСУЩЕСТВЛЯЕТСЯ ВЫБОР АМИНОКИСЛОТ И СТОПОВ В ТАКИХ СИТУАЦИЯХ. ИМЕННО ВЫБОР.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 13:25 #281
ППГ написал(а):
Не это надо, а конкретный разбор работы, где прямо или косвенно показано, КАК РАБОТАЮТ ОМОНИМИЧЕСКИЕ КОДОНЫ, КАК ОСУЩЕСТВЛЯЕТСЯ ВЫБОР АМИНОКИСЛОТ И СТОПОВ В ТАКИХ СИТУАЦИЯХ.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 13:32 #282
Так народ, не расслабляемся:
Inspired by Ikemura conjecture about electron transfer in DNA playing an important role in information exchanges, the field theoretical approach is applied to -electrons and phonons inside DNA. Under some approximations, three-dimensional string action is derived. The DNA string model is applied to formulate the three phenomena — luminescence quenching, eletric current through DNA and absorption of light.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 13:39 #283
limarodessa написал(а):
Inspired by Ikemura conjecture about electron transfer in DNA playing an important role in information exchanges, the field theoretical approach is applied to -electrons and phonons inside DNA. Under some approximations, three-dimensional string action is derived. The DNA string model is applied to formulate the three phenomena — luminescence quenching, eletric current through DNA and absorption of light.
Ключевое здесь - Under some approximations
При некоторых допущениях можно доказать , что мужчина - это изуродованная гормонами женщина.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 13:45 #284
а специально для limarodessa
In 2004, Conway and Simon Kochen, another Princeton mathematician, proved the Free will theorem, a startling version of the No Hidden Variables principle of Quantum Mechanics. It states that given certain conditions (that almost every physicist agrees are true), if an experimenter can freely decide what quantities to measure in a particular experiment, then elementary particles must be free to choose their spins in order to make the measurements consistent with physical law. Or, in Conway's provocative wording, if experimenters have free will, then so do elementary particles.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 14:09 #285
PauLita написал(а):
а специально для limarodessa
In 2004, Conway and Simon Kochen, another Princeton mathematician, proved the Free will theorem, a startling version of the No Hidden Variables principle of Quantum Mechanics. It states that given certain conditions (that almost every physicist agrees are true), if an experimenter can freely decide what quantities to measure in a particular experiment, then elementary particles must be free to choose their spins in order to make the measurements consistent with physical law. Or, in Conway's provocative wording, if experimenters have free will, then so do elementary particles.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 16:13 #287
ППГ написал(а):
Давайте, Мит, ждем-с. Я свои аргументы высказал десятки раз и в различных вариантах и с детальным анализом одной из последних работ по этой теме в Science. Вы же опровергаете меня, посовывая какие-то обзоры, которых понаписано сотни. Не это надо, а конкретный разбор работы, где прямо или косвенно показано, КАК РАБОТАЮТ ОМОНИМИЧЕСКИЕ КОДОНЫ, КАК ОСУЩЕСТВЛЯЕТСЯ ВЫБОР АМИНОКИСЛОТ И СТОПОВ В ТАКИХ СИТУАЦИЯХ. ИМЕННО ВЫБОР.
Петр, Миттельшпиль уже вроде ответил постом #274. По мне, Вам нужно понять следующее: те пути решения возможных проблем в модели генетического кода, которые Вы предлагаете, производят впечатление сугубо неправдоподобных и нереалистических, чтобы не сказать заведомо ошибочных. Нельзя шастаться по гламурным б***ям-идеям
и тащить их за шиворот, дабы заслепить публику громким объяснением реальных или вымышленных проблем
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 16:22 #288
Хайдук написал(а):
Петр, Миттельшпиль уже вроде ответил постом #274. По мне, Вам нужно понять следующее: те пути решения возможных проблем в модели генетического кода, которые Вы предлагаете, производят впечатление сугубо неправдоподобных и нереалистических, чтобы не сказать заведомо ошибочных . Нельзя шастаться по гламурным идеям и тащить их за шиворот, дабы заслепить публику громким объяснением реальных или вымышленных проблем
Была сказана хорошая мысль про общение с наперсточником...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 18:15 #289
чайник555 написал(а):
Была сказана хорошая мысль про общение с наперсточником...
Эта мысль в Книге флуда
Не стоит ее повторять.
Администрация видит свою задачу, чтобы всячески пресекать подобные выходки со стороны людей, особенно не предъявивших до сих пор еще ни единого аргумента.
При этом научные воззрения Администрации совершенно не имеют значения. Поскольку любая сторона дискуссии может оказаться в подобном положении, когда заезжий гость может позволить себе некорректность в отношении посетителя данного форума.
И научная дискуссия превратится в бестолковое месилово.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 18:35 #290
ППГ Сегодня 15:25:52 написал(а):
не будьте врушкой, а то скучно и стыдно за вас.
ППГ Сегодня 15:47:16 написал(а):
Нет его в свободном доступе. Если не трудно, скиньте мне
Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.
Что ж вы сначала хамите, а потом просите помочь вам со статьей...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 18:46 #291
ППГ написал(а):
Сомневающихся мало пока - Крик, Румер, Лагерквист, слегка Овчинников, ну и ваш покорный слуга.
Записали себя в этот список вы совершенно напрасно. Крик и Лагерквист предложили свои гипотезы 30 лет назад, на основе имеюшейся в то время скудной экспериментальной информации. Впоследствии было показано в сотнях статей (и в том числе в статьях самого Крика), что гипотеза о дублетном кодировании неверная, так как не согласуется с экспериментально установленной ролью посттрансляционных модификаций РНК в распознавании всех трех нуклеотидов в триплете. Код однозначный и триплетный - это сегодня очень хорошо известно. Разница между вами и Криком с Лагерквистом в том, что Крик с Лагерквистом просто заблуждались (и в то время могли себе это позволить), а вы элементарно не в курсе сотен работ, проделанных после Крика и Лагерквиста (или делаете вид что не в курсе). Сегодня любой может зайти в медлайн и ознакомиться с современной точкой зрения генетики. И убедиться, что она не имеет ничего общенго с тем, что вы выдаете за точку зрения современной генетики. С вашей стороны, выдавать сегодня эти древние устаревший гипотезы за последнее слово генетики это уже не просто научная ошибка, а либо невежество либо жульничество.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 19:45 #292
На молбиоле сетуют на то что в научных журналах появляются статьи, сформированные программой-бредогенератором «корчеватель». То есть компьютерная программа формирует наукообразный текст, лишенный, естественно какого либо смысла. При этом речь идет о процедуре рецензирования в реферируемых журналах.
Vadim Sharov написал на молбиоле 14.01.2010 00:17 в теме Василий Огрызко, ДНК и entanglement :
...Радует, что на Западе свободе научной мысли не мешают корчеватели. Мало того, они даже в составе дорогой редакции
Статья Кунина www.biology-direct.com/content/4/1/42
A close examination of a variety of widespread processes that contribute to the generation of genomic variation shows that evolution does not rely entirely on stochastic mutation. Instead, generation of variation is often controlled via elaborate molecular machinery that instigates adaptive responses to environmental challenges of various degrees of specificity. (sic!!!)...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 20:36 #293
Неисповедимы пути пишущих в научных журналах и якобы имеющих возможность рецензирования .... оказывается есть ложь наглая ложь и данные из рецензируемых журналов (ранее говорилось это об статистике) ... а вооще то практика критерий истины ...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 20:44 #294
limarodessa написал(а):
На молбиоле сетуют на то что в научных журналах появляются статьи, сформированные программой-бредогенератором «корчеватель». То есть компьютерная программа формирует наукообразный текст, лишенный, естественно какого либо смысла.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 20:44 #295
limarodessa написал(а):
A close examination of a variety of widespread processes that contribute to the generation of genomic variation shows that evolution does not rely entirely on stochastic mutation. Instead, generation of variation is often controlled via elaborate molecular machinery that instigates adaptive responses to environmental challenges of various degrees of specificity.
А я не думаю, что верхнее лишено смысла - близкое биохимическое окружение и сама структура ДНК вполне могут давить в пользу некоторого вектора надвигающихся мутаций. Может история эволюции тому подтверждение?
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 20:47 #296
Хайдук написал(а):
А я не думаю, что верхнее лишено смысла - близкое биохимическое окружение и сама структура ДНК вполне могут давить в пользу некоторого вектора надвигающихся мутаций. Может история эволюции тому подтверждение?
Кунин ученый уважаемый, статья нормальная. Современная эпигенетика позволяет объяснять направленность мутаций. Механистически и без волшебств.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 20:54 #297
Хайдук написал(а):
Петр, Миттельшпиль уже вроде ответил постом #274. По мне, Вам нужно понять следующее: те пути решения возможных проблем в модели генетического кода, которые Вы предлагаете, производят впечатление сугубо неправдоподобных и нереалистических, чтобы не сказать заведомо ошибочных. Нельзя шастаться по гламурным б***ям-идеям и тащить их за шиворот, дабы заслепить публику громким объяснением реальных или вымышленных проблем
Пустая тресктня. Есть конкретная проблема - работа омонимов. Мит дал обзор, скачать его не могу, но уже из абстакта ясно, что мит, как вседа, НИЧЕГО не понял. Никакое это не опровержение, работа о другом. Завтра постараюсь ответить подробнее. И вы бы тоже поконкретнее - что именно вас не устраивает в постановке проблемы омонимии? Общих деклараций от вас и других уже наслушался. Конкретность и еще раз конкретнось. А пост 274 на помойку, как очередное делание вида, мыльный пузырь.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 21:17 #298
mittelspiel написал(а):
Это речь идет про распознавание того самого нуклеотида в триплете, который ППГ называет костылем, и про который утверждает, что он ничего не кодирует, а только якобы для красоты стоит рядом с двумя кодируюшими нуклеотилами в триплете. На самом деле, как следует из этих экспериментов, ППГ элементарно заблуждается, и все три нуклеотида кодируют, причем однозначно, безо всякой омонимии.
Наш любезный и торопливый мит в очередной раз вляпался. Вы, мит, хоть в святцы-то загляните... авторы толкуют о синонимических кодонах, шифрующих proline, alanine, and valine. Никакого отношения к проблеме шифровки омонимами... Что касается to read all four codons in the proline, alanine, valine, and threonine family codon boxes, это не означает, что авторы доказали участие 3'-5' кодон-антикодоновых нуклеотидов в шифровке аминокислот. Ну и ну... С кем я дискутирую?! Трачу время...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 21:18 #299
ППГ написал(а):
Мит дал обзор, скачать его не могу
Ладно, упростим вам задачу. Вот вам другой обзор где показано отсутствие омонимии. Не такой современный обзор, но дает представление о том, что вы упустили за 30 лет. Полный текст бесплатно доступен. Читайте: nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/32/1/223
Спасибо можете не говорить.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№3)
13 Янв 2010 21:20 #300
ППГ написал(а):
Наш любезный и торопливый мит в очередной раз вляпался. Вы, мит, хоть в святцы-то загляните... авторы толкуют о синонимических кодонах, шифрующих proline, alanine, and valine. Никакого отношения к проблеме шифровки омонимами.
Так не существует омонимии. Синонимические кодоны есть, а омонимических нет. Вы можете 100 раз мне нахамить, но это не мое мнение, а просто констатация факта. То что на данный момент известно.