Вадим Александрович Ратнер написал(а):window.edu.ru/window_catalog/files/r20536/0003_017.pdf

mittelspiel написал(а):1) Однозначность результата говорит о том, что омонимии нет (и вы сами с этим согласны).

О какой однозначности речь? В работе из Science, что приводил? Там как раз однозначности нет, разный характер флуоресценции GFP говорит о том, что авторы получили РАЗЛИЧАЮЩИЕСЯ GFP, и чтобы убедиться в этом окончательно необходимо было провести сравнительный сиквенс полученных GFP, чего не сделали. Возражение «1» не проходит.

2) Если один и тот же результат для данного триплета получается при при разном контексте (то есть при наличии разных соседних триплетов), то приходится отбросить гипотезу, что контекст играет какую-то роль (контекст это и есть соседние нуклеотиды, но если при разном контексте результат получается один и тои же, значит контекст не при чем)

Обратимся к лингвистике, к текстам. Для любых омонимов (лук, рейд, коса, ключ и т.д.) можно подобрать множество РАЗНЫХ предложений (контекстов) с этими омонимами, и при этом разные контексты не будут менять какую-то определенную и одинаковую семантику этих омонимов. Можете поупражняться сами. С этим прозрачно и ясно. Теперь относительно контекстов иРНК. Здесь та же ситуация. Омонимический триплет, к примеру, семейства CA, в разных контекстах будет кодировать только Гистидин или только Глицин. Все зависит от СМЫСЛА контекстного окружения. Триплетный состав его МОЖЕТ МЕНЯТЬСЯ, а смысл НЕТ (одну мысль можно выразить разными словами, предложениями. Так что возражение «2» тоже не проходит.

3) А объяснение, простое. Почему, например, кодоны AGT, AGC, AGA, AGG выбирают ПРАВИЛЬНО Серин или Аргинин. Выбирают правильно РАЗНЫЕ АМИНОКИСЛОТЫ при ОДИНАКОВЫХ кодирующих дублетах AG? - да все просто - забудьте про дублеты. . Представьте, что один триплет это картошка, а второй триплет это груша. Картоша кодирует кастрюлю, а груша кодирует тарелку. Половина картофелины ничего не кодирует. Только целая картофелина. Надкусанная груша ничего не кодирует. Только целая груша. Дублет ничего не кодирует. Только триплет. Все просто.
И кстати вместе с дублетами забудьте про Лангерквиста, забудьте про остальные имена и древние публикации 50-летней давноести. Мы тут не историю науки обсуждаем, а факты, самые тривиальные факты. На факты надо ссылаться а не на имена с устаревшими гипотезами. То, что 3'-5' кодон-антикодоноая пара в выборе никогда не участвует - это устаревшая и неправильная гипотеза. Вы исходили из устаревшей и неправильной гипотезы, в этом ваша ошибка и заключается.

Какой великолепный пример, убивающий вашу голову (извините…) картошку на корню! Не подозревая, сами себя высекли. Слово «картошка», оно, видите ли, может быть понято по разному. То ли в смысле «картофелина», то ли в смысле с/х культуры. Поэтому «кастрюлю» вы закодировали неоднозначно. Потребуется пояснение (контекст), какую именно «картошку» вы имели в виду. Спасибо за возможность четко объяснить суть контекстных ориентаций в белковом коде.
Об «устаревшей» идее неучастия 3’-5’ кодон-антикодоновой пары в кодировании аминокислот и стопов, или о правиле Лагерквиста «два из трёх». Поступим просто, как и полагается в научных дискуссиях. Дайте ссылку или ссылки, где это положение научно опровергнуто. Или, в крайнем случае, на спиритическом сеансе, спросите покойного ныне Ф.Крика (автора идеи «ненужности» 3’-5’ в ген. кодировании), прав ли ППГ.

PauLita написал(а):Ну что же, посочувствуем старине Ратнеру. Он заблуждается. В своё время обратился к нему с этими сомнениями. В ответ тишина... Может, письмо не дошло, может, вообразил он, что сидит на вершине интеллектуального Олимпа... Не знаю. Словом, и Ратнеры ошибаются. А вот Крик, Румер и Лагерквист - нет. Надеюсь, и я тоже.

ППГ написал(а):Ну чтож, посочуствуем старине Петровичу...

Jeremy M.Berg, John L.Tymoczko, Lubert Stryer написал(а):www.amazon.co.uk/Biochemistry-Internatio...1676766X/ref=ed_oe_h

PauLita написал(а):Не убеждает. Мало ли учебников понаписано. Переписывать пора.

Может так будет яснее. В синонимических кодонах кодон-антикодоновая 3'-5' пара не участвует в кодировании ЯВНО, поскольку 5'-нуклеотид антикодона может быть любым из 4-х (Вобл гипотеза Ф.Крика). Здесь эта пара - стерический костыль, укрепляющее звено кодон-антикодоновой связки. Кодоны-Синонимы дают сверхизбыточность ген. информации (изоакцепторные тРНК). В омонимических кодонах 3'-5' пара НЕЯВНО тоже не участвует в кодировании в силу неоднозначности потенциального выбора аминокислот и стоп функции. Участие в кодировании становится ЯВНЫМ, когда семантика омонима задастся контекстом иРНК. Кодоны-Омонимы дают гибкость белковому коду, позволяя ему отбирать пробные белки при неизбежном, иногда запланированном, мутационном процессе в ДНК и иРНК. Пробные белки - фактор приспособления к переменчивой, внешней по отношению к биосистеме, окружающей среде. Примером этому служит синтез иммуноглобулинов, использующий специальные гены-мутаторы.

ППГ написал(а):Ну да, куда им до учебников с которых переписываете формулы вы

Развивая мысль об омонимии, можно даже сказать, что триплетный код появился как необходимость в омонимии. Эволюционно ранним был, вероятно, дублетный код - мало аминокислот, организмы примитвны. Омонимия дала мощный рывок в смысловые (текстовые ареалы) генетического кодирования, что основа для эволюции биосистем.

ППГ написал(а):А какже -

В.Карасев написал(а):

В.Карасев написал(а):

Нда, научный партком за работой ... ничего нового ничего конкретного ... философия - все обо всем ничего о деле .... главное что бы не трогали морфогенетическое поле чудес ...

Повторяю два вопроса, которве были адресованы лично мишамбаре, на которые он пока так и не смог ответить:

1) По поводу того что якобы в эксперименте Кирилиан листяья светились не только на предметном столике (куда попал жир), но в пространстве, это уже ваши фантазии. Ссылочку пожалуйста на такой эксперимент. То, что место на столике светилось, на котором листик лежал, это понятно, жир с листика на столик попал. А вот насчет того чтобы в пространстве - такого я не читал. Вот описание эффекта Кирлиана, и ничего такого там нет: -- … 0%BD%D0%B0

2) Мишабмара писал: Вероятности пробиться к нужным «контактам» на ДНК или РНК сопоставимы с вероятностью того что все молекулы воздуха соберутся в левой (или правой) части комнаты (естественно при нормальном броуновском движение). На это Миттельшпиль ответил: А вы прикиньте, с цифрами. У меня вот на компьютере штук 20 статей лежит на эту тему только за последние пару лет. Люди рассчитывают, сравнивают с экспериментом, спорят из-за десятых долей процента. А вы с вашей оценкой элементарно нарушили физические законы и во много миллардов раз ошиблись. Попробуйте опровергнуть.

Отредактировано mittelspiel (2010-01-12 20:43:39)

mishabara написал(а):Попробуйте не флудить, а ответить на четко сформулированные вам лично вопросы. В противном случае все увидят, что на эти вопросы вы ответить не смогли.

ППГ написал(а):Это утверждение противоречит всем экспериментальным данным накопленным в генетике за последние 10 лет (тысячи и тысячи экспериментов).

Отредактировано mittelspiel (2010-01-12 21:00:07)

ППГ написал(а):Петр, аналогия со словами и текстами обычного печатного русского языка есть лишь поверхностная аналогия, не думайте, что анализ текстов на русском поможет Вам толковать генетический код. Попросту забудьте о лингвистике, она генов не колышет

На опус 220
По пункту 1 Вы сами себя опровергаете … если эти молекулы занимают конкретное пространственное положение на плоскости, они займут тоже конкретное положение и на плоскости поставленной перпендикулярно несчастному листу науки … в этом случае и говорится о №- мерном пространственном расположении … И если этот «пар» молекул подчинялся бы вероятностным законам, то он расположился бы по другому… , а так - это ясно детермированный случай и под ним лежит некая постоянная составляющая …
По пункту 2 Вот ссылка www.ilt.kharkov.ua/bvi/ogurtsov/pc1chtd.pdf У Вас достаточно времени и Ваших последователей кои в уравнения подставят значения и получат искомое … у меня получилось то что вероятность близка к нулю … следовательно надо вводить новые качества для того что бы они сгруппировались в нужном порядке …

ППГ написал(а):Вероятно так и было - миллионы лет назад был дублетный код, а потом появился сегодняшний триплетлный код, но к вашей деятельности это никакого отношения не имеет.

mishabara написал(а):Вы не ответили мне пока ни по одному пункту. По пункту 1 вы не предоставили ссылку которую я просил, а по пункту 2 вы не предоставили вычислений, которыей я просил. Повторяю вопросы:

1) По поводу того что якобы в эксперименте Кирилиан листяья светились не только на предметном столике (куда попал жир), но в пространстве, это уже ваши фантазии. Ссылочку пожалуйста на такой эксперимент. То, что место на столике светилось, на котором листик лежал, это понятно, жир с листика на столик попал. А вот насчет того чтобы в пространстве - такого я не читал. В описании эффекта Кирлиана ничего такого нет.

2) Мишабмара писал: Вероятности пробиться к нужным «контактам» на ДНК или РНК сопоставимы с вероятностью того что все молекулы воздуха соберутся в левой (или правой) части комнаты (естественно при нормальном броуновском движение). На это Миттельшпиль ответил: А вы прикиньте, с цифрами. вы в этом утверждении элементарно нарушили физические законы и во много миллиардов раз ошиблись. Попробуйте предоставить вычисления.

До тех пор пока вы не сможете ответить на эти вопросы, будем придерживаться точки зрения, что соратник Петра Горяева ошибся и не смог пока ни признать свою ошибку, ни доказать ее отсутствие. Каждой новой ошибкой вы все больше подрываете авторитет волнового генома

Отредактировано mittelspiel (2010-01-12 21:18:23)

на опус 227 аксиоматические теории доказывать Вам бесполезно .... Бремя доказательств опровержений можете брать на себя ... и печататься во всех рецензируемых журналах ...

mishabara написал(а):Это не аксиоматические теории. Вы сделали голословное утверждение, противоречащее основам физике, и не смогли его доказать.
Отредактировано mittelspiel (2010-01-12 21:49:10)

mittelspiel написал(а):Как это нас колышет какой был код миллионы лет назад, мы не можем надежно спекулировать об этом. Важно лишь то, что наблюдаем и можем верифицировать теперь, а это, видимо, вездесущий триплетный код

Relax

mittelspiel написал(а):Коллегам явно не хватает физико-химических знаний, интуиции и чутья о том, что возможно, а что не очень в мире биомакромолекул . Так как Петр не смог внятно объяснить излучает ли или да бегущий вдоль ДНК проклятый считывающий (что?) солитон, надеемся, что это зделает Миша

на опус 231 по вероятностям ... Вы что это серьезно .... особенно если сравнить размеры биологической клетки с 12 молекулами (пусть даже связанными) .... величины то внушительные ...
по заданному вопросу .... про солитон, мы же кажется это обсуждали .... ведь заряд в этом случае движется по спирали образованными этой скруткой ... и по большим кольцам .... ответ напрашивается однозначный и при том с поразительно (в диапазоне) постоянной частотой ... и в теории и на практике ... иначе бы все эти опыты с крысами и яблоками мы бы тут и не обсуждали ...

Отредактировано mishabara (2010-01-12 22:38:07)

mittelspiel написал(а):Тысячи не надо, дайте один, опровергающий омонимию 32 кодонов. А общих утверждений, где желание заменяет доказательство, наслышался много.

mishabara написал(а):Ой, а вопросов-то к вам все больше и больше.
И чтойто там у вас за спираль такая, неужто ДНК?
И какой у вас по ДНК заряд движется? И почему по спирали?
Основания стопкой расположены, никакой спирали для заряда не предвидится.

Отредактировано mittelspiel (2010-01-12 23:33:03)

ППГ написал(а):Да вы хоть ту статью в Science прочитайте на которую сами ссылаетесь. Вот вам хоть один эксперимент и есть

И вообще - чево вы к организму прицепились. На рибосоме синтезировать ведь и в пробирке можно. И однозначно. И независимо от контекста. И ни на какой волновой геном уж в пробирке не сошлетесь. Облом-с.

ППГ написал(а):Элементарно, Ватсон. Читайте на здоровье.

Chen, P., Qian, Q., Zhang, S., Isaksson, L. A. Bjrk,
G. R. (2002). A cytosolic tRNA with an unmodified
adenosine in the wobble position reads a codon
ending with the non-complementary nucleoside
cytidine. J. Mol. Biol. 317, 481–492.

Lim, V. I. (1995). Analysis of action of the wobble
adenine on codon reading within the ribosome.
J. Mol. Biol. 252, 277–282.

Yarus, M. (1995). Translational efficiency of transfer
RNA's: uses of an extended anticodon. Science, 218,
646–652.

Murphy, R. V., 4th, Ramakrishnan, V., Malkiewicz, A.
Agris, P. F. (2004). The role of modifications in
codon discrimination by tRNA UUU
Lys . Nature Struct.
Mol. Biol. 11, 1186–1191.

Masquida, B. Westhof, E. (2000). On the wobble
G•U and related pairs. RNA, 6, 9–15.

Varani, G. McClain, W. H. (2000). The G-U wobble
base-pair. A fundamental building block of RNA
structure crucial to RNA function in diverse biological
systems. EMBO Rep. 1, 18–23.

Ogle, J. M., Brodersen, D. E., Clemons, W. M., Jr,
Tarry, M. J., Carter, A. P. Ramakrishnan, V. (2001).
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S
ribosomal subunit. Science, 292, 897–902.

Sanbonmatsu, K. Y. (2006). Alignment/misalignment
hypothesis for tRNA selection by the ribosome.
Biochimie, 88, 1075–1089.

Stuart, J. W., Gdaniec, Z., Guenther, R., Marszalek,
M., Sochacka, E., Malkiewicz, A. Agris, P. F.
(2000). Functional anticodon architecture of human
tRNALys3 includes disruption of intraloop hydrogen
bonding by the naturally occurring amino acid
modification, t6A. Biochemistry, 39, 13396–13404.

Stuart, J. W., Koshlap, K. M., Guenther, R. Agris,
P. F. (2003). Naturally-occurring modification
restricts the anticodon domain conformational
space of tRNAPhe. J. Mol. Biol. 334, 901–918.

Cabello-Villegas, J., Winkler, M. E. Nikonowicz,
E. P. (2002). Solution conformations of unmodified
and A(37)N(6)-dimethylallyl modified anticodon
stem-loops of Escherichia coli tRNAPhe. J. Mol. Biol.
319, 1015–1034.

Durant, P. C., Bajji, A. C., Sundaram, M., Kumar, R. K.
Davis, D. R. (2005). Structural effects of hypermodified
nucleosides in the Escherichia coli and human
tRNALys anticodon loop: the effect of nucleosides s2U,
mcm5U, mcm5s2U, mnm5s2U, t6A, and ms2t6A.
Biochemistry, 44, 8078–8089.

Dao, V., Guenther, R., Malkiewicz, A., Nawrot, B.,
Sochacka, E., Kraszewski, A. et al. (1994). Ribosome
binding of DNA analogs of tRNA requires base
modifications and supports the “extended anticodon”.
Proc. Natl Acad. Sci. USA, 91, 2125–2129.

Olejniczak, M. Uhlenbeck, O. C. (2006). tRNA
residues that have co-evolved with their anticodon to
ensure uniform and accurate codon recognition.
Biochimie, 88, 943–950.

Durant, P. C. Davis, D. R. (1999). Stabilization of
the anticodon stem-loop of tRNALys,3 by an A+-C
base-pair and by pseudouridine. J. Mol. Biol. 285,
115–131.

Yarian, C. S., Cain, R., Basti, M. M., Ansari, G.,
Guenther, R. H., Sochacka, E. et al. (1999). Structural
and functional roles of the N1- and N3-protons of
at tRNA's position 39. Nucl. Acids Res. 27, 3543–3549.

Takai, K. Yokoyama, S. (2003). Roles of 5-
substituents of tRNAwobble uridines in the recognition
of purine-ending codons. Nucl. Acids Res. 31,
6383–6391.

Отредактировано mittelspiel (2010-01-12 23:37:10)

ППГ написал(а):Это утверждение противоречит той статье, на которую вы ссылаетесь (www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/324/5924/255), и это говорит о том, что вы либо пытаетесь нас надурить, либо элементарно не поняли, о чем говорится в статье (как вы не поняли до этого и триплетный код Крика и другие работы). Всем здесь на форуме доступна статья в Science, на которую вы ссылаетесь, и словить вас на лжи/непрофессионализме проще простого. Я прочитал эту статью. Она начинается с объяснения, что триплетный год однозначен (то есть омономичных кодонов не существует). Первая фраза в абстракте говорит, что замены в синонимичных кодонов НЕ ПРИВОДЯТ к заменам в аминокислотной последовательности. Авторы этой статьи измеряют ИДЕНТИЧНЫЕ спектры ИДЕНТИЧНЫХ белков, и на основе разной интенсивности флуоресценциии оценивают разное количество синтезированного белка. Нигде в этой статье не говорится о том, что белки не идентичны.

Вот ссылка на полный текст этой статьи к которой вы аппелируете. Любой человек с этого форума в состоянии сам ее прочитать.
www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/324/5924/255
Попробуйте привести цитату из этой статьи, где говорится, как вы утверждаете, что разный характер флуоресценции GFP говорит о том, что авторы получили РАЗЛИЧАЮЩИЕСЯ GFP. Цитату в студию.

mishabara написал(а):Миша, у Вас удивительно неясный и обтекаемый способ изложения/мышления, наверное потому, что совсем не уверены что происходило на самом деле с этими вашими дохлыми крысами и яблоками . Что напрашивается, Миша, что считывает солитон, пока бежит, куда передаёт считанное, зачем передаёт? Нуклеотидный состав (то бишь гены) ли считывает, как может он этот состав посчитать, по электронным орбиталям, что ли, узнает атомы в нуклеотидах и как те связаны? Выходит, что этот солитон меняет свою форму, пока перескакивает с нуклеотида на следующий и даже ухитряется излучать эту свою форму под видом модулированных ЭМ волн, те же пресловутые ШЭИ Петра. Зачем мне додумывать за Вас, Миша? Если эту картину имели в виду, то скажу Вам, что мерещится мне она физически ... абсурдной . Вы понятия не имеете о физике на этом уровне, Миша, о каких смехотворных экспериментах с крысами и яблоками глаголите? Вам следовало бы зарабатывать на жизнь чем-то совсем иным, черт его знает чем, Вам виднее должно быть

на опус 237 Уважаемый Хайдук что бы погасить эти разногласия нужно вернутся в первую часть наших всех дискуссий, если это трудно то напомню, что ДНК можно представить в виде сплетенной двойной пружины по поверхности коей передвигаются некое поле зарядов , которые могут быть описаны математическим солитоном.... вот это поле зарядов и явлются теми маркерами кои или разрешают считывание или запрещают считывание .... а так как колличество колец в этой большой пружине тоже имеет конечное число, следовательно и электромагнитная составляющая может быть заранее вычислена и промодулирована .... что и было сделано в опытах .... в крайнем случае мы пытаемся именно таким образом дать обьяснения получаемым результатам .... если есть другое обьяснения милости просим .... давай те анализировать ... конечно заранее исключив методику божественного происхождения или нечестных исследователей ...

Отредактировано mishabara (2010-01-13 09:35:17)

mittelspiel написал(а):Итак, проверяем, читал ли mittelspiel статью. Сей г-н утверждает, что статья
«начинается с объяснения, что триплетный год однозначен (то есть омономичных кодонов не существует)»

Читаем начало статьи: «The theory of codons bias posits that preferred
codons correlate with the abundances of iso-accepting tRNAs (1, 2) and thereby
increase translational efficiency (3) and accuracy (4). Recent experiments have revealed other effects of silent mutations (5–7)». Начало статьи, как видим, о другом, о том, что избыток изо-акцепторных тРНК увеличивает трансляционную активность и е точность. Таких mittelspiel-ей надо тут же за руку хватать - только они начинают лгать, как здесь. Не читал г-н хороший указанную статью. Лжец. Пригвоздим его к позорному столбу. На этом можно и закончить «базар». Однако, обращу внимание честного биологического народа на существенное замечание авторов в этом начале статьи. Они сослались на работы (5-7), где получены ДРУГИЕ ЭФФЕКТЫ на сайлент мутациях. Надо бы почитать работы 5-7. Дело в том, что фишка данной статьи Grzegorz Kudla и др. заключается в том, что они тоже получили ДРУГИЕ ЭФФЕКТЫ. На чем? На сайлент мутациях синонимических кодонов зеленого флуоресцирующего белка (GFP). Такие «молчащие» мутации по 3’-нуклеотиду синонимического кодона НЕ ИЗМЕНЯЮТ синтезируемый белок. Это классика. Почему не изменяют? Да по той же причине, о которой не устаю тут и везде говорить – 3’-5’ кодон-антикодоновая пара НЕ УЧАСТВУЕТ в кодировании аминокислот и стопов. Авторы же данной статьи получили ДРУГИЕ ЭФФЕКТЫ. Какие? Они обнаружили, что синтезируемые белки (GFP) сильно различаются по характеру флуоресценции. Но этого не должно быть, поскольку идентичные GFP должны давать идентичные спектры флуоресценции. Кроме того, сильно варьировали выходы GFP, что тоже странно. В этом и был ДРУГОЙ ЭФФЕКТ, который они объясняли чем угодно, только не своей ошибкой. ДРУГОЙ по отношению к классике. Она не допускает таких эффектов. Почему же получился ДРУГОЙ эффект? Потому, что они ошибочно использовали для «молчащих» мутаций по 3’-нуклеотиду кодона не только синонимические, но и омонимические кодоны. Если бы они секвенировали все синтезированные E.coli белки (GFP), то, как я полагаю, они обнаружили бы различия в аминокислотных последовательностях части GFP. Это и было бы доказательством роли омонимических кодонов, приобретающих точную семантику только в контексте иРНК.

Только так, прямым экспериментом, можно доказать роль омонимов в белковом коде.
Теперь насчет цитаты. Бедный mittelspiel так ничего и не понял и все перепутал. Это не авторы сказали разный характер флуоресценции GFP говорит о том, что авторы получили РАЗЛИЧАЮЩИЕСЯ GFP, это я высказал такое предположение.

Ну до чего же низок уровень оппонентов…

Хайдук написал(а):Забывать не будем, поскольку мощные контекстные эффекты на иРНК уже четко зафиксированы (приводил обзор акад. РАН Л.П.Овчинников), но не поняты. Однако, возведены в ранг второго генетического кода.