Ув. Петрович, покорнейше прошу Вас уделить мне внимания на этой ветке, так как я заинтересован разобраться в проблемах с Вашей помощью.
Должен сказать, что несколько удивляет то, что продолжаете настаивать на понимание ген. кода полувековой давности (код дуплетов). Вполне очевидно также, что избегаете конкретного ответа на конкретный вопрос указать хотя бы на один-единственный (!) омонимический (неоднозначно-кодирующий) триплет нуклеотидов ДНК. Из общих соображений должно быть ясно, что научное сообщество должно было решить эти проблемы кода за 50 лет. Не стоит цепляться как утопленник за соломинку за расплывчатые слова Крика в популярной книжке, а нужно смотреть на положение ситуации ширше и глубже. Ну не могут же столько исследователей заблуждаться насчёт целых 32 якобы неоднозначных кодонов
. Здравый смысл должен подсказать, что заец из этого кустарника скорее не выпрыгнет и что дуплетную модель можно с миром похоронить. Тем более, что к волновому геному код не имеет никакого отношения и не должен Вас колыхать
Конкретный ответ на конкретный вопрос - есть 32 кодона-омонима и 32 синонима. Они в моей 3-й монографии помечены двумя цветами - синим и красным. Потрудитесь посмотреть в моем сайте. Противоречивость первичной модели кода давно замечена и опубликована еще в 1978г. У.Лагерквистом, который, правда, пытался оправдать модель Ниренберга-Крика, но с явной ошибкой. Говорил об этом. Акад. РАН Овчинников тоже настаивает на 2-м ген. коде, основанном на контекстуальных атрибутах его, т.е. первая модель кода его не устраивает. Как-то вы все это мимо ушей... Но мне не трудно повторить. Хоронить первую модель можно, но лучше ее расширить. Ведь не может же модель кода быть слегка правильной... Или-или. К волновому коду триплетная, исправленная, модель имеет прямое отношение. Чтение классических белковых и РНК-овых генов должно быть и имеет место. В нашей версии оно осуществляется солитонными возбуждениями РНК и ДНК (2-я и 3-я монографии и статьи), т.е. уединенными волнами. 2-й путь чтения генов - это чтение их в составе геноголограмм. Естественно, это также волновой механизм. Так что все сходится.
А почему без Вас? Немедленно присоединяйтесь к списку авторов, дабы не задерживать научный прогресс!
. Не ли наша задача - дать полное описание технологий с тем, чтобы другие группы также могли работать в этом направлении?
Чтобы избежать назойливо-лживого: раз Гаряев делал, то не верим. Тем более, что руками ни к чему не прикасался, только обучал работать с лазером и растолковывал наши позиции для постановки экспериментов.
Петя попросту чересчур преувеличивает значение расплывчатых слов Фрэнсиса в популярной книжке, no big deal.
Во первых, как договаривались, давайте без фамильярностей...
Второе. У меня устойчивое впечатление, что Ф.Крик все-таки чувствовал шаткость модели в аспекте воблирующего нуклеотида, гениально придуманного Природой. Поэтому он и написал в 66 году спец. гипотезу (почему гипотезу?) о воблировании 3'-5' кодон-антикодоновой пары. Она навела только туман, замаскировавший проблему неоднозначности, которую они с Ниренбергом сразу засекли на UUU кодоне.
Конкретный ответ на конкретный вопрос - есть 32 кодона-омонима и 32 синонима.
Не могу сказать, что это далеко идущее утверждение вяжется с парой-другой исключений стандартного триплетного кода, как это следует из
There is no evidence to indicate that genetic code is ambiguous in vivo. Ambiguity means that a single codon may code for more than one amino acid. The only exception to the non ambiguity is the AUG codon in prokaryotes – it codes for formyl methionine at the initiation site while at other positions it specifies methionine. It is not clear as to how this distinction is always met precisely but it is believed that the secondary structure of the mRNA at the initiation site may havgot something to do with the coding for formyl methionine. In in vitro conditions however genetic codes sometime appear to be ambiguos. For example poly-U codon is known to incorporate some amounts of leucine in addition to phenylalanine. Treatment of ribosomes with streptomycin is known to introduce ambiguity to codons. For example in addition to coding for phenylalanine UUU is also known to code isoleucine, serine and leucina.
ППГ написал(а):
Акад. РАН Овчинников тоже настаивает на 2-м ген. коде, основанном на контекстуальных атрибутах его, т.е. первая модель кода его не устраивает... Хоронить первую модель можно, но лучше ее расширить. Ведь не может же модель кода быть слегка правильной... Или-или.
Зачем или-или? Как раз развитие эпигенетики в последнее время выявляет сложность и многогранность передачи генетической информации. К счастью, триплетный код по большому счёту сохраняет свою силу. Я не прочь обозвать сложные эпигенетические и другие факторы контекстуально-зависимыми, не в словах дело.
ППГ написал(а):
К волновому коду триплетная, исправленная, модель имеет прямое отношение. Чтение классических белковых и РНК-овых генов должно быть и имеет место. В нашей версии оно осуществляется солитонными возбуждениями РНК и ДНК (2-я и 3-я монографии и статьи), т.е. уединенными волнами. 2-й путь чтения генов - это чтение их в составе геноголограмм.
Можете ли привести конкретные примеры того как чтение генов солитонами и геноголограмами дополняет и расширяет стандартный триплетный код? Какие конкретные (AUG, UUU ?) якобы неоднозначности устраняются такими волновыми способами? Чем и где ЛВГ улучшил модель/таблицу Крика?
Чтобы избежать назойливо-лживого: раз Гаряев делал, то не верим. Тем более, что руками ни к чему не прикасался, только обучал работать с лазером и растолковывал наши позиции для постановки экспериментов.
Если уверены в результатах, должны публиковать, Вы должны их гнать как империалист к публикации, чтобы мир узнал о научном прорыве
Ф.Крик все-таки чувствовал шаткость модели в аспекте воблирующего нуклеотида, гениально придуманного Природой. Поэтому он и написал в 66 году спец. гипотезу (почему гипотезу?) о воблировании 3'-5' кодон-антикодоновой пары. Она навела только туман, замаскировавший проблему неоднозначности, которую они с Ниренбергом сразу засекли на UUU кодоне.
Один или два кодона из 4^3 = 64 триплетов это все-таки мало, еле колышет. Вы настаиваете на 32 двурушника, но это выглядит перебором, где же их множество шлюх-аминолислоток?
И опять: на дворе 2011 год, негоже как-то рыться в работах 50-летней давности - это целая вечность в современной науке, воды океаном утекло с тех древних времён
Фракктал, нелинейный, как нелинейно время по Эйнштейну
Зачем Вам фрактальное время, Петрович, какая жызнь такая несладкая побудила к такому вычурному времени? О нелинейности фрактала трудно говорить, ибо фрактал не гладок или, как говорят, нигде не дифференцируем.
ППГ написал(а):
излучениями фотонов молекулами ДНК, релятивистские скорости их, замедляемые структурой биосистем, возможно связаны с течением времни в пространстве биосистем.
Свет в любом веществе замедляется по Черенкову, но времени Эйнштейна это не колышет.
ППГ написал(а):
В нас - это обеспечение когерентности биохимических процессов и возможность информационного спутывания.
Улетучивание материальных вещества с полями в квантовое спутывание/суперпозицию/энтанглмент должно быть вездесущим, а не только биохимическим, Петрович. Застукать такое будет трудно, но зато проглушат нам уши, когда и если застукают.
Чтение классических белковых и РНК-овых генов должно быть и имеет место. В нашей версии оно осуществляется солитонными возбуждениями РНК и ДНК (2-я и 3-я монографии и статьи), т.е. уединенными волнами. 2-й путь чтения генов - это чтение их в составе геноголограмм. Естественно, это также волновой механизм. Так что все сходится.
В обоих случаях омонимичность должна проявиться при трансляции коротких олигонуклеотидов, например, кодирующий пептиды длиной в 7 аминокислот. Покажите омонимичность в такой системе, будет что обсуждать, а пока Вы объясняете феномен, который никто не наблюдал! Вот Вам инструкция, почитайте www.neb.com/nebecomm/ManualFiles/manualE6800.pdf
Также задумайтесь, что люди создали кит, провели сотни экспериментов проверяющих его работу и не разу не заметили отклонений от модели Крика! Тоже самое относится и к пользователям технологии. Откуда у них в пробирке возникают солитоны и геногалограммы?
Повторял и еще раз, наверное, в сотый повторю. Эти факты получены нами в 2000 в Москве, воспроизведены в Торонто местными специалистами в 2002, затем в 2007 Н.Новгродскими специалистами еще раз воспроизведены. Результаты опубликованы в ВАКовском журнале.
Вы в лучшем случае показали, что мШЭИ влияет на фенотип, что не есть доказательство переноса генетической информации. Как уже просил в ранних ветках белок в студию! Опять же Ваша проблема, что Вы не поставили эксперимент в простой модельной системе, а облучали яблоки через препарат ДНК картофеля итд. итп.
Лингвистико-Волновой геном. Следующий шаг. №3
02 Июль 2011 17:41 #161
Автор: чукч колхозный...
Сегодня 2030:12 Автор: PP
Вы в лучшем случае показали, что мШЭИ влияет на фенотип, что не есть доказательство переноса генетической информации. Как уже просил в ранних ветках белок в студию! Опять же Ваша проблема, что Вы не поставили эксперимент в простой модельной системе, а облучали яблоки через препарат ДНК картофеля итд. итп.
Да побойтесь Б-га !!! Как это мШЭИ (вернее, звуковой мр3-файл) влияет на фенотип ? То, что яблочки тухнут по разному легко объясняется грязью эксперимента и чисткой результатов...
Да побойтесь Б-га !!! Как это мШЭИ (вернее, звуковой мр3-файл) влияет на фенотип ?
Я же и написал, что в лучшем случае. В принципе э/м волны вполне могут влиять на фенотип, тут нет ничего удивительного, а вот переносить генетическую информацию не могут. Ну а про звуковые файлы я даже и говорить не хочу, это уже совсем за гранью...
Лингвистико-Волновой геном. Следующий шаг. №3
02 Июль 2011 19:35 #163
Автор: чукч колхозный...
Сегодня 23:23:21 Автор: PP
Я же и написал, что в лучшем случае. В принципе э/м волны вполне могут влиять на фенотип, тут нет ничего удивительного, а вот переносить генетическую информацию не могут. Ну а про звуковые файлы я даже и говорить не хочу, это уже совсем за гранью...
В принципе, расположение Юпитера и Меркурия (и тем более, Венеры) на звёздном небе вполне могут повлиять на урожай зерновых в родной Оклахомщине и Канзанщине...
Но я при покупке фьючерсов обращал бы внимание совсем на другое...
В принципе, расположение Юпитера и Меркурия (и тем более, Венеры) на звёздном небе вполне могут повлиять на урожай зерновых в ридной Оклахомщине и Канзанщине...
Но я при покупке фьючерсов обращал бы внимание совсем на другое...
знаете, у биржевых гуру есть столько теорий по поводу фьючерсов, что вплоть до влияния Юпитера и Меркурия
и в принципе если провести математический анализ, то можно найти и какие-то корреляции
переносить генетическую информацию не могут. Ну а про звуковые файлы я даже и говорить не хочу, это уже совсем за гранью...
Ну почему ? Можно перенести генетическую информацию и не только на фенотип повлиять но даже и на генотип и Ваши внуки могут унаследовать инфу от генов ППГ - теоретически метилирование ДНК реципиента в рамках эпигенетического наследования можно индуцировать звуком, а тот в свою очередь может быть передан посредством электромагнитного излучения а электромагнитное излучение может быть модулировано экспрессией ДНК донора . Но для этого нужны горы оборудования (мне трудно представить чтобы Природа такое смогла бы сделать - только искусственно созданная аппаратура может быть) и вообще непонятно зачем это нужно делать. Мы и так все подвержены метилированию ДНК другими факторами (в том числе возможно и фоновым ЭМ излучением нестандартной интенсивности). А так все можно - эпигенетику ещё никто не отменял.
Ну а про звуковые файлы я даже и говорить не хочу, это уже совсем за гранью.
яблочки облучались используя специальные антенны , и в файлах был синтезирован экстракт разрушенного цитоскиелета т.е. проверка варианта программированная смерть...
на людском поголовье ... там более сложная цепочка ... звук, слуховой орган, электромагнитные колебания ..... проверка воздействия через пробный вариант активационные молекулы (эффект АБ)
Не могу сказать, что это далеко идущее утверждение вяжется с парой-другой исключений стандартного триплетного кода, как это следует из
There is no evidence to indicate that genetic code is ambiguous in vivo. Ambiguity means that a single codon may code for more than one amino acid. The only exception to the non ambiguity is the AUG codon in prokaryotes – it codes for formyl methionine at the initiation site while at other positions it specifies methionine. It is not clear as to how this distinction is always met precisely but it is believed that the secondary structure of the mRNA at the initiation site may havgot something to do with the coding for formyl methionine. In in vitro conditions however genetic codes sometime appear to be ambiguos. For example poly-U codon is known to incorporate some amounts of leucine in addition to phenylalanine.
In in vitro conditions however genetic codes sometime appear to be ambiguos. Почему sometime. Доказательства не пприводятся.
Хайдук написал(а):
Зачем или-или? Как раз развитие эпигенетики в последнее время выявляет сложность и многогранность передачи генетической информации. К счастью, триплетный код по большому счёту сохраняет свою силу. Я не прочь обозвать сложные эпигенетические и другие факторы контекстуально-зависимыми, не в словах дело.
Причем здесь слова? Модель кода действительно сохраняет силу в ситуации с кодонами синонимами. Но с омонимами силу НЕ СОХРАНЯЕТ.
Хайдук написал(а):
Можете ли привести конкретные примеры того как чтение генов солитонами и геноголограмами дополняет и расширяет стандартный триплетный код? Какие конкретные (AUG, UUU ?) якобы неоднозначности устраняются такими волновыми способами? Чем и где ЛВГ улучшил модель/таблицу Крика?
Все дело в том, что сам ген. код улучшать бессмысленно. Он совершенен. Неоднозначности омонимов в реальном коде устраняются контекстуальными ориентациями рибосом, как биокомпьютеров. Теория ЛВГ улучшила первичную модель кода снятием противоречий неоднозначности кодонов омонимов опять-таки за счет понимания значимости контекстуальных ориентаций рибосом.
яблочки облучались используя специальные антенны , и в файлах был синтезирован экстракт разрушенного цитоскиелета т.е. проверка варианта программированная смерть...
Ну как на это реагировать?!
Вы рассуждаете о переносе генетической информации и используете систему, где Вам даже не известен геном!!! Я уже не говорю о транскриптоме. Ну что Вам известно о стуктуре генов яблок? Ну неужели Вас совсем ничему не научили в университете? Надо таких научных руководителей, какие были у Вас с ППГ, выявить и гнать взашей!
Неужели не понятно, что если Вы якобы повлияли на апоптосис, то Вы только и показали влияние на фенотип, на который, все на свете и топор, и мШЭИ, могут легко повлиять. Просто диву даюсь или Вы нарочно так эксперименты ставите, чтобы можно было годами разглагольствовать об интерпретации?
Один или два кодона из 4^3 = 64 триплетов это все-таки мало, еле колышет. Вы настаиваете на 32 двурушника, но это выглядит перебором, где же их множество шлюх-аминолислоток?
И опять: на дворе 2011 год, негоже как-то рыться в работах 50-летней давности - это целая вечность в современной науке, воды океаном утекло с тех древних времён
Видите ли, ситуация устраивает всех, кроме тех, кто за правду. Логика классиков - синтез белка точный, значит модель точна. Наша логика - модель кода и сам код несовместимы, модель надо существенно дополнять.
Ну смотрите (мои построения исключительно модельные но принципиальных ограничений с точки научно-технической не вижу). Допустим нам удалось всем форумом после организации хорошей попойки уговорить состоятельного человека выделить определенное количество денежных знаков. С этими денежными знаками мы заказываем аппаратуру которая улавливает вплоть до просто оптического распознавания, под скажем, радиовидением на микроскопическом уровне механизм транскрипции в живом организме. Дальше это транслируется по радиоканалу (ну там FM модуляция ) к месту нахождения реципиента. Возле реципиента преобразователь формирует ультразвуковой сигнал форма которого осуществляет метилирование ДНК (наука есть такая - эпигенетика) и - детки реципиента бегают с признаками донора. Другое дело что это трудоемко технологически но принципиальных ограничений нет. И главное - зачем ? На кой, как говорится, ляд ? Генная инженерия на порядки эффективнее... Оружие ? Совершенно бессмысленно - ну сделают мутантов во втором поколении. Как это повлияет на ход актуального театра военных действий или деятельность разведывательно-контрразведывательного сообщества ?
Вы метилирование с повреждениями ДНК не перепутали? Метилирование - это ферментативная химическая реакция присоединения метильной группы.
PP написал(а):
Ага щас. Ссылочки покажите. Да и расплетение участка ДНК еще не означает, что этот участок будет метилирован. Или Вы соотвествующий белок тоже из ультразвука предоставите, я уже не говорю о передаче всего этого по наследству. В самом лучшем случае Вы просто поломаете ДНК на мелкие кусочки своим ультразвуком и на этом все закончится.
Так народ, короче, - мне это 300 лет не надо, не хотите - не метилируйте, я вас что заставляю ? Это все вопрос технологической сложности (причем на хрен никому не нужной) а не принципиальной. Ферментативную химическую реакцию (которая кстати идет под воздействием внешних источников) технически направить в нужное русло можно.
Все господа - я вообще не знаю как я в эту тему зарулил.. - я здесь решил не появляться... Всех благ !
In in vitro conditions however genetic codes sometime appear to be ambiguos. Почему sometime. Доказательства не приводятся.
Ну, это ясно почему - условия in vivo стандартные, стабильные и код щёлкает почти безошибочно. In vitro можно обрушить топор довольно-таки сильных помех и коду некуда идти, как сплоховать
ППГ написал(а):
Модель кода действительно сохраняет силу в ситуации с кодонами синонимами. Но с омонимами силу НЕ СОХРАНЯЕТ.
Омонимов на практике оказываются пара-другая, Петрович, и полагаю, что эту редкую, исключительную омонимию давно уже объяснили специфическими факторами, даже контекстом, если хотите, участков ДНК до и после места омонимии
ППГ написал(а):
Неоднозначности омонимов в реальном коде устраняются контекстуальными ориентациями рибосом, как биокомпьютеров. Теория ЛВГ улучшила первичную модель кода снятием противоречий неоднозначности кодонов омонимов опять-таки за счет понимания значимости контекстуальных ориентаций рибосом.
Анонс очень неконкретный и пожелательный, Петрович. Как видели, неоднозначностей пара-другая, много контекстуальных ориентаций рибосом не требуется, чтобы эту пару-другую вычислить. Напрашивается ощущение, что постулируем/вводим руками массовую неоднозначность, дабы протолкнуть сильно спекулятивную идею глобального контекста, увязывания всего со всем
ППГ написал(а):
ситуация устраивает всех, кроме тех, кто за правду. Логика классиков - синтез белка точный, значит модель точна. Наша логика - модель кода и сам код несовместимы, модель надо существенно дополнять.
Правда дело хозяйское, тонкое, не каждому дано, так сказать. Бессмысленно и непродуктивно рубить волос пополам неким риторическим отличием модели от кода. В этом отношении основной недостаток теории ЛВГ состоит в неудовлетворительности предлагаемых физических механизмов передачи генетической информации
Я бы все таки еще раз вернулся к ключевому физическому аспекту проблемы.
Итак излучение лазера ( гелий неонового ) имеет длину волны ~633 нм , что соответствует ~500000 ГГц
Удивительным образом ловится частота 640 Мгц ( правильно ? ) и преобразуется в звуковую частоту для mp3, что не более 20 кГц
Это, Петр, вызывает законные вопросы.
Содержит ли запись в mp3 всю нужную информацию, которая была снята на частоте лазера?
Для примера можно задаться вопросом, можно ли на звуковой частоте записать например сигнал телевизионный, коий имеет частоту значительно меньшую, чем лазер.