PauLita написал(а):Группа Пекоры имела дело именно с имитацией пыли, а не с реальной пылью. Если бы это была реальная пыль, работу не проводили бы, тем более, не публиковали. В таких исследованиях первое дело - чистые растворы. Иначе эксперименты просто не имеет смысла ставить. Так что ваша, выдернутая откуда-то, цитата - общие вещи, известные всем специалистам по корр. лазерной спектроскопии. Кроме вас, разумеется. Ну, право дело, что ни пост паулиты, то глупость или подтасовка.

на пост 690: Еще раз прочитайте и поймите свои заблуждения


Вот эта статья, в которой экспериментально (более ранняя работа авторов 1988года) и теоретически рассматривается эта же их работа 1988г. в аспекте динамического светорассеяния фрагментов ДНК длиной 2311 пар оснований. Обнаружены некоторые отклонения от теор. моделей. Эти отклонения авторы относят к «эффекту, имитирующему пыль». Именно имитирующему, поскольку реальных пылевых загрязнений в экспериментах не было. Этот вклад в светорассеяние несуществующей «пыли» может объясняться с наших позиций как рассеяние света на фантомах ДНК. Они образуются, вероятно, как «следы» при броуновских смещениях фрагментов ДНК в водном растворе.

Macromolecules 1990, 23, 1110-1118
Brownian Dynamics Simulations of Wormlike Chains: Dynamic
Light Scattering from a 2311 Base Pair DNA Fragment
Stuart A. Allison'
Department of Chemistry, Georgia State University, Atlanta, Georgia 30303
Susan S. Sorlie and R. Pecora
Department of Chemistry, Stanford University, Stanford, California 94305.
Received June I , 1989; Revised Manuscript Receiued August 23, 1989
ABSTRACT: The technique of Brownian dynamics simulation is used to study dynamic light scattering
(DLS) from a linear 2311-bp fragment of DNA. A variety of different semistiff models are considered, and
the simulation results are compared with actual experiments (Sorlie, S.; Pecora, R. Macromolecules 1988,
21, 1437). The parameters of the model are chosen subject to the constraints that the overall translational
diffusion constant (Do) and mean-square radius of gyration ((S2)) match experimental values. Time correlation functions are analyzed by CONTIN, which constructs the distribution of relaxation times, and by
cumulant and average lifetime methods. At q2 = 2.684 X lolo cm-', CONTIN analysis of simulations on 10
subunit chains with hydrodynamic interaction (HI) included is in better agreement with experiment than
the corresponding free draining models. For the ensemble sizes employed in the simulations (300 trajectories), there is some uncertainty in the faster decay portion of the lifetime distribution. In the scattering
vector range 4 X 10 q2 lo1' cm-', the CONTIN analysis of models with sufficient stiffness to give the
requisite (S') and Do with HI give DLS results that are not very different from the Gaussian coil model
with no HI and stiffness added indirectly via the ( S2) and Do constraints. At higher values of the scattering
vector, cumulant analysis is able to discriminate between models with different amounts of stiffness
and the same { S2) and D,. For stiff/flexible models there exists an intermediate range of scattering vector
in which the first cumulant varies as q3/q4 for chains with and without intersubunit HI. DLS appears
to be insensitive to the number of subunits in models that are subjected to similar constraints provided
q 5.0(b2)li2 where (b2) is the mean-square intersubunit separation.


Фрагменты перевода

…realizations both in the simulations and in the experiments.
In the experiments there are also variations due
to the presence of small amounts of dust. The noise
variations may mask the relatively small differences in
G(T) for the different models considered here, and these
together with variations due to dust in the experiments
may explain some of the differences between the models
and the experiments. There are also some ambiguities
in applying the proper amount of smoothing in the CONTIN
program.

…реализация и в моделированиях, и в экспериментах.
В экспериментах есть также должные изменения, вызванные
присутствием небольших количеств пыли. Шумовые
вариации могут маскировать относительно маленькие различия в
G(T) для различных моделей, рассматриваемых здесь, и их,
совместные с пылевыми, вариации в экспериментах
могут быть объяснять некоторые из различий между моделями
и экспериментами. Есть также некоторые двусмысленности
в применении надлежащего количества сглаживаний в CONTIN
программе.

Such analyses show some variation
in the G(T) from run to run due to different noise
realizations both in the simulations and in the experiments.
In the experiments there are also variations due
to the presence of small amounts of dust. The noise
variations may mask the relatively small differences in
G( T) for the different models considered here, and these
together with variations due to dust in the experiments
may explain some of the differences between the models
and the experiments. There are also some ambiguities
in applying the proper amount of smoothing in the CONTIN
program.

Такие исследования показывают некоторое изменение в
G(T) от накопления до накопления вследствие вкладов различных шумов
и в моделированиях, и в экспериментах.
В экспериментах есть также определенные вариации по причине
присутствия небольших количеств пыли. Шумовые
наводки могут маскировать относительно маленькие различия в
G(T) для различных моделей, рассматриваемых здесь, и их
совместные с пылевыми вариации в экспериментах
могут объяснять некоторые из различий между моделями
и экспериментами. Есть также некоторые двусмысленности
в применении надлежащего количества сглаживаний в CONTIN
программе.



In actual light scattering experiments, however, K, has the
disadvantage that it is more sensitive to dust than K,.

Однако в реальном эксперименте по светорассеянию K имеет то неудобство, что оно более чувствительно к пыли, чем K.


Also, shot noise present in experiments would
be expected to incrase the amplitude of the second and
higher order peaks. One possible explanation is the presence
of trace amounts of dust in light scattering experiments.
When a small (comparable to the noise level)
amplitude component of a gradual exponential decay is
added to simulated g(t) data, mimicking the effect of dust,
the CONTIN distribution function can be significantly altered.


Также можно было бы ожидать существенное влияние шума на амплитуду пиков второго и более высокого порядка. Одно из возможных объяснений – это присутствие некоторых следов пыли в экспериментах по светорассеянию. Когда небольшой (сопоставимый с уровнем шума) компонент амплитуды с экспоненциальным спадом добавляется к моделируемым g (t) данным, эффект, имитирующий пыль, может существенно изменять функцию распределения программы КОНТИН.

Итак, то что авторы считают имитацией пыли, которой не должно быть (иначе это не публикация, не статья), есть вклад фантомов ДНК в светорассеяние, что подтверждается нашими данными.

ППГ написал(а):Группа Пекоры имела дело именно с имитацией пыли в численных ситмуляциях. Это никак не могла быть реальная пыль, так как статья про численную симуляцию.

ППГ написал(а):Это исключительно теоретическая статья, никакие эксперименты там не ставились

ППГ написал(а):Это цитата из статьи на которую ссылаетесь вы пытаясь подтвердить «DNA phantom effect»:

ППГ написал(а):в оригинале же ни о каком феномене не идет речь, и название «mimicking the effect of dust» - это общеизвестный прием численного симулирования

Allison, Sorlie, Pecora, 1990 написал(а):В.И.Ленин написал(а):

ППГ написал(а):Вот эта статья без вашего идиотского перевода

www3.picturepush.com/photo/a/2796131/img...Allison90-Page-1.jpg
www2.picturepush.com/photo/a/2796150/img...Allison90-Page-2.jpg
www1.picturepush.com/photo/a/2796179/img...Allison90-Page-3.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796302/img...Allison90-Page-4.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796312/img...Allison90-Page-5.jpg
www5.picturepush.com/photo/a/2796318/img...Allison90-Page-6.jpg
www3.picturepush.com/photo/a/2796326/img...Allison90-Page-7.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796337/img...Allison90-Page-8.jpg
www1.picturepush.com/photo/a/2796294/img...Allison90-Page-9.jpg

PauLita написал(а):численную симуляцию, чувствительную к дополнительным объектам светорассеяния, которые и есть фантомы ДНК. Видите, как просто. Так что расслабьтесь.

А статью уже выкладывали, так что и здесь зря напрягаетесь.

ППГ написал(а):Кстати, уже прочли

Susan S. Sorlie, R. Pecora. A dynamic light scattering study of a 2311 base pair DNA restriction fragment.
Macromolecules, 1988, 21 (5), pp 1437–1449

Susan S. Sorlie, Robert Pecora. A dynamic light scattering study of four DNA restriction fragments.
Macromolecules, 1990, 23 (2), pp 487–497

нашли там хоть что нибудь про «mimicking the effect of dust» или же

ППГ написал(а):Ух ты, оказывается уже и численная симуляция чувтвительна к каким-то объектам и к фантомам ДНК. Это вершина идиотизма Волнового генома.

На пост 681 quantoforum.ru/nobelprize/71-volnovoj-ge...pojmjom-10?start=660 Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём (№10)#p53068
Вопросы для ответа
- Давайте расшифруем, что означает транспозон начал образовываться?
На теле ДНК в виде первичного отображения …
- Где он начал образовываться, его, что там не было в самом начале
В той первичной клетке был, но на синтетической ДНК нет .
- Вы утверждали пару страниц назад, что именно попытка встроить синтетический геном в клетку хозяйку заставляет работать ВГ.Получается ВГ дает объяснение даже на уровне обычных транспозиций
Новая теория не должна мешать старой теории и лишь ее дополнять, ВГ работает ВСЕГДА. Просто эти проявления в обычных случаях малозаметно и не учитывались.
- Вентер не знает, что он пишет, пишет ерунду?
Он пишет, как видит эту проблему со своей колокольни … и не надо делать такие пассажи раздражительный Вы наш
- E.coli записал свою информацию лишь в виде коротенького транспозона и только на один кусочек
Не правильно, при первичной проверке синтетической ДНК это не было обнаружено … и это есть главный аргумент в вопросе, ОТКУДА ЭТО ВЗЯЛОСЬ впоследствии…
- Потом эту хрень склеили в кусочки длинной в 100,000 нуклеотидов и перенесли в дрожжи. Там ВГ ничего не проецировал и не стирал
Вам было написано, что только при делении это может произойти, но вы этот абзац скромно пропустили.
-Мне и так видно, что ничего конкретного ВГ предложить не может. Продолжайте заблуждаться если Вам так хочется. Успехов.
Вот хамить не надо, ласковый Вы наш… В Вашей интерпретации и теория относительности бревно не подъемное

Отредактировано mishabara (2010-06-19 15:47:50)

PauLita написал(а):Естественно, если этот параметр учитывается.

PauLita написал(а):Длинные релаксационные хвосты, принимаемые ими за влияние пыли или агрегатов ДНК - это и есть, вероятно, фантомы ДНК. Кстати, для ДНК характерно аномально долгое затухание колебаний, если используются препараты с концентрацией 1мг/мл и более. Точнее даже сказать, что колебания не затухают, что мы в одной из наших работ по солитонам объяснили как способность таких состояний высокополимерной ДНК к закачке энергии из kT окружающей среды, ссылаясь на работы Pippard-а. Соответственно, и фантомы ДНК имеют долгое (неопределенное) время затухания. Отличие нашей работы от таковой группы Пекоры, в частности, в том, что мы использовали высоко полимерную ДНК, а они - короткие рестриктные фрагменты одинаковой длины. Возможно, более короткое время затухания колебаний их препаратов объясняется именно этим.

И еще раз повторю. Тривиальная пыль в растворах - смерть для работы по светорассеянию. Ее и не было, или, по крайней мере, не должно было быть. Поэтому они используют термин имитация (пыли). Что это за объект - не пыль, но имитация её, они не объясняют. И понятно, почему. Фантомы ДНК - это слишком круто для них. Отсюда и невнятица в этом вопросе.

Отредактировано ППГ (2010-06-19 16:40:12)

ППГ написал(а):Какой параметр? И так, в упомянутой вами статье

Allison, Sorlie, Pecora, 1990 написал(а):авторы используют дополнительный параметр для симуляции действия пыли при светорассеивании на ДНК. Никакого феномена «mimicking the effect of dust», то есть «эффект, имитирующий пыль» не существует - это общепринятый прием численного симулирования. Тем не менее, вы показывая полную свою безграмотность пишете о якобы экспериментальном подверждении «DNA phantom effect»

ППГ написал(а):

ППГ написал(а):Для особо тупых они объясняот - численная имитация действия пыли на светорассеивание.
Даже если бы они численно симулировали Фантомы ДНК (так как вы делали в своих фальсифицированных экспериментах), то это ну никак немогло быть ни экспериментальным (ни каким либо другим) доказательством чего бы там ни было.

ППГ написал(а):Петрович, вы зря попались на мою удочку - это не из работ

Susan S. Sorlie, R. Pecora. A dynamic light scattering study of a 2311 base pair DNA restriction fragment.
Macromolecules, 1988, 21 (5), pp 1437–1449

Susan S. Sorlie, Robert Pecora. A dynamic light scattering study of four DNA restriction fragments.
Macromolecules, 1990, 23 (2), pp 487–497

которые вы явно не прочли.

Вот это круто ... это ну никак немогло быть ни экспериментальным (ни каким либо другим) доказательством чего бы там ни было.
Перевод на общей принятый язык ...ЛЮБЫЕ ВАШИ ДОКАЗАТЕЛЬСТВА НАМИ ВОСПРИНЯТЫ НЕ БУДУТ ...

ззззззззззззззззжжжжжжжжжжжжжзззззз....шлёппп... И тишина, но со специфическим запахом...

Но просвещать Чукчу не надо... так как он поЧЕТНЫЙ академик многих наук, а по неЧЕТНЫМ дням пасет оленей и занимается теорией ВГ....

Все это конечно занимательно, но как быть все таки с изменением генома в жизни .. То что он меняется это факт... но на каких этапах развития клетки это происходит. На этапе расплетения ДНК (формально это место уязвимо для внешних полей) ... на этапе деления клетки когда происходит разделение ветвей ДНК и организация новых ДНК .... ГДЕ ПРОИСХОДЯТ с вероятностью более нуля ЭТИ изменения ... конечно мы не забываем вопросы коррекции поломок самой ДНК и ее восстановления ... но какой приблизительное процентное отношение с этим явлениям могут сказать нам как заинтересованные участники форума так и формальные адепты ВГ ..

Вася Паулита развлекается дубляжом идей ...

Пётр, РР повесил на стенке над подушкой две таблицы, откуда видно, что попросту нет омонимических кодонов. Лучше направьте свои усилия на то как распознаются стартовые позиции генов как полимерных участков среди других подобных участков вдоль ДНК

Хайдук написал(а):Говорят, кашу маслом не испортишь ... Вы наверное об этом ..

mishabara написал(а):Миша, идеология ЛВГ совершенно неконструктивная. Петр думает, что назвав рибосому биокомпом решил проблему. Как говорят, словами дыру не продырявишь. Ведь цепочка ДНК выглядит совершенной абракадаброй по причине локальной гомогенности в среднем, AAUGACCAGGGUUACCUCUGGAAAUUUCAGU... Уверен, что при помощи компов уже приложили большие усилия, дабы вскрыть закономерности в этой случайно выглядевшей последовательности 4-ёх букв. Прежде всего обнаружить надо участки с распознаваемой биологической функцией, потом как эти участки расположены относительно друг друга вдоль цепочки длиной в 3 с чем-то миллярда таких букв. Громадную дополнительную сложность придаёт взаимодействие с белками и как последние толкуют эту последовательность букв. Кто/что идёт первым: конь или калитка, яйцо или курица, ДНК или белки?

Хайдук написал(а):Тут конечно есть свои сложности, но принцип их решения заложен не в прочтении как принято в нашем понимании букв слогов слов и предложений, а несколько по другому ... так как все эти внутренности клетки в виде как то активационных молекул или рибосом и их аналогов читать не умеют. Система распознавания у них заложена другая. Реагируют они на ЭМ поля. ...
Хайдук написал(а):мы каждому сочетанию этих молекул согласно физике учитываем возможность образования солитона ЭМ и вот это то скопище их и является распознавателем этих молекул для других построений ... работает в этом случае слабые энергии, как некий спусковой крючок для запуска процессов..
Построение вот этих как бы вспомогательных процессов и дает возможность и вмешиваться в управление клетками ... что и показали эти пробные опыты с яблоками крысами и этим геморроем для диабетчиков по сбросу глюкозы в крови ... или по повышению (кто как хочет)...
Опыта просто показали, что можно проводить сортировку процессов ...

Отредактировано mishabara (2010-06-19 19:18:28)

mishabara написал(а):Читать-то они вполне умеют, только не знаем как. А вот ЭМ поля выглядят совсем нереально, даже физически нельзя придумать такой механизм. Видимо, Миша, Вы инженер и норовите подогнать всё под своё понимание. Так не пойдёт, гиблое это дело, бросайте, пока вовремя

mishabara написал(а):А физически можете сформулировать? Что являлось физической величиной, что определяло динамику?
mishabara написал(а):Встраивание транспозонов достаточно хорошо изученное явление. Какие дополнительные предсказания предлагает ВГ?
mishabara написал(а):Не было обнаружено, не означает, что не было. Экспериментатуру это должно быть хорошо известно. Так или иначе, а транспозон встроился лишь в один из многих коротких участков. Что нарушило симметрию, почему именно в одном участке встроился? У Вентера ответ есть, а у Вас?

mishabara написал(а):Чего то я не понимаю, в E.coli деление было, а в дрожжах нет, так по Вашему? Где деления не было?

P.S. То, что Вы до сих пор не освоили цитирование, сильно затрудняет написание ответов. Попробуйте напрячь свой интеллект и освоить эту фичу пжлста.

Отредактировано PP (2010-06-19 19:39:21)

Хайдук написал(а):Экий Вы не доверчивый ...солитоны имеющиеся на ДНК уже давно выявлены и тут придумывать нечего, надо идти далее ... И меня все время умиляют так называемые русские ученые вечно пытающиеся открыть велосипед ... нельзя быть Ломоносовым около науки ... ту информацию коя уже накоплена заново открывать не надобно, ее нужно уметь применять и получать результаты ...

PauLita написал(а):Как говорится, смотрим в книгу - видим фигу. Обратимся к тексту статьи:


…realizations both in the simulations and in the experiments.
In the experiments there are also variations due
to the presence of small amounts of dust. The noise
variations may mask the relatively small differences in
G(T) for the different models considered here, and these
together with variations due to dust in the experiments
may explain some of the differences between the models
and the experiments. There are also some ambiguities
in applying the proper amount of smoothing in the CONTIN
program.

…реализация и в моделированиях, и в экспериментах.
В экспериментах есть также должные изменения, вызванные
присутствием небольших количеств пыли. Шумовые
вариации могут маскировать относительно маленькие различия в
G(T) для различных моделей, рассматриваемых здесь, и их,
совместные с пылевыми, вариации в экспериментах
могут быть объяснять некоторые из различий между моделями
и экспериментами. Есть также некоторые двусмысленности
в применении надлежащего количества сглаживаний в CONTIN
программе.

Such analyses show some variation
in the G(T) from run to run due to different noise
realizations both in the simulations and in the experiments.
In the experiments there are also variations due
to the presence of small amounts of dust. The noise
variations may mask the relatively small differences in
G( T) for the different models considered here, and these
together with variations due to dust in the experiments
may explain some of the differences between the models
and the experiments. There are also some ambiguities
in applying the proper amount of smoothing in the CONTIN
program.

Такие исследования показывают некоторое изменение в
G(T) от накопления до накопления вследствие вкладов различных шумов
и в моделированиях, и в экспериментах.
В экспериментах есть также определенные вариации по причине
присутствия небольших количеств пыли. Шумовые
наводки могут маскировать относительно маленькие различия в
G(T) для различных моделей, рассматриваемых здесь, и их
совместные с пылевыми вариации в экспериментах
могут объяснять некоторые из различий между моделями
и экспериментами. Есть также некоторые двусмысленности
в применении надлежащего количества сглаживаний в CONTIN
программе.

Модели и эксперименты расходятся - это раз. Пыль (имитация) ПРИСУТСТВУЕТ. Это два.
Заврались, безграмотненькие и не знающие Английского... Это три.
зззззззззз...жжжж...Кышшшшшшшш... Шлёппп... и тишина...

Отредактировано ППГ (2010-06-19 19:49:33)

mishabara написал(а):Солитоны может играют некоторую вспомагательную роль, но скорее гораздо более скромную, чем надеетесь. Боюсь, что в башках у вас с Петром довольно неадекватная и бесперспективная картина того, что могло бы происходить на уровне ДНК и белков

ППГ написал(а):www3.picturepush.com/photo/a/2796131/img...Allison90-Page-1.jpg
www2.picturepush.com/photo/a/2796150/img...Allison90-Page-2.jpg
www1.picturepush.com/photo/a/2796179/img...Allison90-Page-3.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796302/img...Allison90-Page-4.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796312/img...Allison90-Page-5.jpg
www5.picturepush.com/photo/a/2796318/img...Allison90-Page-6.jpg
www3.picturepush.com/photo/a/2796326/img...Allison90-Page-7.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796337/img...Allison90-Page-8.jpg
www1.picturepush.com/photo/a/2796294/img...Allison90-Page-9.jpg

ППГ написал(а):Имитация пыли в численных симуляциях

ППГ написал(а):Allison, Sorlie, Pecora, 1990 написал(а):Никакого феномена не было обнаружено

ППГ написал(а):Отредактировано PauLita (2010-06-19 20:19:53)

Macromolecules 1990, 23, 1110-1118
Brownian Dynamics Simulations of Wormlike Chains: Dynamic
Light Scattering from a 2311 Base Pair DNA Fragment
Stuart A. Allison'
Department of Chemistry, Georgia State University, Atlanta, Georgia 30303
Susan S. Sorlie and R. Pecora

Прямые цитаты из статьи. Только на Русском, чтобы не отвлекать:

…реализация и в моделированиях, и в экспериментах.
В экспериментах есть также должные изменения, вызванные
присутствием небольших количеств пыли. Шумовые
вариации могут маскировать относительно маленькие различия в
G(T) для различных моделей, рассматриваемых здесь, и их,
совместные с пылевыми, вариации в экспериментах
могут быть объяснять некоторые из различий между моделями
и экспериментами. Есть также некоторые двусмысленности
в применении надлежащего количества сглаживаний в CONTIN
программе.

Такие исследования показывают некоторое изменение в
G(T) от накопления до накопления вследствие вкладов различных шумов
и в моделированиях, и в экспериментах.
В экспериментах есть также определенные вариации по причине
присутствия небольших количеств пыли. Шумовые
наводки могут маскировать относительно маленькие различия в
G(T) для различных моделей, рассматриваемых здесь, и их
совместные с пылевыми вариации в экспериментах
могут объяснять некоторые из различий между моделями
и экспериментами. Есть также некоторые двусмысленности
в применении надлежащего количества сглаживаний в CONTIN
программе.

Замечу, авторы почти дословно повторяют одну и ту же мысль, считая ее существенной.

Модели и эксперименты расходятся - это раз. Пыль (имитация) ПРИСУТСТВУЕТ. Это два.
Заврались, безграмотненькие и не знающие Английского... Это три.
зззззззззз...жжжж...Кышшшшшшшш... Шлёппп... и тишина...

Отредактировано ППГ (2010-06-19 20:18:08)

ППГ написал(а):www3.picturepush.com/photo/a/2796131/img...Allison90-Page-1.jpg
www2.picturepush.com/photo/a/2796150/img...Allison90-Page-2.jpg
www1.picturepush.com/photo/a/2796179/img...Allison90-Page-3.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796302/img...Allison90-Page-4.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796312/img...Allison90-Page-5.jpg
www5.picturepush.com/photo/a/2796318/img...Allison90-Page-6.jpg
www3.picturepush.com/photo/a/2796326/img...Allison90-Page-7.jpg
www4.picturepush.com/photo/a/2796337/img...Allison90-Page-8.jpg
www1.picturepush.com/photo/a/2796294/img...Allison90-Page-9.jpg

ППГ написал(а):Имитация пыли в численных симуляциях

ППГ написал(а):Allison, Sorlie, Pecora, 1990 написал(а):Никакого феномена не было обнаружено

ППГ написал(а):

Тут у некоторых возникли вопросы по синтетической клетке Крэйга Вентера. Кое что дополнительно пояснил. Анализ этой в общем-то выдающейся работы важен. И не столько как мощная, но неудачная попытка создать новую клетку, сколько как возможность продемонстрировать бесперспективность игнорирования принципов Лингвистической генетики (вкупе с Волновой). Но в данном случае наиболее выпукло выявился 'игнораж' Лингвистичнской генетики. И где-то подспудно маячит призрак фантомной ДНК клеток-реципиентов синтетического генома микоплазмы. Итак, еще раз даю анализ этой работы:


Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome
/ www.sciencexpress.org / 20 May 2010 / Page 1 / 10.1126/science.1190719

Daniel G. Gibson,1 John I. Glass,1 Carole Lartigue,1 Vladimir N. Noskov,1 Ray-Yuan Chuang,1 Mikkel A.
Algire,1 Gwynedd A. Benders,2 Michael G. Montague,1 Li Ma,1 Monzia M. Moodie,1 Chuck Merryman,1
Sanjay Vashee,1 Radha Krishnakumar,1 Nacyra Assad-Garcia,1 Cynthia Andrews-Pfannkoch,1 Evgeniya A.
Denisova,1 Lei Young,1 Zhi-Qing Qi,1 Thomas H. Segall-Shapiro,1 Christopher H. Calvey,1 Prashanth P.
Parmar,1 Clyde A. Hutchison III,2 Hamilton O. Smith,2 J. Craig Venter1,2*
1The J. Craig Venter Institute, 9704 Medical Center Drive, Rockville, MD 20850, USA. 2The J. Craig Venter Institute, 10355
Science Center Drive, San Diego, CA 92121, USA.
*To whom correspondence should be addressed. E-mail: Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.



Что сделала команда Крэйга Вентера:
«Мы сообщаем о проектировании, синтезе и сборке 1,08-
Mbp Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 генома, начиная
с оцифрования информации о геномной последовательность и ее
трансплантации в клетки реципиента Mycoplasma capricolum
для создания новых клеток Mycoplasma mycoides, которые
контролируются только синтетическими хромосомами. ДНК в
(полученных, донорных) клетках является уже (искусственно)
синтезированной ДНК последовательностью, включающей
водяные знаки и другие структуры – делеции, полиморфизмы
и мутации, получаемые в ходе построения (искусственной геномной ДНК).
Новые клетки, как ожидалось, проявили фенотипические свойства и способны к
непрерывному самовоспроизведению»

ППГ: здесь непонятность. С одной стороны, они говорят, что делеции, полиморфизмы и мутации введены заранее, как следует из приведенного абстракта. С другой, утверждают далее, что они получены в процессе пребывания искусственных геномов в клетках, полученных de novo.

Острый фундаментальный и не решенный вопрос, поставленный командой Вентера:
«Усилия, предпринятые, чтобы понять все новую геномную информацию, породили
множество новых расчетных и экспериментальных парадигм,
тем не менее, наши знания генома остаются весьма ограниченными. Ни одна клеточная система, имеющая все ее гены, не может быть понята с точки зрения
их биологической роли. Даже в простых бактериальных клетках, весь ли генетический репертуар содержат хромосомы? Если да, то может ли
полная генетическая система быть воспроизведена химическим
синтезом, начинаемым только с цифровой последовательности ДНК, которая
содержится в компьютере?»

ППГ: очень сильное утверждение, противоречащее существующей парадигме, что роль
Генов абсолютно ясна. Это в точности совпадает с нашей позицией и является существенной поддержкой нашим идеям, начиная с А.Г.Гурвича с его положениями о том, что «нагрузка на гены слишком высока» и что имеется «волновой эквивалент хромосом», а мы добавим и СМЫСЛОВОЙ тоже. И ФАНТОМНЫЙ. Они ставят фундаментальный вопрос – искусственный хим. Синтезированный геном тождественен ли полной генетической системе? Фактически, но неявно, ставится вопрос о ПОЛНОТЕ химического искусственного генома… В этой связи вспоминаем игнорируемую научным официозом предсмертную фразу Ф.Крика, отца модели ген. кода: «генетический код НЕ ИМЕЕТ очевидного смысла», т.е. он имеет также и НЕОЧЕВИДНЫЙ смысл. Какой? Мы постулируем, что неочевидный смысл связан с реально текстовым информационным содержанием генов, что позволяет снять явное противоречие таблицы генетического кода белков в части однозначности кодирования аминокислот и стоп-позиций НЕ СИНОНИМИЧЕСКИМИ (омонимическими) кодонами www.wavegenetics.jino-net.ru/zip/Gkod-Slognee.zip ; www.wavegenetic.ru/Petr_Gariaev.pdf .

Дополнительные искусственные добавки к донорной ДНК последовательности, введенные командой Вентера:
«В качестве меры различия синтетического генома в сравнении с исходным геномом, команда создала водяные знаки в синтетическом геноме. Это короткие ДНК последовательности, вводимые или заменяющие хозяйские и кодирующие белки, как правило, не встречающиеся в природе. Другие изменения, сделанные командой - в синтетическом геноме нарушены некоторые гены, чтобы заблокировать инфекционность».

ППГ: Команда считает, что «водяные знаки» и нарушения в природных генах (кстати, какие нарушения? Не указано) НЕ МЕНЯЕТ исходных функций ДНК в клетке-реципиенте. Вот тут-то и обнаружилась принципиальная ОШИБКА команды, как мне представляется. Введение новых, чуждых нативному геному, ДНК последовательностей меняет весь контекст генома. Это не понимает «классика», не понимают «трансгенные инженеры», не понимает и команда Вентера. В итоге, к чему это привело? Они получили искусственный геном, ввели его в клетки-реципиенты, извлекли его, секвенировали и получили следующее (вольный перевод – в скобках поясняющие слова, компенсирующие отсутствие полного контекста):

«(Нами) был секвенирован однократно трансплантированный геном из sMmYCp235.
Мы называли этот штамм (линию) M.mycoides JCVI-syn1.0. (Полученная ДНК) последовательность соответствует предполагаемому дизайну, за исключением известных полиморфизмов, 8 новых одиночных нуклеотидных полиморфизмов, инсерции вставки транспозона E.coli, а также 85-BP дублирования (таблица S1). Вставка транспозона в точности совпадает с размером и последовательностью транспозона IS1 в E.coli. Вполне вероятно, что IS1 инфицировал 10-кб под-сборку, последовавшей за введением (искусственногогенома) в E.coli.
…………………………………………………………………………………………………..
(Еще) две (наши) вставки повредили два гена, которые, очевидно, несущественные. Мы не нашли последовательности в синтетическом геноме, которые могут быть определены как принадлежащие M. capricolum. Это свидетельствует о том, что была полная замена генома M. capricolum нашим синтетическим геномом в процессе трансплантации».

ППГ: M.mycoides JCVI-syn1.0 совершила ряд неожиданных манипуляций со своим новоиспеченным геномом - мутации, удвоение генов и включение в свой состав транспозона E.coli (инсерции вставки). Почему совершила? Команда Вентера никак не комментирует роль этого факта, факта присутствия в новоиспеченном геноме чуждых ему ДНК последовательностей их манипуляций с собственным составом, считая, вероятно, что это не существенно и никак не отражается на физиолого-биохимическом статусе искусственных клеток. Они говорят, что они получили «точный» синтетический геном, т.е. ошибки в его работе по созданию НОВОЙ клетки исключены. Так ли это? Особенно, если учесть, что из фенотипических и физиологических характеристик полученных de novo клеток следили только за скоростью роста, формой клеток и их колоний, сравнивая с оригиналом.

ППГ: Вновь обратимся к тексту статьи:
«Белковый анализ M. mycoides JCVI-syn1.0 и WT контроль
(YCpMmyc1.1) 2-мерным гель-электрофорезом
показал почти идентичные структуры белковых паттернов (рис. S4)
и они четко отличаются от тех, о которых ранее сообщалось для
M. capricolum (10). Четырнадцать генов были удалены
или нарушены в M. mycoides JCVI-syn1 геноме,
однако скорость появления колоний на агаре пластин и
морфологии колоний близки (сравните рис. 5а и б).
Мы наблюдаем незначительные различия в темпах роста по
изменении единиц цветности проб в трансплантатах JCVI-syn1.0,
растущие чуть быстрее, чем MmcyYCp1.1 контрольного штамма»

ППГ: это как-то не соответствует постулируемой «точности» синтетического генома. Теперь посмотрим что же могло нарушить эту точность. В качестве меры различия синтетического генома в сравнении с нативным (исходным) геномом, команда синтезировала т.н. водяные знаки, некие искусственные ДНК последовательности, вводимые в синтетический геном. Это короткие врезки или замены в хозяйской ДНК, которые кодируют белки, не встречающиеся в природе. Другие изменения, сделанные командой в синтетическом геноме – это нарушения генов инфекционности с целью ее блокирования. Добавлю еще, что в синтетический геном был добавлен транспозон E.coli, подаренный ею при клонировании в ней синтетической ДНК.
Словом получился «Федот, да не тот». И вместе с тем, Федот-нетотовство - не менее важный факт, чего Вентер не понимает. Измененный контекстный пейзаж ДНК в новых клетках - синтиях ДОЛЖЕН поменять белковый набор в них, по сравнению с донорными клетками. У синтий поэтому должен быть несколько другой метаболизм и физиология, что УЖЕ отобразилось в неохотно признаваемых различиях между донором и реципиентом в скорости роста и др. показателях, чего БЫТЬ НЕ ДОЛЖНО, если следовать классике генетики и мол. биологии. При всей благожелательности к блестящей статье авторов, видны натяжки отсутствия статистической обработки материала. Вместо этого – «почти», «близки», «незначительные различия». Эти, казалось бы, мелочи, при детальном анализе, на более обширном материале, могут дать пищу для размышлений такого рода.
Как уже говорил, НЕ метафорическая текстовость геномов по генам, кодирующим белки,
И ПО ДРУГИМ ДНК последовательностям (в данном случае по «водяным знакам», транспозону, мутациям генов – всё чуждое исходному геному-донору, может и должна привести к РАЗЛИЧИЯМ между исходным и искусственным штаммами. Что и наблюдалось. Мера различий не оценена. Все это порождает, нет, не скепсис, наоборот. Вполне вероятно, что полученная НЕ АБСОЛЮТНАЯ ИДЕНТИЧНОСТЬ штаммов косвенно подтверждает одну из ключевых, доказываемых нами, позиций в генетике, а именно ЛИНГВИСТИЧНОТЬ геномов. И соответственно, получаем поддержку иного – расширенного толкования генетической информации и способов её кодирования.
Группа Вентера получила результаты на одноклеточной биосистеме, где роль текстовых атрибутов генома еще выражена относительно слабо. Переход на многоклеточные высшие биосистемы выявит целый ряд факторов, не учитывать которые нельзя, которые приведены в www.wavegenetic.ru/Petr_Gariaev.pdf