вас сбивает с толку, как и многих, что синтез белка идет без ошибок и, следовательно, последовательность мРНК однозначно определяет последовательность аминокислот. Согласен, НО ЭТО ПРОИСХОДИТ ПОСЛЕ КОНТЕКСТНОЙ ОРИЕНТАЦИИ рибосомы на мРНК. Этот квази разумный акт рибосомы, как нанобиокомпьютера, происходит незаметно. О нём можно судить только ПО РЕЗУЛЬТАТУ.

Петр, Вы не знаете почему синтез белков работает без ошибок и тем не менее утверждаете, что неоднозначности есть, но - к сожалению - они устраняются якобы контекстом и потому о них не знаем и не можем догадаться (с Одним исключением, кстати    ).

Ответ на 326 пост.
Вот эта статья, в которой экспериментально и теоретически рассматривается динамическое светорассеяние фрагментов ДНК длиной 2311 пар оснований. Обнаружены отклонения от теор. моделей.

Петр, причем тут школа, речь идёт о числе разных триплетов/перестановок/пермутаций из 4-ёх элементов/нуклеотидных баз.

Тут все очень просто. У Вас три позиции, на каждую можно поставить любой из четырех нуклеотидов. Получаем 4^3 = 64 кодона.

Скажем, в предложении надо выбрать одно из двух слов. Эти слова - аналоги омонимичных нуклеотидных дублетов в неопределенно кодирующих триплетах иРНК. Здесь иРНК выступает как аналог фразы или предложения. Эти слова коХ1 и коХ2 с воблирующей третьей буквой Х. Х1, Х2 могут произвольно принимать значения букв Л и Д. Составим предложение: «Не надо думать, что триплетный коХ является некой мыслительной конструкцией-вампиром, которого надо уничтожить, вбивая ему в сердце осиновый коХ волновой генетики». Ясно, что выбор из двух букв Л и Д и наделение омонимичного дублета ко точной семантикой слов код или кол зависит от целого предложения, от контекста, который выступает как смысловой фон, позволяющий выделить сигнал из шума неопределенности, т.е. выделить необходимое слово. Если не учитывать контекст – возможны смысловые нарушения. Но в действительности, даже если эти буквы буду поставлены неверно (аналог мутаций), вопреки контексту, то контекст (фон) дает такой избыток информации, что читающему ясно как на самом деле трактовать омонимичное ко в целом предложении. Такова ситуация с омонимичными дублетами в кодонах. 1-й воблирующий (произвольный, любой) нуклеотид в антикодонах, вкупе с 3-м кодоном, в этом случае является всего лишь своего рода «стерическим костылем», поддерживающим физико-химическую целостность кодон-антикодоновой связки. Но именно это обеспечивает возможность закачки новых аминокислот в белковые тексты, причем, далеко не всегда. Почему не всегда? Приведенная аналогия с предложением иллюстрирует это. иРНК информационно избыточна, и мы не знаем сколько мутаций, меняющих контекст, необходимо, чтобы при синтезе белка НОРМАЛЬНАЯ контекстная ориентация по омонимичным дублетам стала АНОМАЛЬНОЙ. Это уже количественный аспект, который пока непонятен. И будет непонятен еще долго, поскольку СМЫСЛОВАЯ РАБОТА ген. аппарата – terra incognita. Посчитайте, сколько надо будет произвести замен или выпадений букв в приведенном предложении-контексте, чтобы перестать понимать семантику омонимичного дублета ко. Наверное, можно посчитать, да и то трудно. А как быть с иРНК? Это к тому, что на поставленные вопросы ответа пока нет. Это новая область. Так что до таблицы второго ген. кода далеко. Для начала надо осмыслить проблему в целом.

Я не понимаю причем контекстная ориентация если вне зависимости от контекста (кодонов окружающих данный кодон) рибосома принимает правильное решение. Контекст длиной в три нуклеотида получается. Если так, то я бы скорее копал классическую физику процесса, чтобы понять на физическом уровне механизм принятия решения рибосомой. Если Вы утверждаете, что некая волна помогает рибосоме понять контекст, то что является источником волны в экспериментах на коротких пептидах и что является контекстом? Когда Вы утверждаете, что модель Крика не верна, я хочу увидеть эксперимент, где Вы как-нибудь меняете волну (хоть любимым мШЭИ) и рибосома начинает присоединять неправильные аминокислоты. А так, извините, одни слова и не понятно, как их верифицировать.

Вы ведь знаете, наверное, что Долли была одной из немногих овечек, которой удалось вообще выжить. Большинство даже не рождались. Ходил на семинар одного специалиста по метилированию и он подробно разбирал клонирование Долли и объяснял, что тут сыграла роль эпигенетика, и в частности, метилирование генома. Достаточно убедительно все показывал и думаю на это счет нетрудно найти публикации.

Неприлично пренебрегать физикой, Петр, как тогда будут осуществлятся биологические функции?

На факты пока не тянут, скорее ошиблись интерпретацией - облучение вами скорее вызвало (или не вызвало, но совпало с) эффекты, которых не колышет генетическая информация.

Модель последнего не изучена сколько-нибудь исчерпывающим образом, особенно в своей регуляторной части, но все же ЛВГ не представляется самым перспективным направлением, так сказать

Не слышал этого специалиста.

Петр, совершенно зря пытаетесь уподобить текст ДНК текстам естественных языков - напоминает попытки почесаться правой ногой за левым ухом    . Тексты эти совершенно разного порядка и поверхностная аналогия бесполезна и даже вредна, чему свидетельством предстают как раз верхние рассуждения.

Тогда развернуто в плане логики и экспериментального доказательств это дано в последней главе моей монографии

Растолкуй дремучему, Петр

А время терять на пустяки не хочется мне.

Мою последнюю монографию читать не желаете.

Фактически близкий эффект наблюдали в Стэнфордском университете [Allison, Sorlie, Pecora, 1990]. Авторы также использовали ДЛС для изучения рестриктных фрагментов ДНК. Они обнаружили аномальное светорассеяние таких фрагментов, которого в соответствии с хорошо разработанной теорией не должно быть. Авторы назвали этот феномен «mimicking the effect of dust», то есть «эффект, имитирующий пыль».

Тогда развернуто в плане логики и экспериментального доказательств это дано в последней главе моей монографии

Правило «два из трех» чтения антикодонами омонимических кодонов должно соблюдаться (см. таблицу кода), но это входит в противоречие с неоднозначностью кодовых назначений их кодирующих дублетов (первых двух оснований кодонов). Поэтому другая часть омонимических кодонов должна поменять кодовый смысл
в зависимости от измененного контекста и смысла иРНК (за счет мутаций по третьему основанию). По этой причине можно ожидать изменений в первичной структуре экспрессируемых E.coli GFP

последовательность мРНК однозначно определяет последовательность аминокислот.  Согласен, НО ЭТО ПРОИСХОДИТ ПОСЛЕ КОНТЕКСТНОЙ ОРИЕНТАЦИИ рибосомы на мРНК.

Петр, как из большого числа элементов/слов получается упорядоченная и даже целесообразная структура/система/контекст есть большая загадка. Структура эта может быть вирусом, бактерией или ... мы с Вами. Заклинания а ля ЛВГ, кстати, не помогут в разгадывании загадки, а лишь работа методом проб и ошибок вслед за Вентером

ЛВГ предсказала прокол Вентера с синтиями

Петр, Вы не знаете почему синтез белков работает без ошибок и тем не менее утверждаете, что неоднозначности есть, но - к сожалению - они устраняются якобы контекстом и потому о них не знаем и не можем догадаться (с Одним исключением, кстати    ). Очень интересная аргументация чего-то в принципе ненаблюдаемого, но тогда как знать, что не ошибаемся, утверждая что-то, чего никак нельзя проверить?    Выдумываем трудности, но выдумываем и способы их устранения - в конце концов все оказывается выдуманным, то бишь высосанным из пальцев    . На овечку Долли и ГМ продукты можно смотреть как на эксперименты, какие матушка Природа делала на протяжении миллярдов лет - Она ошибалсь, а мы гибли

Я аргументирую

Этот момент поведения ДНК, если его экстраполировать на ситуацию in vivo у многоклеточных организмов, является одним из ключевых в нашей модели волнового генома. В соответствии с ней, каждая клетка и вся биосистема в целом осуществляет непрерывное волновое авосканирования своего структурно-генетико-метаболического состояния. Иными словами, хромосомная ДНК in vivo за счет собственных когерентных излучений поляризационно-голографическим образом cчитывает-cканирует самою себя и внутриклеточное метаболическое пространство в диапазоне 250-800нм, то есть копирует, создает волновые реплики своего структурно-функционального статуса в каждый момент времени

И это все? Да какие могут быть тут теоретические модели, если фсе это считается только численно.
Это слишком хрупкое основание для переворота в генетике.

Тут еще работать и работать.

Геном высших биосистем обладает несколькими уровнями нелокальности, размазанности, избыточности информации, одной из форм которой выступает голографическая память хромосомного континуума. Этому противопоставлена локальность и однозначность информации мобильных элементов генома – транспозонов, но многовекторные смыслы этой информации проявляются в зависимости от меняющегося контекстного окружения транспозонов, да и сами они, транспозоны, являются пусковыми элементами возникающих, исчезающих и повторяющихся текстов. А контекстная игра (комбинаторика) зависит от метаболических потребностей клеток, тканей, организма на данный момент. Разница между текстом и контекстом условна и зависит от области определения части и целого в геноме. Границы части и целого условны и носят, вероятно, морфо-функциональный характер, зависящий от квантованности организма по уровням клетки, ткани, органа и биосистемы в целом. Существует и более тонкая градация - по функционально-метаболическим регионам клетки, которые контролируются определенными частями хромосом, вплоть до белково-генного и экзон-интронного дробления.

Рассуждаете, как пятиклашка, а не как маститый специалист по интрацеллюлярной нанобиорецепции. Ну какая, скажите на милость, солитонная волна? Откуда ей взяться, настоящей солитонной волне? Не солитонная волна, а квази-голографический нанофантом гетеродуплексной матрицы перицентромерных CpG-насыщенных гетерохроматиновых локусов - головного фемтопроцессора биокомпьютера-хромосомы, где в роли элементарного кубита выступают комплиментарно-ассоциированные нуклеотидные пары C-G, нанобиокомпьютера, который при помощи модулированного лазера управляет рибосомой - нанороботом, белком таким, по словам выдающегося нашего российского ученого акад. М.Ковальчука, который (наноробот, а не Ковальчук) вот уже 5 млрд. лет воспроизводит наш с вами генетический код! Эх Вы, Петр Петрович, волна солитонная...

В корчеватель... , комплементарный вы наш.

Это чисто теоретическая статья,

Теоретическая статья, обсуждающая эксперименты, полученные ими же

Получаем противоречие тому с чем Вы согласились на предыдущей транице и что является экспериментальным фактом на коротких мРНК

Мне кажется, что Вы должны сделать выбор, может контекст мРНК поменять аминокислотную последовательность или нет.

Сформулируйте это противоречие, плз.

Выбор сделан - МОЖЕТ.

.....голограмма позволила Вам предсказать результат Вентера включая какие именно изменения произошли с синтетическим геномом...

Дайте экспериментальное подтверждение сказанному и я поверю в ВГ

Фактически близкий эффект наблюдали в Стэнфордском университете [Allison, Sorlie, Pecora, 1990]. Авторы также использовали ДЛС для изучения рестриктных фрагментов ДНК. Они обнаружили аномальное светорассеяние таких фрагментов, которого в соответствии с хорошо разработанной теорией не должно быть. Авторы назвали этот феномен «mimicking the effect of dust», то есть «эффект, имитирующий пыль».

Also, shot noise present in experiments would be expected to increase the amplitude of the second and higher peaks. One possible explanation is the presence of trace amounts dust in light scattering experiments. When a small (comparable to the noise level) amplitude component of a gradual exponential decay is added to simulated g(t) data, mimicking the effect of dust, the CONTIN distribution function can be significantly altered.

Мне показалось, что Вы согласились, что мРНК ВСЕГДА однозначно определяет аминокислотную последовательность. Я, наверное, опять Вас не понял.

Отлично! Дайте экспериментальное подтверждение сказанному и я поверю в ВГ Пока повторюсь. Многие лабы проводят эксперименты по трансляции очень коротких синтетических мРНК где один и тот же кодон оказывается в куче случайных контекстов и никто пока не отрепортировал нарушений таблиц кодонов!
ч.т.д