ждём-с как ув. хайд будет ржать над этой вселенской брехнёй

Ладно...Подойдем по-другому. Зачем нужны кодоны-синонимы? Ведь,не для красоты повествования?

коротче: незачем и никчему

По идеологии «Группы Чукч...» все это ДНК-рнк «аминокислотное хозяйство» нужно для разметки пространства и передачи энергии для организации нитей-цепей, на базе которых строится био-компьютер осцилляторно нейронного типа.
Мнимое не совпадение третьего кодона это местные измы от того что «знатоки» якобы работают только с целыми числами трактуя, этим своё недопонимания другими числовыми измерениями, дробными например.
Отсюда весь этот волновой мусор.

Поршень wrote: Хамская безграмотность.

Чукчи пишут:
"...Основа этого лежит в том факте, что рибосома обеспечивает присоединение к цепи растущей молекулы 15-20 аминокислотных остатков в секунду, это требует наличие подобного "аминокислотного облака" в шаговой доступности для проведения хим.реакция по стандартным схемам..."

И не только аминокислотного,а также облака всех разновидностей тРНК и облака энзимов,регулирующих соединение аминокислот к тРНК и кодона к антикодону...

угу, а что, проблема есть?

Ага...И ты с ними?

Дело в том, что «Группа Чукч...» по всей видимости выделили для примера аминокислоты, остальное естественно также присоединяется к этой «цепи данных» но в виде структурных элементов для био-компьютера как «передаточных узлов-триггеров- усилителей...и т.д.»

долдоня о био-компьютере чукчы льют воду на мельницу ... Петровича

nonlocality wrote: интересно как визард хайд относится к этой фиолетовой брехне Петровича?

Напоминание Хайду:

Перечитайте нашу статью о сиомии ген кода www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=85202
Могу дать Русский оригинал статьи в личку.

Кодоны AAU и ААС - синонимы (внутрипарная синонимия) и они кодируют Аспарагин, но два других кодона того же семейства четвёрки UU синонимично кодируют Лизин (тоже внутрипарная синонимия). НО (!) две этих пары синонимов кодируют РАЗНЫЕ аминокислоты - Аспарагин и Лизин (МЕЖПАРНАЯ ОМОНИМИЯ (!). Вот тут-то и понадобится контекстная ориентация с делегированием иного буквенного значения виртуально вобулирующего 3'-нуклеотида каждой из этих омонимично противостоящих пар. Помните пример "я забыл коГсвоей квартиры"? По этому контексту надо делегировать значение буквы Д вместо Г, чтобы получилось осмысленное слово КОД. Поэтому тут несколько сложнее рассуждать надо. И ваше утверждение-вопрос "Есть ли 100% уверенность,что белок ,транслируемый одним из синомимов (для аспартата их два),абсолютно одинаково функционирует, вне зависимости от выбора кодона - синонима?" правильно по отношению к внутрипарной синонимии кодонов AAU и ААС, но ошибочно для другой внутрипарной синонимии UUU и UUG. И не путайтесь с кодами ДНК и мРНК. Напомню, что в мРНК вместо Т cтоит U. Таким образом UU семtйство (четверка по первым двум буквам, по Лагерквисту) требует мРНК контекстной ориентации для делегирования значения буквы для вобулирующего 3'-нуклеотида. Иначе может произойти ошибка в выборе аминокислоты для кодируемого белка.

Кругом злодейства !..

Об омонимах - пока отложим...Проблема :В чем смысл синонимичности (избыточности) кода? Ведь он не дает разнообразия при трансляции для приспособляемости, а мутации кодонов можно просто перекрыть аналогичными дубликатами...

hide wrote: Петрович неспособен дать ответ
Впрочем тут про Крика

А про Петровича тут quantoforum.ru/nobelprize/2942-volnovoj-...ovichem-o-tripletakh
Внятного ответа нет.

hide wrote: Так вы уже ответили. Избыточность синонимов для того и нужна, чтобы "перекрыть" поврежденные кодоны-синонимы.
Вообще, легко заметить, что в Коде Сиомы и Синонимы находятся в позиции Инь-Ян. Гегелевское единство и борьба противоположностей.

Vladimirovich wrote: Зависит не от первых двух, но от контекста мРНК. Главное-то и не поняли...
И еще поправка: сначала определяется контекст-зависимое значение 3-й буквы (вспоминаем пример с коГ и коД. Только После этого ВЕСЬ сиом-кодон приобретает ТОЧНЫЙ смысл-значение, что ведет к правильному выбору одной аминокислоты из двух разных. А также аминокислоты или стоп позиции, если рибосома встретила сиом кодон из из TG или TA семейств дублетов (первых двух букв сиом кодонов, где кодируется и стоп-позиция). См. www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=85202

nonlocality wrote: Тут что-то не так... У Природы всё чётенько.Не может быть,чтобы кодировка одной АК четырьмя РАЗНЫМИ кодонами не имела дополнительной функциональной нагрузки,кроме дублирования...

nonlocality wrote: Как это не поняли?
500 очень даже зависит от контекста - рублей или евро
nonlocality wrote: Ну и что? Это схоластика
Определяем 500 или 100. Какая нам разница, какое ТОЧНЫЙ смысл-значение у последнего ноля?
Ну вот какая?
Мы знаем, что это разные вещи

hide wrote: Дополнительные функции (значения) дарованы сиом кодонам. У синонимов сверх важная задача генетического плана - обеспечить сверх точность кодирования аминокислот, в итоге - белков. Не будет этого - не будет Жизни. Этого более чем достаточно.

Значит,Вы согласны с гипотезой Крика о нечетком кодировании? Значит,кодировка происходит - куда ветер подует?

hide wrote: У Крика было нечеткое понимание роли 3-го вобулирующего нуклеотида в нечетко кодирующих сиомах. Четкость заложена в конкстах мРНК, если только геном соображает.

Vladimirovich wrote: Vladimirovich wrote: Не смешивайте социо.. и генетический уровни. На ген уровне торгашества НЕТ.

Цифры - слова только в Иврите. Ген код - не иврит.

nonlocality wrote: Это, Петр, все схоластика.
Если мы говорим о контексте и омонимии, то это понятие должно быть формализовано математически
А если формализовано, то аналогия на деньгах самая простая и понятная.
Если она не работает, то у Вас нет формализации
Нет формализации - нет понимания, что происходит, а значит нет и возможности предсказать что-то

Нет возможности предсказать что-то - НЕТ НАУКИ и все ваши диски можно совать в дупу, ибо это будет как русская рулетка

Так-то
Извольте формализовать

nonlocality wrote:
Вы сбили в одну кучу синонимы и омонимы,определив их как сиомы с нечетким кодированием. Только омонимы нечетко кодируют АМ,а синонимы - непонятно что (гипотеза замены мутировавшего кодона по одному нуклеотиду очень слаба)...
Гипотезирую еще раз : Синонимия (вырожденность,избыточность) кода - функция регулировки степени экспрессии аминокислот.

никогда не понимал до конца что такое "формализовать" exactly?

Это значит описать процесс с помощью мат. модели... Типа : А пошёл ты...

... куда пошла мат. модель?

novostey.com/science/news415862.html

Когда в клетку проникает токсин, у неё включается сигнальная система, активизирующая молекулярные механизмы борьбы с вредным веществом. Как выяснили исследователи из Массачусетского технологического института (США), транспортная РНК служит ключевым элементом этой тревожной сигнализации. Два года назад учёные заметили, что в ответ на пероксид водорода или соединения мышьяка у тРНК клеток дрожжей меняются способ и количество химических модификаций. Те дрожжи, у которых тРНК оставались прежними, хуже выживали после обработки ядом.

В новой статье, опубликованной в Nature Communications, исследователи описывают, что за модификации тРНК включают клеточную антитоксинную сигнализацию. Молекула тРНК состоит из 70–90 рибонуклеотидных блоков, которые после синтеза молекулы подвергаются многочисленным изменениям. Эти модификации, если говорить в общем, настраивают тРНК на выполнение её обычной работы — доставки аминокислот на рибосому, чтобы белок-синтезирующая машина строила из них полипептидную цепь.

Исследователи заметили, что в ответ на появление пероксида водорода в тРНК усиливается метилирование одного из азотистых оснований, цитозина, превращающее его в 5-метилцитозин. Эта модификация усиливалась преимущественно у тех тРНК, что транспортировали аминокислоту лейцин. Но лейцину, как и многим другим аминокислотам, в генетическом коде соответствует несколько трёхбуквенных «слов»-кодонов: TTA, TTG, CTT, CTC, CTA и CTG. Каждый из этих триплетов в ДНК обозначает лейцин, но для каждого из них существует своя тРНК. То есть для перевозок лейцина у клетки есть целых шесть видов тРНК, которые отличаются участком, взаимодействующим с матрицей. Чтобы рибосома приняла привезённую аминокислоту, трёхбуквенный участок в матрице должен комплементарно совпасть с соответствующим участком в тРНК.

Метилирование цитозина, на которое обратили внимание учёные, приходилось на букву в лейциновой РНК, которая в матрице распознавала кодон ТТG. (То есть у тРНК метилировался цитозин, который соединялся с гуанином-G.) Такая модификация делала взаимодействие между рибосомой и тРНК с аминокислотой более прочным. А прочность взаимодействия влияет на вероятность включения этой аминокислоты в растущую цепь белка и, соответственно, на вероятность синтеза всей белковой молекулы.

Исследователи решили выяснить, в каких генах у дрожжей лейцин кодируется именно TTG. Из шести тысяч генов они нашли сорок, в которых более 90% всех лейцинов было закодировано с помощью TTG. Половина из них кодировала белки, входящие в состав рибосом. Учёные обратили внимание на рибосомный белок RPL22A, который имел двойника RPL22B, похожего на него по функциям. RPL22A состоял на 100% из лейцина, кодируемого TTG, тогда как в RPL22B таких лейцинов было лишь около 40%. То есть в присутствии пероксида водорода у RPL22A резко возрастают шансы к синтезу: модифицированная тРНК лучше взаимодействует с рибосомой на лейциновом TTG-кодоне, и увеличивается вероятность того, что белок со 100% такого лейцина будет собран.

Получается, что тРНК служит чем-то вроде антенны, улавливающей сигналы о химической атаке, и в соответствии с полученным сигналом она перераспределяет белок-синтезирующие мощности в пользу белков, которые могут справиться с опасностью. RPL22A, по словам учёных, оказывает опосредованное действие: его присутствие в рибосоме повышает интенсивность синтеза белков антипероксидной защиты. Очевидно, вырожденность кодонового словаря (когда одной аминокислоте соответствуют несколько «слов»-кодонов) используется клеткой для дополнительного разделения белков в соответствии с хозяйственными нуждами, и модифифкации в тРНК нужны для того, чтобы в зависимости от условий подстёгивать синтез разных групп протеинов.

hide wrote: Это нюансировки относительно количественных мер использования син. кодонов, не влияющих на сам КАЧЕСТВЕННЫЙ выбор аминокислот. В даном случае - лейцина. Значение син. кодона неизменно, меняется только степень использования их для регуляции уровня включения лейцина в белок.

Переходя на столь любимую Владимировичем аналогию с деньгами, можно сказать, что ценность (покупательная способность) 100$ не изменится, если 100$ конвертировать по курсу в рубли. Но в КОДЕ таких конверсий нет, даже если использовать Шекели.