TOPIC: Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
31 Дек 2017 16:55 #5581
Как wrote:
Однако к указанным вопросам, а именно можно ли считать его "универсальным абстрактным переключателем" он к сожалению не дотягивается.
Нет там никакого переключателя. Это образное выражение. 3-й нуклеотид в кодонах омонимах при чтении мРНК рибосомой вообще молчит, не участвует в кодировании, перекладывая ответственность на 1-й и 2-й нуклеотиды омонимов за выбор аминокислот или стопов, исходя из контекста мРНК. Вся белок синтезирующая система в таком случае выступает как нанобиокомпьютер. Об этом подробнее тут ss69100.livejournal.com/1395594.html
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
31 Дек 2017 17:29 #5584
интересен ответ П.Гаряева ...
Нет там никакого переключателя. Это образное выражение. 3-й нуклеотид в кодонах омонимах при чтении мРНК рибосомой вообще молчит, не участвует в кодировании, перекладывая ответственность на 1-й и 2-й нуклеотиды омонимов за выбор аминокислот или стопов, исходя из контекста мРНК. Вся белок синтезирующая система в таком случае выступает как нанобиокомпьютер.
Вообщем выяснили, что ВСЕ ЭТО у П.Гаряева - лишь образные выражения, как видим не полностью относящиеся к реальности.
Другими словами около научные мифы.
ps Вообщем всех с Новым Годом.
Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит
До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403
И вот цитата оттуда:
Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белк не мог бы происходить без ошибок.
Пётр Гаряев: Что до триплетного кода, то простой анализ канонической таблицы приводит к простому вопросу. 3–5 кодон-антикодоновой пары не участвует в кодировании (вспоминаем Вобл гипотезу Крика). Кодируют «два из трех» (Лагерквист), да и любой может это увидеть в таблице. Итак, простой анализ ее дает: в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует фенилаланин и лейцин, AU — изолейцин и метионин, UA — тирозин, Och и Amb стоп-кодоны, CA — гистидин и глицин, AA — аспарагин и лизин, GA — аспарагиновую и глутаминовую, UG — цистеин, Umb и Trp стоп-кодоны, AG — серин и аргинин. Это омонимия в дополнение к очевидной синонимии кода. Следовательно, рибосомы встречаясь с омонимичными дублетами должны «принять решение» (хотя решение принимает целостный геном каждой клетки) о выборе одной из двух аминокислот или стопа. Это достигается контекстными ориентациями рибосомы на иРНК, о чем говорил (после нас) акад. РАН Л. П. Овчинников как о втором генетическом коде. Контекст иРНК не может быть «понят» с чисто физ-хим позиций, это лингвистическое (ментальное) образование. Сюда же относятся работы В. И. Щербака об оперированием понятием нуля триплетным кодом, что также уходит из физ-химии. Таким образом, мы не пытаемся упразднить триплетную модель, но расширяем ее в другие горизонты.
Отвечает Натальин Павел: Начнем с того, что «простой анализ канонической таблицы» никаких таких выводов сделать не позволяет. Код вырожденный, потому что одной аминокислоте может соответствовать несколько кодонов (объединяемых в кодоновую семью). Странно не то, что кодоны, принадлежащие к одной семье кодонов, отличаются только по последнему нуклеотидному остатку (они же отличаются, на то код и триплетный), а то, что число существующих антикодонов в тРНК, предназначенных для распознавания этих кодонов, оказалось меньшим. Гипотеза нестрогого соответствия, или «вобл-гипотеза» Ф. Крика, увидевшая свет в 1966 г., как раз была призвана объяснить это кажущееся противоречие. Согласно гипотезе, нуклеотидный остаток, находящийся на 5’-конце антикодона (в «вобл-позициии») может взаимодействовать с третьим нуклеотидным остатком кодона неканоническим путем (т. е., возможны дополнительные, «не уотсон-криковские» взаимодействия, но код остается триплетным и все три кодона учувствуют в кодировании). Однако, эксперименты in vitro (но не in vivo!) показали, что в некоторых случаях инозин (дезаминированный аденозин, встречается в антикодонах тРНК) и другие видоизмененные основания могут спариваться со всеми четырьмя основаниями в третьем положении кодона. Таким образом, в определенных условиях эксперимента in vitro, один антикодон может считывать все четыре кодона.
На основании таких опытов, Лагерквист предложил гипотезу «два из трех», согласно которой для восьми несмешанных кодоновых семей (Leu, Val, Ser, Pro, Thr, Ala, Arg, Gly) узнавание кодонов антикодонами происходит только по первым двум нуклеотидам, тогда как третий нуклеотид кодона участия в узнавании не принимает и может быть любым. Лагерквист также высказал мысль, что подобное «упрощенное» прочтение кода может вызывать множество ошибок при трансляции. Однако он сам же и объяснил, почему этого не происходит, чему и посветил целую статью, приводимую господином Гаряевым в другом комментарии [Lagerkvist U., (1978). «Two out of Three»: an alternative method for codon reading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 1759–1762]. Все объяснения приводимые в статье, основаны на гипотезе спаривания оснований, т. е. на общепринятом фундаменте молекулярной биологии. Вкратце: 1) вероятность игнорирования третьего нуклеотида в кодоне при считывании пропорциональна силе взаимодействия между антикодоном и двумя первыми нуклеотидными остатками кодона; 2) пара G–C (три водородных связи) сильнее пары A–U (две водородных связи). Внимательное изучение генетического кода (тот самый «простой анализ» на глаз) показывает, что он так организован, что кодоны, наиболее склонные к прочтению по типу «два из трех» (т. е. с двумя первыми сильно взаимодействующими парами), содержатся строго в кодоновых семьях, в которых это правило не приведет к ошибке трансляции (все четыре кодона кодируют одну аминокислоту). Объяснение в случае со смешанными кодонами (когда одно из двух первых взаимодействий сильное, а другое слабое) более сложное, однако и здесь оно основывается на физическом взаимодействии кодона с антикодоном (желающие могут прочитать статью Лагерквиста). (От себя добавлю, что сегодня теоретизировать по данному вопросу и вовсе нет необходимости, потому что пространственные структуры всех комплексов упомянутых выше можно взять в базах данных в интернете, и промоделировать их взаимодействия может любой студент или аспирант - как на компьютере, так и in vitro -- Mittelspiel).
Все это написано здесь для того, чтобы показать, что ссылки г-на Гаряева на гипотезу нестрогого соответствия и гипотезу прочтения «два из трех» не являются уместными. Данные гипотезы отнюдь не служат аргументами, опровергающими теорию триплетного генетического кода и к спору о «волновом коде» г-на Гаряева не имеют никакого отношения. Складывается впечатление, что г-н Гаряев использует названия этих гипотез как некие магические заклинания, призванные одурманить, замутить и без того мутную голову какого-нибудь нерадивого студента или далекого от науки обывателя. Такой тактический ход совершенно излишен в условиях открытой научной дискуссии и производит самое неблагоприятное впечатление.
Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить.
А теперь заслушаем начальника транспортного цеха
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
02 Янв 2018 08:53 #5587
Эко как суетиться пользователь из Одессы. Закапывает еще живого ППГ в кучу чужих гипотез. Напомним этому доморощенному физику, что ВСЕ молекулы колеблются в пространстве или "воблирут" и этим и активируют приемные рецепторы у других образований. Поэтому и стоит разобрать пп.5593 и отталкивааясь от этих постулатов пойти далее ...
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
02 Янв 2018 13:13 #5589
limarodessa wrote:
замутить и без того мутную голову какого-нибудь нерадивого студента или далекого от науки обывателя. Такой тактический ход совершенно излишен в условиях открытой научной дискуссии и производит самое неблагоприятное впечатление.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
02 Янв 2018 13:14 #5590
Как wrote:
Эко как суетиться пользователь из Одессы. Закапывает еще живого ППГ в кучу чужих гипотез. Напомним этому доморощенному физику, что ВСЕ молекулы колеблются в пространстве или "воблирут" и этим и активируют приемные рецепторы у других образований. Поэтому и стоит разобрать пп.5593 и отталкивааясь от этих постулатов пойти далее ...
Игорь, ты как гений научного сыска, помоги мне найти адреса Туранова и др. Русских, авторов блестящей статьи
Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two
Amino Acids by One Codon
Anton Turanov
University of Nebraska - Lincoln
Alexei Lobanov
University of Nebraska - Lincoln
Dmitri E. Fomenko
University of Nebraska - Lincoln,
Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.
Hilary Morrison
Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA
Mitchell Sogin
Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
02 Янв 2018 13:20 #5592
nonlocality wrote:
замутить и без того мутную голову какого-нибудь нерадивого студента или далекого от науки обывателя. Такой тактический ход совершенно излишен в условиях открытой научной дискуссии и производит самое неблагоприятное впечатление.
Посадить злодеефф на колья !..
Не дадим ещё больше мутить и без того мутные головы !..
So, if Gariaev is the next Einstein, why no papers in Nature or Science?[ Click to expand ][ Click to hide ]
There's an inherent problem with skepticism, and the heart of it is that you can't be an expert in everything.
There are, in fact, damn few things that I do consider myself an expert in. Judging by my ability to read technical, peer-reviewed papers, I can handle myself decently in the fields of evolutionary biology and population genetics (which I focused on in college, and which I teach every year) and historical linguistics (the subject of my master's degree). Outside of that... well, I'm a dilettante. So despite my B.S. in physics, research papers in Science on just about any topic in physics lose me after the first two sentences. Even in biology -- a subject I've taught with (I think) at least some degree of competence for 27 years -- I am instantaneously lost in the details in scholarly papers on a variety of topics, including (but not limited to) cellular biology, physiology, ecosystem dynamics, and most of biochemistry.
Now, let me say up front that there's nothing inherently wrong about being a dilettante. Dilettantes make good high school teachers, and my opinion is that it's more fun to be a generalist than a specialist. Dilettantism was positively celebrated in the 18th and 19th centuries, when it was the sport of gentlemen (and more than a few gentlewomen) -- some of whom have some significant and far-reaching research to their credit.
But being a generalist does bring with it a problem, and that is that it leaves you unqualified to weigh in on topics where specialized knowledge would be required to know if the person in question was even making sense. And the specialists aren't much better off -- because even they are out of their element in all but their chosen field.
So how, as skeptics, do we make a decision about whether someone is a groundbreaking pioneer or a spouter of bullshit -- when the field in which they are making their pronouncements is less than familiar to you?
I ran into an especially good example of this a couple of days ago, when a friend asked me what I thought about Dr. Peter Gariaev. I hadn't heard of Dr. Gariaev's research, so I did a little digging. And what I found left me with the same impression my friend had -- his comment was that it "sounded like a bunch of woo."
But let's face it, relativity sounded like a "bunch of woo" when it was first proposed. So did quantum mechanics. So, honestly, did the germ theory of disease. None of these ideas were particularly intuitive; none gained instant acceptance; all three seemed, for a while, to be blatant nonsense. So let's look at some of Gariaev's writing, and see if he's an Einstein or a Schrödinger -- or a David Icke or a Richard C. Hoagland.
Made it through all that? There's lots more, but it all pretty much sounds like what you just read. Lots of use of words like "holographic" and "fractal" and "soliton;" not much in the way of data. As far as his qualifications, Gariaev himself apparently has a Ph.D., even though nowhere could I find any mention of where it's from. To be fair, this may just be that his biographical details aren't widely known outside of his native Russia. So given that, is there a way we can parse his research, despite not being molecular biologists ourselves? (Well, maybe some of my readers are, but I'm not.)
When I run across something like this, the first thing I look for is to see where he's been published. And when you look at his publications list, an interesting pattern emerges. Back in the early 1990s, Gariaev was publishing in what seem to be reputable, peer-reviewed journals -- the Journal of the Society of Optical Engineering and Laser Physics, for example. Even back then, though, you could see what appears to be a trend toward oddball interpretations of science, with his solo paper "DNA as source of new kind of God 'knowledge'" (published in the Act and Facts/Impact series, N12, pp. 7-11). I'm just going off the title, here -- I wasn't able to find the paper itself -- but unless he was using the term "God knowledge" metaphorically, which doesn't seem very likely in a scholarly paper, I think this one already shows that he'd gone off the beam.
Since then, though, he's not had a single publication in a reputable peer-reviewed journal, with the exception of a 2002 paper in the International Journal of Computing Anticipatory Systems. His other publications have appeared in places like the Journal of Non-Locality and Remote Mental Interactions (and lest you think that I'm being too harsh, here, a quick survey of other articles they'd published include one having to do with using "Qigong" to treat cancer, one trying to use quantum mechanics to explain telepathy, and one called "A Scientific Validation of Planetary Consciousness").
Other papers by Gariaev have appeared in DNA Decipher Journal -- which just this summer published a paper called "Quantum Intelligent Design in Contrast to Mindless Materialists' Evolution."
So, if Gariaev is the next Einstein, why no papers in Nature or Science?
Why, too, is he cited all over -- but only in places of highly dubious reputation, like Above Top Secret and Godlike Productions?
And don't start with me about how he is a Maverick and a Pioneer and the other scientists hate him and are suppressing his work because it is too revolutionary. C'mon, now. How many careers were made based on the ground broken by the likes of Einstein and Schrödinger? Peter Higgs just won the Nobel Prize, for fuck's sake.
I may not be an expert in biophysics; but I do know that if Gariaev really had shown (as he has claimed) that "genetic traits can be changed, activated and disactivated by use of resonant waves, beamed at the DNA" and that this was going to allow humans "to regrow vital internal organs, in vivo, without the requirement of difficult, dangerous and expensive surgical procedures," then he'd be elbowing Higgs out of the way to get to Stockholm.
So we can, as generalists (or as specialists outside our particular specialty) still use the principles of skepticism to come to some sort of judgment about what we read. Fortunate for me; a dilettante I always have been, and (I'm afraid) a dilettante I always will be. If it weren't possible for us to think through such situations, we'd fall prey to just about every crazy claim that came along.
Some of us still do, of course -- which is why it's absolutely critical to train your brain to be, well, absolutely critical.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 10:30 #5601
Помилуйте, народ, а почему вы решили что Гаряев первым выдумал лингвистический геном ? Вы ваще посмотрите в каком журнале и когда это опубликовано :confused: Да Петрович просто невинное дитя после этого
We extend the Zipf approach to analyzing linguistic texts to the statistical study of DNA base pair sequences and find that the noncoding regions are more similar to natural languages than the coding regions. We also adapt the Shannon approach to quantifying the "redundancy" of a linguistic text in terms of a measurable entropy function, and demonstrate that noncoding regions in eukaryotes display a smaller entropy and larger redundancy than coding regions, supporting the possibility that noncoding regionsof DNA may carry biological information.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 10:31 #5602
Вообще степень моего офигения после найденного не поддается количественному выражению. Я даже не знаю что теперь скажут оппоненты. Им (оппонентам то бишь), наверное, просто везло все эти годы что я не брался всерьез за анализ теории Гаряева, потому как сейчас я не знаю что вся компания сможет возразить и инкриминировать Петровичу Comment on “Linguistic Features of Noncoding DNA Sequences”
A Comment on the Letter by R. N. Mantegna et al., Phys. Rev. Lett. 73, 3169 (1994). The authors of the Letter offer a Reply.
We present evidence supporting the idea that the DNA sequence in genes containing noncoding regions is correlated, and that the correlation is remarkably long range—indeed, base pairs thousands of base pairs distant are correlated. We do not find such a long-range correlation in the coding regions of the gene. We resolve the problem of the “non-stationarity” feature of the sequence of base pairs by applying a new algorithm called Detrended Fluctuation Analysis (DFA). We address the claim of Voss that there is no difference in the statistical properties of coding and noncoding regions of DNA by systematically applying the DFA algorithm, as well as standard FFT analysis, to all eukaryotic DNA sequences (33 301 coding and 29 453 noncoding) in the entire GenBank database. We describe a simple model to account for the presence of long-range power-law correlations which is based upon a generalization of the classic Lévy walk. Finally, we describe briefly some recent work showing that the noncoding sequences have certain statistical features in common with natural languages. Specifically, we adapt to DNA the Zipf approach to analyzing linguistic texts, and the Shannon approach to quantifying the “redundancy” of a linguistic text in terms of a measurable entropy function. We suggest that noncoding regions in plants and invertebrates may display a smaller entropy and larger redundancy than coding regions, further supporting the possibility that noncoding regions of DNA may carry biological information.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 10:31 #5603
В обчем, народ, что тут много говорить... жопа подкралась незаметно хоть о её существовании нас предупреждали... : Я если чесна, народ, - сам введен случившемся в прострацию
Recently, the application of two statistical methods (related to Zipf's distribution and Shannon's redundancy), called ‘linguistic’ tests, to the primary structure of DNA sequences of living organisms has excited considerable interest. Of particular importance is the claim that noncoding DNA sequences in eukaryotes display specific ‘linguistic’ features, being reminiscent of natural languages. Furthermore, this implies that noncoding regions of DNA may carry some new, thus far unknown, biological information which is revealed by these tests. In this paper these claims are tested quantitatively. With the aid of computer simulations of natural DNA sequences, and by applying the same ‘linguistic’ tests to both natural and artificial sequences, we investigate in detail the reasons of the appearance of the claimed ‘linguistic’ features and the associated differences between coding and noncoding DNAs. The presented results show quantitatively that the ‘linguistic’ tests failed to reveal any new biological information in (noncoding or coding) DNA.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 10:32 #5604
Не понятно другое, народ, вы посмотрите на кол-во цитирований сих опусофф. То бишь это вещи как бэ известные. Как так получилось что на форуме столько лет об этом никто ничего не знал ?
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 12:23 #5606
Что Вас так удивляет пользователь из Одессы? Тот факт, что бывший ученый передрал иностранные тексты и как М.Ломоносов пытался их "привить" т.е выдать за свои идеи? ну не получилось у него, он так и застрял в прошлом. Опыты в Торонто он провалил, с тех пор только лох-матрицами и торгует, да "поститься" на форумах выдавая себя за новоявленного гуру с подмоченной репутацией для привлечения покупателей.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 12:31 #5607
Как wrote:
Что Вас так удивляет пользователь из Одессы? Тот факт, что бывший ученый передрал иностранные тексты и как М.Ломоносов пытался их "привить" т.е выдать за свои идеи?
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 13:23 #5608
limarodessa wrote:
Петрович, это правда ?
Разумеется нет. Кстати, ключевым доказательством речеподобности (лингистичности) генов белков служит функция 3-го нуклеотида в кодонах известных 31 кодах белков. В литературе об этом ничего. Это обнуляет все рассуждения.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 13:45 #5609
Во дает дилетант от науки П.Гаряев, сброшенные ссылки пользователя из Одессы показывают что синоним словосочетаний («заумь» и «заумный язык») с позиции лингвистичности как отображении происходящих процессов служит НЕКАЯ ФУНКЦИЯ. Именно это и есть ключевое различие между наукой и мифом.
Вот эту не явную функцию и эксплуатирует вечно отстающий престарелый пенсионер.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Янв 2018 14:45 #5610
nonlocality wrote:
ключевым доказательством речеподобности (лингистичности) генов белков служит функция 3-го нуклеотида в кодонах известных 31 кодах белков.
ну, тогда почему этот 3-ий ВСЕГДА один и тот же в каждом из тех же известных 31 кодов белков/АК? для любой из тех 31-ой АК 3-ий ВСЕГДА один и тот же за исключением 1-2 случаев из милльонов?