Дима, кажется, что место Вашему вопросу скорее в другой теме из нескольких, посвященных борьбе с ЛВГ и мШЭИ
Хайдук...тема называется "БЕСЕДЫ С ПЕТРОВИЧЕМ" в понятие беседы входит много тем и вопросов...а тут вопрос можно сказать жизни и смерти, ну или бессмертия и воскрешения из мёртвых...или тогда Владимировичу надо открыть отдельную ветку под названием "омонимы лвг для генетиков", или как то ещё в этом же духе...а вот я хочу с Петровичем побеседовать на тему воскрешения...что в моём вопросе нарушает правила форума?...
ну а как не принимать то, я можно сказать стараюсь, думаю, информируюсь...может я своих родных и близких воскресить хочу...чем чёрт не шутит...?...Что там надо делать то...?... плейр с мшами на могилку положить?... или как?... ...или только в морге процедура пройдёт...? , тогда облом, у меня свеже-умерших нема, но на будущее всё равно знать хочу.
_____
Пётр Петрович, ответьте плз.
здается мне, что у Петровича не осталось мест, куда ухнуть "незапланированные" пептиды: пиков мало, притом черезчур узких, крышу якобы омонимическим пептидам не в силах обеспечить; остальной ландшафт ниже травы, пренебрежимый шум, там большущих пептидоф хрен застукаешь
здается мне, что у Петровича не осталось мест, куда ухнуть "незапланированные" пептиды: пиков мало, притом черезчур узких, крышу якобы омонимическим пептидам не в силах обеспечить; остальной ландшафт ниже травы, пренебрежимый шум, там большущих пептидоф хрен застукаешь
Синдром избирательной забывчивости. Забыли, что два целевых пика значительно уширены. В их "толщинках" и сидят родимые доп-пептиды, близкие, но не тождественные плановым. Вот-те и "шум", ваш шум на форуме.
Вообщем все доказательства там, в нуль-пространстве...в "толщине" пиков ...``ПИ``
ps Неисчерпаемая тема числа ``ПИ``.
На лекции по матану в МГУ году в 86: преподователь рассказывает
про какой-то ряд, где фигурирует это число, и выдает такую фразу:
- Возьмем число Пи b раз, затем Пи с раз, в конце концов, когда
у нас тут появится Пи d раз(!), мы увидим, к чему это приведет...
Опасная наука математика!
Этот гугловский кусок никакого отношения к данной части дискуссии не имеет. Зачем подчерквать свое непонимание и лень в анализе данной части дискуссии. И не лень было залезть в ГУГЛ и дернуть этот чужеродный кусок текста?
- и как понимать такой ответ надо ?
или вы совсем не знакомы с His(n)-меченными векторами для клонирования разных последовательностей (= отсутствие определенного контекста) и не желаете видеть, что кодон гистидина не желает работать как дуплетный омоним
два целевых пика значительно уширены. В их "толщинках" и сидят родимые доп-пептиды, близкие, но не тождественные плановым. Вот-те и "шум", ваш шум на форуме.
ага, уширены: 20 дальтонов уширения супротиф 80-ти таковых смещения для самого близкого по массе пептида, хрен того засунешь в "толщинку" под крышей этих мизерных 20-ти дальтонов
- и как понимать такой ответ надо ?
или вы совсем не знакомы с His(n)-меченными векторами для клонирования разных последовательностей (= отсутствие определенного контекста) и не желаете видеть, что кодон гистидина не желает работать как дуплетный омоним
Дай более толковую ссылку с примерами. А вообще, исключения не отменяют правила.
ага, уширены: 20 дальтонов уширения супротиф 80-ти таковых смещения для самого близкого по массе пептида, хрен того засунешь в "толщинку" под крышей этих мизерных 20-ти дальтонов
Да нельзя тут ничего засовывать на уширенных пиках, ни складывать, ни вычитать. Там сплошные нелинейности. Можете там насчитать все, что хотите и не хотите. Это чисто качественная картина, говорящая о смешении пептидов, не разделяемых.
Обратите внимание на это (могу дать кусок текста из статьи):
Еще один момент. Авторы отмечают, что регистрация сигналов от пептида дикого типа и мутантного на рисунке 2 занимают минуты для этой части спектров, это означает, что несколько пептидов могут быть зарегистрированы одновременно. Это то, о чем я говорил, и что определяет смазанность спектров, включая даже основные пики для исходных пептидов. Это те самые не нормальные уширения пиков, которые я отметил сразу. Но такое уширение контрольного тестового пептида ОТСУТСТВУЕТ на Фиг.1
В этой одновременности=уширениях пиков и спрятаны доп. пептиды.
The wild-type and mutant signals in Figure 2 occupy a minute
fraction of the spectra, implying that multiple peptides could be analyzed
simultaneously.
В этой одновременности=уширениях пиков и спрятаны доп. пептиды.
Ага, шифруются пептиды-партизаны, анонимируются омонимами.
Совсем вы Петрович заананимировали свой пептид солитонами агу на сухом цитозоле без пробирки, что его и изотопы на масс-оме не берут фантомного, закэпированного эукариотами до интронов. nonlocality wrote:
В их "толщинках" и сидят родимые доп-пептиды, близкие, но не тождественные плановым.
вы переводите английский текст совершенно неправильно и ошибочно, Петрович
The wild-type and mutant signals in Figure 2 occupy a minute
fraction of the spectra
переводится никак НЕ как "регистрация сигналов от пептида дикого типа и мутантного на рисунке 2 занимают минуты для этой части спектров", а как
"сигналы от пептида дикого типа и мутантного на рисунке 2 занимают короткие, КРОХОТНЫЕ участки всего спектра" minute это читается НЕ как мИнют (минута, минуты), а как майнют (малюсенький, крохотный)
а текст дальше
implying that multiple peptides could be analyzed simultaneously.
вообще НЕ имеет отношения к неким "смазанности" или "уширению" пиков, а отмечает как раз обратное: из-за узких пиков, занимающих короткие/minute участки масс-спектра, можно в принципе получить и анализировать МНОЖЕСТВО таких пиков/пептидов ; оставляю Вам, дорогой Петрович, догадаться ПОЧЕМУ такого МНОЖЕСТВА пиков/пептидов как-бы и ... НЕ наблюдается...
и даже в векторах с His6-taq для клонирования и экспрессии
а у него гистидин не в гистамин щепится а фантомом клонируется нелокальным из интронов Олег wrote:
или вы совсем не знакомы с His(n)-меченными векторами для клонирования разных последовательностей (= отсутствие определенного контекста) и не желаете видеть, что кодон гистидина не желает работать как дуплетный омоним
а у него дуплетный омоним пептид заананимирован солитоном партизан и его не пометить никак.
Хайдук вы не поняли
Гаряев с РР тут пургу развели сугубую. РР или просто не знает вглубь или с Гаряевым договорился топтаться тут из пустого в порожнее.
Методы сегодня масс-ом однозначные, ссылки давал, никаких дуплетов с ананимами, это только у Петровича омонимичный пептид вскакивает пиками от солитонов.
оставляю Вам, дорогой Петрович, догадаться ПОЧЕМУ такого МНОЖЕСТВА пиков/пептидов как-бы и ... НЕ наблюдается...
Если эти короткие участки объединяются по времени пролета через детектор с искомыми двумя пептидами или даже превышают по времени пролета искомые, то о чем это говорит? Объединяются и превращают искомые пики из тонких линий (пролет одинаковых по массе пептидов, искомых) как на Фиг.1, превращают в подобие некой гауссоиды, где преобладает линия искомых пептидов, но видим сопровождающие хвосты более легких и более тяжелых дополнительных пептидов, кои являют собой доказательство контекст-индуцированных биосинтезов. Уж не говорю, что на фиг.2 видна четкая фракция существенно более тяжелых пиков, чем искомые авторами два пика. Более тяжелые, поскольку контекст влияния включают омонимы на более поздние срабатывания стоп кодонов = удлинение и утяжеление пептидов по сравнению с искомыми авторами.
Мало думали, дорогой Хайдук. Оставляю Вас догадываться, ПОЧЕМУ Ваше объяснение не проходит. А доп. пептиды торжествуют.
пик на фиг 1. тот же самый по ширине, только выглядит тоньше из-за меньшего масштаба...
о никаком, коротком или не, времени пролёта нет и речи, это совершенно НЕ имеет значения; короткие//малюсенькие/minute или узкие не какие-то времена, а участки/отрезки на массовой оси икс под пиками. Сколько раз нужно повторять очевидное, что под пиком шириной в 20 дальтонов двух или бОльше пептидов с массовой разницей в 80 дальтонов (или бОльше, такими бывают разницы между молекулярными массами составляющих пептиды аминокислот) НЕ может быть??
вы Хайдук метод не поняли
даже по русски читайте, а поймёте, по методам маркировок найдите сами и не будет у вас радости по ширинам пиков, потому что это и так ясно.
Основы масс-спектрометрии белков и пептидов www.technosphera.ru/lib/book/323?read=1
Метод позволяет установить молекулярную массу пептида или белка в сот-
ни тысяч Дальтон с точностью 0.5 – 0.01 %. Для него характерны протониро-
ванные молекулы МН+ и аддукты с катионами щелочных металлов. В спек-
трах неочищенных от солей образцов пики ионов [M + Na]+ и [M + K]+ часто
имеют более высокую интенсивность, чем МН+. Метод удобен для скрининго-
вого анализа, например, для установления молекулярных масс протеолити-
ческих пептидов в смеси после энзиматического расщепления белка. Особенно-
стью метода является образование, прежде всего, однозарядных ионов. Ин-
тенсивности пиков двух- и трехзарядных ионов существенно ниже (рис. 1.2).
Тем не менее, с увеличением молекулярной массы образца до 105 – 106 Да
наблюдаются и многозарядные ионы (Y. Cai et al., 2002 ). Образованию мно-
гозарядных ионов способствует также использование неметаллических под-
ложек (V. Frankevich et al., 2003) или источников МАЛДИ с высоким давле-
нием (P.B. O’Connor, C.E. Costello, 2001).
, тогда облом, у меня свеже-умерших нема, но на будущее всё равно знать хочу.
; оставляю Вам, дорогой Петрович, догадаться ПОЧЕМУ такого МНОЖЕСТВА пиков/пептидов как-бы и ... НЕ наблюдается... 
