К методике, естественно, претензий быть не мможет.
Ну а раз нет претензий, то чего вы тут растекаетесь о "мазне". Чем вас пики шириной в 20 дальтон не устраивают и как вы ухитрились запихать в них свои омонимы?
Ну как мне дискутировать с вами, ведь ваш блестящий ляп "пептиды-омонимы"
А чем вам этот термин не нравится. ИМХО в контексте понятно, что пептиды соответсвующие трансляции кодонов омонимов. Но дискутировать вам видимо действительно сложно. Ибо я привожу конкретные данные, и конкретные цифры, а вы пока только общими фразами пытаетесь отделаться. Итак где в масс спектре находятся продукты, предсказываемые вашей теорией гипотезой? Назовите координату икс.
Вика wrote:
Регистрировали MALDI-TOF-MS. Если можно, "уширенные пики", наверно, они же "размазанные", можно пояснить?
Ну конечно размазанные. Не бывает абсолютно точных, абсолютно воспроизводимых результатов в реальном эксперименте. Авторы обсуждают источники погрешностей. Сигма на уровне 10 дальтон при сигнале в 3500 дальтон это совсем неплохо, а главное достаточно, чтобы детектировать замены аминокислот. Замены эти правда не происходят, мутации видим, омонимы не видим, что четко демонстрирует неверность гипотезы Гаряева.
Вике: если используемая время-пролетная регистрация масс спектров дает явные примеси дополнительных пептидов, которых как бы не должно быть, то это регистрируется как уширение основных пиков нормального и "мутантного" пептидов плюс к этому широкий конгломерат не разрешенных в спектрах пептидов, видимых как размазанные. Много раз объяснял. Странно, что не поняли. Объяснение этих уширений и "размазанности" тоже давал. Думаю, вам уже не надо это повторять.
Для PP: очень характерное для вас косноязычие "мутации видим, омонимы не видим". Мы видим не это, а странным образом синтезированные пептиды. Два из них, хоть и в сочетании с примесями дополнительных,но предсказаны верно. Все остальные примесный не поддаются трактовке с позиций авторов, что и является предметом обсуждения здесь. Вы и другие примесные пептиды игнорируете. Это ваше право. Но истина не зависит от ваших персональных прав. И это замечательно.
Ну конечно размазанные. Не бывает абсолютно точных, абсолютно воспроизводимых результатов в реальном эксперименте. Авторы обсуждают источники погрешностей. Сигма на уровне 10 дальтон при сигнале в 3500 дальтон это совсем неплохо, а главное достаточно, чтобы детектировать замены аминокислот. Замены эти правда не происходят, мутации видим, омонимы не видим, что четко демонстрирует неверность гипотезы Гаряева.
Видим мутации, видим. Два пептида разной массы. Петрович гворит о уширнном пике, например, без мутаций. Здесь он видит множество пептидов.
Так, Петрович? Или я вас не поняла?
Ну а раз нет претензий, то чего вы тут растекаетесь о "мазне". Чем вас пики шириной в 20 дальтон не устраивают и как вы ухитрились запихать в них свои омонимы?
Ваши грубость и тон - показатель научной слабости. Метод, которому нет претензий, оказался способным дать дополнительную информацию, которую вы не способны усвоить. Сочувствую.
Петрович, дополнительные пептиды - это интересует. Вы объясняли, объяснения теоретически возможны. Но как распознавать "целевые" пептиды от нецелевых? Пептиды синтезируют ...где множество...
Для PP: очень характерное для вас косноязычие "мутации видим, омонимы не видим". Мы видим не это, а странным образом синтезированные пептиды. Два из них, хоть и в сочетании с примесями дополнительных,но предсказаны верно. Все остальные примесный не поддаются трактовке с позиций авторов, что и является предметом обсуждения здесь. Вы и другие примесные пептиды игнорируете. Это ваше право. Но истина не зависит от ваших персональных прав. И это замечательно.
Вы Гаряев видимо не совсем понимаете, что на молекулярном уровне ни один процесс не идет детерменированно на 100%. Всегда есть уровень молекулярного шума. На уровне ПЦР это видимо где то ~1e-5, на уровне трансляции это ~1e-3. Когда мы говорим о пиках, мы говорим о пептидах с существенно ненулевой концентрацией. Ваши омонимы должны давать с одинаковой вероятностью две разные аминокислоты, а значит пики должны быть примерно одинаковой амплитуды. Их нет. Все, точка.
Ваши грубость и тон - показатель научной слабости. Метод, которому нет претензий, оказался способным дать дополнительную информацию, которую вы не способны усвоить. Сочувствую.
Вы объясняли, объяснения теоретически возможны. Но как распознавать "целевые" пептиды от нецелевых? Пептиды синтезируют ...где множество...
Вот ключевой вопрос! Целевые синезируются, а почему нет сопостовимых по амплитуде пиков для нецелевых - предсказываемых ВГ? Ответ, да потому, что окромя молекулярного шума все идет по Крика, даже при отсутствии контекста. End of story.
А чем вам этот термин не нравится. ИМХО в контексте понятно, что пептиды соответсвующие трансляции кодонов омонимов. Но дискутировать вам видимо действительно сложно. Ибо я привожу конкретные данные, и конкретные цифры, а вы пока только общими фразами пытаетесь отделаться. Итак где в масс спектре находятся продукты, предсказываемые вашей теорией гипотезой? Назовите координату икс.
Уже указывал. Покажу, но больше повторять не буду. На Фиг.2(с) справа от уширенного по понятным уже причинам пик (3530.13), находятся еще три уширенных пика, а на Фиг.2(d) справа от "мутантного" и основного
пиков (3484.25 и 3530.83) находится ряд дополнительных пиков (более тяжелых пептидов). Именно эти, игнорируемые вами тяжелые пептиды, и являются большой находкой авторов, правда, не замеченной ими. Именно они и являются проявлением контекстных ориентаций рибосомы в пространстве транслируемой РНК матрицы. Вот конкретный и многократно повторяемый ответ на вашу не компетентность.
РР, сделайте мне любезность, посмотрите на эту гребаную фиг.5.
Перейдем на тех.язык. Может до меня таким образом дойдет.
Мы видит ..назовем это "гистограммой" ( ботаники меня простят). Далее - мы видим "огибающую". Эта "огибающая" - наш график. Скажите мне плиз., "гистограмму" распределения ЧЕГО мы видим?
Уже указывал. Покажу, но больше повторять не буду. На Фиг.2(с) справа от уширенного по понятным уже причинам пик (3530.13), находятся еще три уширенных пика, а на Фиг.2(d) справа от "мутантного" и основного
пиков (3484.25 и 3530.83) находится ряд дополнительных пиков (более тяжелых пептидов). Именно эти, игнорируемые вами тяжелые пептиды и являются большой находкой авторов, правда, не замеченной ими. Именно они и являются проявлением контекстных ориентаций рибосомы в пространстве транслируемой РНК матрицы.
ВЫ на пару мин.опередили мой вопрос. Кажется я об этом и спрашиваю РР.
Вика wrote:
Вы объясняли, объяснения теоретически возможны. Но как распознавать "целевые" пептиды от нецелевых? Пептиды синтезируют ...где множество...
Вот ключевой вопрос! Целевые синезируются, а почему нет сопостовимых по амплитуде пиков для нецелевых - предсказываемых ВГ? Ответ, да потому, что окромя молекулярного шума все идет по Крика, даже при отсутствии контекста. End of story.
Пока предсказать амплитуды не целевых невозможно, и нигде это не предсказывал. Не красиво с вашей стороны. Но прием в милиции известный - подсунуть в карман пойманному бедняге кое что, а потом в суд его. Вам не стыдно?
И все-то ваши доводы лопаются как мыльные пузыри, да еще и с запахом...
Ну давайте что-нибудь строго научное, опровергающее. А то наскучило уже повторять не понимающим простое и очевидное.
ВЫ на пару мин.опередили мой вопрос. Кажется я об этом и спрашиваю РР.
Бесполезно спрашивать. Как в молбиол.ру, обнаруживается с трудом сдерживаемая тенденция перехода к мату. Мат - единственный и самый мощный аргумент моих злопыхателей.
Уже указывал. Покажу, но больше повторять не буду. На Фиг.2(с) справа от уширенного по понятным уже причинам пик (3530.13), находятся еще три уширенных пика, а на Фиг.2(d) справа от "мутантного" и основного
пиков (3484.25 и 3530.83) находится ряд дополнительных пиков (более тяжелых пептидов). Именно эти, игнорируемые вами тяжелые пептиды и являются большой находкой авторов, правда, не замеченной ими. Именно они и являются проявлением контекстных ориентаций рибосомы в пространстве транслируемой РНК матрицы. Вот конкретный и многократно повторяемый ответ на вашу не компетентность.
Очень хорошо, что вы конкретно ответили. Теперь назовите мне конкретные пептиды, которые соответствуют положению этих пиков. Я проверил только один с триптофаном вместо цистеина, получил позицию, которая намного дальше. Итак какой пептид предсказывает ВГ, которые попадает на пики справа?
На самом деле справа по сути только один пик существенно отличен от нуля, давайте с ним сначала разберемся. Вам нужно примерно 3580 получить. Вперед!
Потом будем разбираться почему из огромного числа различных омонимов, проявляет себя только один, но для начала его было бы неплохо обнаружить.
Мы видит ..назовем это "гистограммой" ( ботаники меня простят). Далее - мы видим "огибающую". Эта "огибающая" - наш график. Скажите мне плиз., "гистограмму" распределения ЧЕГО мы видим?
Времени прилета частиц, именно время прилета является измеряемой величиной.
Бесполезно спрашивать. Как в молбиол.ру, обнаруживается с трудом сдерживаемая тенденция перехода к мату. Мат - единственный и самый мощный аргумент моих злопыхателей.
Очень хорошо, что вы конкретно ответили. Теперь назовите мне конкретные пептиды, которые соответствуют положению этих пиков. Я проверил только один с триптофаном вместо цистеина, получил позицию, которая намного дальше. Итак какой пептид предсказывает ВГ, которые попадает на пики справа?
А с чего вы взяли, что такой дополнительный пептид можно предсказать? Таких утверждений и обещаний не делал. Для этого надо провести большую теоретическую и экспериментальную работу. Особенно сложно будет разобраться и понять - что есть контексты мРНК или коротких РНК матриц. Каковы смыслы их. Ведь именно смыслы кодирующих мРНК последовательностей (контекстов) и есть материал, с которым работает рибосома как нанобиокомпьютер. Это даже скорее теоретико-философская проблема.
Очень хорошо, что вы конкретно ответили. Теперь назовите мне конкретные пептиды, которые соответствуют положению этих пиков. Я проверил только один с триптофаном вместо цистеина, получил позицию, которая намного дальше. Итак какой пептид предсказывает ВГ, которые попадает на пики справа?
А с чего вы взяли, что такой дополнительный пептид можно предсказать? Таких утверждений и обещаний не делал. Для этого надо провести большую теоретическую и экспериментальную работу. Особенно сложно будет разобраться и понять - что есть контексты мРНК или коротких РНК матриц. Каковы смыслы их. Ведь именно смыслы кодирующих мРНК последовательностей (контекстов) и есть материал, с которым работает рибосома как нанобиокомпьютер. Это даже скорее теоретико-философская проблема.
Приехали. Вы не знаете даже, что ваши омонимы кодируют?!
Петрович, от понятия "дополнительный пептид" - мозХ несколько раскорячило.
При синтезе пептида ..дополнителые пептиды как разпозанать? Что-нить на эту тему можно услышать?
Глазам своим не верю, что написала.
Смотрите Вика, что мы с вами выяснили. Гаряев признал, что теории у него нет, а есть только нечеткая гипотеза, которая и предсказать то ничего не может. За двадцать с лишним лет, очевидно у Гаряева времени не нашлось, чтобы проверить и изучить свою гипотезу экспериментально. Действительно, к чему ставить какие то нудные эксперименты, скивенировать пептиды если можно например сперму облучать или яблоки с чесноком! Петр Петрович, а как же дуплетный код, разве он не предсказывает в какие аминокислоты должны транслироваться омонимы?
Бррр,РР. Чего вы такое пишите?
Оставьте вы сперму в покое. Ситезировать пептиды...думаете раз два и готово?
Ну и, наконец, причем тут омомнимы? Говорено-переговорено какие АМ кодируют.
Не начинайте ссориться.
Петрович, от понятия "дополнительный пептид" - мозХ несколько раскорячило.
При синтезе пептида ..дополнителые пептиды как разпозанать? Что-нить на эту тему можно услышать?
Глазам своим не верю, что написала.
Ну как же Вика. Гаряев же утверждает, что модель Крика не работает, что модель дает верные предсказания только за счет контекста. Хотя мы с вами напрямую убедились на примере одной из кучи подобных статей, что это не так, и что даже без контекста модель Крика дает верные предсказания. По гипотезе Гаряева, при отсутствии контекста, должны синтезироваться другие пептиды. Правда какие он оказывается не знает, раньше правда про дуплеты нам рассказывал. Ну а распознать их очевидно можно по их молекулярной массе. Одна беда не видим мы в спектре множество гаряевских пиков, а видим только то, что предсказывает модель Крика. Поэтому Крик нобелевку и получил, что правильно расшифровал код и сделал полезную модель.
Оставьте вы сперму в покое. Ситезировать пептиды...думаете раз два и готово?
Синтезировать пептиды достаточно просто. Фактически достаточно купить кит, который за вас работу и сделает.Вика wrote:
Ну и, наконец, причем тут омомнимы? Говорено-переговорено какие АМ кодируют.
А чего тогда Гаряев пишет, что не может назвать ожидаемые по его гипотезе последовательности пептидов, чтобы мы могли проверить их на соответствие молекулярной массы положению пика?
РР, давайте и по-другому тоже.
Дополнительные пики видим? Видим. Это вопрос в данном случае.
Целевые, сопадающие по молекулярной массе, видим? Видим.
У целевых пиков основания с уширением. Есть такое дело? Есть. Гаряев считает, чт "примеси" тому причиной. Может и так. Я видела ( с масс спектром не работала) спектры с иным осованием, но значение "уширению" и насколько оно "широко" или не "широко" не придавала. Завтра еще раз запрошу, в конце концов не только одна статья на этом Свете со спектрами.
Масса целевого пептида совпадает с ам рядом. Есть такое? Есть такое.
Масса целвого пептида - мутанта отличается на массу АМ мут.кодона. Тоже есть такое. Так и должно быть и метод это подтвердил.
Есть у вас соображения насчет дополнительных пиков?
А чего тогда Гаряев пишет, что не может назвать ожидаемые по его гипотезе последовательности пептидов, чтобы мы могли проверить их на соответствие молекулярной массы положению пика?
Наверное, смущает слово "ожидаемые".
Теоретически можно перепробовать комбинации, удовлетворяющие мол.массе.
РР, у Петровича надо уточнять теминологию. "Пики уширенные" - я мозх напрягла- что это значит, но уточнение последовало - "уширенные основания пиков". Множество пептидов - рассмотрели дополнительных три пика. Хотя...хотя...это тоже надо уточнить - целевой пик может быть как ср.знач. близких по массе дополнительных пептидов.
Меня беспокоит как! блин, при синтезе пептида ....эти вот дополнительные....
РР, откуда взят этот пептид, масс спек анализ котого рассмтариваем?
Высшая школа экономики пригласила лжеученых прочитать лекции студентам Московского института электроники и математики. Как рассказал на своей странице «ВКонтакте» студент МИЭМа Виталий Буланенков, руководство позвало выступить создателя теории «волнового генома» Петра Гаряева и Валерия Слесарева, который является первооткрывателем «явления аквакоммуникации». Лекцию Гаряева отменили по требованию студентов; выступление Слесарева состоялось 13 января, рассказал Буланенков «Медузе».
На лекции Валерия Слесарева, разоблаченного комиссией РАН по лженауке, речь шла о «памяти воды»; животных, которые читают мысли хозяев; целебных свойствах «холодной плазмы»; самовоспламеняющихся людях и других подобных вещах.
Буланенков также рассказал, что Слесарев продемонстрировал полное незнание медицины. «Таблетки от головы не лечат, ведь они должны попасть в голову, а попадают в желудок, а медики-то говорят обратное», — привел он слова лжеученого, члена Российской академии естественных наук.
Однокурсник Буланенкова, Илья Ткаченко, у себя «ВКонтакте» рассказал о своем диалоге со Слесаревым.
— Вы на лекции говорили, что животные могут читать мысли людей. Допустим, этого мы проверить не в силах. Но почему это осуществляется с помощью акваполя, а не радиоволн, к примеру?
— Очень просто. У моей мамы была кошка, и когда мама подходила к дому, кошка на 4 этаже знала это и бежала встречать ее у двери.
— Но причем тут акваполя? Может, она просто почуяла запах?
— С четвертого этажа? Что за чушь?
— Но собаки же чуют запах человека на большом расстоянии.
— Правильно! Они это делают с помощью акваполя, вы сами же пришли к этому выводу.
— По-вашему собаки носом чувствуют акваполя?
— Нет, они ощущают их всем телом.
— А зачем они тогда, когда идут по следу, прижимают нос к земле?
— Молодой человек, задайте этот вопрос собакам.
Кроме того, в понедельник, 12 января, перед студентами выступила сотрудница Высшей школы экономики, член той же РАЕН Людмила Болотова, которая рассказала, что на основе открытия Слесарева (вероятно, явления аквакоммуникации) она с коллегами разработала «методологию и технологию создания интеллектуальной системы, которая по адекватности превосходит» суперкомпьютер IBM Watson.
По словам Буланенкова, на лекции Слесарева он вступил с ним в перепалку, в которую вмешались замдекана факультета информационных технологий и вычислительной техники Татьяна Потапова и Болотова. Потапова, по словам студента, обвинила слушателей в отсутствии «научного мышления», а Болотова рассказала об эксперименте по зарядке воды от иконы.
У целевых пиков основания с уширением. Есть такое дело? Есть. Гаряев считает, чт "примеси" тому причиной. Может и так.
Вы Гаряева видимо не поняли. Он утверждает, что пик справа (3580) содержит нецелевые пептиды. Ширина целевых пиков 20 дальтон, туда нецелевой петид не вмещается по массе.Вика wrote:
Есть у вас соображения насчет дополнительных пиков?
Я дополнительных пиков вижу только один. Объяснение ему конечно же есть. Если вам очень интересно, то вникните в суть метода, тогда поймете. Лично я не вижу причин тратить на этот пик свое время, пока нам тов. Гаряев не покажет, как этот пик возникает в его гипотезе, какому пептиду он соответствует. Походу, по гипотезе тов. Гаряева основной целевой пик собственно не должен доминировать ибо трансляция то идет не по Крику.Вика wrote:
целевой пик может быть как ср.знач. близких по массе дополнительных пептидов
Неа, ширина пика меньше разницы масс большинства аминокислот, что наглядно демонстрирует детекция мутанта.Вика wrote:
Наверное, смущает слово "ожидаемые".
Чем смущает, получается Гаряев по последовательности ДНК не может ничего сказать про то, что она может кодировать? Ну так на хрена нам его гипотеза если она вобще никаких верифицируемых предсказаний не делает? Вот вы биолог и похоже всерьез относитесь к гаряевским фантазиям, закажите кит, проведите трансляцию, потом продукт отсиквенируйте и доложите нам на форуме результаты. Мы вам поверим.
? 