Уважаемый РР. Я не могу чётко сформулировать ген. языком ошибку Гаряева, как это делаете Вы, но полагаю Вы сможете, более детально объясните ему и читателям темы, элементарные принципы не генетики, но химии, основываясь на закономерностях шикиматного пути. Без законов шикимата, не сложатся нуклеотиды, а стандартная ген. модель основывается на элементарной био-химии и её законах.
Те законы которые играют роль в шикиматном преобразовании, играют роль и в кодировании.
Полагаю Вы сможете рассмотреть для Гаряева вопрос с этой стороны, пояснив процессы в генетики с позиции биохимии.
Кодоны, кодирующие аминокислоты, относящиеся к семейству шикимата (синтезируемые шикиматным путём), начинаются с U (матричная РНК, 5′→3′). Кодоны фенилаланина — UUU, UUC, кодоны тирозина — UAU, UAC, кодон триптофана — UGG (в митохондриях — ещё и UGA, являющийся в стандартном варианте генетического кода стоп-кодоном). Как правило, аминокислоты, порождаемые одним метаболическим путём, кодируются кодонами с одинаковым нуклеотидом на 5′-конце. Вероятность случайности подобной организации генетического кода достаточно низка, поэтому вполне обоснованны попытки найти объяснение. Указанный факт находит это объяснение в рамках представлений о коэволюции генетического кода и путей биосинтеза аминокислот, ставших протеиногенными аминокислотами.
Так к примеру рассматривая принципиальную схему скажем гидроксилирования фенилаланина в тирозин
можно наглядно видеть закономерности преобразования и переложить их на кодирование соответственно, так как тут играют роль одни и те же физ и хим закономерности как преобразований так и соединений.
То есть если синтез тирозина проходит шикиматный путь по цепи - шикимат - хоризмат - префенат, то по тем же ковалентным закономерностям происходит выбор в процессе кодирования и декодирования элементов белков и аминокислот.
Я, как теоретик, увидел ошибку в модели кода и предсказал результат проверок коллинеарностей на большом количестве материала. Рано или поздно проверят. Мне, теоретику, эту проверку делать нет необходимости.
О как, вы оказывается теоретик, а ЛВГ неподтвержденная пока теория. Ну тогда все возражения снимаются. Теории строить имеете полное право, только вот пока вашу теорию не подтвердят, дурить людей шматрицами является преступлением.
Я, как теоретик, увидел ошибку в модели кода и предсказал результат проверок коллинеарностей на большом количестве материала. Рано или поздно проверят. Мне, теоретику, эту проверку делать нет необходимости.
О как, вы оказывается теоретик, а ЛВГ неподтвержденная пока теория. Ну тогда все возражения снимаются. Теории строить имеете полное право, только вот пока вашу теорию не подтвердят, дурить людей шматрицами является преступлением.
Именно так...только я лвг называю гипотеза - не выдерживающая и малейшей критики. Мне не надо было разбираться в генетике, так как достаточно было понимать основные законы физики и биохимии, что я и показываю постом выше по шикиматному пути, с просьбой к Вам, переложить на терминологию генетиков.
Я не могу профессионально объяснить роль с раскрытой функцией скажем кодона UUU, но прекрасно понимаю что присутствуя во всех мРНК белков, данный кодон, не может нарушать ковалентных закономерностей преобразования, согласно которым он сам и получился, иначе биоматерия была бы бесформенной лужей, а следовательно, его функции согласованы с самой структурой молекулы и её образования, которая в свою очередь является двигателем последовательностей кодирования, так как атомные связки молекулы, не могут работать по другому, согласно элементарным законам молекулярной физики.
Более детально принципиальную схему преобразования и синтеза можно рассмотреть на примере пептидных связей, когда -
4 атома связи (C, N, O и H) и 2 α-углерода находятся в одной плоскости. R-группы аминокислот и водороды при α-углеродах находятся вне этой плоскости.
H и O в пептидной связи, а также α-углероды двух аминокислот транс-ориентированы (транс-изомер более устойчив). В случае L-аминокислот, что имеет место во всех природных белках и пептидах, R-группы также транс-ориентированы.
Вращение вокруг связи C-N затруднено, возможно вращение вокруг С-С связи.
что прекрасно показывает закономерности взаимодействий на атомном уровне, без фантазий о лингвистичности ДНК, а следовательно процесс синтеза и трансляции идёт по совершенно чётким физическим законам, которые исключают фантазии, которыми тут пытается напичкать форум Гаряев.
О как, вы оказывается теоретик, а ЛВГ неподтвержденная пока теория. Ну тогда все возражения снимаются. Теории строить имеете полное право, только вот пока вашу теорию не подтвердят, дурить людей шматрицами является преступлением.
Ничего нет практичнее адекватной теории. Что и подтверждается нашими экспериментами и практикой излечивания от не излечимого. А вы не убегайте от моих вопросов. Каждый уход от них - демонстрация несостоятельности попыток возразить нам и мне лично.
Еще и еще раз вопрос: Как кодоны не синонимы, они же омонимы, выбирают одну аминокислоту из двух разных? Или как выбирают между стоп-позицией и аминокислотой? Честно признайте, что не можете ответить с позиций старой модели белкового кода. Не ответите - засчитываю поражение.
Мантры нашего маленького чилийского друга вам никак не помогут, но поставят в смешное положение.
Гаряев...Ваши инсинуации и протесты не уместны...я привёл совершенно чёткую схему и заключение, основанную не на генетике, а на элементарной физике...подтвердите Вашу гипотезу с этой позиции и вопросы отпадут...только тогда Вам ещё нобелевка и по физике будет светить...
К барьеру...плз.
Что и подтверждается нашими экспериментами и практикой излечивания от не излечимого.
Стоп вы только что утверждали, что вы теоретик и поэтому экспериментально не подтвердили основной постулат, а теперь начинаете про какие то эксперименты говорить. Если делаете эксперименты, то возвращаемся к оригинальному вопросу, почему не подтвердили основное предположение гипотезы?
Что касается лечения незлечимых заболеваний, то тут вобще все просто. Клинических испытаний вы не проводили, эффект плацебо оценить не можете, медицинских диагнозов у вас нет. Вон недавно договорились до излечения от оспы, которой слава богу пациент и не болел. Тоесть на уровне Чумака работаете. Это не наука, а шарлатанство.
Вот так пользователь nonlocality - это ответ Вам с позиции модели устоявшейся белкового кода..
ps Человек не может жить без сердца, без печени, без почек. Зато, без мозгов спокойно живут целыми поколениями.
Уважаемый РР.
Хочу поделиться вектором моего взгляда.
Генетика как наука в целом, базируется на определённых выявленных законах физики и химии. Не было бы этих законов - не было бы генетики как таковой.
Дабы наглядно общедоступно показать фантазии Гаряева, следует посмотреть на вопрос с более обширным гругозором, а вернее рассмотреть первоисток такой науки как генетика в целом, и тогда можно гарантированно, общедоступным языком, показать фантазийность лвг.
Если с самого начала Мендель выявил законы, которые были очевидны и неоспоримы, но понимание устройства которых тогда было недоступно, то сейчас можно говорить и о основном фундаменте этих законов. Для этого достаточно знать общие принципы биохимии и молекулярной физики, которые были раскрыты в 20-ом и 21 веке. Начиная с исследований Шрёдингера и открытий Бидл и Тейтема и заканчивая современными методами компьютерным моделированием использующимся молекулярной биофизикой.
Это я к тому что без химии и физики как таковой, не было бы генетики, а следовательно генетика никак не может нарушать элементарные законы своих же первонаук. Гаряев же в лвг декларируя полную несусветицу лингвистичности генома, упускает этот наглядный очевидный факт того что есть генетика и от куда вообще ноги растут, грубо говоря, упиваясь тут терминологией генетиков, но выкидывая из самой науки основоположные законы физики и химии.
Поэтому я и пришёл к выводу что лучше наглядно показать несостоятельность лвг не с позиции генетики а с позиции основоположных наук, так как всем известно что "магнит не намагнитит деревяшку", а "камень не притягиваться к облакам". Подобные пояснения намного более убедительней, нежели сложные непонятные генетические формулировки, тех процессов, которые протекают на уровне трансляции ДНК, но которые можно объяснить с позиции общеизвестных физических и химических законов.
Так же, если разговор идёт и лингвистике, то логично смотреть на первоисток данного заявления, а именно на лингвистику, и в таком случае разбирая законы фонетики, так же можно наглядно доказать несуразность заявлений Гаряева. Грубо говоря - лучше с ним - зреть в корень - и не погрязать в трясине специфических терминов и определений, которыми он может манипулировать в своих спекулятивных целях.
______________________________________
И так Гаряев...я жду Вас с пояснениями новых законов химии и физики...как кислород крепится к углероду в тРНК, кодируя слова иврита...к барьеру плз...
"Однако все же имеется одна реальная возможность появления не определенности при синтезе белка. Эта неопределенность могла бы возникнуть, если бы одно кодовое слово соответствовало нескольким аминокислотам. До настоящего времени бы отмечен только один случай такой неопределенности. Белок, синтезируемый поли-U, состоит не только из лейцина, но и из фенилаланина, причем на каждую молекулу лейцина приходится 20—30 молекул фенилаланина. Пр отсутствии в растворе фенилаланин поли-U использует лейцин в количестве, равно половине обычно используемого количества фенилаланина. Молекулярно объяснение этой неопределенности неизвестно. Неизвестно также, встречается ли такой двойственный код не в бесклеточных системах, а в живых организмах."
Даже Олег согласился, что UUU -омоним. Однако, из текста следует, что включаются одновременно две ам-ты в бесклеточной среде. Не или лейцин или фенилаланин, а обе.
Или я не правильно интерпретировала написанное?
Генетика как наука в целом, базируется на определённых выявленных законах физики и химии. Не было бы этих законов - не было бы генетики как таковой.
Безусловно.Дмитрий NS wrote:
Гаряев же в лвг декларируя полную несусветицу лингвистичности генома, упускает этот наглядный очевидный факт того что есть генетика и от куда вообще ноги растут, грубо говоря, упиваясь тут терминологией генетиков, но выкидывая из самой науки основоположные законы физики и химии.
Понимаете Дмитрий обсуждать теоретический фундамент теории Гаряева не продуктивно. Собственно теории в обычном понимании и нет никакой ибо аффтар ни в математике, ни в физике нечегошеньки не шарит, да собственно и не претендует на знания. Плюс такое обсуждение будет трудно доступным для обычного читателя. А вот то, что мы заставили признать Гаряева, что он строил теорию, которая объясняла несуществующее явление важно. Тут уже и младенец поймет, что мы имеем дело с фантазиями, а не научной работой.
Вика, не надо лезть в то чего не понимаете в своей первооснове...с физикой как и с химией Вы ноль, что было доказано наглядно не раз...выше я говорю о первоистоках генетики и её законах...поэтому не надо переключать тему на Ваши идиотские комментарии и предположения...вопрос к Гаряеву по хим процессам стоит и следует Вам или уткнуться в молчанку, либо комментировать по теме, чего Вы не можете, так как химию не знаете.
Человек немного понимающий химию, может говорить о генетике, даже не обладая специфическими знаниями о генетике, но человек не понимающий элементарных биохимических принципов должен помолчать, дабы не показывать своей глупости, как это неоднократно случалось с Вами.
__________________________________
Итак - Гаряев к барьеру... Поясните процесс синтеза, скажем того же самого, фенилаланина, и динамику этого процесса в участии кодировки РНК.
Понимаете Дмитрий обсуждать теоретический фундамент теории Гаряева не продуктивно. Собственно теории в обычном понимании и нет никакой ибо аффтар ни в математике, ни в физике нечегошеньки не шарит, да собственно и не претендует на знания. Плюс такое обсуждение будет трудно доступным для обычного читателя. А вот то, что мы заставили признать Гаряева, что он строил теорию, которая объясняла несуществующее явление важно. Тут уже и младенец поймет, что мы имеем дело с фантазиями, а не научной работой.
В том то и дело...Гаряев не шарит ни в физике ни в химии, а пытается что то сказать о генетике.
Я выше Вике написал, что химик или физик, может говорить о генетике, или же человек которые имеет представление об этих основоположных науках, на которых базируется генетика...Гаряев же ни нюхом ни рылом в основных науках, что было доказано тут неоднократно, как мной, так и другими пользователями...поэтому я и настаиваю на диалоге с ним, основываясь на этих логических базисах, дабы он не мог дуть щёки своими псевдо-знаниями генетики, научившись апеллировать школьно-первокуцрсной терминологией, но не понимая основных принципов и законов, на которых строится сама наука генетика как таковая.
Гаряев же знает что был мной неоднократно засунут за пояс и приложен "фейсом об тейбл", выражаясь его же собственным языком и терминами, когда речь шла на понятном языке общедоступных знаний по физике и химии, включая и некоторые более специфические моменты из биохимии, в которых я немного понимаю, и даже с уровня знаний биохимии, Гаряев выступал полным нулём, как собственно и Вика, которая пытается тут что то вставлять типа-умного.
Дмитрий, вы больной, да и к тому же извращенец. Ваше место в другой теме. Не вам указывать мне что делать и советы давать. Вашу чушатень только человек вашего же уровня может комментировать.Заткнулись бы, только тему гадите, как всегда.
Даже Олег согласился, что UUU -омоним. Однако, из текста следует, что включаются одновременно две ам-ты в бесклеточной среде. Не или лейцин или фенилаланин, а обе.
Строго говоря, на молекулярном уровне есть вероятность включения любой аминокислоты. Эти вероятности определяются на основе физико химических законов. Когда мы говорим об однозначности трансляции, мы на самом деле говорим об чистоте выхода с точки зрения биологически значимых концентраций. Об этом надо всегда помнить. На самом деле ошибки возникают еще даже до начала трансляции, ибо уже транскрипция идет не идеально, как и любой молекулярный процесс. Суть в том, что эффективная доля ошибок мала (~1.0e-04) и у клетки есть механизмы коррекции.
Еще и еще раз вопрос:
Как кодоны не синонимы, они же омонимы, выбирают одну аминокислоту из двух разных? Или как выбирают между стоп-позицией и аминокислотой?
Честно признайте, что не можете ответить с позиций старой модели белкового кода. Не ответите - засчитываю поражение.
Мантры нашего маленького чилийского друга вам никак не помогут, но поставят в смешное положение.
даже не вдаваясь в подробности описанных в литературе механизмов терминации трансляции (там стоп-кодоны выбирают рибосомы с факторами терминации, но не наоборот) - вы сами себя ставите в смешное положение своими мантрами ...
= "старая" модель генетического кода позволяет - проверку ее- причем успешно
Поразительно насколько много литературы посвящено вопросам точности трансляции, вопрос казалось бы изучен вдоль и поперек, а Гаряев по прежнему настаивает на мифической омонимичности кода. Пугает людей ГМО едой. www-lehre.img.bio.uni-goettingen.de/Vorl...v_Biochem_74_129.pdf
Error rates of translation in vivo have been estimated to be on the order of 10−3–10−4 (4). Errors in translation can arise from incorrect aminoacylation of a particular tRNA by synthetases, selection of the incorrect tRNA by the ribosome, orframeshiftingduringtranslation.ThetRNAaminoacylationstephasbeenshown to be very accurate, owing to enzymatic selectivity mechanisms precisely adapted to the most closely related amino acids for each aminoacyl-tRNA synthetase (5). For example, because of a “double sieve” editing mechanism (6–8), Ile-tRNAIlesynthetase can exclude Val with an efficiency of 1:40,000, i.e., 2.5×10−5 (9, 10). Therefore, an overall implication of the in vivo error rate values is that decoding, or codon-dependent selection of aminoacyl tRNA by the ribosome, may be the limiting factor in the accuracy of gene expression or at least makes a somewhat larger contribution to error rates compared to tRNA aminoacylation. However, for certain hyperaccurate ribosomal mutants, the fidelity of transcription might limit the overall accuracy (11). Indeed, it is perhaps reasonable to assume that there is no evolutionary need for the ribosome to be significantly more accurate than the limit imposed on overall gene expression by transcription, if other advantages (such as a higher speed of protein synthesis) can be gained for a certain trade-off in translational accuracy. In this review, we discuss how recent structures of the ribosome have shed light on its role in translational accuracy and clarified many long-standing issues.
Даже Олег согласился, что UUU -омоним. Однако, из текста следует, что включаются одновременно две ам-ты в бесклеточной среде. Не или лейцин или фенилаланин, а обе.
Строго говоря, на молекулярном уровне есть вероятность включения любой аминокислоты.. Эти вероятности определяются на основе физико химических законов. Когда мы говорим об однозначности трансляции, мы на самом деле говорим об чистоте выхода с точки зрения биологически значимых концентраций. Об этом надо всегда помнить. На самом деле ошибки возникают еще даже до начала трансляции, ибо уже транскрипция идет не идеально, как и любой молекулярный процесс. Суть в том, что эффективная доля ошибок мала (~1.0e-04) и у клетки есть механизмы коррекции.
Не об этом был вопрос, адресованный Петровичу в его же теме. Наскоком и нахрапом эти вещи не понимаются. Вы хотите произвести впечатление исключительно на самого себя. Здесь нет возражений -наслаждайтесь. Мне же не доставляет удовольствия общение с вами, РР. Ваш слушатель и единомышленник - Дмитрий. Я не гожусь в вашу компанию.
Стоп вы только что утверждали, что вы теоретик и поэтому экспериментально не подтвердили основной постулат, а теперь начинаете про какие то эксперименты говорить. Если делаете эксперименты, то возвращаемся к оригинальному вопросу, почему не подтвердили основное предположение гипотезы?
Что касается лечения незлечимых заболеваний, то тут вобще все просто. Клинических испытаний вы не проводили, эффект плацебо оценить не можете, медицинских диагнозов у вас нет. Вон недавно договорились до излечения от оспы, которой слава богу пациент и не болел. Тоесть на уровне Чумака работаете. Это не наука, а шарлатанство.
Вы бы лучше на мой вопрос ответили, а не прятались.
А что вас так волнует, что я занимаюсь теоретической генетикой? Успокойтесь, я практикующий теоретик.
Мне же не доставляет удовольствия общение с вами, РР.
Так не общайтесь, я же вас не прошу комментировать мои посты. Повторяю для особо одаренных, правила форума позволяют не реагировать на мои сообщения. Владимирович вас не забанит, успокойтесь.
Мне же не доставляет удовольствия общение с вами, РР.
Так не общайтесь, я же вас не прошу комментировать мои посты. Повторяю для особо одаренных, правила форума позволяют не реагировать на мои сообщения. Владимирович ас не забанит, успокойтесь.
Можно вас попросить о тех же правилах культуры - не встревать в чужие разговоры? Или нет сил как "порисоваться" хочется?
Вот так пользователь nonlocality - это ответ Вам с позиции модели устоявшейся белкового кода..
Ну и что? К проблеме двукратной вырожденности кода и к проверке коллинеарностей это не имеет ни малейшего отношения. Из другой оперы это. "Куда вас, сударь, занесло? Неужто вам покой не по кармаааану?"
Гаряев...поясните как шикиматная цепь преобразований синтеза тирозина влияет на лингвистичность кода всего генома?
Какую "солитонную песню" выражаясь Вашим же языком, поёт тимин вылезая из РНК полимеразы? Какие заманивающие мантры рассказывает полимераза элементам, чтоб они залезли в её пасть, для дальнейшего солитонного преобразования в РНК?
Начните с атомов плз, и их связей в нуклеотидах, а потом расскажете уже и о коде...
Олег, а по ходу Вы тоже несколько далеки от понимания хим. процессов, проходящих не на уровне кодирования, а на уровне элементов кода...это как то даже странно...как можно манипулировать мегабайтами, не понимая их битового устройства и формирования...
