На пост 1826 Для Вики, пропуская поверженного пользователя nonlocality с его апломбом ...
Для того что бы понять морфогенез нужно вернуться к посту Пост 1776 Где Вам было высказано мнение что
.. при деление клетки не происходит симметричного разделения всех составляющих в ней частей. Набор аминокислот (или активационных молекул) в делящихся клетках РАЗНЫЙ. Именно этот разный ЭМ рой этих наборов и управляет всем в дальнейшем в клетке…
мало того при этом и меняются экзоны (опять же под действием этого уже организованного ЭМ роя этих наборов) во время скорее всего анафазы ...вот так постепенно в дальнейшем и считывается уже новая информация управления заложенная в ДНК...
ps Характер - это умение стоять там, где остальные падают.
На пост 1826 Для Вики, пропуская поверженного пользователя nonlocality с его апломбом ...
Для того что бы понять морфогенез нужно вернуться к посту Пост 1776 Где Вам было высказано мнение что
.. при деление клетки не происходит симметричного разделения всех составляющих в ней частей. Набор аминокислот (или активационных молекул) в делящихся клетках РАЗНЫЙ. Именно этот разный ЭМ рой этих наборов и управляет всем в дальнейшем в клетке…
мало того при этом и меняются экзоны (опять же под действием этого уже организованного ЭМ роя этих наборов) во время скорее всего анафазы ...вот так постепенно в дальнейшем и считывается уже новая информация управления заложенная в ДНК...
Потрясён глубиной мысли... Все классики эмбриогенеза, включая Гурвича, лежат... В данном случае слово "лежат" - омоним. Смысл его в контексте "соображений" чукчи. Учтя его, все будут лежать...
А статьи, на которые ссылается РР, к коллинеарности, пусть даже косвенной, отношения не имеют вообще. И метод масспектроскопии в том числе.
Вы не могли бы объяснить почему, чем вас не устраивает прямое сиквенирование белка методом Эдмана, и чем вас не устраивает массспек, который успешно применяется для детекции мутаций? Тем более непонятно чем вас массспек не устроил в статье про трансляцию ампликонов если результаты были независимо подтвеждены даже на клинических образцах если мне память не изменяет? Да и кроме этих двух методов, в обзорной статье про fidelity of translation даются ссылки на работы где применялись и другие методы.
Вобщем прошу просветить меня и объяснить, как по вашему нужно экспериментально выявлять наличие коллинеарности или ее отсутствие?
А статьи, на которые ссылается РР, к коллинеарности, пусть даже косвенной, отношения не имеют вообще. И метод масспектроскопии в том числе.
Вы не могли бы объяснить почему, чем вас не устраивает прямое сиквенирование белка методом Эдмана, и чем вас не устраивает массспек, который успешно применяется для детекции мутаций? Тем более непонятно чем вас массспек не устроил в статье про трансляцию ампликонов если результаты были независимо подтвеждены даже на клинических образцах если мне память не изменяет? Да и кроме этих двух методов, в обзорной статье про fidelity of translation даются ссылки на работы где применялись и другие методы.
Вобщем прошу просветить меня и объяснить, как по вашему нужно экспериментально выявлять наличие коллинеарности или ее отсутствие?
Мы с вами, РР, договорились о прекращении научной дискуссии. Помните? А вообще-то, меня шумы гарявкие ждут, да и корма я еще не наелась.
Вобщем прошу просветить меня и объяснить, как по вашему нужно экспериментально выявлять наличие коллинеарности или ее отсутствие?
Немного помогу Вике. Не надо никаких экспериментов. Они давно поставлены. И сведены в ген. банки. Дело за внимательным сопоставлением триплетов экзонов белковых генов и кодируемых ими аминокислот в секвенированных белкАх. Тут будут большие сюрпризы для кодонов-омонимов. Примерно такие, что найдены для гена Hot Head в растении A.thaliana в работе Прюита и Лолли (Pruitt, Lolle), опубликованной в Nature в 2010 году. Могу уточнить.
Мы с вами, РР, договорились о прекращении научной дискуссии. Помните?
Ну так не надо перевирать мои посты и я не буду к вам обращаться. Можете не считать это научной дискуссией, а ликбезом. Вас же очевидно не устраивают приведенные мной способы, наверное я не понимаю нечто фундаментальное, вот и сделайте одолжение неучу, проведите ликбез если вы действительно что то конкретное знаете.
Немного помогу Вике. Не надо никаких экспериментов.
Это я уже слушал. Этот ваш подход научным не является.nonlocality wrote:
Дело за внимательным сопоставлением триплетов экзонов белковых генов и кодируемых ими аминокислот в секвенированных белкАх.
Вот об этом я и говорю. Как пример я привел ссылки (их можно буквально тысячи привести) где белки были отсеквинированы реакцией Эдмана и последовательность аминокислот прекрасным образом совпадала с триплетами экзонов.nonlocality wrote:
Могу уточнить.
Сделайте одложение, приведите ссылку. А еще объясните, почему вы лично за десятки лет ничего экспериментально не показали, а начали теории строить на пустом месте?
Петр Петрович, я тут не поняла. Статья о Hot Head касается fix itself назад к дикому типу или другая статья?
А причем проверка на коллинеарность? Не въехала.
Люди выручите пожалуйста - у кого есть доступ к PhysRevLett. ?
Приспичило а скай-хаб в моём случае не помогает - он выруливает на лигбен к основной статье минуя сайт журнала а мне нужен "Supplemental Material" которого там нет
Вот об этом я и говорю. Как пример я привел ссылки (их можно буквально тысячи привести) где белки были отсеквинированы реакцией Эдмана и последовательность аминокислот прекрасным образом совпадала с триплетами экзонов.nonlocality wrote:
Давно и не раз предлагал - покажите конкретные работы по изучению коллинеарностей. Вы же дали работу по масс спектрам пептидов, никакого отношения к прямой проверке коллинеарностей не имеющую. Еще раз, проверки коллинеарностей, массовые, как вы говорите, выложите здесь. Вы все время бегаете от моих прямых вопросов. Вот и о выборе омонимами (не синонимами) одной из двух не ответили. Почему. Да потому, что ответ поставит вас в очень неловкое положение. Давайте, на этот раз, ответьте. PP wrote:
Сделайте одложение, приведите ссылку. А еще объясните, почему вы лично за десятки лет ничего экспериментально не показали, а начали теории строить на пустом месте?
Мы многое, что показали. И опубликовали. Если вы о коллинеарностях, то тут все ясно и так из простого анализа таблицы кодонов. А проверку коллинеарностей надо сделать. Боятся. Но придется.
Вот работа, о которой говорил:
Genome-wide non-mendelian
inheritance of extra-genomic
information in Arabidopsis
Susan J. Lolle*, Jennifer L. Victor, Jessica M. Young & Robert E. Pruitt*
Department of Botany and Plant Pathology, Purdue University, 915 W. State
Street, West Lafayette, Indiana 47907-2054, USA
* These authors contributed equally to this work
.............................................................................................................................................................................
A fundamental tenet of classical mendelian genetics is that allelic
information is stably inherited from one generation to the next,
resulting in predictable segregation patterns of differing alleles1.
Although several exceptions to this principle are known, all
represent specialized cases that are mechanistically restricted to
either a limited set of specific genes (for example mating type
conversion in yeast2) or specific types of alleles (for example
alleles containing transposons3 or repeated sequences4). Here we
show that Arabidopsis plants homozygous for recessive mutant
alleles of the organ fusion gene HOTHEAD5 (HTH) can inherit
allele-specific DNA sequence information that was not present in
the chromosomal genome of their parents but was present in
previous generations. This previously undescribed process is
shown to occur at all DNA sequence polymorphisms examined
and therefore seems to be a general mechanism for extragenomic
inheritance of DNA sequence information.We postulate
that these genetic restoration events are the result of a templatedirected
process that makes use of an ancestral RNA-sequence
cache.
We have recovered 11 point mutations at the hth locus6 that share
the unusual property that they segregate phenotypically wild-type
plants at a high frequency when homozygous mutant plants are
allowed to self-fertilize. The frequency with which these ‘revertant’
plants are recovered varies, but is generally in the range of 1021 to
1022 revertants per chromosome per generation (Table 1). This is in
stark contrast to most point mutations, which are completely stable
(for example erecta (er) in Table 1). Because of the high frequency
letters to nature
NATURE |VOL 434 | 24 MARCH 2005 | www.nature.com/nature 505
Петр Петрович, я тут не поняла. Статья о Hot Head касается fix itself назад к дикому типу или другая статья?
А причем проверка на коллинеарность? Не въехала.
Авторы не поняли, что фокус с возвратом дикого типа растения, вероятно, связан с перекодировкой одного из кодонов гена Горячая Голова. А перекодировка связана с транспозициями участков днк около этого гена, меняющими его контекст и смысл этого кодона.
Вот наше письмо Прюитту, возглавлявшему это исследование. Ответе не получил.
Dear Dr. Pruit.
We'd like to add a few comments on your well known brilliant research [Genome-wide non-mendelian inheritance of extra-genomic information in Arabidopsis Susan J. Lolle, Jennifer L. Victor, Jessica M. Young & Robert E. Pruitt (2005)]. We give comments from our own point of view, substantially different from the classical understanding of the roles of genetic (protein) code (see att. file). Such view on your unique results allows us to give them a fundamentally different interpretation, without involving the certainly beautiful ideas of "template-directed process that makes use of an ancestral RNA-sequence cache". However, our understanding is likely to be correct, provided accurate information on the codons in the DNA you sequenced containing boxed mutant nucleotide in the HTH locus. Unfortunately, we didn't make the codons identification. Therefore, our arguments will be purely provisional and predictive. Nevertheless, we hope that they will be somewhat helpful to you.
The main idea of Linguistics/Wave Genetics, the existence of which, like a branch of classical genetics, we are proving (wavegenetic.ru; www.wavegenetic.ru/Petr_Gariaev.pdf), can be formulated as follows. There are 64 codons, 32 of which are synonyms. Other 32 codons are homonyms, whose ambiguity is removed by the mRNA context in the process of reading by the ribosome. Any replacement of nucleotides in the 3'-position of the codon-synonyms do not affect its semantics [F. H. C. CRICK, 1966, J. Mol.Biol.19, 548-555. Codon-Anticodon Pairing: The Wobble Hypothesis]. The same 'wobbling' state of the 3'-5' codon-anticodon base pair, we think, is characteristic of homonym codons. Taking this into account and assuming that mutations in the observed HTH locus occur at the 3' position of nucleotides in codons, including the mutation boxed nucleotide, one can assume the following scenario.
The mutant nucleotide in box is read by the ribosome as a normal one, typical for the ancestral plant, and thus it encodes the original normal amino acid. This can be called a pseudo-mutation. Such a phenomenon can occur due to the presence of a particular context of mRNA surrounding the "mutant" nucleotide. This means that the corresponding "mutant" nucleotides in the DNA does not affect its mobility during electrophoresis. However, the actual mobility of DNA is altered and an additional fraction is observed, and " the lanes show the hth / hth mutant phenotype". Why? The probable reason is that in the studied locus of DNA neutral mutations are possible on the 3'-nucleotide position, they are displayed in codons-synonyms of mRNA. This causes the two factors: 1) the context of mRNA, providing the original sense of the immutability of boxed codon-homonym, changes, 2) mobility of DNA changes, and the lanes showing the hth / hth mutant phenotype appear. As a result, we see a return to the ancestral phenotype of A.thaliana with a pseudo-mutation of the boxed nucleotide. Perhaps we observed similar effects in our study [PP Garyaev, EA Leonova, 2003, "Strange world of wave genetics". Journal "Consciousness and Physical Reality", v.8, 6, p.27-40]. We obtained Muller's mutations in A.thaliana, transmitting by wave method the distorted genetic information from damaged DNA of the same line of A.thaliana. In the second generation, we found a return to the ancestral line of A.thaliana.
With warmest regards,
Peter Gariaev, Ph.D.,
Vladimir Abramov, Ph.D.
Quantum Genetics Institute, Moscow.
Петр Петрович, я тут не поняла. Статья о Hot Head касается fix itself назад к дикому типу или другая статья?
А причем проверка на коллинеарность? Не въехала.
Авторы не поняли, что фокус с возвратом дикого типа растения, вероятно, связан с перекодировкой одного из кодонов гена Горячая Голова. А перекодировка связана с транспозициями участков днк около этого гена, меняющими его контекст и смысл этого кодона.
А версия самих авторов: ревертирование РНК-х копий в насл. ДНК, которые встраиваются в собств.ДНК? Вроде так.
А...так вы об этом и говорите. Правильно?
Вы же дали работу по масс спектрам пептидов, никакого отношения к прямой проверке коллинеарностей не имеющую.
Не совсем так. Я дал вам ссылки на работы, где белки сиквенировались по рабоче крестьянски методом Эдмана. На массспек я дал ссылки, где в одной работе авторы смотрели параллельно на большое число генов, а в другой работе смотрели на пептиды полученные трансляцией коротких ампликонов. В последнем случае контекста в принципе нет и вы в свое время тут на форуме предсказывали, что в таком эксперименте будет наблюдаться неоднозначность трансляции.
Чем вас не устраивает массспек абсолютно непонятно. Если трансляция омонимична, то массспек покажет несколько пиков, а не один. Эксперимент показал, что никаких таких пиков нет, а значит трансляция идет однозначно. Масспек технология успешно применяется для детекции точечных мутаций поэтому вопросов к чувствительности метода быть не может.
Мы многое, что показали. И опубликовали. Если вы о коллинеарностях, то тут все ясно и так из простого анализа таблицы кодонов. А проверку коллинеарностей надо сделать.
Ну если все так ясно, то чего же за многие годы, вы так и не показали, нарушения коллинеарности? Нобелевку можно сказать упустили. Еще раз повторю, научный метод требует проверять гипотезы экспериментом, вы этого не делаете, поэтому ваша деятельность научным миром и не воспринимается всерьез.
Пользователь nonlocality классически показал, что палка - это нечто бесконечное, опубликовав в третье разрядных журналах выводы "что если есть конец, то есть и начало"..
Практикой он не занимается, потому что просто не понимает смысла этого. Покупают Фото-Матрицы - вот вся и практика.
ps Многие знают, что счастье не купишь. Но можно купить яхту и попробовать подплыть к нему поближе.
Не совсем так. Я дал вам ссылки на работы, где белки сиквенировались по рабоче крестьянски методом Эдмана. На массспек я дал ссылки, где в одной работе авторы смотрели параллельно на большое число генов, а в другой работе смотрели на пептиды полученные трансляцией коротких ампликонов. В последнем случае контекста в принципе нет и вы в свое время тут на форуме предсказывали, что в таком эксперименте будет наблюдаться неоднозначность трансляции.
Чем вас не устраивает массспек абсолютно непонятно. Если трансляция омонимична, то массспек покажет несколько пиков, а не один. Эксперимент показал, что никаких таких пиков нет, а значит трансляция идет однозначно. Масспек технология успешно применяется для детекции точечных мутаций поэтому вопросов к чувствительности метода быть не может.
Метод ваших "возражений" не корректен и прост. И вам удобен - не замечать моих ответов, уже данных по этой статье. Еще раз о ней коротко. Коллинеарности там не проверяли. Именно несколько близ лежащих пиков около молекулярного иона там и наблюдали, что свидетельствует о разбросе молекулярных масс. И в связи с этим, поздравляю вас - вы сказали верно: "Если трансляция омонимична, то массспек покажет несколько пиков, а не один." И еще раз - где статьи с прямой проверкой коллинеарностей? И где статьи с опровержением Вобл гипотезы Крика? В студию, плз. В общем, все ваши возражения биты, а вы бегаете от прямых вопросов. Это я говорю не для вас. Ваше незнание - ваша личная проблема. Это для многочисленных читающих тему, но молчащих. Модель кода больна, и ее надо срочно лечить.
А версия самих авторов: ревертирование РНК-х копий в насл. ДНК, которые встраиваются в собств.ДНК? Вроде так.
А...так вы об этом и говорите. Правильно?
...Модель кода больна, и ее надо срочно лечить....
О специалист по математической комбинаторике с биоуклоном???Вы так и не смогли сказать или показать в чем болезнь то?? А уже хотите лечить ее с помощью Фото-Матриц??
ps Жизнь- это сплошные гонки. Но побеждает тот, кто переходит финишную черту последним.
Петрович, в одной из статей РР говорится о точечной мутации и, как следствие, изменение аминокислоты - что и было зафиксировано авторами стати (ей). Но это не совсем проверка "той коллинеарности", о которой вы говорите. В 1966 г Яновкий методом трансдукции тоже исследовал коллинеарность. И никто не спорит: мутация на участке гена подтверждается изменением ам-т. Ваше предложение о проверке коллинеарности не предполагает введение мутаций? Извините, сумбурно пишу, бо на работе.
nonlocality wrote:
Мы многое, что показали. И опубликовали. Если вы о коллинеарностях, то тут все ясно и так из простого анализа таблицы кодонов. А проверку коллинеарностей надо сделать.
PP: Ну если все так ясно, то чего же за многие годы, вы так и не показали, нарушения коллинеарности? Нобелевку можно сказать упустили. Еще раз повторю, научный метод требует проверять гипотезы экспериментом, вы этого не делаете, поэтому ваша деятельность научным миром и не воспринимается всерьез.
Я, как теоретик, увидел ошибку в модели кода и предсказал результат проверок коллинеарностей на большом количестве материала. Рано или поздно проверят. Мне, теоретику, эту проверку делать нет необходимости. Чистой логики достаточно для предупреждения - модель белкового кода является самой большой научной аферой 20 века. Френсис Крик это понял и покаялся. А генетики и не генетики, вроде вас, продолжают молиться ложной иконе. Еще бы, если афера будет раскрыта, многое поменяется не в пользу возражающих.
О специалист по математической комбинаторике с биоуклоном???Вы так и не смогли сказать или показать в чем болезнь то?? А уже хотите лечить ее с помощью Фото-Матриц??
Петрович, в одной из статей РР говорится о точечной мутации и, как следствие, изменение аминокислоты - что и было зафиксировано авторами стати (ей). Но это не совсем проверка "той коллинеарности", о которой вы говорите. В 1966 г Яновкий методом трансдукции тоже исследовал коллинеарность. И никто не спорит: мутация на участке гена подтверждается изменением ам-т. Ваше предложение о проверке коллинеарности не предполагает введение мутаций? Извините, сумбурно пишу, бо на работе.
То, что мутации генов и мРНК сопровождаются заменами аминокислот давно известно. Но тут надо смотреть - в каком кодоне мутация, а главное, если это кодон-омоним, посмотреть контекст мРНК. И сопоставить аналогичную мутацию (в другом контексте мРНК) и ее результат (замененную или не замененную аминокислоту) с первым вариантом мутации (с первым контекстом мРНК). Если контексты разные, то в результате одна и та же мутация в одном и том же омониме МОЖЕТ дать разные результаты. А может и не дать - все зависит от контекстов мРНК. Сделал ли автор такое сравнение? Если нет - работа обесценивается. Видите, не все так просто. Требуется большая аналитическая и экспериментальная работа в хорошо оснащенной лаборатории, сотрудники которой должны понимать ошибочность "классической" модели белкового кода.
Для пользователя nonlocality …
Не надо так срываться на фальцет. Вы ничего не смогли доказать реально, но показали, что этот Ваш гипотетический вариант и доказательств и гипотез,в этом приводимым Вами случае Вашего видения и ведет в тупик. Вам пытаются показать, что подобный вариант может сработать при других позициях в выборе некой цели - вы упираетесь, как второгодник в первом классе.
ps Всегда неприятно, когда тебя заденут за живое.
Особенно, если заденут серпом.
Для пользователя nonlocality …
Не надо так срываться на фальцет. Вы ничего не смогли доказать реально, но показали, что этот Ваш гипотетический вариант и доказательств и гипотез,в этом приводимым Вами случае Вашего видения и ведет в тупик. Вам пытаются показать, что подобный вариант может сработать при других позициях в выборе некой цели - вы упираетесь, как второгодник в первом классе.
....Действительно, путь стыковки экзонов, принадлежащих одному гену, может быть множественным. Некоторые экзоны могут удаляться вместе с интронами. Такой альтернативный сплайсинг приводит к тому, что один и тот же ген может кодировать семейство структурно схожих, но функционально разных белков. На данный момент известное максимальное количество разных белков, которое может кодировать один ген, составляет около 40 000! (Сумма прописью — сорок тысяч). Например, ген дрозофилы, который кодирует один из белков рецептора, аксона за счёт альтернативного сплайсинга может приводить к образованию 38016 различных информационных РНК. Этот ген содержит 95 альтернативных экзонов. Но все ли гены экспрессируются за счёт альтернативного сплайсинга? Согласно текущим знаниям, по крайней мере, 74% генов человека работает с помощью альтернативного сплайсинга!...
Вот один из вариантов поиска ЭМ роя воздействия, а не тупой перебор стучащих кодонов ... под "клиентом" жизни в подвале Лже-Наука ..
ps Главное, уходи и не оглядывайся! Оглянешься - вспомнишь. Вспомнишь - пожалеешь. Пожалеешь - вернёшься. Вернёшься - начинай всё сначала...
