ранее вами напрочь отрицался любой контекст в мРНК
про какие еще нибудь другие контексты в мРНК и вне ее при декодирование представление имеете ?
Кое что знаю. Это абсолютно нормально сузить круг обсуждаемых явлений, а не валить все в одну кучу, это делаете вы, приводя инициацию трансляции как пример. Это совсем не тот контекст о котором говорит Гаряев.
Из этой цитаты видно, что авторы ограничиваются туманным положением о точности кодон-антикодон спаривания по 1-й и 2-й позиции нуклеотидов в кодонах по Уотсону-Крику, а по 3-му положению нуклеотиду в кодоне ДОПУСКАЮТСЯ «определенные отклонения» в соответствии с Вобл гипотезой Крика. И это ВСЁ, что авторы знают и «понимают»!
Плохо читали значит, по диагонали. Перечитывайте
The structures also reveal how these positions of the codon are monitored more precisely (only Watson-Crick pairings are allowed) than the third position, where certain wobble pairing interactions are accepted. The caliper-like measurement of the minor groove made by the ribosome is reminiscent of the way in which RNA polymerases (and DNA polymerases) monitor fidelity during nucleotide polymerization, though in this case the mechanism depends on recognition of the minor groove by amino acids, rather than nucleotides (Figure 3).
Вобщем не спешите, а внимательно перечитайте. Кстати Вике тоже было бы полезно ознакомиться, чтобы не думать, что мол про in-vivo ничего неизвестно. В частности найти свободное от прослушивания матриц время и пойти по ссылкам почитать литературу
Recent in vivo experiments by Farabaugh and colleagues document the importance of tRNA competition in specifying the fidelity of tRNA selection (Kramer and Farabaugh, 2007).
The overall in vivo rate of misincorporation during protein synthesis has been estimated to be in the range of 6 × 10−4 to 5 × 10−3 per amino acid incorporated (Bouadloun et al., 1983 and Edelmann and Gallant, 1977).
the incorrect amino acid is attached to the tRNA once in 104-105 events, owing to kinetic discrimination and “double-sieve” editing mechanisms utilized by the enzymes (reviewed in Francklyn, 2008). As a result, it is generally agreed upon that the in vivo value of fidelity is largely dictated by occasional mistakes in the decoding of the mRNA by the ribosome. Safeguarding against such mistakes are remarkably sophisticated ribosome-based systems that depend on kinetic proofreading, induced fit, and post-peptidyl transfer quality control, as we will discuss in detail in this Review.
Олег wrote:
а вот при выборе третьей буквы кодона - там сплошной контекст
Если сплошной контекст, то почему, в разных организмах даже, все идет однозначно? Почему in vitro все идет по Крику, раз контекст важен?
Однозначно? По Крику? Имеете в виду смысл (кодировку) кодонов? Докажите на примерах. Да и сам Крик от себя отказался. Цитировал. Проверить можно только анализом коллинеарности. ТОЛЬКО.
И почему вы уже многократно проигнорировали мой ключевой вопрос: как выбирают аминокислоту кодоны не синонимы, из двух разных одну? Любой ответ сразу покажет о вас всё. Чего боитесь-то? Не укушу Просто ласково приложу фэйсом о тэйбл.
ин витро, для очищенных компонентов трасляции, контекст не нужен
но он есть, хотя бы на примерах "прыжков" (байпас) рибосом
а код один - по ниренбергу с криком - он же сделан ин витро..
"ин витро, для очищенных компонентов трасляции, контекст не нужен"
Поясни...
Код один - да, правда, есть диалекты, но суть одна.
Код-то один, да описание его Ниренбергом и Криком содержит принципиальную ошибку.
И ответь-ка на вопрос, на который боится ответить PP - как кодоны омонимы выбирают одну аминокислоту из двух разных?
Выбирают случайным образом...Так как это Вам нужно доказать, что эти события не случайны..
ps Чаще всего вашему собеседнику плевать на то, что вы говорите.
Он просто ждёт своей очереди добавить "а я, а я" или "а вот у меня".
Однозначно? По Крику? Имеете в виду смысл (кодировку) кодонов? Докажите на примерах. Да и сам Крик от себя отказался. Цитировал. Проверить можно только анализом коллинеарности. ТОЛЬКО.
Чисто методологически это вам нужно доказывать отсутствие коллинеарности прежде чем теории городить. Вы этого так и не сделали. Почему?
P.S.
А наличие коллинеарности подтверждается огромной экспериментальной базой, ссылки я уже приводил, причем анализ in vitro translation систем показал, что модель работает на любой последовательности нуклеотидов, то есть лингвистичности нет.
"ин витро, для очищенных компонентов трасляции, контекст не нужен"
Поясни...
для примера (без трансляции ин витро - где все ее участники и так известны)
конкретный человек (знакомый и все на глазах) захотел получить продуцент нужного ему белка в Е.соли от известной последовательности нужного ему гена, но с другого вида, с чуждым использованием кодонов
- продолжать ?
не то трезвый я слишком..
- уже не очень
= покороче тогда
он заказывает синтез этого гена с учетом использования кодонов для коли и его клонирование в экспессионный вектор коли
= один меся и одна штука баксов
- и он имеет ему нужный белок
без всякой нархрен лингвисики с контекстами
= это ин витро )
Last Edit: 21 Нояб 2014 19:10 by Олег. Reason: ацетабулярия у тебя в ризоиде
для примера (без трансляции ин витро - где все ее участники и так известны)
конкретный человек (знакомый и все на глазах) захотел получить продуцент нужного ему белка в Е.соли от известной последовательности нужного ему гена, но с другого вида, с чуждым использованием кодонов
- продолжать ?
не то трезвый я слишком..
- уже не очень
= покороче тогда
он заказывает синтез этого гена с учетом использования кодонов для коли и его клонирование в экспессионный вектор коли
= один меся и одна штука баксов
- и он имеет ему нужный белок
без всякой нархрен лингвисики с контекстами
= это ин витро )
Вполне возможно, если все кодоны были синонимами. Проверял?
Чисто методологически это вам нужно доказывать отсутствие коллинеарности прежде чем теории городить. Вы этого так и не сделали. Почему?
P.S.
А наличие коллинеарности подтверждается огромной экспериментальной базой, ссылки я уже приводил, причем анализ in vitro translation систем показал, что модель работает на любой последовательности нуклеотидов, то есть лингвистичности нет.
Мне не нужно. И так ясно. Где эта эксп. база с проверкой коллинеарностей? И не модель работает (она ложная), а код работает. Он идеален.
А где же ответ на мой вопрос об омонимах? Да не бойтесь, прикладывать не буду.
Фиксируем, Гаряев утверждает, что ему для построения теории, экспериментальная проверка не нужна. Налицо отход от научного метода. ЛВГ не наука, а религия. Поэтому и доказать вам ничего нельзя.
Это просто тупо экспериментальный факт, который хоронит вашу теорию лингвистичности.
Ссылку, плз., на этот факт.
Вы уже позабыли статью где авторы транслировали короткие ампликоны в пептиды, для диагностики мутаций ДНК масс спеком? Перестаньте слушать шумы они мешают концентрации.
...В синтезе белков случайности опасны, КАК МУТАЦИИ....
Значит это статистически возможно, ну а далее идет система выбраковки плохих белков. Так, что "волновой геном" именно в таком ракурсе и не нужен..
ps Сила дурака в том, что умный перед ним бессилен.
На пост 1760
...В синтезе белков случайности опасны, КАК МУТАЦИИ....
Значит это статистически возможно, ну а далее идет система выбраковки плохих белков. Так, что "волновой геном" именно в таком ракурсе и не нужен..
ps
Сила дурака в том, что умный перед ним бессилен.
Во...золотые слова...я правда не замахнулся на слово религия, а упоминал лвг в качестве секты нового нарпавления, но суть та же, так же как и психология сектантства налицо, начиная с слепой упрямой веры Вики, которая так же как и сам Гаряев не приемлет доводы, и заканчивая Ксардасом, который тут демонические лвг перлы выдавал, но теперь что то пропал...этакое новое направление - псевдонаучное сектантство, основанное на альтернативных ветвях псевдо-наук, лазерной экстрасенсорики, астральной генетики и астрономическо-матричной фото-голографии.
начиная с слепой упрямой веры Вики, которая так же как и сам Гаряев не приемлет доводы
Это эволюционный атавизм человечества. Когда то пещерным людям было выгодно верить, тех что не верили убивали. Вот до сих пор и расхлебываем наследство тяжелого пещерного прошлого.
Просто ласково приложу фэйсом о тэйбл. 
Налицо отход от научного метода. ЛВГ не наука, а религия. Поэтому и доказать вам ничего нельзя. 
