Двумерная Синонимо-омонимическая вырожденность кода, от которой зависит правильность синтеза белка авторам НЕВЕДОМА.
Если бы правильность синтеза белка зависела от дуплетов, то во-первых нельзя было бы закодировать 20 аминокислот, а во вторых были бы ошибки за счет более низкой специфичности. Поэтому то код и трехплетный, двухплетный не был бы жизнеспособным. Физические механизмы того, какую роль играет третье основание разобраны в статье которую вы якобы прочитали. Читайте повторно раз не разобрались.
кто кто а Владимырыч не будет опровергать эту гипотезу
Владимирович ориентируется на интересы России. Если в интересах России опровергать кибернетику модель Крика, то будет опровергать, если нет, то не будет.
Проверка как оно in vivo происходит in vitro, если мы говорим о синтезе белка.
Можно исследовать белок "из in vivo", но в этом случае надо знать как читала ( с какого места, двигалась ли рамка и т.д.) мРНК рибосома in vivo. Но как это узнать? Не всегда трансляция идет с начала транскрибированной мРНК, хотя, как правило инициирующий трансляцию кодон известен. Но так же не всегда. Чего повторяться, об этом уже шла речь.
Кароче: ошибочное мнение, что известны "правила игры рибосомы". Поэтому in vivo проверяется in vitro. Ежели Петрович прав насчет контекста, то in vitro может быть отличным от in vivo.
Если у Петровича или Олега иное мнение - всегда готова выслушать!
Владимирович ориентируется на интересы России. Если в интересах России опровергать кибернетику модель Крика, то будет опровергать, если нет, то не будет.
Ну помилуйте, причём здесь политика...
А вообще ув. РР вот пользуясь случаем хотел у Вас поинтересоваться - в США тоже основная масса психологов, психотерапевтов и психиатров не интересуется последними достижениями научной мысли в своей области ? Пишу "тоже" потому как лично я уже который год не могу встретить на постсоветском пространстве представителя этого цеха которому бы не претил интерес к указанным научным исследованиям
in vivo... Не всегда трансляция идет с начала транскрибированной мРНК
а с чего, каких мест?
Стартовый кодон трансляции AUG. Но здесь тож есть заморочки. А с чего вдруг такой вопрос?
Хайдук, сиквенирование + белок синтезирующий комплекс (in vitro) и реальные этапы синтеза (транскрипция, сплайсинг, трансляция) это не совсем одно и тоже.
А вообще ув. РР вот пользуясь случаем хотел у Вас поинтересоваться - в США тоже основная масса психологов, психотерапевтов и психиатров не интересуется последними достижениями научной мысли в своей области ?
Я понятия не имею, никогда не общался.limarodessa wrote:
Ну помилуйте, причём здесь политика...
Дело не в политике, а в состоянии ума. Защитная реакция психики не позволяет пересмотреть свои взгляды. Это практически у всех религиозных людей наблюдается, у ярых сталинистов, итд. Петрович инвестировал огромную часть жизни в эту лабуду, вы себе представляете насколько ему сложно адекватно воспринимать реальность?
Стартовый кодон трансляции AUG. Но здесь тож есть заморочки. А с чего вдруг такой вопрос?
Хайдук, сиквенирование + белок синтезирующий комплекс (in vitro) и реальные этапы синтеза (транскрипция, сплайсинг, трансляция) это не совсем одно и тоже.
потому и спрашиваю дабы выяснить в чем конкретно состоят заморочки сии? не общие слова, а в чем заключаются отличия и застуканы ли причины/факторы таких (якобы) отличий?
потому и спрашиваю дабы выяснить в чем конкретно состоят заморочки сии? не общие слова, а в чем заключаются отличия и застуканы ли причины/факторы таких (якобы) отличий?
А я не живу в городе принципиально, меня устраивает для жизни андская Патагония, вулканы, горы, реки, ущелья, плоскогорья, пумы, лисы, зайцы, птиц уйма, фламинго с попугаями прилетают, ручейки журчат...я тут уже писал о моём пожизненном лечении природой от социопатии и мизантропии...
потому и спрашиваю дабы выяснить в чем конкретно состоят заморочки
Да нет никаких заморочек, просто есть кодон, который означает старт и не траслируется, тот же кодон в середине транскрипта уже транслируется. Это тот самый случай, когда контекст как раз важен. Как следствие, контекст был обнаружен и объяснен. Вобщем это к Гаряевской неднозначности кода не имеет ни малейшего отношения.
в сезон горнолыжные спуски только открываются май-сентябрь. Это если говорить о коммерческих, а так на ледники круглый год можно приезжать кататься, но туда ещё добраться надо, так как дорог нет только по воде или на лошадях через перевалы в районе Айсена
Дело не в политике, а в состоянии ума. Защитная реакция психики не позволяет пересмотреть свои взгляды. Это практически у всех религиозных людей наблюдается, у ярых сталинистов, итд. Петрович инвестировал огромную часть жизни в эту лабуду, вы себе представляете насколько ему сложно адекватно воспринимать реальность?
Я об этом уже говорил, только тут ещё добавилось многое, помимо реакции психики о которой Вы говорите. Гаряев во первых сам прослушивает свои матрицы и по ходу много лет как и как я понял из его слов, ежедневно, заставляя слушать и членов своей семьи. Как я тут уже писал в темах - низкочастотные компоненты матриц вряд ли положительно сказываются на бинауральных ритмах и если данный эффект соединить с эффектом психотренинга и плацебо, то матрица для нейронов будет усилителем и процессы будут проходить в мозгу противоестественно, то есть нервные импульсы не регулируются в полной мере, то бишь некий сдиг всей нервной системы и интенсификация действия нейронов, отвечающих за импульсы самовнушения. Подобный дисбаланс, уже катастрофичен, плюс его бренд, в котором он черпает убеждённость в своей правоте, а так же его сподвижники, которым он вероятно и обязан, развившейся у него теомании.
В общем целый букет, и который по всей видимости не лечится, по крайней мере теми методами, о которых я осведомлён.
Да нет никаких заморочек, просто есть кодон, который означает старт и не траслируется, тот же кодон в середине транскрипта уже транслируется. Это тот самый случай, когда контекст как раз важен. Как следствие, контекст был обнаружен и объяснен. Вобщем это к Гаряевской неднозначности кода не имеет ни малейшего отношения.
Дело не в политике, а в состоянии ума. Защитная реакция психики не позволяет пересмотреть свои взгляды. Это практически у всех религиозных людей наблюдается, у ярых сталинистов, итд.
потому и спрашиваю дабы выяснить в чем конкретно состоят заморочки
Да нет никаких заморочек, просто есть кодон, который означает старт и не траслируется, тот же кодон в середине транскрипта уже транслируется. Это тот самый случай, когда контекст как раз важен. Как следствие, контекст был обнаружен и объяснен. Вобщем это к Гаряевской неднозначности кода не имеет ни малейшего отношения.
Хайдук, по -скольку РР отвечает вместо меня, то вопрос непосредственно к вам, даже два вопроса:
- вы удовлетворены ответом РР?
- далее с ним будите общаться?
The molecular details of the interactions between the ribosome and the decoding helix, in particular at the first and second codon positions, readily demonstrate how the geometric commonalities of all four Watson-Crick base pairs are the criterion for selection of the incoming tRNA. The structures also reveal how these positions of the codon are monitored more precisely (only Watson-Crick pairings are allowed) than the third position, where certain wobble pairing interactions are accepted nucleotides.
Молекулярные детали взаимодействий между рибосомой и декодируемой спирали, в частности, по первой и второй позициям кодонов, легко показать, как геометрические общие черты всех четырех пар Уотсона-Криковских оснований являются критерием выбора входящей тРНК. Структуры также показывают, каким образом эти позиции кодона контролируются более точно (разрешено только Уотсон-Криковское спаривание), чем в третьем положении, когда допускаются определенные отклонения взаимодействия при вобл спаривании нуклеотидов (в соответствии с вобл гипотезой Крика (П.Г.)).
ПГ: Из этой цитаты видно, что авторы ограничиваются туманным положением о точности кодон-антикодон спаривания по 1-й и 2-й позиции нуклеотидов в кодонах по Уотсону-Крику, а по 3-му положению нуклеотиду в кодоне ДОПУСКАЮТСЯ «определенные отклонения» в соответствии с Вобл гипотезой Крика. И это ВСЁ, что авторы знают и «понимают»! Г-н PP увидел в этой статье нечто большее по этому аспекту, вероятно, не читая её. Собственно, на этом анализ статьи можно было бы заканчивать, ограничившись ранее сделанным мной комментарием о том, что авторы распространяют свои суждения на ВСЕ кодоны, что является грубой ошибкой. Для кодонов синонимов их рассуждения верны, но это не распространяется на другую половину кодонов НЕ синонимов (омонимов). Именно эти «определенные отклонения» и являются предметом пересмотра модели кода в направлении констатации второго (омонимического) вектора вырожденности кода, дополняющего синонимическую вырожденность. А это стратегически меняет наше понимание реальной работы белок синтезирующей системы.
Like tRNA selection, the decoding process is highly accurate with premature termination (whereby release factors recognize sense codons) having an error frequency of 1 in 105 in vivo (Jorgensen et al., 1993). The recognition of the stop codons by release factors is distinct from that of sense codons by tRNAs, as Watson-Crick RNA-RNA base pairing interactions cannot be utilized. Instead, RNA-protein interactions are central to the “decoding” process
Подобно отбору tРНК, процесс декодирования является очень точным с досрочным прекращением (биосинтеза П.Г.) (в результате чего факторы высвобождения связаны с фактором чувствительности кодонов), имеющий частоту ошибок 1 в 105 в естественных условиях (Jorgensen и др., 1993). Признание стоп-кодонов факторами высвобождения отличается от чувствительности кодонов к tРНК, поскольку Уотсон-Криковское РНК-РНК взаимодействия при спаривании оснований не могут быть использованы. Вместо этого, РНК-белковые взаимодействия занимают центральное место в процессе "декодирования".
П.Г.: Это новое, но недостаточно раскрытое, положение о роли РНК-белковых взаимодействий при синтезе белков, косвенно показывающее, что рибосома – не просто сложный рибонуклеопротеид, оперирующий на основе физико-химии кодон-антикодоновых водородных связей в рамках РНК-РНК взаимодействий, но включающий в работу около 200 белков рибосомы. Т.е. её можно рассматривать как нанобиокомпьютер с системой распознавания кодоновых текстов информационной РНК.
Among the questions that need to be addressed next are how perturbations in the adjacent P-site and the more distant E-site of the small ribosome subunit can alter A-site behavior so dramatically. More generally, how is ribosome function impacted by long-range signaling? A number of studies in recent years have highlighted the existence of extended signaling networks within the ribosome that allow for communication between the interior and the exterior of the ribonucleoprotein complex. For example, the growing polypeptide chain, positioned within the exit tunnel, appears to communicate with the peptidyl transfer center to control catalysis and with the exterior of the ribosome to control external factor interactions (reviewed in Tenson and Ehrenberg, 2002). The molecular triggers of such events, the paths of signal transduction, and the long-range effects on structure and function all remain to be determined. These questions are directly related to those previously posed for tRNA and release factor selection in the A-site for which we now have considerable molecular understanding of the initiating events in the ribosome functional centers for decoding and peptidyl transfer. There now remains much to learn about signaling throughout the ribosome and the resulting downstream consequences for translation fidelity.
Среди вопросов, которые необходимо решить в последующем, имеется такой - как возмущения в соседнем P-сайте и более отдаленном E-сайте малого рибосомы субъединицы могут изменить поведение А-сайта так резко. И в целом - как реализуется эта рибосомная функция влияния сигналов на большие расстояния? Ряд исследований последних лет выявили существование дальних сигнальных сетей в рибосоме, которые позволяют быть сигнально связанными внутренние и внешние части рибонуклеопротеинового комплекса. Например, связь растущей полипептидной цепи, расположенной внутри выходного туннеля, с передаточным пептидил центром для контроля и катализа, реализуемого внешней частью рибосомы, чтобы контролировать внешние воздействующие факторы. Молекулярные триггеры таких событий, пути передачи сигнала, а также долговременные последствия на структуру и функцию (рибосомы П.Г.) все еще предстоит определить. Эти вопросы напрямую связаны с ранее позиционированным для тРНК выбором рилизинг фактора в А-сайте, для которого у нас теперь есть значительное молекулярное понимание исходных событий в рибосомных функциональных центрах декодирования и пептидилового транспорта. Сейчас остается многое узнать о сигнализации по всей рибосомы и, в результате, ниже по течению (иРНК, П.Г.) последствия для точной трансляции (иРНК в белок. П.Г.).
П.Г.: Здесь даётся совпадающая с нашей фундаментальная идея о дальних информационных (сигнальных) взаимодействиях в сложном 3-мерном пространстве иРНК-рибосомного комплекса. А,P,E-сайты рибосомного нуклеопротеида и информационная РНК обмениваются некими не материальными сигналами, чтобы координировать свою работу. Наши статьи середины 90-х хорошо соответствуют этой идее. Напомню, что в них мы с помощью мат. моделирования показали, что «читающие» Син-Гордоновские солитонные вращательные колебания нуклеотидов РНК и одиночных цепей ДНК несут в себе информацию о последовательностях РНК и ДНК. «Чтение» такими солитонами последовательностей tРНК и Информационной РНК становится в таком случае решающим фактором «понимания» рибосомой-биокомпьютером контекстов информационной РНК и принятием «решения» им о придании той или иной семантики омонимическим кодонам информационной РНК.
Неужели? Тоесть белок никогда не выделяют из in vivo и не сиквенируют?
Да нет никаких заморочек, ]просто есть кодон, который означает старт и не траслируется,(с какого перепугу)[/color] тот же кодон в середине транскрипта уже транслируется. Это тот самый случай, когда контекст как раз важен. Как следствие, контекст был обнаружен и объяснен. Вобщем это к Гаряевской неднозначности кода не имеет ни малейшего отношения.
в своих словах уверены на 100 ?
ранее вами напрочь отрицался любой контекст в мРНК
про какие еще нибудь другие контексты в мРНК и вне ее при декодирование представление имеете ?
\Thus, although the tRNA plays an active role in signal transmission between the decoding and GTPase centers, other regulators of signaling must be involved\
Хайдук, по -скольку РР отвечает вместо меня, то вопрос непосредственно к вам, даже два вопроса:
- вы удовлетворены ответом РР?
- далее с ним будите общаться?
Вика вы видимо не вполне осознаете где находитесь. Тут форум. Люди свободно комментируют и отвечают на посты других юзеров. Для приватного общения существует личка.
