ППГ написал(а):Это надо записать!

ППГ написал(а):Ну так это ВЫРОЖДЕННОСТЬ кода, а не НЕОДНОЗНАЧНОСТЬ. В школе этому учат.
Есть несколько триплетов которые кодируют одну и ту же аминокислоту. Это в ваших терминах синонимия (а в общепринятых терминах - вырожденность).
А неоднозначности нет (в ваших: терминах омонимии не существует). Неоднозначность была бы, если бы одна и та же тройка нуклеотидов кодировала две разные аминокислоты. Но нет такого. Попробуйте опровергнуть - приведите пример, когда одна тройка нуклеотидов кодирует две разных аминокислоты.

Хайдук написал(а):Атаковать ППГ - это на свежачка и на любителя. Да и довольно неспортивно (грешен - каюсь)...

чайник555 написал(а):Но других спарринг-партнеров нет, поэтому на безрыбье и рак - рыба

mittelspiel написал(а):То бишь сама по себе тройка кодировала бы две разных аминокислоты, если бы не пришло на помощь якобы контекстное считывание всей цепи иРНК

Отредактировано Хайдук (2010-01-07 19:24:21)

mittelspiel написал(а):Ну или: и помидор - груша...

Хайдук написал(а):На самом деле нельзя отрицать в этом гипотетическом случае и божественной воли Создателя !!! Он хоть и занят, но за такими случаями следит и, конечно же, направляет ход реакции в богоугодном (я бы даже сказал - кошерном) направлении...

Петрович. Плохи дела. На молбиоле на Огрызко батон крошат. Говорят авторитетный физик из Германии возмущается. Там выдержка из его переписки с VVolkov размещена.

Отредактировано limarodessa (2010-01-07 19:32:46)

PauLita написал(а):ПГ: Но только в контексте...

ППГ написал(а):А по моему в любом контексте - ДУБЛЕНЫЙ он и есть дубленый.

Хайдук написал(а):ППГ: Браво! Это уже прорыв в понимании! Вот именно, КОДИРОВАЛА БЫ... Существенный коммент.

ППГ написал(а):Петр Петрович, вообще получается, что ваш волновой геном добалял бы неоднозначность и делал бы организм нежизнеспособным. Смотрите:

Пусть у нас есть последовательность нуклеотидов XYZ XYZ ZXY ZZX XXZ XXX. Каждый триплет что-то значит. Эта последовательность кодирует 6 аминокислот, что-то вот такое: ASCFER. Теперь изменим первый нуклеотид: XYZ XYZ ZXY ZZX XXZ XXX. В рамках сегодняшних представлений генетики, от этого изменится только первая в последовательности аминокислот: ASCFER.

Теперь предположим, что у нас действовали бы ваши волновые правила, то есть каждая аминокислота зависит от каждого нуклеотида. Получается, что изменив всего один нуклеотид, мы повредим не только код первой аминокислоты, но и код остальных аминокислот тоже. То есть волновые правила делали бы геном менее стабильным. А заметьте, мутации единичных нуклеотидов очень часто случаются, например если вы перезагорали на пляже. В случае обычных правил которые действуют в генетике, это может вести к ошибке считывания всего одного триплета - это не страшно для организма. В случае же вашего волнового генома одна единственная случайная мутация была бы летальной.

Отредактировано mittelspiel (2010-01-07 20:25:40)

mittelspiel написал(а):Сильный удар, почти нокаут

Отредактировано Хайдук (2010-01-07 20:27:15)

Хайдук написал(а):Поскольку *******, то соперник удара даже не заметит...

Извините, отредактировал. Quantrinas

Спор глухих со слепыми ...Первое... пройдемся по комбинаторике количество клеток в организме и количество аминокислот кодируемых в каждой клетке явно больше того множетсва который предполагается извлечь из одной и той же ДНК... второе... почему то за скобками остался мехнизм реализации этой выборки ... , что напоминает дискуссию о работу программы о распаковки информации на компьютере ... рассматривается только исходный текст или сжатый ... а модуль по которому работат архиватор исключен из дискуссии ... ППГ разбирает именно эту часть ...

Отредактировано mishabara (2010-01-07 21:20:31)

mishabara написал(а):Уважаемый Миша ! Поскольку, как я понял, Вам близки к сердцу принципы работы программы-архиватор, попробую поговорить на Вашем эзоповом языке. Так вот, у всего научного мира (да и у природы-матушки) нет никаких претензий к программе-архиватору - белок синтезируется, организмы живут (и Вы живы, и я жив, и лягушка-квакушка в дебрях Амазонки живёт и как-то даже поквакивает). Но не спится пытливому умом Петру Петровичу - природа в опасности! Бывают по его мнению такие строки в архивах, на которых программа-архиватор замирает и слегка охреневает... Этих строк немного, ну скажем 0,01 %. И вот тогда, якобы, по мнению уважаемого акадэмига, программа-архиватор должна прочитать заново весь архив и по стилю письма должна отличить Александра Сергеевича от, скажем, Льва Николаевича. И ежели это след пера Александра Сергеевича, то следует - я помню чудное мгновение передо мной явилась ты...
Ну а если Лев Николавевич, то - каждая семья счастлива одинаково и несчастна по-своему...
Вот такое видение посетило неокрепший разум бывшего студента Пермского Госуниверситета и свербит его темечко до сих пор, а мы этот бред мусолим (с Вашей помощью) уже который раз....

чайник555 написал(а):А, между прочим, это - весьма серьезная проблема, над которой бьются разработчики алгоритмов машинного перевода с одного языка на другой

quantrinas.bbhit.ru/viewtopic.php?id=473 Автоматизированный и машинный перевод ( лингвистика )

Отредактировано limarodessa (2010-01-07 22:17:43)

limarodessa написал(а):А между прочим, к живой природе это вааще не относится...

На опус 856 Вы согласны, что число возможных переборов при извлечение ИНФОРМАЦИИ из ДНК явно недостаточно для того что бы ОДНА И ТА ЖЕ ДНК обслуживала весь организм ... в этом случае нужно вводить дополнительные алгоритмы для подобного извлечения информации из оной .... именно на это и намекает биолог достаточно значимый в Вашей сфере интересов .... Ранее приводились цитаты из работы Л.П. Овчиникова из работы «Что и как закодировано в мРНК» о непонятных прыжках рибосомы при декодировании с одного глицинового кодона GGA, находящегося перед терминирующим кодоном UAG, на другой глициновый кодон GGA, который отстоит от первого на 50 нуклеотидов ... и притензий к нему у Вас не возникало ... ППГ предлагает обьяснения почему это происходит и предлагает алгоритм могущий реализовать это ... но Вы почемуто ЭТОГО не замечаете ...

чайник555 написал(а):Ну да. Только может поведаете как человек перевод осуществляет и почему до сих пор машинной аналогии разработать не могут ?

mishabara написал(а):Я постоянно замечаю, что мы обсуждаем цитаты, вырванные из контекста. А также регалии цитируемых товарищей... И знаю также, что проблема двойственности/двоякости выбора аминокислот при синтезе беспокоит только некоего акадэмига. По этому акадэмигу у меня мнение сложилось (во всяком случае - о его научной потенции). Из этого я делаю вывод, что дело выеденного яйца не стоит...
Можно, конечно, внимательно в этом разобраться некоторым колллективом и сделать заранее известные выводы, т.е. опровергнуть измышления упомянутого акадэмига. Но есть ли в этом смысл ? И кто хочет потратить 2 человекогода на это ? Да даже 2 человекомесяца ? Я - нет ! Я даже не хочу это оплачивать, т.е. не считаю нужным заставить кого-то за деньги сделать этот анализ. А Вы готовы оплатить эту работу ? Или Вы только языком способны болтать ?

limarodessa написал(а):Как человек делает перевод - проанализируйте свой мозг, своё мышление (если у Вас есть способности). Почему машинной аналогии разработать не могут - значит эта проблема не стоит тех ресурсов, которые на неё отпускаются и затрачиваются.

mishabara написал(а):Ваше первое предложение противоречит второму. Если как вы говорите число возможных переборов при извлечении информации из ДНК явно недостаточно для того, чтобы одна и та же ДНК обслуживала весь организм, то никакой алгоритм чтения и интерпретации этой информации не поможет.

Попутно хочу заметить, что ДНК, обслуживающая весь организм, таки одна (ДНК во всех клетках организма идентична).

Что касается вашего утверждения о том, что число возможных переборов при извлечении информации из ДНК явно недостаточно для того, чтобы одна и та же ДНК обслуживала весь организм, то я с этим утверждением согласен. С точки зрения современной генетики, последовательность ДНК не содержит полную информацию об организме. Это ваше утверждение кстати объясняет почему следующий уровень информации (эпигенетический, который дополняет код ДНК), реализован ни в каком не в волновом геноме ДНК, а во вполне осязаемом гистоновом коде, который не связан с молекулой ДНК, а связан с молекулами белков. vivovoco.rsl.ru/VV/JOURNAL/VRAN/DNA/DNA.HTM#scnd

Отредактировано mittelspiel (2010-01-07 23:56:54)

limarodessa написал(а):Броские, гламурные идеи желательно не только любить, но и доводить до конца, успешного или не очень, а то жизнь коротка

На опус 863 В первые в дискуссии проявилась научная направленность ... как раз то обстоятельство что ДНК так же как и РНК по своему строению закручиваются в спирали, и в дальнейшем в еще более (правда пологую) приобретая вид некой большой пружины .... натыкает нас на мысль что электромагнитная составляющая играет значительную роль в управление и организации формы сосуществования солитона (облака зарядов) на поверхности ... то есть управляет комбинациями различных модификаций гистоновых хвостов важных для поддержания активного или неактивного состояния генов.... что вписывается в указанное Вами видение всей проблемы... и нисколько не противореча взглядам и идеям ППГ

Отредактировано mishabara (2010-01-07 23:07:02)

чайник555 написал(а):Ах да. Всего то и только. Зелен виноград.

mittelspiel написал(а):+1

Хайдук написал(а):Ну если глупость называть нокаутом... Уже говорил и приводил пример - не всякое изменение буквы в слове делает новое слово. Возможно возникновение бессмысленности. Но даже если новое слово после замены буквы получилось, то это вовсе не означает обязательное изменение смысла предложения, фразы.
И вообще мы рассматриваем обратную ситуацию - навязывание контекстом той или иной буквы омонимам типа коЛ-коД. А если речь о мутациях на уровне иРНК, что часто случается, то это и есть возможность закачать в организм новые (пробные) белки, отбор которых позволит выбрать адаптационно выгодные. Об этом тоже говорил. И что это работает при отборе иммуноглобулинов (графики Ву-Кэбота) тоже упоминал. Но оппоненты в силу своей интел-специфики не читают мои ответы, а если и читают, то по принципу смотрю в книгу- вижу фигу.

чайник555 написал(а):Попытка выдать шорох орехов за орехи.

У господ оппонентов плохо с логикой и методами ведения научной дискуссии. Набор двурушничества у них, а их всего-то трое (расстрельная тройка совкового трибунала), налицо. Это - а)искажение наших идей, б)подсовывание того, что не утверждали, с последующим осуждением этого фантома, в)привлечение придуманного компромата. Нет, господа, жидковато... Как было жидковато в molbiol.ru. так и осталось. Наши теор. модели вы не хотите и не можете понять. Перейти на ваш любимый приём - на мат, вам не дают. Поэтому остаётся только бессмысленно долдонить одно и то же - нет никакой омонимии в белковом коде! Там все однозначно! Для вас это халва. Но от повторения этого слова во рту слаще не станет. Убеждать эту тройку оппонентов не входит в мои задачи. Наоборот, задача сей расстрельной тройки блестяще выполнена. Они в полной красе продемонстрировали свою научную и иную убогость. И тем самым помогли мне убедить народ в нашей правоте. Но главные доказательства впереди, и они страшные, и уже сейчас накапливаются. Говорил много раз и не устану повторять - непонимание двукратной синонимо-омонимической вырожденности кода и его реальной, а не метафорической, лингвистичности ведет к пищевой катастрофе человечества. Это проклятие геномодифицированных ингридиентов в продуктах питания. Посмотрите в ГУГЛЕ уже множество доказательств. Наберите слова ГМ продукты, опасность и вы увидите это. Вот, например, подборка forum.neolink.ru/index.php?t=msg&goto=38...d2e6b40e6f#msg_38815
Причины опасности ГМ пищи уже объяснял. Недавно лично разговаривал с д.б.н. Ермаковой, получившей у нас в Росиии одни из самых веских доказательств чудовищной роли ГМ. Выступали вместе на одном из элитных сборищ. Объясняли - все кивают..., качают головами... НО ДЕНЬГИ РУЛЯТ...
А причина-то вреда, уж говорил тут, - хаос в синтез белков мы вносим, если вводим чужеродные гены в организм-реципиент. Этот организм получает весь букет несанкционированных лингвистико-волновых команд. Это и есть реальный эпигенез, а не придуманный гистоновый и пр., только ИСКАЖЕННЫЙ. В результате - синтез аномальных белков, часть из которых будет вредна, особенно, если это фементы с искаженной функцией или аллергены. А народ молчит и кушает... Вот это будет доказательство, так доказательство, очень дорогое доказательство.