TOPIC: Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:03 #631
ППГ написал(а):
Хорошо, приношу.
Хорошо, я постараюсь исключить слишком личные претензии в Ваш адрес со стороны оппонентов.
ППГ написал(а):
Но при условии, что они признают - подавлять научное инакомыслие нужно не силовым путем, но научными доказательствами, подтверждающими заблуждения субъектов гонений.
Для этого дискуссия должна вестись в научном поле, на страницах научных журналов, Вы же вынесли на страницы публичных (если не сказать жёлтых) газет и телевидения. Вернитесь в научное поле и никто не будет бороться с Вами вненаучными методами.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:06 #632
limarodessa написал(а):
А каким образом еще Природа смогла бы реализовать такую возможность ? То что сознание связано с ДНК я предполагаю на том основании что именно и ТОЛЬКО посредством ДНК как я изложил выше может быть реализована зависимость психики различных субъектов. А именно это постулируют Пенфилд и Экклз. Кроме того только так может быть объяснен феномен синхронии.
я так понимаю, что вы строите следующую цепочку предположений (недоказанных):
(1. Гипотеза о том, что эффект синхронии существует систематически) -- (2. Гипотеза о том, что если эффект синхронии существует, то он объясняется некой квантовой сцепленнстью) --(3. Гипотеза о том, что если эффект синхронии существует и объясняется квантовой сцепленностью, то квантовая сцепленность осуществляется каким-то образом именно через ДНК, а не через РНК, не через белки, не через мембраны и не через сеть нейронов) --(4. Гипотеза о том, что если квантовая сцепленность, предположенная выше, осуществляется именно через ДНК, то она осуществляется именно в процессе репликации ДНК).
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:09 #633
mittelspiel написал(а):
В текстах Пенфилда и Экклза приведенных вами ниже ничего про ДНК не говорится. Я пока что из вашего рассказа не понимаю какое отношение имеет ДНК к мышлению.
Возможная роль объектов микромира в детерминации психических процессов дискутируется не одним поколением физиков:
Э. Шредингер
В. Паули
Вигнер
Д. Бом
М. Б. Менский
Д. Цее
Стапп
Уолкер
Р. Пенроуз
Как я уже упоминал электронных облаков в ДНК - хоть отбавляй.
Я посмел подвести НЕКОТОРУЮ теоретическую базу под идеи Пенфилда и Экклза используя ДНК
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:10 #634
PauLita написал(а):
А как Вы смотрите на выпады, неоднократно подтвержденные многократно неопубликованными экспериментами?
Все личные выпады недопустимы.
Конечно, тут есть определенные вольности, которые вполне можно пережить.
Но если Администрация решит, что дискуссия вырождается в А ты кто такой, соответствующие посты будут отсюда перемещаться.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:11 #635
mittelspiel написал(а):
я так понимаю, что вы строите следующую цепочку предположений (недоказанных):
(1. Гипотеза о том, что эффект синхронии существует систематически) -- (2. Гипотеза о том, что если эффект синхронии существует, то он объясняется некой квантовой сцепленнстью) --(3. Гипотеза о том, что если эффект синхронии существует и объясняется квантовой сцепленностью, то квантовая сцепленность осуществляется каким-то образом именно через ДНК, а не через РНК, не через белки, не через мембраны и не через сеть нейронов) --(4. Гипотеза о том, что если квантовая сцепленность, предположенная выше, осуществляется именно через ДНК, то она осуществляется именно в процессе репликации ДНК).
Я правильно воспроизвел вашу цепь рассуждений?
Угу
Кроме пункта 1. Это не я, а - Юнг
Пункт 2. Почему некоей ? Нарушение неравенств Белла подтверждено экспериментально.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:12 #636
limarodessa написал(а):
Да. А Вы что то имеете против авторитета лауреата Нобелевской премии по физике Вольфанга Паули ?
Я предпочитаю ссылаться на факты а не на гипотезы.
Я каждый день тестирую и отбраковываю по несколко десятков гипотез.
Если бы мне платили за каждую гипотезу, я был бы миллионером
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:15 #638
limarodessa написал(а):
Угу
Ну в принципе понятно. Рассуждения как рассуждения. Для психологического факультета вероятно все в порядке.
А вот скажем для теологического факультета я бы предложил более простое объяснение синхронии: у человека есть душа, и души естественно могут взаимодействовать друг с другом на расстоянии.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:20 #640
mittelspiel написал(а):
Ну в принципе понятно. Рассуждения как рассуждения. Для психологического факультета вероятно все в порядке.
А вот скажем для теологического факультета я бы предложил более простое объяснение синхронии: у человека есть душа, и души естественно могут взаимодействовать друг с другом на расстоянии
Спасибо что ...все в порядке... Делаю вид что не улавливаю Вашей иронии
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:23 #641
limarodessa написал(а):
Спасибо что ...все в порядке... Делаю вид что не улавливаю Вашей иронии
Да это абсолютно без иронии. Я просто раньше думал что у вас факультет какой-то или физический или биологический. Там бы такое не прошло. А для психологического факультета нормальная работа, междисциплинарная и довольно сильная, вероятно.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:38 #642
Quantrinas написал(а):
Для этого дискуссия должна вестись в научном поле, на страницах научных журналов, Вы же вынесли на страницы публичных (если не сказать жёлтых) газет и телевидения. Вернитесь в научное поле и никто не будет бороться с Вами вненаучными методами
Это публичное поле предложил никто иной как Кругляков, чему я и удивился в ответе...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:40 #643
Однако к теме. Даю более-менее расширенный вариант. Потом могу сократить. Поясняю для тех, кто невнимателен к классическим постулатам Криковской модели генетического кода и о её неполноте. Не подсчитывал, но делаю это едва ли в 10-й или 20-й раз. Не думаю, что это объясняется тупостью вопрошающих... Но тогда чем? Они в параллельных вселенных? У них другие законы логики? Генетический код - это же не показания прибора, которые воспринимаются субъективно. Или мы снова будем обсуждать роль соллиптического сознания или о его эвереттовских вывертов? Если так, то дело плохо... Но, повторяю, таблица стандартного генетического кода в рамках модели Ф.Крика - объективная реальность, данная нам в зрительных ощущениях, а также и в сфере логических построений. Последнее особенно важно.
Извините, сделаю лирико-научное отступление, как пришел к иным идеям относительно кода. Понимание движущих мной сил в науке будет неправильным вне контекста моей работы. Поэтому несколько слов в этом плане. Студентом каф. мол. биологии биофака МГУ, затем аспирантом там же, не раз и не два взирал на таблицу кода, будучи, как и все биологи, не боюсь этого слова, зазомбированным её четкостью и видимой простотой, особенно, в ореоле Нобель-Криковского авторитета. Но вот однажды, не зная про первые испуганные сомнения У.Лагерквиста, увидел (хотя, многие видят) и осознал (а это не у всех) - да ведь воблирование 5'-нуклеотида в антикодоне создаёт ситуацию НЕОПРЕДЕЛЁННОСТИ выбора аминокислоты или СТОПа! Как говорят на Западе, это был инсайт, а по нашему - озарение... А раз неопределенность, то ошибки в кодировании (шифровании) аминокислотной последовательности НЕИЗБЕЖНЫ!? Да не может быть, чтобы Ф.Крик этого не заметил!!! Или я ... того...? Осторожно с друзьями, с генетиками начал говорить на эту тему. Реакция стандартная, как тут, типа - Петя, ты это... не выспался или с бодуна? И начинают мне втолковывать про вырожденность, про кодоны-синонимы, про изоакцепторные тРНК, что код не ошибается, что это проверено-перепроверено, что Крик - нобелиат... Иногда, правда, безответно сморщивали репу, когда прямо спрашивал - а разрешенный Ф.Криком и Природой вобляж 5'-нуклеотида в антикодоне имеет место для всех кодонов или только для синонимов?
Ведь в Вобл гипотезе Крика это как-то обходится бочком. Понятно, что никто ничего внятно мне объяснить не мог. Вообще в те времена – середина 60-х прошлого века, царила эйфория по Уотсону-Крику. Всё на подъёме. Ура!!! Портрет Лысенко, гонителя Вейсманистско-Морганистской генетики, помню, в биофаковском туалете привязали цепью к бачку унитаза. Какие там сомнения в Ф.Крике, кода крик (пардон за игру слов) стоял по всей мол. биологии относительно её выдающихся кодовых успехов. И меня-то призвали именно в эту, ДНК-РНК-рибосомную, область знания с биофака Пермского Гос. Университета с 3-го курса на 3-й курс биофака МГУ, как подающего надежды студента (вместе с десятком таких же, подающих надежды). И диплом делал по физико-химии рибосом. Это была Хрущёвская идея ликвидировать разрыв в уровне мол. биологии на Западе и у Нас, собравши на биофаке МГУ толковых ребят со всей страны. А я тут буду выёживаться насчет недомолвок о коде самого Ф.Крика, давшего эту свою знаменитую модель-икону кода! Словом, сидел молча. Защитил кандидатскую по структуре и физ. химии одного их сложных, высокоорганизованных фаговых белков. Но мысль-то о коде не ушла. И только в 1997г.(!) решился высказать свои соображения во 2-й к тому времени своей монографии «Волновой генетический код». Так что непросто все это было, да и сейчас остается. Вот и вопросы ваши, на которые отвечал уже в разных вариантах. И еще раз отвечу. Пока не поймем. Только повторю, даю это не только и не столько для тутошних вопрошающих, числом малых и, в основном, засланных из molbiol.ru. Им бесполезно. Опровергнуть меня не могут и, компенсирую это, переходят на ложь и оскорбления. Да и цель у них – отнюдь не научная правда. Разъясняю это для молодых биологов, устойчивых к дезинформации.
Давайте конкретно будем говорить. О синонимической вырожденности кода, которая сразу видна. Именно там изоакцепторные тРНК, они обеспечивают избыточность и точность ген. информации – все это давно ясно и исследовано вдоль и поперек. Это 32 синонимичных кодонов из 64. Тут, как бы вы не заменяли 5’- нуклеотид в антикодоне на любые из четырёх, ничего не меняется в кодировании аминокислот – ТЦ семейство кодирует Сер, АЦ – Три, ЦЦ – Про, ГЦ –Ала, ЦГ – Арг, ГГ – Гли, ЦТ – Лей, ГТ – Вал, как бы вы не меняли 5’- нуклеотид в антикодоне - то ли на А, то ли на Т, то ли на Г, то ли на Ц. Тут все ясно – вот она СИНОНИМИЯ кодонов.
Но теперь возьмем семейства другой половины из 32 кодонов, коим и названия-то определенного не было, а мы назвали их семейством ОМОНИМИЧЕСКИХ кодонов. И это вторичная вырожденность кода. Почему?
Вот почему:
в 1966 году Ф.Крик своей изощренной (ingenious)
гипотезой [Crick, 1966]. В этой классической работе Крик предположил, точ-
нее, констатировал, что нуклеотид в 5’- позиции антикодона занимает «вобли-
рующую» (от англ. wobble – качание) позицию и может фактически взаимодей-
ствовать с 3’-позицией кодона без соблюдения правил классического, термо-
динамически выгодного, спаривания оснований2. Далее Лагерквист приводит
примеры таких «неправильных» спариваний оснований, подтвержденных экс-
периментально на бесклеточных рибосомальных системах, а также примеры
таких спариваний, которые запрещены даже Вобл гипотезой. Основываясь на
этих работах, он задает естественный и сакраментальный вопрос: приложи-
мо ли это аномальное поведение (при спаривании 3’-5’ нуклеотидов в кодон-
антикодоновых парах) к синтезу белков in vivo? Очевидный ответ, что правила
Вобл гипотезы должны работать во всех ситуациях, в которых участвуют Вобл
позиции, а это автоматически ведет к ошибкам в синтезе белка. Например, для
аминокислот Phe/Leu кодоновая группа (UUU, UUC,UUA и UUG) на антикодоне
с ‘G’ в Вобл позиции не может узнать кодоны UUA и UUG, что ведет к ошибке и
введению в синтезируемый белок Phe вместо Leu.
+++++++++
Лагерквист разместил коды аминокислот триплетами нуклеотидов (кодонами) в форме составных групп из 4-х кодонов, которые имеют общие первые два нуклеотида, а третий (3’) взаимодействует по водородным связям с
первым (5’) нуклеотидом антикодона и при этом он, 5’ нуклеотид антикодона, «воблирует», т.е. de facto случаен. Если быть точнее, то 3’ кодоновый нуклеотид не участвует в кодировке аминокислот, хотя и детерминирован хромосомной ДНК. Если абстрагироваться от реальности, 3’ может быть любым из четырех возможных нуклеотидов, но только для данного кодируемого белка. Но
поскольку данная последовательность ДНК может кодировать и другие белки (сдвиг рамки считывания), то кодоновый нуклеотидный волюнтаризм для ДНК
исключен. Когда все четыре кодона распределены по сходным аминокислотам,
тогда эти четверки образуют кодоновые семейства. Но в таком распределении
по сходным аминокислотам имеется нюанс: одни и те же аминокислоты попадают в разные семейства. Например, Leu (лейцин) попадает в два семейства
(если семейства определять не по аминокислотам, а по первым двум нуклеотидам в кодоне) – в семейства UU и СU. Аминокислота Ser (серин) попадает в
семейства UC и AG. Аминокислота Arg (аргинин) попадает в семейства CG и AG.
Однако есть и достоинство такой классификации семейств кодонов: отчетливо видна противоречивость модели триплетного кодирования аминокислот в
первичной структуре белка. Это кодирование в действительности дублетное,
но никак не триплетное. Лагерквист пишет: «... в условиях белкового синтеза
in vitro кодон может быть «прочитан» тРНК путем узнавания только первых
двух его нуклеотидов, а нуклеотид в третьей позиции кодона игнорируется».
Он констатировал, в общем-то, очевидный для всех принцип кодонового прочтения как «два из трех», но до Лагеквиста никто не акцентировал внимания
на этом немаловажном факте. И напрасно. Если дело обстоит именно так, то
белок-синтезирующая система имеет источник потенциальных ошибок при совместном использовании рибосомой и тРНК правила «два из трех» для чтения
кодонов иРНК антикодонами тРНК.
+++++++++++++
Лагерквист пишет: «... в условиях белкового синтеза
in vitro кодон может быть «прочитан» тРНК путем узнавания только первых
двух его нуклеотидов, а нуклеотид в третьей позиции кодона игнорируется».
Он констатировал, в общем-то, очевидный для всех принцип кодонового прочтения как «два из трех», но до Лагеквиста никто не акцентировал внимания
на этом немаловажном факте. И напрасно. Если дело обстоит именно так, то
белок-синтезирующая система имеет источник потенциальных ошибок при совместном использовании рибосомой и тРНК правила «два из трех» для чтения
кодонов иРНК антикодонами тРНК. Одна и та же аминокислота может кодироваться четверками кодоновых семейств. Например, четверка CU-семейства кодирует лейцин. Четверка GU-семейства кодирует валин,
UC – серин, CC – пролин, AC – триптофан, GC – аланин, CG –аргинин, GG – гли-
цин. Это лежащий на поверхности, и сразу замеченный, факт вырожденности,
т.е. информационной избыточности кода. Если взять взаймы понятия и термины лингвистики для белкового кода, что давно, повсеместно и с легкостью
принято, то вырожденность кода можно понимать как синонимию. Это также единогласно принято. Иначе говоря, один и тот же объект, например, аминокислота, имеет несколько шифров — кодонов. Синонимия не таит в себе никаких опасностей для точности биосинтеза белков. Наоборот, такая избыточность хороша, поскольку повышает надежность работы трансляционной рибосомной «машины».
++++++++++++++
Однако видно и другое, фундаментальное, генолингвистическое
явление, как бы не замечаемое или игнорируемое. Это явление обнаруживается в том, что в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их
значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные
аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует
фенилаланин и лейцин, AU – изолейцин и метионин, UA – тирозин, Och и Amb
стоп-кодоны, CA – гистидин и глицин, AA – аспарагин и лизин, GA – аспарагиновую и глутаминовую, UG – цистеин, триптофан и Umb стоп-кодон, AG – серин и аргинин. Продолжая лингвистические аналогии, назовем это явление ОМОНИМИЕЙ первых двух кодирующих нуклеотидов в половине кодоновых семейств.
В отличие от синонимии, омонимия потенциально опасна, что и отметил Лагерквист, хотя и не ввел термин-понятие «омонимии» в применении к белковому коду. Такая ситуация, вроде бы, действительно должна вести к неоднозначности кодирования аминокислот и стоп-сигналов: один и тот же кодоновый
дублет, в пределах половины кодоновых семейств, кодирует
две разных аминокислоты или является «разностоповым».
Это выражает тот непреложный и не замечаемый (игнорируемый)
факт наличия второго, омонимичного, многозначного измерения триплетного
кода. Код знаково синонимо-омонимичен. И это фундаментальное явление.
+++++++++++++++++
Если же автоматически следовать таблице (модели) генетического кода, тогда зло становится не мнимым, но реальным. И тогда очевидно, что омонимический вектор кода
ведет к ошибкам в синтезе белков, поскольку рибосомный белоксинтезирующий аппарат, каждый раз встречаясь с тем или иным омонимичным дублетом и руководствуясь правилом чтения «два из трех», должен выбрать одну и
только одну аминокислоту из двух различных, но кодируемых неоднозначно тождественными дублетами-омонимами. А также принять решение (в случае UA-семейства) – остановить синтез пептидной цепи (выбрать стоп кодон) или
включить в ее состав тирозин. Если выбор неправильный (а как правильно выбрать, таблица кода нам не сообщает), это приведет к ошибкам в синтезе белков. Потенциально опасная омонимия, ведущая к неправильному «прочтению»
кодона антикодоном, следует из случайности (не знаковости) бытия 5’-нуклеотида антикодона, связывающегося с 3’- кодоном в омонимичных кодонах. Такую случайность многие оспаривают, апеллируя к Криковским Вобл-правилам кодон-антикодонового спаривания. Поставим точки над i.
Ф.Крик пытался снять странности неканонического поведения пары 3’-5’ с помощью т.н. Вобл–гипотезы» [Crick, 1966]. Она вводит понятие неоднозначного соответствия кодонов аминокислотам в ген-кодируемых белках и говорит о возможности не канонического и случайного спаривания 5’ нуклеотида
антикодона транспортной РНК (тРНК) с 3’ нуклеотидом кодона информационной РНК (иРНК) при ее трансляции в белок. Проще говоря, при биосинтезе белков иногда реализуется возможность нестрогого соответствия кодон-антикодоновых нуклеотидов в этом положении. Это значит, что образуются
неканонические пары оснований3, не отличающиеся существенно по геометри-ческим параметрам (Гуанин-Уридин и др). Кроме того, из Вобл-гипотезы, да и просто из общей Криковской схемы (модели) кода, автоматически следует, что в кодонах (триплетах) генов только первые два нуклеотида (дублет) кодируют
последовательности аминокислот в белковых цепях. 3’- кодоновые нуклеотиды не участвуют в кодировке аминокислотных последовательностей в белках.
Эти 3’- нуклеотиды, хотя и детерминированы жестко молекулой ДНК, но допускают произвольные, случайные, не канонические спаривания с 5’- нуклеотидами антикодонов транспортных РНК, переносящих аминокислоты. А посему эти 5’- нуклеотиды антикодонов могут быть любыми из 4-х возможных. Следовательно, связки 3’- нуклеотиды в кодонах и спаривающиеся с ними 5’- нуклеотиды в антикодонах, не имеют гено-знакового характера и играют роль «стерических костылей», заполняющих «пустые места» в кодон-антикодоновых па-
рах. Короче говоря, 5’- нуклеотиды в антикодонах случайны, «воблируют» — от английского ‘wobble’ (качание, колебание, виляние). Вот суть Вобл-гипотезы.
Если принять идею «стерических костылей», тогда ясно, что 3’- нуклеотид в
омонимичных кодонах иРНК не участвует в кодировке аминокислот для данного белка. На первый взгляд возникает некий генетико-семантический произвол и модель триплетного кода, вроде бы, теряет логику и очевидный смысл.
Подтверждая это, приведем слова фактического автора теории триплетного кода Френсиса Крика, начертанные им в своей автобиографической книге незадолго до смерти [Crick, 1989, стр. 98]: «Важно отметить, что структура генетического кода не имеет очевидного смысла, хотя определенные закономерности
все же наблюдаются – в некоторых случаях это одни и те же первые два основания в кодонах, кодирующие одну аминокислоту, тогда как третье может быть любым». Уточним. 3’- нуклеотид в кодоне теоретически может быть любым из
4-х возможных, поскольку спаривается с 5’- нуклеотидом антикодона случайно и эта пара, как уже говорилось, не участвует в кодировке аминокислот для данного белка. Но, еще раз, в реальности 3’- кодоновые нуклеотиды детерминированы в исходной ДНК и генетических канонов не нарушают. «Нарушают»
же каноны именно 5’- антикодоновые, комплементарные 3’- кодоновым. Удивительно, Ф.Крик видел синонимическую вырожденность кода, но не видел омонимическую. Хотя его фраза «…код не имеет очевидного смысла» говорит
нам, что гениальный мозг Ф.Крика сознавал ограничения предложенной им
модели и неоднозначности, связанные с 5’- «воблирующим» антикодоновым
нуклеотидом, когда иРНК покодонно читается рибосомой в комплексе с тРНК по правилу «два из трёх». И этот комплекс ‘рибосома-иРНК-тРНК’ неизбежно должен решать типично лингвистическую смысловую проблему омонимии. Иначе ошибки в синтезе белков неизбежны.
Ф.Крик не видел очевидного смысла в своей модели. Почему? Но дальше он продолжает - Некоторые закономерности все же наблюдаются. Почему только некоторые? Понятно, что закономерности, приведенные им - в синонимии для семейств кодонов, сгруппированных по одинаковым первым двум
основаниям (третье любое), т.е. для половины всех кодоновых семейств, а
именно для CT, GT, TC, CC, AC, GC, CG, GG синонимических семейств. Каждое из
них кодирует по одной из двадцати разных аминокислот или является стоповым. При этом 3’ нуклеотид в паре с 5’ нуклеотидом антикодона не участвуют в
кодировании, что и обеспечивает синонимию. Однако, и это важно, Ф.Крик ничего определенного не говорит ни здесь, ни в Вобл гипотезе о другой половине
кодоновых семейств. Это TT, AT, TA, CA, AA, GA, TG, AG семейства, где в каждом из них кодируются по две разные аминокислоты или стоп функция. При этом роль
3’-5’ кодон-антикодоновой пары никак не комментировалась Ф.Криком. Думается, что неопределенность кодирования именно в этом странном семействе
смущала Ф.Крика и побудила его сказать об отсутствии очевидного смысла в
его модели. Он нигде не говорит о том, что же происходит за пределами этих
синонимических некоторых случаев. А за этими пределами находится странное нечёткое семейство кодонов - TT, AT, TA, CA, AA, GA, TG, AG. Не найти в работах Ф.Крика ничего на этот счёт. Таким образом, Ф.Крик неявно поставил
вопрос о кодировании в нечётком семействе. И не ответил на него. Нет ничего по этой принципиальной позиции и в современных исследованиях. Ответ в
гипотезе о контекстных ориентациях генетического аппарата (квантового био-
компьютера) при его работе с нечётким (омонимическим) семейством.
++++++++++++
При этом триплетный код –
лишь одна из множества подсистем кодирования и создания динамичного образа будущего организма, причем низшая подсистема. Непонимание этого тормозит развитие биологической мысли, приводит к достаточно бессмысленным
и дорогим программам исследований. Лагерквист первым озвучил противоречивость триплетной модели белкового кода, но не понял причины. Он пытался
вывести модель кода из логического тупика, но безрезультатно. Он ничего не
мог противопоставить очевидному и странному, что правило «два из трех» выполняется для рибосомной трансляционной машины также и в условиях in vivo, цитируем, «с частотой, которую нельзя не принять во внимание». Далее Лагерквист пишет: «Если это так, клетка с определенной вероятностью могла бы
читать неправильно, и это будет означать наличие угрозы неправильной трансляции, если метод «два из трех» был бы использован не подходящим образом.
В любых кодоновых семействах это ведет к ошибкам в белковом синтезе». Однако - что есть «использование не подходящим образом» правила «два из трех» для Лагерквиста так и осталось риторическим вопросом. Выход из очевидного противоречия он видит в следующем: «... те места в коде (в иРНК (ПГ)), где
метод чтения «два из трех» может привести к ошибкам трансляции, заняты исключительно кодонами с низкой вероятностью встречаемости. Такая организация кода и конкуренция между тРНК с антикодонами, способными прочитать все три положения (нуклеотидов) в кодонах, эффективно нейтрализуeт
метод «два из трех» от его использования с угрозой неточной трансляции». Такое объяснение просто не соответствует истинному положению вещей, поскольку 50% кодонов омонимичны. Половина всех кодонов не может оцениваться как редко встречаемые. Но даже редко встречаемые омонимичные кодоны, при их непра-
вильном прочтении, дадут ошибки в синтезе белков, что неприемлемо для организма. Словом, видимые невооруженным глазом логические противоречия модели Ф.Крика попросту игнорируются. Этому также способствует то, что рибосомы de facto практически не ошибаются с выбором аминокислот. Все это привело
к соблазну считать триплетную модель корректной. Однако зияющие дыры в «канонической» модели кода становятся все шире и заметнее.
Чтобы выйти из омонимического тупика, необходима простая, но ключевая
идея: вновь обратиться к лингвистике и почерпнуть оттуда понятие контекста,
которое снимает эту проблему. Омоним утрачивает неоднозначность только в контексте, т.е. роль части становится ясной, когда ее рассматривают в составе целого. В этом смысле понятие контекста (целостного текста) иРНК — отнюдь не метафорично. Как-то исподволь, задним числом молекулярные биологи и
генетики признают это, используя идею «второго генетического кода» [Овчинников Л.П., -- Ци-
тируем Л.П.Овчинникова, одного из видных молекулярных биологов: «Инициирующий кодон узнается только в определенном контексте…».
++++++++++
классическая
молекулярная биология, а вслед за ней генетика, вынуждены занять идею контекста у лингвистики (но только в метафорическом смысле). И второе, не менее важное, положение также вводится – это фактор дальнего влияния определенных иРНК-блоков (кэп, поли(А), стимулирующие последовательности) на
далеко удаленное в иРНК место включение рибосомой первой определенной
аминокислоты в синтезирующуюся белковую цепь. Понадобилась и дополнительная идея «просмотра-сканирования» всей иРНК, т.е. контекста иРНК. Все
эти объясняющие факторы в общем виде предсказаны нами ранее. В том числе
и механизм сканирования полинуклеотидов за счет солитонных возбуждений
РНК и ДНК (Гаряев, 1997). Заметим также и другой важный момент – перекодировки кодонов в зависимости от контекстов, что также никак не укладывается в прокрустово ложе канонической триплетной модели.
++++++++++
Попытаемся понять, что происходит в контекстных ситуациях, включая омонимические с кодирующими дублетами (правило Лагерквиста «два из трех»).
Принявши тезис о квазиразумности генома, мы обязаны трактовать генетические омонимии точно также, как это делается в лингвистике. А именно: информационная нагрузка омонима открывается только при прочтении и понимании текста как целого (или достаточно большой части его), т.е. контекста, независимо от того, человеческий это текст или генетический. Мы не можем понять, к
примеру, смысл омонима «лук» и омонима «коса» вне целой фразы или предложения. Аналогично рибосомная трансляционная квази разумная система
должна прочитать и понять весь текст иРНК или большую его часть, чтобы на
этом основании принять точное решение о выборе одного из двух омонимиче-ских (одинаковых) дублетов кодонов, кодирующих разные аминокислоты и/или стоп-сигналы. Или принять решение о «прыжке» рибосомы на определенное расстояние вдоль цепи иРНК. То же относится к ситуациям перекодировок
кодонов, но здесь, вероятно, понятие контекста имеет более широкий ареал,
уходящий за рамки лингвистики. Например, в случае аминокислотного голодания или при тепловом шоке. В этом случае биосистемой как «контекстные»
учитываются критические ситуации эколого-биохимического характера, требующие сиюминутных или длительно эволюционных адаптаций с последующей
закачкой новых аминокислот и синтеза новых пробных белков. Вообще, отношение к синтезу белков должно существенно измениться. Этот процесс нельзя
более воспринимать как чисто физико-химические акты взаимодействий ДНК,
РНК, ферментов, белков рибосом, аминокислот и других метаболитов. Здесь
мы имеем один из бесчисленных примеров разномасштабной разумности, как
всего организма, так и тканей, клеток и генома в целом.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:45 #644
Синхронией с подачи доктора психологии Карла Юнга и специалиста по квантовой механике Вольфганга Паули, посвятивших изучению этого феномена много сил и времени, принято называть необычные совпадения нескольких внешних событий или соответствие внешнего события внутреннему состоянию или переживанию.
О том, что некоторые совпадения трудно объяснить простой случайностью, каждый знает по своему собственному опыту. Иногда одно и то же событие происходит с человеком несколько раз подряд, причем при одних и тех же обстоятельствах.
про синхронию и совпадения: не могу удержаться, прорекламирую еще раз здесь книгу Одураченные случайностью (Нассим Николас Талеб), www.ozon.ru/context/detail/id/4327249/. Там на стр. 166, приводится такой интересный пример. Вероятность выиграть дважды в нью-джерсийской лотерее равна примерно 1 из 17 триллионов. И все-таки это случилось с одной гражданкой по имени Эвелин Адамс. Какое потрясающее совпадение, не правда ли?
Однако, Диаконис и Мостеллер из Гарвардского университета оценили шансы того, что что-либо подобное произойдет (в смысле, произошло) где-нибудь, когда-нибудь, и с кем-нибудь, как 30 к 1! В общих чертах, мысль такова: количество различных событий, происходящих в этом мире, огромно. Неудивительно, что совпадения случаются...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 11:46 #645
mittelspiel написал(а):
А вот скажем для теологического факультета я бы предложил более простое объяснение синхронии: у человека есть душа, и души естественно могут взаимодействовать друг с другом на расстоянии.
Не годится. Душа в большей степени занимается нравственными аспектами бытия. Синхронию можно вполне ограничить тонкими телами человека.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 12:15 #646
ППГ написал(а):
Генетический код - это же не показания прибора, которые воспринимаются субъективно.
Теоретика (и человека, далёкого от эксперимента) видно всегда. Показания прибора по определению объективны и не зависят от воли наблюдателя (если он, конечно, градуировку специально не покрутил). И 1 метр (как и 1 килограмм) измеряется одинаково и во Франции (католицизм), и в России (православие), и в Израиле (иудаизм) и в Буркина-Фасо (предположим шаманство). И мужчинами и женщинами. И старыми и молодыми. И так далее...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 12:24 #647
ППГ написал(а):
Однако к теме. Даю более-менее расширенный вариант. Потом могу сократить. Поясняю для тех, кто невнимателен к классическим постулатам Криковской модели генетического кода и о её неполноте. Не подсчитывал, но делаю это едва ли в 10-й или 20-й раз. Не думаю, что это объясняется тупостью вопрошающих... Но тогда чем? Они в параллельных вселенных? У них другие законы логики? Генетический код - это же не показания прибора, которые воспринимаются субъективно. Или мы снова будем обсуждать роль соллиптического сознания или о его эвереттовских вывертов? Если так, то дело плохо... Но, повторяю, таблица стандартного генетического кода в рамках модели Ф.Крика - объективная реальность, данная нам в зрительных ощущениях, а также и в сфере логических построений. Последнее особенно важно.
Юношеские озарения - это самое оно...
К счастью, природа живёт и развивается независимо от того, что мы о ней знаем и думаем. Живые организмы жили (соответственно шел и синтез белка из аминокислот и пусть даже с ошибками) и в 2145 году до нашей веры, и в 1756 году, и в 1937 году, и в 1966 году, и будет идти (как мне кажется) в 2156 году когда и вы (ППГ) и я уже давно помрём и прах наш...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 12:25 #648
Vladimirovich написал(а):
чайник555 написал(а):То, что она здесь обсуждается, вовсе не подтверждает то, что она является свежей и интересной...А мне, например, очень интересно показать и доказать, что автор теории (акадэмиг и квазидоктор ППГаряев) является шарлатаном и лжеучёным (вернее, лженаучным работником)...
К сожалению, у Вас это пока не получается. Точнее, то что получается, доказательством не выглядит.
...If it is assumed that consciousness may influence onto probabilities of alternatives (which is consistent in case of infinitely many Everett's worlds), EEC explains free will, “probabilistic miracles” (observing low-probability events) and decreasing entropy in the sphere of life... everettian.chat.ru/Russian/Mensky.html
...В работе Вигнера [54] содержится даже гораздо более сильное утверждение: сознание не только необходимо включить в теорию измерения, но сознание может влиять на реальность. Подобную мысль высказывал и Шрёдингер в эпилоге, которым заканчивается книга [55]...
...Рассуждая далее на основе высказанной гипотезы, можно заметить, что от нее остается лишь небольшой шаг до мысли Вигнера [54] о том, что сознание может влиять на реальность. Действительно, если обычно сознание выбирает один из эвереттовских миров наугад, вслепую, то почему не предположить, что может сущест¬вовать такое сознание (наделенное особым талантом или специальным образом тренированное), которое может делать этот выбор целенаправленно. В таком случае выбор может быть предопределен или, по крайней мере, вероятность определенного выбора может быть повы¬шена усилием воли. В терминологии Уилера, наблюда¬тель, наделенный таким активным сознанием, может по своей воле переключать стрелку и направлять поезд по избранному им пути (или, по крайней мере, увеличи¬вать вероятность того, что поезд пойдет по избранному пути).
Разумеется, это не доказательство, а чистая спекуля¬ция, однако в данном контексте она кажется естествен¬ной. Тем не менее, в такую спекуляцию не так-то легко поверить. Сделаем замечания, которые снимают два возможных возражения. На первый взгляд кажется, что гипотеза о влиянии сознания на выбор альтернативы (назовем ее гипотезой об активном сознании) ведет 1) к несогласованности наблюдений различных эксперимен¬таторов и 2) к возможности нарушения законов природы. Однако это не так или не совсем так.
Кажется, что если исход измерения в какой-то мере зависит от наблюдателя, то два разных наблюдателя одного и того же измерения могут видеть разные результаты. Скажем, руководитель экспериментальной группы и его ассистент, взглянув на прибор, увидят разные показания, потому что руководитель хочет, чтобы показания были высокими, а ассистент стремится к низким (это может быть, если они верят в различные теории и каждый хочет, чтобы его теория подтверди¬лась). Разумеется, в практике такое не происходит, и это могло бы немедленно дискредитировать гипотезу о влиянии сознания на результат измерения. Однако более тщательный анализ показывает, что гипотеза об активном сознании никогда не приведет к такого рода несогласованностям.
Обратимся к наглядной модели (3). В ней состояние руководителя (его мозга) и состояние ассистента описы¬вается различными факторами (или группами факторов) в каждом произведении. Пусть, например, это факторы a и b. Очевидно, что эти факторы будут либо в состоянии a1b1, либо в состоянии a2b2. Показания прибора, которые видят оба сотрудника, всегда согласованы друг с другом. Если какой-то наблюдатель усилием воли увеличивает вероятность своего попадания в некоторый из эвереттовских миров, то вместе с ним в этом мире он обнаруживает и всех других людей, которые имеют доступ к информации о результате измерения (или его последствий).
В приведенном выше примере, если и руководитель группы, и его ассистент обладают активным сознанием, то руководитель, взглянув на прибор, скорее всего удостоверится, что прибор выдал высокие показания (и продемонстрирует это своему ассистенту, который вынужден будет согласиться); с сознанием ассистента все будет наоборот: скорее всего он увидит, что прибор дает низкие показания, и продемонстрирует это своему руководителю. Руководитель и ассистент скорее всего по-разному переключат железнодорожную стрелку и скорее всего увидят (каждый в своем сознании) разные эвереттовские миры, однако каждый из этих миров будет внутренне согласован. Правда, этот произвол с переклю¬чением стрелок вселяет сомнения в объективности науки. К этому мы вскоре вернемся.
Второе из упомянутых выше сомнений состоит в следующем. На первый взгляд кажется, что если усилием воли можно попасть в тот из эвереттовских миров, который больше нравится, то тем самым меняются вероятности различных результатов измере¬ния, т.е. обычные выводы квантовой механики неверны, нарушаются законы природы. Первое возражение про¬тив этого состоит в том, что попасть можно лишь в такой эвереттовский мир, который существует и в который всегда можно попасть также и обычным образом, когда сознание выбирает один из миров наугад. Следова¬тельно, если один из людей обладает способностью по своему желанию выбирать некоторый определенный результат измерения, то окружающие всегда могут объяснить это случайностью: вероятность этого, пусть малая, всегда существует. Другое дело, что такой человек мог бы демонстрировать такие способности повторно. Каждый раз его успех может быть объяснен случайным совпадением, но если это будет происходить много раз, то вероятность случайного совпадения будет умень¬шаться и может стать чрезвычайно малой. При этом все же нет никакой возможности доказать с достоверностью, что это не случайное совпадение.
К тому же представлением о том, что данному человеку удается многократно повторить маловероят¬ное событие (сотворить чудо), возникает лишь в созна¬нии самого чудотворца (в силу того, что это сознание специальным образом выбирает эвереттовский мир). И это лишь в его сознании другие наблюдатели оказы¬ваются свидетелями этого многократного повторения и тем самым убеждаются в его способностях. Если же мы рассмотрим, как то же самое выглядит с точки зрения одного из наблюдателей, обладающего обычным созна¬нием, то окажется, что он в огромном большинстве случаев увидит, что событие, обещанное чудотворцем, не происходит. Ведь его сознание, выбирая эвереттов¬ский мир наугад, окажется скорее всего в таком мире, в котором маловероятное событие не осуществляется. Вывод состоит в том, что нарушение законов природы может оказаться возможным в индивидуальном опыте некоторых людей (обладающих активным сознанием), но люди с обыкновенным сознанием, пользуясь мето¬дами статистики, не подтвердят этого.
Рассмотрим эту ситуацию с несколько иной точки зрения. Предположим, что человек, умеющий по своему желанию увеличивать или уменьшать вероятность попа¬дания в тот или иной эвереттовский мир, является ученым-экспериментатором (как в рассмотренном ранее примере). Если это возможно, то под сомнением оказы¬вается объективность научных исследований. Какой же объективностью обладает научный результат, если полу¬чивший его ученый может на него влиять и в конце концов может получить тот результат, который он хочет? Ответ на это сомнение уже содержится в пре¬дыдущем рассуждении, но все же мы повторим его в несколько иной формулировке. Если данный эксперимен¬татор обладает активным сознанием, то в некотором смысле он является чудотворцем и полученные им результаты могут противоречить предсказаниям кван¬товой механики. Однако, как уже было отмечено, чудо (т.е. реализация заранее намеченного им результата) происходит лишь в его собственном сознании. Кроме того, даже он сам может объяснить это чудо случай¬ным совпадением, поскольку полученный им результат допускается квантовой механикой, хоть и с малой вероятностью. Наконец, любой другой наблюдатель, не обладающий активным сознанием, т.е. выбирающий эвереттовский мир наугад, как правило будет оказы¬ваться в таком мире, в котором результат опыта соответствует наиболее вероятной из предсказанных квантовой механикой альтернатив (и в котором, следо¬вательно, экспериментатор-чудотворец терпит неудачу). Индивидуальный опыт любого человека с пассивным сознанием всегда будет подтверждать обычные квантовомеханические вероятностные предсказания, и любые чудотворцы будут таким опытом посрамлены.
Чтобы сделать последний вывод более наглядным, скажем так. Пока экспериментатор-чудотворец, обла¬дающий активным сознанием, работает наедине в своей лаборатории, он с большой вероятностью получает тот результат, к которому стремится, и лишь с малой вероятностью — результат, наиболее вероятный с точки зрения квантовой механики. Пусть теперь результат опубликован и с ним знакомится большое число людей. Рассмотрим любого из этих людей, который не обладает активным сознанием, не является чудотворцем (или даже является им, но не заинтересован в некотором специаль¬ном исходе данного эксперимента) и спросим себя, какой результат эксперимента он увидит в публикации. Ответ очевиден. Его сознание окажется в том или ином эвереттовском мире в соответствии с обычным квантовомеханическим вероятностным распределением. Следова¬тельно, этот человек, скорее всего, увидит в публикации тот результат, который является наиболее вероятным согласно квантовой механики. Даже если эксперимента¬тор-чудотворец стремился к результату, маловероят¬ному по квантовомеханическим законам, аудитория журнала, состоящая из обычных людей, скорее всего, обнаружит в публикации наиболее вероятный результат.
Окончательный вывод можно сформулировать так. Даже если принять гипотезу о возможности активного сознания, тем не менее, объективность научных выводов гарантируется тем, что каждый научный результат широко публикуется и затем используется большим количеством ученых, не обладающих активным созна¬нием и не имеющих возможности влиять на выбор квантовомеханической альтернативы. Это делает гипо¬тезу об активной роли сознания приемлемой. Она не приводит к абсурдным выводам. Разумеется, это не является еще ее доказательством. Верна ли эта гипо¬теза, остается неясным. Возможно, что ее принципи¬ально нельзя доказать или опровергнуть. Тогда каждый может верить в эту гипотезу или не верить в нее. Ни в том, ни в другом случае не возникнет противоречия с тем, что наблюдается на практике.
Это напоминает довольно широко распространенное мнение, что существование Бога является только вопро¬сом веры. В сознании глубоко верующего, в его индиви¬дуальном опыте, существование Бога может иметь весьма веские доказательства. Но оно не может быть ни доказано, ни опровергнуто научными методами...
54. Wigner E.P., in Quantum Theory and Measurement (Eds J.A. Wheeler, W.H. Zurek) (Princeton: Princeton University Press, 1983) p. 168; Originally published in The Scientist Speculates (Ed. L.G. Good) (London: Heinemann, 1961) p. 284
55. Schrodinger E. What is Life? The Physical Aspect of the Living Cell (Cambridge: The University Press, 1944) [Перевод: Шрёдингер Э. Что такое жизнь? Физический аспект живой клетки (Ижевск: Редакция журнала Регулярная и хаотическая динамика, 1999)...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 12:32 #651
ППГ написал(а):
Вообще, отношение к синтезу белков должно существенно измениться. Этот процесс нельзя более воспринимать как чисто физико-химические акты взаимодействий ДНК, РНК, ферментов, белков рибосом, аминокислот и других метаболитов. Здесь мы имеем один из бесчисленных примеров разномасштабной разумности, как всего организма, так и тканей, клеток и генома в целом.
Давно пора определить и ввести в науку понятие божественная воля и божественная сила.
А в целом, религия и возникла как метод описания наблюдаемых чудес и страхов... Поэтому предлагаю переименовать теорию Волнового генома в Божественный геном. Тем более, что передача генетической информации на расстояние посредством модулированного широкополосного электромагнитного излучения (мШЭИ) является по сути реализацией непорочного зачатия, с чем и хотелось бы поздравить разумную научную общественность...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 12:36 #652
limarodessa написал(а):
УГУ www.maikonline.com/maik/showArticle.do?auid=VAF85TGTMJ
...If it is assumed that consciousness may influence onto probabilities of alternatives (which is consistent in case of infinitely many Everett's worlds), EEC explains free will, “probabilistic miracles” (observing low-probability events) and decreasing entropy in the sphere of life...everettian.chat.ru/Russian/Mensky.html
Уважаемый господин Лимар ! Предлагаю Вам обратиться в Палату мер и весов и доказать им, что образец массы в 1 кг является неверным и равным, на самом деле, 1.2 кг (ну или любому другому значению на выбор).
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 12:51 #654
чайник555 написал(а):
Тем более, что передача генетической информации на расстояние посредством модулированного широкополосного электромагнитного излучения (мШЭИ) является по сути реализацией непорочного зачатия, с чем и хотелось бы поздравить разумную научную общественность...
Так ведь это уже подверждено неопубликоыванными экспериментами:
Еще одно сообщение, которое пришло осенью 2005 г из Британии информирует о том, что английским ученым из Ин-та Рослина в Эдинбурге, прославившегося тем, что здесь была клонирована овечка Долли, удалось воплотить в жизнь и наблюдать сенсационное аномальное явление, скорее похожее на настоящее чудо. В лабораторных условиях при исследовании процессов искусственного оплодотворения женской яйцеклетки обнаружен феноменальный эффект — оплодотворение без мужского начала, без участия сперматозоидов, а под воздействием, как писали об этом со слов ученых — “электрических искр” !!! (Вероятно, эффект протекает при воздействии определенных электромагнитных волн и их комбинаций, но интересно вспомнить высказывание о “Божьей искре” в мире, в человеке, в сознании). Никаких подробностей не сообщалось, кроме того, что из 300 яйцеклеток лишь 6 выросли в эмбрионы таким методом непорочного зачатия, без оплодотворения сперматозоидами, эксперименты продолжаются. Руководитель исследований д-р Пол де Соуза подчеркивал, что деление яйцеклеток ученые проводили только в пробирках и никто не собирался из этических соображений вносить обратно в женские утробы.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 13:03 #656
limarodessa написал(а):
В яйцеклетке же он - гаплоидный
Не знаю как с чуством юмора, а в теорию божественного генома вы не вникли - недостающая генетическая информация была передана на расстояние посредством модулированного широкополосного электромагнитного излучения (мШЭИ)
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 13:09 #657
ППГ написал(а):
Quantrinas написал(а):Для этого дискуссия должна вестись в научном поле, на страницах научных журналов, Вы же вынесли на страницы публичных (если не сказать жёлтых) газет и телевидения. Вернитесь в научное поле и никто не будет бороться с Вами вненаучными методами
Это публичное поле предложил никто иной как Кругляков, чему я и удивился в ответе...
Наверное этим предложением господину Гаряеву было сказано, что только среди читателей желтой прессы он найдёт благодарных слушателей и обретёт последователей...
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 13:10 #658
PauLita написал(а):
Не знаю как с чуством юмора, а в теорию божественного генома вы не вникли - недостающая генетическая информация была передана на расстояние посредством модулированного широкополосного электромагнитного излучения (мШЭИ)
Да, но для информации нужен носитель. Что толку в передачи информации с одного генома на другой, если его не на что записывать ? Там ведь даже Y - хромосомы нет в яйцеклетке.
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. (№2)
03 Янв 2010 13:14 #659
limarodessa написал(а):
Да, но для информации нужен носитель. Что толку в передачи информации с одного генома на другой, если его не на что записывать ? Там ведь даже Y - хромосомы нет в яйцеклетке.
Не было ? Будет ! Для Божественного генома нет невозможного... Осебенно при наличии божественной воли...