Ключевое слово
17 | 06 | 2024
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Митоз, мейоз и квантовая сцепленность

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 11:56 #181

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
mittelspiel написал(а):

о каком примерно по длине участке ДНК (локусе) идет речь при кроссинговере. Какова его линейная длина (если идти вдоль ДНК и мерять) и какова его длина в трехмерном пространстве (если идти вдоль кроматиновой упаковки и мерять).

Ну я думаю в шхуляре не проблема на эту тему публикации найти
Я тоже так считаю что на этот вопрос Вы ответ легко найдете. Это вопрос принципиальный. Это для меня стартовая точка будет, когда я пойму решаемая проблема или нет. Добавлю к этому списку вопросов еще один: сидят ли нуклеосомы на ДНК при обмене гомологичными локусами у эукариот или нет, и если нет, то что с ними происходит.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 11:57 #182

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Это что, пример расчета молекулярной динамики ДНК с белками? Похоже что нет.
Проблема даже не в этом... Проблема в том что компьютера на котором предлагается считать в этой статье в мире просто еще не существует...
У него совсем другой принцип действия и элементная база... Сейчас ученые бьются над тем чтобы создать такой комп. Но фишка в том что такой комп (что указано в выделенным мною жирным) позволяет сделать возможным то что Вы написали невозможным к настоящему времени

mittelspiel написал(а):
такое большое число атомов не под силу моделированию методами современной молекулярной динамики
limarodessa написал(а):
scale polynomially with system size on a quantum computer, in contrast to the well-known result of exponential scaling on a classical computer
Отредактировано limarodessa (2011-06-19 15:58:34)

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:02 #183

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Проблема даже не в этом... Проблема в том что компьютера на котором предлагается считать в этой статье в мире просто еще не существует...
У него совсем другой принцип действия и элементная база... Сейчас ученые бьются над тем чтобы создать такой комп. Но фишка в том что такой комп (что указано в выделенным мною жирным) позволяет сделать возможным то что Вы написали невозможным к настоящему времени
Я думал Вы хотите решать конкретную задачу которую можно реально решить в течение нескольких месяцев.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:04 #184

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Подождите - а разве это не точечный процесс ? Разве не просто разрыв в одном месте и затем сшивание ? Это же не транскрипция и не репликация...
Пока что я не вижу агрументов которые позволяли бы это свести к точечному процессу

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:06 #185

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Я думал Вы хотите решать конкретную задачу которую можно решить сегодня.
Вот эти ребята утверждают что у них такой комп есть

aqua.dwavesys.com/
www.dwavesys.com/en/dw_homepage.html
Last Edit: 29 Сен 2015 14:26 by Vladimirovich.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:09 #186

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Вот эти ребята утверждают что у них такой комп есть
Да при чем тут комп. Мы пока с моделью не разобрались

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:11 #187

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Да при чем тут комп. Мы пока с моделью не разобрались
nar.oxfordjournals.org/content/32/22/6683.short

mittelspiel написал(а):
...molecular dynamics simulations of the Holliday junction...
Last Edit: 29 Сен 2015 14:26 by Vladimirovich.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:11 #188

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Вот эти ребята утверждают что у них такой комп есть

aqua.dwavesys.com/
AQUA@home uses Internet-connected computers to help design and analyze quantum computing algorithms, using Quantum Monte Carlo techniques
Вообще ничего похожего на суперкомпьютер
Last Edit: 29 Сен 2015 14:26 by Vladimirovich.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:12 #189

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi00198a004
Computer Models of DNA Four-Way Junctions
Last Edit: 29 Сен 2015 14:26 by Vladimirovich.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:15 #190

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):Вот это уже очень близко. Только это рекомбинация у бактерий. А Вы хотели эукариот. Разница очень большая.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:17 #191

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Вообще ничего похожего на суперкомпьютер
Это не суперкомпьютер. Современным суперкомпьютерам не под силу считать уравнение Шредингера без упрощений для больших молекул. А тому компьютеру который как они утверждают создали - под силу. Там квантовый параллелизм. двойка в степени числа кубитов. Тысяча кубитов и уравнение Шредингера для ДНК ваше. Но проблема в том что сегодня больше 15 кубитов соединить параллельно не могут.

P. S.

Я вообще считаю что природа их (тысячи кубитов) уже соединила в ДНК.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:19 #192

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):Аналогично. Это вообще упрощенная модельная система. До эукариот далеко

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:20 #193

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
Я думал Вы хотите решать конкретную задачу которую можно реально решить в течение нескольких месяцев.
Так или нет?

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:27 #194

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Так или нет?
Понимаете в чем все дело. Моя цель - выяснить - может ли ДНК обеспечить препятствование декогеренции (разрушению квантовой когерентности) внутри себя . В какой степени для этого нужны большие вычислительные мощности (суперкомпьютеры) мне пока что трудно сказать. Возможно кому то достаточно взглянуть на молекулу в базе и все станет ясно.

Я вижу два возможных варианта как природа могла бы препятствовать декогеренции в ДНК :

1. ДНК как естественная ловушка где времена химреакций обеспечивают сохранение когерентности (один беларуский ученый высказал в двух статьях такую мысль)
2. Квантовая коррекция ошибок когда в ДНК существует большое количество кубитов

Вообще кубитами на ДНК Хамерофф балуется

Отредактировано limarodessa (2011-06-19 16:28:21)

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:33 #195

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Понимаете в чем все дело. Моя цель - выяснить - может ли ДНК обеспечить препятствование декогеренции (разрушению квантовой когерентности) внутри себя
Это отличается от задачи моделирования кроссинговера которая мне была интересна

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:35 #196

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
1. ДНК как естественная ловушка где времена химреакций обеспечивают сохранение когерентности
это как?

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:35 #197

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Это отличается от задачи моделирования кроссинговера которая мне была интересная
Ну хорошо. Давайте как и договаривались не будем обращать внимание на мои интересы. На каком софте Вы видите перспективным делать ту задачу которая Вам интересна ?

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:39 #198

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
это как?
Вообще мысль о том что время химической реакции меньше чем время за которое разрушается квантовая когерентность некоторых орбиталей реагентов в химической реакции развивается российским академиком Салиховым. Но проблема в том что в ДНК реакции идут по нуклеофильному механизму и насколько здесь применимы эти построения трудно сказать. Ну а вообще ДНК имеет подобные кристаллам свойства. А в качестве ловушек для сохранения квантовой когерентности сейчас используют именно кристаллы. Кстати упомянутый мною в посте 194 беларуский ученый писал именно об использовании ДНК в качестве ловушки.

Отредактировано limarodessa (2011-06-19 16:42:46)

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:40 #199

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Ну хорошо. Давайте как и договаривались не будем обращать внимание на мои интересы. На каком софте Вы видите перспективным делать ту задачу которая Вам интересна ?
если покрутить молекулы начиная с какой-то конфрмации кроссинговера, то надо использовать софт для молекулярной динамики NAMD под UNIX (разработан группой Клауса Шультена, которого Вы выше цитировали). Но мне честно говоря было бы более интересно построить более простую модель без молекулярной динамики. Базируясь на ограниченном числе сотояний системы. Некоторые из них могли бы ьыть квантовыми.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:41 #200

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
об использовании ДНК в качестве ловушки.
можете кинуть ссылку?

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:43 #201

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
можете кинуть ссылку?
С удовольствием . Ждите. Вам только на английском или русский вариант тоже ?

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:44 #202

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
С удовольствием . Ждите. Вам только на английском или русский вариант тоже ?
да не важно

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 12:55 #203

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
можете кинуть ссылку?
Вот в этих двух статьях автор в одном абзаце пишет что в качестве ловушек препятствующих декогеренции могли бы выступать биомолекулы которые (в частности ДНК) обладают свойствами схожими с кристаллами

www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079663801800159
iopscience.iop.org/1063-7869/42/5/R02;js...54C770B490FBD6E10.c2

при этом автор дает ссылки на вот эти две статьи (впрочем почему он делает такой вывод 12 лет назад мне честно говоря неясно)


www.pnas.org/content/94/20/10641.short
www.nature.com/nature/journal/v388/n6640/abs/388355a0.html

Отредактировано limarodessa (2011-06-19 16:57:28)
Last Edit: 29 Сен 2015 14:27 by Vladimirovich.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 13:01 #204

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Вот в этих двух статьях автор в одном абзаце пишет что в качестве ловушек препятствующих декогеренции могли бы выступать биомолекулы которые (в частности ДНК) обладают свойствами схожими с кристаллами
знаком с ним. уважаемый физик. но в биологии не разбирается

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 13:03 #205

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
знаком с ним. уважаемый физик. но в биологии не разбирается
Ну не знаю - там вроде рецензенты в журналах...

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 13:06 #206

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Ну не знаю - там вроде рецензенты в журналах...
ну так там все правильно написано у него. и ничего конкретно по нашему вопросу

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 14:14 #207

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 49511
  • Thank you received: 133
  • Karma: 17
Игорь, митоз и мейоз обширное и сложное поле, а квантовую сцеплённость нужно конкретно/локально застукать. Может она вездесуща, а мы пока почему-то слепы и не замечаем её
. Наверное численные методы молекулярной динамики никак НЕ заточены на обнаружение сцеплённости и значит не помогут.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 14:21 #208

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Хайдук написал(а):
Может она вездесуща, а мы пока почему-то слепы и не замечаем её
Квантовая сцепленность разрушается в результате декогеренции. Поэтому она не вездесуща а если существует в природе то только в специальным образом организованных системах позволяющих управлять квантовой когерентностью на определенных временных интервалах. На сегодняшний день доказано существование квантовой когерентности в природе только в механизме фотосинтеза. Появились публикации в солидных журналах в которых предполагается наличие квантовой сцепленности в птичьем компасе

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 14:25 #209

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Хайдук написал(а):
Наверное численные методы молекулярной динамики никак НЕ заточены на обнаружение сцеплённости и значит не помогут
Посмотрите посты 24 и 92 в теме quantoforum.ru/biology/127-bazy-po-prost...-biomolekul?start=90 Базы по пространственной структуре биомолекул
Last Edit: 29 Сен 2015 14:27 by Vladimirovich.

Митоз, мейоз и квантовая сцепленность 19 Июнь 2011 14:27 #210

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Хайдук написал(а):
Игорь, митоз и мейоз обширное и сложное поле
Именно потому что механизмы митоза и мейоза весьма сложно организованы они не могут быть исключены как такие которые могут сохранять квантовую когерентность

limarodessa написал(а):
она не вездесуща а если существует в природе то только в специальным образом организованных системах позволяющих управлять квантовой когерентностью на определенных временных интервалах. На сегодняшний день доказано существование квантовой когерентности в природе только в механизме фотосинтеза. Появились публикации в солидных журналах
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум