Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 09:38 #151
Мит, все мысли в бошку лезли. Вот одна из них: предлагаю все-таки вдвоем с Вами написать статью о возможности моделирования в HyperChem и Gaussian с использованием баз структур биомолекул процессов генетической рекомбинации в которых бы учитывались явления квантовой когерентности (пока не будем употреблять слово сцепленность, когерентность - необходимое но не достаточное условие для квантовой сцепленности). Попробую обратится к квантринасу чтобы он был третьим автором (если же Вы согласитесь). Не уверен конечно же что он согласится но хотелось бы - все таки он специалист по транспорту заряда в нуклеиновых кислотах. Можно также пользователя PP нашего форума пригласить. Он человек грамотный и к лженауке не склонный. Где опубликовать - не проблема - в тех же биосистемз (там полно таких публикаций):
Мотивирую: народ во всю в мире публикуется (я правда в последнее время тоже) а мы здесь не хуже многих авторов эти тему обсуждаем а могли бы опубликовать.
Подспорьем будет статейный библиографический материал имеющийся у меня. Без ложной скромности скажу что у меня на компе хранится полагаю одна из лучших коллекций статей (больше сотни) касающихся квантовым эффектам в биомолекулах
Вообще такие исследования одному человеку не под силу
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 10:43 #152
limarodessa написал(а):
Мит, спокойной ночи у меня не получилось - все мысли в бошку лезли. Вот одна из них: предлагаю все-таки вдвоем с Вами написать статью о возможности моделирования в HyperChem и Gaussian с использованием баз структур биомолекул процессов генетической рекомбинации в которых бы учитывались явления квантовой когерентности (пока не будем употреблять слово сцепленность, когерентность - необходимое но не достаточное условие для квантовой сцепленности). Попробую обратится к квантринасу чтобы он был третьим автором (если же Вы согласитесь). Не уверен конечно же что он согласится но хотелось бы - все таки он специалист по транспорту заряда в нуклеиновых кислотах. Можно также пользователя PP нашего форума пригласить. Он человек грамотный и к лженауке не склонный. Где опубликовать - не проблема - в тех же биосистемз (там полно таких публикаций):
Игорь, в принципе тема моделирования кроссинговера мне была бы интересна. Хотя она непосредственно не пересекается с тем что я сейчас делаю, она лежит в области моих интересов. Но для того чтобы это сделать нормальной качественной работой нужно (1) время и готовность вложить серьезные усилия (с этим у меня проблема, потому что я уже сильно перегружен по времени, но если говорить о долгосрочном проекте, то время в принципе найдется), (2) готовность проявить гибкость в отношении соавторов (тут судя по форуму могут возникнуть проблемы, и как бы не получилось по принципу лебедь рак и щука), (3) конкретно по постановке задачи - HyperChem с Гауссианом вряд ли помогут - я уже пытался донести эту мысль выше, слишком много молекул вовлечено и слишком большие времена задействованы, и процесс многостадийный. Но в любом случае было бы интересно составить модельку. Для начала на пальцах, а затем детализировать ее и сузить (и по числу участвующих молекул, и по времени - либо сосредоточиться на одной из реакций, вовлеченных в кроссинговер, либо явным образом рассматривать несколько реакций в упрощенном виде), возможно придумать к ней математику. Возможно это будет простая математика. Но в первую очередь надо определиться с моделью на пальцах.
ПС. я стираю вчерашние разговоры про сервер с книгами поскольку это тут оффтопик. В понедельник я постараюсь выяснить в чем там дело.
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 10:48 #153
Буду отвечать не по порядку приведенному Вами, начну со второго пункта
mittelspiel написал(а):
(2) готовность проявить гибкость в отношении соавторов (тут удя по форуму могут возникнуть проблемы, и как бы не получилось по принципу лебедь рак и щука)
Я вообще готов отказаться от соавторства при том что участвовать в таком проекте готов активно . Мне вполне хватает моих публикаций . Так что не переживайте по поводу лавров.
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 10:57 #154
limarodessa написал(а):
Я вообще готов отказаться от соавторства при том что участвовать в таком проекте готов активно . Мне вполне хватает моих публикаций . Так что не переживайте по поводу лавров.
Я скорее имел в в виду идейную гибкость. Вот у Вас есть своя идея и свой взгляд на этот процесс, а у меня, скажем, немного другой взгляд (хотя я еще не определился со своим взглядом на этот процесс - надо собрать больше информации), и вопрос встанет о том, как можно два или три диаметрально противоположных подхода интегрировать, или даже не диаметрально противоположных, а скажем так, существенно отличающихся друг от друга.
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:01 #155
mittelspiel написал(а):
Я скорее имел в в виду идейную гибкость. Вот у Вас есть своя идея и свой взгляд на этот процесс, а у меня, скажем, немного другой взгляд ... и вопрос встанет о том, как можно два или три диаметрально противоположных подхода интегрировать, или даже не диаметрально противоположных, а скажем так, отличающихся друг от друга
я понял и эту Вашу мысль... Со своей стороны готов уверить что никоим образом навязывать свое мнение по различным аспектам исследования группе (если она сложится) не буду. Главную задачу свою вижу в обеспечении уже имеющимся опубликованным материалом на эту тему ну и конечно же может какие идейки подбрасывать буду. Но повторюсь основную цель вижу в исследовании квантовой когерентности в генетической рекомбинации
mittelspiel написал(а):
надо собрать больше информации
limarodessa написал(а):
Подспорьем будет статейный библиографический материал имеющийся у меня. Без ложной скромности скажу что у меня на компе хранится полагаю одна из лучших коллекций статей (больше сотни) касающихся квантовым эффектам в биомолекулах
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:08 #156
limarodessa написал(а):
Подспорьем будет статейный библиографический материал имеющийся у меня. Без ложной скромности скажу что у меня на компе хранится полагаю одна из лучших коллекций статей (больше сотни) касающихся квантовым эффектам в биомолекулах
коллекции это конечно хорошо, но важнее понять на пальцах упрощенную модель кроссинговера. пока что у меня такого понимания нет.
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:27 #164
что-то многовато ссылок. во-первых, я не могу их все посмотреть потому что у меня очень маленькая скорость интернета. во-вторых, неужели нет какой-то одной ссылки, которая Вам особо понравилась?
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:37 #169
limarodessa написал(а):
Там диктор комментирует за кадром а я на слух не понимаю английский
Ну хорошо, давайте чисто по картинкам.
По первой ссылке что Вы дали, ДНК разрезается ножницами. Это слишком схематично. Нам не подходит.
Для примера, на этой ссылке
уже показан как фермент рестриктаза движется вдоль ДНК, ищет свой сайт ATTG. когда находит его то режет ДНК, фермент лигаза сшивает. Это малая часть кроссинговера. но уже даже эта часть слишком большая для моделирования молекулярной динамикой.
И это так просто для прокариот. В эукариотах сложнее
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:42 #173
У меня второй вопрос. В случае эукариот, о каком примерно по длине участке ДНК (локусе) идет речь при кроссинговере. Какова его линейная длина (если идти вдоль ДНК и мерять) и какова его длина в трехмерном пространстве (если идти вдоль кроматиновой упаковки и мерять).
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:44 #174
mittelspiel написал(а):
У меня второй вопрос. В случае эукариот, о каком примерно по длине участке ДНК (локусе) идет речь при кроссинговере. Какова его линейная длина (если идти вдоль ДНК и мерять) и какова его длина в трехмерном пространстве (если идти вдоль кроматиновой упаковки и мерять).
Подождите... А Вы помните как вообще строят карты хромосом ? Их ведь по расстояниям которые получаются между генами в результате кроссинговера строят
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:44 #175
limarodessa написал(а):
И что никто такого раньше не делал ? Ни одной статьи нет ?
Вы же у нас вызвались быть специалистом по статьям
Попробуйте поищите. Но из самых общих соображений могу предположить что такое большое число атомов не под силу моделированию методами современной молекулярной динамики.
PS. Зависит от длины ДНК. Скажем так, максимум что я видел - это молекулярную динамику для кусков ДНК ~200 пар оснований с гистоновым октамером.
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:48 #177
mittelspiel написал(а):
ы же у нас вызвались быть специалистом по статьям
Попробуйте поищите. Но из самых общих соображений могу предположить что такое большое число атомов не под силу моделированию методами современной молекулярной динамики.
Quantum algorithm for obtaining the energy spectrum of molecular systems
...
Simulating a quantum system is more efficient on a quantum computer than on a classical computer. The time required for solving the Schrdinger equation to obtain molecular energies has been demonstrated to scale polynomially with system size on a quantum computer, in contrast to the well-known result of exponential scaling on a classical computer. In this paper, we present a quantum algorithm to obtain the energy spectrum of molecular systems based on the multiconfigurational self-consistent field (MCSCF) wave function. By using a MCSCF wave function as the initial guess, the excited states are accessible. Entire potential energy surfaces of molecules can be studied more efficiently than if the simpler Hartree–Fock guess was employed. We show that a small increase of the MCSCF space can dramatically increase the success probability of the quantum algorithm, even in regions of the potential energy surface that are far from the equilibrium geometry. For the treatment of larger systems, a multi-reference configuration interaction approach is suggested. We demonstrate that such an algorithm can be used to obtain the energy spectrum of the water molecule.
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:51 #178
mittelspiel написал(а):
о каком примерно по длине участке ДНК (локусе) идет речь при кроссинговере. Какова его линейная длина (если идти вдоль ДНК и мерять) и какова его длина в трехмерном пространстве (если идти вдоль кроматиновой упаковки и мерять).
Ну я думаю в шхуляре не проблема на эту тему публикации найти
Митоз, мейоз и квантовая сцепленность
19 Июнь 2011 11:53 #179
limarodessa написал(а):
Simulating a quantum system is more efficient on a quantum computer than on a classical computer. The time required for solving the Schrdinger equation to obtain molecular energies has been demonstrated to scale polynomially with system size on a quantum computer, in contrast to the well-known result of exponential scaling on a classical computer. In this paper, we present a quantum algorithm to obtain the energy spectrum of molecular systems based on the multiconfigurational self-consistent field (MCSCF) wave function. By using a MCSCF wave function as the initial guess, the excited states are accessible. Entire potential energy surfaces of molecules can be studied more efficiently than if the simpler Hartree–Fock guess was employed. We show that a small increase of the MCSCF space can dramatically increase the success probability of the quantum algorithm, even in regions of the potential energy surface that are far from the equilibrium geometry. For the treatment of larger systems, a multi-reference configuration interaction approach is suggested. We demonstrate that such an algorithm can be used to obtain the energy spectrum of the water molecule.
Это что, пример расчета молекулярной динамики ДНК с белками? Похоже что нет.
