HyperChem это программная оболочка из которой можно запускать разные приложения. Вы о каком конкретно типа расчета говорите. Что конкретно хотите рассчитывать
Если HyperChem не для моего случая тоды нуно гауссиан запущать
Там две статьи в посте 24. Есть исчо для таких простых систем. Для сложных - тоже самое только сложнее.
Там вычисления для молекулы водорода и этилена. Приближенные вычисления. С многими допущениями. Для более сложных молекул не только время расчета на порядки увеличится, но и методика расчет изменится. В остальном да, можете попробовать пойти по этому пути.
ДЕТАЛИ ВЫЧИСЛЕНИЙ
Для вычисления коэффициентов волновой функции в CISD-методе или, экви-
валентно, элементов редуцированной матрицы плотности CISD
1 , а также для того
чтобы найти собственные значения матрицы плотности, т.е. естественные спиновые
орбитали, был использован пакет программ Gaussian 03 [29].
При расчете диссоциации молекулы H2 волновая функция раскладывалась с по-
мощью CISD-метода. В этой системе возможны лишь одинарные или двойные
возмущения, а потому CISD-метод оказывается методом полных конфигурацион-
ных взаимодействий (FCI-методом). При исследованиях димера этилена волно-
вая функция раскладывалась с помощью метода связанных кластеров один–два
(CCSD-метода) [30], [31]. Он является численным методом, используемым при опи-
сании многочастичных систем, и может быть применен для расчета корреляционных
эффектов в системе двух связанных тел. CCSD-метод представляет собой обрезан-
ный по взаимодействию метод связанных кластеров (CC-метод). Это означает, что
используются только синглетные и дублетные операторы возмущений, следователь-
но, этот метод не может рассматриваться как подобный FCI-методу. Тем не менее,
с его помощью можно описывать взаимодействие отдельных молекул лучше, чем в
CISD-методе [23].
Для обеих систем (молекулы H2 и димера этилена) входное состояние подго-
тавливливалось с помощью вычислений по неограниченному методу Хартри–Фока
В остальном да, можете попробовать пойти по этому пути.
Тут еще некое образование надобно получить, а это займет очень много времени. Почему я и советую подумать о постановке экспериментов, где задача будет ставиться на более простом уровне. Впрочем интуиция подсказывает, что на уровне целой ДНК квантовые эффекты не играют значительной роли.
Тут еще некое образование надобно получить, а это займет очень много времени.
Где-то проскакивала информация если я не ошибаюсь что ув. limarodessa первое образование имеет по физике низких температур. А по психологии - уже второе образование. В таком случае должОн уметь разбиратиься во всяких базовых штуках с расчетами. Ну или если подзабыл несложно вспомнить.
Да неее... просто я сейчас открыл для себя мир англоязычной научной литературы (не периодики) и интенсивно занимаюсь освоением соответствующих сайтов. Оказывается англоязычных книг на несколько порядков больше чем русскоязычных (в том числе переводных). Пока еще ничего не перевел - занимаюсь систематизацией материала
Где-то проскакивала информация если я не ошибаюсь что ув. limarodessa первое образование имеет по физике низких температур. А по психологии - уже второе образование. В таком случае должОн уметь разбиратиься во всяких базовых штуках с расчетами. Ну или если подзабыл несложно вспомнить
Мне почему то вот что подумалось: наличие современных баз структур молекул и специализированных программ для квантовохимических расчетов оных может в какой то степени компенсировать отсутствие возможности лабораторной проверки гипотез.
Особенно меня впечатлило что в некоторых базах сразу же дается набор ссылок и абстрактов по соответствующему фрагменту ДНК:
Мне почему то вот что подумалось: наличие современных баз структур молекул и специализированных программ для квантовохимических расчетов оных может в какой то степени компенсировать отсутствие возможности лабораторной проверки гипотез.
базы это хорошо, но гипотезы все равно нужны конкретные тчобы знать что в этих базах искать.
интуиция подсказывает, что на уровне целой ДНК квантовые эффекты не играют значительной роли
А не играет ли роли обычная стохастика: критические биологические процессы попросту наступают/случаются с достаточной (для поддержания жызни) вероятностью и если эти вероятности опустятся ниже некоторых критических значений, то цепочка вдруг оборвётся и жизни такой, какой её знаем, наступит кирдык?
А как оттедова инфу извлекать ? Чагойто у мя ни хрена не получаетси...
Например нас инетесует полимераза.
вводим в строку поиска polymerase, получаем 2709 ссылок, уточняем поиск (например, нас интересует структура полимеразы в комплексе с ДНК - выбирает справа ссылочку protein-DNA, получаем уже всего 605 ссылок, дальше выбираем например такую: Structures Of Ternary Complexes Of Rat Dna Polymerase Beta, A Dna Template-Primer, And Ddctp, кликаем на ее рисуночек слева) (www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=86826). Дальше справа кликаем на номер этой структуры в базе данных PDB (могли искать исходно и в PDB) и переходим по ссылке сюда: www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=2BPF . Дальше справа нажимаем на download files, и в выпадающей менюшке выбираем PDB file (text). Скачиваем его, сохранем на диск, дальше открываем в любой программе (в том числе в HyperChem)
имейте в виду, что в формате .pdb насколько я помню отсутствуют атомы водорода (они достраиваются автоматически при интерпретации .pdb файла в HyperChem). но в некоторых программах требуются явно прописанные атомы водорода, тогда надо переводить из формата в формат. и другие ньюансы есть. пока не забивайте голову, выяснится по мере работы
А там в HyperChem можно увидеть и посчитать процессы происходящие в динамике химической реакции нуклеиновых кислот - например при кроссинговере ?
Кроссинговер, насколько я понимаю, протекает с участием многих белковых компонентов и при активном потреблении энергии АТФ. Попробуйте для начала описать этот процесс хотя бы на пальцах и определиться с тем, какие молекулы непосредственно там участвуют. Скорее всего в деталях ни один суперкомпьютер не потянет. Но не отчаивайтесь, после того как определились с полным списком участвующих молекул, постарайтесь упростить систему и вычленить только самые важные части. Если повезет, то некме их куски найдутся в формате PDB. Надо будет их склеивать, а по поводу недостающей информации фантазировать. В итоге жолжна получиться стартовая конфигурация, достаточно простая для расчетов, и уж с ней и надо играть. Задача сложная. Возможно Квантринас еще что подскажет.
Кроссинговер, насколько я понимаю, протекает с участием многих белковых компонентов и при активном потреблении энергии АТФ. Попробуйте для начала описать этот процесс хотя бы на пальцах и определиться с тем, какие молекулы непосредственно там участвуют. Скорее всего в деталях ни один суперкомпьютер не потянет. Но не отчаивайтесь, после того как определились с полным списком участвующих молекул, постарайтесь упростить систему и вычленить только самые важные части. Если повезет, то некме их куски найдутся в формате PDB. Надо будет их склеивать, а по поводу недостающей информации фантазировать. В итоге жолжна получиться стартовая конфигурация, достаточно простая для расчетов, и уж с ней и надо играть. Задача сложная. Возможно Квантринас еще что подскажет
Да нет Вы судя по всему не поняли моего вопроса. Я привел кроссинговер всего лишь как пример. Я спросил может ли в принципе программа молекулярного моделирования отображать (в том числе визуализировать) реакции в биомолекулах и осуществлять расчеты физических величин которые меняются во времени (нестационарные процессы) в этих реакциях ?
Да нет Вы судя по всему не поняли моего вопроса. Я привел кроссинговер всего лишь как пример. Я спросил может ли в принципе программа молекулярного моделирования отображать (в том числе визуализировать) реакции в биомолекулах и осуществлять расчеты физических величин которые меняются во времени (нестационарные процессы) в этих реакциях ?
Молекулярное моделирование для того и предназначено. Дьявол кроется в деталях. Какое число атомов хотите анализировать и в течение какого промежутка времени.
Молекулярное моделирование для того и предназначено. Дьявол кроется в деталях. Какое число атомов хотите анализировать и в течение какого промежутка времени
Да с молекулярного водорода начнем. За какое время там разрыв или воссоединение молекулы из двух одиночных атомов происходит ? Фемто- или пико...
Просто в молекулярной динамике обычно между атомами обычно действуют эмпирические (электростатические) потенциалы взаимодействия. А процесс разрыва химической связи это другое.