mittelspiel написал(а):
Но что именно методом молекулярной динамики рассчитывать будете?
Тут главное не что рассчитывать а побольше крутых слов и терминов. Как у Петровича. Главное замутить, а там глядишь - могет чего и выгорит
ну а ежели сурьёзно:
mittelspiel написал(а):
Боюсь что метод молекулярной динамики основывается на усреднениях, которые не позволяют отлавливать квантовые эффекты
Вы шо думаете я об этом не подумал ? Хорошего же Вы обо мне мнения, нечего сказать.
Но тоды у мя к ффам ффапрос:
почему там в скобках для некоторых прог пишется DFT ? :
en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics
AutoDock suite of automated docking tools,
Autodock Vina improved local search algorithm, suite of automated docking tools,
Abalone (classical, implicit water)
ABINIT (DFT)
ACEMD (running on NVIDIA GPUs: heavily optimized with CUDA)
ADUN (classical, P2P database for simulations)
AMBER (classical)
Ascalaph (classical, GPU accelerated)
CASTEP (DFT)
CPMD (DFT)
CP2K (DFT)
CHARMM (classical, the pioneer in MD simulation, extensive analysis tools)
COSMOS (classical and hybrid QM/MM, quantum-mechanical atomic charges with BPT)
Desmond (classical, parallelization with up to thousands of CPU's)
Culgi (classical, OPLS-AA, Dreiding, Nerd, and TraPPE-UA force fields)
DL_POLY (classical)
ESPResSo (classical, coarse-grained, parallel, extensible)
Fireball (tight-binding DFT)
GPIUTMD (classical, accelerated by GPUs, optimized with CUDA)
GROMACS (classical)
GROMOS (classical)
GULP (classical)
Hippo (classical)
HOOMD-Blue (classical, accelerated by NVIDIA GPUs, heavily optimized with CUDA)
Kalypso MD simulation of atomic collisions in solids
LAMMPS (classical, large-scale with spatial-decomposition of simulation domain for parallelism)
LPMD Las Palmeras Molecular Dynamics: flexible an modular MD.
MacroModel (classical)
MACSIMUS (classical, polarizability, thread-based parallelization)
MDynaMix (classical, parallel)
MOLDY (classical, parallel) latest release
Materials Studio (Forcite MD using COMPASS, Dreiding, Universal, cvff and pcff forcefields in serial or parallel, QMERA (QM+MD), ONESTEP (DFT), etc.)
MOSCITO (classical)
NAMD (classical, parallelization with up to thousands of CPU's)
nano-Material Simulation Toolkit
NEWTON-X (ab initio, surface-hopping dynamics)
ORAC (classical)
ProtoMol (classical, extensible, includes multigrid electrostatics)
PWscf (DFT)
RedMD (coarse-grained simulations package on GNU licence)
S/PHI/nX (DFT)
SIESTA (DFT)
Tremolo-X
VASP (DFT)
TINKER (classical)
YASARA (classical)
XMD (classical)
Отредактировано limarodessa (2011-06-05 14:14:45)