В обчем у меня вопрос к ув. mittelspiel

Как бы это мне найти пару-тройку баз чтобы можно было повертеть молекулы, посмотреть соответствующие углы, расстояния, чтобы потом можно было бы в гауссиан, гамесс или в прочую хрень загнать ?

Я тут надыбал кое-что, но - тут фиг разберешь без опыта... :

nar.oxfordjournals.org/content/29/1/1/T1.expansion.html

ndbserver.rutgers.edu/atlas/index.html
ndbserver.rutgers.edu

www.science.co.il/biomedical/Structure-Databases.asp

www.rcsb.org/pdb/home/home.do

www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/index.shtml

www.ebi.ac.uk/chebi/

www.bmrb.wisc.edu/www/structur.html

www.bigre.ulb.ac.be/Users/jvanheld/bioin...icals/databases.html

guides.lib.uiowa.edu/content.php?pid=14748&sid=99110

www.oxfordjournals.org/nar/database/c/

www.biodbs.info/

search.gpse.org/

www.biochemweb.org/structural.shtml

Подчеркну что меня интересует именно пространственная структура и взаимодействие частей молекул

повертеть - HyperChem. Это программа по Windows.
идите на molbiol, просите доступ к серверу, там дистрибутив лежит

а базы достаточно на первых порах вот этой
www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/index.shtml

mittelspiel написал(а):сибо

www.kirensky.ru/books/book/Program%20HyperChem/chapter_01.htm

mittelspiel написал(а):а как я вот сюда

www.moldyn.ru/library/manual/p2-1.htm

инфу о молекуле загоню ?

Заходите на ResearchGate.org
Там интересно в плане науки.
Есть группа по квантовой логике
Есть другие группы по теме Вам

limarodessa написал(а):Если есть рентгеновская структура то скачиваете файл с расширением .pdb в лбой базе данных. хотя бы в той которую я выше предложил. и открываете этот файл в HyperChem/
Базовые молекулы (ДНК, РНК, разные нуклеотиды) в HyperChem есть во встроенных библиотеках.

аминокислоты тоже в HyperChem есть во встроенной библиотеке. Любой белок можно собрать очень просто - кликая на аминокислоты

mittelspiel написал(а):Это что - научная социальная сеть ?

Типа вот этих ? :

www.methodspace.com/
www.science20.com/
www.mendeley.com/
network.nature.com/
www.academia.edu/

Так почему я до сих пор не слышал о ResearchGate.org ? (Те шо я перечислил у мя даффно в бразере забиты)

limarodessa написал(а):Типа вот этих. Но она в отличии от них заточена на работу в группах по интересам. Можете свою создать.

из тех что Вы еречислили заслуживает внимания только network.nature.com, но она заточена больше на систему блогов а не на обсуждение

mittelspiel написал(а):Ладна, нада погодить маленько, а то - бошка закипаеть... пока пАпробую разобраться с софтом (ну походу Вас поспрошаю)... потом уже в группы пойду...

Кстати здоровенная ента бандура шо Вы мне посоветали - с депозитфилеса больше часа качаетси

Отредактировано limarodessa (2011-06-04 00:35:03)

mittelspiel написал(а):Это тоже на группах базируется, но уж очень малочисленна
на RsearchGate около миллиона человек и все ученые

mittelspiel написал(а):чё так грусна ?

limarodessa написал(а):Ничего, она того стоит. Она лучшая в своем классе. Надеюсь Вы вылеченную версию качаете

mittelspiel написал(а):Я тоже на очень многое надеюсь. Например на то что когды она черес час скачаетси я обнаружу там
Скрытый текст:.. ГЫ ГЫ

Отредактировано limarodessa (2011-06-04 03:52:24)

limarodessa написал(а):В основном - по численности
Исключение - Mendeley (по численности большой но по концепции мне не нравится, считаю его бесполезным).

limarodessa написал(а):Лучше бы с молбиола скачали. По крайней мере вирусов точно не притащили бы

mittelspiel написал(а):Открыл, покрутил... что дальше делать ? Как мне увидеть как возникает квантовая сцепленность при делении клетки между двумя различными молекулами находящимися после завершения клеточного деления в разных клетках ?

limarodessa написал(а): Это же на Нобелевку задача, а Вы хотите так просто

я всего лишь знаю как покрутить, а как решать задачи нобелевского уровня я не знаю

mittelspiel написал(а):А кроме HyperChem какие еще проги самые известные ?

limarodessa написал(а):Вас какая молекула интересует, H2O? Изучать таки сложные явления надо на простых модельных системах, а не на клетках

PP написал(а):Есть исследования в этом плане и простейших молекул (молекулярный водород) - например итальянские авторы опубликовали статью на русском языке

www.mathnet.ru/php/archive.phtml?wshow=p...6090&option_lang=rus

А вот эти же авторы в англоязычном журнале:

www.ics.org.ru/eng?menu=mi_pubs&abstract=839

PP написал(а):Но тут вопрос в том - какая задача поставлена перед исследователем Природой - какое непонятное явление нужно объяснить - если существует необходимость изучения явления на уровне макромолекул то просто приходится заниматься не водородом а ДНК. Разумеется нужно идти от простого к сложному.

Ну и кроме того сейчас интенсивно изучается квантовая сцепленность в фотосинтезе и птичьем компасе (здесь это обсуждалось и публикации в нейчур, сайенс и физикл ревью). А там вроде бы не водород и не вода а - посложнее. Не буду также размещать здесь неоднократно обсуждаемые в теме ППГ статьи о квантовой сцепленности в ДНК (пару недель назад кстати такая статья была обубликована в журнале редактором которого является Люк Монтанье)

А вообще такую же реплику как Вы полтора года назад мне написали вот здесь:

www.nsu.ru/phpBB/viewtopic.php?t=20556&s...9af9fb9429d8ca769f3d

vk написал(а):Конечно задача которую я перед собой поставил чрезвычайно сложна. Ну например создание современного лекарственного средства обходится порядка миллиарда долларов. Создание современных лекарств вообще под силу далеко не каждой стране. И молекулярное моделирование там широко используется. А у меня даже не молекулярное а - субмолекулярное.

Отредактировано limarodessa (2011-06-04 21:00:29)

limarodessa написал(а):Это только потому что процесс имеет черезвычайно низкий кпд. Думаю, что скоро эта модель окончательно развалится и наконец будет прорыв. Особенно в области personalized medicine. Но большая фарма к этому не готова. Прорыв видимо пойдет за счет биотехов и стран типа Китая.

limarodessa написал(а):Там вполне разумно используется computational chemistry, docking etc Это совсем другие задачи.

limarodessa написал(а):Это потому что Ваш подход методологически неверен. Стараемся уберечь Вас от потери времени.

PP написал(а):Честно говоря я не проникся. Не могли бы Вы поподробнее ?

PP написал(а):А что квантовохимические расчеты совместно с молекулярным симулированием при создании лекарств не используются ?

PP написал(а):Мне сложить руки и ничего не делать или же изменить подход ?

limarodessa написал(а):Поподробнее будет долго. Но поскольку стоимость разработки лекарства порядка миллиарда, а вероятность успеха порядка 10%, то это может продолжаться только за счет блокбастеров, когда все население пьет один и тот же липитор Так долго продолжаться не может. Поэтому большая фарма подыхает сейчас.

limarodessa написал(а):Изменить подход. Возможно даже изменить постановку задачи. Поверьте если Вы начнете заниматься молекулярным моделированием, не имея соответсвующей подготовки, то ничего у Вас не получится. Я бы на Вашем месте занялся проведением экспериментов, где на статистическом уровне демонстрируется неадекватность существующих подходов. Тогда может к Вам потянутся специалисты у которых есть возможность помочь с более сложными физическими задачами.

Вообще задача найти квантовую сцепленность отличается от задачи покрутить молекулу сформулированной в начале топика. Вторая задача решается стандартными средствами и есть много готовых компьютерных программ. А для первой задачаи, боюсь что и софта готового нет. Самому Вам писать надо. А перед этим уравнения вывести для конкретной системы и метод симуляции. Я бы тут пошел по такому пути: посмотреть как в других статьях делают и попытаться для начала повторить их расчеты.

PP написал(а):Полагаю демонстрируя цифры будет очень сложно убедить научный пипл в том что с точки зрения теории вероятности существующие подходы необоснованны. У специалистов другая мотивация. Им подавай экономическую рентабельность (в виде грантов). А для получения грантов едва ли достаточно на статистическом уровне продемонстрировать неадекватность существующих подходов

Здесь действительно нужно
PP написал(а):Но если я изменю постановку задачи то исчезнет попытка решения моей задачи как таковой. Стоит ли мне это делать ? Ведь научная проблема то (в моем представлении) не исчезнет...

limarodessa написал(а):Вероятно, PP имел в виду уточнить формулировку задачи. Сформулировать ее очень четко, конкретно и с деталями чтобы было понятно и другим и самому.