Ключевое слово
21 | 02 | 2019
Новости Библиотеки

Шахматы онлайн

Чессбомб

Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Базы по пространственной структуре биомолекул

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 19:39 #1

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
В обчем у меня вопрос к ув. mittelspiel

Как бы это мне найти пару-тройку баз чтобы можно было повертеть молекулы, посмотреть соответствующие углы, расстояния, чтобы потом можно было бы в гауссиан, гамесс или в прочую хрень загнать ?

Я тут надыбал кое-что, но - тут фиг разберешь без опыта... :

nar.oxfordjournals.org/content/29/1/1/T1.expansion.html

ndbserver.rutgers.edu/atlas/index.html
ndbserver.rutgers.edu

www.science.co.il/biomedical/Structure-Databases.asp

www.rcsb.org/pdb/home/home.do

www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/index.shtml

www.ebi.ac.uk/chebi/

www.bmrb.wisc.edu/www/structur.html

www.bigre.ulb.ac.be/Users/jvanheld/bioin...icals/databases.html

guides.lib.uiowa.edu/content.php?pid=14748&sid=99110

www.oxfordjournals.org/nar/database/c/

www.biodbs.info/

search.gpse.org/

www.biochemweb.org/structural.shtml

Подчеркну что меня интересует именно пространственная структура и взаимодействие частей молекул
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
Last Edit: 28 Июнь 2015 05:47 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:04 #2

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
повертеть - HyperChem. Это программа по Windows.
идите на molbiol, просите доступ к серверу, там дистрибутив лежит

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:05 #3

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
а базы достаточно на первых порах вот этой
www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/index.shtml
Last Edit: 28 Июнь 2015 05:48 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:14 #4

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
повертеть - HyperChem. Это программа по Windows
сибо

www.kirensky.ru/books/book/Program%20HyperChem/chapter_01.htm
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
Last Edit: 28 Июнь 2015 05:48 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:17 #5

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
а базы достаточно на первых порах вот этой
www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/index.shtml
а как я вот сюда

www.moldyn.ru/library/manual/p2-1.htm

инфу о молекуле загоню ?
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
Last Edit: 28 Июнь 2015 05:48 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:17 #6

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Заходите на ResearchGate.org
Там интересно в плане науки.
Есть группа по квантовой логике
Есть другие группы по теме Вам

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:21 #7

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
а как я вот сюда

www.moldyn.ru/library/manual/p2-1.htm

инфу о молекуле загоню ?
Если есть рентгеновская структура то скачиваете файл с расширением .pdb в лбой базе данных. хотя бы в той которую я выше предложил. и открываете этот файл в HyperChem/
Базовые молекулы (ДНК, РНК, разные нуклеотиды) в HyperChem есть во встроенных библиотеках.
Last Edit: 28 Июнь 2015 05:49 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:25 #8

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
аминокислоты тоже в HyperChem есть во встроенной библиотеке. Любой белок можно собрать очень просто - кликая на аминокислоты

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:26 #9

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
Заходите на ResearchGate.org
Там интересно в плане науки.
Есть группа по квантовой логике
Есть другие группы по теме Вам
Это что - научная социальная сеть ?

Типа вот этих ? :

www.methodspace.com/
www.science20.com/
www.mendeley.com/
network.nature.com/
www.academia.edu/

Так почему я до сих пор не слышал о ResearchGate.org ? (Те шо я перечислил у мя даффно в бразере забиты)
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
Last Edit: 28 Июнь 2015 05:49 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:29 #10

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Это что - научная социальная сеть ?

Типа вот этих ? :

www.methodspace.com/
www.science20.com/
www.mendeley.com/
network.nature.com/
www.academia.edu/

Так почему я до сих пор не слышал о ResearchGate.org ? (Те шо я перечислил у мя даффно в бразере забиты)
Типа вот этих. Но она в отличии от них заточена на работу в группах по интересам. Можете свою создать.
Last Edit: 19 Фев 2019 07:09 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:32 #11

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
из тех что Вы еречислили заслуживает внимания только network.nature.com, но она заточена больше на систему блогов а не на обсуждение

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:34 #12

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
Типа вот этих. Но она в отличии от них заточена на работу в группах по интересам. Можете свою создать
Ладна, нада погодить маленько, а то - бошка закипаеть... пока пАпробую разобраться с софтом (ну походу Вас поспрошаю)... потом уже в группы пойду...

Кстати здоровенная ента бандура шо Вы мне посоветали - с депозитфилеса больше часа качаетси

Отредактировано limarodessa (2011-06-04 00:35:03)
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:35 #13

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):Это тоже на группах базируется, но уж очень малочисленна
на RsearchGate около миллиона человек и все ученые

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:35 #14

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
из тех что Вы еречислили заслуживает внимания только network.nature.com
чё так грусна ?
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:36 #15

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Кстати здоровенная ента бандура шо Вы мне посоветали - с депозитфилеса больше часа качаетси
Ничего, она того стоит. Она лучшая в своем классе. Надеюсь Вы вылеченную версию качаете

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:38 #16

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
Надеюсь Вы вылеченную версию качаете
Я тоже на очень многое надеюсь. Например на то что когды она черес час скачаетси я обнаружу там
Скрытый текст:
Для просмотра скрытого текста - login.htmlвойдите или register.htmlзарегистрируйтесь.
.. ГЫ ГЫ

Отредактировано limarodessa (2011-06-04 03:52:24)
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:40 #17

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
чё так грусна ?
В основном - по численности
Исключение - Mendeley (по численности большой но по концепции мне не нравится, считаю его бесполезным).

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 20:41 #18

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Я тоже на очень многое надеюсь. Например на то что когды она черес час скачаетси я обнаружу там кряк или таблетку.. ГЫ ГЫ
Лучше бы с молбиола скачали. По крайней мере вирусов точно не притащили бы

Базы по пространственной структуре биомолекул 03 Июнь 2011 23:57 #19

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
Если есть рентгеновская структура то скачиваете файл с расширением .pdb в лбой базе данных. хотя бы в той которую я выше предложил. и открываете этот файл в HyperChem/
Открыл, покрутил... что дальше делать ? Как мне увидеть как возникает квантовая сцепленность при делении клетки между двумя различными молекулами находящимися после завершения клеточного деления в разных клетках ?
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 12:38 #20

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Открыл, покрутил... что дальше делать ? Как мне увидеть как возникает квантовая сцепленность при делении клетки между двумя различными молекулами находящимися после завершения клеточного деления в разных клетках ?
Это же на Нобелевку задача, а Вы хотите так просто

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 12:39 #21

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
я всего лишь знаю как покрутить, а как решать задачи нобелевского уровня я не знаю

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 12:47 #22

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
mittelspiel написал(а):
HyperChem
А кроме HyperChem какие еще проги самые известные ?
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 16:12 #23

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23301
  • Thank you received: 136
  • Karma: -4
limarodessa написал(а):
Как мне увидеть как возникает квантовая сцепленность при делении клетки между двумя различными молекулами находящимися после завершения клеточного деления в разных клетках ?
Вас какая молекула интересует, H2O?
Изучать таки сложные явления надо на простых модельных системах, а не на клетках

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 16:36 #24

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
PP написал(а):
Вас какая молекула интересует, H2O?
Есть исследования в этом плане и простейших молекул (молекулярный водород) - например итальянские авторы опубликовали статью на русском языке

www.mathnet.ru/php/archive.phtml?wshow=p...6090&option_lang=rus

А вот эти же авторы в англоязычном журнале:

www.ics.org.ru/eng?menu=mi_pubs&abstract=839

PP написал(а):
Изучать таки сложные явления надо на простых модельных системах, а не на клетках
Но тут вопрос в том - какая задача поставлена перед исследователем Природой - какое непонятное явление нужно объяснить - если существует необходимость изучения явления на уровне макромолекул то просто приходится заниматься не водородом а ДНК. Разумеется нужно идти от простого к сложному.

Ну и кроме того сейчас интенсивно изучается квантовая сцепленность в фотосинтезе и птичьем компасе (здесь это обсуждалось и публикации в нейчур, сайенс и физикл ревью). А там вроде бы не водород и не вода а - посложнее. Не буду также размещать здесь неоднократно обсуждаемые в теме ППГ статьи о квантовой сцепленности в ДНК (пару недель назад кстати такая статья была обубликована в журнале редактором которого является Люк Монтанье)

А вообще такую же реплику как Вы полтора года назад мне написали вот здесь:

www.nsu.ru/phpBB/viewtopic.php?t=20556&s...9af9fb9429d8ca769f3d

vk написал(а):
А почему Вы такую сложную биохимическую систему выбрали? Там с водородом-то пока до конца не разобрались
Конечно задача которую я перед собой поставил чрезвычайно сложна. Ну например создание современного лекарственного средства обходится порядка миллиарда долларов. Создание современных лекарств вообще под силу далеко не каждой стране. И молекулярное моделирование там широко используется. А у меня даже не молекулярное а - субмолекулярное.

Отредактировано limarodessa (2011-06-04 21:00:29)
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
Last Edit: 28 Июнь 2015 05:50 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 17:11 #25

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23301
  • Thank you received: 136
  • Karma: -4
limarodessa написал(а):
Ну например создание современного лекарственного средства обходится порядка миллиарда долларов.
Это только потому что процесс имеет черезвычайно низкий кпд. Думаю, что скоро эта модель окончательно развалится и наконец будет прорыв. Особенно в области personalized medicine. Но большая фарма к этому не готова. Прорыв видимо пойдет за счет биотехов и стран типа Китая.

limarodessa написал(а):
И молекулярное моделирование там широко используется.
Там вполне разумно используется computational chemistry, docking etc Это совсем другие задачи.

limarodessa написал(а):
А вообще такую же реплику как Вы полтора года назад мне написали вот здесь
Это потому что Ваш подход методологически неверен. Стараемся уберечь Вас от потери времени.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 17:17 #26

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
PP написал(а):
Это только потому что процесс имеет черезвычайно низкий кпд. Думаю, что скоро эта модель окончательно развалится и наконец будет прорыв. Особенно в области personalized medicine. Но большая фарма к этому не готова. Прорыв видимо пойдет за счет биотехов и стран типа Китая.
Честно говоря я не проникся. Не могли бы Вы поподробнее ?

PP написал(а):
Там вполне разумно используется computational chemistry, docking etc Это совсем другие задачи.
А что квантовохимические расчеты совместно с молекулярным симулированием при создании лекарств не используются ?

PP написал(а):
Это потому что Ваш подход методологически неверен. Стараемся уберечь Вас от потери времени.
Мне сложить руки и ничего не делать или же изменить подход ?
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 17:37 #27

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23301
  • Thank you received: 136
  • Karma: -4
limarodessa написал(а):
Честно говоря я не проникся. Не могли бы Вы поподробнее ?
Поподробнее будет долго. Но поскольку стоимость разработки лекарства порядка миллиарда, а вероятность успеха порядка 10%, то это может продолжаться только за счет блокбастеров, когда все население пьет один и тот же липитор
Так долго продолжаться не может. Поэтому большая фарма подыхает сейчас.

limarodessa написал(а):
Мне сложить руки и ничего не делать или же изменить подход ?
Изменить подход. Возможно даже изменить постановку задачи. Поверьте если Вы начнете заниматься молекулярным моделированием, не имея соответсвующей подготовки, то ничего у Вас не получится. Я бы на Вашем месте занялся проведением экспериментов, где на статистическом уровне демонстрируется неадекватность существующих подходов. Тогда может к Вам потянутся специалисты у которых есть возможность помочь с более сложными физическими задачами.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 17:57 #28

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Вообще задача найти квантовую сцепленность отличается от задачи покрутить молекулу сформулированной в начале топика. Вторая задача решается стандартными средствами и есть много готовых компьютерных программ. А для первой задачаи, боюсь что и софта готового нет. Самому Вам писать надо. А перед этим уравнения вывести для конкретной системы и метод симуляции. Я бы тут пошел по такому пути: посмотреть как в других статьях делают и попытаться для начала повторить их расчеты.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 17:59 #29

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Диссидент
  • Posts: 13585
  • Thank you received: 34
  • Karma: 1
PP написал(а):
Я бы на Вашем месте занялся проведением экспериментов, где на статистическом уровне демонстрируется неадекватность существующих подходов. Тогда может к Вам потянутся специалисты у которых есть возможность помочь с более сложными физическими задачами.
Полагаю демонстрируя цифры будет очень сложно убедить научный пипл в том что с точки зрения теории вероятности существующие подходы необоснованны. У специалистов другая мотивация. Им подавай экономическую рентабельность (в виде грантов). А для получения грантов едва ли достаточно на статистическом уровне продемонстрировать неадекватность существующих подходов

Здесь действительно нужно
PP написал(а):
изменить постановку задачи
Но если я изменю постановку задачи то исчезнет попытка решения моей задачи как таковой. Стоит ли мне это делать ? Ведь научная проблема то (в моем представлении) не исчезнет...
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:02 #30

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Но если я изменю постановку задачи то исчезнет попытка решения моей задачи как таковой. Стоит ли мне это делать ? Ведь научная проблема то (в моем представлении) не исчезнет...
Вероятно, PP имел в виду уточнить формулировку задачи. Сформулировать ее очень четко, конкретно и с деталями чтобы было понятно и другим и самому.
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум