 |
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
повертеть - HyperChem. Это программа по Windows.
идите на molbiol, просите доступ к серверу, там дистрибутив лежит
|
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
Заходите на ResearchGate.org
Там интересно в плане науки.
Есть группа по квантовой логике
Есть другие группы по теме Вам
|
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
limarodessa написал(а): а как я вот сюда
www.moldyn.ru/library/manual/p2-1.htm
инфу о молекуле загоню ? Если есть рентгеновская структура то скачиваете файл с расширением .pdb в лбой базе данных. хотя бы в той которую я выше предложил. и открываете этот файл в HyperChem/
Базовые молекулы (ДНК, РНК, разные нуклеотиды) в HyperChem есть во встроенных библиотеках.
|
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
аминокислоты тоже в HyperChem есть во встроенной библиотеке. Любой белок можно собрать очень просто - кликая на аминокислоты
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
mittelspiel написал(а): Заходите на ResearchGate.org
Там интересно в плане науки.
Есть группа по квантовой логике
Есть другие группы по теме Вам Это что - научная социальная сеть ?
Типа вот этих ? :
www.methodspace.com/
www.science20.com/
www.mendeley.com/
network.nature.com/
www.academia.edu/
Так почему я до сих пор не слышал о ResearchGate.org ? (Те шо я перечислил у мя даффно в бразере забиты)
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
из тех что Вы еречислили заслуживает внимания только network.nature.com, но она заточена больше на систему блогов а не на обсуждение
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
mittelspiel написал(а): Типа вот этих. Но она в отличии от них заточена на работу в группах по интересам. Можете свою создать Ладна, нада погодить маленько, а то - бошка закипаеть... пока пАпробую разобраться с софтом (ну походу Вас поспрошаю)... потом уже в группы пойду...
Кстати здоровенная ента бандура шо Вы мне посоветали - с депозитфилеса больше часа качаетси
Отредактировано limarodessa (2011-06-04 00:35:03)
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
mittelspiel написал(а): Это тоже на группах базируется, но уж очень малочисленна
на RsearchGate около миллиона человек и все ученые
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
mittelspiel написал(а): из тех что Вы еречислили заслуживает внимания только network.nature.com чё так грусна ?
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
limarodessa написал(а): Кстати здоровенная ента бандура шо Вы мне посоветали - с депозитфилеса больше часа качаетси Ничего, она того стоит. Она лучшая в своем классе. Надеюсь Вы вылеченную версию качаете
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
mittelspiel написал(а): Надеюсь Вы вылеченную версию качаете Я тоже на очень многое надеюсь. Например на то что когды она черес час скачаетси я обнаружу там
Скрытый текст: Для просмотра скрытого текста - login.html войдите или register.html зарегистрируйтесь. .. ГЫ ГЫ
Отредактировано limarodessa (2011-06-04 03:52:24)
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
limarodessa написал(а): чё так грусна ? В основном - по численности
Исключение - Mendeley (по численности большой но по концепции мне не нравится, считаю его бесполезным).
|
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
limarodessa написал(а): Я тоже на очень многое надеюсь. Например на то что когды она черес час скачаетси я обнаружу там кряк или таблетку.. ГЫ ГЫ Лучше бы с молбиола скачали. По крайней мере вирусов точно не притащили бы
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
mittelspiel написал(а): Если есть рентгеновская структура то скачиваете файл с расширением .pdb в лбой базе данных. хотя бы в той которую я выше предложил. и открываете этот файл в HyperChem/ Открыл, покрутил... что дальше делать ? Как мне увидеть как возникает квантовая сцепленность при делении клетки между двумя различными молекулами находящимися после завершения клеточного деления в разных клетках ?
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
limarodessa написал(а): Открыл, покрутил... что дальше делать ? Как мне увидеть как возникает квантовая сцепленность при делении клетки между двумя различными молекулами находящимися после завершения клеточного деления в разных клетках ? Это же на Нобелевку задача, а Вы хотите так просто
|
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
я всего лишь знаю как покрутить, а как решать задачи нобелевского уровня я не знаю
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
mittelspiel написал(а): HyperChem А кроме HyperChem какие еще проги самые известные ?
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
PP
-
-
OFFLINE
-
Боярин
-
- Posts: 28606
- Thank you received: 209
-
Karma: 3
-
|
limarodessa написал(а): Как мне увидеть как возникает квантовая сцепленность при делении клетки между двумя различными молекулами находящимися после завершения клеточного деления в разных клетках ? Вас какая молекула интересует, H2O? Изучать таки сложные явления надо на простых модельных системах, а не на клетках
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
PP написал(а): Вас какая молекула интересует, H2O? Есть исследования в этом плане и простейших молекул (молекулярный водород) - например итальянские авторы опубликовали статью на русском языке
www.mathnet.ru/php/archive.phtml?wshow=p...6090&option_lang=rus
А вот эти же авторы в англоязычном журнале:
www.ics.org.ru/eng?menu=mi_pubs&abstract=839
PP написал(а): Изучать таки сложные явления надо на простых модельных системах, а не на клетках Но тут вопрос в том - какая задача поставлена перед исследователем Природой - какое непонятное явление нужно объяснить - если существует необходимость изучения явления на уровне макромолекул то просто приходится заниматься не водородом а ДНК. Разумеется нужно идти от простого к сложному.
Ну и кроме того сейчас интенсивно изучается квантовая сцепленность в фотосинтезе и птичьем компасе (здесь это обсуждалось и публикации в нейчур, сайенс и физикл ревью). А там вроде бы не водород и не вода а - посложнее. Не буду также размещать здесь неоднократно обсуждаемые в теме ППГ статьи о квантовой сцепленности в ДНК (пару недель назад кстати такая статья была обубликована в журнале редактором которого является Люк Монтанье)
А вообще такую же реплику как Вы полтора года назад мне написали вот здесь:
www.nsu.ru/phpBB/viewtopic.php?t=20556&s...9af9fb9429d8ca769f3d
vk написал(а): А почему Вы такую сложную биохимическую систему выбрали? Там с водородом-то пока до конца не разобрались Конечно задача которую я перед собой поставил чрезвычайно сложна. Ну например создание современного лекарственного средства обходится порядка миллиарда долларов. Создание современных лекарств вообще под силу далеко не каждой стране. И молекулярное моделирование там широко используется. А у меня даже не молекулярное а - субмолекулярное.
Отредактировано limarodessa (2011-06-04 21:00:29)
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
PP
-
-
OFFLINE
-
Боярин
-
- Posts: 28606
- Thank you received: 209
-
Karma: 3
-
|
limarodessa написал(а): Ну например создание современного лекарственного средства обходится порядка миллиарда долларов. Это только потому что процесс имеет черезвычайно низкий кпд. Думаю, что скоро эта модель окончательно развалится и наконец будет прорыв. Особенно в области personalized medicine. Но большая фарма к этому не готова. Прорыв видимо пойдет за счет биотехов и стран типа Китая.
limarodessa написал(а): И молекулярное моделирование там широко используется. Там вполне разумно используется computational chemistry, docking etc Это совсем другие задачи.
limarodessa написал(а): А вообще такую же реплику как Вы полтора года назад мне написали вот здесь Это потому что Ваш подход методологически неверен. Стараемся уберечь Вас от потери времени.
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
PP написал(а): Это только потому что процесс имеет черезвычайно низкий кпд. Думаю, что скоро эта модель окончательно развалится и наконец будет прорыв. Особенно в области personalized medicine. Но большая фарма к этому не готова. Прорыв видимо пойдет за счет биотехов и стран типа Китая. Честно говоря я не проникся. Не могли бы Вы поподробнее ?
PP написал(а): Там вполне разумно используется computational chemistry, docking etc Это совсем другие задачи. А что квантовохимические расчеты совместно с молекулярным симулированием при создании лекарств не используются ?
PP написал(а): Это потому что Ваш подход методологически неверен. Стараемся уберечь Вас от потери времени. Мне сложить руки и ничего не делать или же изменить подход ?
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
PP
-
-
OFFLINE
-
Боярин
-
- Posts: 28606
- Thank you received: 209
-
Karma: 3
-
|
limarodessa написал(а): Честно говоря я не проникся. Не могли бы Вы поподробнее ? Поподробнее будет долго. Но поскольку стоимость разработки лекарства порядка миллиарда, а вероятность успеха порядка 10%, то это может продолжаться только за счет блокбастеров, когда все население пьет один и тот же липитор Так долго продолжаться не может. Поэтому большая фарма подыхает сейчас.
limarodessa написал(а): Мне сложить руки и ничего не делать или же изменить подход ? Изменить подход. Возможно даже изменить постановку задачи. Поверьте если Вы начнете заниматься молекулярным моделированием, не имея соответсвующей подготовки, то ничего у Вас не получится. Я бы на Вашем месте занялся проведением экспериментов, где на статистическом уровне демонстрируется неадекватность существующих подходов. Тогда может к Вам потянутся специалисты у которых есть возможность помочь с более сложными физическими задачами.
|
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
Вообще задача найти квантовую сцепленность отличается от задачи покрутить молекулу сформулированной в начале топика. Вторая задача решается стандартными средствами и есть много готовых компьютерных программ. А для первой задачаи, боюсь что и софта готового нет. Самому Вам писать надо. А перед этим уравнения вывести для конкретной системы и метод симуляции. Я бы тут пошел по такому пути: посмотреть как в других статьях делают и попытаться для начала повторить их расчеты.
|
|
-
limarodessa
-
-
OFFLINE
-
Доцент
-
- Posts: 14258
- Thank you received: 50
-
Karma: 2
-
|
PP написал(а): Я бы на Вашем месте занялся проведением экспериментов, где на статистическом уровне демонстрируется неадекватность существующих подходов. Тогда может к Вам потянутся специалисты у которых есть возможность помочь с более сложными физическими задачами. Полагаю демонстрируя цифры будет очень сложно убедить научный пипл в том что с точки зрения теории вероятности существующие подходы необоснованны. У специалистов другая мотивация. Им подавай экономическую рентабельность (в виде грантов). А для получения грантов едва ли достаточно на статистическом уровне продемонстрировать неадекватность существующих подходов
Здесь действительно нужно
PP написал(а): изменить постановку задачи Но если я изменю постановку задачи то исчезнет попытка решения моей задачи как таковой. Стоит ли мне это делать ? Ведь научная проблема то (в моем представлении) не исчезнет...
|
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
|
-
mittelspiel
-
-
OFFLINE
-
Посадник
-
- Posts: 3974
- Thank you received: 14
-
Karma: 1
-
|
limarodessa написал(а): Но если я изменю постановку задачи то исчезнет попытка решения моей задачи как таковой. Стоит ли мне это делать ? Ведь научная проблема то (в моем представлении) не исчезнет... Вероятно, PP имел в виду уточнить формулировку задачи. Сформулировать ее очень четко, конкретно и с деталями чтобы было понятно и другим и самому.
|
|
|
|
 |