Ключевое слово
23 | 04 | 2024
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Базы по пространственной структуре биомолекул

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:10 #31

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Вообще задача найти квантовую сцепленность отличается от задачи покрутить молекулу сформулированной в начале топика. Вторая задача решается стандартными средствами и есть много готовых компьютерных программ. А для первой задачаи, боюсь что и софта готового нет. Самому Вам писать надо. А перед этим уравнения вывести для конкретной системы и метод симуляции. Я бы тут пошел по такому пути: посмотреть как в других статьях делают и попытаться для начала повторить их расчеты
Здесь проблема не в возникновении квантовой запутанности самой по себе и как таковой. В том что она (запутанность) возникает в биологических объектах на доли секунды в научном сообществе на сегодняшний день сомнений нет. Это экспериментально доказано и озвучено в журналах. Проблема в другом. Для того чтобы доказать мою гипотезу нужно убедить научное сообщество в том что квантовая сцепленность в биологических объектах может поддерживаться длительное время до старения организма. Как известно квантовая сцепленность подвержена разрушению - вследствие декогеренции. Препятствовать декогеренции может (как это делается искусственно в ионных ловушках на кристаллах) сложное строение, принцип организации и функционирование биомакромолекул. И вот как именно это может происходить мне и предстоит выяснить. Кроме того существует такой способ борьбы с декогеренцией как так называемая квантовая коррекция ошибок. Для этого квантово запутанными должны быть очень многие молекулы. В биомолекулах это вполне было бы реализуемо . В приличных журналах я нашел две статьи еще конца 90-х где высказывается предположение что молекулы ДНК могли бы быть использованы для препятствования декогеренции.

Отредактировано limarodessa (2011-06-04 22:13:57)

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:11 #32

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Холоп
  • Posts: 31409
  • Thank you received: 224
  • Karma: -124
mittelspiel написал(а):
Сформулировать ее очень четко, конкретно и с деталями чтобы было понятно и другим и самому.
Именно это я и имел в виду. И упростить по возможности до самых bare bones.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:14 #33

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Продолжение поста 31

Так вот для анализа такой возможности полагаю вполне достаточно существующих программ и баз данных. Более того - они необходимы. Вот только пользоваться ими нужно квалифицированно. Интенсивно качаю современную англоязычную литературу (монографии и статьи) по квантовой химии.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:16 #34

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
PP написал(а):
потянутся специалисты у которых есть возможность помочь с более сложными физическими задачами.
Ну разумеется. Коллектив нужен. В современных фармакомпаниях работают большие коллективы а препарат создается порой на протяжении более чем 20 лет

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:18 #35

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Так вот для анализа такой возможности полагаю вполне достаточно существующих программ и баз данных. Более того - они необходимы. Вот только пользоваться ими нужно квалифицированно. Интенсивно качаю современную англоязычную литературу (монографии и статьи) по квантовой химии.
Тут надо бы определиться с техническими деталями Вашей задачи. Что будет является признаком установления квантовой сцепленности? Что будет является признаком отстутствия квантовой сцепленности? О каких молекулах, каких временах. каких расстояниях идет ресь. Будете симулировать в вакууме или в воде? Воду будете явным опразом прорисовывать? И.т.д.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:19 #36

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Холоп
  • Posts: 31409
  • Thank you received: 224
  • Karma: -124
limarodessa написал(а):
Для того чтобы доказать мою гипотезу нужно убедить научное сообщество в том что квантовая сцепленность в биологических объектах может поддерживаться длительное время до старения организма.
Перед тем как доказывать, надо проверить. Вы можете предложить эксперимент, который мог бы проверить Вашу гипотезу? Кстати в чем конкретно она состоит?

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:19 #37

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
limarodessa написал(а):
для анализа такой возможности полагаю вполне достаточно существующих программ и баз данных. Более того - они необходимы.
Я считаю что ППГ не смог убедить своих оппонентов в том числе и потому что не использовал современные базы пространственных структур ДНК и программы для моделирования

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:20 #38

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Ну разумеется. Коллектив нужен. В современных фармакомпаниях работают большие коллективы а препарат создается порой на протяжении более чем 20 лет
А Вы сходите на конференцию в Киеве которую я порекомендовал по нанобиофизике. Там есть в числе организаторов несколько специалистов высокого уровня, в том числе и по этой проблеме. www.iop.kiev.ua/~nbp2011/

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:23 #39

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Я считаю что ППГ не смог убедить своих оппонентов в том числе и потому что не использовал современные базы пространственных структур ДНК и программы для моделирования
Понимаете. с програмками такая вещь. Их создают неординарные люди для рещения ординарных задач. Как правило. Ими пользоваться надо конечно, задавайте вопросы если будут. но прорыва без оригинального софта обычно не сделать.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:24 #40

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Что будет является признаком установления квантовой сцепленности?
Наличие квантовой когерентности и нелокальных корреляций

mittelspiel написал(а):
Что будет является признаком отстутствия квантовой сцепленности?
Отсутствие квантовой когерентности и нелокальных корреляций

mittelspiel написал(а):
О каких молекулах
Обязательно тех что задействованы в митозе и мейозе

mittelspiel написал(а):
каких расстояниях идет ресь
Ангстремы

mittelspiel написал(а):
каких временах
Времена могут быть малыми но нужна квантовая коррекция ошибок

mittelspiel написал(а):
Будете симулировать в вакууме или в воде? Воду будете явным опразом прорисовывать? И.т.д.
Да - вода создает дополнительную головную боль в плане декогеренции. А в клетке вода везде.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:25 #41

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Холоп
  • Posts: 31409
  • Thank you received: 224
  • Karma: -124
limarodessa написал(а):
Я считаю что ППГ  не смог убедить своих оппонентов в том числе и потому что не использовал современные базы пространственных структур ДНК
ППГ не смог убедить потому что неспособен внятно формулировать гипотезы, но главное его фантом никто не смог воспроизвести. А если нет фантома то чего вообще там обсуждать? Дальше человек утверждает, что модель Крика не верна. Отлично, продемонстрируй, что ты можешь заставить рибосому синтезировать пептиды, которые противоречат модели. Он это сделал? Нет. А на нет и суда нет. Поэтому его никто серьезно не воспринимает.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:26 #42

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Наличие квантовой когерентности и нелокальных корреляций
Это не количественный критерий. Программма выдаст Вам на выходе простыню цифр. Какой Ваш количественный критерий того, что есть или нет квантовая сцепленность?

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:28 #43

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Да - вода создает дополнительную головную боль в плане декогеренции. А в клетке вода везде.
Это не ответ. Вы должны определиться каким образом учитываете воду в расчетах. В зависимости от этого определится какие вычислительные мощности нужны (лаптоп или суперкомпьютер) и какие максимальные времена и расстояния реально рассмотреть.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:28 #44

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
PP написал(а):
Перед тем как доказывать, надо проверить. Вы можете предложить эксперимент, который мог бы проверить Вашу гипотезу?
На половину я его вижу. Но лишь наполовину. Полагаю рамановские спектры и комптоновское рассеяние могут помочь в плане выяснения импульса. Но нужны еще координаты. Это чтобы отталкиваться от соотношения неопределенности Гейзенберга. Я думал может активные центры ферментов позволять точно расчитать координату. Что скажет mittelspiel ?

PP написал(а):
Кстати в чем конкретно она состоит?
А Вы разве не помните ? Я полтора года здесь на форуме с этим сижу - корреляция между различными организмами

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:29 #45

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Какой Ваш количественный критерий того, что есть или нет квантовая сцепленность?
limarodessa написал(а):
Полагаю рамановские спектры и комптоновское рассеяние могут помочь в плане выяснения импульса. Но нужны еще координаты. Это чтобы отталкиваться от соотношения неопределенности Гейзенберга. Я думал может активные центры ферментов позволять точно расчитать координату. Что скажет mittelspiel ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:30 #46

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Это не ответ. Вы должны определиться каким образом учитываете воду в расчетах. В зависимости от этого определится какие вычислительные мощности нужны (лаптоп или суперкомпьютер) и какие максимальные времена и расстояния реально рассмотреть.
А что посоветуете ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:30 #47

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Холоп
  • Posts: 31409
  • Thank you received: 224
  • Karma: -124
limarodessa написал(а):
Наличие квантовой когерентности и нелокальных корреляций
Корреляций чего? Какой наблюдаемой величины?

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:30 #48

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Времена могут быть малыми
Это тоже неточная формулировка. надо бы определиться конкретнее, то ли это фемтосекунды, то ли пикосекунды, то ли что-то другое.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:31 #49

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
А Вы сходите на конференцию в Киеве которую я порекомендовал по нанобиофизике. Там есть в числе организаторов несколько специалистов высокого уровня, в том числе и по этой проблеме. www.iop.kiev.ua/~nbp2011/
А не проще ли по скайпу ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:32 #50

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
На половину я его вижу. Но лишь наполовину. Полагаю рамановские спектры и комптоновское рассеяние могут помочь в плане выяснения импульса. Но нужны еще координаты. Это чтобы отталкиваться от соотношения неопределенности Гейзенберга. Я думал может активные центры ферментов позволять точно расчитать координату. Что скажет mittelspiel ?
Полагаю что помочь могут, но нужно более конкретно. Это не формулировка эксперимента. Кстати, импульс чего?

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:32 #51

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
PP написал(а):
Корреляций чего? Какой наблюдаемой величины?
Допустим импульса и координаты электрона в орбитали

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:33 #52

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Кстати, импульс чего?
limarodessa написал(а):
Допустим импульса и координаты электрона в орбитали

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:33 #53

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
А не проще ли по скайпу ?
Вряд ли кто-то из них с вами по скайпу разговаривать будет. По причине занятости. А на конференции есть шанс взять за пуговицу и за пивом выяснить вопросы.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:36 #54

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Это тоже неточная формулировка. надо бы определиться конкретнее, то ли это фемтосекунды, то ли пикосекунды, то ли что-то другое
Могут быть и пико и фемто. Вопрос не в этом. Вопрос в том что за это время релаксации должно успеть произойти обработка и передача квантовой информации и квантовая коррекция ошибок чтобы в момент разрушения когерентности в одной орбитали другая подхватила знамя когерентности

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:36 #55

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Допустим импульса и координаты электрона в орбитали
С координатами элкетрона в орбитали напряженка из-за принципа Гейзенберга. С софтом тоже напряженка. Надо квантринаса спрашивать.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:38 #56

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Вряд ли кто-то из них с вами по скайпу разговаривать будет. По причине занятости
Один наш с Вами общий знакомый из Лондона сам мне предложил. Я его даже не просил о скайпе. И хоть до скайпа дело не дошло но я именно после его письма купил на всякий случай вэбку

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:39 #57

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Могут быть и пико и фемто. Вопрос не в этом. Вопрос в том что за это время релаксации должно успеть произойти обработка и передача квантовой информации и квантовая коррекция ошибок чтобы в момент разрушения когерентности в одной орбитали другая подхватила знамя когерентности
ТОгда Вам надо наверное сформудировать некий макроскопически детектируемый признак передачи квантовой информации который потом отлавливать.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:39 #58

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
С координатами элкетрона в орбитали напряженка из-за принципа Гейзенберга
limarodessa написал(а):
Я думал может активные центры ферментов позволять точно расчитать координату. Что скажет mittelspiel ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:47 #59

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
ТОгда Вам надо наверное сформудировать некий макроскопически детектируемый признак передачи квантовой информации который потом отлавливать
вот здесь самый известный из самых последних экспериментов (там полный текст статьи доступен свободно справа)

www.pnas.org/content/107/46/19708.short

но там меряют спины. В случае ДНК не катит - там нуклеофильная атака а не свободнорадикальный механизм. Поэтому электроны не распариваются и спины хрен померяешь вот поэтому я ничего не могу придумать. Вот почему мне нужно мнение mittelspiel по активным центрам ферментов
Last Edit: 25 Март 2018 06:58 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:49 #60

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Я думал может активные центры ферментов позволять точно расчитать координату. Что скажет mittelspiel ?
Я думаю на тему активных центров ферментов работ много, почитайте как они рассчитывают и главное что.
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум