Биологи-экспериментаторы не понимают и не воспринимают язык математики – наличие формул в статье катастрофически снижает ее шансы быть процитированной, установили британские ученые. Они рекомендуют руководству биологических вузов усилить преподавание математических дисциплин, а авторам статей – налегать на описательные образы и переносить формулы в приложение. Знаменитый физик Стивен Хокинг также поддерживает идею ухода от математического формализма.



Есть простое и интуитивно понятное правило – популярность той или иной теории определяется в первую очередь ее научной ценностью и новизной. Но, оказывается, это правило не так уж и непреложно. Исследование, проведенное британскими биологами Тимом Фоссетом и Эндрю Хиггинсоном из Бристольской школы биологических наук и опубликованное в последнем номере журнала Proceedings of the National Academy of Sciences, показало, что распространению новых идей изрядно мешает содержащаяся в них математика.

Фоссет и Хиггинсон пришли к такому заключению, изучив цитируемость всех статей, помещенных в 1998 году в трех важнейших журналах по экологии и эволюции – Evolution, Proceedings of the Royal Society of London B и The American Naturalist. Они обнаружили, что

чем больше математических формул содержится в статье, тем меньше на нее ссылаются.

На статьи, наиболее упакованные математическими формулами, ссылаются вдвое реже, чем на статьи, содержащие меньше одной формулы на две журнальных страницы текста. В среднем, утверждают авторы, каждая дополнительная формула на одну страницу текста снижает цитируемость статьи на 28%.


Многих исследователей и раньше беспокоило то, как математика может повлиять на читабельность их работ. Среди них были, например, такие гиганты, как знаменитый физик-теоретик Стивен Хокинг.

«Формулы, – однажды сказал он, – есть докучливая часть математики. Я стараюсь видеть мир в геометрических терминах».

Но бристольская группа оказалась первой, попытавшейся оценить масштаб проблемы математически. И их статья не содержит ни одной математической формулы, хотя и насыщена цифрами.

«Быть в США деканом — чистое проклятие»
В Татьянин день выпускник МГУ и профессор Университета штата Нью-Йорк в Стоуни-Брук Артем Оганов рассказал «Газете.Ru», что у него в лаборатории все аспиранты — китайцы, что большая часть...

Биология не относится к разряду точных наук, однако математика все больше и больше проникает в нее. Как и всякая другая наука, биология есть сочетание теории и эксперимента, где очень важно их взаимное влияние друг на друга, их взаимопроникновение. Строго говоря, математика необходима и теоретикам, и эмпирикам – первым она необходима для строгого описания их теории, вторым – для того, чтобы должным образом оформить и проанализировать результаты их наблюдений. И, конечно, математика нужна последним, чтобы лучше понимать теоретиков.

У биологов-теоретиков с математикой все в порядке. Как показала работа Фоссета и Хиггинсона, они с готовностью цитируют статьи своих коллег, даже если те перенасыщены формулами.

Однако экспериментаторы настолько демонстративно игнорируют статьи с большим количеством математических формул, что общий счет оказывается далеко не в пользу математики.

И это, утверждают исследователи, говорит о наличии коммуникационного барьера в биологии между теорией и экспериментом. Новые теории появляются, но часто им грозит участь забвения, поскольку мало кто заинтересуется ими и решит проверить их экспериментально.



Есть очевидный способ преодолеть этот «математический» коммуникационный барьер – преподавать математику студентам биологических вузов в намного большем объеме, чем это делается сейчас. Правда, это долгий и очень нелегкий путь. Возможно также, что этот барьер возникает по причинам, намного более сложным и глубинным, чем недостаточная математическая образованность, – вспомним, еще в средней школе большинство детей, интересующихся науками, начинают делиться на тех, кто испытывает склонность либо к точным наукам, либо к биологии, истории и т. п. Эти множества мало пересекаются, и, стало быть, отсутствие интереса к математике закладывается у многих биологов еще в юном возрасте.

Но выход все-таки есть, и он опять же следует из работы бристольской группы.

Их анализ показывает, что количество математических формул, помещенных в приложениях к статьям, никак не влияет на их цитируемость. Отсюда их рецепт – поменьше формул в главном теле статьи, побольше объясняющего текста, позволяющего читателю разобраться с основными положениями теории и ее приложениями.

Математика может ли помочь предсказать образование разных упорядоченных структур на разных уровнях живого?

Сия наука под ярлычком биоинформатики

Здаёцца нам, что далеко на кляче сей не ускачешь

но (аналоговый, так сказать, в отличие от цифровых геноф-триплетоф) метаболизм по-прежнему заключен за семью дверями с замками

Сия наука под ярлычком биоинформатики иногда позволяет заработать неплохие деньги.

приходилось применять теорию графов и всякие извращения изощрения типа метода Альтмана для расчёта кинетических уравнений и выяснения механизмов двухсубстратных ферментативных реакций.

В чем состоит метод сей?

Простейший микроорганизм, вызывающий инфекции, передающиеся половым путем, стал первым в мире биологическим организмом, функционирование которого было до самых мельчайших деталей симулировано на компьютере. Компьютерная модель жизни представляет собой первый реально работающий цифровой образец, симулирующий полный цикл химико-биологических реакций живого организма от рождения до гибели.

Ученые говорят, что микроорганизм Mycoplasma genitalium является хорошим кандидатом на воспроизведение в цифре, так как его геном содержит всего-навсего 525 генов. Для сравнения, человеческий геном содержит более 20 500 генов.

Авторы эксперимента говорят, что создание цифрового аналога реальной бактерии открывает для науки границы, которые трудно переоценить. В перспективе исследователи смогут создавать куда более сложные организмы, симулируя их деятельность на компьютерах. Также это позволяет полностью в цифровой форме генерировать виртуальные модели организмов, экспериментировать с ними и исследовать их.

Маркус Коверт, профессор биоинженерии в Стенфордском университете, говорит, что подобные организмы, моделируемые на компьютерах позволяют ученым в реальном времени обмениваться своими данными и проводить совместные исследования, находясь в разных частях планеты. В будущем мы при помощи такой техники можем понять, к примеру, как много генов провоцируют раковые опухоли, а также лучше понять, как бороться с теми или иными неизлечимыми на сегодня болезнями. Сейчас очевидно, что такие болезни, как рак, не ограничены одним геном, симулировав деятельность генов на компьютере, мы гораздо лучше поймем сущность заболевания, - говорит он.

симулировав деятельность генов на компьютере, мы гораздо лучше поймем сущность заболевания, - говорит он.

В чем профанация, РР ?

В том, что для описания системы из 525 генов нужен миллион параметров, большинство из которых найдут подгонкой, что приведет к оверфиттингу.

Именно так уже не говоря о том, что помимо параметров нет даже и уравнений для большинства переменных в такой системе.

Простейший микроорганизм, вызывающий инфекции, передающиеся половым путем, стал первым в мире биологическим организмом, функционирование которого было до самых мельчайших деталей симулировано на компьютере. Компьютерная модель жизни представляет собой первый реально работающий цифровой образец, симулирующий полный цикл химико-биологических реакций живого организма от рождения до гибели.

На данный момент такое к сожалению невозможно.

На данный момент такое к сожалению невозможно.

Мит драсте ! Вы когда то писали что знаете архив препринтов по биологии (не могу найти этот Ваш пост) где посетители могут оставлять комменты... Если можно - дайте линк...

Мит драсте ! Вы когда то писали что знаете архив препринтов по биологии (не могу найти этот Ваш пост) где посетители могут оставлять комменты... Если можно - дайте линк...

After five years of operation, the Nature Publishing Group is will no longer accept submissions to its preprint server Nature Precedings, having found the experiment “unsustainable as it was originally conceived.”

нужен миллион параметров, большинство из которых найдут подгонкой, что приведет к оверфиттингу.

Overfitting это когда подставляют замеренные опытом значения, тем самым форсируя руками тавтологическое совпадение с тем же опытом?

Читал как-будто, что какие-то массовые network подходы применяют, дабы рассчитывать хим. реакции в клетках и между. Я не знаю сталкивалась ли до сих пор физико-химия с синхронизованной динамикой разных между собой упорядоченных структур, но как-будто биология выходит за пределы всех известных работающих моделей и по существу выглядит магической