Математика & биология, биоинформатика
16 Нояб 2009 00:21 #34
Vladimirovich написал(а):
Хайдук написал: Отпугнули мы Иванка своим (божественным) антропоцентризмом
Но мы же ждем разоблачений
Так и не дождались разоблачений со стороны самого Крыса молекулярной генетики и якобы божественного происхождения сознания и человека
А ivank весьма кстати подвернулся бы в споре с квантово-запутанным Петром Гаряевым
, хотя многочастичная синхронизованность и как следствие возникновение коллективных структур всегда являлись мистериями в классической физике. Могут ли те иметь лишь запутанные корни, о которых мы не подозреваем?
Все знают, что биоинформатика — это как-то связано с компьютерами, ДНК и белками и что это передний край науки. Более подробными сведениями может похвастаться далеко не каждый даже среди биологов. О некоторых задачах, которые решает современная биоинформатика, рассказал «Химии и жизни» Михаил Сергеевич Гельфандю.
Михаил Гельфанд написал(а):
В последние десятилетия появилось много новых научных дисциплин с модными названиями: биоинформатика, геномика, протеомика, системная биология и другие. Но по сути, биоинформатика, также как и, скажем, протеомика, — не наука, а несколько удобных технологий и набор конкретных задач, которые решают с их помощью. Можно говорить, что каждый человек, который определяет концентрации белков методом масс-спектрометрии или изучает белок-белковые взаимодействия, работает в области протеомики. Но не исключено, что со временем это деление станет не таким важным: применяемая технология будет менее существенной, чем способ думать, ставить вопросы. И в этом смысле биоинформатика как самая древняя из этих наук — ей целых 25 лет — играет роль цементирующего начала, потому что независимо от того, каким способом получены данные, все равно они потом попадают в компьютер. Иначе быть не может: размер бактериального генома — миллионы нуклеотидов, высшего животного — сотни миллионов или миллиарды. Транскриптомика, изучающая активность генов, получает данные о концентрациях десятков тысяч матричных РНК, протеомика — о сотнях тысяч пептидов и белок-белковых взаимодействиях. С таким количеством информации нельзя работать вручную. Мы еще помним, как печатали на бумаге нуклеотидные последовательности, потом вырезали напечатанные строчки, подставляли друг под друга и таким кустарным способом делали выравнивание — искали сходные участки. Это было возможно, когда речь шла о десятках-сотнях нуклеотидов или аминокислот, но при современном объеме данных нужны специальные инструменты. Набор таких инструментов и предоставляет биоинформатика — в практическом плане это прикладная наука, обслуживающая интересы биологов.
Математика & биология, биоинформатика
31 Дек 2009 18:12 #37
Хайдук написал(а):
Так и не дождались разоблачений со стороны самого Крыса молекулярной генетики и якобы божественного происхождения сознания и человека
А ivank весьма кстати подвернулся бы в споре с квантово-запутанным Петром Гаряевым , хотя многочастичная синхронизованность и как следствие возникновение коллективных структур всегда являлись мистериями в классической физике. Могут ли те иметь лишь запутанные корни, о которых мы не подозреваем?
Да струсил ivank, вот и все дела. Как только напрямую с генетиками или мол. биологами начинаешь говорить о ДЫРЕ в генетике, тут же истерика, мат или бегство...
Математика & биология, биоинформатика
31 Дек 2009 19:02 #38
ППГ написал(а):
Да струсил ivank, вот и все дела. Как только напрямую с генетиками или мол. биологами начинаешь говорить о ДЫРЕ в генетике, тут же истерика, мат или бегство...
Я тоже думаю, что ув. ivank струсил, к сожалению
. Показалось, что не любит даже мало-мальски вольных спекуляций, как-бы остерегается быть неточным, расплывчатым, может не хватает диапазона общих понятий, выходящих за рамки молекулярной генетики/биологии. Может занятый своей кандидатской диссертацией. Я уверен, Петр, что Ваше волногонство
ему бы не понравилось и он все равно не захотел бы терять времени на споры. Хотя они с ув. Крысом и вроде приятели, но тем не менее тот не сумевал втянуть ivank-а в эзотерические и разбавленные дискуссии
Математика & биология, биоинформатика
31 Дек 2009 19:48 #39
Хайдук написал(а):
ППГ написал(а):
Да струсил ivank, вот и все дела. Как только напрямую с генетиками или мол. биологами начинаешь говорить о ДЫРЕ в генетике, тут же истерика, мат или бегство...
Хайдук: Я тоже думаю, что ув. ivank струсил, к сожалению . Показалось, что не любит даже мало-мальски вольных спекуляций, как-бы остерегается быть неточным, расплывчатым, может не хватает диапазона общих понятий, выходящих за рамки молекулярной генетики/биологии. Может занятый своей кандидатской диссертацией. Я уверен, Петр, что Ваше волногонство ему бы не понравилось и он все равно не захотел бы терять времени на споры. Хотя они с ув. Крысом и вроде приятели, но тем не менее тот не сумевал втянуть ivank-а в эзотерические и разбавленные дискуссии
Математика & биология, биоинформатика
01 Янв 2010 10:56 #42
Ув. модераторы, всей моей симпатии к вольным традициям этого форума, сообщения ППГ в этой ветке явный СПАМ, ФЛЕЙМ.
Ведь была хорошая ветка. Если вы не начнете здесь жесткую модерацию, он и ее загадит.
Математика & биология, биоинформатика
02 Янв 2010 11:09 #51
Насчет Иванка. Если не тривиальное - некогда, заболел, уехал, то объяснение его молчания в адрес Волновой генетики простое. Он, будучи явно способной личностью, понимает, что мы правы. Но человеку надо защитить диссер. Будет ли он ввязываться в противостояние прогнившей классики и новыми веяниями в генетике и мол. биологии. Могут припомнить черными шариками при голосовании...
Математика & биология, биоинформатика
02 Янв 2010 11:50 #52
А это вам чтобы в отсутствии Иванка не расслаблялись
ППГ написал(а):
Криковский тупик, в котором сейчас генетика и биология в целом, вот в чем. Канон-Триплетная модель ген. кода Ф.Крика не объясняет главного - как и по каким программам строится 4-мерная структура бисистем. Все сводится к простому - ген----белок. Получили белок (белкИ). А дальше что? Нам классики говорят - ну а теперь эти белкИ включают новые гены, а те дают новые белкИ и снова тоже. Каскады, значит, генно-белковых активностей.... Ну а где тут информация о протранственно-временнОй структуре строящегося из эмбриона организма? - спрашивают дотошные. А она в градиентах концентрации белков, отвечающих за строительство организма - отвечают нам классики. А где в градиентах и белкАх спрятана информация о 4-D структуре организма? - прискрёбываются дотошные... Где-где... в ... Вот он тупик - матом закончился...
А что предлагает лингвистико-волновая генетика? Она говорит - кодирование структуры биосистемы идет на другом уровне ДНК и хромосом. Информация об этом лежит в иных знаковых ареалах - ДНК текстовых (здесь Ф.Крик уперся лбом в омонимию и остановился), голографических - дается инфа о 4D структуре биосистем в форме голографических топологий жидких кристаллов хромосомного континуума многих клеток (тут Ф.Крик ни бум-бум), и наконец, квантово-нелокальная феерия генетической информации и тольного мгновенного внутреннего знания биосистемы о самой себе, знания, квануемого, поскольку знать ВСЁ и СРАЗУ - смерти подобно. Тут Ф.Крик и современные генетики и не нюхали. Только визжат и матерятся.
Какой слог! Ладно, отметим только научные ошибки предыдущего оратора:
1) Парадигма ген----белок устарела уже давно, и не является парадигмой современной генетики, это надо понимать.
2) ДНК-текстовые ареалы изучаются в тысячах работ современных генетиков. Крик был 50 лет назад, с тех пор много воды утекло.
3) Жидкие кристаллы ДНК изучаются в сотнях работ современных генетиков, просто вы с этими работами видимо не знакомы.
4) Квантовые эффекты изучались с самого основания биофизики и изучаются в сотнях работ современных генетиков, просто опять-таки вы с литературой не знакомы.
5) Целых новые области биологии возникли, которые изучают эпигенетику и морфогенез, системная биология называется. Очень много работ, каждый год новые прорывы, просто опять-таки, вы не знакомы с литературой. И как динамика экспрессии генов связана с изменением концентраций это все тоже там изучается, и очень много уже известно.
Если есть вопросы - задавайте. А если не знакомы с вопросом, нечего делать выводы о современной генетике на основе своей некомпетентности.
Математика & биология, биоинформатика
12 Фев 2010 06:39 #53
Блестящее достижение современной генетики. lenta.ru/articles/2010/02/12/hair/ Ученые узнали о древнем человеке все, используя только расческу
Как можно узнать внешность человека, которого вы никогда не видели и с которым у вас нет общих знакомых? А если этот человек умер несколько тысяч лет назад? До недавнего времени единственной надеждой ученых, решавших подобные задачи, были останки, чудом пережившие столетия дождя, снега и прочих превратностей погоды. Но в последние годы ситуация изменилась. Теперь палеонтологам не нужно отыскивать целые скелеты - достаточно клочка волос или фрагмента кости. Все остальное ученым расскажет ДНК - ее анализ позволяет узнать цвет волос, глаз, рост и даже состав ушной серы. В четверг в научном журнале Nature появилась работа, которая очень убедительно доказывает, насколько совершенны технологии современной молекулярной биологии.
Математика & биология, биоинформатика
12 Фев 2010 12:20 #54
Корпорация Sony впервые в мире продемонстрировала беспроводную технологию передачи данных внутри электронного прибора. Технология предполагает отказаться от проводных сигнальных соединений внутри корпуса
Это происходит на частоте до 300 ГГц с помощью специальных областей чипов и антенн,
размером до 1 мм. К преимуществам технологии относится минимизация мощности чипов, небольшое количество контактных площадок и проводов, которые используются внутри приборов.
Схемы реализованы по технологии КМОП с размером затвора 40 нм с . (Если этот размер увеличить до 4 мм, то увеличенная в той же пропорции толщина человеческого волоса составит 10 м). Площадь активной части чипа составляет всего 0.13 кв. мм.
Скорость передачи информации в устройствах достигает 11 Гбт/с на расстояние 14 мм. При использовании направленных антенн расстояние может быть увеличено до 50 мм.
Блок-схема передачи представлена ниже
Аналог ДНК в действии
Поправлено. Картинки лучше вставлять правильно, а не голой линкой (V)
Математика & биология, биоинформатика
06 Март 2010 07:52 #56
Quantrinas написал(а):
Блестящее достижение современной генетики.
Ученые узнали о древнем человеке все, используя только расческу
Как можно узнать внешность человека, которого вы никогда не видели и с которым у вас нет общих знакомых? А если этот человек умер несколько тысяч лет назад? До недавнего времени единственной надеждой ученых, решавших подобные задачи, были останки, чудом пережившие столетия дождя, снега и прочих превратностей погоды. Но в последние годы ситуация изменилась. Теперь палеонтологам не нужно отыскивать целые скелеты - достаточно клочка волос или фрагмента кости. Все остальное ученым расскажет ДНК - ее анализ позволяет узнать цвет волос, глаз, рост и даже состав ушной серы. В четверг в научном журнале Nature появилась работа, которая очень убедительно доказывает, насколько совершенны технологии современной молекулярной биологии
Типичный дурёж для вытягивания денег. Особенно в фразе (расхожий стиль дуреже мол. биологов): На черновую расшифровку генома неандертальца ушло почти два года, и исследователи смогли прочесть только 63 процента его генома. На определение последовательности ДНК сакканца потребовался год с небольшим. Так что основания для надежды есть. Хорошо что слово прочесть взято в кавычки. И это далеко не всегда делается. Приведенный анализ можно сравнить с попыткой идентифицировать Чехова по его текстам, сравнивая множество текстов различных писателей, включаяЧеховские. Фишкой в такой работе является обнаружение одной-двух фраз, якобы характерных только для Чехова. ИЛЛЮЗИОН ДУРЕЖА...
Математика & биология, биоинформатика
06 Март 2010 10:49 #58
ППГ написал(а):
Приведенный анализ можно сравнить с попыткой идентифицировать Чехова по его текстам, сравнивая множество текстов различных писателей, включаяЧеховские. Фишкой в такой работе является обнаружение одной-двух фраз, якобы характерных только для Чехова. ИЛЛЮЗИОН ДУРЕЖА...
Подождите. Когда я готовился к экзамену по генетике человека, среди прочих в списке экзаменационных вопросов был вопрос, касающийся работы судебно-медицинских экспертов по идентификации биологического материала и определения родства по ДНК. Если я ничего не путаю посредством цепной полимеразной реакции фокусируют в этом случае внимание на ( если я не запамятовал - в интернет нарочно не смотрю - хочу проверить свою память ) так называемых гипервариабельных локусах. По моему я даже помню их количество 6. Или же они в 6-й хромосоме - наверняка путаю.
Математика & биология, биоинформатика
06 Март 2010 12:40 #60
limarodessa написал(а):
Подождите. Когда я готовился к экзамену по генетике человека, среди прочих в списке экзаменационных вопросов был вопрос, касающийся работы судебно-медицинских экспертов по идентификации биологического материала и определения родства по ДНК. Если я ничего не путаю посредством цепной полимеразной реакции фокусируют в этом случае внимание на ( если я не запамятовал - в интернет нарочно не смотрю - хочу проверить свою память ) так называемых гипервариабельных локусах. По моему я даже помню их количество 6. Или же они в 6-й хромосоме - наверняка путаю.
Дело не в этом. Идентификация идет по сравнению скоростей фрагментов ДНК при электрофлрезе, причем, последовательности нуклеотидов не учитываются (как правило). Поэтому два фрагмента ДНК, допустим, лом и мол считаются идентичными! Вот тебе и отцовство припишут, и в тюрягу посадат на основе таких идентичностей.
