Ключевое слово
11 | 07 | 2020
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 12:52 #31

  • Quantrinas
  • Quantrinas's Avatar
  • OFFLINE
  • Физик
  • Posts: 12016
  • Thank you received: 4
  • Karma: 0
stirlitz написал(а):
Der Freund написал(а):

какие дауны везде вещают...И что
. Караул. А куда ни ткнешь- доктора, экономисты, политики etc.

А другие имбецилы их слушают.
И всю эту херню они называют цивилизацией
Шлёма прав!
И кого немцы наввозили.

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 14:26 #32

  • Der Freund
  • Der Freund's Avatar
  • OFFLINE
  • Бояринъ
  • Posts: 1253
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
Quantrinas написал(а):
И кого немцы наввозили.
Аж подумать страшно.

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 14:41 #33

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Это способ зашумления темы?
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 14:46 #34

  • Der Freund
  • Der Freund's Avatar
  • OFFLINE
  • Бояринъ
  • Posts: 1253
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
Почему?

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 14:55 #35

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Der Freund написал(а):
Почему?
дык не по теме комменты...
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 15:02 #36

  • Der Freund
  • Der Freund's Avatar
  • OFFLINE
  • Бояринъ
  • Posts: 1253
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
Дык уже тишина...

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 16:08 #37

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Der Freund написал(а):
Дык уже тишина...
Тишина - залог здоровья.
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 16:55 #38

  • Крыс
  • Крыс's Avatar
  • OFFLINE
  • Отец Русской Демократии
  • Posts: 33839
  • Thank you received: 61
  • Karma: 14
Quantrinas написал(а):
Ну вообще-то, как мы с ув. Крысом уже указывали, эффективная температура (точнее спектральная плотность энергии) лазерного излучения очень велика, так что температура 36.6 вполне может рассматриваться как низкая.
Кстати, а что это за излучение биологических молекул (не отдельных атомов, а именно молекул!), которое лежит в районе 280 нм? Это колебательные спектры такое могут выдавать, или еще что? Мне казалось, что это уже край фундаментального поглощения (прошу прощения за несоответствующее статусу чайника умничание
).
Кстати, интересно, как технически обнаруживалась когерентность в этом (УФ) диапазоне? Интерференционная картинка под микроскопом? А мощность какая при этом? Кстати, указанный диапазон цепляет и оптику! Хромосомы светятся в оптике? А энергия откуда? Кроме умножения гармоник (тепловых) ничего в голову не лезет. Но вероятность многофотонных (многофононных) процессов весьма и весьма низка.

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 17:02 #39

  • Крыс
  • Крыс's Avatar
  • OFFLINE
  • Отец Русской Демократии
  • Posts: 33839
  • Thank you received: 61
  • Karma: 14
ППГ написал(а):
Есть такие данные. См. монографию.
У меня плохо с чтением больших объемов. Если что-то на первых страницах не нравится, то практически не могу заставить себя читать дальше.

Давайте лучше Вы будете выносить отдельные положения на защиту, а мы их постепенно будем осмысливать. Иначе на предложенную монографию уместно будет предложить Вам проверить ее на соответствие 3-му и 4-му томам Л-Л.

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 17:34 #40

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 41289
  • Thank you received: 90
  • Karma: 23
ППГ написал(а):
Насчет бритвы Оккама. Так ведь ее сплошь и рядом используют не по назначению, точнее, по другому назначению - катрации от новых плодотворных идей. Кто использует? Те, кто присиделись в научном старье и привыкли паразитировать, не давая ничего, кроме пустых слов и повторенья одного и того же под разными соусами.
Петр, я понимаю, что молодёжи не терпится утвердиться и, может быть, в свою очередь присидеться в научном старье
. Однако такое не может произойти за счёт пренебрежения к строгости подхода. Посмотрите на нашу с Serge_P дискуссию на ветке Математика для чайников - недостаток знаний может и не мешать корректности и надёжности обсуждения. Нашего брата не заговоришь безумными (по Бору) идеями, таковые сами нам не чужие


Отредактировано Хайдук (2009-11-26 02:24:15)
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 17:55 #41

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 41289
  • Thank you received: 90
  • Karma: 23
ППГ написал(а):
Как и договорились, ждем Шипова. Он в Тайланде.
Чё там делает, не олигарх ли?

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 18:04 #42

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 41289
  • Thank you received: 90
  • Karma: 23
Der Freund написал(а):
Ты только посмотри, какие дауны везде вещают... Караул. А куда ни ткнешь- доктора, экономисты, политики etc.
А другие имбецилы их слушают.
И всю эту херню они называют цивилизацией
Миш, и ты вещаешь/промываешь нам мозги здесь на форуме, не забывай
.

Довольно угрюмый, неконструктивный, так сказать, у тебя взгляд на мир, безответную любовь, что ли, пережил?

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 18:14 #43

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 41289
  • Thank you received: 90
  • Karma: 23
stirlitz написал(а):
Шлёма прав!

И ты ли, Брут?
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 18:21 #44

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Крыс написал(а):
У меня плохо с чтением больших объемов. Если что-то на первых страницах не нравится, то практически не могу заставить себя читать дальше.
Давайте лучше Вы будете выносить отдельные положения на защиту, а мы их постепенно будем осмысливать. Иначе на предложенную монографию уместно будет предложить Вам проверить ее на соответствие 3-му и 4-му томам Л-Л
Ульф Лагерквист первый указал
на неполноту триплетной модели
генетического кода
Так в чем же конкретно таилось недопонимание принципов генетического ко-
дирования? Оно в излишней жесткости модели триплетного кода как чисто
физико-химической системы работы рибосомной машины и в неоправданном
приписывании триплетной модели кода всех генетических атрибутов. Это лож-
ное представление, основанное исключительно на принципе комплементарно-
сти взаимодействия оснований информационной РНК (иРНК) и транспортной
РНК (тРНК), когда аденин «узнает» урацил, а гуанин «узнает» цитозин в про-
цессе кодон-антикодонового «считывания» рибосомой информации с иРНК.
Белковый код понимается как некий универсальный и единственный вектор
всей генетики и всей эмбриологии. Каноническая таблица генетического кода
стала своего рода фетишем, священной коровой или, если угодно, женой це-
заря, которая вне подозрений. Только однажды была опубликована работа,
осторожно бросившая лёгкую тень сомнения на модель триплетного кода, но
не привлекшая к себе никакого внимания. Уотсон-Криковский нобелевский
триумф и все последующие успехи в исследовании белоксинтезирующего ап-
парата, казалось, вели к сияющим высотам полного понимания работы челове-
ческого и прочих геномов.
Упомянутая работа с первыми сомнениями была опубликована в 1978 году.
В ней завуалированно демонстрировалась противоречивость и неполнота три-
плетной модели генетического кода, но исследование это было явно недооце-
нено научной общественностью. Вернее, просто проигнорировано. Это была
статья Ульфа Лагерквиста и называлась она ««Два из трех». Альтернативный
метод кодонового чтения» [Lagerkvist, 1978]. Рассмотрим ее внимательно.
Лагерквист пишет: «Генетический код является универсальным, высоко
вырожденным, трехбуквенным кодом, в котором первые две позиции кодона
читаются антикодоном строго в соответствии с правилами классического спа-
ривания оснований. Третья позиция в кодоне, однако, создает принципиаль-
ные проблемы для обоснования самой парадигмы шифрования белков1. Так
существует расхождение между большим числом кодонов в вырожденном коде
1 Бытует путающее упрощение, когда пишут и говорят — 1-й, 2-й и 3-й нуклеотиды в кодонах и антикодонах.
И, с учетом антипараллельности триплетов, 1-й, 2-й и 3-й нуклеотиды в кодонах спариваются с 3-м, 2-м и 1-м
нуклеотидами в антикодонах. С позиции физико-химии взаимодействия нуклеотидов по водородным связям
3-й «воблирующий» нуклеотид антикодона – это 3’- нуклеотид, а комплементарный ему 1-й нуклеотид кодона
– это 5’- нуклеотид кодона.
Волновой геном. Теория и практика.
23
и ограниченным числом антикодонов, способных к чтению этих кодонов. Этот
провал попытался заполнить в 1966 году Ф.Крик своей изощренной (ingenious)
гипотезой [Crick, 1966]. В этой классической работе Крик предположил, точ-
нее, констатировал, что нуклеотид в 5’- позиции антикодона занимает «вобли-
рующую» (от англ. wobble – качание) позицию и может фактически взаимодей-
ствовать с 3’-позицией кодона без соблюдения правил классического, термо-
динамически выгодного, спаривания оснований2. Далее Лагерквист приводит
примеры таких «неправильных» спариваний оснований, подтвержденных экс-
периментально на бесклеточных рибосомальных системах, а также примеры
таких спариваний, которые запрещены даже Вобл гипотезой. Основываясь на
этих работах, он задает естественный и сакраментальный вопрос: приложи-
мо ли это аномальное поведение (при спаривании 3’-5’ нуклеотидов в кодон-
антикодоновых парах) к синтезу белков in vivo? Очевидный ответ, что правила
Вобл гипотезы должны работать во всех ситуациях, в которых участвуют Вобл
позиции, а это автоматически ведет к ошибкам в синтезе белка. Например, для
аминокислот Phe/Leu кодоновая группа (UUU, UUC,UUA и UUG) на антикодоне
с ‘G’ в Вобл позиции не может узнать кодоны UUA и UUG, что ведет к ошибке и
введению в синтезируемый белок Phe вместо Leu.
Для большей иллюстративности мы приводим таблицу генетического кода,
представленную Лагерквистом и перегруппированную им по кодоновым се-
мействам с ориентировкой на первые два рабочих нуклеотида:
Табл. 1
UUU Phe
UUC »
UUA Leu
UUG »
UCU Ser
UCC »
UCA »
UCG »
UAU Tyr
UAC »
UAA Och
UAG Amb
UGU Cys
UGC »
UGA Umb
UGG Trp
CUU Leu
CUC »
CUA »
CUG »
CCU Pro
CCC »
CCA »
CCG »
CAU His
CAC »
CAA Gln
CAG »
CGU Arg
CGC »
CGA »
CGG »
AUU Ile
AUC »
AUA »
AUG Met
ACU Thr
ACC »
ACA »
ACG »
AAU Asn
AAC »
AAA Lys
AAG »
AGU Ser
AGC »
AGA Arg
AGG »
GUU Val
GUC »
GUA »
GUG »
GCU Ala
GCC »
GCA »
GCG »
GAU Asp
GAC »
GAA Glu
GAG »
GGU Gly
GGC »
GGA »
GGG »
2 Спаривание по правилу: Аденин-Урацил, Гуанин-Цитозин.
П.П.Гаряев
24
Лагерквист разместил коды аминокислот триплетами нуклеотидов (кодо-
нами) в форме составных групп из 4-х кодонов, которые имеют общие пер-
вые два нуклеотида, а третий (3’) взаимодействует по водородным связям с
первым (5’) нуклеотидом антикодона и при этом он, 5’ нуклеотид антикодона,
«воблирует», т.е. de facto случаен. Если быть точнее, то 3’ кодоновый нуклео-
тид не участвует в кодировке аминокислот, хотя и детерминирован хромосом-
ной ДНК. Если абстрагироваться от реальности, 3’ может быть любым из че-
тырех возможных нуклеотидов, но только для данного кодируемого белка. Но
поскольку данная последовательность ДНК может кодировать и другие белки
(сдвиг рамки считывания), то кодоновый нуклеотидный волюнтаризм для ДНК
исключен. Когда все четыре кодона распределены по сходным аминокислотам,
тогда эти четверки образуют кодоновые семейства. Но в таком распределении
по сходным аминокислотам имеется нюанс: одни и те же аминокислоты попа-
дают в разные семейства. Например, Leu (лейцин) попадает в два семейства
(если семейства определять не по аминокислотам, а по первым двум нуклео-
тидам в кодоне) – в семейства UU и СU. Аминокислота Ser (серин) попадает в
семейства UC и AG. Аминокислота Arg (аргинин) попадает в семейства CG и AG.
Однако есть и достоинство такой классификации семейств кодонов: отчетли-
во видна противоречивость модели триплетного кодирования аминокислот в
первичной структуре белка. Это кодирование в действительности дублетное,
но никак не триплетное. Лагерквист пишет: «... в условиях белкового синтеза
in vitro кодон может быть «прочитан» тРНК путем узнавания только первых
двух его нуклеотидов, а нуклеотид в третьей позиции кодона игнорируется».
Он констатировал, в общем-то, очевидный для всех принцип кодонового про-
чтения как «два из трех», но до Лагеквиста никто не акцентировал внимания
на этом немаловажном факте. И напрасно. Если дело обстоит именно так, то
белок-синтезирующая система имеет источник потенциальных ошибок при со-
вместном использовании рибосомой и тРНК правила «два из трех» для чтения
кодонов иРНК антикодонами тРНК. Из Табл.1. видно, что одна и та же амино-
кислота может кодироваться четверками кодоновых семейств. Например, чет-
верка CU-семейства кодирует лейцин. Четверка GU-семейства кодирует валин,
UC – серин, CC – пролин, AC – триптофан, GC – аланин, CG –аргинин, GG – гли-
цин. Это лежащий на поверхности, и сразу замеченный, факт вырожденности,
т.е. информационной избыточности кода. Если взять взаймы понятия и тер-
мины лингвистики для белкового кода, что давно, повсеместно и с легкостью
принято, то вырожденность кода можно понимать как синонимию. Это также
единогласно принято. Иначе говоря, один и тот же объект, например, амино-
кислота, имеет несколько шифров — кодонов. Синонимия не таит в себе ни-
каких опасностей для точности биосинтеза белков. Наоборот, такая избыточ-
ность хороша, поскольку повышает надежность работы трансляционной рибо-
сомной «машины».
Волновой геном. Теория и практика.
25
Однако на Табл.1 видно и другое, фундаментальное, генолингвистическое
явление, как бы не замечаемое или игнорируемое. Это явление обнаруживает-
ся в том, что в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их
значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные
аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует
фенилаланин и лейцин, AU – изолейцин и метионин, UA – тирозин, Och и Amb
стоп-кодоны, CA – гистидин и глицин, AA – аспарагин и лизин, GA – аспараги-
новую и глутаминовую, UG – цистеин, триптофан и Umb стоп-кодон, AG – се-
рин и аргинин. Продолжая лингвистические аналогии, назовем это явление
ОМОНИМИЕЙ первых двух кодирующих нуклеотидов в некоторых кодоновых
семействах.
В отличие от синонимии, омонимия потенциально опасна, что и отметил Ла-
герквист, хотя и не ввел термин-понятие «омонимии» в применении к белково-
му коду. Такая ситуация, вроде бы, действительно должна вести к неоднознач-
ности кодирования аминокислот и стоп-сигналов: один и тот же кодоновый
дублет, в пределах некоторых выделенных Лагерквистом семейств, кодирует
две разных аминокислоты или является «разностоповым». Эти особые кодоно-
вые семейства можно показать в Табл.2.
Табл.2.
UAU Tyr
UAC »
UAA Och
UAG Amb
UUU Phe
UUC »
UUA Leu
UUG »
CAU His
CAC »
CAA Gln
CAG »
UGU Cys
UGC »
UGA Umb
UGG Trp
AAU Asn
AAC »
AAA Lys
AAG »
AGU Ser
AGC »
AGA Arg
AGG »
GAU Asp
GAC »
GAA Glu
GAG »
AUU Ile
AUC »
AUA »
AUG Met
Можно перегруппировать эти кодоновые семейства еще более наглядно в
Табл.3. Такая завершающая перегруппировка дублетных кодоновых семейств и
неоднозначно шифруемых ими аминокислот (а также функций стоп-кодонов)
позволяет отчетливо увидеть омонимию триплетного кода в целом. Из восьми
кодоновых семейств, систематизированных по значащим дублетам, пять омо-
нимичны. Это выражает тот непреложный и не замечаемый (игнорируемый)
факт наличия второго, омонимичного, многозначного измерения триплетного
кода. Код знаково синонимо-омонимичен. И это фундаментальное явление.
Принципиально важно понять: если синонимия кода — это благо (избыток
информации), то омонимия — потенциальное зло (неопределенность, неодно-
значность информации). Но это мнимое зло, поскольку белок синтезирующий
П.П.Гаряев
26
аппарат легко обходит эту трудность, о чем речь пойдет ниже. Если же автома-
тически следовать таблице (модели) генетического кода, тогда зло становится
не мнимым, но реальным. И тогда очевидно, что омонимический вектор кода
ведет к ошибкам в синтезе белков, поскольку рибосомный белоксинтезиру-
ющий аппарат, каждый раз встречаясь с тем или иным омонимичным дубле-
том и руководствуясь правилом чтения «два из трех», должен выбрать одну и
только одну аминокислоту из двух различных, но кодируемых неоднозначно
тождественными дублетами-омонимами. А также принять решение (в случае
UA-семейства) – остановить синтез пептидной цепи (выбрать стоп кодон) или
включить в ее состав тирозин. Если выбор неправильный (а как правильно вы-
брать, таблица кода нам не сообщает), это приведет к ошибкам в синтезе бел-
ков. Потенциально опасная омонимия, ведущая к неправильному «прочтению»
кодона антикодоном, следует из случайности (не знаковости) бытия 5’-нуклео-
тида антикодона, связывающегося с 3’- кодоном в омонимичных кодонах. Та-
кую случайность многие оспаривают, апеллируя к Криковским Вобл-правилам
кодон-антикодонового спаривания. Поставим точки над i.
Ф.Крик пытался снять странности неканонического поведения пары 3’-5’ с
помощью т.н. Вобл–гипотезы» [Crick, 1966]. Она вводит понятие неоднознач-
ного соответствия кодонов аминокислотам в ген-кодируемых белках и гово-
рит о возможности не канонического и случайного спаривания 5’ нуклеотида
антикодона транспортной РНК (тРНК) с 3’ нуклеотидом кодона информаци-
онной РНК (иРНК) при ее трансляции в белок. Проще говоря, при биосинте-
зе белков иногда реализуется возможность нестрогого соответствия кодон-
антикодоновых нуклеотидов в этом положении. Это значит, что образуются
неканонические пары оснований3, не отличающиеся существенно по геометри-
3 Каноническое термодинамически выгодное спаривание оснований – Аденин/Тимин, Гуанин/Цитозин (для
ДНК), Аденин/Урацил, Гуанин/Цитозин (для РНК)
Табл.3. Синонимо-омонимические вектора белкового генетического кода.
UAU Tyr UAA Och UUU Phe UUA Leu CAU His CAA Gln
UAC » UAG Amb UUC » UUG » CAC » CAG »
UGU Cys UGA Umb AAU Asn AAA Lys AGU Ser AGA Arg
UGC » UGG Trp AAC » AAG » AGC » AGG »
GAU Asp GAA Glu AUU Ile AUA Met
GAC » GAG » AUC » AUG »
Волновой геном. Теория и практика.
27
ческим параметрам (Гуанин-Уридин и др). Кроме того, из Вобл-гипотезы, да и
просто из общей Криковской схемы (модели) кода, автоматически следует, что
в кодонах (триплетах) генов только первые два нуклеотида (дублет) кодируют
последовательности аминокислот в белковых цепях. 3’- кодоновые нуклеоти-
ды не участвуют в кодировке аминокислотных последовательностей в белках.
Эти 3’- нуклеотиды, хотя и детерминированы жестко молекулой ДНК, но допу-
скают произвольные, случайные, не канонические спаривания с 5’- нуклеоти-
дами антикодонов транспортных РНК, переносящих аминокислоты. А посему
эти 5’- нуклеотиды антикодонов могут быть любыми из 4-х возможных. Следо-
вательно, связки 3’- нуклеотиды в кодонах и спаривающиеся с ними 5’- нуклео-
тиды в антикодонах, не имеют гено-знакового характера и играют роль «сте-
рических костылей», заполняющих «пустые места» в кодон-антикодоновых па-
рах. Короче говоря, 5’- нуклеотидs в антикодонах случайны, «воблируют» — от
английского ‘wobble’ (качание, колебание, виляние). Вот суть Вобл-гипотезы.
Если принять идею «стерических костылей», тогда ясно, что 3’- нуклеотид в
омонимичных кодонах иРНК не участвует в кодировке аминокислот для дан-
ного белка. На первый взгляд возникает некий генетико-семантический про-
извол и модель триплетного кода, вроде бы, теряет логику и очевидный смысл.
Подтверждая это, приведем слова фактического автора теории триплетного
кода Френсиса Крика, начертанные им в своей автобиографической книге не-
задолго до смерти [Crick, 1989, стр. 98]: «Важно отметить, что структура генети-
ческого кода не имеет очевидного смысла, хотя определенные закономерности
все же наблюдаются – в некоторых случаях это одни и те же первые два осно-
вания в кодонах, кодирующие одну аминокислоту, тогда как третье может быть
любым». Уточним. 3’- нуклеотид в кодоне теоретически может быть любым из
4-х возможных, поскольку спаривается с 5’- нуклеотидом антикодона случай-
но и эта пара, как уже говорилось, не участвует в кодировке аминокислот для
данного белка. Но, еще раз, в реальности 3’- кодоновые нуклеотиды детерми-
нированы в исходной ДНК и генетических канонов не нарушают. «Нарушают»
же каноны именно 5’- антикодоновые, комплементарные 3’- кодоновым. Уди-
вительно, Ф.Крик видел синонимическую вырожденность кода, но не видел
омонимическую. Хотя его фраза «…код не имеет очевидного смысла» говорит
нам, что гениальный мозг Ф.Крика сознавал ограничения предложенной им
модели и неоднозначности, связанные с 5’- «воблирующим» антикодоновым
нуклеотидом, когда иРНК покодонно читается рибосомой в комплексе с тРНК
по правилу «два из трёх». И этот комплекс ‘рибосома-иРНК-тРНК’ неизбеж-
но должен решать типично лингвистическую смысловую проблему омонимии.
Иначе ошибки в синтезе белков неизбежны.
Ф.Крик не видел очевидного смысла в своей модели. Почему? Но дальше
он продолжает - Некоторые закономерности все же наблюдаются. Почему
только некоторые? Понятно, что закономерности, приведенные им - в сино-
П.П.Гаряев
28
нимии для семейств кодонов, сгруппированных по одинаковым первым двум
основаниям (третье любое), т.е. для половины всех кодоновых семейств, а
именно для CT, GT, TC, CC, AC, GC, CG, GG синонимических семейств. Каждое из
них кодирует по одной из двадцати разных аминокислот или является стопо-
вым. При этом 3’ нуклеотид в паре с 5’ нуклеотидом антикодона не участвуют в
кодировании, что и обеспечивает синонимию. Однако, и это важно, Ф.Крик ни-
чего определенного не говорит ни здесь, ни в Вобл гипотезе о другой половине
кодоновых семейств. Это TT, AT, TA, CA, AA, GA, TG, AG семейства, где в каждом из
них кодируются по две разные аминокислоты или стоп функция. При этом роль
3’-5’ кодон-антикодоновой пары никак не комментировалась Ф.Криком. Дума-
ется, что неопределенность кодирования именно в этом странном семействе
смущала Ф.Крика и побудила его сказать об отсутствии очевидного смысла в
его модели. Он нигде не говорит о том, что же происходит за пределами этих
синонимических некоторых случаев. А за этими пределами находится стран-
ное нечёткое семейство кодонов - TT, AT, TA, CA, AA, GA, TG, AG. Не найти в
работах Ф.Крика ничего на этот счёт. Таким образом, Ф.Крик неявно поставил
вопрос о кодировании в нечётком семействе. И не ответил на него. Нет ниче-
го по этой принципиальной позиции и в современных исследованиях. Ответ в
гипотезе о контекстных ориентациях генетического аппарата (квантового био-
компьютера) при его работе с нечётким (омонимическим) семейством.
============
Это пока критика чистой классики в рамках модели Ф.Крика. Дальше ближе к физике...
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 18:22 #45

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 41289
  • Thank you received: 90
  • Karma: 23
Крыс написал(а):
вероятность многофотонных (многофононных) процессов весьма и весьма низка.
Зачем морально приструнивать вероятность многофотонных (многофононных) процессов, Крыс? Полагаю все-таки, что вероятность лишь ниСка

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 18:30 #46

  • Quantrinas
  • Quantrinas's Avatar
  • OFFLINE
  • Физик
  • Posts: 12016
  • Thank you received: 4
  • Karma: 0
Ув. ППГ, в этом длинном тексте обсуждаются некоторые проблемы классической генетики. Ну наверное, проблемы там есть. Пока не вижу ни малейших подходов к волновому геному. С интересом ждём продолжения.
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 19:11 #47

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • OFFLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 86005
  • Thank you received: 1293
  • Karma: 78
Перемещено в Предбанник
Каждому - своё.
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 20:06 #48

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Quantrinas написал(а):
Ув. ППГ, в этом длинном тексте обсуждаются некоторые проблемы классической генетики. Ну наверное, проблемы там есть. Пока не вижу ни малейших подходов к волновому геному. С интересом ждём продолжения
В том-то и дело, что геном лингвистико-волновой. Пока речь о лингвистической составляющей, неразрывной с волновой. Именно лингвистическая часть есть база генетики, классической генетики, подчеркну. И если она непонята даже автором этой базы... Но кто хочет быть святее Папы... (в данном случае нобелиата Ф.Крика)?
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 22:13 #49

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 26532
  • Thank you received: 177
  • Karma: 3
Пытаюсь понять, а что Вы собственно пытаетесь объяснить? Аминокислот у нас 20, кодонов 64 вроде очевидно, что на одну аминокислоту может приходиться больше одного кодона. Насколько знаю, какой кодон чаще используется для данной аминокислоты зависит от организма. Почему не происходит сбоев в считывании народ вроде изучает
arjournals.annualreviews.org/doi/full/10...hem.74.061903.155440
Как все это связано с волновым геномом? Надеюсь Вы не пытаетесь опровергнуть основную догму молекулярной биологии? Если чего не понял, то прошу извинить (текст длинный читал по диагонали).
Last Edit: 25 Авг 2014 18:00 by Vladimirovich.
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 25 Нояб 2009 22:14 #50

  • Serge_P
  • Serge_P's Avatar
  • OFFLINE
  • Бояринъ
  • Posts: 1568
  • Thank you received: 6
  • Karma: 1
Ув. ППГ, такой вопрос (вспоминая одного известного австрийского философа
): можете ли Вы предложить эксперимент, который, при определенном исходе, способен опровергнуть Вашу теорию?
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 03:09 #51

  • azur
  • azur's Avatar
  • OFFLINE
  • Бояринъ
  • Posts: 239
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
ППГ написал(а):
В сайте www.wavegenetic.ru/index.php есть соответствующие разделы, где все разобрано до деталей.
Увы, но мне как-то ближе более авторитетные источники, чем личный сайт, так сказать, фигуранта.
Вот такой вопрос: а что за зверь такой этот ВМАК, что раздавал звания всякие-разные-научные в 1997г.?
Насколько знаю, в России сейчас только ВАК может выдать диплом доктора наук ..

www.wavegenetic.ru/index.php?option=com_...=view&id=37&Itemid=1 На сайте ППГ - типичная лабуда, мол, безответственные заявления, автор текста не разобрался, некомпетентен, не знает чьих-то там работ, и вот это самое называется все разобрано до деталей?
Last Edit: 25 Авг 2014 18:01 by Vladimirovich.
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 10:52 #52

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
PP написал(а):
Пытаюсь понять, а что Вы собственно пытаетесь объяснить? Аминокислот у нас 20, кодонов 64 вроде очевидно, что на одну аминокислоту может приходиться больше одного кодона. Насколько знаю, какой кодон чаще используется для данной аминокислоты зависит от организма. Почему не происходит сбоев в считывании народ вроде изучает

Как все это связано с волновым геномом? Надеюсь Вы не пытаетесь опровергнуть основную догму молекулярной биологии? Если чего не понял,
По диагонали бесполезно читать, тем более, не спецу (извините). В синтезе белка много чего изучают..., как и в управляемом термояде... А статья, что дали, не о том, что доказываю. Основная догма уже наполовину опровегнута (ревертаза). Надо окончательно добить ее, мы и делаем это [П.П. Гаряев, М.Р. Гарбер, Е.А. Леонова, Г.Г.Тертышный, 1999, К вопросу о центральной догме молекулярной биологии. Сознание и физическая реальность, Изд. ФОЛИУМ т.4, №1, с.34-46]. Но это часть задачи. Идем дальше.

Отредактировано ППГ (2009-11-26 16:31:51)
Last Edit: 25 Авг 2014 18:01 by Vladimirovich.
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 10:54 #53

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Serge_P написал(а):
Ув. ППГ, такой вопрос (вспоминая одного известного австрийского философа ): можете ли Вы предложить эксперимент, который, при определенном исходе, способен опровергнуть Вашу теорию
Таких экспериментов можно провести множество. Будут ли они доказательными, и получатся ли?
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 10:59 #54

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
azur написал(а):
Увы, но мне как-то ближе более авторитетные источники, чем личный сайт, так сказать, фигуранта.
Вот такой вопрос: а что за зверь такой этот ВМАК, что раздавал звания всякие-разные-научные в 1997г.?
Насколько знаю, в России сейчас только ВАК может выдать диплом доктора наук ..
На сайте ППГ - типичная лабуда, мол, безответственные заявления, автор текста не разобрался, некомпетентен, не знает чьих-то там работ, и вот это самое называется все разобрано до деталей
Авторитетные источники, их сотни - в моих монографиях и наших статьях. ВМАК - официальная структура, противостоящая монополизму и засилью ВАК.
В моих ответах оппонетам в сайте в деталях рассмотрено все, что дано оппонентами в деталях. На общие возражения - общие ответы.
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 11:06 #55

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Продолжаем критику модели генетического кодирования Ф.Крика. Пока в рамках ее лингвистической составляющей. Собственно единственной составляющей.

«Два из трёх» как признак
квазисознания генома
Поставим такой вопрос: «воблирование» — синоним случайности, но случай-
но ли «воблирование»? Представляется, что это псевдослучайность. Обоснуем
фундаментальную важность явления «как бы» случайности 5’- нуклеотида в
антикодонах в омонимичных ситуациях при синтезе белков рибосомой. Связка
3’-5’ нуклеотидов в кодон-антикодоне в омонимичной ситуации намеренно не
является элементом гено-знаковой структуры рибосомной техники «чтения»
иРНК. Причина этого в том, что, кроме прочего, белковый код является мен-
тальной структурой, работающей с текстами иРНК, текстами не в метафори-
ческом смысле (поэтому кавычки убираем), а с реальными текстами-мыслями,
текстами-командами. Обсуждаемая «как бы» случайность необходима. Она
дает гибкость коду, позволяя биосистемам в ходе естественного отбора осу-
ществлять приспособительно-разведывательный белковый поиск, синтезиро-
вать пробные белки, подстраиваясь к переменчивым условиям внешней среды.
Вот почему эта как бы случайность необходима. Белковый код синонимично
щедр, богат, избыточен. Но одновременно он врастает через омонимию в дру-
гие — смысловые ареалы генетического кодирования на текстовом уровне
иРНК, а возможно, и пре-иРНК.
Итак, мы имеем два вектора кода белков — синонимический и омонимиче-
ский. Первый обеспечивает избыточность информации по выбору аминокис-
лот. Второй выводит из неопределенных ситуаций при их выборе, базируясь на
фундаментальном атрибуте генетической информации – её текстовости, линг-
вистичности. Если бы организмы автоматически руководствовались моделью
кода в канонических Криковских рамках и следовали бы ей без каких-либо
поправок, то жизнь на Земле была бы невозможна. Однако в этом отношении
все относительно спокойно. Синтез белка – достаточно точный процесс имен-
но потому, что он использует приемы, свойственные лингвистике и логике, т.е
осознанию. Рибосомный аппарат и геном в целом есть квази разумная система,
читающая текст иРНК потриплетно (локально, по частям) и вместе с тем как
целое: континуально, нелокально. Именно нелокальность чтения, осознавание
смысла прочтенного снимает проблему омонимии кодонов. Каким образом это
происходит?
Еще раз обратимся к полузабытой и недооцененной статье Лагерквиста, но
не для того, чтобы снова и снова критиковать триплетную модель белкового
кода. Она сыграла свою, отнюдь не слабую, роль в развитии генетики и биоло-
гии в целом. Цель в другом – понять белковый код как дуалистичную знаковую
систему, оперирующую на основе слепой физико-химии, с одной стороны и
П.П.Гаряев
30
одновременно, с использованием квази смысловых построений текстов ДНК и
РНК и квази ментальных функций генома, с другой. При этом триплетный код –
лишь одна из множества подсистем кодирования и создания динамичного об-
раза будущего организма, причем низшая подсистема. Непонимание этого тор-
мозит развитие биологической мысли, приводит к достаточно бессмысленным
и дорогим программам исследований. Лагерквист первым озвучил противоре-
чивость триплетной модели белкового кода, но не понял причины. Он пытался
вывести модель кода из логического тупика, но безрезультатно. Он ничего не
мог противопоставить очевидному и странному, что правило «два из трех» вы-
полняется для рибосомной трансляционной машины также и в условиях in vivo,
цитируем, «с частотой, которую нельзя не принять во внимание». Далее Ла-
герквист пишет: «Если это так, клетка с определенной вероятностью могла бы
читать неправильно, и это будет означать наличие угрозы неправильной транс-
ляции, если метод «два из трех» был бы использован не подходящим образом.
В любых кодоновых семействах это ведет к ошибкам в белковом синтезе». Од-
нако что есть «использование не подходящим образом» правила «два из трех»
для Лагерквиста так и осталось риторическим вопросом. Выход из очевидного
противоречия он видит в следующем: «... те места в коде (в иРНК (ПГ)), где
метод чтения «два из трех» может привести к ошибкам трансляции, заняты ис-
ключительно кодонами с низкой вероятностью встречаемости. Такая органи-
зация кода и конкуренция между тРНК с антикодонами, способными прочи-
тать все три положения (нуклеотидов) в кодонах, эффективно нейтрализуeт
метод «два из трех» от его использования с угрозой неточной трансляции».
Это просто не соответствует истинному положению вещей, поскольку 50% ко-
донов омонимичны. Половина всех кодонов не может оцениваться как редко
встречаемые. Но даже редко встречаемые омонимичные кодоны, при их непра-
вильном прочтении, дадут ошибки в синтезе белков, что неприемлемо для ор-
ганизма. Словом, видимые невооруженным глазом логические противоречия
модели попросту игнорируются. Этому также способствует то, что рибосомы
de facto практически не ошибаются с выбором аминокислот. Все это привело
к соблазну считать триплетную модель корректной. Однако зияющие дыры в
«канонической» модели кода становятся все шире и заметнее.
Чтобы выйти из омонимического тупика, необходима простая, но ключевая
идея: вновь обратиться к лингвистике и почерпнуть оттуда понятие контекста,
которое снимает эту проблему. Омоним утрачивает неоднозначность только в
контексте, т.е. роль части становится ясной, когда ее рассматривают в составе
целого. В этом смысле понятие контекста (целостного текста) иРНК — отнюдь
не метафорично. Как-то исподволь, задним числом молекулярные биологи и
генетики признают это, используя идею «второго генетического кода» [Овчин-
ников Л.П., -- Ци-
тируем Л.П.Овчинникова, одного из видных молекулярных биологов: «Ини-
Волновой геном. Теория и практика.
31
циирующий кодон узнается только в определенном контексте. Если мы за-
дадим вопрос, можно ли, имея перед собой последовательность нуклеотидов
какой-либо иРНК, таблицу генетического кода и зная, что трансляция иРНК
идет в направлении от 5’- к 3’-концу, а белковая цепочка растет от N-конца
к C-концу, написать последовательность аминокислот белка, закодированного
в этой иРНК, то будем вынуждены ответить на поставленный вопрос отрица-
тельно. … Нельзя определить, с какого места иРНК мы должны начать перево-
дить последовательность нуклеотидов в последовательность аминокислот. Уже
очень давно стало ясно, что начало трансляции иРНК не совпадает с началом
самой иРНК. Свидетельством этому служат полицистронные иРНК бактерий,
в которых инициация белкового синтеза происходит на каждом цистроне, а
также присутствие в иРНК про- и эукариот 5’-концевых нетранслируемых по-
следовательностей. Вместе с тем установлено, что биосинтез белка как у про-,
так и у эукариот, всегда начинается с одной и той же аминокислоты — ме-
тионина. Можно было бы предположить, что трансляция информации, зако-
дированной в иРНК, начинается с первого от 5’-конца метионинового кодона,
которым является триплет AUG. Для многих моноцистронных эукариотических
иРНК это действительно так, хотя бывают и исключения. Однако это совсем
не так для полицистронных иРНК бактерий, где инициация часто происходит
на триплетах AUG, отстоящих очень далеко от начала иРНК. Этим триплетам
может предшествовать большое количество других AUG, на которых иници-
ации не происходит. Более того, оказалось, что первый метионин в белке в
некоторых случаях включается не на метиониновом кодоне AUG, а на кодоне
GUG, который соответствует в таблице генетического кода аминокислоте вали-
ну. Иногда инициация с метионина может происходить и на других кодонах:
AUA и AUU (кодонах изолейцина), UUG и, возможно, CUG (кодонах лейцина).
Стало очевидным, что для узнавания кодона в качестве инициирующего ва-
жен не только сам и, может быть, не столько сам кодон, но какой-то контекст,
делающий его инициирующим. У эукариот инициация происходит… чаще
всего с первого AUG, однако только в том случае, если этот AUG находится в
оптимальном контексте: за два нуклеотида до него обязательно должен на-
ходиться пурин (A или G), а непосредственно за ним должен следовать G. Если
первый AUG в эукариотической иРНК находится не в оптимальном контексте,
он пропускается и инициация начинается со следующего AUG. Для такой ини-
циации очень важно также наличие кэп-структуры на 5’-конце иРНК и, как ни
странно, поли(А) последовательности на противоположном конце молекулы.
Кэп-структура и поли(А) последовательность узнаются специфическими бел-
ками, которые также необходимы для инициации. При таком способе инициа-
ции трансляции у эукариот последовательность иРНК как бы просматривается
(сканируется) с начала иРНК (от ее кэп-структуры) для поиска кодона AUG в
оптимальном контексте. Такая инициация получила название «кэп-зависимая»
П.П.Гаряев
32
инициация по сканирующему механизму. Сравнительно недавно было показа-
но, что аминокислота селеноцистеин (очень редкая, но функционально очень
важная аминокислота) непосредственно включается в белок. Возникает зако-
номерный вопрос, как же закодирована эта аминокислота. Ведь значение всех
64 возможных кодонов уже четко определено, и все они используются в коди-
ровании двадцати стандартных аминокислот и сигналов терминации. Исследо-
вания показали, что селеноцистеин кодируется UGA (терминирующим кодоном
в таблице генетического кода), если за ним находится особая стимулирующая
последовательность. Эта последовательность может отстоять от UGA на очень
большом расстоянии — иногда она может быть на расстоянии 200 нуклеотидов
и находиться в 3’-нетранслируемой области иРНК».
Как видим из этой длинной, но чрезвычайно важной цитаты, классическая
молекулярная биология, а вслед за ней генетика, вынуждены занять идею кон-
текста у лингвистики (но только в метафорическом смысле). И второе, не ме-
нее важное, положение также вводится – это фактор дальнего влияния опре-
деленных иРНК-блоков (кэп, поли(А), стимулирующие последовательности) на
далеко удаленное в иРНК место включение рибосомой первой определенной
аминокислоты в синтезирующуюся белковую цепь. Понадобилась и дополни-
тельная идея «просмотра-сканирования» всей иРНК, т.е. контекста иРНК. Все
эти объясняющие факторы в общем виде предсказаны нами ранее. В том числе
и механизм сканирования полинуклеотидов за счет солитонных возбуждений
РНК и ДНК (Гаряев, 1997). Заметим также и другой важный момент – перекоди-
ровки кодонов в зависимости от контекстов, что также никак не укладывается
в прокрустово ложе канонической триплетной модели.
Процитируем и дальше Л.П.Овчинникова. «Некоторые иРНК содержат сиг-
налы на изменение рамки считывания. Некоторые иРНК содержат в трансли-
руемой области терминирующие кодоны, но эти кодоны успешно обходятся за
счет изменения рамки считывания перед ними или непосредственно на них.
Рамка может сдвигаться на -1, +1 и + 2. Существуют специальные сигналы в
иРНК, изменяющие рамку считывания. Так, сдвиг рамки трансляции на -1 на
РНК ретровируса происходит на специфической гептануклеотидной после-
довательности перед шпилечной структурой в иРНК. Для сдвига рамки на +1
на иРНК бактериального фактора терминацинации RF-2 важны нуклеотидная
последовательность на месте сдвига (кодон UGA), последующий кодон, а так-
же предшествующая им последовательность, комплементарная к 3’-концевой
последовательности рибосомной РНК (аналог последовательности Шайна-
Дальгарно)».
Ясно, что такие сдвиги рамок считывания иРНК чистой физико-химией не
объяснить, равно как и контекстные дальние влияния и «переосмысления» ко-
донов. Это уже иные знаковые измерения генома, переход на его логические
операции как квантового компьютера [Gariaev, Birshtein et al., 2001].
Волновой геном. Теория и практика.
33
«Считывание иРНК в пределах одного цистрона не всегда является не-
прерывным. Первоначально считалось, что последовательность нуклеотидов
в иРНК всегда читается непрерывно от инициирующего до терминирующего
кодона. Однако оказалось, что при трансляции иРНК гена 60 фага Т4 после-
довательность значительной длины может пропускаться. При этом рибосома
совершает как бы прыжок по иРНК с одного глицинового кодона GGA, находя-
щегося перед терминирующим кодоном UAG, на другой глициновый кодон GGA,
который отстоит от первого на 50 нуклеотидов. Механизм этого явления пока
не очень ясен».
Вот еще один из многочисленных примеров геномной работы, не укладыва-
ющийся в каноны и догмы. Действительно, такие «как бы прыжки» рибосомы
должны быть результатом реального прочтения и понимания смысла иРНК. И
здесь уже нет места аллегории или метафоре. Все эти отклонения от канонов
триплетной модели и называют сейчас «вторым генетическим кодом». Что это
за код? Какие механизмы лежат в его основе? Надо полагать, что ключевой из
них – лингвистические потенции молекул ДНК и РНК, которые являются, по
сути, реальными ментальными конструкциями. Только в этом, не метафориче-
ском варианте, мы можем понять истинный смысл перечисленных примеров
отступления от якобы «общих» правил трансляции генетической информации
с текстов иРНК. Подведем промежуточный итог фундаментальных явлений, ко-
торые официальная наука вынуждена констатировать, причем без объяснений
(их у нее нет):
а) дистантность контекстного влияния удаленных иРНК последова-
тельностей на точное осмысление кодона, читаемого рибосомой, и на его
перекодировки,
б) нелокальное сканирование больших протяженностей иРНК,
в) смысловые сдвиги рамок считывания иРНК,
г) дальние «прыжки» рибосом по иРНК,
д) перекодировки кодонов.
Попытаемся понять, что происходит в контекстных ситуациях, включая омо-
нимические с кодирующими дублетами (правило Лагерквиста «два из трех»).
Принявши тезис о квазиразумности генома, мы обязаны трактовать генетиче-
ские омонимии точно также, как это делается в лингвистике. А именно: инфор-
мационная нагрузка омонима открывается только при прочтении и понимании
текста как целого (или достаточно большой части его), т.е. контекста, незави-
симо от того, человеческий это текст или генетический. Мы не можем понять, к
примеру, смысл омонима «лук» и омонима «коса» вне целой фразы или пред-
ложения. Аналогично рибосомная трансляционная квази разумная система
должна прочитать и понять весь текст иРНК или большую его часть, чтобы на
этом основании принять точное решение о выборе одного из двух омонимиче-
П.П.Гаряев
34
ских (одинаковых) дублетов кодонов, кодирующих разные аминокислоты и/
или стоп-сигналы. Или принять решение о «прыжке» рибосомы на определен-
ное расстояние вдоль цепи иРНК. То же относится к ситуациям перекодировок
кодонов, но здесь, вероятно, понятие контекста имеет более широкий ареал,
уходящий за рамки лингвистики. Например, в случае аминокислотного голо-
дания или при тепловом шоке. В этом случае биосистемой как «контекстные»
учитываются критические ситуации эколого-биохимического характера, тре-
бующие сиюминутных или длительно эволюционных адаптаций с последующей
закачкой новых аминокислот и синтеза новых пробных белков. Вообще, отно-
шение к синтезу белков должно существенно измениться. Этот процесс нельзя
более воспринимать как чисто физико-химические акты взаимодействий ДНК,
РНК, ферментов, белков рибосом, аминокислот и других метаболитов. Здесь
мы имеем один из бесчисленных примеров разномасштабной разумности, как
всего организма, так и тканей, клеток и генома в целом.
Исторически сложилось, что лингвистическая терминология по отноше-
нию к белковому коду используется давно и повсеместно. А именно с момен-
та, когда в начале 60-х годов прошлого века Ф.Крик и М.Ниренберг молекулу
ДНК стали называть текстом. Это было гениальное предвосхищение, но Ф.Крик
и большинство, использующих такой прием и поныне, понимают текстовость
ДНК, РНК и белков как метафору, беря взаймы у лингвистики ее ментальное
начало. Пусть «классические генетики» допустят на минуту, что эти термины по
отношению к хромосомному аппарату — не метафоры. Тогда логично принять
сильное положение, что белоксинтезирующая система и геном в целом обла-
дают малой частью сознания и мышления или их аналогом форме биокомпью-
тинга [Гаряев и др., 1997; Gariaev, Birshtein et al., 2001]. Природа объединяет
разумным началом реальные физико-химические и квантовые акты в архис-
ложной метаболической сети белкового синтеза.
Хотя идея геномного компьютинга in vivo это также всего лишь модель, но
модель, существенно более развитая по сравнению с пониманием белкового
биосинтеза как чистой физикохимии и биохимии. Геном по-своему разумен.
Такое восприятие восходит к Аристотелю, к его постулату энтелехии, а далее к
Дришу. К этому повороту, а точнее, возврату на новом уровне к формуле «causa
finales», классическая генетика не готова до сих пор. Она тормозит мысль био-
логов, что контрпродуктивно. Это застой, и мы видим следствия — традицион-
ная генетика и вслед за ней медицина не могут и не смогут решить ни проблему
рака, ни проблему туберкулеза, СПИДа, продления жизни людей и т.д. Но вы-
ход есть. Это переход к принятию иных, биосемиотических, моделей генома, о
чем здесь и идет речь. Тут уже многое сделано. Биосемиотический аспект гене-
тики блестяще представлен работами Седова и Чебанова, а также несколькими
зарубежными исследователями [www.zanoza.lv/blog/gordon/430]. Они
видят в геноме не только текстовость, но и эстетические направляющие: «Во
Волновой геном. Теория и практика.
35
многих участках ДНК выявлены рефрены — «темы с вариациями», ритмиче-
ские и смысловые повторы, напоминающие омонимы, поэтические рифмы и
музыкальные темы».
Отдельно о ДНК-белковых музыкальных темах. На Западе производство
и торговля ДНК- и белковой «музыкой» поставлено на поток. Нуклеотиды и
аминокислоты в ДНК и белковых последовательностях по определенным алго-
ритмам переобозначаются нотами. Получаются отнюдь не хаотические звуки,
но фактически музыка. Ее даже пытаются использовать как лечебный фактор.
Любая поисковая система в Интернете выдаст массу ссылок на словосочетание
«DNA music» или «Protein music». Иными словами, игнорируя генетический
официоз, дельцы безоглядно и безответственно эксплуатируют зачаточное по-
нимание волновых, в том числе музыкальных, знаковых функций генетических
структур. Думается, что это достаточно опасно, поскольку прослушивание та-
кой музыки неконтролируемо и без знания последствий вводит в наш мета-
болический «ДНК-белковый котел» волновые информационные вектора мало
изученного действия.
Приведем еще один пример, демонстрирующий определенную разумность
генома, причем в области, которая считается полигоном чистой случайности —
в естественном мутационном процессе, где, как полагают, царит хаос, стохасти-
ка. Хотя, надо подчеркнуть, что понятие хаоса, как абсолютной неупорядочен-
ности, ушло в прошлое. Прежде, до открытия ДНК, этот хаотический мутаци-
онный процесс, как будто бы лежащий в основе эволюции, назывался неопре-
деленной изменчивостью признаков у организмов и составлял, по Дарвину,
«сырой материал» для эволюции. Нелишне напомнить, что сам Дарвин к концу
жизни понял, что только случайная изменчивость, как основа эволюции, —
фикция. Если в белковом коде присутствуют и используются сугубо менталь-
ные конструкции такие, как «текст, чтение, узнавание, решение» и т.д., то это
основание для принятия мировоззренческого положения: геном и белковый
код создан мыслью, а сам геном разумен. Стохастические процессы в работе
хромосомной ДНК сведены к оптимуму. Думается, что имеет место компромисс
между стохастикой и детерминизмом. Стохастика мутаций в геноме давно из-
вестна и хорошо изучена. Случайные мутации ДНК преимущественно вредны
и они в какой-то мере исправляются соответствующими ферментами. Но вот
удивление: мутации, если клетка их контролирует в смысловом аспекте, обо-
рачиваются пользой и вносят вклад в разумную, не дарвиновскую, эволюцию.
Такие, специально отбираемые и используемые самой биосистемой, мутации
трудно назвать случайными. Эти мутации – не результат естественного отбора в
ходе длительной эволюции, они используются быстро, в пределах одного жиз-
ненного цикла. Комбинаторика их специально задается организмом. Это видно
по результатам иммуногенетических исследований, видно на разумно и пре-
вентивно отбираемых В-лимфоцитами аминокислотных последовательностях
П.П.Гаряев
36
антител, которые называются последовательностями или графиками Ву-Кэбота
[Стил и др., 2002]. Эта комбинаторика последовательностей аминокислот —
результат гипервариабельности V-D-J генов антигенсвязывающих областей
антител иммуноглобулинов. Эта гипервариабельность мутаций специально
(разумно) предварительно задается геномом для «распознавания» антигенов
на клеточном уровне. Клетка и ее геном сначала каким-то неизвестным пока
способом4 сканирует антиген, потом принимает «решение» о наборе мутаций
V-D-J генов для направленного отбора кодируемых аминокислот, составляю-
щих последовательности Ву-Кэбота [Kabat et al., 1977]. Поведение V-D-J генов
противоречит неодарвинистской догме о том, что вся изменчивость генов за-
родышевой линии предсуществует до того, как начинает действовать отбор. Но
учтем – в работе V-D-J генов нет точного и мгновенного «решения» о выборе
аминокислот (нет полного детерминизма), но и нет абсолютной стохастики, по-
скольку мутации контролируются (задаются) самим организмом. Иными сло-
вами, существует прямая и обратная связь между пробными наборами мутаций
и структурой антигенсвязывающих областей антител иммуноглобулинов. Слу-
чайность и закономерность здесь в равновесии.
Белковый код создан Разумом. Будем вслед за Спинозой и Налимовым счи-
тать Вселенную и причиной самой себя (causa sui), и лингвистической, т.е.
разумной [Спиноза, 1677; Налимов, 1989]. Тогда иммунокомпетентные клетки,
вкупе с их геномом, целенаправленно, разумно использует случайность, соз-
давая необходимые для них генетические тексты с определенной семантикой.
Естественно, что эта геномная разумность действует в рамках определенных и
узких задач иммунного ответа и масштабы ее не сопоставимы с разумностью
головного мозга. Здесь проявляется общий принцип фрактальности биосистем,
включая геномно-клеточно-тканевые и органные уровни разумности. Иными
словами, мы видим нелинейное повторение одного и того же феномена, функ-
ции, структуры в разных масштабных размерностях.
Возникает простая и правильная мысль в духе пантеизма, что генетический
аппарат, как и все организмы, — результат творения Создателя (Природы). А
посему все в организмах разумно. На этом можно было бы успокоиться. Но это
крайность – получен общий ответ на Всё и одновременно не получено Ничего
конкретного. Это вселенский черный ящик. На входе его – любые вопросы,
на выходе – только один этот общий ответ. Нас это не устраивает. Поэтому
не устанем путешествовать внутри этого ящика, пытаясь получить конкретные
доказательства разумности генетического белок-синтезирующего аппара-
та. В этом смысле интересны фундаментальные и многолетние исследования
В.И.Щербака.
4 Вероятно, это процесс волнового автосканирования внутриклеточных метаболитов и антигенов в рамках
понятий Волновой генетики (Гаряев, 1994; а также см. ниже).
Волновой геном. Теория и практика.
37
В одной из своих работ, анализируя количественные соотношения ну-
клонного состава ядер атомов кодируемых аминокислот и кодонов триплет-
ного генетического кода, он предполагает наличие системы арифметических
операций в процессе биосинтеза белков, что также является проявлением
некоторых сторон квазимышления генома [Shcherbak, 2003]. В.И.Щербак
обнаружил в белковом коде систему генетического исчисления и использо-
вание ею функций ноля. Это чрезвычайно важное обстоятельство, поскольку
ноль — сугубо мыслительное, запредельно абстрактное порождение, дающее
начало координатному сознанию с его количественными мерами оценки внеш-
него мира. Эти оценки интерпретируются внутренним организменным генети-
ческим сознанием-исчислением. Таким образом, цифры (наряду с буквами)
становятся неотъемлемой частью генетического (белкового) кода. Поэтому
арифметическое управление в лингвистической и/или текстовой генетике,
полагает — В.И.Щербак, — реальность. Одним из подтверждений этого, по
его мысли, является экспериментальное исследование Эйдельмана, использо-
вавшего быстро реассоциирующие по «липким» концам фрагменты ДНК как
основной фактор технологии искусственного «ДНК-компьютинга» in vitro при
решении т.н. задачи коммивояжера [Adleman, 1994]. Однако это не лучший
пример. Фактический Эйдлемановский ДНК-компьютинг осуществляют люди,
делая итоговый выбор из миллиардов вариантов «решений», предъявляемых
реассоциирующими фрагментами ДНК [Гаряев и др., 1997; Gariaev, Birshtein
et al, 2001]. Развивая свои идеи, В.И.Щербак пишет: «Некоторые клеточные
органеллы должны работать как биокомпьютеры, …и мы должны обнаружить
системы чисел, с которыми они работают». И далее: «Кажется, что генетиче-
ский код связан более близко с абстрактными понятиями арифметики, чем с
понятиями физики или химии».
Думается, что эти два положения Щербака не совсем точны. Хромосомный
континуум сам по себе уже биокомпьютер [Гаряев и др., 1997; Gariaev, Birshtein
et al, 2001]. Наверное, он не самодостаточен и включен как часть в клеточный и
тканевый компьютинг с использованием дополнительных клеточных органелл.
В.И.Щербак считает бинарную логику цифрового компьютинга генома опреде-
ляющим фактором его работы. И лишь как вторичный, подчиненный путь, по-
нимается им перевод цифрового ДНК-РНК-ового «осмысления» в аналоговую
форму. Если это верно, то лишь отчасти. Стратегическая линия функций гено-
ма – оперирование голографическими и текстовыми образами. Хромосомному
континууму как биокомпьютеру нет строгой необходимости пользоваться толь-
ко эквивалентами богатств (цифрами), он работает непосредственно с богат-
ствами (образами), когда надо строить целостный организм, а не только син-
тезировать белки. Но бинарная цифровая логика не упраздняется целиком.
Она необходима, например, в моменты включения и выключения белковых и
Она необходима, например, в моменты включения и выключения белковых и
П.П.Гаряев
38
РНК-овых генов, что также немаловажно, особенно для построения белковых
фраз, текстов5.
Вместе с тем исследования В.И.Щербака фундаментальны, они имеют миро-
воззренческое значение, впервые давая жесткое однозначное математическое
доказательство того, что белковый код — квазиразумная система и одновре-
менно результат семантичности Вселенной. Понять происхождение белкового
кода можно только как сознательный акт, но не следствие слепой дарвинов-
ской эволюции. Вот что пишет об этом В.И.Щербак, разъясняя свою позицию
по статье [Shcherbak V.I., 2003], а также в6: «В этой статье сконцентрированы
данные, а не гипотезы, данные, которые ставят принципиальный (подчерки-
ваю это слово) запрет умозрительным моделям физико-химической эволюции
генетического кода, а, следовательно, и жизни. Этот запрет ставит абстракт-
ная символика арифметики, ядра математики, обнаруженная в коде. Беда всех
предшествующих попыток объявить модели физико-химической эволюции не-
состоятельными заключена в том, что эти попытки сводятся к манипулирова-
нию ничтожностью вероятности случайного появления информационной си-
стемы клетки. Обрати внимание на парадокс: эти попытки оставляют лазейку
для физико-химической эволюции, честно признавая, что ничтожная вероят-
ность все же существует! По мнению многих людей этого достаточно, чтобы
миллиарды лет как-нибудь управились с реализацией этой вероятности. Это
значит, что поражение физико-химической идее можно нанести, если иско-
мый запрет будет иметь принципиальный характер. Запрет именно такого рода
устанавливает абстрактная символика арифметики внутри генетического кода.
Проще говоря, никакое взаимодействие молекул в ходе физико-химической
эволюции – сколь бы долгой она ни была! – не способно породить ни при ка-
ких натуральных условиях абстрактные понятия числа и его знаковую запись
в позиционной системе счисления, использующей еще более запредельное по
своей абстрактности понятие нуля. Игра теперь должна продолжиться по дру-
гим правилам. Новое устройство кода переводит поиск его происхождения в
область, которая доступна, как нам кажется, только разуму. … Это новейшее
даже не «термоядерное», а оружие «аннигиляции». В статье изложены факты,
а не умозрительные модели…».
5 Концепция «белковых
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 16:59 #56

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 41289
  • Thank you received: 90
  • Karma: 23
ППГ написал(а):
Таких экспериментов можно провести множество. Будут ли они доказательными, и получатся ли?
Да нет, не множество. Многие Ваши утверждения не допускают проверки в принципе и значит и серьёзного внимания
. Вы замахнулись на слишком многое и большое, таким образом мифологии не избежать. Работать надо как муравей и попридерживать порыв к гранд-спекуляциям, всем нам хочется


Отредактировано Хайдук (2009-11-26 21:01:22)
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 19:31 #57

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
перенес

Отредактировано ППГ (2009-11-27 08:33:15)
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 20:19 #58

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 41289
  • Thank you received: 90
  • Karma: 23
ППГ написал(а):
И какие же это эксперименты, коих не множество?
Имел в виду, что эксперименты Вашу концепцию не колышут, она слишком генеральная и проверить или опровергнуть ее даже множеством экспериментов нельзя. Любой хорошо сформулированный эксперимент в этой области имел бы весьма ограниченный и локальный эффект и не мог бы ответить на глобальные претензии Вашей теории. Сами можете ли указать на надёжные эмпирические результаты, подтверждающие некоторые из Ваших необычных, революционных гипотез?

Еще не углублялся в обширные тексты, которые любезно предоставили, но в прошлом как-то произвело впечатление, что даже вполне заурядное изложение кишит расплывчатостью и неточностью смыслов. Рукой подать отсюда до проповеди мифов

The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 20:27 #59

  • azur
  • azur's Avatar
  • OFFLINE
  • Бояринъ
  • Posts: 239
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
ППГ написал(а):
Авторитетные источники, их сотни - в моих монографиях и наших статьях.
Да ну? У нас, видимо, разные представления об авторитетности источников

По мне так лучше статью из рецензируемого журнала почитать, чем разбираться что на некоем сайте правда, а что вымысел.

ППГ написал(а):
ВМАК - официальная структура, противостоящая монополизму и засилью ВАК.
Да-да, верно, я и забыл.
А РАЕН - официальная структура, противостоящая монополизму и засилью РАН.

Меня ведь вот что смутило - на сайте ППГ даже копия его пропуска в институт есть, а вот копии докторского диплома нет, а жаль ..

ППГ написал(а):
В моих ответах оппонетам в сайте в деталях рассмотрено все, что дано оппонентами в деталях.
Это автор статьи из Википедии что ли оппонент?

Не знаю как в русской вики, но в английской версии за то, что автор самостоятельно бы разбирался, вставлял бы в статью собственные заявления и умозаключения, такую инфу моментально бы удалили.
The topic has been locked.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 26 Нояб 2009 21:03 #60

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
azur написал(а):
ППГ написал(а):

Авторитетные источники, их сотни - в моих монографиях и наших статьях.Да ну? У нас, видимо, разные представления об авторитетности источников
По мне так лучше статью из рецензируемого журнала почитать, чем разбираться что на некоем сайте правда, а что вымысел.

ППГ написал(а):

ВМАК - официальная структура, противостоящая монополизму и засилью ВАК.Да-да, верно, я и забыл.
А РАЕН - официальная структура, противостоящая монополизму и засилью РАН.
Меня ведь вот что смутило - на сайте ППГ даже копия его пропуска в институт есть, а вот копии докторского диплома нет, а жаль ..

ППГ написал(а):

В моих ответах оппонетам в сайте в деталях рассмотрено все, что дано оппонентами в деталях.Это автор статьи из Википедии что ли оппонент?
Не знаю как в русской вики, но в английской версии за то, что автор самостоятельно бы разбирался, вставлял бы в статью собственные заявления и умозаключения, такую инфу моментально бы удалили
Могу отсканировать и диплом доктора, только глупо это. Пропуск в МГТУ отсканировал, поскольку достали не верящие апаненты. Надеюсь, с докторским дипломом этого не будет.

В нашей ВИКИ, по их же правилам, можно корректировать текст, если там искажения и неточности. Ввел поправки, но резульатов не вижу. Не восприняли. Но это их дело. Поправки в сайте - и довольно.
The topic has been locked.
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум