nplus1.ru/news/2018/12/31/TAG

nplus1.ru/

Объединенная группа исследователей из США и Тайваня проанализировала пластидные геномы двух паразитических растений из рода Balanophora и обнаружила уникальные следы миниатюризации. Утрата основной функции, — фотосинтеза — повлекла за собой радикальное уменьшение генома, в котором осталось всего 19 генов. Кроме того, в ДНК практически перестали использоваться гуанин и цитозин, а одному из классических стоп-кодонов нашлось альтернативное применение. Результаты исследования опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.

Для того, чтобы фотосинтезировать, растениям необходимы пластиды — симбиотические органеллы, живущие внутри растительных клеток. Раньше они были свободноживущими бактериями, но более миллиарда лет назад они поселились внутри предков растений и с тех пор сильно упростились. Тем не менее, у них сохранилась внешняя клеточная мембрана и собственный, пусть и небольшой, геном. В среднем в нем около сотни генов, тогда как у свободноживущих бактерий их тысячи.

У паразитических растений, которые получают еду от других организмов и не утруждают себя фотосинтезом, пластидные геномы могут быть еще меньше. У одной из Раффлезий — рода, известного своими гигантскими цветами, — его пока не могут найти вовсе, а у ряда других паразитов количество пластидных генов можно сосчитать по пальцам. Фотосинтез, хоть и важнейшая, но не единственная функция пластид, поэтому они работают и у паразитов тоже, но как они ухитряются это делать не очень понятно. Часто пластиды переносят свои гены в ядерный геном и поручают заботы по производству нужных белков общеклеточной машинерии, но из-за разного устройства эти гены нужно сильно адаптировать прежде чем они начнут нормально работать.

Хоть пластидный и ядерный геномы живут в одной клетке, они приходятся друг другу очень дальними родственниками и используют разные «диалекты» генетического кода. В частности, пластиды могут использовать альтернативные слова-кодоны для обозначения стартов трансляции. Рибосомы — молекулярные машины для перевода генетического кода в белковый — тоже устроены у них немного иначе.

В своей работе Хуэй Цзюнь Су (Huei-Jiun Su) и ее коллеги решили посмотреть на то, как происходила миниатюризация пластидных геномов в двух облигатных паразитических растениях из рода Balanophora. Эти грибородобные растения с крошечными цветками живут юшл-восточной Азии и паразитируют на корнях деревьев, никогда не занимаясь фотосинтезом. Секвенировав геномы, ученые обнаружили у них целый ряд уникальных свойств. У обоих видов они оказались исключительно маленькими и содержали всего 19 генов каждый. В них оказались закодированы одна транспортная РНК, четырнадцать генов для построения рибосомы и еще четыре белка неизвестного назначения. По-видимому, остальные гены успели переехать в ядерный геном. Интересно, что транспортная РНК у одного из двух видов по идее не может нормально работать — у нее отсутствует правильный антикодон — участок, ответственный за распознавание кодона, а у другого вида он смещен относительно традиционного положения. Несмотря на это, Balanophora похоже находит этой РНК применение, потому что эта генетическая последовательность у нее наиболее консервативна между этими двумя видами чем все остальные 18 генов.


Ученые нашли и другие следы миниатюризации. Гены были расположены очень плотно и в пяти случаях даже перекрывались друг с другом, а их собственный размер оказался меньше, чем размер тех же генов у других расстений. Последнее получилось за счет многочисленных делеций и утраты всех интронов за исключением одного.


Сам код ДНК оказался тоже довольно необычным и отличался от «диалекта» других бактерий и пластид. Частоты использования пар нуклеотидов могут разниться от вида к виду, но обычно доля гуанина (G) и парного к нему цитозина больше 20 процентов. В пластидах Balanophora это значение составляет 11–13 процентов, а для отдельных участков генома достигает рекордных двух процентов. Такой экстремальный перекос стал возможен благодаря избирательному использованию кодонов: одна и та же аминокислота может быть записана разными словами-кодонами, и выбирая те, в которых больше определенных букв-нуклеотидов, можно повлиять на их общие частоты использования. Кроме того, ученые обнаружили уникальное использование кодона TAG (тимин-аденин-гуанин). В классическом варианте это стоп кодон, который останавливает синтез белка. У Balanophora же он используется вместо кодона TGG, кодирующего аминокислоту триптофан.

Пример
Аминокислота глицин может быть записана в ДНК при помощи четырех вариантов кодонов: GGA, GGT, GGC и GGG. Избирательно используя кодоны GGA и GGT можно уменьшить общую встречаемость нуклеотидов G и C и наоборот так, что это не скажется на последовательности белка.

Геномы Balanophora оказались удивительным примером того, насколько далеко может зайти минимизация и к каким побочным результатам она приводит. Сравнительно недавно в лаборатории Крейг Вентер с коллегами создали синтетический организм, геном которого постарались свести к минимуму. Оказалось, что для того, чтобы поддерживать свою жизнь, еиу потребовалось меньше пятиста генов.

Вера Мухина

CRISP-ом Хэ Цзяньхуй зделал что-то реальное, скрупулёзное и скорее хорошее, хоть и в принципе это вмешательство в дела Божии, а ваше мШЭИ это плацебо, ничего не колышет, сотрясение воздуха

Очередной прокол гипотезы Волнового Генома.

вариации диалектов кодов давно известны их более 30. Основана они на перекодировках кодонов, а теперь нашли таковые для антикодонов. Принцип же ген кодов белков не меняется, но есть существенная часть, связанная с делегированием новых семантик кодонов по перекодировке смысла 3-го нуклеотида сиом кодонов. Вот этого не понимали. Мы объяснили: www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=85202

Петенька, статья называется " Попытка регенерировать зуб собаки с помощью метода нового направления ..., другими словами это еще не факт ... даже в журнале с юмором отнеслись к этим заявлениям.

объяснили вы хер словоблядством лженаучным

идей, что рассыпаю здеся нахаляву, хфатит на тонну опубликованных работ, не говоря уж о Нобелеффках...

Опять показал свои не знания в статистике П.Гаряев. Если бы у него было бы представлено 20 и более случаев когда от его экспериментального воздействия от Лазаря, хотя бы большая часть « собак» смогли бы вырастить «новые» зубы можно было бы говорить об удачном научном эксперименте. Однако этого нет и в обозримом будущем и не предвидится.
Так, что отличий и в писательском таланте и в умении хамить на форуме между П.Гаряевым и пользователем под ником Наблюдатель практически и нет, так как оба они научные «огрызки».

Приведенная статья не нуждается в статистике, поскольку посвящена удачной попытке продемонстрировать квантовую регенерацию зуба, т.е. создать единичный прецедент.

ага, не нуждается в статистике, а? этот fucking единичный прецедент, a?

Опять показал свои не знания в статистике П.Гаряев

Опять показал свои не знания в статистике П.Гаряев. Если бы у него было бы представлено 20 и более случаев когда от его экспериментального воздействия от Лазаря, хотя бы большая часть « собак» смогли бы вырастить «новые» зубы можно было бы говорить об удачном научном эксперименте. Однако этого нет и в обозримом будущем и не предвидится.

nplus1.ru/news/2019/01/09/cancer-brillouin

nplus1.ru/

...физики предложили просвечивать образец монохроматическими волнами видимого света, а затем измерять спектр излучения, прошедшего сквозь образец. Поскольку электромагнитные волны взаимодействуют с собственными упругими колебаниями среды (гиперзвуком), по искажению их спектра можно судить о механических свойствах образца, учитывающих не только эластичную рамку, но и заключенную в ней жидкость. Несколько лет назад этот метод уже использовали для изучения отдельных клеток и живых тканей, извлеченных из живого организма (ex vivo)...

физики просветили образцы оптическим лазером (длина волны порядка ста нанометров), измерили сдвиг и уширение спектральных линий. В результате ученым удалось различить на изображении питательный раствор и клетки разного типа. Кроме того, исследователи обнаружили, что спектральные свойства излучения, прошедшего сквозь образец, отличаются для различных частей образца. По словам ученых, это указывает на то, что в центре сфероида механическое напряжение больше, чем около краев. К сожалению, однозначно связать искажение спектра и механическое напряжение исследователи не смогли...

...одиночные аминокислоты при биосинтезе белков никаких цепочек не выстраивают. По крайней мере, публикаций об этом нет...

Если "публикаций" нет это что-ли невозможно? и это оказывается единственный аргумент в споре?
Напомним престарелому "ух-ученому", что разговор идет о том, ПОЧЕМУ около места непосредственной близости от открытой рамки считывания ВДРУГ оказывается множество нужных аминокислот, вопреки нормальному распределению , так как они должны были-бы равномерно расположены в пространстве, тем более в пп.10813 "Группа Чукч.." привела конкретный пример реального наблюдения, где есть и пример и " воронки" сближения по типу "зеленого волчка" и построение этих условных "цепочек" .

Каждая аминокислота (их 20) должна быть узнана своей тРНК (их десятки и сотни в зависимости от организма).

Каждая из этого сонма тРНК, с грузом выбранных аминокислот, имеет свой антикодон. И каждый из них должен найти на мРНК (гене) свой кодон. (Как? ПГ). Это требует привлечения принципов лингвистики и квантового компьютинга, если речь идет о не синонимических кодонах (сиомах).

Опять начались передергивания. Речь ПОКА идет о "поведение" аминокислот около открытой рамки считывания. Вопрос по какой причине (какое физическое явление) заставило осуществить выборку и передвижение этих молекул в ЭТО место.
Так, что ссылка на некие "факты....образования комплексов...которые как-то взаимодействуют...., узнают... с помощью контекстных механизмов" и так далее не объяснение, а словоблудие, тем более давать бессмысленные сноски о ни о чем.
Так, что подытожив - можно лишь сказать, что "Группа Чукч..." НАШЛА интересную проблему и пытается объяснить ее и выдвигают гипотезы-аксионмы.
Опровергнуть их П.Гаряев не может.

..рядом с этим кодоном свое место занимает другая т-РНК с соответствующим антикодоном. Между обеими аминокислотами образуется пептидная связь. Затем и-РНК перемещается в полисоме на участок одного кодона и за второй аминокислотой на новый кодон поступает соответствующая третья аминокислота и т. д. Так все кодоны матрицы протягиваются через участок сборки аминокислот в рибосоме, в результате образуется соответствующая матрице полипептидная цепь.

Значит Блаженный утверждает, что "около открытой рамки считывания" нет нужных для сборки аминокислот. После этого остается вопрос, а что тогда собирает тогда рибосома ...

ПГ: снимает аминокислоты с тРНК. Детский сад, однако...

"..рядом с этим кодоном свое место занимает другая т-РНК с соответствующим антикодоном. Между обеими аминокислотами образуется пептидная связь. Затем и-РНК перемещается в полисоме на участок одного кодона и за второй аминокислотой на новый кодон поступает соответствующая третья аминокислота и т. д. Так все кодоны матрицы протягиваются через участок сборки аминокислот в рибосоме, в результате образуется соответствующая матрице полипептидная цепь".

откуда берется материал для сборки ????

ПГ: Из цитозоля

Почему Вы постоянно выкидываете из этого процесса вариант добавления в этом место НУЖНЫХ аминокислот. Они не появляются из вакуума, они туда попадают с помощью других сил взаимодействия.