Очень интересно.

ЖУРНАЛ:


ЭЛЕКТРОННАЯ ОБРАБОТКА МАТЕРИАЛОВ

С учетом прежних приводятся новые данные по эффекту дальней связи между двумя прорастающими семенами, возникающему в результате совместного набухания этих семян встык зародышами в течение 24 ч. При стрессовом воздействии низкой или высокой температурой, концентрированным раствором NaCI, у-радиацией на одно из семян разделенной пары у второго семени, удаленного от первого на расстояние до нескольких километров, наблюдаются изменения морфологических, физиологических и генетических признаков. Это инверсия биоизомерии (левизны-правизны) проростков, ускорение прорастания семян, а также роста проростков и вегетирующих растений, увеличение числа хромосомных нарушений в первичных корешках проростков. При кратковременном воздействии гамма-облучения части семян системы (порядка 100 шт.) изменяется генетическое состояние не только облученных, но и необлученных экземпляров этой системы. При этом в клетках корешков проростков, выросших из необлученных семян, существенно увеличивается число хромосомных нарушений по сравнению с контролем. Обсуждаемый эффект пропорционально зависит от дозы облучения. Описываются также электромагнитный и неэлектромагнитный механизмы эффекта дальней связи. Кроме того, ставится вопрос о квантовой сцепленности семян системы, возникающей в период их совместного набухания.

ПетровичЪ, а как Вам это ? :

куда пропал Петрович, когда ответит на #5655?

этот АБСТРАКТ откуда, кто писал?

ПГ: АК не будет глутамином для CAA при соответствующем контексте мРНК. CAA будет указом для выбора определенной АК в соответствии с контекстом мРНК.

Петрович, я предлагаю детально (вернее детальнейшим образом) обсудить эксперимент Лолли и другие его работы. Здесь вряд ли кто-то знаком с сутью вопроса, включая меня. Только обсудить детальнейшим образом - каждое предложение из статьи, каждый абзац, каждую таблицу и каждый рисунок.

извольте примерчик в студию, в каком из жывотных это происходило или происходит?

А зачем? Суть ясна. Все обвинения в её и Прюитта адрес они парировали. А недовольство официоза всё то же - не трогайте Менделя, мы на нем присиделись - вкусно едим и сладко спим, а тут Лолли какая-то в Прюиттом.

Lolle et al. suggest that non-mendelian inheritance in Arabidopsis thaliana might be attributable to an ancestral RNA-sequence cache1, whereby the RNA genome of previous generations causes a high rate of reversion of the plant's mutant hothead (hth) and erecta (er) genes. Here I describe a ‘distributed genome’ model that also explains their results, in which mutant hth DNA is restored by homologous sequences present in the genome itself. This model has implications for the generation of diversity without mating.

According to classical mendelian genetics, individuals homozygous for an allele always breed true. Lolle et al.1 report a pattern of non-mendelian inheritance in the hothead (hth) mutant of Arabidopsis thaliana, in which a plant homozygous at a particular locus upon self-crossing produces progeny that are 10% heterozygous; they claim that this is the result of the emerging allele having been reintroduced into the chromosome from a cache of RNA inherited from a previous generation. Here I suggest that these results are equally compatible with a gene conversion that occurred through the use as a template of DNA fragments that were inherited from a previous generation and propagated in archival form in the meristem cells that generate the plant germ lines. This alternative model is compatible with several important observations by Lolle et al

Chaudhury and Ray propose alternative models to account for our observed pattern of non-mendelian inheritance in the hothead (hth) mutant of Arabidopsis3.

For the first time, researchers have infused a person’s blood with gene-editing tools, aiming to treat his severe inherited disease.
This week, a UCSF Benioff Children’s Hospital Oakland’s adult patient underwent a landmark gene editing therapy – marking the first time that genome editing has been done inside a human body in an effort to change the DNA of a patient with a rare genetic disease.

The gene editing treatment is part of a clinical trial between UCSF Benioff Children’s Hospital Oakland and Sangamo Therapeutics – an “in vivo” genome editing therapy for people with mucopolysaccharidosis type II (MPS II), also known as Hunter syndrome.

The trial, being lead in at the hospital by UCSF Benioff Oakland’s Paul Harmatz, M.D. whose patient, Brian Madeux, had previously participated in other clinical trials for MPS II and who is a long-term patient of Dr. Harmatz.

“We are proud to be part of this groundbreaking trial and it is our hope that the gene editing therapy will produce benefits to our patient and other MPS patients that will greatly contribute to an improved quality of life. We are grateful to our patient Brian for being the first person to participate in the trial,” said Dr. Harmatz, M.D., a pediatric gastroenterologist and a principal investigator for the study at the UCSF Benioff Children's Hospital Oakland.

The clinical trial aims to treat MPS II by using genome editing to insert a corrective gene into a precise location in the DNA of liver cells with the goal of enabling a patient's liver to produce a lifelong and stable supply of an enzyme he or she currently lacks.

Without that enzyme, people with MPS II suffer a debilitating buildup of toxic carbohydrates in cells throughout their body. Approximately one in 100,000 to one in 170,000 people are born with MPS II. Many people with MPS II receive weekly infusions of enzyme replacement therapy (ERT), the current standard-of-care treatment. Within a day of receiving ERT, however, IDS quickly returns to near undetectable levels in the blood.

"Even with regular infusions of ERT, which has markedly improved functional health outcomes, patients endure progressive damage to heart, bones, and lungs. Many patients with MPS II die of airway obstruction, upper respiratory infection or heart failure before they reach the age of 20," said Dr. Harmatz.

"Living with Hunter's Syndrome is not a pain-free life. I have pain every second of the day,” said Madeux. “I have learned to manage my issues as they arise, through the help of doctors and by staying active. There are people dealing with far worse. I go day by day. I actually thought I wouldn't live past my early 20's, but the way I lived my life has surely helped me to live longer. Being an athlete growing up and working in the hospitality industry has helped."

He decided to participate in the groundbreaking study because he wanted to give something back to others living with inherited conditions like him, "I am willing to take the minimal risk of changing my own DNA if it will prolong my life and help scientists find cures for humankind".

The therapy is part of Phase 1/2 clinical trial ("the CHAMPIONS study") evaluating SB-913, an investigational in vivo genome editing therapy. SB-913 makes use of Sangamo's zinc finger nuclease (ZFN) genome editing technology to insert a corrective gene into a precise location in the DNA of liver cells. To restrict editing to liver cells, the ZFNs and the corrective gene are delivered in a single intravenous infusion using AAV vectors that target the liver. The ZFNs enter the cells as inactive DNA instructions in a format designed only for liver cells to unlock. Once "unlocked", the ZFNs then identify, bind to and cut the DNA in a specific location within the albumin gene. Using the cells' natural DNA repair processes, liver cells can then insert the corrective gene for IDS at that precise location.

"For the first time, a patient has received a therapy intended to precisely edit the DNA of cells directly inside the body. We are at the start of a new frontier of genomic medicine," said Dr. Sandy Macrae, CEO of Sangamo Therapeutics.

The CHAMPIONS study is an open-label clinical study designed to assess the safety, tolerability and preliminary efficacy of the SB-913 investigational genome editing therapy in up to nine adult males with MPS II.

UCSF Benioff Children’s Hospital Oakland’s gastroenterology research group, under the direction of Dr. Paul Harmatz, is focused on translational and clinical research on the treatment of lysosomal storage diseases focused primarily on the mucopolysaccharidoses.

The mucopolysaccharidoses (MPS) are a group of 11 rare genetic disorders in the lysosomal storage disease (LSD) family, each caused by the absence or reduced function of lysosomal enzymes needed to break down glycosaminoglycans (GAGs). GAGs are long chains of carbohydrate constituents of bone, cartilage, and connective tissue. In the absence of lysosomal enzyme function, these GAGs collect in the cells and connective tissues and result in progressive cellular damage and organ system dysfunction. The mucopolysaccharidoses share many clinical features but have varying degrees of severity.

Treating these patients has depended on medical and surgical care, with hematopoietic stem cell transplantation as the only cure.
Since 2003, enzyme replacement therapy (ERT) has been approved for MPS I , II and VI provide specific therapy administered intravenously. Dr. Harmatz participated in the clinical trials for MPS II and VI that led to FDA approval. Dr. Harmatz lead one of only two US sites that participated in a longitudinal, multicenter, multinational natural history study for MPS IVA or Morquio A. He was also PI of one the US sites for the phase 3, randomized, placebo-controlled trial of enzyme replacement therapy that lead to the U.S. Food and Drug Administration (FDA) approval of a drug for patients with MPS IVA (Morquio A syndrome).

In addition to these trials, Dr. Harmatz and his colleagues have participated in the NIH-sponsored Lysosomal Disease Network studies and enrolled patients into a longitudinal study of brain disease in MPS I and II.

The spontaneous deamination of cytosine is a major source of transitions from C•G to T•A base pairs, which account for half of known pathogenic point mutations in humans. The ability to efficiently convert targeted A•T base pairs to G•C could therefore advance the study and treatment of genetic diseases. The deamination of adenine yields inosine, which is treated as guanine by polymerases, but no enzymes are known to deaminate adenine in DNA. Here we describe adenine base editors (ABEs) that mediate the conversion of A•T to G•C in genomic DNA. We evolved a transfer RNA adenosine deaminase to operate on DNA when fused to a catalytically impaired CRISPR–Cas9 mutant. Extensive directed evolution and protein engineering resulted in seventh-generation ABEs that convert targeted A•T base pairs efficiently to G•C (approximately 50% efficiency in human cells) with high product purity (typically at least 99.9%) and low rates of indels (typically no more than 0.1%). ABEs introduce point mutations more efficiently and cleanly, and with less off-target genome modification, than a current Cas9 nuclease-based method, and can install disease-correcting or disease-suppressing mutations in human cells. Together with previous base editors, ABEs enable the direct, programmable introduction of all four transition mutations without double-stranded DNA cleavage.

The spontaneous deamination of cytosine is a major source of transitions from C•G to T•A base pairs, which account for half of known pathogenic point mutations in humans. The ability to efficiently convert targeted A•T base pairs to G•C could therefore advance the study and treatment of genetic diseases. The deamination of adenine yields inosine, which is treated as guanine by polymerases, but no enzymes are known to deaminate adenine in DNA. Here we describe adenine base editors (ABEs) that mediate the conversion of A•T to G•C in genomic DNA. We evolved a transfer RNA adenosine deaminase to operate on DNA when fused to a catalytically impaired CRISPR–Cas9 mutant. Extensive directed evolution and protein engineering resulted in seventh-generation ABEs that convert targeted A•T base pairs efficiently to G•C (approximately 50% efficiency in human cells) with high product purity (typically at least 99.9%) and low rates of indels (typically no more than 0.1%). ABEs introduce point mutations more efficiently and cleanly, and with less off-target genome modification, than a current Cas9 nuclease-based method, and can install disease-correcting or disease-suppressing mutations in human cells. Together with previous base editors, ABEs enable the direct, programmable introduction of all four transition mutations without double-stranded DNA cleavage.

... всуе, ибо всё равно увидишь в ней не то, что поимели в виду авторы, а то, что подует ЛВГ тебе в поруса

www.svoboda.org/a/261451.html

www.svoboda.org/

В 50-х годах XX века были сделаны важнейшие открытия в области биологии: было разгадано строение главной молекулы жизни – молекулы ДНК. Принципы работы генетического конструктора выглядели гениально простыми и логичными, и не менее чем на полвека определили развитие биологии, практически став биологической догмой. Однако, как показывают последние исследования, детали генетического конструктора гораздо разнообразнее и сложнее, чем предполагалось прежде. О новейших исследованиях в области хранения и передачи наследственной информации рассказывает доктор биологических наук, сотрудник Палеонтологического Института РАН Александр Марков.


Классическая генетика


Классические представления о механизмах генетического наследования сложились в 50-60-е годы в результате серии великих открытий, которые сделали молекулярные биологи. Прежде всего это – расшифровка структуры ДНК и расшифровка генетического кода. То есть стало ясно, что наследственная информация записана в молекулах ДНК в виде последовательности из четырех «букв» – нуклеотидов. Эта информация переписывается с ДНК на РНК, а потом уже копия гена используется как инструкция для синтеза белка. Белки делают всю основную работу в нашем организме. Они определяют все его строение и все его функции. И каждые три буквы генетического кода кодируют аминокислоту, а белки состоят из аминокислот. Эти открытия породили некую эйфорию среди биологов, показалось, что тайна жизни разгадана. И это привело к некоторой догматизации открытых механизмов. И стало считаться общепризнанным, что наследственная информация записана в молекулах ДНК только так, что эта информация передается по цепочке от ДНК, то есть от генов, через РНК к белкам. А в обратном направлении – от белков к ДНК информация идти не может. Единственный способ возникновения наследственных изменений – это случайные ошибки при копировании молекул ДНК или мутации.


И такие представления оказались очень полезными, очень продуктивными для развития науки и привели к взрывному развитию молекулярной биологии. Но в процессе исследований постепенно стало выясняться, что на самом деле исходная схема была слишком упрощена и что на самом деле все гораздо сложнее и не так однозначно. Оказалось, что, во-первых, наследственные изменения возникают не только в результате случайных мутаций. Во-вторых, наследственная информация передается не только по этой однонаправленной цепочке. И, наконец, третье, что наследственная информация может быть записана не только в ДНК. Вот это три основных пункта, о которых хотелось бы сказать.


«Сознательные» мутации


Наследственные изменения возникают не только за счет случайных мутаций. В некоторых случаях изменения генов имеют вполне осмысленный, можно сказать целенаправленный характер. Яркий пример – это так называемая конверсия генов, которая происходит, в частности, у болезнетворных бактерий.


У гонококка – возбудителя гонореи – есть поверхностный белок, по которому его узнают клетки иммунной системы. Когда бактерии попадают в организм, клетки иммунной системы учатся распознавать этот поверхностный белок гонококка. И когда научатся, размножатся лимфоциты с соответствующими рецепторами, которые начинают этот гонококк уничтожать. А гонококк берет и «сознательно» меняет ген своего поверхностного белка, чтобы его перестали узнавать. У него есть ген поверхностного белка, а, кроме того, в геноме есть несколько неработающих копий этого гена, немного отличающихся друг от друга. И время от времени происходит следующее: какой-то фрагмент работающего гена заменяется фрагментом одной из нерабочих копий, и таким образом ген становится немножко другим, белок становится немножко другим, лимфоциты перестают его узнавать. В результате иммунитет против гонореи образуется с большим трудом или вообще не образуется.


Другой пример неслучайных изменений – встречается у бактерий как реакция на стресс: они повышают скорость мутирования. То есть когда, например, кишечная палочка попадает в стрессовую обстановку, она начинает производить специально такие белки, которые при копировании ДНК совершают гораздо больше ошибок, чем обычно. То есть они сами повышают скорость мутирования. Это, вообще говоря, шаг рискованный, в благоприятных условиях этого лучше не делать, потому что среди возникающих мутаций подавляющее большинство вредных или бесполезных. Но если уже все равно погибать, то бактерии этот механизм включают.


Другой путь передачи информации: от РНК к ДНК


Наследственная информация передается не только по той цепочке, которая изначально была постулирована ДНК – РНК – белок. Во-первых, было обнаружено явление так называемой обратной транскрипции, то есть информация может переписываться, например, у некоторых вирусов, с РНК на ДНК, то есть в обратную сторону. Оказалось, что это достаточно распространенный процесс. В геноме человека тоже есть соответствующий фермент и в результате обратной транскрипции с молекулы РНК идет переписывание в геном, в ДНК некоторой информации.


Как это происходит? В РНК попадает какая-то информация, которой нет в ДНК. На том этапе, когда информация существует в форме РНК, происходит активное редактирование этой информации, появляется редактор. Иногда ее редактируют белки, а иногда сама РНК сама себя редактирует.


Обычно у всех высших организмов гены состоят из многих кусочков, то есть это не сплошная последовательность ДНК, где записана структура белка, но она разрезана на кусочки, и между ними вставлены более-менее длинные куски ДНК, которые не кодируют белок. Они называются интроны. При редактировании РНК могут происходить различные изменения. Например, кодирующие участки могут склеиваться в разном порядке. И при этом все настолько сложно, что эти вырезаемые кусочки РНК – это активные молекулы, которые активно участвуют во всех процессах, они регулируют активность в каких-то других генах, они регулируют редактирование РНК, своих, других. То есть все запутано в сложнейший клубок взаимодействий.


Скажем, мы берем текст и вырезаем какие-то ненужные слова и выбрасываем в корзину. Теперь представьте себе, что эти ненужные слова вылезли из корзины, лезут обратно в книгу, начинают копошиться, менять какие-то слова, сами куда-то встраиваться. Вопреки классической схеме выяснилось, что РНК – очень активное действующее лицо во всех этих информационных процессах.


Такая отредактированная РНК может быть переписана обратно в ДНК и таким образом в какой-то степени может происходить наследование приобретенных признаков. Потому что, вид который принимает в конечном итоге зрелая РНК – это в определенном смысле приобретенный признак, он может быть переписан обратно в ДНК и тогда в ДНК появляется ретро-псевдоген. И таких ретро-псевдогенов в человеческом геноме полным-полно.


Носителем наследственной информации может быть не только ДНК


Наследственная информация, как выясняется, может быть записана не только в ДНК, а так же, по-видимому, и в РНК. В 2005-2006 году появился ряд статей в самых уважаемых научных журналах, где приводятся результаты экспериментов, в которых просто совершенно вопиющим образом нарушаются законы классической генетики. Взяли мышей, у мышей есть такой ген под названием Kit, он выполняет много разных функций и, том числе, от него зависит окраска. В экспериментальных целях была изготовлена мутантно-измененная версия этого гена «Kit минус». Каждый ген у мышей, у человека имеется в двух экземплярах, один от отца, другой – от матери. Мыши с генотипом «Kit минус-минус» просто погибают. Мыши с генотипом «Kit плюс-минус» имеют белые лапки и белый хвостик, а мыши «Kit плюс-плюс» имеют нормальную серую окраску. И по законам классической генетики, если мы берем мышей плюс-минус, то мы должны получить в потомстве следующее распределение: четверть мышей будут иметь генотип минус-минус и просто умрут сразу, четверть мышей будут иметь генотип плюс-плюс и, соответственно, нормальную окраску и половина, 50% будут иметь генотип плюс-минус и, соответственно, будут иметь белые лапки и хвост. Это еще в школе изучаемые закономерности Менделя.


А в итоге почему-то получили, что у 95% выживших мышат белые лапки и хвост. Как это могло произойти? Стали смотреть генотип, благо сейчас это достаточно нетрудно сделать. И оказалось, что с генотипом все в порядке, четверть мышат имеют генотип плюс-плюс и должны иметь нормальную окраску, однако они имели белые лапы и хвост. То есть получается, что у этих мышей нет гена белолапости и белохвостости, а признак есть. Откуда берется признак, если нет гена? То есть стало ясно, что в данном случае наследственная информация передается не через ДНК, потому что в ДНК записано одно, а видим мы другое. Что же тогда, если не ДНК передает этот признак? Естественно, подозрение в первую очередь пало на РНК. Выделили из мышей с генотипом плюс-минус ту РНК, которая считывается с мутантной копии гена. Эти фрагменты ввели в яйцеклетку дикой мыши, у которой никогда в роду никаких белохвостых не было. В результате получился белохвостый и белолапый мышонок. То есть, очевидно, эта РНК, которая попадает от родителей или специально вводится, эта мутантная РНК каким-то образом воздействует на нормальную РНК, которая считывается с нормального гена. Мутантная РНК делает из нормальной РНК ненормальную, и это передается по наследству.


В эксперименте с мышами было показано, что в некоторых случаях наследственная информация может передаваться через РНК. Таким образом становится ясно, что работа с информацией в живых клетках гораздо более сложно организована, чем предполагали классики генетики.

Получается, что вся эта волновая "лингвинистика" высосана из грязного пальца гражданина П.Гаряева страстно мечтающего быть знаменитым ученым любым путем.