TOPIC: Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
04 Авг 2015 14:43 #1531
Петрович, опять чушь несусветную понесли сферху
таблица кодон-амк устаканилась потому, что далеко не каждый белок (то бишь последовательность амк) полезен и содействует выживанию организма, полагаю, что большинство последовательностей амк даже сами по себе не могут протянуть; белок должен быть функциональным, а таких относительно мало. Отбор и приспособление происходят на уровне последовательностей, а не на уровне элементарных кодонов/амк; если не было бы жёстоко, фиксированного сответствия кодон-амк (как вы норовите внушить нам), то был бы хаос и никакого феномена наследственности не наблюдалось бы, живых организмов не стало бы вообще
таблица жёсткая, а вот где, когда и откуда/с_какого_места считывать последовательность кодонов (дабы применить таблицу и состряпать разные последовательности амк, сколько состряпать, где, когда?) является самым интересным и намертво запутанным ; может у спирали ДНК есть начало, ведь недаром она линейная с двумя концами (начало и конец/пиз*ецъ?) и на протяжении жызни существа считывание происходит от начала к пиз*ецу, регуляторные участки ДНК взаимодействуют с уже состряпанными белками дабы определить где, когда и сколько новых белков состряпать по указанию кодирующих/нерегуляторных участков ДНК и пр.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
04 Авг 2015 15:16 #1534
Олег wrote:
- если в смеси не было фенилаланина, а был лейцин – то он включался на половину хуже по скорости чем ФА.
И это действительно было удивительно. Омоним блин УУУ.
- если фенилаланина и лейцина было пополам – то включение лейцина было меньше процента.
Вывод – УУУ – омоним – кодирует две разные аминокислоты в определенных условиях.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
04 Авг 2015 15:54 #1535
Хайдук wrote:
таблица кодон-амк устаканилась потому, что далеко не каждый белок (то бишь последовательность амк) полезен и содействует выживанию организма, полагаю, что большинство последовательностей амк даже сами по себе не могут протянуть; белок должен быть функциональным, а таких относительно мало. Отбор и приспособление происходят на уровне последовательностей, а не на уровне элементарных кодонов/амк; если не было бы жёстоко, фиксированного сответствия кодон-амк (как вы норовите внушить нам), то был бы хаос и никакого феномена наследственности не наблюдалось бы, живых организмов не стало бы вообще
таблица жёсткая, а вот где, когда и откуда/с_какого_места считывать последовательность кодонов (дабы применить таблицу и состряпать разные последовательности амк, сколько состряпать, где, когда?) является самым интересным и намертво запутанным ; может у спирали ДНК есть начало, ведь недаром она линейна с двумя концами (начало и конец/пиз*ецъ?) и на протяжении жызни существа считывание происходит от начала к пиз*ецу, регуляторные участки ДНК взаимодействуют с уже состряпанными белками дабы определить где, когда и сколько новых белков состряпать по указанию кодирующих/нерегуляторных участков ДНК и пр.
Познакомьтесь с работой Ву-Кэбота. В анализе дал ее как пример отбора белков с участием псевдо волюнтаризма омонимов.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
04 Авг 2015 16:09 #1536
PP wrote:
Об чем и речь. И чтобы объяснить подобное явление достаточно стандартной физической химии или молекулярной биофизики. Более того, для UUU наверняка с какой то очень малой, но ненулевой скоростью, идут и другие реакции.
Геометрические факторы в кодон-антикодоновых взвимодействиях может и играет роль, но это тактические механизмы, которые в целом подчинены стратегии контекстых смыслов. Примерно как здесь: суд выносит вердикт - помиловать гр-на х. Но распоряжается перед освобождением конфисковать его личные вещи.
Warning: Spoiler![ Click to expand ][ Click to hide ]
We designed three coding sequences by using (1) a commercial vendor optimized gene algorithm, (2) codon context for the whole gene, and (3) codon context based on the secondary structure regions. Then, the codon optimized sequences were transformed and expressed in E. coli. From the resultant enzyme activities and protein yield data, codon context fitness proved to have the highest activity as compared to the wild-type control and other criteria while secondary structure-based strategy is comparable to the control.
We used a cell-free system with pure Escherichia coli components to
study initial codon selection of aminoacyl-tRNAs in ternary complex
w
Warning: Spoiler![ Click to expand ][ Click to hide ]
ith elongation factor Tu and GTP on messenger RNA-programmed
ribosomes. We took advantage of the universal rate-accuracy tradeoff for all enzymatic selections to determine how the efficiency of
initial codon readings decreased linearly toward zero as the accuracy
of discrimination against near-cognate and wobble codon readings
increased toward the maximal asymptote, the d value. We report
data on the rate-accuracy variation for 7 cognate, 7 wobble, and 56
near-cognate codon readings comprising about 15% of the genetic
code. Their d values varied about 400-fold in the 200–80,000 range
depending on type of mismatch, mismatch position in the codon, and
tRNA isoacceptor type. We identified error hot spots (d = 200) for
U:G misreading in second and U:U or G:A misreading in third codon
position by His-tRNAHis and, as also seen in vivo, Glu-tRNAGlu. We
suggest that the proofreading mechanism has evolved to attenuate
error hot spots in initial selection such as those found here
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
06 Авг 2015 07:09 #1560
///....Геном по-своему разумен.
Такое восприятие восходит к Аристотелю, к его постулату энтелехии, а далее к
Дришу. К этому повороту, а точнее, возврату на новом уровне к формуле «causa
finales», классическая генетика не готова до сих пор. Она тормозит мысль био-
логов, что контрпродуктивно. Это застой, и мы видим следствия — традицион-
ная генетика и вслед за ней медицина не могут и не смогут решить ни проблему
рака, ни проблему туберкулеза, СПИДа, продления жизни людей и т.д. Но вы-
ход есть. Это переход к принятию иных, биосемиотических, моделей генома, о
чем здесь и идет речь. Тут уже многое сделано. Биосемиотический аспект гене-
тики блестяще представлен работами Седова и Чебанова, а также несколькими
зарубежными исследователями [www.zanoza.lv/blog/gordon/430]. Они
видят в геноме не только текстовость, но и эстетические направляющие: «Во
многих участках ДНК выявлены рефрены — «темы с вариациями», ритмиче-
ские и смысловые повторы, напоминающие омонимы, поэтические рифмы и
музыкальные темы».....///
=============
Есть еще кое-какие существенные нюансы в триплетном коде относительно семейств кодонов-омонимов. Об этом позже и без назойливых и тупых чукч.
; может у спирали ДНК есть начало, ведь недаром она линейная с двумя концами (начало и конец/пиз*ецъ?) и на протяжении жызни существа считывание происходит от начала к пиз*ецу, регуляторные участки ДНК взаимодействуют с уже состряпанными белками дабы определить где, когда и сколько новых белков состряпать по указанию кодирующих/нерегуляторных участков ДНК и пр. 
Об чем и речь. И чтобы объяснить подобное явление достаточно стандартной физической химии или молекулярной биофизики. Более того, для UUU наверняка с какой то очень малой, но ненулевой скоростью, идут и другие реакции.
