Вика wrote:
Исключительно порядка для
Оригинальный текст все недоцитированной мной фразы №1501:
"Two out of three": An alternative method for codon reading
ULF LAGERKVIST
The genetic code is a universal, highly degenerate, three-letter
code in which the first two positions of the codon are read by
the anticodon strictly according to the rules of classic base
pairing.
Ну и где ваш анализ этой работы?
Тогда дам его:
Поставим такой вопрос: «воблирование» — синоним случайности, но случай-
но ли «воблирование»? Представляется, что это псевдослучайность. Обоснуем
фундаментальную важность явления «как бы» случайности 5’- нуклеотида в
антикодонах в омонимичных ситуациях при синтезе белков рибосомой. Связка
3’-5’ нуклеотидов в кодон-антикодоне в омонимичной ситуации намеренно не
является элементом гено-знаковой структуры рибосомной техники «чтения»
иРНК. Причина этого в том, что, кроме прочего, белковый код является мен-
тальной структурой, работающей с текстами иРНК, текстами не в метафори-
ческом смысле (поэтому кавычки убираем), а с реальными текстами-мыслями,
текстами-командами. Обсуждаемая «как бы» случайность необходима. Она
дает гибкость коду, позволяя биосистемам в ходе естественного отбора осу-
ществлять приспособительно-разведывательный белковый поиск, синтезиро-
вать пробные белки, подстраиваясь к переменчивым условиям внешней среды.
Вот почему эта как бы случайность необходима. Белковый код синонимично
щедр, богат, избыточен. Но одновременно он врастает через омонимию в дру-
гие — смысловые ареалы генетического кодирования на текстовом уровне
иРНК, а возможно, и пре-иРНК.
Итак, мы имеем два вектора кода белков — синонимический и омонимиче-
ский. Первый обеспечивает избыточность информации по выбору аминокис-
лот. Второй выводит из неопределенных ситуаций при их выборе, базируясь на
фундаментальном атрибуте генетической информации – её текстовости, линг-
вистичности. Если бы организмы автоматически руководствовались моделью
кода в канонических Криковских рамках и следовали бы ей без каких-либо
поправок, то жизнь на Земле была бы невозможна. Однако в этом отношении
все относительно спокойно. Синтез белка – достаточно точный процесс имен-
но потому, что он использует приемы, свойственные лингвистике и логике, т.е
осознанию. Рибосомный аппарат и геном в целом есть квази разумная система,
читающая текст иРНК потриплетно (локально, по частям) и вместе с тем как
целое: континуально, нелокально. Именно нелокальность чтения, осознавание
смысла прочтенного снимает проблему омонимии кодонов. Каким образом это
происходит?
Еще раз обратимся к полузабытой и недооцененной статье Лагерквиста, но
не для того, чтобы снова и снова критиковать триплетную модель белкового
кода. Она сыграла свою, отнюдь не слабую, роль в развитии генетики и биоло-
гии в целом. Цель в другом – понять белковый код как дуалистичную знаковую
систему, оперирующую на основе слепой физико-химии, с одной стороны и
одновременно, с использованием квази смысловых построений текстов ДНК и
РНК и квази ментальных функций генома, с другой. При этом триплетный код –
лишь одна из множества подсистем кодирования и создания динамичного об-
раза будущего организма, причем низшая подсистема. Непонимание этого тор-
мозит развитие биологической мысли, приводит к достаточно бессмысленным
и дорогим программам исследований. Лагерквист первым озвучил противоре-
чивость триплетной модели белкового кода, но не понял причины. Он пытался
вывести модель кода из логического тупика, но безрезультатно. Он ничего не
мог противопоставить очевидному и странному, что правило «два из трех» вы-
полняется для рибосомной трансляционной машины также и в условиях in vivo,
цитируем, «с частотой, которую нельзя не принять во внимание». Далее Ла-
герквист пишет: «Если это так, клетка с определенной вероятностью могла бы
читать неправильно, и это будет означать наличие угрозы неправильной транс-
ляции, если метод «два из трех» был бы использован не подходящим образом.
В любых кодоновых семействах это ведет к ошибкам в белковом синтезе». Од-
нако что есть «использование не подходящим образом» правила «два из трех»
для Лагерквиста так и осталось риторическим вопросом. Выход из очевидного
противоречия он видит в следующем: «... те места в коде (в иРНК (ПГ)), где
метод чтения «два из трех» может привести к ошибкам трансляции, заняты ис-
ключительно кодонами с низкой вероятностью встречаемости. Такая органи-
зация кода и конкуренция между тРНК с антикодонами, способными прочи-
тать все три положения (нуклеотидов) в кодонах, эффективно нейтрализуeт
метод «два из трех» от его использования с угрозой неточной трансляции».
Это просто не соответствует истинному положению вещей, поскольку 50% ко-
донов омонимичны. Половина всех кодонов не может оцениваться как редко
встречаемые. Но даже редко встречаемые омонимичные кодоны, при их непра-
вильном прочтении, дадут ошибки в синтезе белков, что неприемлемо для ор-
ганизма. Словом, видимые невооруженным глазом логические противоречия
модели попросту игнорируются. Этому также способствует то, что рибосомы
de facto практически не ошибаются с выбором аминокислот. Все это привело
к соблазну считать триплетную модель корректной. Однако зияющие дыры в
«канонической» модели кода становятся все шире и заметнее.
Чтобы выйти из омонимического тупика, необходима простая, но ключевая
идея: вновь обратиться к лингвистике и почерпнуть оттуда понятие контекста,
которое снимает эту проблему. Омоним утрачивает неоднозначность только в
контексте, т.е. роль части становится ясной, когда ее рассматривают в составе
целого. В этом смысле понятие контекста (целостного текста) иРНК — отнюдь
не метафорично. Как-то исподволь, задним числом молекулярные биологи и
генетики признают это, используя идею «второго генетического кода» [Овчин-
ников Л.П.,
bio.fizteh.ru/student/files/biology/bioarticles/f_4ai2]. Ци-
тируем Л.П.Овчинникова, одного из видных молекулярных биологов: «Ини-
циирующий кодон узнается только в определенном контексте. Если мы за-
дадим вопрос, можно ли, имея перед собой последовательность нуклеотидов
какой-либо иРНК, таблицу генетического кода и зная, что трансляция иРНК
идет в направлении от 5’- к 3’-концу, а белковая цепочка растет от N-конца
к C-концу, написать последовательность аминокислот белка, закодированного
в этой иРНК, то будем вынуждены ответить на поставленный вопрос отрица-
тельно. … Нельзя определить, с какого места иРНК мы должны начать перево-
дить последовательность нуклеотидов в последовательность аминокислот. Уже
очень давно стало ясно, что начало трансляции иРНК не совпадает с началом
самой иРНК. Свидетельством этому служат полицистронные иРНК бактерий,
в которых инициация белкового синтеза происходит на каждом цистроне, а
также присутствие в иРНК про- и эукариот 5’-концевых нетранслируемых по-
следовательностей. Вместе с тем установлено, что биосинтез белка как у про-,
так и у эукариот, всегда начинается с одной и той же аминокислоты — ме-
тионина. Можно было бы предположить, что трансляция информации, зако-
дированной в иРНК, начинается с первого от 5’-конца метионинового кодона,
которым является триплет AUG. Для многих моноцистронных эукариотических
иРНК это действительно так, хотя бывают и исключения. Однако это совсем
не так для полицистронных иРНК бактерий, где инициация часто происходит
на триплетах AUG, отстоящих очень далеко от начала иРНК. Этим триплетам
может предшествовать большое количество других AUG, на которых иници-
ации не происходит. Более того, оказалось, что первый метионин в белке в
некоторых случаях включается не на метиониновом кодоне AUG, а на кодоне
GUG, который соответствует в таблице генетического кода аминокислоте вали-
ну. Иногда инициация с метионина может происходить и на других кодонах:
AUA и AUU (кодонах изолейцина), UUG и, возможно, CUG (кодонах лейцина).
Стало очевидным, что для узнавания кодона в качестве инициирующего ва-
жен не только сам и, может быть, не столько сам кодон, но какой-то контекст,
делающий его инициирующим. У эукариот инициация происходит… чаще
всего с первого AUG, однако только в том случае, если этот AUG находится в
оптимальном контексте: за два нуклеотида до него обязательно должен на-
ходиться пурин (A или G), а непосредственно за ним должен следовать G. Если
первый AUG в эукариотической иРНК находится не в оптимальном контексте,
он пропускается и инициация начинается со следующего AUG. Для такой ини-
циации очень важно также наличие кэп-структуры на 5’-конце иРНК и, как ни
странно, поли(А) последовательности на противоположном конце молекулы.
Кэп-структура и поли(А) последовательность узнаются специфическими бел-
ками, которые также необходимы для инициации. При таком способе инициа-
ции трансляции у эукариот последовательность иРНК как бы просматривается
(сканируется) с начала иРНК (от ее кэп-структуры) для поиска кодона AUG в
оптимальном контексте. Такая инициация получила название «кэп-зависимая»
инициация по сканирующему механизму. Сравнительно недавно было показа-
но, что аминокислота селеноцистеин (очень редкая, но функционально очень
важная аминокислота) непосредственно включается в белок. Возникает зако-
номерный вопрос, как же закодирована эта аминокислота. Ведь значение всех
64 возможных кодонов уже четко определено, и все они используются в коди-
ровании двадцати стандартных аминокислот и сигналов терминации. Исследо-
вания показали, что селеноцистеин кодируется UGA (терминирующим кодоном
в таблице генетического кода), если за ним находится особая стимулирующая
последовательность. Эта последовательность может отстоять от UGA на очень
большом расстоянии — иногда она может быть на расстоянии 200 нуклеотидов
и находиться в 3’-нетранслируемой области иРНК».
Как видим из этой длинной, но чрезвычайно важной цитаты, классическая
молекулярная биология, а вслед за ней генетика, вынуждены занять идею кон-
текста у лингвистики (но только в метафорическом смысле). И второе, не ме-
нее важное, положение также вводится – это фактор дальнего влияния опре-
деленных иРНК-блоков (кэп, поли(А), стимулирующие последовательности) на
далеко удаленное в иРНК место включение рибосомой первой определенной
аминокислоты в синтезирующуюся белковую цепь. Понадобилась и дополни-
тельная идея «просмотра-сканирования» всей иРНК, т.е. контекста иРНК. Все
эти объясняющие факторы в общем виде предсказаны нами ранее. В том числе
и механизм сканирования полинуклеотидов за счет солитонных возбуждений
РНК и ДНК (Гаряев, 1997). Заметим также и другой важный момент – перекоди-
ровки кодонов в зависимости от контекстов, что также никак не укладывается
в прокрустово ложе канонической триплетной модели.
Процитируем и дальше Л.П.Овчинникова. «Некоторые иРНК содержат сиг-
налы на изменение рамки считывания. Некоторые иРНК содержат в трансли-
руемой области терминирующие кодоны, но эти кодоны успешно обходятся за
счет изменения рамки считывания перед ними или непосредственно на них.
Рамка может сдвигаться на -1, +1 и + 2. Существуют специальные сигналы в
иРНК, изменяющие рамку считывания. Так, сдвиг рамки трансляции на -1 на
РНК ретровируса происходит на специфической гептануклеотидной после-
довательности перед шпилечной структурой в иРНК. Для сдвига рамки на +1
на иРНК бактериального фактора терминацинации RF-2 важны нуклеотидная
последовательность на месте сдвига (кодон UGA), последующий кодон, а так-
же предшествующая им последовательность, комплементарная к 3’-концевой
последовательности рибосомной РНК (аналог последовательности Шайна-
Дальгарно)».
Ясно, что такие сдвиги рамок считывания иРНК чистой физико-химией не
объяснить, равно как и контекстные дальние влияния и «переосмысления» ко-
донов. Это уже иные знаковые измерения генома, переход на его логические
операции как квантового компьютера [Gariaev, Birshtein et al., 2001].
«Считывание иРНК в пределах одного цистрона не всегда является не-
прерывным. Первоначально считалось, что последовательность нуклеотидов
в иРНК всегда читается непрерывно от инициирующего до терминирующего
кодона. Однако оказалось, что при трансляции иРНК гена 60 фага Т4 после-
довательность значительной длины может пропускаться. При этом рибосома
совершает как бы прыжок по иРНК с одного глицинового кодона GGA, находя-
щегося перед терминирующим кодоном UAG, на другой глициновый кодон GGA,
который отстоит от первого на 50 нуклеотидов. Механизм этого явления пока
не очень ясен».
Вот еще один из многочисленных примеров геномной работы, не укладыва-
ющийся в каноны и догмы. Действительно, такие «как бы прыжки» рибосомы
должны быть результатом реального прочтения и понимания смысла иРНК. И
здесь уже нет места аллегории или метафоре. Все эти отклонения от канонов
триплетной модели и называют сейчас «вторым генетическим кодом». Что это
за код? Какие механизмы лежат в его основе? Надо полагать, что ключевой из
них – лингвистические потенции молекул ДНК и РНК, которые являются, по
сути, реальными ментальными конструкциями. Только в этом, не метафориче-
ском варианте, мы можем понять истинный смысл перечисленных примеров
отступления от якобы «общих» правил трансляции генетической информации
с текстов иРНК. Подведем промежуточный итог фундаментальных явлений, ко-
торые официальная наука вынуждена констатировать, причем без объяснений
(их у нее нет):
а) дистантность контекстного влияния удаленных иРНК последова-
тельностей на точное осмысление кодона, читаемого рибосомой, и на его
перекодировки,
б) нелокальное сканирование больших протяженностей иРНК,
в) смысловые сдвиги рамок считывания иРНК,
г) дальние «прыжки» рибосом по иРНК,
д) перекодировки кодонов.
Попытаемся понять, что происходит в контекстных ситуациях, включая омо-
нимические с кодирующими дублетами (правило Лагерквиста «два из трех»).
Принявши тезис о квазиразумности генома, мы обязаны трактовать генетиче-
ские омонимии точно также, как это делается в лингвистике. А именно: инфор-
мационная нагрузка омонима открывается только при прочтении и понимании
текста как целого (или достаточно большой части его), т.е. контекста, незави-
симо от того, человеческий это текст или генетический. Мы не можем понять, к
примеру, смысл омонима «лук» и омонима «коса» вне целой фразы или пред-
ложения. Аналогично рибосомная трансляционная квази разумная система
должна прочитать и понять весь текст иРНК или большую его часть, чтобы на
этом основании принять точное решение о выборе одного из двух омонимиче-
ских (одинаковых) дублетов кодонов, кодирующих разные аминокислоты и/
или стоп-сигналы. Или принять решение о «прыжке» рибосомы на определен-
ное расстояние вдоль цепи иРНК. То же относится к ситуациям перекодировок
кодонов, но здесь, вероятно, понятие контекста имеет более широкий ареал,
уходящий за рамки лингвистики. Например, в случае аминокислотного голо-
дания или при тепловом шоке. В этом случае биосистемой как «контекстные»
учитываются критические ситуации эколого-биохимического характера, тре-
бующие сиюминутных или длительно эволюционных адаптаций с последующей
закачкой новых аминокислот и синтеза новых пробных белков. Вообще, отно-
шение к синтезу белков должно существенно измениться. Этот процесс нельзя
более воспринимать как чисто физико-химические акты взаимодействий ДНК,
РНК, ферментов, белков рибосом, аминокислот и других метаболитов. Здесь
мы имеем один из бесчисленных примеров разномасштабной разумности, как
всего организма, так и тканей, клеток и генома в целом.
Исторически сложилось, что лингвистическая терминология по отноше-
нию к белковому коду используется давно и повсеместно. А именно с момен-
та, когда в начале 60-х годов прошлого века Ф.Крик и М.Ниренберг молекулу
ДНК стали называть текстом. Это было гениальное предвосхищение, но Ф.Крик
и большинство, использующих такой прием и поныне, понимают текстовость
ДНК, РНК и белков как метафору, беря взаймы у лингвистики ее ментальное
начало. Пусть «классические генетики» допустят на минуту, что эти термины по
отношению к хромосомному аппарату — не метафоры. Тогда логично принять
сильное положение, что белоксинтезирующая система и геном в целом обла-
дают малой частью сознания и мышления или их аналогом форме биокомпью-
тинга [Гаряев и др., 1997; Gariaev, Birshtein et al., 2001]. Природа объединяет
разумным началом реальные физико-химические и квантовые акты в архис-
ложной метаболической сети белкового синтеза.
Хотя идея геномного компьютинга in vivo это также всего лишь модель, но
модель, существенно более развитая по сравнению с пониманием белкового
биосинтеза как чистой физикохимии и биохимии. Геном по-своему разумен.
Такое восприятие восходит к Аристотелю, к его постулату энтелехии, а далее к
Дришу. К этому повороту, а точнее, возврату на новом уровне к формуле «causa
finales», классическая генетика не готова до сих пор. Она тормозит мысль био-
логов, что контрпродуктивно. Это застой, и мы видим следствия — традицион-
ная генетика и вслед за ней медицина не могут и не смогут решить ни проблему
рака, ни проблему туберкулеза, СПИДа, продления жизни людей и т.д. Но вы-
ход есть. Это переход к принятию иных, биосемиотических, моделей генома, о
чем здесь и идет речь. Тут уже многое сделано. Биосемиотический аспект гене-
тики блестяще представлен работами Седова и Чебанова, а также несколькими
зарубежными исследователями [
www.zanoza.lv/blog/gordon/430]. Они
видят в геноме не только текстовость, но и эстетические направляющие: «Во
многих участках ДНК выявлены рефрены — «темы с вариациями», ритмиче-
ские и смысловые повторы, напоминающие омонимы, поэтические рифмы и
музыкальные темы».
Отдельно о ДНК-белковых музыкальных темах. На Западе производство
и торговля ДНК- и белковой «музыкой» поставлено на поток. Нуклеотиды и
аминокислоты в ДНК и белковых последовательностях по определенным алго-
ритмам переобозначаются нотами. Получаются отнюдь не хаотические звуки,
но фактически музыка. Ее даже пытаются использовать как лечебный фактор.
Любая поисковая система в Интернете выдаст массу ссылок на словосочетание
«DNA music» или «Protein music». Иными словами, игнорируя генетический
официоз, дельцы безоглядно и безответственно эксплуатируют зачаточное по-
нимание волновых, в том числе музыкальных, знаковых функций генетических
структур. Думается, что это достаточно опасно, поскольку прослушивание та-
кой музыки неконтролируемо и без знания последствий вводит в наш мета-
болический «ДНК-белковый котел» волновые информационные вектора мало
изученного действия.
Приведем еще один пример, демонстрирующий определенную разумность
генома, причем в области, которая считается полигоном чистой случайности —
в естественном мутационном процессе, где, как полагают, царит хаос, стохасти-
ка. Хотя, надо подчеркнуть, что понятие хаоса, как абсолютной неупорядочен-
ности, ушло в прошлое. Прежде, до открытия ДНК, этот хаотический мутаци-
онный процесс, как будто бы лежащий в основе эволюции, назывался неопре-
деленной изменчивостью признаков у организмов и составлял, по Дарвину,
«сырой материал» для эволюции. Нелишне напомнить, что сам Дарвин к концу
жизни понял, что только случайная изменчивость, как основа эволюции, —
фикция. Если в белковом коде присутствуют и используются сугубо менталь-
ные конструкции такие, как «текст, чтение, узнавание, решение» и т.д., то это
основание для принятия мировоззренческого положения: геном и белковый
код создан мыслью, а сам геном разумен. Стохастические процессы в работе
хромосомной ДНК сведены к оптимуму. Думается, что имеет место компромисс
между стохастикой и детерминизмом. Стохастика мутаций в геноме давно из-
вестна и хорошо изучена. Случайные мутации ДНК преимущественно вредны
и они в какой-то мере исправляются соответствующими ферментами. Но вот
удивление: мутации, если клетка их контролирует в смысловом аспекте, обо-
рачиваются пользой и вносят вклад в разумную, не дарвиновскую, эволюцию.
Такие, специально отбираемые и используемые самой биосистемой, мутации
трудно назвать случайными. Эти мутации – не результат естественного отбора в
ходе длительной эволюции, они используются быстро, в пределах одного жиз-
ненного цикла. Комбинаторика их специально задается организмом. Это видно
по результатам иммуногенетических исследований, видно на разумно и пре-
вентивно отбираемых В-лимфоцитами аминокислотных последовательностях
антител, которые называются последовательностями или графиками Ву-Кэбота
[Стил и др., 2002]. Эта комбинаторика последовательностей аминокислот —
результат гипервариабельности V-D-J генов антигенсвязывающих областей
антител иммуноглобулинов. Эта гипервариабельность мутаций специально
(разумно) предварительно задается геномом для «распознавания» антигенов
на клеточном уровне. Клетка и ее геном сначала каким-то неизвестным пока
способом4 сканирует антиген, потом принимает «решение» о наборе мутаций
V-D-J генов для направленного отбора кодируемых аминокислот, составляю-
щих последовательности Ву-Кэбота [Kabat et al., 1977]. Поведение V-D-J генов
противоречит неодарвинистской догме о том, что вся изменчивость генов за-
родышевой линии предсуществует до того, как начинает действовать отбор. Но
учтем – в работе V-D-J генов нет точного и мгновенного «решения» о выборе
аминокислот (нет полного детерминизма), но и нет абсолютной стохастики, по-
скольку мутации контролируются (задаются) самим организмом. Иными сло-
вами, существует прямая и обратная связь между пробными наборами мутаций
и структурой антигенсвязывающих областей антител иммуноглобулинов. Слу-
чайность и закономерность здесь в равновесии.
Белковый код создан Разумом. Будем вслед за Спинозой и Налимовым счи-
тать Вселенную и причиной самой себя (causa sui), и лингвистической, т.е.
разумной [Спиноза, 1677; Налимов, 1989]. Тогда иммунокомпетентные клетки,
вкупе с их геномом, целенаправленно, разумно использует случайность, соз-
давая необходимые для них генетические тексты с определенной семантикой.
Естественно, что эта геномная разумность действует в рамках определенных и
узких задач иммунного ответа и масштабы ее не сопоставимы с разумностью
головного мозга. Здесь проявляется общий принцип фрактальности биосистем,
включая геномно-клеточно-тканевые и органные уровни разумности. Иными
словами, мы видим нелинейное повторение одного и того же феномена, функ-
ции, структуры в разных масштабных размерностях.
Возникает простая и правильная мысль в духе пантеизма, что генетический
аппарат, как и все организмы, — результат творения Создателя (Природы). А
посему все в организмах разумно. На этом можно было бы успокоиться. Но это
крайность – получен общий ответ на Всё и одновременно не получено Ничего
конкретного. Это вселенский черный ящик. На входе его – любые вопросы,
на выходе – только один этот общий ответ. Нас это не устраивает. Поэтому
не устанем путешествовать внутри этого ящика, пытаясь получить конкретные
доказательства разумности генетического белок-синтезирующего аппара-
та. В этом смысле интересны фундаментальные и многолетние исследования
В.И.Щербака. Вероятно, это процесс волнового автосканирования внутриклеточных метаболитов и антигенов в рамках понятий Волновой генетики (Гаряев, 1994; а также см. ниже).В одной из своих работ, анализируя количественные соотношения ну-
клонного состава ядер атомов кодируемых аминокислот и кодонов триплет-
ного генетического кода, он предполагает наличие системы арифметических
операций в процессе биосинтеза белков, что также является проявлением
некоторых сторон квази мышления генома [Shcherbak, 2003]. В.И.Щербак
обнаружил в белковом коде систему генетического исчисления и использо-
вание ею функций ноля. Это чрезвычайно важное обстоятельство, поскольку
ноль — сугубо мыслительное, запредельно абстрактное порождение, дающее
начало координатному сознанию с его количественными мерами оценки внеш-
него мира. Эти оценки интерпретируются внутренним организменным генети-
ческим сознанием-исчислением. Таким образом, цифры (наряду с буквами)
становятся неотъемлемой частью генетического (белкового) кода. Поэтому
арифметическое управление в лингвистической и/или текстовой генетике,
полагает — В.И.Щербак, — реальность. Одним из подтверждений этого, по
его мысли, является экспериментальное исследование Эйдельмана, использо-
вавшего быстро реассоциирующие по «липким» концам фрагменты ДНК как
основной фактор технологии искусственного «ДНК-компьютинга» in vitro при
решении т.н. задачи коммивояжера [Adleman, 1994]. Однако это не лучший
пример. Фактический Эйдлемановский ДНК-компьютинг осуществляют люди,
делая итоговый выбор из миллиардов вариантов «решений», предъявляемых
реассоциирующими фрагментами ДНК [Гаряев и др., 1997; Gariaev, Birshtein
et al, 2001]. Развивая свои идеи, В.И.Щербак пишет: «Некоторые клеточные
органеллы должны работать как биокомпьютеры, …и мы должны обнаружить
системы чисел, с которыми они работают». И далее: «Кажется, что генетиче-
ский код связан более близко с абстрактными понятиями арифметики, чем с
понятиями физики или химии».
Думается, что эти два положения Щербака не совсем точны. Хромосомный
континуум сам по себе уже биокомпьютер [Гаряев и др., 1997; Gariaev, Birshtein
et al, 2001]. Наверное, он не самодостаточен и включен как часть в клеточный и
тканевый компьютинг с использованием дополнительных клеточных органелл.
В.И.Щербак считает бинарную логику цифрового компьютинга генома опреде-
ляющим фактором его работы. И лишь как вторичный, подчиненный путь, по-
нимается им перевод цифрового ДНК-РНК-ового «осмысления» в аналоговую
форму. Если это верно, то лишь отчасти. Стратегическая линия функций гено-
ма – оперирование голографическими и текстовыми образами. Хромосомному
континууму как биокомпьютеру нет строгой необходимости пользоваться толь-
ко эквивалентами богатств (цифрами), он работает непосредственно с богат-
ствами (образами), когда надо строить целостный организм, а не только син-
тезировать белки. Но бинарная цифровая логика не упраздняется целиком.
Она необходима, например, в моменты включения и выключения белковых и
РНК-овых генов, что также немаловажно, особенно для построения белковых
фраз, текстов.
Вместе с тем исследования В.И.Щербака фундаментальны, они имеют миро-
воззренческое значение, впервые давая жесткое однозначное математическое
доказательство того, что белковый код — квазиразумная система и одновре-
менно результат семантичности Вселенной. Понять происхождение белкового
кода можно только как сознательный акт, но не следствие слепой дарвинов-
ской эволюции. Вот что пишет об этом В.И.Щербак, разъясняя свою позицию
по статье [Shcherbak V.I., 2003], а также в6: «В этой статье сконцентрированы
данные, а не гипотезы, данные, которые ставят принципиальный (подчерки-
ваю это слово) запрет умозрительным моделям физико-химической эволюции
генетического кода, а, следовательно, и жизни. Этот запрет ставит абстракт-
ная символика арифметики, ядра математики, обнаруженная в коде. Беда всех
предшествующих попыток объявить модели физико-химической эволюции не-
состоятельными заключена в том, что эти попытки сводятся к манипулирова-
нию ничтожностью вероятности случайного появления информационной си-
стемы клетки. Обрати внимание на парадокс: эти попытки оставляют лазейку
для физико-химической эволюции, честно признавая, что ничтожная вероят-
ность все же существует! По мнению многих людей этого достаточно, чтобы
миллиарды лет как-нибудь управились с реализацией этой вероятности. Это
значит, что поражение физико-химической идее можно нанести, если иско-
мый запрет будет иметь принципиальный характер. Запрет именно такого рода
устанавливает абстрактная символика арифметики внутри генетического кода.
Проще говоря, никакое взаимодействие молекул в ходе физико-химической
эволюции – сколь бы долгой она ни была! – не способно породить ни при ка-
ких натуральных условиях абстрактные понятия числа и его знаковую запись
в позиционной системе счисления, использующей еще более запредельное по
своей абстрактности понятие нуля. Игра теперь должна продолжиться по дру-
гим правилам. Новое устройство кода переводит поиск его происхождения в
область, которая доступна, как нам кажется, только разуму. … Это новейшее
даже не «термоядерное», а оружие «аннигиляции». В статье изложены факты,
а не умозрительные модели…».
Говорят вроде Петрович недавно в солидном журнале обубликовался. Журнал этот говорят даже в PubMed индексируется. Не каждый (далеко не каждый) доктор наук на постсоветском пространстве в таких журналах публикации имеет 
или боитесь, что не последуем за ними? 
