Хайдук wrote: nonlocality wrote: да как же думаете таблицу ген. кода состряпали? ясно, что на базе подавляющей статистики соответствий кодон-амк у самых разных жывотных и растений, исключений меньше, чем число пальцеф на одной руке

Хайдук wrote: nonlocality wrote: ну так укажите на конкретные, якобы приспособительные соответствия кодон-амк, которых НЕТ в стандартной таблице

я так понимаю, что "стрессовые ситуации" могут приводить к случайным и невоспроизводимым збоям нарушающим таблицу или вообще к перепрыгиванию некоторых кодонов, когда соответствующая им амк попросту НЕ производится; ясно, что шанс у таких нарушений оказаться "приспособительными" очень невелик, скажем так

Вика wrote: Я ее подробно проанализировал, даже в статью ввел, как пример возможного применения масс спектрометрии для изучения деталей омонимии кода.

И сразу же приступили к массовому лечению страждущих излечиться от не излечимых недугов, мотивируя их тем, что мол есть статья в крупном научном журнале, и этого вполне достаточно для сбора пожертвований

Хайдук wrote: Любая перекодировка должна нести положительную, приспособительную функцию. И такая перекодировка, естественно, бросает вызов канону однозначности кодирования аминокислот. И подтверждает мои идеи относительно синонимо-омонимической вырожденности кода. Такие перекодировки , полагаю, не могут быть случайными. А если случайны, то это материал для естественного отбора, как это происходит при наработке пробных иммунных белков по ВУ-Кэботу, когда случайность мутаций в итоге приводит к закономерности выбора нужного иммуноглобулина.

Хайдук wrote: Таких статистик не видел. Дайте ссылку. Другое дело, что экспериментально и давно показано, что есть синонимическая вырожденность кода, когда каждой четверке семейств TC AC CC GC CG GG CT GT соответствует только одна аминокислота из восьми разных. Тут все понятно. А вот для других восьми семейств TG AG TT AT TA AA CA GA всё по другому. Каждое из них кодирует по две разных аминокислоты или аминокислоту и стоп. И все это КАК БЫ ОДНОВРЕМЕННО! Но одновременность мнимая, поскольку тРНК могут переносить только по одной и разной аминокислоте. То есть идет ВЫБОР. А он определяется КОНТЕКСТОМ мРНК.
Поэтому я уже много лет ставлю вопрос перед оппонентами - КАК происходит выбор аминокислот и стопов в НЕ СИНОНИМИЧЕСКИХ КОДОНАХ, по каким таким правилам? На это никто и ничего до сих пор не ответил. Олег, правда, что-то пискнул насчет термодинамики, она-де определяет выбор. Тогда объясни как это происходит. Такового не последовало, ссылки тоже не было. Так дискуссии не ведутся.

И поэтому сразу де приступили к "лекарству" и "целительству" от всех болезней, кои есть в справочниках.

nonlocality wrote:
Петровичу.
С Олегом пыталась о коллинеарностях. Сказал, что это о прошлом (см.закрома)
Возвращаю этот же вопрос вам.
Основной аргумент оппонирующей стороны: секвенирование подтверждает соответствие АМК-нукл.посл.. Петрович на это говорит:дайте ссылку на статью. Я несколько в недоумении: собсно эта методика для этого и предназначена.Есть возражения?
С другой стороны, Петрович говорит о коллинеарностях, которые и подтвердят или не подтвердят соотв. АМК-посл.нукл. Вопрос уместный: чем не устраивает секвенирование?
Так ведутся дискуссии?

Счас и получите стандартный ответ от мЭтра, не когда тут с Вами лясы точить, толпы излеченных хотят деньги уже платить, надо собирать этот урожай ...

Вика wrote: nonlocality wrote: Я может как то не на том языке написала.Вика wrote: Не нашла статью у себя,жаль.

Вика wrote: Секвенирование устраиввет. Не устраивает отсутствие данных (искал - не нашел), чтобы сиквенсы мРНК и Белков сопоставили на предмет проверки "всегдашнести" коллинеарностей. Дайте ссылки.

Вика wrote: Ссылка на нее в моей последней статье. Можно в гугле найти. У меня тоже где-то, поищу. А мой детальный анализ есть в дискуссиях, здесь.

nonlocality wrote: Я имею ввиду НЕ!!!! НЕ статью РР с мутацией.
Олег ее кидал. НЕ РР.

nonlocality wrote:
Не сочтите за какой-то подвох, но я действительно недопонимаю.
Для чего проводят сиквенс?
И пож-та, давайте в режиме диалога поговорим, а не с интервалом в 2-3 часа. С Олегом, Чукчей у вас всегда такой режим общения прекрасно получался.

Уважаемые, я действительно чего-то не пойму. Любая словесная перепалка удается Петровичу с блеском, только сообщения успевай читать, а инкву-стирать. Чего от меня отмахиваетесь, Петрович?

Вика wrote: Стареет

Vladimirovich wrote:
Не педагог наш Петрович, просто не педагог.

Ну что Вы все к " лекарю" всех наук и физических тоже пристали , не когда ему. Он должен успеть денежные плоды оставшиеся собрать.

gentis.ru/info/mtdna-tutorial/mtdna-faq/3 ну а это сноска для пытливой Вике.

Вика wrote: Так надо точно говорить и дать ссылку.

Вика wrote: Чтобы получить последовательности нуклеотидов в ДНК или РНК. И послед-ти ам-кт в белках. Для чего - другой вопрос.

Вика wrote: С чего вы взяли? Я не махист.

nonlocality wrote: Это не столь принципиально. В работе рассм. нукл.посл. такая-то От такого-то кодона и До такого-то кодона, это на память. В принципе, это может быть контекстом и лингвистич., как вы говорите. Олег лингвистику не приемлет.Кротко как-то так.

nonlocality wrote: маЗАхист

Вика wrote: nonlocality wrote: Что служит основанием утверждать (бытует, знаете ли мнение), что секвенированием определяется именно соответствие АМК-нукл.

Вика wrote: Не так. Допустим, есть независимые сиквенсы мРНК и большого белка, синтезированного на большой (большой контекст) его мРНК. Надо их сопоставить на предмет соблюдения или не соблюдения коллинеарности для кодонов омонимов. Для синонимов все давно решено и доказано, что там все по модели. Но в случае омонимов - полная тьма. Можно предсазать, что даже для одного белка, достаточно большого, один и тот же омоним будет читаться на разных участках мРНК по разному. Не говоря уже о разных белках. Например, кодон GAT будет читаться (узнаваться) соответствующими тРНК то как ASP, то как GLU. Или, то как SER, то как ARG. Но анализ сиквенсов будет сложныым: надо точно знать, с какого кодона начинается включение аминокислот в растущий пептид. Надо знать о возможных прыжках рибосомы по мРНК, и соответственно, о новом начале (продолжении) синтеза белка. Это тонкая работа и можно ошибиться. Это отпугивает, тем более на кону "слава" обрушителя модели Ниренберга-Крика со всеми вытекающими орг. мерами.

Вика, можно обратиться к моей утопленной теме здесь molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=56...4&st=0&#entry1568084 и здесь же продолжить дискуссию, ссылаясь на наш форум. Но скорее всего, это не поддержат.

nonlocality wrote:
Вы знаете, мне кажется что кроме меня, вас скоро вообще никто понимать не сможет.
ВЫ ответили про коллинеарность. Спасибо.
Однако, можно пояснить для чего нужна покодонная разбивка РНК матриц?
Почему по последовательностям аминокислот при секвенировании ее установить трудно. Что же представляет из себя посл.АМК при сикв., если только проверка коллинеарности обеспечит достоверность?
Много вопросов? Ну изините. А как вы хотели: все бегом коллинеарность проверять, обрушим славу модели Н-К. Атнють.

nonlocality wrote:
Молбиол и так наш форум читает. Указанная тема закрыта, я ...хм..."по-своему читаю ее".
Могу пригласить через тему, что Игорь создал.
Поддержат предложение о дискуссии -врядли, думаю. Вы им "заманух" понакидали с ударами на опережение, а они не привычные к этому. Выдумаете мне с вами легко разговаривать? Второй день мусолим: чем сиквенс, по вашему мнению, не информативен и почему. Не для чего и как коллиерность проверять, а чем сиквенирования не достаточно, по вашему мнению.
Молбиоловцы уже бы давно сказали куда вам идти, бо сиквнес есть передовая и достоверная и т.д. и т.п.

Вика wrote: Зря соскочили с делового тона на эмоции. Объясняю тем, кто в танках. Из сиквенса аминокислот автоматически не вывести триплеты, как вы надеетесь. По тем же причинам, которые и вы не до конца поняли, а сейчас гневаться изволили. НО вы ближе к пониманию, чем остальные. Аминокислота в сиквенсе может являться результатом выбора из триплета(дублета, помним правило "два из трех") - омонима. То есть мы получаем обратную задачку, но решать ее нам, а не рибосоме. Но трудности здесь относятся только к случаям перекрытий синонимов и омонимов, когда они кодируют одинаковые аминокислоты. Перечислю. Это 1. синонимическое семейство TC, кодирующее Ser. Но Ser кодируют также омонимы AGT и AGC. Это 2. синонимическое семейство CG, кодирующее ARG. Но ARG кодируют также кодоны омонимы - AGA и AGG. Это 3. синонимическое семейство CT, кодирующее LEU/ Но LEU кодируют также кодоны омонимы - TTA и TTG. Видите, какая прелесть! Так что в сиквенсе аминокислот легко потеряться, пытаясь из него вытащить точные триплеты. Но даже если вы попали на аминокислоту, результата кодирования остальных семейств омонимов, то задачка также сложна. Каждое из этих оставшихся семейств кодируют по две разных аминокислоты или аминокислоту и стоп-позицию. Так что, увидев HIS, вы не можете сказать результат-ли он трактовки рибосомой совместно с тРНК CAC, CAT или CAA, CAG как HIS. Такие вот пироги не аппетитные, если выводить последовательность нуклеотидов мРНК из последовательности аминокислот.