То, что ППГ путает понятия и обобщает их не вдаваясь в физику самого явления просто раздражает, вот пример его "трансформации" словосочетания (торсионный) и ссылки на Г.Шипова, а вот как этот же термин понимают профессионалы ...
...в первых механических моделях состояние каждого основания описывали через торсионную степень свободы. Необходимо заметить, что в отношении ДНК слово «торсионный» обычно применяется как характеристика напряжений сахарофосфатного остова, связанных с изменением длины витков дуплекса. Поэтому, во избежание путаницы, мы также будем применять этот термин к степеням свободы, связанным со суперспирализацией...
стр.20,21
Однако мЭтр стал применять это словосочетание уже по другому, так сказать в мировом масштабе по Бому ...
ps Когда в следующий раз окажусь в лифте с несколькими незнакомыми людьми, повернусь и скажу: "Вам наверное интересно, зачем я вас тут собрал...".
Мы уже даже не спрашиваем почему в теме не относящейся к электромагнитным полям и взаимодействиями с молекулами опять пищат про таблицы кодонов? На Молбил.ру уже показали статью о кодоне UUU? Даже практически расписали многомерную матрицу взаимодействия и выбора.
Однако кандидат от науки ботаник ППГ упрямо сует свои "таблицы" на прочь забывая, что ВСЕ нужно доказывать.
Мы уже даже не спрашиваем почему в теме не относящейся к электромагнитным полям и взаимодействиями с молекулами опять пищат про таблицы кодонов? На Молбил.ру уже показали статью о кодоне UUU? Даже практически расписали многомерную матрицу взаимодействия и выбора.
Однако кандидат от науки ботаник ППГ упрямо сует свои "таблицы" на прочь забывая, что ВСЕ нужно доказывать.
Кандидат в ботаники пользователь ППГ просто переводит разговор от записи кодонов на ДНК на запись информации на РНК абсолютна не понимая, что принцип выборки такой же как на приведенном кодоне UUU в виде матрицы (U+,U-,U)+ или (U-,U+,U-) и что работает та же био-арифметика как и в пп.7877
Кандидат в ботаники пользователь ППГ просто переводит разговор от записи кодонов на ДНК на запись информации на РНК абсолютна не понимая, что принцип выборки такой же как на приведенном кодоне UUU в виде матрицы (U+,U-,U)+ или (U-,U+,U-) и что работает та же био-арифметика как и в пп.7877
Мы уже даже не спрашиваем почему в теме не относящейся к электромагнитным полям и взаимодействиями с молекулами опять пищат про таблицы кодонов? На Молбил.ру уже показали статью о кодоне UUU? Даже практически расписали многомерную матрицу взаимодействия и выбора.
Однако кандидат от науки ботаник ППГ упрямо сует свои "таблицы" на прочь забывая, что ВСЕ нужно доказывать.
КАК, ну вы ниКАК не поймете, или дурКАК. Я уже дал анализ этой статьи в молбиоле. Почитайте, но вам бесполезно. Тупы, как пробка.
Анализатору (хотя можно и спутать с ассенизатором) пользователю ППГ.. Ваш "анализ" на эту статью в этом журнале НИКТО пока и не видел. Так, что когда напечатают тогда и будете тут "сморкаться" от счастья.
Кандидат в ботаники пользователь ППГ просто переводит разговор от записи кодонов на ДНК на запись информации на РНК абсолютна не понимая, что принцип выборки такой же как на приведенном кодоне UUU в виде матрицы (U+,U-,U)+ или (U-,U+,U-) и что работает та же био-арифметика как и в пп.7877
Вот тут-то мадам чайнице и надо доказывать и отвечать (этого она не сделала) на мои вопросы, если вбросила глупость в Беседу. Главные вопросы ей таковы (вам не задаю, тупы ):
1. Где, когда и кем показано (ссылка?), что такие "матрицы" (U+,U-,U)+ или (U-,U+,U-) могут участвовать в шифровании кодонов при биосинтезе белков?
2. Если участвуют, каков механизм шифрования аминокислот и стоп-позиций
3. Учитывает-ли мадам, что кодон UUU (и еще один) - исключения, в смысле трехкратного повторения одного и того же нуклеотида. Если учитывает, то как?
4. Учитывает-ли мадам, что 3-й нуклеотид во всех 64 кодонах может быть заменен любым из 4-х возможных, и реально кодируют только дублеты кодонов, т.е. 1-й и 2-й нуклеотиды, т.е. 3'-5' кодон-антикодоновая пара НЕ УЧАСТВУЕТ в кодировании аминокислот и стоп-позиций?
Анализатору (хотя можно и спутать с ассенизатором) пользователю ППГ.. Ваш "анализ" на эту статью в этом журнале НИКТО пока и не видел. Так, что когда напечатают тогда и будете тут "сморкаться" от счастья.
Вам очень удобно прикидываться дурачком, будучи им. Анализ в Беседе. в моей теме, которую стерли. Но времени было достаточно, чтобы ознакомиться.
Вот один из постов моего анализа:
Novel base-pairing interactions at the tRNA wobble position crucial for accurate reading of the genetic code.
Cуть статьи в том, что авторы предложили «модифицированную гипотезу воблирования». Их данные показывают, что структура кодон-антикодоновой пары, которая «воблирует», совместно определяется средой рибосом и модификациями tРНК. В переводе на понятный язык, авторы считают два ключевых фактора определяющими в выборе аминокислот - среда рибосом и модификации tРНК. Среда рибосом – это мРНК, т.е. её контекст. Под эту «ментальную» (смысловую) среду подстраивается структура tРНК, когда рибосома встречает многократно вырожденные кодоны, вырожденные не по вектору синонимии (тут нет проблем в силу работы изоакцепотрых tРНК) , а именно вырожденные по вектору омонимии, когда надо выбирать точную семантику омонимов и, соответственно, аминокислоту или стоп позицию. Вот тут-то и работает «среда рибосом» (контекст мРНК). Замечу, что авторы избегают употреблять термин «омонимия», но это не влияет на основные идеи, когда дело касается многократно вырожденных кодонов, точнее, неоднозначности кодонового дублета ( 1-го и 2-го нуклеотидов в кодонах), тогда как 3-й нуклеотид воблирует, т.е. может быть любым. Это как раз то, о чем я пишу в статьях относительно двукратной синонимо-омонимической вырожденности кода.
Замечу также, что в обсуждаемой статье, которую вы и не нюхали, нет ни малейшего намека на "матричный анализ" бреда чайницы типа (U+,U-,U)+ или (U-,U+,U-)
Замечу также, что в обсуждаемой статье, которую вы и не нюхали, обсуждается Интратекстуальный Кодоновый Континуум. Это развитие идеи, что мышление-сознание, суть внутренняя речь, актуализирующая себя через эффект нелинейного усиления взаимодействия и она имеет корни в геноме и, в слабой степени, в других клетках. Учитываем, что мышление-сознание фрактально. Это некое поле, обладающее способностью улавливать излучение и удерживать его внутри ДНК, причём поле это образовано самим текстом, - другими словами, оно находится внутри текста, обладающего психоделическими свойствами. Самый интенсивный синтез белков и потребление кислорода обнаружен в головном мозге человека. Естественный вопрос, на который пока нет ответа - зачем это мозгу? Напрашивается ответ - чтобы соображать. А как это происходит? О природе этого поля говорить сложно, если не начинать заниматься откровенными спекуляциями, которые невозможно доказать даже косвенными методами, поэтому мы просто примем как аксиому, что некое поле неизвестной (возможно, непознаваемой) природы существует, и оно проявляет себя посредством возникающего при взаимодействии с ДНК пси-эффекта. Мышление-сознание реализуется вначале невербально, потом как бы материализуется в речь. Внутреннюю. Неважно на каком языке. Предполагаю, что эквивалентом мыслей выступают быстро синтезирующиеся и исчезающие белки=тексты. А это уже взгляд на ДНК, РНК и, понятно, на кодоны. Глядя на тот же феномен с другой стороны, можно сказать, что активное взаимодействие текста ДНК с клеткой характеризуется прежде всего восприятием, которое является функцией во времени и пространстве. Представляя себе это восприятие в виде некой скалярной величины и не пытаясь рассуждать - в каких единицах его можно было бы измерить (идея сама по себе абсурдная), на умозрительном уровне можно принять, что восприятие текста ДНК - это такая характеристика организма, которая может изменять своё условное численное значение (каким бы оно ни было) под действием текста. Эксперименты ввода человеческую речь через электронный девайс - генератор Ферми-Паста-Улама (Импульсный Блок Питания). Явление возврата Ферми-Паста-Улама и Забуски-Крускал, описываемых уравнением Кортевега де Фриза (КДФ) – это память нелинейных систем на начальных модах возбуждения. ДНК - один из примеров нелинейных систем. В ДНК наблюдаются возвраты ФПУ, как особый вид памяти, лежащий в основе регенерации в биосистемах. Вспомним гипотезу (теорию) градиентов морфогенов Вольперта и энтелехий Аристотеля-Дриша составляющих последовательности Ву-Кэбота. Она хорошо объясняет «синдром Крейцфельда-Якоба», «синдром Гертсмана-Штраусслера-Шейнкера» и «синдром Альперса», а также спектр резонансов Ферми-Паста-Улама, промодулированных предельным случаем омонимии, известным в лингвистике и теории информации (теорема Шеннона). Речевой алгоритм использовали один и тот же. На Русском, Английском и Немецком языках. Более того, нет запрета на понимание “текстов” жидкокристаллических хромосомных ДНК, как читаемых в трех- или n-мерном пространстве, когда “буквы слов” выстраиваются не только в одну линию и в одном измерении, но “читаются” вдоль и поперек, вверх и вниз и так далее. В таком процессе поочередно создается и уничтожается бесконечный континуум анизотропных “нитей текстов”, идущих во всех направлениях динамичного интерфазного хромосомного континуума всего пространства биосистемы. Статистика огромная. Суггестивные тексты способны усиливать силу восприятия их ДНК; психоделические тексты не просто усиливают её, но делают это экспоненциально; другими словами, при чтении психоделических текстов функция восприятия растёт очень быстро, и именно это приводит к появлению пси-эффекта в форме мШЭИ Импульсного Блока Питания фантомов ДНК ("генов мышления"). Понятно, ничего не утверждаю. Просто язык на отвязи.
На пп.7988 - бросьте Вы этот “хамский” тон в разговоре, никто Вас тут по этому настоящему “ученым” и не считает, “примазавшимся” к науке, это, да, более вернее. На Молбил.ру Вам напомнили, что есть “кольца” в молекуле.
1.Если они (кольца) присутствуют, то естественно правомочно вводить дополнительное информационное наполнение, и на этом этапе дискуссии учитывая Ваши скромные знания в физике, и ввели эти обозначения, или +, или - , чтобы Вам и показать возможную КОНСТРУКЦИЮ для подобного расширения.
2.В приведенной статье, авторы показали именно этот путь выборки, через совпадение условий наличия дополнительных ЭМ-полей на самих молекулах, назвав их матрицами условий. Так, что нет НИКАКОГО механизма “шифрования” - если внешние ЭМ-поля пусть даже в простецкой дополнительной записи +-+ от одной молекулы дополняются -+- от рибосомы то и ПРОИСХОДИТ начальный этап реакции. Напомним начитанному физику П.Гаряеву, что положительные заряды с отрицательными сближаются, а одинаковые заряды отталкиваются. Вот этот принцип и РАБОТАЕТ.
3.Это зависит от самой цепочки и условий совпадения на рибосоме
4.По всей видимости 3-и нуклеотид существует для поддержания условий существования солитона, т.е. цепочки ..+-+-+-+.. или -+-+-+-
ps - Бабушка, а кто такие "люди с гуманитарным складом ума"?
- Даже и не знаю, как тебе объяснить, внучек. Раньше их дураками называли.
На пп.7988 - бросьте Вы этот “хамский” тон в разговоре, никто Вас тут по этому настоящему “ученым” и не считает, “примазавшимся” к науке, это, да, более вернее. На Молбил.ру Вам напомнили, что есть “кольца” в молекуле.
1.Если они (кольца) присутствуют, то естественно правомочно вводить дополнительное информационное наполнение, и на этом этапе дискуссии учитывая Ваши скромные знания в физике, и ввели эти обозначения, или +, или - , чтобы Вам и показать возможную КОНСТРУКЦИЮ для подобного расширения.
2.В приведенной статье, авторы показали именно этот путь выборки, через совпадение условий наличия дополнительных ЭМ-полей на самих молекулах, назвав их матрицами условий. Так, что нет НИКАКОГО механизма “шифрования” - если внешние ЭМ-поля пусть даже в простецкой дополнительной записи +-+ от одной молекулы дополняются -+- от рибосомы то и ПРОИСХОДИТ начальный этап реакции. Напомним начитанному физику П.Гаряеву, что положительные заряды с отрицательными сближаются, а одинаковые заряды отталкиваются. Вот этот принцип и РАБОТАЕТ.
3.Это зависит от самой цепочки и условий совпадения на рибосоме
4.По всей видимости 3-и нуклеотид существует для поддержания условий существования солитона, т.е. цепочки ..+-+-+-+.. или -+-+-+-
ps
Такой тон - реакция на хамство со стороны оппонентов. Никогда первым не начинаю и многократно призывал вести себя прилично, что и к вам относится. Обсуждаемую статью вы тоже не читали, поэтому пишете нечто, никак не соответствующее проблемам генетического кодирования в аспекте, предлагаемым мной.
Допустим, я не прав и у вас все логично. Тогда не составит труда ответить на 4 вопроса, которые поставил. В противном разговор теряет смысл.
Если пользователи "Чукчи ..." правы, то вмешательства с помощью Лазаря или Био-Стеллератора дает лишь эффект переноса энергии, и группировки (как вариант сортировки) молекул в пространстве.
дайте пример, Петрович, конкретный пример такого одного кодона-синонима и тех нескольких изоакцепторных тРНК, что ему соответствуют
nonlocality wrote:
в молбиоле скачайте мою табл. ген. кода.
таблицу вашу эту, Петрович, вы довольно искусственно и натянуто (нарочитым и волюнтаристским, подувшим в поруса подбором порядка обозначений рядов и колонок под 1-ый и 2-ой нуклеотиды ) ухитрились представить как ебущихся Инь с Яном ; я ожидал, конечно, что никаких конкретных примеров не сможете привезти и отделаетесь одной (подкрученной выгодным, как вам кажется, ебущимся образом) таблицей, которую все знают, но которую вы не можете интерпретировать. Таблица эта воочию, графически противоречит вашему бреду, что "воблирование" третьего нуклеотида якобы не оказывает влияние на кодирование, поскольку у 32 красных кодонов влияние вполне оказывает, притом кодирование определяется только и исключительно (парой исключений на фоне океана живого пренебрегаем) воблирующей 3-ей буквой, а не вашим мифическим "РНК-контекстом", который видимо НЕ нужен таблице, поскольку она полнА и здравствует воочию БЕЗ какого-либо (потому липового и лживого) контекста поблизости
видимо, кодоны ДНК и антикодоны (наукообразно щеголяющей ) изоакцепторной тРНК пребывают в строгом 1-ин к 1-ому соответствии и потому безразлично на кодоновую или антикодоновую таблицо пялимся, случайность числа (записывай и зазубривай, Петрович! ) выпавших на отдельную аминокислоту кодонов/антикодонов/изоакцепторных_тРНК может ущучить только такую/вашу бошку, безнадёжно заточенную на сферхъестественную мифологию ... ебущихся Инь с Яном
изоакцепторные тРНК отсутствуют у метионина и триптофана, а наибольшее их число (по 6) распознают кодоны аргинина, лейцина и серина; изоакцепторные тРНК могут иметь одинаковые антикодоны, но различную первичную структуру.
первое видно по таблице Гаряева, а вот подчёркнутое неясно ; Гаряеву не отвечать, так как неграмотей и запутает дальше
дайте пример, Петрович, конкретный пример такого одного кодона-синонима и тех нескольких изоакцепторных тРНК, что ему соответствуют
ПГ: в молбиоле скачайте мою табл. ген. кода
Хайдук wrote:
таблицу вашу эту, Петрович, вы довольно искусственно и натянуто (нарочитым и волюнтаристским, подувшим в поруса подбором порядка обозначений рядов и колонок под 1-ый и 2-ой нуклеотиды) ухитрились представить как ебущихся Инь с Яном
ПГ: Опустились до откровенного мата. Это лишний раз свидетельствует о вашей интеллектуальной слабости. Колонки расположил в точном соответствии спаривания нуклеотидов при кодон-антикодоновом взаимодействии (U-A), (C-G)
Хайдук wrote:
я ожидал, конечно, что никаких конкретных примеров не сможете привезти и отделаетесь одной (подкрученной выгодным, как вам кажется, ебущимся образом) таблицей, которую все знают, но которую вы не можете интерпретировать.
ПГ: ??
Хайдук wrote:
Таблица эта воочию, графически противоречит вашему бреду, что "воблирование" третьего нуклеотида якобы не оказывает влияние на кодирование, поскольку у 32 красных кодонов влияние вполне оказывает, притом кодирование определяется только и исключительно (парой исключений на фоне океана живого пренебрегаем) воблирующей 3-ей буквой, а не вашим мифическим "РНК-контекстом", который видимо НЕ нужен таблице, поскольку она полнА и здравствует воочию БЕЗ какого-либо (потому липового и лживого) контекста поблизости
ПГ: Каноническая Таблица в силу статичности её не может отобразить динамический факт вобулирования 3-го нуклеотида в кодонах (он может быть любым из A,U,G,C. Но это именно экспериментальный факт, Ниренбергом и соавт. зафиксированный, но не объясненный, а именно то, что UUU одновременно (!) кодирует ФенилАланин Лейцин, чего быть не должно и не может. В добавок, кроме UUU есть еще 31 кодон-омоним с теми же потенциальными возможностями кодирования двух разных аминокислот или аминокислоты и стоп-позиции. Снять эту опасную двойственность может только контекст мРНК, как мы выбираем ту или иную КОСУ, исходя из контекста предложения. Поняли, наконец после 10 лет долбежа?
Хайдук wrote:
видимо, кодоны ДНК и антикодоны (наукообразно щеголяющей) изоакцепторной тРНК пребывают в строгом 1-ин к 1-ому соответствии и потому безразлично на кодоновую или антикодоновую таблицо пялимся, случайность числа (записывай и зазубривай, Петрович! ) выпавших на отдельную аминокислоту кодонов/антикодонов/изоакцепторных_тРНК может ущучить только такую/вашу бошку, безнадёжно заточенную на сферхъестественную мифологию ... ебущихся Инь с Яном
ПГ: Инь-Ян тут лишь оттеняют функциональность омонимии кодонов, точнее дублетов кодонов. Если поменяете столбцы в таблице, то симметрия, как главный фактор, будет все равно проявляться. Попробуйте с раскрашенными столбцами. Так что продолжайте учить мат. часть. Станете чуть умнее.
изоакцепторные тРНК отсутствуют у метионина и триптофана, а наибольшее их число (по 6) распознают кодоны аргинина, лейцина и серина; изоакцепторные тРНК могут иметь одинаковые антикодоны, но различную первичную структуру.
первое видно по таблице Гаряева, а вот подчёркнутое неясно ; Гаряеву не отвечать, так как неграмотей и запутает дальше
ПГ: Азбука мол. биологии: первичная структура ДНК, РНК и Белков - это последовательности нуклеотидов и аминокислот в ДНК, РНК и БелкАх.
видимо, без киллера тут не разобраться, поскольку у Петровича удивительное невнимание и неумение обращаться с точными деталями или ... сознательное нежелание с целью запудривания москов с увиливанием от дела?
nonlocality wrote:
Колонки расположил в точном соответствии спаривания нуклеотидов при кодон-антикодоновом взаимодействии (U-A), (C-G)
кто кодоны, а кто антикодоны, Петрович?
U-A это кодон-антикодон, то бишь U кодон, а А антикодон или как?
C-G это кодон-антикодон, то бишь С кодон, а G антикодон или как?
nonlocality wrote:
Каноническая Таблица в силу статичности её не может отобразить динамический факт вобулирования 3-го нуклеотида в кодонах (он может быть любым из A,U,G,C. Но это именно экспериментальный факт, Ниренбергом и соавт. зафиксированный, но не объясненный, а именно то, что UUU одновременно (!) кодирует ФенилАланин Лейцин, чего быть не должно и не может.
ну сколько можно цепляться за эту единственную (!) в природе омонимию, Петрович: в нашей таблице ТТТ(UUU) кодирует ФенилАланин (Рhe), но у некоторого простейшего жывотного (и только у него!) кодирует Лейцин (Leu), с какого перепугу из этого единственного исключения (!) делаете следующий далеко идущий и совершенно НЕ поддержанный зашкаливающей практикой вывод:
кроме UUU есть еще 31 кодон-омоним с теми же потенциальными возможностями кодирования двух разных аминокислот или аминокислоты и стоп-позиции. Снять эту опасную двойственность может только контекст мРНК
следуя вашей "логике", что может помешать остальным 32-ум синим якобы синонимам кодонам прокодировать что им "потенциально" приспичит у некоторого жывотного?
nonlocality wrote:
Если поменяете столбцы в таблице, то симметрия, как главный фактор, будет все равно проявляться. Попробуйте с раскрашенными столбцами.
раскрашивайте сколько хотите, сами руками вводите "симметрию", которой нафига нет: только у 5-ти кислот по 4 ваших "хороших синонима" (5х4=20); у 3-ёх кислот по 6 кодонов (!), 4 "хороших" и 2 "омонима" (3х6=18); у одной кислоты 3 кодона; у 9-ти кислот по 2 кодона (9х2=18); наконец у 2-ух кислот по 1-му кодону; в общем насчитали 20+18+3+18+2=61 кодон и остальные 3 стоповые, какая нахрен симметрия вам мерещится?
):
) ухитрились представить как 
; я ожидал, конечно, что никаких конкретных примеров не сможете привезти и отделаетесь одной (подкрученной выгодным, как вам кажется, 
) изоакцепторной тРНК пребывают в строгом 1-ин к 1-ому соответствии и потому безразлично на кодоновую или антикодоновую таблицо пялимся, случайность числа (записывай и зазубривай, Петрович! 
??
следуя вашей "логике", что может помешать остальным 32-ум 