Сегодня ученые представили, по их словам, самую масштабную модель искусственного интеллекта (ИИ) для биологии.

Модель, обученная на 128 000 геномов, охватывающих древо жизни, от людей до одноклеточных бактерий и архей, может писать целые хромосомы и небольшие геномы с нуля. Она также может понимать существующую ДНК, включая трудно интерпретируемые «некодирующие» варианты генов, которые связаны с болезнями.

Evo-2, совместно разработанный исследователями из Института Arc в Пало-Альто, Калифорния, и производителем микросхем NVIDIA, доступен ученым через веб-интерфейсы или они могут загрузить его свободно распространяемый программный код, данные и другие параметры, необходимые для воспроизведения модели.

...ученые расчитали, что вероятность встретить пару «Г − Ц» в таутомерном состоянии при температуре 300 кельвин составляет примерно 0,17 процентов, что на четыре порядка больше классического значения. Другими словами, перенос протонов вполне может играть гораздо более важную роль в мутации ДНК, чем предполагалось до сих пор. Такая колоссальная разница заставит биологов по новому взглянуть на роль механизма мутаций, предложенного Уотсоном и Криком.
Физики проверили устойчивость эффекта к различным модификациям условий. Так, оказалось, что туннельная поправка остается существенной, даже если высота реакционного барьера вырастет в полтора раза. Кроме того, температурная зависимость туннельного эффекта оказалась чувствительной к изотопным изменениям, а именно к замене водорода на дейтерий.

Знаковая структура жидкокристаллических топологий хромосомного континуума как система преобразования эндогенных полей организма, а также внешних по отношению к нему излучений должна быть шире и составлять некий языковый плюрализм, своего рода многомерное семантическое пространство, свойственное каждому генотипу

Чернобыльский биолог, который больше пятнадцати лет живёт среди заброшенных деревень, заросших лесом и тишиной, как-то сказал на конференции в Праге фразу, после которой зал замер в тишине на несколько минут:
«Радиация оказалась добрее человека...»
Тишина была глубока, как Чернобыльский лес ночью. Потому что все знали: он не преувеличивает.
Тридцать девять лет прошло со дня катастрофы. И территория, которую мир считал обречённой на тысячелетие, превратилась в один из самых чистых и диких заповедников Европы. Там, где когда-то стояли бетонные блоки, сейчас прорастает жизнь — упрямая, мудрая и почти первозданная.
Популяция больших зверей увеличилась в семь раз.
Волки поселились в старых школах, уютно зажили под партами, где когда-то сидели дети.
Медведи вернулись сюда впервые за сто лет.
Рысь ходит по крышам домов, покрытых мхом.
Олени, лось, дикие кони Пржевальского бродят по улицам, которые до сих пор помнят человеческие голоса.
То, что мы называли мёртвой зоной, стало местом триумфа жизни.
Статистика, сухая и безэмоциональная, говорит простую вещь: отсутствие человека — лучшее условие для восстановления природы.
Но самое интересное — не только возврат. Это эволюция прямо на наших глазах.
Животные мутируют... не во вред, а во благо выживания.
Чернобыльские волки в шесть раз устойчивее к инфекциям. Их клетки способны самостоятельно восстанавливать ДНК после облучения.
Лягушки почернели — их кожа богата меланином, который впитывает излучение, как броня.
Собаки, живущие рядом с реактором, имеют более 200 уникальных генетических вариаций, не встречающихся нигде на планете. Некоторые учёные полагают, что эти мутации могут стать ключом к развитию противораковых и радиационных средств.
Даже птицы другие.
Их кровь содержит в десять раз больше антиоксидантов, чем обычная кровь. Они прочнее, размножаются быстрее и ещё громче поют. Орнитолог, изучивший этих птиц, сказал фразу, ставшую символом нового Чернобыля:
«Это не чудо — это биология, которая научилась не бояться».
И растения... Они просто нарушили правила.
Берёзы растут сквозь бетон, сосны пробиваются сквозь асфальт, а виноград сплетает старые антенны, превращая металл в живую рамку.
Возле реактора учёные нашли грибы, которые питаются радиацией. Они поглощают ионизирующее излучение и превращают её в энергию для роста. Это явление назвали радиотрофией — впервые в истории зафиксировано, как живое тело буквально «ест» радиацию.
А некоторые деревья в зоне растут в три раза быстрее, чем за её пределами.
Почвы содержат уникальные микроорганизмы, способные разлагать изотопы цезия и стронция. Природа, похоже, начала очищаться — без помощи, без технологии, без человека.
Чернобыль больше не является символом разрушения.
Он стал лабораторией будущего. Место, где биология пишет новый сценарий, — сценарий, где жизнь побеждает даже там, где мы думали, что всё умерло.
Там, среди руин, природа тихо говорит нам правду, которую мы не хотели слышать:
Ты не центр мира.
Ты всего лишь гость.
И, пожалуй, самое страшное открытие Чернобыля — не в радиации,
а в том, что мир прекрасно живёт без нас.

Доктор Сватковский

В Японии найден новый гигантский вирус, чье поведение внутри клетки напоминает работу клеточного ядра. Это открытие поддерживает идею о том, что вирусы могли сыграть роль в появлении сложных клеток и многоклеточной жизни. Результаты исследования опубликованы в Journal of Virology (JVI).
Ушикувирус нашли в пресноводном пруду недалеко от Токио. Он заражает амеб и относится к гигантским вирусам — редкой группе, представители которой по размеру и сложности сопоставимы с бактериями. Такие вирусы обладают крупным геномом и способны формировать внутри клетки-хозяина собственные структуры для размножения.
Во время заражения ушикувирус разрушает оболочку ядра клетки-хозяина и создает так называемую вирусную фабрику — замкнутое пространство, где копируется вирусная ДНК и собираются новые частицы. По форме и функциям эта фабрика во многом напоминает клеточное ядро.
Клеточное ядро — это «командный центр» эукариотических клеток (к ним относятся растения, животные и человек), где хранится ДНК. У более простых организмов, таких как бактерии, ядерного аппарата нет. Появление ядра считается одним из ключевых шагов в эволюции сложной жизни, но до сих пор неясно, как именно оно возникло.
Существует гипотеза вирусного происхождения эукариогенеза, согласно которой ядро могло произойти от древнего ДНК-вируса. Предполагается, что такой вирус однажды проник в клетку-предка, не уничтожил ее, а со временем стал постоянной структурой, взяв на себя хранение и защиту генетического материала. Со временем эта структура могла превратиться в полноценное клеточное ядро.
Особенности ушикувируса — сочетание черт разных гигантских вирусов и способ взаимодействия с ядром клетки — дают новые подсказки в пользу этой идеи. По словам авторов, такие находки помогают реконструировать ранние этапы эволюции сложных клеток и лучше понять роль вирусов в истории жизни на Земле.

Геном ушикувируса насчитывает не менее 666 тысяч пар оснований и содержит 784 предполагаемых гена. Более половины из них не имеют известных аналогов, что указывает на большое число пока нераспознанных функций.