Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 18:16 #573
Что бы было более понятнее что хочется увидеть, то например в идеале модель с рисунка пп. 572 ... должна быть погружена в воду ... а это ...
кластеры воды...
Вот они то и образуют шубу или матрешки как составные части qps.ru/KriBs зеленых волчков окружающую эти биомолекулы ... и вот эти кластеры образованные молекулами воды и есть прообразы зеленых волчков на которых qps.ru/dJAPS оказывает ЭМ воздействие и сама биомолекула и может быть оказано и внешнее воздействие ... и вот на них то и проецируются голограммы ЭМ сигналов организующие как движение молекул в клетке так и передачу информационных (в смысле управляющих воздействий.... повороты и углы между атомами и молекулами) воздействий ...
Вот почему qps.ru/BaEH9 пользователь Поршень ....qps.ru/4jcot и другие ... и предлагает Вам смоделировать такой процесс с использованием молекулы глюкозы в водном растворе ... что бы проверить возможности Вашей программы для работы с такой динамикой, так и гипотезы связанные с взаимодействием в молекулах ... именно это направление для Вас будет наиболее востребованным если конечно получится на более простых примерах ..
ps
Интуиция - это когда ничего опасного ещё не наблюдается, а очко уже играет.
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 18:25 #574
Тунеядец куев на помойке попытался оправдать свое тунеядство и писал(а):
Мне в своё время ( лет 7 назад) Сергей Медведев объяснил, что отсутствие зарплаты означает, что я ежегодно как бы вкладываю в своё дело ~100 килобаксов без учёта индексирования. С учётом индексирования с 1988-го года (за 20 лет работы на дому) мною вложено в виде интелликтуальной собственности около 20 мегабаксов.
А теперь приходит какой-нибудь спонсор и говорит: Давай я тебе буду платить 10 000 баксов в месяц, а всё, что ты сделаешь, будет нашей общей собственностью. Смешно, правда? Конечно я отказываю, хоть я и моя семья живёт в проголодь. Чувство собственного достоинства превыше.
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 18:47 #575
но картинка с мальчиком сделана профессионально.
голубые глаза и розовые губы
и синие с красным шарикоподшипники.
хорошее сочетание цветов.
вам бы веб дизайном заняться.
всех польза людям будет
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 19:41 #576
Цитата: Глюкоза является альдегидоспиртом, так как атомы углерода связаны между … В растворе ациклическая (альдегидная) форма глюкозы находится в равновесии с циклической (полуацетальной) формой.
Конец цитаты.
Кушелев: Вы сравниваете пикотехнологическую модель ациклической глюкозы с моделью шар-труба циклической формы глюкозы. Это разные молекулы. Не знали?
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 20:00 #578
Чукча не из Сибири.. написал(а):
может ли Ваша программа случайным образом разместить в обьеме кластеры воды(их около 6 вариантов) , что бы попытаться смоделировать окружение той же молекулы глюкозы вокруг нее учитывая возможные связи с ней ...
Программа Пикотех предназначена для определения формы белковых молекул по кодирующей нуклеотидной последовательности.
Первая коммерческая версия базируется на геометрическом алгоритме, т.е. строит только третичную структуру с использованием только геометрического алгоритма.
То, что Вы хотите, можно смоделировать в современном браузере белковых структур. Для этого нужно открыть файл с координатами атомов в стандарте PDB, который делает программа Пикотех, после чего задать условия моделирования, которые Вам нужны.
Если Вас интересуют не белки, а именно глюкоза, то я могу по Вашему заказу создать файл с координатами атомов глюкозы в стандарте PDB. Но в отличие от файла со структурой белка, который генерится программой Пикотех автоматически, файл со структурой глюкозы мне придётся делать практически вручную, а ручная работа значительно дороже...
Если Вы готовы оплачивать работу по созданию файла в стандарте PDB для глюкозы, то сделаем.
3D модель инсулина сгенерирована автоматически (и файл с координатами атомов тоже).
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 20:08 #581
Третичная структура тРНК и её кинематика
С помощью РСА не удаётся сделать выбор между этими двумя формами, т.к. РСА в данном случае имеет точность хуже, чем размер тРНК...
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 20:15 #582
Другое дело - крупные белки или даже комплексы, т.е. четвертичные структуры.
Я уже показывал гистоны, шапероны, коллаген, тубулин. Можете предложить другой известный крупный белок с характерной формой, которую видно в микроскоп. Если этот белок не меняет форму в растворе, а остаётся той же формы, какой его построила рибосома, то мы имеем шанс увидеть, как образуется эта форма в автоматическом режиме. Программа Пикотех работает сама, т.е. без коррекции человека.
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 20:26 #584
mishabara написал(а):
Что бы было более понятнее что хочется увидеть, то например в идеале модель с рисунка пп. 572 ... должна быть погружена в воду ... а это ...
кластеры воды...
Вот они то и образуют шубу или матрешки как составные части зеленых волчков окружающую эти биомолекулы ... и вот эти кластеры образованные молекулами воды и есть прообразы зеленых волчков на которых оказывает ЭМ воздействие и сама биомолекула и может быть оказано и внешнее воздействие ... и вот на них то и проецируются голограммы ЭМ сигналов организующие как движение молекул в клетке так и передачу информационных (в смысле управляющих воздействий.... повороты и углы между атомами и молекулами) воздействий ...
Вот почему пользователь Поршень ....и другие ... и предлагает Вам смоделировать такой процесс с использованием молекулы глюкозы в водном растворе ... что бы проверить возможности Вашей программы для работы с такой динамикой, так и гипотезы связанные с взаимодействием в молекулах ... именно это направление для Вас будет наиболее востребованным если конечно получится на более простых примерах
Кушелев: Программа Пикотехнология белков не рассчитана на моделирование других молекул. Только белков, которые строятся рибосомами эукариот.
Поэтому то, что предлагаете Вы, является для меня ручной работой.
За одну структуру белка в среднем платят 10 000 евро лабораториям РСА. Заказчики белковых структур - мои клиенты
Другие молекулы я тоже могу моделировать, но для меня это - ручной труд, поэтому я делаю только то, что мне интересно.
В следующем сообщении я покажу Вам форму одного из кластеров воды...
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 20:34 #586
mittelspiel написал(а):
но картинка с мальчиком сделана профессионально.
голубые глаза и розовые губы
и синие с красным шарикоподшипники.
хорошее сочетание цветов.
вам бы веб дизайном заняться.
всех польза людям будет
Если Вы про этот фотомонтаж (вмонтирована увеличенная копия модели), то на фотке девочка
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 21:05 #590
кстати по поводу фотомонтажа.
такие фотографии, профессиональные студийные,
денег стоят. одна такая фотография девочки
стоит около 100 баксов в случае неэксклюзивной
лицензии (эксклюзивная намного дороже). Это
куда больше чем потенциальная стоимость всяких конструкторов.
вот ехидно было бы полюбопытствовать, покупал ли
господин Кушелев лицензию для использования этого фото в рекламе?
Пикотехнология изображения белков
15 Янв 2012 21:15 #591
Вот зачем вы сейчас про эти деньги за фотографии рассказали?
Тунеядец куев теперь всю ночь будет ворочаться и подсчитывать упущенную прибыль он ранее опубликованных фотографий дочери, бегающей по дому без трусов...
Ты эта... слыш куев... ты не разевай хлебало на новые, неизвестные тебе до сих пор доходы - эту стезю благополучно осваивает твой братец, не будешь же ты у него хлеб отбирать?
Пикотехнология изображения белков
16 Янв 2012 07:06 #592
mittelspiel написал(а):
кстати по поводу фотомонтажа.
такие фотографии, профессиональные студийные,
денег стоят. одна такая фотография девочки
стоит около 100 баксов в случае неэксклюзивной
лицензии (эксклюзивная намного дороже). Это
куда больше чем потенциальная стоимость всяких конструкторов.
вот ехидно было бы полюбопытствовать, покупал ли
господин Кушелев лицензию для использования этого фото в рекламе?
Пикотехнология изображения белков
16 Янв 2012 12:59 #597
kushelev написал(а):
По Вашему заказу я вручную могу сделать аналогичную пикотехнологическую модель и файл для глюкозы или любой другой молекулы.
Прежде, чем заказывать, нужно посмотреть на то, что Вы уже сделали.
Мы посмотрели, на то, что вы сделали.
Вот что сказал эксперт.
Victoria написал(а):
Александр Юрьевич, Вы мне рекомендуете программу, в которой белки собираются не из нативных L, а из неприродных D-аминокислот. А потом я в воображаемом зеркале должна всё отражать. Это же бред. Неужели Вы не понимаете, что с зеркалом можно поиграться для одного аминокислотного остатка, но структура всего белка из сотни аминокислот будет совершенно разной (и совсем не зеркальной) из L- и D-кирпичиков аминокислот. Поэтому те модели лизоцима, гемоглобина или коллагена, которые Вы рисуете в своей программе НИЧЕГО общего с реальностью не имеют. До интерпретации вариантов 1, 2, 3 и 4, нужно сначала заложить в программу модели L-аминокислот. Вот с этого и начните, а потом можно отлаживать что угодно.
После такого отзыва специалиста заказывать у вас ваши кривые модели смысла нет.
Пикотехнология изображения белков
16 Янв 2012 14:49 #600
PauLita написал(а):
Мы то знали, а вы?
Кушелев: В фильмах про лабораторию Наномир можно увидеть динамические пикотехнологические модели глюкозы, витамина B12, тРНК и других органических молекул, которые преобразуют хаотическое движение молекул воды в собственное вращательное и далее в поступательное движение.
В рассылке можно ознакомиться с моделью механизма преобразования хаотического движения мелких молекул в направленное движение макромолекул. По аналогии с демоном Максвелла модель названа демоном Кушелева: