Ключевое слово
31 | 07 | 2026
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Пикотехнология изображения белков

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 17:43 #571

  • Nasretdin
  • Nasretdin's Avatar
  • OFFLINE
  • Десятник
  • Posts: 15
  • Karma: 0
kushelev написал(а):
Кушелев: Ну соберите из этого конструктора модель транспортной РНК. Слабо?
Какие проблемы-то? Заказывайте. Сделаем.
Моя квалификация - 1000 долларов в полчаса.
Конструкторы за ваш счёт.

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 17:51 #572

  • PauLita
  • PauLita's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Рыцарь Желтого Ведерка
  • Posts: 7557
  • Thank you received: 44
  • Karma: 5

Слава Україні!!! Героям Слава!!!

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 18:16 #573

  • mishabara
  • mishabara's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 1191
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
Что бы было более понятнее что хочется увидеть, то например в идеале модель с рисунка пп. 572 ... должна быть погружена в воду ... а это ...
кластеры воды...
Вот они то и образуют шубу или матрешки как составные части qps.ru/KriBs зеленых волчков окружающую эти биомолекулы ... и вот эти кластеры образованные молекулами воды и есть прообразы зеленых волчков на которых qps.ru/dJAPS оказывает ЭМ воздействие и сама биомолекула и может быть оказано и внешнее воздействие ... и вот на них то и проецируются голограммы ЭМ сигналов организующие как движение молекул в клетке так и передачу информационных (в смысле управляющих воздействий.... повороты и углы между атомами и молекулами) воздействий ...
Вот почему qps.ru/BaEH9 пользователь Поршень ....qps.ru/4jcot и другие ... и предлагает Вам смоделировать такой процесс с использованием молекулы глюкозы в водном растворе ... что бы проверить возможности Вашей программы для работы с такой динамикой, так и гипотезы связанные с взаимодействием в молекулах ... именно это направление для Вас будет наиболее востребованным если конечно получится на более простых примерах ..
ps
Интуиция - это когда ничего опасного ещё не наблюдается, а очко уже играет.

Отредактировано mishabara (2012-01-15 22:20:06)
Last Edit: 04 Апр 2015 14:44 by Vladimirovich.

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 18:25 #574

  • Автор: Купуте
  • Автор: Купуте's Avatar
Тунеядец куев на помойке попытался оправдать свое тунеядство и писал(а):
Мне в своё время ( лет 7 назад) Сергей Медведев объяснил, что отсутствие зарплаты означает, что я ежегодно как бы вкладываю в своё дело ~100 килобаксов без учёта индексирования. С учётом индексирования с 1988-го года (за 20 лет работы на дому) мною вложено в виде интелликтуальной собственности около 20 мегабаксов.
А теперь приходит какой-нибудь спонсор и говорит: Давай я тебе буду платить 10 000 баксов в месяц, а всё, что ты сделаешь, будет нашей общей собственностью. Смешно, правда? Конечно я отказываю, хоть я и моя семья живёт в проголодь. Чувство собственного достоинства превыше.

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 18:47 #575

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
но картинка с мальчиком сделана профессионально.
голубые глаза и розовые губы
и синие с красным шарикоподшипники.
хорошее сочетание цветов.
вам бы веб дизайном заняться.
всех польза людям будет

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 19:41 #576

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0

Цитата: Глюкоза является альдегидоспиртом, так как атомы углерода связаны между … В растворе ациклическая (альдегидная) форма глюкозы находится в равновесии с циклической (полуацетальной) формой.
Конец цитаты.

Кушелев: Вы сравниваете пикотехнологическую модель ациклической глюкозы с моделью шар-труба циклической формы глюкозы. Это разные молекулы. Не знали?


Отредактировано kushelev (2012-01-15 23:45:20)
Last Edit: 04 Апр 2015 14:47 by Vladimirovich.

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 19:47 #577

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
Чукча не из Сибири.. написал(а):
хочется знать, а сколько он реально заплатил
Он сказал, что у него в данный момент нет возможности заплатить за модель, поэтому я сделал модель бесплатно.

Всё, что мне интересно, я делаю бесплатно (Александр Кушелев)

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:00 #578

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
Чукча не из Сибири.. написал(а):
может ли Ваша программа случайным образом разместить в обьеме кластеры воды(их около 6 вариантов) , что бы попытаться смоделировать окружение той же молекулы глюкозы вокруг нее учитывая возможные связи с ней ...
Программа Пикотех предназначена для определения формы белковых молекул по кодирующей нуклеотидной последовательности.
Первая коммерческая версия базируется на геометрическом алгоритме, т.е. строит только третичную структуру с использованием только геометрического алгоритма.

То, что Вы хотите, можно смоделировать в современном браузере белковых структур. Для этого нужно открыть файл с координатами атомов в стандарте PDB, который делает программа Пикотех, после чего задать условия моделирования, которые Вам нужны.

Если Вас интересуют не белки, а именно глюкоза, то я могу по Вашему заказу создать файл с координатами атомов глюкозы в стандарте PDB. Но в отличие от файла со структурой белка, который генерится программой Пикотех автоматически, файл со структурой глюкозы мне придётся делать практически вручную, а ручная работа значительно дороже...

Если Вы готовы оплачивать работу по созданию файла в стандарте PDB для глюкозы, то сделаем.


3D модель инсулина сгенерирована автоматически (и файл с координатами атомов тоже).

Подробнее: subscribe.ru/archive/science.news.nanowo...201201/13192033.html

По Вашему заказу я вручную могу сделать аналогичную пикотехнологическую модель и файл для глюкозы или любой другой молекулы.
Last Edit: 04 Апр 2015 14:48 by Vladimirovich.

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:07 #579

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 17331
  • Thank you received: 84
  • Karma: 0
И долго этот калейдоскоп будет продолжаться позвольте полюбопытствовать ?

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:08 #580

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
у молекулы воды размеры уже не «пико».
про белки и говорить нечего, хотя бы с воды
начать тестировать вашу гипотезу, господин Кушелев.
Программу Пикотех как раз лучше тестировать на самых крупных молекулах с хорошо изученной структурой. Ведь точность РСА местами хуже 50 нанометров...

Вот, конкретный пример:


Форма тРНК гипотетическая. Ни в один микроскоп не видно контуров тРНК. Пикотехнология даёт другую форму:

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:08 #581

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0

Третичная структура тРНК и её кинематика
С помощью РСА не удаётся сделать выбор между этими двумя формами, т.к. РСА в данном случае имеет точность хуже, чем размер тРНК...

Отредактировано kushelev (2012-01-16 00:11:22)

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:15 #582

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
Другое дело - крупные белки или даже комплексы, т.е. четвертичные структуры.

Я уже показывал гистоны, шапероны, коллаген, тубулин. Можете предложить другой известный крупный белок с характерной формой, которую видно в микроскоп. Если этот белок не меняет форму в растворе, а остаётся той же формы, какой его построила рибосома, то мы имеем шанс увидеть, как образуется эта форма в автоматическом режиме. Программа Пикотех работает сама, т.е. без коррекции человека.

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:19 #583

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
Nasretdin написал(а):
Заказывайте. Сделаем
Прежде, чем заказывать, нужно посмотреть на то, что Вы уже сделали.

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:26 #584

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
mishabara написал(а):
Что бы было более понятнее что хочется увидеть, то например в идеале модель с рисунка пп. 572 ... должна быть погружена в воду ... а это ...


кластеры воды...

Вот они то и образуют шубу или матрешки как составные части зеленых волчков окружающую эти биомолекулы ... и вот эти кластеры образованные молекулами воды и есть прообразы зеленых волчков на которых оказывает ЭМ воздействие и сама биомолекула и может быть оказано и внешнее воздействие ... и вот на них то и проецируются голограммы ЭМ сигналов организующие как движение молекул в клетке так и передачу информационных (в смысле управляющих воздействий.... повороты и углы между атомами и молекулами) воздействий ...
Вот почему пользователь Поршень ....и другие ... и предлагает Вам смоделировать такой процесс с использованием молекулы глюкозы в водном растворе ... что бы проверить возможности Вашей программы для работы с такой динамикой, так и гипотезы связанные с взаимодействием в молекулах ... именно это направление для Вас будет наиболее востребованным если конечно получится на более простых примерах
Кушелев: Программа Пикотехнология белков не рассчитана на моделирование других молекул. Только белков, которые строятся рибосомами эукариот.

Поэтому то, что предлагаете Вы, является для меня ручной работой.

За одну структуру белка в среднем платят 10 000 евро лабораториям РСА. Заказчики белковых структур - мои клиенты


Другие молекулы я тоже могу моделировать, но для меня это - ручной труд, поэтому я делаю только то, что мне интересно.

В следующем сообщении я покажу Вам форму одного из кластеров воды...

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:30 #585

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0

Это - клатрат ксенона. В том же духе можно построить модели всех кластеров, которые Вы показали.

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:34 #586

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
но картинка с мальчиком сделана профессионально.
голубые глаза и розовые губы
и синие с красным шарикоподшипники.
хорошее сочетание цветов.
вам бы веб дизайном заняться.
всех польза людям будет

Если Вы про этот фотомонтаж (вмонтирована увеличенная копия модели), то на фотке девочка

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:36 #587

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
limarodessa написал(а):
И долго этот калейдоскоп будет продолжаться позвольте полюбопытствовать ?
Научная работа имеет только начало

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:46 #588

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
мальчик, девочка,
какая в .... разница

если невозможно отличить мальчика от девочки на фото,
то уж различить границы молекул с точностью 10^-12m
точно невозможно

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 20:49 #589

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 17331
  • Thank you received: 84
  • Karma: 0
kushelev написал(а):
Научная работа имеет только начало
сказали налогоплательщики глядя на БАК

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 21:05 #590

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
кстати по поводу фотомонтажа.
такие фотографии, профессиональные студийные,
денег стоят. одна такая фотография девочки
стоит около 100 баксов в случае неэксклюзивной
лицензии (эксклюзивная намного дороже). Это
куда больше чем потенциальная стоимость всяких конструкторов.
вот ехидно было бы полюбопытствовать, покупал ли
господин Кушелев лицензию для использования этого фото в рекламе?

Пикотехнология изображения белков 15 Янв 2012 21:15 #591

  • Автор: SI
  • Автор: SI's Avatar
Вот зачем вы сейчас про эти деньги за фотографии рассказали?
Тунеядец куев теперь всю ночь будет ворочаться и подсчитывать упущенную прибыль он ранее опубликованных фотографий дочери, бегающей по дому без трусов...

Ты эта... слыш куев... ты не разевай хлебало на новые, неизвестные тебе до сих пор доходы - эту стезю благополучно осваивает твой братец, не будешь же ты у него хлеб отбирать?

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 07:06 #592

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
кстати по поводу фотомонтажа.
такие фотографии, профессиональные студийные,
денег стоят. одна такая фотография девочки
стоит около 100 баксов в случае неэксклюзивной
лицензии (эксклюзивная намного дороже). Это
куда больше чем потенциальная стоимость всяких конструкторов.
вот ехидно было бы полюбопытствовать, покупал ли
господин Кушелев лицензию для использования этого фото в рекламе?
Это - моя фотка

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 07:43 #593

  • PauLita
  • PauLita's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Рыцарь Желтого Ведерка
  • Posts: 7557
  • Thank you received: 44
  • Karma: 5
kushelev написал(а):
Это - моя фотка

Слава Україні!!! Героям Слава!!!

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 09:28 #594

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 17331
  • Thank you received: 84
  • Karma: 0
PauLita написал(а):
kushelev написал(а):

Это - моя фотка
А можно вопрос ? - Кто это в белом халате на крайней левой фотографии ? И что этот человек там делает ?

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 10:00 #595

  • PauLita
  • PauLita's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Рыцарь Желтого Ведерка
  • Posts: 7557
  • Thank you received: 44
  • Karma: 5
limarodessa написал(а):
А можно вопрос ? - Кто это в белом халате на крайней левой фотографии ? И что этот человек там делает ?
Справа - лауреат премии куева звезда (средняя фотография) 3-ей степени, слева - польский актор Ежи Штур...


Слава Україні!!! Героям Слава!!!

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 10:23 #596

  • PauLita
  • PauLita's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Рыцарь Желтого Ведерка
  • Posts: 7557
  • Thank you received: 44
  • Karma: 5
kushelev написал(а):
Не знали?
Мы то знали, а вы?

Фемтотехнологии: Куевы пикотехнологии:


Слава Україні!!! Героям Слава!!!

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 12:59 #597

  • Nasretdin
  • Nasretdin's Avatar
  • OFFLINE
  • Десятник
  • Posts: 15
  • Karma: 0
kushelev написал(а):
По Вашему заказу я вручную могу сделать аналогичную пикотехнологическую модель и файл для глюкозы или любой другой молекулы.
Прежде, чем заказывать, нужно посмотреть на то, что Вы уже сделали.
Мы посмотрели, на то, что вы сделали.
Вот что сказал эксперт.

Victoria написал(а):
Александр Юрьевич, Вы мне рекомендуете программу, в которой белки собираются не из нативных L, а из неприродных D-аминокислот. А потом я в воображаемом зеркале должна всё отражать. Это же бред. Неужели Вы не понимаете, что с зеркалом можно поиграться для одного аминокислотного остатка, но структура всего белка из сотни аминокислот будет совершенно разной (и совсем не зеркальной) из L- и D-кирпичиков аминокислот. Поэтому те модели лизоцима, гемоглобина или коллагена, которые Вы рисуете в своей программе НИЧЕГО общего с реальностью не имеют. До интерпретации вариантов 1, 2, 3 и 4, нужно сначала заложить в программу модели L-аминокислот. Вот с этого и начните, а потом можно отлаживать что угодно.
После такого отзыва специалиста заказывать у вас ваши кривые модели смысла нет.


Отредактировано Nasretdin (2012-01-16 17:23:51)

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 14:35 #598

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
limarodessa написал(а):
Кто это в белом халате
А это - не моя фотка

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 14:46 #599

  • PauLita
  • PauLita's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Рыцарь Желтого Ведерка
  • Posts: 7557
  • Thank you received: 44
  • Karma: 5
kushelev написал(а):
А это - не моя фотка
Та, что справа, ну не скромничайте...
Слава Україні!!! Героям Слава!!!

Пикотехнология изображения белков 16 Янв 2012 14:49 #600

  • kushelev
  • kushelev's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дьяк
  • Posts: 266
  • Karma: 0
PauLita написал(а):
Мы то знали, а вы?


Кушелев: В фильмах про лабораторию Наномир можно увидеть динамические пикотехнологические модели глюкозы, витамина B12, тРНК и других органических молекул, которые преобразуют хаотическое движение молекул воды в собственное вращательное и далее в поступательное движение.

В рассылке можно ознакомиться с моделью механизма преобразования хаотического движения мелких молекул в направленное движение макромолекул. По аналогии с демоном Максвелла модель названа демоном Кушелева:

nanoworld88.narod.ru/data/089.htm

nanoworld88.narod.ru/data/116.htm
Last Edit: 04 Апр 2015 14:51 by Vladimirovich.
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум