Ключевое слово
17 | 09 | 2019
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Альтернатива "аминокислотам"

Альтернатива "аминокислотам" 26 Июнь 2012 09:27 #1

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
Насколько мне удалось разобраться в нуклеотидной последовательности, то научные работники из этой сферы, работают не с кодонами, а с аминокислотами которые им соотвествуют, которых как они говорят 20 (кто-то 21). Нуклеотидную последовательность они заменяют на последовательность аминокислот. Я может не новый вариант предложу, но всё же.
Если я правильно понимаю существует 4 нуклеотида: А – аденин, Г – гуанин, Ц – цитозин, Т – тимин. С помощью эти четырёх «кирпичиков» (цепочкой из их последовательностей) закодирован любой живой организм. Учёные как-то сказали, что если взять по три нуклеотида в цепочке и обозвать эти комбинации кодонами, то с помощью уже этого более «верхнего» языка кодировки можно понять как образуются белки, этот вывод они сделали потому, что каждому набору нуклеотидов из трёх соответствует своя аминокислота, которая и участвует в синтезе белков.
Ну, а теперь собственно то о чём я хотел сказать. Общее количество комбинаций с повторениями из 4 по 3 равно 4^3=64. Так как ТО по какой программе будет развиваться организм закодировано в двойной нуклеотидной цепочке под названием ДНК, и в этой цепочке действует принцип комплементарности: А=Т, Т=А, Г=Ц, Ц=Г, то для того чтобы записать все кодоны языком более высокого уровня (т.е. каждому возможному кодону поставить отдельный символ), необходимо 33 символа (как в русском языке). 32 символа это «буквы» соответствующие 32 кодонам, а 33 символ – «переключатель», это символ который используется в паре с предыдущими 32 символами и говорит, что кодон комплементарен. Например: Кодон: ТТТ (допустим) будет обозначаться русской буквой А, ААА кодон комплементаный будет обозначаться допустим АЪ, где символ Ъ – есть тот 33 символ который «комплементирует» кодон TTT значащийся под буквой А.
Таким образом первые 32 кодона соответствуют 32 буквам русского алфавита, а оставшиеся «комплементтированные» 32 кодона с помощью тех же русских буков но с дополнительным символом Ъ. Получается 64 кодона. Таким образом всю последовательность нуклеотидной последовательности ДНК можно записать с помощью русских букв, а если правильно сопоставить кодон – буква, том можно читать геном человека на русском языке.

Отредактировано ХаХа (2012-06-26 13:28:48)

Альтернатива "аминокислотам" 26 Июнь 2012 09:36 #2

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
Вот смотрите, привожу список (второй столбик) первой половины 32 кодонов которые получены из 4 нуклеотидов (А, Т, Г, Ц):



Четвёртый столбец это оставшиеся 32 кодона, которые получены из второго столбика с использованием принципа комплементарности. Вместе два столбика составляют полный перечень всех 64 кодонов, которые используются в кодировке живого организма. Если каждому кодону во втором столбике поставить в соответствие букву русского алфавита (например в алфавитном порядке – третий столбец), то четвёртому столбику будет соответствовать она же - буква, но с «пометкой – тильдой - твёрдым знаком», которая обозначает комплементарный кодон.
Задача ставиться такая: Исходя из чего (т.е. каков посыл) расставить соответствие кодон - буква руcского алфавита.

Отредактировано ХаХа (2012-06-26 13:38:55)
Last Edit: 20 Март 2015 07:13 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 26 Июнь 2012 10:53 #3

  • Автор: Поршень
  • Автор: Поршень's Avatar
От перемены мест слагаемых сумма не меняется....тут вопросы кодировки и наличия знакомест в самой записи....

Альтернатива "аминокислотам" 26 Июнь 2012 11:32 #4

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
Согласен (пост №3), но всё же. Символьный аппарат русского алфавита как нельзя удачно вписывается в данную кодоновую запись.

Отредактировано ХаХа (2012-06-26 15:33:16)

Альтернатива "аминокислотам" 26 Июнь 2012 11:50 #5

  • Автор: Угу
  • Автор: Угу's Avatar
Украду идею по окраске букв у ув. Самоеда
: красим все 4 нуклеатида например, в желтый, зеленый, красный и синий. И можно любоваться строением организмов в цвете

Альтернатива "аминокислотам" 26 Июнь 2012 12:02 #6

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
Нужно не только украсть (пост №5), но раскрасить и показать как получилось (если не жалко).
У меня одна мысль есть как подступится к решению задачи по расстановке соответствия кодон - буква. Надо прочитать достаточно длинные нуклеотидные последовательности и составить частотную таблицу кодонов. Частотная таблица букв русского алфавита есть. Ну и простым сопоставлением этих таблиц решить задачу. Тогда у меня тот вопрос с которым я пришёл на этот форум. Где взять нуклеотидную цепочку которая соответствовала цельному организму? Прошу меня особо строго не судить, так я не биолог и не генетик, а математик, и могу не верно излагаться в терминах иных наук не связанных с математикой.
Я написал програмку, для этого алгоритма, если у кого есть текстовый файл нуклеотидной последовательности хотя бы простейшего какого нибуть - кариота, я бы прогнал его через програмку и сказал бы что в итоге получается. По тем ссылкам которые мне давали я видел только участки нуклеотидных последовательностей которые уже изучены.... цельного от начала до конца не нашёл. А может уже есть частотная таблица кодонов?

Отредактировано ХаХа (2012-06-26 16:54:54)

Альтернатива "аминокислотам" 26 Июнь 2012 14:11 #7

  • Автор: Чукча не из Сибири..
  • Автор: Чукча не из Сибири..'s Avatar
К пп.3...
Возьмем к примеру аденин ...
Обладает характерным максимумом поглощения (макс) при 266 ммк (pH 7) с коэффициентом молярной экстинкции (макс) 13500.
Химическая формула С5H5N5, молекулярный вес 135,14 г/моль. Аденин проявляет основные свойства (pKa1=4,15; pKa2=9,8)
Однако помимо этого это еще комплекс с переносом заряда ...
В молекуле аденина заняты уровни: 3,8106; 3,6542; 3,4268; 2,4668; 1,2632; 0,9739. Самый низкий из занятых уровень 0,9732. Наиболее низким свободным уровнем в аденине будет уровень 0,6138.
другими словами, тем активнее молекула как донор электрона; чем ниже находится самый низкий из свободных уровней, тем легче молекула ведет себя как акцептор электрона....
Следовательно в понятие этой молекулы должны быть записаны и эти данные ... а это уже различные знакоместа в записи .... и от этого зависят будущие реакции ..
Так что не упрощать нужно эти символьные и цветные записи, а разбирать в содеянном нужно ...
Ps
На трансформаторной будке: Хочешь встряхнуться? Заходи.

Альтернатива "аминокислотам" 26 Июнь 2012 14:27 #8

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
Не спорю (Пост№7), всё сложно когда копать начинаешь. Если есть возможность подкинуть последовательность нуклеотидов, от начала до конца, то буду благодарен. Каждый копает тем что в руке.
Мне очень приятно что у аденина такие физикохимические свойства.

Отредактировано ХаХа (2012-06-26 19:18:13)

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 05:34 #9

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
Вторая хромосома человека files.mail.ru/VZTOON
Last Edit: 19 Март 2015 15:00 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 05:45 #10

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
LUKA, благодарю. Скачал, переименовал расширение и открыл в простом текстовом редакторе.
LUKA, а половые хромосомы Y и Х есть в наличии?

Отредактировано ХаХа (2012-06-27 09:52:11)

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 05:53 #11

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
Третья хромосома files.mail.ru/SXOAO2
Четвёртая files.mail.ru/XMQ44F

Отредактировано LUKA (2012-06-27 10:05:37)
Last Edit: 19 Март 2015 15:00 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 06:57 #12

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
Пятая files.mail.ru/AE83V4
Шестая files.mail.ru/7B23ZS

Отредактировано LUKA (2012-06-27 11:22:18)
Last Edit: 19 Март 2015 15:00 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 07:50 #13

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
LUKA, я скачал! Скажи пож, в последовательности присутствуют участки набора из символа NNNNN.... , что это значит?

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 08:31 #14

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
ХаХа написал(а):
LUKA, я скачал! Скажи пож, в последовательности присутствуют участки набора из символа NNNNN.... , что это значит?
Это значит, что они неотсеквенированы. Невозможно полностью отсеквенировать геном, хотя это - копейки.
Седьмая files.mail.ru/EJ1Y7O
Восьмая files.mail.ru/MRA0NR

Отредактировано LUKA (2012-06-27 13:19:24)
Last Edit: 19 Март 2015 15:00 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 09:22 #15

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
Скачал
. LUKA, просвети тогда в этом случае, последний кодон перед участком NNN... и первый кодон после участка NNNN.... они цельные, т.е. не обрезки из одного и двух нуклеотидов. Это важно, так как если смотреть на частотные характеристики последовательности кодонов, то если исследовать эту последовательность со сдвигом 1 нуклеотид или 2 нуклеотида, эти характеристики очень разнятся. Я прихожу к выводу, что обрезками последовательностей нуклеотидов при частотном анализе нужно пользоваться осторожно. Важно, чтобы последовательность начиналась с цельного кодона.

Отредактировано ХаХа (2012-06-27 13:28:04)

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 09:35 #16

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
Девятая files.mail.ru/5DHDCY
ХаХа написал(а):
последний кодон перед участком NNN... и первый кодон после участка NNNN.... они цельные, т.е. не обрезки из одного и двух нуклеотидов.
Это зависит от аннотации - надо конкретно смотреть, что там написано. Если есть сомнения - можно просто удалить эти части из анализа.

Десятая files.mail.ru/3656RL
Одиннадцатая files.mail.ru/B62FAQ

Отредактировано LUKA (2012-06-27 13:52:18)
Last Edit: 19 Март 2015 15:00 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 10:08 #17

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0

Концовка анализируемой последовательности не столь важна (при частотном анализе), если последние 1 или 2 нуклеотида не попадают в триплет, они отбрасываются, а вот начинать анализ после участка NNNNN.... не оправдано. Хотя есть уже наблюдения связанные с кодоном ACG (Треонин), после него (показывает статистика) группе кодонов запрещено появляться, поэтому вполне возможно организовать частотный анализ из некого участка последовательности от кодона ACG, в обе стороны, и если на концах не будет полных триплет, то (1 или 2) нуклеотида отбрасываются.

Отредактировано ХаХа (2012-06-27 14:38:32)

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 10:42 #18

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
ХаХа написал(а):

Концовка анализируемой последовательности не столь важна (при частотном анализе), если последние 1 или 2 нуклеотида не попадают в триплет, они отбрасываются, а вот начинать анализ после участка NNNNN.... не оправдано. Хотя есть уже наблюдения связанные с кодоном ACG (Треонин), после него (показывает статистика) группе кодонов запрещено появляться, поэтому вполне возможно организовать частотный анализ из некого участка последовательности от кодона ACG, в обе стороны, и если на концах не будет полных треплет, то (1 или 2) нуклеотида отбрасываются.

Отредактировано ХаХа (Сегодня 14:37:44)
Некоторым ньюансам частотного распределения нуклеотидов в кодоне уже дана вполне оправданная эволюционная интерпретация, учитывающая свойства аминокислот, кодируемых этими кодонами - см. www.scorcher.ru/theory_publisher/show_art.php?id=325 Первые варианты генетического кода
Двенадцатая files.mail.ru/3ULM03

Отредактировано LUKA (2012-06-27 14:48:02)
Last Edit: 19 Март 2015 15:01 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 11:02 #19

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
LUKA, 12
, со статьёй надо разбираться, так как .... увы математик.

Отредактировано ХаХа (2012-06-27 15:03:35)

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 11:45 #20

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
Тринадцатая files.mail.ru/W22YH0
Четырнадцатая files.mail.ru/3B6DYM

Отредактировано LUKA (2012-06-27 16:00:36)
Last Edit: 19 Март 2015 15:01 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 12:02 #21

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
ХаХа написал(а):
увы математик
Математик - может ещё не мертвец. Физики - те уже окончательно испорчены - воображают будто могут понять биологию, но примитивны как две капли, не знают метода Альтмана-Кинга
и несут ахинею - а сколько генкодов может быть - ни один физик не посчитал - лодыри и в математике нули.


Пятнадцатая files.mail.ru/9C3H3Z
Шестнадцатая files.mail.ru/JYX1A3
17 - files.mail.ru/H0GBYD

Отредактировано LUKA (2012-06-27 16:54:50)
Last Edit: 19 Март 2015 15:01 by Vladimirovich.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 12:22 #22

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
Я знаю есть методика оценки кредитоспосбности компании, там фигурирует коэффициент Альтмана. С физиками лучше не спорить, они как правило левое и правое полушарие в мыслительном процессе не используют, а простым смертным третьего не дано...так что конфликт заложен изначально.
Скачал


Отредактировано ХаХа (2012-06-27 16:27:41)

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 13:15 #23

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
Файлообменник барахлит.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 13:20 #24

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
LUKA, скажи пож, если я в неоднозначной последовательности (последовательность между NN.....) в качестве реперных столбов к которым сделаю привязку для проведения частотного анализа использую стоп - кодоны TAA и TAG. Что ты думаешь по этому поводу? Дело в том, что в тех файлах которые ты мне так любезно предоставил, очень большой объём нуклеотидных цепочек находится между NNN участками, и в их однозначности (чтение с первых нуклеотидов) я сомневаюсь.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 13:25 #25

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
ХаХа написал(а):
в качестве реперных столбов к которым сделаю привязку для проведения частотного анализа использую стоп - кодоны TAA и TAG.
Нужно понимать, что используешь для частотного анализа. Больше 90 процентов ДНК не кодирует белки. Если же используются только последовательности, кодирующие белки, то важна аннотация к этим последовательностям - кодирующие белок последовательности выявляются по совокупности фактов с помощью специальных программ - например, перед стартовым кодоном должны быть особые последовательности, наподобие Шайна-Дальгарно и проч.
Только привязка к стоп-кодонам мало что даст.

У человека альтернативный сплайсинг увеличивает к тому же разнообразие белковых последовательностей раза в три.
Но внутри кодирующих последовательностей могут быть и некодирующие последовательности - интроны - они тоже распознаются определёнными программами. Анализ очень сложный сам по себе

Отредактировано LUKA (2012-06-27 17:29:04)

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 13:35 #26

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
Я пока абстрагируюсь от деталей (которые ты сообщил), попробую подойти как криптограф к объекту о котором известно пока очень мало (мне)[в том числе и о стоп кадонах]. Поэтому всю последовательность буду воспринимать как информационно значимую.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 13:42 #27

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
ХаХа написал(а):
Поэтому всю последовательность буду воспринимать как информационно значимую
Тогда геном человека - очень сложный объект для исследований. 35 процентов - это Аlu-повторы, ещё столько же - другие длинные рассеянные повторы, приличная часть - сателлитная ДНК, кодирующая - вообще малость.
Кстати у человека 23 тысячи генов, но они кодируют не 23, а 90 тысяч белков (не считая белков иммунитета). У бактерий попроще - у них бОльшая часть генома значащая.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 14:04 #28

  • ХаХа
  • ХаХа's Avatar
  • OFFLINE
  • Жилец
  • Posts: 57
  • Karma: 0
LUKA, благодарю за ликбез по этой теме. Ещё один вопрос: Несеквенированные участки содержат различное количество символа N, можно ли понимать это что количество N= количеству неопределенных нуклеотидов?

Отредактировано ХаХа (2012-06-27 18:05:25)

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 14:05 #29

  • LUKA
  • LUKA's Avatar
  • OFFLINE
  • Думный дворянин
  • Posts: 639
  • Karma: 0
ХаХа написал(а):
, можно ли понимать это что количество N= количеству неопределенных нуклеотидоа?
В той последовательности, что дал - скорей всего да.
Но бОльшая часть сателлитной ДНК человека по прежнему неотсеквенирована.

Альтернатива "аминокислотам" 27 Июнь 2012 16:53 #30

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 37842
  • Thank you received: 85
  • Karma: 22
LUKA написал(а):
сколько генкодов может быть - ни один физик не посчитал - лодыри и в математике нули.
Ну-ну, не завирайтесь
. А сколько-то генкодоф может быть?

Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум