Модератору благ! Просьба к неитересующимся, не мусорить!
LUKA, просвети пож вопрос: С какого конца пн (последовательность нуклеотидная), должна читаться. Слева направо или в обратную сторону? Что говорят по этому поводу учёные (вкратце).
LUKA, проверил 81 тысячу кодонов в первой хромосоме, могу уверенно сказать, что существует некий запрет на соседство двух кодонов (если читать слева направо):
1. ACG (треонин) - AAA (аспаргин) - (ACG)(AAA) - последовательность отсутствует
2. ACG (треонин) - AGA (аргинин)-(ACG)(AGA) - последовательность отсутствует
Обратный вариант имеет место быть. Т.е. (AAA)(ACG) и (AGA)(ACG) соседство присутствует в пн. Исходя из этого ставится вопрос: О направленности чтения пн (для меня по крайней мере). Тебе известно что нибудь по этому поводу? Может это присуще только 1 хромосоме человека?
Есть определённый опыт - студенты, приходящие в биологию из физфаков, как правило, довольно слабы - есть опыт общения и работы Мне приходилось слушать лекции таких физиков - наивность иногда просто поражает. Это просто эмпирический факт - физики намного чаще чудят в биологии. ППГ - это просто вершина айсберга
ХаХа написал(а):
С какого конца пн (последовательность нуклеотидная), должна читаться. Слева направо или в обратную сторону? Что говорят по этому поводу учёные (вкратце).
У нити ДНК есть так называемый 5'-конец и 3'-конец. Читается слева направо. Но нужно посмотреть литературу. Без понимания структуры ДНК, принципов организации генома такой анализ сходу делать проблематично.
ХаХа написал(а):
LUKA, проверил 81 тысячу кодонов в первой хромосоме, могу уверенно сказать, что существует некий запрет на соседство двух кодонов (если читать слева направо):
1. ACG (треонин) - AAA (аспаргин) - (ACG)(AAA) - последовательность отсутствует
2. ACG (треонин) - AGA (аргинин)-(ACG)(AGA) - последовательность отсутствует
Слабо верится, что именно кодонов - это должно соответствовать примерно 6-9 тыс. генов, а у человека их всего 23 тысячи. Не сходится как-то. Откуда узнали, что это - именно кодирующие белок последовательности?
Митохондриальная ДНК, Х и Y-хромосомы files.mail.ru/BWWE95
Хромосомы 19-22
ХаХа написал(а):
1. ACG (треонин) - AAA (аспаргин)
ААА - 'это лизин.
ХаХа написал(а):
Исходя из этого ставится вопрос: О направленности чтения пн (для меня по крайней мере). Тебе известно что нибудь по этому поводу?
Ничего не могу сказать. Трудно представить такого рода запрет.
LUKA, благ за ответ! Извиняюсь за ошибку ААА - лизин. Я применяю методику частотного анализа не совсем обычную, я получаю статистику дуплетных повторений. Так вот, в тех сочетаниях кодонов, которые я привёл в посте №37, их НЕТ, а коль нет, то нужно понять почему. Если это случайность или не верно выбрано начала считывания пн, то вопрос отпадает, хотя малое частотное значение этой связки должно иметь объяснение. Если же это принципиальный запрет, то это позволит разработать методику верификации начала считывания пн.
Ну еще остались мелочи ...а именно как происходит чтение этих данных в реальности на самом био обьекте ... участвуют ли в этом ЭМ поля?, или только Силы Ван-дер-Ваальса?, или только дисперсионные силы? или водородная связь? иди работают только молекулы белка, содержащие группы СО и NH и имеющие спиральную конфигурацию, и которые поддерживают эту конфигурацию за счет многочисленных внутри-молекулярных водородных связей....
ps
Когда размораживаешь рыбу, в её глазах можно прочитать немой вопрос: - А какой сейчас год?
В метохондриальной хромосоме (присланной тобой LUKA), дуплеты (ACG)(AAA)[2] и (ACG)(AGA)[1] встречаются в [] указано количество раз.
По поводу верификации я сейчас читаю литературу и знакомлюсь с методиками.... это я делюсь с тобой первыми своими наблюдениями и соображениями которые приходят сразу же на ум.
А можете привести частоты A, G, C и Т у человека? И у кого-нибудь еще для сравнения. С какой точностью эти частоты определяются?
Доля отдельных нуклеотидов хорошо известна - 42%.
Доля CG-пар - точно не помню, пишу по памяти - но где-то в 4 раза меньше по сравнению с другими динуклеотидами, содержащими гуанин и цитозин, например GG.
Причина тоже известна - CG-динуклеотиды метилированы, что приводит к их высокой мутабильности - перерождению цитозина в урацил.
А вот причин высокого содержания пар AG (CT) не знаю, равно как и долю, хотя визуально можно оценить, например по форезу. См. статью (форезы для статьи мои) - человека sciencerussian.sibenzyme.com/article14_article_31_1.phtml - видно, что для AluI (AGCT - два высокочастотных динуклеотида) глубина заметно выше по сравнению с HinfI (GANTC).
и особенно у крысятинки рисунок 2 sciencerussian.sibenzyme.com/article14_article_28_1.phtml - BstDE и AluI, гидролизующие по двум высокочастотным динуклеотидам, дают глубже гидролиз по сравнению с сайтами с тем же GC-составом - Kzo9I, RsaI, TaqI.
Ohno S. Universal rule for coding sequence construction: TA/CG deficiency-TG/CT excess. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA - 1988 - Vol.85 - P.9630-9634.
Насколько я знаю, принцип комплементарности был принят исходя из того, что частоты появления A и Т были одинаковы и C и G, так же были одинаковы. Возникла гипотеза, о том, что сочетание исключительно (в двойной цепочке) этого с этим (А и Т), а этого с этим (C и G), со временем гипотеза подтвердилась. Провести частотный анализ появления в одной ветке нуклеотидов можно, но какой можно сделать из этого вывод?
Например: в метохондриальной ДНК (так любезно предоставленной LUKA):
A-5124
T-4094
C-5181
G-2169
Объяснения этому находятся, например, здесь Ohno S. Universal rule for coding sequence construction: TA/CG deficiency-TG/CT excess. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA - 1988 - Vol.85 - P.9630-9634.
Про CG тоже писал.
Я давно уже предложил частотный динуклеотидный анализ проводить с помощью рестриктаз - это может служить таксономическим признаком у бактерий.
Доля отдельных нуклеотидов хорошо известна - 42%.
Доля CG-пар - точно не помню, пишу по памяти - но где-то в 4 раза меньше по сравнению с другими динуклеотидами, содержащими гуанин и цитозин, например GG.
Ничего не понял. Я ожидал, что частоты A, G, C и Т в сумме дадут 1. И то же для суммы частот всевозможных или допустимых пар нуклеотидов.
Пост №47. Переведите абсолютное значение, которое я привёл в посте №45, в относительное, и вы получите 1, а так это будет 16 568, из них 9218 приходится на AT, и 7350 на CG.
Пост №47. Переведите абсолютное значение, которое я привёл в посте №45, в относительное, и вы получите 1, а так это будет 16 568, из них 9218 приходится на AT, и 7350 на CG.
Частотный анализ появления некого объекта в группе объектов, даёт исключительно количественные характеристики. Качественные характеристики скудны. Надо использовать частотный анализ появления совокупности объектов в группе (сочетание двух, трёх), тогда можно расширить качественные характеристики. Под объектами я понимаю бинарное сочетание нуклеотидов или триплет. Хотя есть подозрение, что нужно анализировать три вида: 2-х нуклеотидные сочетания, 3-х нуклеотидные (кодоны=триплеты) и 4-х нуклеотидные. Рассматривать принцип матрёшки, когда более мелкое группируется в более крупном. При таком анализе возникают кластеры. Минимальный размер кластера состоит из 12 нуклеотидов.
что нужно анализировать три вида: 2-х нуклеотидные сочетания, 3-х нуклеотидные (кодоны=триплеты) и 4-х нуклеотидные. Рассматривать принцип матрёшки, когда более мелкое группируется в более крупном. При таком анализе возникают кластеры. Минимальный размер кластера состоит из 12 нуклеотидов.
Таких работ было сделано уже вагон и маленькая тележка - даже с дипломными работами на эту тему приходилось встречаться.
Чего? Не знаю, чего. Так программа дала результат. LUKA, скорей всего дал среднестатистический параметр=42%, что и было подтверждено на примере метохондриальной ДНК, которую проанализировали и получили 44%.
Чего? Не знаю, чего. Так программа дала результат. LUKA, скорей всего дал среднестатистический параметр=42%, что и было подтверждено на примере метохондриальной ДНК, которую проанализировали и получили 44%.
По той ДНК получается: 31 + 25 + 31 + 13 = 100. Или так: (31 + 31) + (25 + 13) = 62 + 38 = 100. А это золотая пропорция! А с 42% вместо 44% так тоже получится?
Нет это делается не так. Последовательность метохондриального ДНК (Пост36), запускаем в программку, которая выдаёт в качестве результата:
1. Общее количество нуклеотидов вп последовательности = 16 568 штук;
2. Аденин A=5124 штук;
3. Тимин T=4094
4. Цитозин C=5181
5. Гуанин G=2169
Если сложить количество A и T, то получится 9218 штук. Если сложить C и G, то получится 7350 штук. Ну а далее математика из 3 класса.
1=(5124+4094+5181+2169)/16568=5124/16568 + 4094/16568 + 5181/16568 + 2169/16568 = 0.30927 + 0.2471 + 0.31271 + 0.13091
Ну а проценты я надеюсь вы считать умеете.
Пост №59 Ну и в чем разница?? Что я сделал не так?
Ответ на пост №59 Разве вы не видите различия между постами №57 и №58
Вы спросили почему не 1 (Пост №47), я показл как получить 1. Вы получили 100. Разве 1=100?
Если бы вы записали:
(31 + 31) + (25 + 13) = 62 + 38 = 100, или так: 62/100 + 38/100 =1 Тогда бы различия не было бы.
И причём здесь золотая пропорция?
