Ключевое слово
15 | 01 | 2019
Новости Библиотеки

Шахматы онлайн

Чессбомб

Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Волновой геном №34. Беседы с Петровичем о времени

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 02 Янв 2018 12:53 #901

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6355
  • Thank you received: 10
  • Karma: -15
mittelspiel wrote:
Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит
До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку:
biomolecula.ru/content/403
И вот цитата оттуда:
Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белк не мог бы происходить без ошибок.


Складывается впечатление, что г-н Гаряев использует названия этих гипотез как некие магические заклинания, призванные одурманить, замутить и без того мутную голову какого-нибудь нерадивого студента или далекого от науки обывателя. Такой тактический ход совершенно излишен в условиях открытой научной дискуссии и производит самое неблагоприятное впечатление.
Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить.
А теперь заслушаем начальника транспортного цеха
Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём.
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
mittelspiel Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить.
А теперь заслушаем начальника транспортного цеха

ПГ: Хотя и запоздало, но отвечу.


mittelspiel wrote:
Хайдук написал(а):
Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит

До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку:
biomolecula.ru/content/403

ПГ: там профессионализм в искажении позиции Лагеквиста и моей. Плюс обычные помои не профи в науке.

И вот цитата оттуда:

Это не профи - мой критик - Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белка не мог бы происходить без ошибок.

ПГ: такого утверждения не делал. Ложь.

Критик цитирует меня:
Пётр Гаряев: Что до триплетного кода, то простой анализ канонической таблицы приводит к простому вопросу. 3–5 кодон-антикодоновой пары не участвует в кодировании (вспоминаем Вобл гипотезу Крика). Кодируют «два из трех» (Лагерквист), да и любой может это увидеть в таблице. Итак, простой анализ ее дает: в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует фенилаланин и лейцин, AU — изолейцин и метионин, UA — тирозин, Och и Amb стоп-кодоны, CA — гистидин и глицин, AA — аспарагин и лизин, GA — аспарагиновую и глутаминовую, UG — цистеин, Umb и Trp стоп-кодоны, AG — серин и аргинин. Это омонимия в дополнение к очевидной синонимии кода. Следовательно, рибосомы встречаясь с омонимичными дублетами должны «принять решение» (хотя решение принимает целостный геном каждой клетки) о выборе одной из двух аминокислот или стопа. Это достигается контекстными ориентациями рибосомы на иРНК, о чем говорил (после нас) акад. РАН Л. П. Овчинников как о втором генетическом коде. Контекст иРНК не может быть «понят» с чисто физ-хим позиций, это лингвистическое (ментальное) образование. Сюда же относятся работы В. И. Щербака об оперированием понятием нуля триплетным кодом, что также уходит из физ-химии. Таким образом, мы не пытаемся упразднить триплетную модель, но расширяем ее в другие горизонты.

Отвечает Натальин Павел , т.е. тот самый Критик:

Начнем с того, что «простой анализ канонической таблицы» никаких таких выводов сделать не позволяет. Код вырожденный, потому что одной аминокислоте может соответствовать несколько кодонов (объединяемых в кодоновую семью). Странно не то, что кодоны, принадлежащие к одной семье кодонов, отличаются только по последнему нуклеотидному остатку (они же отличаются, на то код и триплетный), а то, что число существующих антикодонов в тРНК, предназначенных для распознавания этих кодонов, оказалось меньшим. Гипотеза нестрогого соответствия, или «вобл-гипотеза» Ф. Крика, увидевшая свет в 1966 г., как раз была призвана объяснить это кажущееся противоречие. Согласно гипотезе, нуклеотидный остаток, находящийся на 5’-конце антикодона (в «вобл-позициии») может взаимодействовать с третьим нуклеотидным остатком кодона неканоническим путем (т. е., возможны дополнительные, «не уотсон-криковские» взаимодействия, но код остается триплетным и все три кодона учувствуют в кодировании). Однако, эксперименты in vitro (но не in vivo!) показали, что в некоторых случаях инозин (дезаминированный аденозин, встречается в антикодонах тРНК) и другие видоизмененные основания могут спариваться со всеми четырьмя основаниями в третьем положении кодона. Таким образом, в определенных условиях эксперимента in vitro, один антикодон может считывать все четыре кодона.

ПГ: Критик П.Гаряева не понял Вобл Гипотезу ф.Крика, относящуюся к синонимическим кодонам. 3-й нуклеотид в кодонах синонимах (Ф.Крик называл это «некоторым случаями») может быть любым из 4-х возможных), поскольку во всех 8-ми семействах синонимов кодируют первые два и при этом одни и те же аминокислоты.3-й нуклеотид не участвует в кодировании. Но триплеты кодируют с участием 3-го нуклеотида, выполняющем чисто механическую роль стабилизации кодон-антикодоновое взвимодействие.

Критик: На основании таких опытов, Лагерквист предложил гипотезу «два из трех», согласно которой для восьми несмешанных кодоновых семей (Leu, Val, Ser, Pro, Thr, Ala, Arg, Gly) узнавание кодонов антикодонами происходит только по первым двум нуклеотидам, тогда как третий нуклеотид кодона участия в узнавании не принимает и может быть любым.

ПГ: критик плохо читал работы Ф.Крика. Именно он, Ф.Крик, и высказал это положение первым. См,. хотя бы, книгу Ф.Крика «What mad pursuit. A personal view of Scientific discоvery» (1988 г., стр.90).

Лагерквист также высказал мысль, что подобное «упрощенное» прочтение кода может вызывать множество ошибок при трансляции. Однако он сам же и объяснил, почему этого не происходит, чему и посветил целую статью, приводимую господином Гаряевым в другом комментарии [Lagerkvist U., (1978). «Two out of Three»: an alternative method for codon reading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 1759–1762]. Все объяснения приводимые в статье, основаны на гипотезе спаривания оснований, т. е. на общепринятом фундаменте молекулярной биологии. Вкратце: 1) вероятность игнорирования третьего нуклеотида в кодоне при считывании пропорциональна силе взаимодействия между антикодоном и двумя первыми нуклеотидными остатками кодона; 2) пара G–C (три водородных связи) сильнее пары A–U (две водородных связи). Внимательное изучение генетического кода (тот самый «простой анализ» на глаз) показывает, что он так организован, что кодоны, наиболее склонные к прочтению по типу «два из трех» (т. е. с двумя первыми сильно взаимодействующими парами), содержатся строго в кодоновых семьях, в которых это правило не приведет к ошибке трансляции (все четыре кодона кодируют одну аминокислоту). Объяснение в случае со смешанными кодонами (когда одно из двух первых взаимодейс твий сильное, а другое слабое) более сложное, однако и здесь оно основывается на физическом взаимодействии кодона с антикодоном (желающие могут прочитать статью Лагерквиста). (От себя добавлю, что сегодня теоретизировать по данному вопросу и вовсе нет необходимости, потому что пространственные структуры всех комплексов упомянутых выше можно взять в базах данных в интернете, и промоделировать их взаимодействия может любой студент или аспирант - как на компьютере, так и in vitro -- Mittelspiel).

ПГ: Отвечаю критику Миттельшпилю. Нигде не отрицаю факт физического взаимодействия кодон-антикодонов (куда же без него?) в случае смешанных кодонов (это кодоны - синонимо-омонимические, «сиомы», мой термин, статья готовится к печати ).Но тут дело не в этом, а в проблеме точного выбора из двух разных аминокислот одной или выбора аминокислоты или стопа в сиомах. Но ни Лагерквист, ни «критик» на этот вопрос не отвечают. Более того, «критик» умышленно не заметил главного в объяснениях Лагеркиста странности «опасного» кодирования сиомами (менее точно называл их ранее кодонами омонимами). Он объясняет это так, что, мол, сиомы встречаются крайне редко, поэтому-де не страшно. :) А таких сиом в коде 32, половина! А мое объяснение такому странному положению дел с сиомами вообще проигнорировал. Вот вам пример шельмования неугодных официозу исследователей и обзывания их «лже учёными».

Критик: Все это написано здесь для того, чтобы показать, что ссылки г-на Гаряева на гипотезу нестрогого соответствия и гипотезу прочтения «два из трех» не являются уместными. Данные гипотезы отнюдь не служат аргументами, опровергающими теорию триплетного генетического кода и к спору о «волновом коде» г-на Гаряева не имеют никакого отношения.

ПГ: Волновой код относится к другому уровню ген. Кодирования, описанному в моей монографии «Волновой генетический код» (1997г., которую от тут «анализирует» и в другой, более продвинутой, монографии «Лингвистико-волновой геном. Теория и практика», 2009г. А о доказательстве двойного (странного, одновременного) кодирования кодоном-сиомом аминокислоты селеноцистеина и цистеина, он и не слыхивал. Или тоже проигнорировал. Вот ссылка на это экспериментальное доказательство:
1-9-2009
Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two
Amino Acids by One Codon
Anton Turanov
University of Nebraska - Lincoln
Alexei Lobanov
University of Nebraska - Lincoln
Dmitri E. Fomenko
University of Nebraska - Lincoln, Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.
Hilary Morrison
Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA
Mitchell Sogin
Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA

Оно доказывает именно то, что проигнорировал «Критик», что предсказано в моих приведенных двух монографиях. И статьях тоже.

[/quote]
Last Edit: 02 Янв 2018 12:57 by nonlocality.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 02 Янв 2018 13:22 #902

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Посадник
  • Posts: 34468
  • Thank you received: 74
  • Karma: 21
дурачок вы, Петрович, элементарно мыслить не можете, а пробиваетесь в учёные :blush:

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 02 Янв 2018 20:24 #903

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6355
  • Thank you received: 10
  • Karma: -15
Хайдук wrote:
дурачок вы, Петрович, элементарно мыслить не можете, а пробиваетесь в учёные
докажи :patstulom:

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 17 Янв 2018 20:56 #904

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • OFFLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 75679
  • Thank you received: 948
  • Karma: 76
Кстати, мы так и не услышали от Петровича заключение по делу Трофима Лысенко :glasses:
Каждому - своё.

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 18 Янв 2018 15:04 #905

  • PPG Killer
  • PPG Killer's Avatar
nonlocality wrote:
Хайдук wrote:
дурачок вы, Петрович, элементарно мыслить не можете, а пробиваетесь в учёные
докажи :patstulom:
ППГ не пробился в ученые. Поэтому доказать невозможно. Даже дети знают про пурины и пиримидины. Знал это и Крик и Лагерквист. ППГ не знал (плохо учился) и потому и написал, что "3-й нуклеотид в кодонах синонимах может быть любым из 4-х возможных". ППГ не читал Крика и Лагерквиста, но видел эти фамилии в тетрадке товарища, когда переписывал пропущенные лекции по генетике. В результате на 2-ом курсе МГУ ППГ с позором водворили в группу биофаковских лузеров - курс ботаники. (Кто не знает: ботаники - это низшая каста биофака, те кого не взяли на другие, более престижные направления). В результате ППГ так и не выбился в ученые и даже когда он состарился, то так и научился работать с Пабмедом, поскольку продолжает считать, что "3-й нуклеотид не участвует в кодировании", когда уже в 10-ом классе дети проходят этот канонический механизм и знают. А ППГ не знал, пожалеем его :crycry:

Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. 18 Янв 2018 21:44 #906

  • Биоэнергоинформационный злобник
  • Биоэнергоинформационный злобник's Avatar
Кругом бякостничество и пукостничество творится граждане :dontknow:
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум