я не понимаю почем кодонам приспичило спариваться с некими антикодонами и таким образом вносить путаницу неподъёмную для некоторых божьих одуванчиков, к примеру ... Петровича бедного?

Хайдук wrote: Ваша безнадёжность в генетике вызывает у меня теперь только сожаление. А этот пост вызвал у меня ... ладно, живите и таким. Тоже можно.

если бы знали, то ответили бы, Петрович, но вы НЕ знаете, потому и отмазываетесь; по крайней мере я могу учиться, а вы показали, что намертво не способны ничего воспринимать, даже не знали что такое "вобулирование", этот вроде конёк ваш, как указал вам ПауЛита ; удивительно как-то до чего не ладите с элементарной логикой или настолько уже беззастенчивы, что не мешает тупо отрицать то, что не дует вам в поруса

Хайдук wrote: Это сейчас признак хорошего тона.

Хайдук wrote: Хайдук wrote:
ППГ: Бедный Хайдук, он забыл, что тРНК, на которой сидит антикодон, несёт на себе ещё и ВЫБРАННУЮ аминокислоту (кем выбранную? кодоном через тРНК), а аминокислота достраивает растущий пептид (белок). Я просто охреневаю...
А там еще и чукча, свихнувшийся на солитонах, впаривает нечто несусветное о них. Солитоны, например, крутильные, что мы моделировали в ФИАНе, МИАНе и МГУ, возможно, играют роль "чтецов" и передатчиков контекста мРНК на нанобиокомпьютеры нескольких рибосом, коллективно прочитывающих мРНК.

Однако, интересно, что заработали мозги не биологов. Пусть криво, но оппоненты завелись. И это замечательно. Хотя бы даже после 10 лет непонимания полного.

nonlocality wrote: А что курить то надо?

nonlocality wrote:
раз антикодон несёт, значит НЕ кодон, а именно антикодон ВЫБРАЛ аминокислоту, потому что кодон НЕ может зацепиться за, дабы тащить кислоту к рибосоме стало быть, напрашивается вопрос: почему антикодоны не сплясали ... кодонами и не составили ДНК/РНК с самого начала? тогда не было бы надобности в антикодонах, дабы цепляться за и тащить не выпуская АК, поскольку сами кодоны могли бы это делать

Хайдук wrote: Не хочется переходить на не нормативную лексику. Вы что специально дурака валяете? Или оным являетесь? К учебнику - маааарш. тРНК (с антикодонами) уже ацилированы аминокислотами. Заранее. Ацилированы аминоацил-тРНКсинтетазами. Выбор их, как носителей аминокислот, идет при кодон-антикодоновом взаимодействии. Оно простО для кодонов-синонимов, но зависит от контекста мРНК для кодонов-омонимов.
Нет, серьёзно, вы тупы или прикидываетесь? Наверное, звание ПМФ, даное вам в шутку, все-таки точно оценивает вас.

nonlocality wrote: что значит заранее? я так понимаю, что звенья тРНК есть анти-зеркальный образ исходных/кодоновых ДНК/мРНК. Не знаю как мРНК колышет рибосому, но последняя могла бы пересчитывать тРНК и достраивать белок, поскольку соответствие тРНК-мРНК однозначное и значит не имеет значения с которой из них шпаргалить рибосоме ; тем паче, что тРНК тащут за собой желанные рибосомой АК, а мРНК вроде одну только себя притащила к столу на халяву

Хайдук wrote:

чего ржёшь-то, видимо дождаться ПауЛиты должны будем, дабы разъяснил что к чему, АТО толку в бреду ген-волногонщиков мало

Хайдук wrote: Перекодировки омонимов ломают вашу "стройную" и строгую картину. Строгость кодирования не свойственна омонимам, и она уступает место их приспособленчеству. Морёный ДУБ явно не годится для её обрамления. Для синонимов - да.

Хайдук wrote: Жаль старичка, но похоже, что он разделил судьбу Олега. А сын паулиты уже давно покаялся, чтобы избежать такого вот конца.

А где енто Паулита? Неужеле сбегал за водочкой уместе с Олегом

nonlocality wrote: ни у кодонов мРНК, ни у антикодонов тРНК никаких "омонимов" и никакой "перекодировки" нет и в помине, "стройная" и строгая кодон-антикодон антисимметрия здравствует, может за исключением "вобулирования" по ПауЛите (а не вашего липового и бессмысленного), когда антисимметрия эта иногда как-бы "ломается", но только на кодон-антикодоновых парах ответственных за одну и ту же аминокислоту

Хайдук wrote: Много раз цитировал. акад. РАН, Дир. Инст. Белка в Пущино, который разделяет мою позицию. Но моське всё равно на какого слона лаять. "Знать она сильна..."

ну-ну, полагаю, что акад. РАН, Дир. Инст. Белка в Пущино (слон, то бишь) никогда НЕ оспаривал каноническую 64-таблицу ген. кода и её "стройное" и строгое соблюдение кодон-антикодонами со рибосомами

Хайдук wrote: Я ее тоже не оспариваю, но даю два принципиальных уточнения. См. ответы Паулите.

даушъ, "уточнения" эти таблице оной прямо-таки претят, поскольку она "стройная" и строгая, а "уточнения" её размывают нахъ до неузнаваемой

Хайдук wrote: Так и должно быть. Биосистема и ее геном динамичны, а таблица статична. Ключевой момент этой динамики - выбор значений кодонов-омонимов. Такой выбор предполагает способность рибосомы-нанобиокомпьютера "думать" хотя бы в малых масштабах, что отображает фрактальность интеллекта в многомерии биосистем. forum.wavegenetics.org/index.php?topic=3118.0
Другой аспект динамичности генома - его способность к особому типу возвратной памяти, основанной на явлении возврата Ферми-Паста-Улама. Такая динамичная память обеспечивает развитие эмбриона и процессы регенерации клеток и тканей. Так что хромосомы объединяют два противоположных процесса - статику динамику. Диалектика, однако - единство и борьба противоположностей по Гегелю.

панеслась опять, однако...

nonlocality wrote: какой динамики, какой выбор, Петрович, когда эта "динамика" и этот "выбор" всегда и неизменно совпадают со статичной таблицей ТРИПЛЕТОВ? если задан триплет, то с уверенностью 110% можем угадать аминокислоту или стоп, где тут динамику-то с выбором-то увидели??

Хайдук wrote: Если задан триплет в мРНК, триплет с ДВОЙНЫМ СМЫСЛОМ (см. любимую таблицу), то рибосоме НЕИЗБЕЖНО НАДО ВЫБИРАТЬ. Так или не так? Из двух один, из двух РАЗНЫХ аминокислот ОДНУ. Иначе ошибка в белке. Это-то вы можете понять? А вот я не могу уразуметь вашу 10-летнюю упертость насчет омонимов. 3-й нуклеотид в кодонах НЕ УЧАСТВУЕТ В КОДИРОВАНИИ, кодируют двойки - первые два нуклеотида. И поэтому НЕИЗБЕЖНО появляются 32 синонима и 32 омонима. ПОНЯТНО ЭТО? Отсюда и необходимость ВЫБОРА для омонимов. Неужто это так трудно?

nonlocality wrote: НЕ так - где в таблице видите триплет с ДВОЙНЫМ СМЫСЛОМ?

nonlocality wrote: тогда почему любому триплету соответствует только одна-единственная и всегда одна и та же АК или стоп?

Хайдук wrote:
ПГ: Это ввел в немецкий перевод книги. Должны издать....
Заключительные комментарии

В своих воспоминаниях в книге "Безумный поиск" Ф.Крик предельно коротко говорит: “An important point to notice is that although the genetic code has certain regularities—in several cases it is the first two bases that encode one amino acid, the nature of the third being irrelevant—its structure otherwise makes no obvious sense.” Главное в этой фразе то, что неприятие идеи воблирования 3-го нуклеотид в кодоне в модели кода делает модель бессмысленной. Но вот большой вопрос, что за некоторые случаи (several cases) Ф.Крик имеет в виду? Ответа нет ни у него, ни у У.Лагерквиста. Ни у кого. У.Лагерквист, правда, пытался классифицировать семейства кодонов [Lagerkvist, 1978 ], но сделал это довольно странно. Он разделил их на две группы . Одна - это "Strong mixed codon interactions" - 5 cинонимов и 2 не синонимов (омонимов). Вторая - это "Weak mixed codon intractions" - 2 cинонима и 5 омонимов. Не понятно, в чем сила и слабость этих групп и почему они смешанные, т.е. содержат и синонимы, и омонимы? Причина в том, что ни Ф.Крик, и никто после него не пытался понять функции не синонимических кодонов, т.е. омонимов по моему определению. Они так и повисли в области не понимания. У.Лагерквист первый попытался обострить эту проблему, указав на опасную двойственность не синонимов, грозящую ошибками в синтезе белков, но ограничился не корректным высказыванием о якобы редкой встречаемости кодонов не синонимов. Проблема здесь в том, что Ф.Крик ни в своей Вобл гипотезе и нигде не отвечает на ключевой вопрос: воблирование 3-го нуклеотида происходит во всех кодонах или только в синонимических? И это состояние неопределенности имеет место и сейчас, порождая путаницу в понимании истинных мотивов работы триплетного белкового кода. Полагаю, что сейчас пора сказать, что воблирование 3-го нуклеотида присуще всем 64 кодонам, иначе действительно мы зайдем в тупик.
Существует и еще одна неопределенность в понимании работы кода. Как идет выбор аминокислот (и стопов) в кодонах омонимах? Основной вектор здесь - это контекстные ориентации рибосом на информационной РНК. Легко заметить, но не замечено до сих пор, что при условии вобулирования 3-го нуклеотида во всех кодонах, например, семейство кодирующих дублетов AG кодируют ОДНОВРЕМЕННО Ser и Arg. Причем, попарно они синонимичны и избыточно кодируют только Ser и только Arg. И тут выбор прост - наличествуют изоакцепторные тРНК. Но триплеты AGT и AGC (Ser) ОМОНИМИЧНО противостоят триплетам AGA и AGG (Arg) в пределах семейства AG. Следовательно, эти ДВЕ пары могут кодировать и Ser, и Arg. Но тут уже НАДО делать ВЫБОР - либо Ser, либо Arg - одна тРНК не может посадить на себя две разные аминокислоты. И выбор идет с использование контекстных ориентаций рибосомы на мРНК. Такая внутренняя синонимо-омонимического дуалистичность кодонов омонимов (с дополнительными парными синонимиями) существенна. Биофункция такого дуализма (в пределах семейств омонимических кодонов), возможно, в придании еще большей гибкости коду в сочетании синонимии и омонимии.
Могут возразить, что мои доказательства двукратной синонимо-омонимической вырожденности белкового кода носят не прямой, а косвенный характер. Они основаны преимущественно на логике. Это верно. Прямые доказательства будут заключаться в проверке наличия или отсутствия тотальной колинеарностей кодонов и аминокислот для представительной группы нескольких больших белков и их иРНК. Такая достаточно тонкая и непростая работа до сих пор не проведена, за исключением единичного и мало доказательного случая с серповидной анемией. Если концепция синонимо-омонимической вырожденности белкового кода верна, то можно предсказать, что одни и те же омонимические кодоны в зависимости от контекстов разных мРНК будут кодировать разные аминокислоты и стоп позиции в разных белках или даже в пределах больших одних и тех же белков. Это необходимо сделать, и странно, что такой исчерпывающий анализ не проведен до сих пор. Сейчас ситуация в генетике и молекулярной биологии в отношении белкового кода такова, как если бы мы планировали высокие спортивные результаты в беге у спортсмена, который потерял одну ногу и имеет вместо нее протез.
Существуют-ли в современных представлениях попытки дать точное понимание роли контекстов мРНК в придании смыслов (семантики) кодонам при их перекодировках, которые давно известны и которые упоминались в настоящем исследовании? Ответ дает одна из последних великолепных работ обзорного характера, где проанализированы многие странные ситуации, связанные с функциями кодонов, в том числе с фактами их перекодировок: [Pavel V. Baranov, John F. Atkins and Martina M. Yordanova. Augmented genetic decoding: global, local and temporal alterations of decoding processes and codon meaning. NATURE REVIEWS | GENETICS VOLUME 16 | SEPTEMBER 2015 | pp. 517-529]. Вот что пишут авторы относительно контекст-зависимых перекодировок кодонов, что принципиально важно для нашего исследования:
Исходный текст: "The meaning of a codon can be changed in the context of a specific mRNA or at a specific location within the mRNA. To distinguish it from codon reassignment, this phenomenon is often termed codon redefinition and is considered to be a class of recoding events. Naturally, because codon redefinition takes place in the context of a single or a subset of mRNAs, these mRNAs should have specific properties or sequence elements that distinguish them from other mRNAs".

Мой перевод: "Смысл кодона может быть изменен в контексте конкретной мРНК или в определенном месте в мРНК. Чтобы отличить исходный кодон от перекодированного кодона обращаются к явлению, часто называемому кодоновой перекодировкой. Понятно, что поскольку перекодировка происходит в контексте одной или подмножества мРНК, эти мРНК должны иметь конкретные свойства или элементы последовательностей, которые отличают их от других мРНК".

Так что же это за таинственные "конкретные свойства или элементы последовательностей" мРНК, отвечающие за перекодировки кодонов? Для авторов ответа до сих пор нет. Но ответ есть, и он прост. Белок синтезирующая система и геном в целом обладают способностью к квази мышлению и квази сознанию, поскольку использование контекстов мРНК для придания смыслов кодонам омонимам требует именно этого атрибута для белок синтезирующей системы. Надо понять смыслы мРНК, тогда будет понятна семантика кодонов омонимов. Авторы анализируемой статьи совершенно правы, и мы с ними солидарны, что концепция Ф.Крика о "замороженности" белкового кода начинает "плавиться" под напором фактов и новых идей. Вот что они пишут в связи с этим: "Crick’s ‘frozen accident’ hypothesis for the origin of the genetic code1, according to which the genetic code is not only universal but also unchangeable and unevolvable. Ironically, the time of the hypothesis formulation also marked the beginning of a series of experimental observations of various exceptions from what are known as the standard rules of the genetic decoding, leading to a ‘melting’ in perceptions of the universality of the genetic code".

Итак, что же такое 3-й воблирующий нуклеотид в кодоне? Это не только стерический "костыль", обеспечивающий большую прочность кодон-антикодоновой пары, но и Знак переключения прочтения кодонов тРНК из режима синонимии в режим омонимии и обратно. И это выводит белковое кодирование в бесконечные смысловые ареалы и открывает нам безбрежные перспективы управления метаболизмом биосистем, но при одном "маленьком" условии: мы должны понять смыслы и грамматику белковых генов.

Вода, вода и снова вода. Все о ни о чем и ничего обо всем.
Где определени квазисознания?!или квазимышление?! Просто автору хочется участвовать в чем то, но ни знаний ни доказательств у него НЕТ. На Молбил.ру над этим смеются, так он тут шебуршит.

Хайдук wrote:
ПГ: См. Таблицу.
Хайдук wrote: Охренеть можно... Даже чукчи увидели...

Поршень wrote: мадам, не забывайте главное - грязные кастрюли вас ждут.

Хайдук, ну как увидел двойное кодирование у омон-кодонов?

двойного не было, надел очки и ... снова не было ; даже дэбилу очевидно, что двойное может у дуплетов, но у триплетов его нет и в помине, поскольку насмерть увязаны со своей единственной АК и значит никакой ваш липовый "контекст" триплетов не колышет; вы что, проигрываете даже дэбилу, что ли?