In a recent paper, we showed that secondary storage can extend the range of quantum circuits that can be practically simulated with classical algorithms. Here we refine those techniques and apply them to the simulation of Sycamore circuits with 53 and 54 qubits, with the entanglement pattern ABCDCDAB that has proven difficult to classically simulate with other approaches. Our analysis shows that on the Summit supercomputer at Oak Ridge National Laboratories, such circuits can be simulated with high fidelity to arbitrary depth in a matter of days, outputting all the amplitudes.
...у больных с опухолями головы и шеи удалось обнаружить 159 характерных для них суперэнхансеров, регулирующих работу 150 генов из ассоциированных с онкологией метаболических путей. Эта находка, опубликованная в журнале Scientific Reports — еще одно подтверждение идеи того, что рак головы и шеи имеет отчасти эпигенетическую природу...
Немецкие биологи усовершенствовали систему редактирования генома «спящая красавица» — это способ доставки генов в клетку на основе мобильных элементов. Новый вариант метода позволяет избежать бесконтрольного встраивания «груза» в геном. Он работает как на взрослых, так и на стволовых клетках, а технология генной терапии CAR-T с его применением становится быстрее и безопаснее. Работа опубликована в журнале Nature Biotechnology...
...направление редактирования генома — с помощью мобильных генетических элементов, или транспозонов. Это участки ДНК, которые способны вырезать себя из одного места генома и встроить в другое — для этого они кодируют фермент транспозазу. Многие такие последовательности в нашем геноме потеряли активность со временем. Но в 1997 году ученые восстановили один из предковых вариантов транспозазы, который «замолчал» в геноме рыб миллионы лет тому назад — и назвали его «спящей красавицей», в честь долгого «сна» и внезапного «пробуждения».
«Спящую красавицу» уже пробовали использовать на клетках человека, и некоторые технологии с ее применением дошли до 1-2 фазы клинических испытаний...
...Эта система работает эффективно, но с ней есть одна трудность: она не позволяет контролировать работу транспозазы — сколько раз она сумеет встроить «груз» в геном и не попадет ли вместе с ним что-то лишнее. Поэтому клетки, которые редактируют таким способом, после этого долго — до месяца — культивируют, чтобы убедиться в том, что в них не возникло лишних мутаций. Но не каждый пациент — особенно, если речь идет о CAR-T терапии, когда в иммунные клетки «вживляют» рецептор для опухолевых белков — может прождать так долго.
Ирма Керкес (Irma Querques) и ее коллеги из Европейской молекулярной биологической лаборатории (EMBL) в Гейдельберге разработали новый вариант системы на основе «спящей» красавицы. Они предложили вводить в клетку не плазмиду с ферментом транспозазой, а белок в чистом виде. Предыдущие попытки этого добиться закончились неудачей, потому что транспозаза слипается в комки и плохо проходит через мембрану.
Исследователи заменили две аминокислоты в составе транспозазы, что сделало белок более растворимым в воде. Полученную «гипер-растворимую» транспозазу они поместили в клетки с помощью электропорации и сравнили результат с обычной плазмидой: чистый белок постепенно исчез из клеток в течение суток, а плазмида оставалась на месте по меньшей мере 5 дней. Это означает, что действие «усовершенствованной» транспозазы будет коротким, а следовательно, она сможет внести меньше лишних мутаций в геном.
Ученые опробовали свой метод на опухолевых клетках HeLa, затем на эмбриональных стволовых и на кроветворных клетках. И только после этого решили применить его в реальной технологии — CAR-T. Исследователи взяли человеческие Т-клетки и внесли в них ген химерного рецептора, который распознает В-клеточную лимфомы. Эффективность встраивания получилась около 20-30 процентов — примерно такая же, как и в реальной технологии CAR-T, которую применяют в клинике и которая основана на вирусной доставке гена.
В культуре отредактированные клетки уничтожили более 60 процентов опухолевых клеток на своем пути, а также вылечили больных лимфомой мышей в течение недели. При этом в каждой Т-клетке ученые обнаружили около 5 встраиваний гена в ДНК — это в два раза меньше, чем если бы в клетку попала кольцевая ДНК с геном транспозазы. Кроме того, ген примерно в четверти случаев встроился в «безопасные» места генома — это примерно так же часто, как если бы он встраивался случайным образом, и в 8,5 раз чаще, чем векторы на основе ВИЧ.
Авторы работы отмечают, что их новая система может продвинуть редактирование с помощью транспозазы в клинических исследованиях. Она работает безопаснее, чем предыдущие аналогичные методы, но позволяет переносить больший груз, чем точечные редакторы вроде CRISPR/Cas9. Идеальным вариантом, по мнению исследователей, стала бы синтетическая конструкция, которая сочетает в себе точность CRISPR/Cas9 и низкое число осечек транспозазы.
...
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Нояб 2019 18:36 #8920
Хайдук wrote:
неужели красавицу... того... во сне?
На приеме психиатр показывает Хайдуку лист, на котором нарисован
треугольник, и просит рассказать о том, что он видит на рисунке.
- Ну, это совсем просто, доктор! - отвечает Хайдук. Это дом, в котором
двое занимаются любовью.
- Хм. Интересно. А это что? - спрашивает доктор, показывая квадрат.
- А это кровать, на которой двое занимаются любовью.
- Очень интересно. А это, по-вашему, что? - интересуется доктор и рисует
на листе круг.
- А это бассейн, в котором двое занимаются любовью.
- Ну а это что такое? - доктор показывает лист с изображением зигзага.
- Доктор! Да Вы просто сексуальный маньяк!
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
05 Нояб 2019 21:20 #8922
limarodessa wrote:
Авторы работы отмечают, что их новая система может продвинуть редактирование с помощью транспозазы в клинических исследованиях. Она работает безопаснее, чем предыдущие аналогичные методы, но позволяет переносить больший груз, чем точечные редакторы вроде CRISPR/Cas9. Идеальным вариантом, по мнению исследователей, стала бы синтетическая конструкция, которая сочетает в себе точность CRISPR/Cas9 и низкое число осечек транспозазы.
Эти редактирования - и это, и crispR Cas9 слепые или полуслепые - куда транспозицируются транспозоны и Cas нуклеазы - они сами не знают. Бьют часто мимо цели (off target). мШЭИ точно знает куда. Почему, не понятно. Думать надо физикам. Но главное - ЗНАЕТ.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
06 Нояб 2019 07:47 #8925
limarodessa wrote:
- А это бассейн, в котором двое занимаются любовью.
- Ну а это что такое? - доктор показывает лист с изображением зигзага.
- Доктор! Да Вы просто сексуальный маньяк Хайдук!
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
11 Нояб 2019 09:29 #8936
а что скажет уважаемый Пётр Петрович на такой вброс? Будет он глотать эстроген, для отращивания бюста, или воспользуется мощью вихревого генома катушек Мишина?
Грипп и ОРВИ, постепенно подрывая здоровье, сокращают на несколько лет среднюю продолжительность жизни человека. www.sunhome.ru/journal/116638
Ученые из Университета Джонса Хопкинса в США определили, что мужской грипп существует. Во-первых, женщины обладают более высоким болевым порогом, что известно уже давно. Он помогает им лучше переносить боли во время родов. Во-вторых, в женском организме отмечается более высокий уровень полового гормона эстрогена, который защищает представительниц прекрасного пола от самых агрессивных проявлений гриппа.
Эстроген подавляет способность вируса воспроизводиться и тем самым наращивать свое присутствие в организме. Данное открытие имеет большое практическое значение. Использование эстрогена в терапевтических целях
=
Когда у 48-летнего англичанина Джонни Нормала появились кашель и высокая температура, то он со смехом говорил жене, что стал жертвой мужского гриппа. Это шутливое название простудных заболеваний, при которых мужчины резко преувеличивают свои страдания, чтобы вызвать симпатию и сочувствие близких. Однако через несколько недель жертва мужского гриппа оказалась в искусственной коме, и врачи сообщили его родственникам, что им, возможно, придется отключить аппараты жизнеобеспечения.
Это стало страшной реальностью после того, как грипп Джонни перерос в пневмонию, при которой инфекция вызвала отек тканей легких, что способствовало трудностям с дыханием. Врачи беспокоились, что мозг Джонни необратимо поврежден из-за нехватки кислорода, и он никогда не сможет очнуться. Сканы также показали, что несчастный мужчина перенес инсульт, вызвавший паралич левой части тела.
Все прогнозы были неутешительными, но к большому удивлению врачей и счастью родственников, которые уже пришли попрощаться с Джонни, мужчина продемонстрировал признаки жизни, а через несколько дней вышел из комы. Эта жертва инсульта следующие 6 месяцев заново училась ходить и говорить, и в настоящий момент он все еще находится дома, восстанавливаясь после тяжелейшей болезни.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
11 Нояб 2019 10:40 #8937
Викторович wrote:
а что скажет уважаемый Пётр Петрович на такой вброс? Будет он глотать эстроген, для отращивания бюста, или воспользуется мощью вихревого генома катушек Мишина?
Грипп и ОРВИ, постепенно подрывая здоровье, сокращают на несколько лет среднюю продолжительность жизни человека. www.sunhome.ru/journal/116638
У меня отработано за десятилетия - утром 1,5 - 2 часовая тренировка в виде бега или ходьбы 1 час, затем силовая зарядка с отжиманиями, приседаниями, качанием пресса, турником.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
11 Нояб 2019 10:50 #8938
Скромнее стал пользователь "Петрович", уже на хвастается 200 "отжиманий" за пять секунд или кросс 5 км за одну минуту, а проще... тренировка в виде ходьбы 1 час.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
11 Нояб 2019 10:53 #8939
nonlocality wrote:
У меня отработано за десятилетия - утром 1,5 - 2 часовая тренировка в виде бега или ходьбы 1 час, затем силовая зарядка с отжиманиями, приседаниями, качанием пресса, турником
