Петрович, народу обидно за третий нуклеотид: из главного, определяющего АМК, он стал стерическим костылем.
Только для вас отвлекусь на минуту. Это костыль, с одной стороны, но с другой - драгоценный переключатель чтения кодонов с режима синонимов на режим омонимов и обратно. Со всеми смысловыми последствиями. Мал золотник, да дорог.
в общем Владимирович, делайте выводы сами для себя кто Вы и как выглядят Ваши огрызки в мой адресс..
"Да ты, холоп, не уймешься" (с)
Поймите, тупой Вы наш, если бы Вы ограничивались только всякими околонаучными рассуждениями по теме, то и ладно.
Проблема в том, что
1. Вы очень хотите поучаствовать в беседе. Аж слюна течет, как хотите.
Но когда не хватает знаний, Вы зачастую несете массовый оффтоп, а в моменты буйства и откровенный флуд.
Очень много занудных повторов, загаживающих тему.
Когда это все сносится в другую тему, вопите.
2. Постоянно упоминаете других всуе в поста, переходите на личности.
Аж слюна течет, как хотите обратить на себя внимание.
Это латентный эксгибиционизм, Дмитрий, у Вас. Вам надо лечиться.
Вот избавитесь от вышеуказанного и приходите. Тогда и фэйсконтроль пройдете
Это костыль, с одной стороны, но с другой - драгоценный переключатель чтения кодонов с режима синонимов на режим омонимов и обратно.
Кстати отметим очередную нестыковочку. Третий нуклеотид статичен, неизменен, а значит переключателем в принципе быть не может. Переключатель должен иметь способность находится в двух состояниях. Например химическая модификация нуклеотида может работать переключателем или еще что.
Обратить внимание тут следует исключительно на одного - "холопа без фейсконтроля с размазанными слюнями по всей морде", которые Вы уважаемый с радостью растираете тут, в виде культивации персоны Гаряева, так что про эксгибиционизм ППГ, да и свой лучше подумайте, с вашими многозначиными ничего не значащими репликами и заявлениями и типа компетенции, как в мой адрес, так и в адрес других участников.
У вас то хоть когда то свои мысли и идеи были? кроме перекачки макулатуры из интернета на этот "просветительский" свой рессурс?...
Петрович, народу обидно за третий нуклеотид: из главного, определяющего АМК, он стал стерическим костылем.
Только для вас отвлекусь на минуту. Это костыль, с одной стороны, но с другой - драгоценный переключатель чтения кодонов с режима синонимов на режим омонимов и обратно. Со всеми смысловыми последствиями. Мал золотник, да дорог.
Петр Петрович, в последний раз отвлекитиесь на пост 1152
Дмитрий, не отвлекайтесь на замечания оппонентов. Они закостенели в своих догмах и рутинных делах. Естественно Ваш свежий взгляд, или взгляд "Чукч..", резко шевелит это " болото". Возразить им по сути нечего. Так как пишет тот же "Чукча..." произошло изменение двоичного варианта генетического кода на более универсальный ...
..."появления вариантов квадруплетного и квинтиплетного декодирования. Он пока застрял на эволюции двойки декодирования в тройку"...
Этот вариант изменения "мерности" декодирования и есть сама гипотеза ППГ, так им бездарно озвученая. Варианты много мерной оптимальности имеют место с множествами примеров что это возможно.
Тут надо отделять Этот Вариант гипотезы, от практики. Сама Гипотеза и говорит - ЭМ-рой на самом деле воздействует на порядок расположения различных РНК в пространстве, и это отображение в некоторых случаях дает не нулевой эффект, и играет роль "энергетической" смазки многих процессов в клетке.
Полагаю(???), что «нужен контекст всей мРНК» имелось в виду, что третий нуклеотид в омонимах, участвует в «смыслах» всей мРНК (он же принадлежит мРНК)
Кодон-антикодоновая пара - это их комплементарные 3'-5' нуклеотиды. 5' нуклеотид принадлежит мРНК как буква в ее тексте. И в этом смысле он участвует в создании смыслового контекста, задающего семантику дублету кодона омонима.
Вика, поздравляю с глубоким вопросом!
Не отвлекайтесь уважаемый nonlocality - идите проводите опыты, и читайте литературу (в жидком виде) вместе с Олегом по вечерам. Не мешайте пользователю РР перейти к анализу Наших скромных взглядов на суть вещей в этой куче, и появившихся данных от воздействия ЭМ-роя на результаты новых остро-топорных всходов, правда это происходит в другой ветке на опыте с ШтормГлассе (где пытается его провести сам Олег).
ps Ничто не стоит так дорого как простые радости жизни.
Это костыль, с одной стороны, но с другой - драгоценный переключатель чтения кодонов с режима синонимов на режим омонимов и обратно.
PP wrote:
отметим очередную нестыковочку. Третий нуклеотид статичен, неизменен, а значит переключателем в принципе быть не может. Переключатель должен иметь способность находится в двух состояниях. Например химическая модификация нуклеотида может работать переключателем или еще что.
напрашивается вопрос: почему 3-ий щеголяет якобы "переключателем" только для половины (8) дуплетов? 3-ий переключает АК, но никак НЕ некие "омонимию/синонимию дуплетов"; вообще бессмысленно говорить о таких среди дуплетов, имеем только синонимы среди триплетов из-за большой избыточности кода, 64 кодона супротиф 20-ти АК. По-видимому, дуплеты вообще НЕ пляшут и значит не стоит о них заикаться всуе
И в этом смысле он участвует в создании смыслового контекста, задающего семантику дублету кодона омонима.
Бла бла бла. В чем эта семантика проявляется экспериментально?
РР,пару лет назад мне показывали статью, которую я прочла по диагонали, но перевод, чему статья была посящена у меня остался. Я порылась в своих архивах - нашла только чей-то перевод об чем. Нашла ссылку и на саму статью (вроде она самая). www.readcube.com/articles/10.1038/nature...action=preview_click
Теперь чей-то краткий перевод об чем:
...предоставляют новые интересные свидетельства, что, по крайней мере, некоторые виды могут изменять способ функционирования их биологических часов при помощи использования разных синонимичных кодонов, существующих в их генетическом коде.
Раньше считалось, что синонимичные кодоны взаимозаменяемы, но недавно выяснилось, что это не так и выбор определённого кодона оказывает влияние на клеточные процессы. Учёные стали выдвигать большое количество идей о роли, которую играют эти вариации.
Известно, что с некоторых кодонов информация считывается проще, и белки собираются быстрее, чем в случае использования других кодонов. Обнаружение этой разницы привело к созданию концепции оптимальных кодонов и гипотезе, что в ходе эволюционного отбора получают преимущество те организмы, особенно в случае быстрорастущих организмов, которые используют оптимальные кодоны для создания синтеза наиболее важных белков, которые должны быть синтезированы быстро или в большом количестве.
Однако исследование, проведённое в Университете Вандребильта, показало несоответствие между этой гипотезой и реальным положением вещей. Учёные оптимизировали кодоны биологических часов цианобактерий и более сложных часов хлебной плесени, и в результате этого эксперимента часы хлебной плесени остановились. У цианобактерий их работа продолжалась, но выживаемость клеток при определённых температурах значительно уменьшилась. Кроме того, замена изменила функционирование биологических часов бактерий так, что они перешли на 30-часовой период, а когда они были индуцированы работать 24-часовом цикле, они росли значительно медленнее, чем клетки «дикого типа».
Исследователи заключили, что белки часов в грибах собираются неправильно, если они синтезируются слишком быстро.
Качните статью, Петровичу будет о чем подумать и мне тож. За представленный перевод -не ручаюсь, бо ней мой, но содержание статьи этот перевод не должн (вроде) искажать. Лишь бы я в ссылке не промахнулсь..
Кстати отметим очередную нестыковочку. Третий нуклеотид статичен, неизменен, а значит переключателем в принципе быть не может. Переключатель должен иметь способность находится в двух состояниях. Например химическая модификация нуклеотида может работать переключателем или еще что.
PP, 3-й нукл-д омонима в роли переключателя смыслов не обязательно должен менять свое физическое состояние, также как дорожный знак "поворот направо" не меняет собств. физ. состояние, но меняет сознание читающего. Также и 3-й, будучи неизменным элементом контекста, может быть знаком поворота смысла кодона. Это зависит от других букв, составляющих контекст мРНК. 3-й говорит: внимание сейчас пойдет полная фраза, которая вам укажет смысл данного омонима.
РР,пару лет назад мне показывали статью, которую я прочла по диагонали, но перевод, чему статья была посящена у меня остался. Я порылась в своих архивах - нашла только чей-то перевод об чем.
Мне кажетрся это немного из другой оперы. Если не ошибаюсь, то народ в этой области интересуется вопросом зачем нужно чтобы эффективность трансляции отличалась между кодонами синонимами, на что это влияет ... А нужно это, чтобы например в условиях стресса синтезировались более важные для организма белки, те что покороче и состоят из наиболее эффективно транслируемых кодонов.Вика wrote:
PP, 3-й нукл-д омонима в роли переключателя смыслов не обязательно должен менять свое физическое состояние, также как дорожный знак "поворот направо" не меняет собств. физ. состояние, но меняет сознание читающего.
Соглашусь, что тут возможно переключение, но только последующей трансляции, а не трансляции самого кодона. Например в вашем примере знак поворота статичен он всегда один и тот же, но увидев его часть водителей снизит скорость, а часть нет. Продолжая анологию, менялась бы аминокислотная последоватеьность после знака. А Гаряев вам пытается продать идею, что на знаке магическим способом поменялось направление стрелки. Это невозможно, для этого нужна химическая модификация.
Впрочем еще товарищами Криком и Нирнбергом было установлено, что ничего подобного не происходит в реальности, и следующий кодон кодирует одну и ту же аминокислоту вне зависимости от того, на какую букву оканчивался предыдущий кодон, кодону соответствует одна и только одна аминокислота. Это экспериментальный факт - так что это пустой абсолютно разговор.
PP, 3-й нукл-д омонима в роли переключателя смыслов не обязательно должен менять свое физическое состояние, также как дорожный знак "поворот направо" не меняет собств. физ. состояние, но меняет сознание читающего. Также и 3-й, будучи неизменным элементом контекста, может быть знаком поворота смысла кодона. Это зависит от других букв, составляющих контекст мРНК. 3-й говорит: внимание сейчас пойдет полная фраза, которая вам укажет смысл данного омонима.
не понял о чем талдычите, Вика, но это факт, что не будь 3-ей буквы какая она есть соотвествующую ей аминокислоту рибосома ни за что НЕ состряпала бы даже во снах
РР,пару лет назад мне показывали статью, которую я прочла по диагонали, но перевод, чему статья была посящена у меня остался. Я порылась в своих архивах - нашла только чей-то перевод об чем.
Мне кажетрся это немного из другой оперы. Если не ошибаюсь, то народ в этой области интересуется вопросом зачем нужно чтобы эффективность трансляции отличалась между кодонами синонимами, на что это влияет ... А нужно это, чтобы например в условиях стресса синтезировались более важные для организма белки, те что покороче и состоят из наиболее эффективно транслируемых кодонов.
PP, понимаете, статья о которой я говорю (надо и эту посмотреть) указывала на то, что при замене синонимических кодонов менялся признак. Такого теоретически не должно быть. То, что достигалась оптимальность трансляции за счет эволюции - тут ясно, никто не спорит.
PP, понимаете, статья о которой я говорю (надо и эту посмотреть) указывала на то, что при замене синонимических кодонов менялся признак.
Мне всю статью если честно читать лень. Я наискосок по абзацу смотрел.
Here we show that in the cyanobacteriumSyne-chococcus elongate, non-optimal codon usage was selected as apost-transcriptional mechanism to switch between circadian andnon-circadian regulation of gene expression as an adaptive responseto environmental conditions...
Moreover, these results show the direct effects ofcodon usage on a complex phenotype and organismal fitness. Ourwork also challenges the long-standing view of directional selectiontowards optimal codons, and provides a key example of natural selection against optimal codons to achieve adaptive responses to environmental changes.
Это как раз то, о чем я писал выше. Грубо говоря замена кодона на синоним меняет не белок, а возможную скорость его синтеза, что очевидно имеет физиологическое значение, например в условиях конкуренции за аминокислоты этот белок вобще синтезироваться не будет. Могу конечно ошибаться, давно все это было, когда я занимался биологическим приложениями.
Тут интересен процесс эволюции от двузначного ( реликтового варианта) кода к современному и возрастание вспомогательной роли дополнительных РНК, и вероятность появления вариантов квадруплетного и квинтиплетного декодирования. Это называется - Расширение возможностей. Вот этот механизм как мне кажется и не расшифрован мЭтром, а затуманен словоблудием типа "смыслы", а право выбора нужного варианты из набора этих РНК (ЭМ-роя по "Чукчам..") заменено на "контекст". Если это верно, то "Чукотская группа" вполне разумно ищет варианты на право "первой ночи" или выбора последовательностей РНК для работы с рибосомой. Вариант "управляемого" входа реальных РНК для дальнейшей работы, и "водородного" или ЭМ смазывания всех механизмов в действии, как и заметил форумный остряк ППГ - вместо тасола.
Соглашусь, что тут возможно переключение, но только последующей трансляции, а не трансляции самого кодона. Например в вашем примере знак поворота статичен он всегда один и тот же, но увидев его часть водителей снизит скорость, а часть нет. Продолжая анологию, менялась бы аминокислотная последоватеьность после знака. А Гаряев вам пытается продать идею, что на знаке магическим способом поменялось направление стрелки. Это невозможно, для этого нужна химическая модификация.
Впрочем еще товарищами Криком и Нирнбергом было установлено, что ничего подобного не происходит в реальности, и следующий кодон кодирует одну и ту же аминокислоту вне зависимости от того, на какую букву оканчивался предыдущий кодон, кодону соответствует одна и только одна аминокислота. Это экспериментальный факт - так что это пустой абсолютно разговор.
С утра только глянула первую часть. Счас- втыкая во вторую. Пример с дорожным знаком - лишь пример того, что переключатель может быть статичным, а не динамичным. Однако, в этой статике содержится "информационность":направо, налево и т.д. О предыдущем и последующем..и их корреляции...ну не совсем так буквально. Полагаю, какой он - контекст мРНК и Гаряев не знает, т.е. принципы кодирования мРНК (не АМК), однако, на молекулярном уровне -контекст есть(много раз говорили об этом), не исключено, что и тайный смысл откроется.
Полагаю, какой он - контекст мРНК и Гаряев не знает, т.е. принципы кодирования мРНК (не АМК), однако, на молекулярном уровне -контекст есть(много раз говорили об этом)
Говорить одно, а показывать совсем другое. В далекие времена, когда код еще не был известен, рассматривалось много возможностей, даже перекрывающиеся кодоны рассматривали. Эксперимент показал, что контекст не влияет (за редкими исключениями) на соответствие кодон -> аминокислота.
напрашивается вопрос: почему 3-ий щеголяет якобы "переключателем" только для половины (8) дуплетов? 3-ий переключает АК, но никак НЕ некие "омонимию/синонимию дуплетов"; вообще бессмысленно говорить о таких среди дуплетов, имеем только синонимы среди триплетов из-за большой избыточности кода, 64 кодона супротиф 20-ти АК. По-видимому, дуплеты вообще НЕ пляшут и значит не стоит о них заикаться всуе 
откроется. 