Ключевое слово
15 | 01 | 2019
Новости Библиотеки

Шахматы онлайн

Чессбомб

Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: искусственная бактерия Крейга Вентера

искусственная бактерия Крейга Вентера 23 Май 2010 12:17 #61

  • Автор: Чукча
  • Автор: Чукча's Avatar
Чукча не профессор чукча оленевод ...
Но песня тут не об этом
Песня тут о Силиконовом Геноме и Фантомной Теории как построение управления на оной молекуле ... вернее о прорывных моментах в этом направлении ...

искусственная бактерия Крейга Вентера 23 Май 2010 12:19 #62

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Чукча написал(а):
Песня тут о Силиконовом Геноме и Фантомной Теории как построение управления на оной молекуле ... вернее о прорывных моментах в этом направлении ...
Эта песня в данной теме является оффтопиком.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 13:48 #63

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Посадник
  • Posts: 34468
  • Thank you received: 74
  • Karma: 21
mittelspiel, сумел ли чужой геном Вентера полностью поменять свой новый дом-клетку и промоделировать под свой старый дом-клетку? Существенны ли изменения, заложенные первоначально Вентром и последующие мутации генома в процессе деления клетки-гибрида под управлением этого чужого генома?

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 14:12 #64

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Хайдук написал(а):
mittelspiel, сумел ли чужой геном Вентера полностью поменять свой новый дом-клетку и промоделировать под свой старый дом-клетку? Существенны ли изменения, заложенные первоначально Вентером и последующие мутации генома в процессе деления клетки-гибрида под управлением этого чужого генома?
В старой клетке остались старые белки, в том числе такие которые могут резать и модифицировать ДНК. А новых белков которые закодированы в новой ДНК в старой клетке не было. В процессе конфликта нового генома и старой клетки произошло как изменение клетки так и изменение генома. И получившаяся в результате бактерия представляет собой что-то премежуточное между перавой бактерией от которой взяли клетку и второй бактерией от которой взяли геном. Но поскольку обе бактерии исходно слабо отличались по функционированию, обнаружить отличия в третьей получившейся бактерии довольно трудно.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 14:18 #65

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
вы имеете что-то сказать про бактерию Крейга Вентера?
Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome
/ www.sciencexpress.org / 20 May 2010 / Page 1 / 10.1126/science.1190719

Daniel G. Gibson,1 John I. Glass,1 Carole Lartigue,1 Vladimir N. Noskov,1 Ray-Yuan Chuang,1 Mikkel A.
Algire,1 Gwynedd A. Benders,2 Michael G. Montague,1 Li Ma,1 Monzia M. Moodie,1 Chuck Merryman,1
Sanjay Vashee,1 Radha Krishnakumar,1 Nacyra Assad-Garcia,1 Cynthia Andrews-Pfannkoch,1 Evgeniya A.
Denisova,1 Lei Young,1 Zhi-Qing Qi,1 Thomas H. Segall-Shapiro,1 Christopher H. Calvey,1 Prashanth P.
Parmar,1 Clyde A. Hutchison III,2 Hamilton O. Smith,2 J. Craig Venter1,2*
1The J. Craig Venter Institute, 9704 Medical Center Drive, Rockville, MD 20850, USA. 2The J. Craig Venter Institute, 10355
Science Center Drive, San Diego, CA 92121, USA.
*To whom correspondence should be addressed. E-mail: Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.


Это моё письмо Крейгу Ветеру по указанному имэйлу. Пришел автоматический отказ. Вывод – имэйл есть имитация. Крэйгу не нужны никакие комментарии, тем более, что просматриваются теоретические ошибки, приведшие к неубедительным доказательствам идентичности Донора и полученного Реципиента искусственного генома.

Итак, -

Что сделала команда Крэйга Вентера:
«Мы сообщаем о проектировании, синтезе и сборке генома 1,08-
Mbp Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0, начиная с оцифрования информации о геномной последовательность и ее трансплантации в клетки реципиента Mycoplasma capricolum
для создания новых клеток Mycoplasma mycoides, которые контролируются только синтетическими хромосомами. ДНК в (полученных, донорных) клетках является уже (искусственно) синтезированной ДНК последовательностью, включающей водяные знаки и другие структуры – делеции, полиморфизмы и мутации, получаемые в ходе построения (искусственной геномной ДНК). Новые клетки, как ожидалось, проявили фенотипические свойства и способны к непрерывному самовоспроизведению»

ППГ: здесь непонятность. С одной стороны, они говорят, что делеции, полиморфизмы и мутации введены заранее, как следует из приведенного абстракта. С другой, утверждают далее, что они получены в процессе пребывания искусственных геномов в клетках, полученных de novo. И потом, что за незаконченность во фразе «Новые клетки, как ожидалось, проявили фенотипические свойства и способны к непрерывному самовоспроизведению». Фенотипические свойства чего? Донора? Непонятно.

Острый фундаментальный и не решенный вопрос, поставленный командой Вентера:
«Усилия, предпринятые, чтобы понять все новую геномную информацию, породили
множество новых расчетных и экспериментальных парадигм, тем не менее, наши знания генома остаются весьма ограниченными. Ни одна клеточная система, имеющая все ее гены, не может быть понята с точки зрения их биологической роли. Даже в простых бактериальных клетках, весь ли генетический репертуар содержат хромосомы? Если да, то может ли полная генетическая система быть воспроизведена химическим синтезом, начинаемым только с цифровой последовательности ДНК, которая содержится в компьютере?»

ППГ: очень сильное утверждение, противоречащее существующей парадигме, что роль
Генов абсолютно ясна, они-де отвечают за все с помощью синтезируемых белков и РНК. Это в точности совпадает с нашей позицией – не ясна роль генов в существующем понимании. Это понимание должно быть расширено. Крэйг и его команда ставят фундаментальный вопрос – искусственный, химически синтезированный, геном тождественен ли полной генетической системе? Фактически, но неявно, звучит сомнение в ПОЛНОТЕ информации химического искусственного генома… В этой связи вспоминаем игнорируемую научным официозом предсмертную фразу Ф.Крика, отца модели ген. кода: «генетический код НЕ ИМЕЕТ очевидного смысла», т.е. он имеет и НЕОЧЕВИДНЫЙ смысл. Какой? Мы постулируем, что неочевидный смысл связан с реально текстовым информационным содержанием генов, что позволяет снять явное противоречие канон-таблицы генетического кода белков в части однозначности кодирования аминокислот и стоп-позиций НЕ СИНОНИМИЧЕСКИМИ (омонимическими) кодонами www.wavegenetics.jino-net.ru/zip/Gkod-Slognee.zip ; www.wavegenetic.ru/Petr_Gariaev.pdf .

Дополнительные искусственные добавки к донорной ДНК последовательности, введенные командой Крэйга Вентера:
«В качестве меры различия синтетического генома в сравнении с исходным геномом, команда создала водяные знаки в синтетическом геноме. Это короткие ДНК последовательности, вводимые или заменяющие хозяйские и кодирующие белки, как правило, не встречающиеся в природе. Другие изменения, сделанные командой - в синтетическом геноме нарушены некоторые гены, чтобы заблокировать инфекционность».

ППГ: Команда считает, что «водяные знаки» и нарушения в природных генах (кстати, какие нарушения? Не указано) НЕ МЕНЯЕТ исходных функций ДНК в клетке-реципиенте. Вот тут-то и обнаружилась принципиальная ОШИБКА команды, как мне представляется. Введение новых, чуждых нативному геному, ДНК последовательностей меняет весь контекст генома. Это не понимает «классика», не понимают «трансгенные инженеры», не понимает и команда Вентера. В итоге, к чему это привело? Они получили искусственный геном, ввели его в клетки-реципиенты, извлекли его, секвенировали и получили следующее (вольный перевод – в скобках поясняющие слова, компенсирующие отсутствие полного контекста):

«(Нами) был секвенирован однократно трансплантированный геном из sMmYCp235.
Мы называли этот штамм (линию) M.mycoides JCVI-syn1.0. (Полученная ДНК) последовательность соответствует предполагаемому дизайну, за исключением известных полиморфизмов, 8 новых одиночных нуклеотидных полиморфизмов, инсерции вставки транспозона E.coli, а также 85-BP дублирования (таблица S1). Вставка транспозона в точности совпадает с размером и последовательностью транспозона IS1 в E.coli. Вполне вероятно, что IS1 инфицировал 10-кб суб-сборку, что произошло вслед за введением (искусственного генома) в E.coli. ….. (Еще) две (наши) вставки повредили два гена, которые, очевидно, не существенны. Мы не нашли последовательности в синтетическом геноме, которые могут быть определены как принадлежащие M. capricolum. Это свидетельствует о том, что была полная замена генома M. capricolum нашим синтетическим геномом в процессе трансплантации».

ППГ: De facto M.mycoides JCVI-syn1.0 совершила ряд неожиданных манипуляций со своим новоиспеченным геномом – это мутации, удвоение генов и включение в свой состав транспозона E.coli. Почему совершила? Команда Вентера никак не комментирует это, также как и роль этого факта. А факт существеннейший. Это возникновение в новоиспеченном геноме чуждых ему ДНК последовательностей. Команда, тем не менее, считает, что такие геномные автоманипуляции не существенны и никак не отражаются на физиолого-биохимическом статусе искусственных клеток. Так ли это? Не так. Скорости роста колоний Донора и Реципиента несколько различались.

Были получены существенные, но проигнорированные неопределенности:
«Белковый анализ M. mycoides JCVI-syn1.0 и WT контроль (YCpMmyc1.1) 2-мерным гель-электрофорезом показал почти идентичные структуры белковых паттернов (рис. S4) и они четко отличаются от тех, о которых ранее сообщалось для M. capricolum (10). Четырнадцать генов были удалены или нарушены в M. mycoides JCVI-syn1 геноме, однако скорость появления колоний на агаре пластин и морфологии колоний близки (сравните рис. 5а и б). Мы наблюдаем незначительные различия в темпах роста по изменении единиц цветности проб в трансплантатах JCVI-syn1.0, растущие чуть быстрее, чем MmcyYCp1.1 контрольного штамма»

ППГ: при всей благожелательности к блестящей работе авторов, видны натяжки
отсутствия статистической обработки материала. Вместо этого – «почти», «близки»,
«незначительные различия», «чуть быстрее». Эти, казалось бы, мелочи, при детальном анализе, на более обширном материале, могут дать пищу для размышлений такого рода.
Как уже говорил, НЕ метафорическая текстовость геномов по генам, кодирующим белки,
И ПО ДРУГИМ ДНК последовательностям (в данном случае по «водяным знакам», транспозону, мутациям генов – всё это чуждо исходному геному-донору, и может (и должно) привести к РАЗЛИЧИЯМ между исходным и искусственным штаммами. Что и наблюдалось, но как бы игнорировалось в силу малых различий. Мера различий никак не оценена. Все это порождает, нет, не скепсис, наоборот, - выводит нас в другой мир генетического кодирования на других, реально текстовых основах. Вполне вероятно, что полученное НЕ СХОДСТВО штаммов косвенно подтверждает одну из ключевых, доказываемых нами, позиций в генетике, а именно ЛИНГВИСТИЧНОТЬ геномов. И соответственно, получаем поддержку иного – расширенного толкования генетической информации и способов её кодирования. Группа Вентера получила результаты на одноклеточных биосистемах, где роль текстовых атрибутов генома выражена еще относительно слабо. Переход на многоклеточные, высшие, биосистемы выявит целый ряд факторов, не учитывать которые нельзя. Эти следующие факторы, предполагаемые и постулированные нами www.wavegenetic.ru/Petr_Gariaev.pdf

1. Голографичность генетической информации
2. Её более выраженная лингвистичность
3. Её квантовая нелокальность
4. Квантовый компьютинг генома

Вентер действительно получил искусственную живую бактерию. Но, похоже, не ту, которую ожидал. Что видно из уклончивых фраз и отсутствию соответствующих контролей. Великие иногда тоже подвирают... Получил ... честь ему и хвала. А то, что Федот, да не тот - за это ему отдельное спасибо. Федот-нетотовство - не менее важный факт, чего Вентер не понимает. Измененный контекстный пейзаж ДНК в новых клетках - синтиях ДОЛЖЕН поменять белковый набор в них, по сравнению с донорными клетками. У синтий поэтому должен быть несколько другой метаболизм и физиология, что УЖЕ отобразилось в неохотно признаваемых различиях между донором и реципиентом - в скорости роста и др. показателях, чего БЫТЬ НЕ ДОЛЖНО, если следовать классике генетики и мол. биологии.

Сдержанность Вентера в статье не по результату. Здесь они однозначны: ... Мы не нашли последовательности в синтетическом геноме, которые могут быть определены как принадлежащие M. capricolum. Это свидетельствует о том, что была полная замена генома M. capricolum нашим синтетическим геномом в процессе трансплантации». Да, полная замена генома. Введенные ими водяных знаки (маркерные фрагменты ДНК, а почему бы просто не дать радиоактивную метку? и появившийся непонятно как транспозон E.coli и, как возможное следствие, мутации плюс инактивация ими генов, оветственных за инфекционность - что все это значит для нового генома? Это и привело к НЕ ТОЖДЕСТВЕННОСТИ его исходному донорному геному. Иными словами, геном новый и клетки новые, не тождественные исходным Донорным. Получилось нечто «ни в мать, ни в отца, а в проезжего молодца». В роли последнего выступили новые ДНК последовательности, введенные искусственно, мутантные гены от Донора и транспозон E.coli, а также удвоенные гены. Следствие этого, которое наиболее интересно для нас, но не интересует команду Вентера, точнее, они не понимают этого следствия, вот в чем. Поменялся КОНТЕКСТНЫЙ ПЕЙЗАЖ ДНК нового генома и результат этого – смена смыслов некоторых мРНК и, соответственно, семантики некоторых омонимичных кодонов. Следствие этого – синтез фракций новых белков, несколько меняющих метаболизм и физиологию синтий по сравнению с донорными клетками, с их геномом-пробразом синтетического генома синтий. Вот реальное проявление лингвистичнсти НОВОГО генома и, соответственно, переоценки семантики части омонимических кодонов с последующим синтезом некой, может быть, небольшой фракции белков, чуждых метаболизму Донора. Как это может происходить дано в конце монографии
www.wavegenetic.ru/Petr_Gariaev.pdf . Это важное подкрепление идеи лингвистического, реально текстового (не метафорического) вектора работы геномов на уровне биосинтеза белков.
Таким образом, резюмируя, можно сказать – команда Вентера действительно получила новые «синтетические» клетки, но они, скорее всего, не идентичны клеткам с геномом-пробразом. Получилась новая линия микоплазмы, фактически – мутант. Подспудно команда это чувствует, поэтому столь неопределенны их доказательства якобы тождественности Донорных клеток и созданных de novo Реципиентных клеток. Но для доказательства идеи реальной лингвистичности геномов биосистем и связанного с этим неизвестного ранее вектора работы белок синтезирующей системы - это необычайно важно.
Last Edit: 25 Сен 2014 16:42 by Vladimirovich.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 14:21 #66

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Вот очень толковый комментарий Гельфанда, совпадающий в главном с моей позицией:


trv-science.ru/2010/05/25/ximery-krejga-ventera/#more-5190
Химеры Крейга Вентера
25 мая 2010 г. ТрВ № 54, c. 12, На передовой
Михаил Гельфанд
Рубрика: Исследования
Комментариев нет

Крейг Вентер. Фото PLoS
За две последние недели в молекулярной биологии случилось сразу два важных события, заполонивших новостные ленты. Во-первых, была определена последовательность генома неандертальца и выяснилось... ну, в общем, такое выяснилось... Но об этом в другой раз, а сейчас — про вторую сенсацию, «искусственную бактерию» Крейга Вентера (J. Craig Venter).
Подавляющее большинство комментариев в интернет-СМИ говорило о «бактерии из компьютера», «искусственной жизни» и тому подобных устрашающих — ну, или вдохновляющих — материях. Этому немало способствовал сам Вентер, в многочисленных интервью упиравший как на возможные биотехнологические приложения новой технологии, так и на философские проблемы. Что же все-таки было сделано, в чем состоит достижение и на каком участке пути к созданию бактерий с наперед заданными свойствами «с нуля» мы теперь находимся?
Пятнадцать лет назад, в октябре 1995 г., была определена последовательность генома паразитической бактерии Mycoplasma genitalium. Он составлял 580 тыс. пар нуклеотидов и содержал 480 белок-кодирующих генов. Это не рекорд — наименьший из опубликованных геномов, Carsonella rudii, имеет длину 160 тыс. пар нуклеотидов и кодирует 182 белка, но разница в том, что карсонелла может жить только внутри другой клетки (это эндосимбионт насекомых), а микоплазма может быть выращена в пробирке. Тогда же целый ряд ученых заинтересовался тем, а какой набор генов действительно минимален. Эту проблему можно изучать с двух сторон. Наши соотечественники Евгений Кунин и Аркадий Мушегян из Национального центра биотехнологической информации США, а потом и другие группы применяли биоинформатический подход, основанный на предположении, что если ген встречается во всех бактериях, он необходим. Параллельно развивались экспериментальные методы: гены разрушали случайными вставками и проверяли жизнеспособность полученных мутантов. В частности, в 1999 г. группа Вентера провела такой анализ для микоплазмы и показала, что около сотни ее генов не обязательны для роста в лабораторных условиях.
После этого Вентер поставил перед собой задачу создать бактерию с минимальным геномом. Для этого надо было решить целый ряд сложных технических задач. Использовать разрушение генов плохо: получится геном с минимальным набором генов, но большим количеством обломков, что неэкономично и некрасиво. Эффектнее и эффективнее казалось взять существующую бактерию, удалить из бактериальной клетки ее собственный геном, и вставить новый. Но для этого надо, чтобы новый геном заработал со старым аппаратом клетки — с него должны нормально считываться белки. И надо уметь синтезировать очень длинные фрагменты ДНК.

Mycoplasma genitalium. Фото с сайта www.rmj.ru
Оказалось, что работать удобнее с другой микоплазмой, Mycoplasma capricolum. Ее собственный геном больше, но это и не важно — он же все равно будет удален, — а растет она намного быстрее. Еще через четыре года Вентер с коллегами показал, что можно заменить геном M. capricolum на геном еще одной микоплазмы, M. mycoides. Полученная клетка нормально живет, а ее потомство после нескольких делений неотличимо от обычных M. mycoides, что и не удивительно — старые белки понемногу деградируют, а синтез новых белков определяется новым геномом. ПГ: геном-донор был нативным!
Следующий шаг был сделан в 2008 г., когда исследователи синтезировали геном M. genitalium и вставили его обратно в клетку M. genitalium. Это нужно было для создания техники синтеза больших молекул ДНК и проверки того, что синтезированный геном так же работоспособен, как природный. Для контроля, чтобы отличить синтезированный геном от старого, авторы статьи закодировали в нем в неважных местах свои имена и адреса электронной почты. ПГ: эти «неважные» - межгенные участки. Для высших – они важны (голография), а для одноклеточных?
В прошлом году эти две техники были объединены: та же процедура была проделана с клеткой M. capricolum и природным, но немного модифицированным, геномом M. mycoides. И, наконец, несколько дней назад Вентер с коллегами опубликовал статью про полностью искусственно синтезированный геном M. mycoides в клетке M. capricolum. Определив последовательность генома полученного организма, исследователи обнаружили несколько изменений — точечных замен, вставок и перестановок, произошедших в ходе сборки синтетического генома из фрагментов. На самом деле, таких ошибок синтеза было больше, причем одна из них, случившаяся в гене, необходимом для копирования генома, существенно задержала работу. Однако большинство ошибок было выявлено заранее, при проверке функциональности отдельных фрагментов, и остались только такие, которые не влияют на работу генов. ПГ:???
Итак, сделан очередной важный шаг на пути создания искусственных геномов. Это, несомненно, очень красивая и технически сложная работа. Заслуживает ли она разразившейся шумихи? Видимо, все-таки нет. Ни о какой искусственной жизни с заранее заданными свойствами речи не идет. То, что геном одной бактерии работает в клетке другой, очень близкой, уже было показано ранее. То, что геном может быть синтезирован «с нуля» — тоже; к тому же, еще до работ Вентера с бактериями это было показано на вирусах. До практических приложений еще очень далеко. Более того, вообще говоря, не очевидно, почему с практической точки зрения этот подход лучше, чем уже давно разработанные и с успехом применяемые методы генной инженерии известных биотехнологических штаммов.
Ясно, что важную роль сыграла личность самого Крейга Вентера, человека, очень склонного к публичности и громким обещаниям, — и умеющего эти обещания выполнять, как он доказал работой по определению последовательности генома человека. Очень любопытно выглядит введение к последней статье — оно читается не столько как обзор, сколько как автобиография. И неудивительно: Вентер настолько опережает конкурентов, что просто нечего цитировать. И можно предположить, что уже через год или два появится статья про очередной шаг на пути к «минимальной бактерии», в синтезированном геноме которой будут отсутствовать гены, про которые из предыдущих работ известно, что без них можно обойтись.
А если говорить о настоящих «искусственных организмах», то следует вспомнить о работах Питера Шульца из Института Скриппса, который уже несколько лет успешно создает организмы с измененным генетическим кодом — не геномом, а именно кодом, то есть системой соответствий между ДНК и белками. Для этого конструируется специальная тРНК (молекула, которая доставляет аминокислоту к синтезируемому белку) и проводится «молекулярная эволюция» аминоацил-тРНК-синтетазы (белка, связывающего тРНК с нужной аминокислотой) так, чтобы она узнавала новую, отсутствующую в обычных белках аминокислоту. В результате клетка синтезирует белки с такой аминокислотой, что бывает очень полезно для изучения их структуры, функций и взаимодействий. Но вот шума вокруг этого почему-то куда меньше.
Михаил Гельфанд
Last Edit: 25 Сен 2014 16:42 by Vladimirovich.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 14:25 #67

  • Quantrinas
  • Quantrinas's Avatar
  • OFFLINE
  • Физик
  • Posts: 12016
  • Thank you received: 4
  • Karma: 0
ППГ написал(а):
Вот очень толковый комментарий Гельфанда, совпадающий в главном с моей позицией:
Браво!!! В данном случае, Вы, кажется, запостили вполне научный комментарий. И очень интересно это пообсуждать, не смотря на отсутствие всяких квантовых геномов.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 14:25 #68

  • mishabara
  • mishabara's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 1177
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
В старой клетке остались старые белки, в том числе такие которые могут резать и модифицировать ДНК. А новых белков которые закодированы в новой ДНК в старой клетке не было.
Вот тут бы и по подробнее, резать кромсать и восстанавливать эти белки могут только в определенных жизненных циклах ...в каком цикле получились дополнения в ДНК.... скорее всего при деление клетки .. . процесс клеточного деления включает две последовательные стадии - деление ядра (митоз) и деление цитоплазмы (цитокинез). Однако прежде чем клетка сможет разделиться, она должна удвоить свою массу и удвоить все свои компоненты. Большая часть работы по подготовке к делению совершается во время фазы роста, называемой интерфазой... но каким образом эта самосборка произошла ... вот где ключ к разгадке ...

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 14:31 #69

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Посадник
  • Posts: 34468
  • Thank you received: 74
  • Karma: 21
ППГ написал(а):
очень толковый комментарий Гельфанда, совпадающий в главном с моей позицией:
Не присобачивайтесь, Петр, но пасаран (с)

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 14:47 #70

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Посадник
  • Posts: 34468
  • Thank you received: 74
  • Karma: 21
ППГ написал(а):
большинство ошибок было выявлено заранее, при проверке функциональности отдельных фрагментов, и остались только такие, которые не влияют на работу генов. ПГ:???
Чё насторОжило, а Петр? Одна-единственная ошибка и ... фсё, конец - контекст поменялсо катастрофически, а?

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 14:59 #71

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23301
  • Thank you received: 136
  • Karma: -5
ППГ написал(а):
А если говорить о настоящих «искусственных организмах», то следует вспомнить о работах Питера Шульца из Института Скриппса, который уже несколько лет успешно создает организмы с измененным генетическим кодом — не геномом, а именно кодом, то есть системой соответствий между ДНК и белками.
www.pnas.org/content/101/20/7566.abstract
А эти пошли дальше и заставили кодоны кодировать совершенно новые аминокислоты
www.nature.com/nature/journal/v464/n7287/full/nature08817.html
Но подход Вентера мне кажется кардинально отличается. Ведь он с нуля создал жизнеспособный организм! Самодостаточный!
Last Edit: 25 Сен 2014 16:43 by Vladimirovich.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:12 #72

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mishabara написал(а):
резать кромсать и восстанавливать эти белки могут только в определенных жизненных циклах
да нет, могут резать во всех циклах

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:17 #73

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
PS: Еще добавлю. Представляю, какой шум поднялся бы в научной и не научной прессе, если бы мы удачно попытались опубликовать наши данные по волновому переносу (возврату) генетических признаков чувствительности к ванкомицину у Enterococcus hirae. Напомню, это когда мы в Торонто в 2002 году в фирме Nucro Technics лазером переносили генетическую информацию (точнее, генетико-метаболическую) с Донора - кокков, чувствительных к ванкомицину, на Реципиент - кокков, устойчивых к ванкомицину. Заверенные протоколы экспериментов имеются.
Напомню также, что группа Будаговского (Мичуринск) и группа генетиков из ИКЭМа (Новосибирск) также с помощью лазерных технологий дистантно волновым путем транслоцировала морфогенетическую информацию с тканей малины на никогда (в естественных условиях) не дифференцирующийся каллус малины с последующей (фотонно-программно запущенной) дифференцировкой каллуса в нормальные ткани и во взрослое растение. А во втором случае дистантно (лазером) был передан один из генов, участвующий в фотосинтезе у растений. Последние два достижения были опубликованы (впрочем, как и наши результаты), но... Российские ученые не имеют пиар-поддержки, как у Вентера. Ну и, понятное дело, у нас неолысенколизм... НЕ пущать! Потому что есть мнение... (пальчик вверх...).

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:20 #74

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
Quantrinas написал(а):
Браво!!! В данном случае, Вы, кажется, запостили вполне научный комментарий. И очень интересно это пообсуждать, не смотря на отсутствие всяких квантовых геномов.
В данном случае акцент надо делать на ЛИНГВИСТИЧЕСКИЙ геном, но помня, что он неразрывен с квантовым геномом.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:25 #75

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
ППГ написал(а):
Это моё письмо Крейгу Ветеру по указанному имэйлу. Пришел автоматический отказ. Вывод – имэйл есть имитация. Крэйгу не нужны никакие комментарии, тем более, что просматриваются теоретические ошибки, приведшие к неубедительным доказательствам идентичности Донора и полученного Реципиента искусственного генома.
Антиспамовый фильтр вентера отфутболил емэйл, так теперь всем рассказывайте что он с вами переписывался

По секрету скажу, что профессора такого калибра емэйлы от незнакомых людей не читают, времени нет. то что прошло через спам-фильтр читает секретарша, так что вы с секретаршей переписывались.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:25 #76

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23301
  • Thank you received: 136
  • Karma: -5
ППГ написал(а):
Ну и, понятное дело, у нас неолысенколизм... НЕ пущать! Потому что есть мнение... (пальчик вверх...).
А Вы не пробовали, не наши сеолысенковские издания (их нормальные люди даже не читают), а Nature или PNAS? В последнем, американские академики могут опубликовать статью, которая им нравится без всякого peer review. Ищите друзей академиков!

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:27 #77

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Ув. ППГ просьба воздержаться в этой ветке от рекламы ваших товаров и оффтопика.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:34 #78

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
mishabara написал(а):
Вот тут бы и по подробнее, резать кромсать и восстанавливать эти белки могут только в определенных жизненных циклах ...в каком цикле получились дополнения в ДНК.... скорее всего при деление клетки .. . процесс клеточного деления включает две последовательные стадии - деление ядра (митоз) и деление цитоплазмы (цитокинез). Однако прежде чем клетка сможет разделиться, она должна удвоить свою массу и удвоить все свои компоненты. Большая часть работы по подготовке к делению совершается во время фазы роста, называемой интерфазой... но каким образом эта самосборка произошла ... вот где ключ к разгадке ...
Нет, Миша. Искусственный геном был целиком введен в Реципиентные клетки. Другой вопрос - как этот геном заработал при размножении клеток (синтий). Как мне представляется, синтетический геном, обогащенный чуждыми (новыми, по сравнению с исходными) ДНК последовательностями, будет реализовывать себя в биосинтезе белков. Команда Крэйга Вентера, основываясь на классике, автоматом считает (и не обсуждает это), что новые врезки в ДНК НЕ ВАЖНЫ. Мы считаем - ВАЖНЫ. Они поменяли контекст всей ДНК и, соответственно, смыслы ДНК текстов. Должны появиться новые, не присущие исходной клеточной линии, белкИ. Должны поменяться метаболизм и физиология. Собственно так уже и произошло - были зафиксированы некоторые отличия синтий от исходных клеток по ряду параметров - скорости роста колоний, показателям цветности. Это уже кое что. НО главное-то отличие, на которое как бы не обращают внимание - у синтий убрана патогенность. Ничего себе тождественные исходным клетки...

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:40 #79

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
ППГ написал(а):
Команда Крэйга Вентера, основываясь на классике, автоматом считает (и не обсуждает это), что новые врезки в ДНК НЕ ВАЖНЫ.
Почему вы считаете что они так считают? Они удалили много генов микоплазмы и создали минимально жизнеспособный вариант бактерии, не утверждая что это та самая старая микоплазма. Они создали новое живое существо, такое которого ранее не существовало. Ранее они об этом писали пару лет назад когда определяли минимальный набор генов которые надо оставить.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:43 #80

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
ППГ написал(а):
Таким образом, резюмируя, можно сказать – команда Вентера действительно получила новые «синтетические» клетки, но они, скорее всего, не идентичны клеткам с геномом-пробразом. Получилась новая линия микоплазмы, фактически – мутант. Подспудно команда это чувствует, поэтому столь неопределенны их доказательства якобы тождественности Донорных клеток и созданных de novo Реципиентных клеток.
ничего себе подспудно. они два года назад писали об этом в Science. и сейчас идентичность никто не утверждает. нигде у них нет утверждений про идентичность. напротив, они дали новое название новому штамму, а значит подчеркнули, что это _новый_ не существовавший ранее штамм бактерии

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:43 #81

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23301
  • Thank you received: 136
  • Karma: -5
mittelspiel написал(а):
Они создали новое живое существо, такое которого ранее не существовало.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:44 #82

  • mishabara
  • mishabara's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 1177
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
ППГ написал(а):
Другой вопрос - как этот геном заработал при размножении клеток (синтий)
Меня сугубо практика и интересует сам процесс т.е. физика этого явления.... каким образом перешла эта перестройка на ДНК, ведь в классике идет речь о дублировании информации, а тут их меняют местами и добавили новые... правда вопрос куда ... в середину в конец или в начало... вряд ли это можно списать на случайные величины... эти преобразования произошли синхронно у всех... следовательно тут имеет место быть заложенный процесс.. как каким способом проходит его реализация ...

mittelspiel написал(а):
просьба воздержаться в этой ветке от
от изложения собственных мыслей и сносок на действующие примеры .... так что ли это надо понимать господин товарищ барин модератор ...

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:47 #83

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mishabara написал(а):
от изложения собственных мыслей
нет, только от рекламы и оффопика

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:47 #84

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
mishabara написал(а):
эти преобразования произошли синхронно у всех
почему так считаете?

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 15:49 #85

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 23301
  • Thank you received: 136
  • Karma: -5
mishabara написал(а):
Меня сугубо практика и интересует сам процесс т.е. физика этого явления.... каким образом перешла эта перестройка на ДНК, ведь в классике идет речь о дублировании информации, а тут их меняют местами и добавили новые... правда вопрос куда ... в середину в конец или в начало...
Слушайте, я математик, но я слышал про прыгающие гены, всякие геномные перестройки итд. Неужели Вы ничего этого не читали? Не может быть.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 16:13 #86

  • mishabara
  • mishabara's Avatar
  • OFFLINE
  • Боярин
  • Posts: 1177
  • Thank you received: 1
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
почему так считаете?
надеюсь что они не одну клетку распотрошили для того что бы выяснить что произошло с геномом ..

PP написал(а):
но я слышал про прыгающие гены, всякие геномные перестройки и тд.
ничего случайного в мире нет, если что то прыгает значит есть тому какое то объяснения, если происходит перестройка то она тоже подчиняется определенным законом ...
отсутствие законов тоже своеобразный закон ... в мире арифметике есть аксиомы и постулаты ... и все можно с достаточно точность описать... так и тут ..случайными событиями тут явно не пахнет ... это детерминированные проявления ... нужно искать фундамент ...

Отредактировано mishabara (2010-06-05 20:13:37)

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 17:08 #87

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
Почему вы считаете что они так считают? Они удалили много генов микоплазмы и создали минимально жизнеспособный вариант бактерии, не утверждая что это та самая старая микоплазма. Они создали новое живое существо, такое которого ранее не существовало. Ранее они об этом писали пару лет назад когда определяли минимальный набор генов которые надо оставить.
Посмотрим, что пишут авторы в обсуждаемой статье: «После трансплантации, а также получении на чашке формы колонии ( 30 делений или
10 в 9-й кратность разведения), потомство уже не будет содержать никаких белковых молекул, которые присутствовали в исходной реципиентной клетке (10, 24). Это было показано ранее, когда мы впервые описали трансплантацию генома (10). Свойства клеток, контролируемых собранным (искусственным) геномом, как ожидается, будут такими же, как если бы все клетки были созданы синтетически.»
Фактически, речь идет о том, что, да, новые клетки (синтии) сразу после трансплантации будут отличаться от оригинала по белковому составу. Но при размножении синтий исходные хозяйские белки клеток-реципиентов, остающиеся в старой цитоплазме или ее остатках, будут постепенно уходить, разбавляясь белками, синтезирующимися de novo. Тут некая биохимическая и генетическая тонкость. Если исходные белки разбавляются, то это не значит, что они исчезают. Но не это главное. Главное, как мне представляется, если смотреть с позиций Лингвистической генетики, будет заключаться в том, что у синтий будет синтезироваться некая фракция белков, чуждых как Донору, так и Реципиенту. Назовем их условно - Лингвистические Белки (ЛБ или LP). Это следует из расширенной модели триплетного кода синтеза белков, о которой тут второй год толкую. ЛБ будут давать новые свойства синтиям, в дополнение к уже полученным за счет снятия инфекционности. Иными словами, авторы получили новую (искусственную) линию клеток микоплазмы, непохожую ни на Донора, ни на Реципиента - ни в мать, ни в отца, а в проезжего молодца. Кто главный молодец - пока неясно. Претендентов множество, геном-то перекорежен вдоль и поперек. И вот теперь, чтобы доказать - правы мы или нет, логично провести очень тщательный анализ белкового состава Донора и Реципиента (синтий). Если у Синтий обнаружится хотя бы один белок (или фракция белков), которые не присущи ни Донорам (исходная линия микоплазмы), ни Реципиентам (исходная линия микоплазмы, из которой удаляли геном), то мы правы. Если не обнаружится (или их слишком мало), будем ждать работ по искусственным клетками эукариот (многоклеточных). У эукариот Лингвистичность генома должна быть выражена ярче и количество новых (аномальных) ЛБ будет больше и обнаружить их будет легче.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 17:18 #88

  • ППГ
  • ППГ's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 4393
  • Karma: 0
PP написал(а):
Они создали новое живое существо, такое которого ранее не существовало.
Любая мутация дает такие новые живые существа. Мутагенез в данном случае был чрезвычайно изощрён. Это несколько напоминает математический синтез голограмм. Можно получить голограмму классически за счет интерференции опорного и объектного луча лазера и записи интерферограммы на носитель. А можно, зная физику процесса и ее мат. модель, создать голограмму искусственно, без использования лазеров и объекта записи. Голограммы будут идентичны.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 17:26 #89

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
ППГ написал(а):
«После трансплантации, а также получении на чашке формы колонии ( 30 делений или
10 в 9-й кратность разведения), потомство уже не будет содержать никаких белковых молекул, которые присутствовали в исходной реципиентной клетке (10, 24). Это было показано ранее, когда мы впервые описали трансплантацию генома (10). Свойства клеток, контролируемых собранным (искусственным) геномом, как ожидается, будут такими же, как если бы все клетки были созданы синтетически.»
И где здесь написано что они ожидают получить микоплазму? Прочитайте их предыдущую статью двухлетней давности. У микоплазмы удалили чуть ли не половину генов перед тем как ее встраивать в пустую клетку. Это они называют минимально необходимым набором генов. То есть необходимым для выживания в лабораторной среде. Но не гарантирующим что это та самая бактерия. И тогда два года назад было понятно (и написано черным по белому) что это совсем другая бактерия получается.

искусственная бактерия Крейга Вентера 05 Июнь 2010 17:29 #90

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
ППГ написал(а):
Любая мутация дает такие новые живые существа.
Это правда. Поэтому метод Вентера для биотехнологии не особо применим ибо есть более дешевые методы если стоит задача встроить конкретный ген. Так что это не биотехнологическая работа. У нее другие задачи.
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум